source: trunk/www/views/derivedbioassays/list_bioassays.jsp @ 6699

Last change on this file since 6699 was 6699, checked in by Nicklas Nordborg, 9 years ago

References #1912: Add more filter rows in list pages

Fixes a problem with using non-unique id for the 'Add filter row' icon when used on pages that has multiple lists. This caused the icon to not work or add rows to the incorrect list.

The add/remove icons are now based on class names instead which means we can target each icon within the table context it is defined in.
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 26.9 KB
Line 
1<%-- $Id: list_bioassays.jsp 6699 2015-01-30 10:32:48Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2011 Nicklas Nordborg
4
5  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
6  Available at http://base.thep.lu.se/
7
8  BASE is free software; you can redistribute it and/or
9  modify it under the terms of the GNU General Public License
10  as published by the Free Software Foundation; either version 3
11  of the License, or (at your option) any later version.
12
13  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
14  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
15  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
16  GNU General Public License for more details.
17
18  You should have received a copy of the GNU General Public License
19  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  ------------------------------------------------------------------
21
22--%>
23<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
24  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
25  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
26  import="net.sf.basedb.core.Item"
27  import="net.sf.basedb.core.PhysicalBioAssay"
28  import="net.sf.basedb.core.DerivedBioAssay"
29  import="net.sf.basedb.core.RawBioAssay"
30  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
31  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
32  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
33  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
34  import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
35  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
36  import="net.sf.basedb.core.Include"
37  import="net.sf.basedb.core.Type"
38  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
39  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
40  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
41  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
42  import="net.sf.basedb.core.Permission"
43  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
44  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
45  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
46  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
47  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
48  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
49  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
50  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
51  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
52  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationLoaderUtil"
53  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationTypeFilter"
54  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSnapshot"
55  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSetSnapshot"
56  import="net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager"
57  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
58  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
59  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
60  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
63  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
64  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
65  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
66  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
67  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
68  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
69  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
70  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
71  import="net.sf.basedb.util.Values"
72  import="java.util.Iterator"
73  import="java.util.List"
74  import="java.util.Map"
75  import="java.util.Date"
76  import="java.util.ArrayList"
77%>
78<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
79<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
80<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
81<%!
82  private static final Item itemType = Item.DERIVEDBIOASSAY;
83  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
84%>
85<%
86final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
87final String ID = sc.getId();
88final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
89final boolean createRawBioAssayPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.RAWBIOASSAY);
90final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
91
92final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
93final String callback = request.getParameter("callback");
94final String title = mode.generateTitle("derived bioassay", "derived bioassays");
95final DbControl dc = sc.newDbControl();
96ItemResultIterator<DerivedBioAssay> bioAssays = null;
97List<AnnotationLoaderUtil> annotationLoaders = new ArrayList<AnnotationLoaderUtil>();
98try
99{
100  ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
101  SnapshotManager manager = new SnapshotManager();
102  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
103  {
104    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at));
105  }
106  annotationTypeQuery = Base.getInheritedAnnotationColumns(cc.getSetting("columns"));
107  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
108  {
109    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at, false, true));
110  }
111  final ItemQuery<ItemSubtype> subtypesQuery = Base.getSubtypesQuery(itemType);
112
113  // Query for parent physical bioassays to the current bioassay
114  final ItemQuery<PhysicalBioAssay> physicalBioAssayQuery = PhysicalBioAssay.getQuery();
115  physicalBioAssayQuery.include(cc.getInclude());
116  physicalBioAssayQuery.join(Hql.innerJoin("derivedBioAssays", "dba"));
117  physicalBioAssayQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("dba"), Expressions.parameter("bioAssay")));
118  physicalBioAssayQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
119
120  // Query for parent bioassays to the current bioassay
121  final ItemQuery<DerivedBioAssay> parentQuery = DerivedBioAssay.getQuery();
122  parentQuery.include(cc.getInclude());
123  parentQuery.join(Hql.innerJoin("children", "c"));
124  parentQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("c"), Expressions.parameter("bioAssay")));
125  parentQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
126
127  // Query for child bioassays to the current bioassay
128  final ItemQuery<DerivedBioAssay> childQuery = DerivedBioAssay.getQuery();
129  childQuery.include(cc.getInclude());
130  childQuery.join(Hql.innerJoin("parents", "p"));
131  childQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("p"), Expressions.parameter("bioAssay")));
132  childQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
133
134  // Query for raw bioassays to the current bioassay
135  final ItemQuery<RawBioAssay> rawBioAssayQuery = RawBioAssay.getQuery();
136  rawBioAssayQuery.include(cc.getInclude());
137  rawBioAssayQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("parentBioAssay"), Expressions.parameter("bioAssay")));
138  rawBioAssayQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
139 
140  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
141  try
142  {
143    final ItemQuery<DerivedBioAssay> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, DerivedBioAssay.getQuery(), mode);
144    bioAssays = query.iterate(dc);
145  }
146  catch (Throwable t)
147  {
148    cc.setMessage(t.getMessage());
149    t.printStackTrace();
150  }
151  int numListed = 0;
152  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
153  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
154  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
155  ExtensionsInvoker columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
156  %>
157  <base:page title="<%=title==null ? "Derived bioassays" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
158  <base:head scripts="table.js,~bioassays.js" styles="table.css,toolbar.css">
159    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
160    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
161  </base:head>
162 
163  <base:body>
164    <h1><%=title==null ? "Derived bioassays" : title%></h1>
165    <div class="content">
166    <tbl:table 
167      id="bioassays" 
168      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
169      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
170      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
171      action="index.jsp"
172      sc="<%=sc%>"
173      item="<%=itemType%>"
174      filterrows="<%=cc.getFilterRows()%>"
175      subclass="fulltable"
176      data-inherited-annotations="true"
177      >
178      <tbl:hidden 
179        name="mode" 
180        value="<%=mode.getName()%>" 
181      />
182      <tbl:hidden 
183        name="callback" 
184        value="<%=callback%>" 
185        skip="<%=callback == null%>" 
186      />
187      <tbl:columndef 
188        id="name"
189        property="name"
190        datatype="string"
191        title="Name"
192        sortable="true" 
193        filterable="true"
194        exportable="true"
195        show="always" 
196      />
197      <tbl:columndef 
198        id="itemSubtype"
199        property="itemSubtype"
200        sortproperty="itemSubtype.name"
201        exportproperty="itemSubtype.name:string"
202        datatype="int"
203        enumeration="<%=Enumeration.fromItems(subtypesQuery.list(dc), "-none-")%>"
204        title="Type"
205        sortable="true" 
206        filterable="true"
207        exportable="true"
208      />
209      <tbl:columndef
210        id="id"
211        clazz="uniquecol"
212        property="id"
213        datatype="int"
214        title="ID"
215        sortable="true"
216        filterable="true"
217        exportable="true"
218      />
219      <tbl:columndef 
220        id="physicalBioAssays"
221        property="&physicalBioAssays(name)"
222        datatype="string"
223        title="Physical bioassays"
224        filterable="true"
225        exportable="true"
226      />
227      <tbl:columndef 
228        id="parents"
229        property="&parents(name)"
230        datatype="string"
231        title="Parent bioassays"
232        filterable="true"
233        exportable="true"
234      />
235      <tbl:columndef
236        id="children"
237        title="Child bioassays"
238        property="&children(name)"
239        datatype="string"
240        filterable="true"
241        exportable="true"
242      />
243      <tbl:columndef 
244        id="extract"
245        property="extract.name"
246        datatype="string"
247        title="Extract"
248        sortable="true" 
249        filterable="true"
250        exportable="true"
251      />
252      <tbl:columndef
253        id="rawBioAssays"
254        title="Raw bioassays"
255        property="&rawBioAssays(name)"
256        datatype="string"
257        filterable="true"
258        exportable="true"
259      />
260      <tbl:columndef 
261        id="plugin"
262        property="job.pluginDefinition.name"
263        datatype="string"
264        title="Plugin"
265        sortable="true" 
266        filterable="true"
267        exportable="true"
268      />
269      <tbl:columndef 
270        id="protocol"
271        property="protocol.name"
272        datatype="string"
273        title="Protocol"
274        sortable="true" 
275        filterable="true"
276        exportable="true"
277      />
278      <tbl:columndef
279        id="hardware"
280        property="hardware.name"
281        datatype="string"
282        title="Hardware"
283        sortable="true"
284        filterable="true"
285        exportable="true"
286      />
287      <tbl:columndef
288        id="software"
289        property="software.name"
290        datatype="string"
291        title="Software"
292        sortable="true"
293        filterable="true"
294        exportable="true"
295      />
296      <tbl:columndef 
297        id="entryDate"
298        property="entryDate"
299        datatype="date"
300        title="Registered"
301        sortable="true" 
302        filterable="true"
303        exportable="true"
304        formatter="<%=dateFormatter%>"
305      />
306      <tbl:columndef 
307        id="owner"
308        property="owner.name"
309        datatype="string"
310        title="Owner"
311        sortable="true" 
312        filterable="true"
313        exportable="true"
314      />
315      <tbl:columndef 
316        id="description"
317        property="description"
318        datatype="string"
319        title="Description" 
320        sortable="true" 
321        filterable="true" 
322        exportable="true"
323      />
324      <%
325      for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
326      {
327        AnnotationType at = loader.getAnnotationType();
328        Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
329        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
330        if (at.isEnumeration())
331        {
332          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
333          List<?> values = at.getValues();
334          for (Object value : values)
335          {
336            String encoded = formatter.format(value);
337            annotationEnum.add(encoded, encoded);
338          }
339        }
340        %>
341        <tbl:columndef 
342          id="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "ia" : "at")+at.getId()%>"
343          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? " [I]" : " [A]")%>" 
344          property="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "##" : "#")+at.getId()%>"
345          annotation="true"
346          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
347          enumeration="<%=annotationEnum%>"
348          smartenum="<%=at.getDisplayAsList() %>"
349          sortable="<%=at.getMultiplicity() == 1 && !loader.isSearchingInheritedAnnotations()%>" 
350          filterable="true" 
351          exportable="true"
352          formatter="<%=formatter%>"
353          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
354        />
355        <%
356      }
357      %>
358      <tbl:columndef
359        id="permission"
360        title="Permission"
361      />
362      <tbl:columndef
363        id="sharedTo"
364        title="Shared to"
365        filterable="true"
366        filterproperty="!sharedTo.name"
367        datatype="string"
368      />
369      <tbl:columndef 
370        id="xt-columns" 
371        extensions="<%=columnsInvoker%>" 
372        jspcontext="<%=jspContext%>" 
373      />
374      <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
375        <tbl:toolbar
376          subclass="bottomborder"
377          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
378          >
379          <tbl:button 
380            id="btnNewItem"
381            disabled="<%=!createPermission%>" 
382            image="new.png" 
383            title="New&hellip;" 
384            tooltip="<%=createPermission ? "Create new derived bioassay" : "You do not have permission to create derived bioassays"%>" 
385          />
386          <tbl:button 
387            id="btnNewMergedDerivedBioAssay"
388            disabled="<%=!createPermission%>" 
389            image="new_pooled.png" 
390            title="Merge&hellip;" 
391            tooltip="<%=createPermission ? "Create new merged bioassay" : "You do not have permission to create derived bioassay"%>" 
392          />
393          <tbl:button 
394            id="btnDeleteItems"
395            image="delete.png"
396            title="Delete" 
397            tooltip="Delete the selected items" 
398          />
399          <tbl:button 
400            id="btnRestoreItems"
401            image="restore.png"
402            title="Restore" 
403            tooltip="Restore the selected (deleted) items"
404          />
405          <tbl:button 
406            id="btnShareItems"
407            image="share.png"
408            title="Share&hellip;" 
409            tooltip="Share the selected items"
410          />
411          <tbl:button 
412            id="btnSetOwner"
413            image="take_ownership.png"
414            title="Set owner&hellip;"
415            tooltip="Change owner of the selected items"
416          />
417          <tbl:button 
418            id="btnColumns"
419            image="columns.png" 
420            title="Columns&hellip;" 
421            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
422          />
423          <tbl:button
424            id="btnInheritAnnotations"
425            image="inherit.png"
426            title="Inherit annotations&hellip;"
427            tooltip="Batch inherit annotations from parent items"
428          />
429          <tbl:button 
430            id="btnImport"
431            data-plugin-type="IMPORT"
432            image="import.png" 
433            title="Import&hellip;" 
434            tooltip="Import data" 
435            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
436          />
437          <tbl:button 
438            id="btnExport"
439            data-plugin-type="EXPORT"
440            image="export.png" 
441            title="Export&hellip;" 
442            tooltip="Export data" 
443            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
444          />
445          <tbl:button 
446            id="btnRunPlugin"
447            data-plugin-type="OTHER"
448            image="runplugin.png" 
449            title="Run plugin&hellip;" 
450            tooltip="Run a plugin" 
451            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
452          />
453          <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
454            wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
455        </tbl:toolbar>
456        <tbl:panel>
457          <tbl:presetselector />
458          <tbl:navigator
459            page="<%=cc.getPage()%>" 
460            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
461            totalrows="<%=bioAssays == null ? 0 : bioAssays.getTotalCount()%>" 
462            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
463          />
464        </tbl:panel>
465      </div>
466      <tbl:data>
467        <tbl:headers>
468          <tbl:headerrow>
469            <tbl:header colspan="3" />
470            <tbl:columnheaders />
471          </tbl:headerrow>
472          <%
473          int numFilters = cc.getNumPropertyFilters();
474          int numRows = cc.getFilterRows();
475          for (int filterNo = 0; filterNo < numRows; filterNo++)
476          {
477            boolean lastRow = filterNo == numRows-1;
478            %>
479            <tbl:headerrow>
480              <tbl:header subclass="index" />
481              <tbl:header 
482                subclass="check" 
483                visible="<%=mode.hasCheck()%>"
484                ><base:icon 
485                  id="check.uncheck"
486                  image="check_uncheck.png" 
487                  tooltip="Check/uncheck all" 
488                  visible="<%=lastRow%>"
489                /></tbl:header>
490              <tbl:header 
491                subclass="check" 
492                visible="<%=mode.hasRadio()%>"
493                />
494              <tbl:header 
495                subclass="icons" 
496                visible="<%=mode.hasIcons()%>"
497                >
498                <base:icon
499                  subclass="link table-filter-row-action"
500                  image="add.png"
501                  tooltip="Add extra filter row"
502                  visible="<%=lastRow%>"
503                /><base:icon
504                  subclass="link table-filter-row-action"
505                  image="remove.png"
506                  tooltip="Remove this filter row"
507                  visible="<%=numRows > 1 || numFilters > 0 %>"
508                  data-remove-row="<%=filterNo%>"
509                />
510              </tbl:header>
511              <tbl:propertyfilter row="<%=filterNo%>" />
512            </tbl:headerrow>
513            <%
514          }
515          %>
516        </tbl:headers>
517        <tbl:rows>
518          <%
519          if (cc.getMessage() != null)
520          {
521            %>
522            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
523              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
524            </tbl:panel>
525            <%
526            cc.setMessage(null);
527          }
528          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
529          int selectedItemId = cc.getId();
530          if (bioAssays != null)
531          {           
532            while (bioAssays.hasNext())
533            {
534              DerivedBioAssay item = bioAssays.next();
535              int itemId = item.getId();
536              boolean usePermission = item.hasPermission(Permission.USE);
537             
538             
539              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
540              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
541              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
542              String tooltip = mode.isSelectionMode() ? 
543                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
544              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
545              index++;
546              numListed++;
547              %>
548              <tbl:row>
549                <tbl:header 
550                  clazz="index"
551                  ><%=index%></tbl:header>
552                <tbl:header 
553                  clazz="check" 
554                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
555                  ><input 
556                    type="checkbox" 
557                    name="<%=itemId%>" 
558                    value="<%=itemId%>" 
559                    title="<%=name%>" 
560                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
561                  ></tbl:header>
562                <tbl:header 
563                  clazz="check" 
564                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
565                  ><input 
566                    type="radio" 
567                    name="item_id" 
568                    value="<%=itemId%>" 
569                    title="<%=name%>" 
570                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
571                  ></tbl:header>
572                <tbl:header 
573                  clazz="icons" 
574                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
575                  ><base:icon 
576                    image="deleted.png"
577                    id="<%="delete."+itemId %>"
578                    subclass="<%=deletePermission ? "table-delete-item" : null %>"
579                    data-item-id="<%=itemId%>"
580                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
581                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
582                  /><base:icon 
583                    image="shared.png" 
584                    id="<%="share."+itemId %>"
585                    subclass="<%=sharePermission ? "table-share-item" : null %>"
586                    data-item-id="<%=itemId%>"
587                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
588                    visible="<%=item.isShared()%>"
589                  />&nbsp;</tbl:header>
590                <tbl:cell column="name"><div 
591                  class="link table-item"
592                  data-item-id="<%=itemId%>"
593                  data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>" 
594                  tabindex="0"
595                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
596                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
597                <tbl:cell column="itemSubtype"><base:propertyvalue 
598                    item="<%=item%>" 
599                    property="itemSubtype"
600                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
601                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
602                  /></tbl:cell>
603                <tbl:cell column="children">
604                  <%
605                  childQuery.setParameter("bioAssay", itemId, Type.INT);
606                  try
607                  {
608                    String separator = "";
609                    for (DerivedBioAssay child : childQuery.list(dc))
610                    {
611                      out.write(separator);
612                      if (mode.hasPropertyLink())
613                      {
614                        out.write(Base.getLinkedName(ID, child, false, mode.hasEditLink()));
615                      }
616                      else
617                      {
618                        out.write(HTML.encodeTags(child.getName()));
619                      }
620                      separator = ", ";
621                    }
622                  }
623                  catch (Throwable t)
624                  {
625                    %>
626                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
627                    <%
628                  }
629                  %>             
630                  <base:icon
631                    subclass="link auto-init"
632                    data-auto-init="new-child-bioassay"
633                    data-item-id="<%=itemId %>"
634                    image="add.png" 
635                    tooltip="Create new child bioassay" 
636                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createPermission && usePermission %>"
637                  />
638                </tbl:cell>
639                <tbl:cell column="rawBioAssays">
640                  <%
641                  rawBioAssayQuery.setParameter("bioAssay", itemId, Type.INT);
642                  try
643                  {
644                    String separator = "";
645                    for (RawBioAssay rba : rawBioAssayQuery.list(dc))
646                    {
647                      out.write(separator);
648                      if (mode.hasPropertyLink())
649                      {
650                        out.write(Base.getLinkedName(ID, rba, false, mode.hasEditLink()));
651                      }
652                      else
653                      {
654                        out.write(HTML.encodeTags(rba.getName()));
655                      }
656                      separator = ", ";
657                    }
658                  }
659                  catch (Throwable t)
660                  {
661                    %>
662                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
663                    <%
664                  }
665                  %>             
666                  <base:icon
667                    subclass="link auto-init"
668                    data-auto-init="new-raw-bioassay"
669                    data-item-id="<%=itemId %>"
670                    image="add.png" 
671                    tooltip="Create new raw bioassay" 
672                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createRawBioAssayPermission && usePermission %>"
673                  />
674                </tbl:cell>
675                <tbl:cell column="physicalBioAssays">
676                  <%
677                  physicalBioAssayQuery.setParameter("bioAssay", itemId, Type.INT);
678                  try
679                  {
680                    String separator = "";
681                    for (PhysicalBioAssay pba : physicalBioAssayQuery.list(dc))
682                    {
683                      out.write(separator);
684                      if (mode.hasPropertyLink())
685                      {
686                        out.write(Base.getLinkedName(ID, pba, false, mode.hasEditLink()));
687                      }
688                      else
689                      {
690                        out.write(HTML.encodeTags(pba.getName()));
691                      }
692                      separator = ", ";
693                    }
694                  }
695                  catch (Throwable t)
696                  {
697                    %>
698                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
699                    <%
700                  }
701                  %>             
702                </tbl:cell>
703                <tbl:cell column="parents">
704                  <%
705                  if (!item.isRoot())
706                  {
707                    parentQuery.setParameter("bioAssay", itemId, Type.INT);
708                    try
709                    {
710                      String separator = "";
711                      for (DerivedBioAssay dba : parentQuery.list(dc))
712                      {
713                        out.write(separator);
714                        if (mode.hasPropertyLink())
715                        {
716                          out.write(Base.getLinkedName(ID, dba, false, mode.hasEditLink()));
717                        }
718                        else
719                        {
720                          out.write(HTML.encodeTags(dba.getName()));
721                        }
722                        separator = ", ";
723                      }
724                    }
725                    catch (Throwable t)
726                    {
727                      %>
728                      <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
729                      <%
730                    }
731                  }
732                  %>             
733                </tbl:cell>
734                <tbl:cell column="extract"
735                  ><base:propertyvalue 
736                    item="<%=item%>" 
737                    property="extract"
738                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
739                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
740                  /></tbl:cell>
741                <tbl:cell column="plugin"
742                  ><base:propertyvalue 
743                    item="<%=item%>" 
744                    property="job.pluginDefinition"
745                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
746                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
747                  /></tbl:cell>
748                <tbl:cell column="protocol"
749                  ><base:propertyvalue 
750                    item="<%=item%>" 
751                    property="protocol"
752                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
753                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
754                  /></tbl:cell>
755                <tbl:cell column="hardware"
756                  ><base:propertyvalue 
757                    item="<%=item%>"
758                    property="hardware"
759                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
760                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
761                  /></tbl:cell>
762                <tbl:cell column="software"
763                  ><base:propertyvalue 
764                    item="<%=item%>"
765                    property="software"
766                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
767                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
768                  /></tbl:cell>
769                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=item.getEntryDate()%>" />
770                <tbl:cell column="owner"
771                  ><base:propertyvalue 
772                    item="<%=item%>" 
773                    property="owner"
774                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
775                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
776                  /></tbl:cell>
777                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
778                <%
779                if (item.isAnnotated())
780                {
781                  AnnotationSetSnapshot snapshot = manager.getSnapshot(dc, item.getAnnotationSet().getId());
782                  for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
783                  {
784                    if (loader.find(snapshot))
785                    {
786                      %>
787                      <tbl:cell 
788                        column="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "ia" : "at")+loader.getId()%>"
789                        ><tbl:cellvalue 
790                          list="<%=loader.getValues()%>"
791                          suffix="<%=loader.getUnitSymbol()%>"
792                      /></tbl:cell>
793                      <%
794                    }
795                  }
796                }
797                %>
798                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
799                <tbl:cell column="sharedTo">
800                  <%
801                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
802                  while(sharees.hasNext())
803                  {
804                    Nameable n = sharees.next();
805                    if (mode.hasPropertyLink())
806                    {
807                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
808                    }
809                    else
810                    {
811                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
812                    }
813                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
814                  }
815                  %>
816                </tbl:cell>
817                <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
818                  <tbl:cell column="xt-columns" />
819                </tbl:xt-cells>
820              </tbl:row>
821              <%
822              }
823            }
824          if (numListed == 0)
825          {
826            %>
827            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
828              <div class="messagecontainer note">
829              <%=bioAssays == null || bioAssays.getTotalCount() == 0 ? "No bioassays were found" : "No bioassays on this page. Please select another page!" %>
830              </div>
831            </tbl:panel>
832            <%
833          }
834          %>
835        </tbl:rows>
836      </tbl:data>
837    </tbl:table>
838    </div>
839   
840    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
841      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
842      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
843      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
844    </base:buttongroup>
845   
846  </base:body>
847  </base:page>
848  <%
849}
850finally
851{
852  if (bioAssays != null) bioAssays.close();
853  if (dc != null) dc.close();
854}
855%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.