source: trunk/www/views/derivedbioassays/view_bioassay.jsp @ 5685

Last change on this file since 5685 was 5685, checked in by Nicklas Nordborg, 12 years ago

References #1153: Handling short read transcript sequence data

Simplified the design by only keeping DerivedBioAssay between PhysicalBioAssay and RawBioAssay. This should make batch importer, validation, etc. easier to implement and also provides the better backwards compatibility with array experiments. The web gui is usable but may need improvements in some cases.
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 20.9 KB
Line 
1<%-- $Id $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2011 Nicklas Nordborg
4
5  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
6  Available at http://base.thep.lu.se/
7
8  BASE is free software; you can redistribute it and/or
9  modify it under the terms of the GNU General Public License
10  as published by the Free Software Foundation; either version 3
11  of the License, or (at your option) any later version.
12
13  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
14  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
15  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
16  GNU General Public License for more details.
17
18  You should have received a copy of the GNU General Public License
19  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  ------------------------------------------------------------------
21
22--%>
23<%@page import="net.sf.basedb.core.RawBioAssay"%>
24<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
25  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
26  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
27  import="net.sf.basedb.core.DerivedBioAssay"
28  import="net.sf.basedb.core.PhysicalBioAssay"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
31  import="net.sf.basedb.core.Permission"
32  import="net.sf.basedb.core.Job"
33  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
34  import="net.sf.basedb.core.PluginConfiguration"
35  import="net.sf.basedb.core.User"
36  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
37  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
38  import="net.sf.basedb.core.Include"
39  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
40  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
41  import="net.sf.basedb.core.ParameterInfo"
42  import="net.sf.basedb.core.RawDataType"
43  import="net.sf.basedb.core.BasicItem"
44  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
45  import="net.sf.basedb.core.File"
46  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
47  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
48  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
49  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
50  import="net.sf.basedb.clients.web.ChangeHistoryUtil"
51  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
52  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
53  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
54  import="net.sf.basedb.util.Values"
55  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
56  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
57  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
58  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
59  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
60  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.plot.OverviewPlotAction"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.plot.PlotGenerator"
63  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
64  import="net.sf.basedb.util.extensions.ActionIterator"
65  import="java.util.Date"
66  import="java.util.Map"
67  import="java.util.Set"
68  import="java.util.List"
69  import="java.util.Iterator"
70%>
71<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
72<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
73<%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
74<%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
75<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
76<%!
77  private static final Item itemType = Item.DERIVEDBIOASSAY;
78  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.ITEM);
79%>
80<%
81final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
82final String ID = sc.getId();
83final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
84final int itemId = cc.getId();
85final String tab = Values.getString(request.getParameter("tab"), "properties");
86
87final float scale = Base.getScale(sc);
88final String root = request.getContextPath();
89final DbControl dc = sc.newDbControl();
90try
91{
92  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
93
94  String title = null;
95  final DerivedBioAssay bioAssay = DerivedBioAssay.getById(dc, itemId);
96 
97  Job job = null;
98  boolean readJob = true;
99  PluginDefinition plugin = null;
100  boolean readPlugin = true;
101  PluginConfiguration configuration = null;
102  boolean readConfiguration = true;
103
104  try
105  {
106    job = bioAssay.getJob();
107  }
108  catch (PermissionDeniedException ex)
109  {
110    readJob = false;
111    readPlugin = false;
112    readConfiguration = false;
113  }
114  if (job != null)
115  {
116    try
117    {
118      plugin = job.getPluginDefinition();
119    }
120    catch (PermissionDeniedException ex)
121    {
122      readPlugin = false;
123    }
124    try
125    {
126      configuration = job.getPluginConfiguration();
127    }
128    catch (PermissionDeniedException ex)
129    {
130      readConfiguration = false;
131    }
132  }
133 
134  final boolean usePermission = bioAssay.hasPermission(Permission.USE);
135  final boolean writePermission = bioAssay.hasPermission(Permission.WRITE);
136  final boolean deletePermission = bioAssay.hasPermission(Permission.DELETE);
137  final boolean sharePermission = bioAssay.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
138  final boolean setOwnerPermission = bioAssay.hasPermission(Permission.SET_OWNER);
139  final boolean isRemoved = bioAssay.isRemoved();
140  final boolean isUsed = isRemoved && bioAssay.isUsed();
141  final boolean deletePermanentlyPermission = deletePermission && !isUsed;
142  final boolean isOwner = bioAssay.isOwner();
143  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
144  Formatter<Date> dateTimeFormatter = FormatterFactory.getDateTimeFormatter(sc);
145  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, bioAssay);
146  ExtensionsInvoker toolbarInvoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
147  %>
148  <base:page title="<%=title%>">
149  <base:head scripts="table.js,tabcontrol.js" styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css">
150    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
151    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
152    <script language="JavaScript">
153    function editItem()
154    {
155      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>, true);
156    }
157    function deleteItem()
158    {
159      location.replace('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=DeleteItem&item_id=<%=itemId%>');
160    }
161    function restoreItem()
162    {
163      location.replace('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=RestoreItem&item_id=<%=itemId%>');
164    }
165    function shareItem()
166    {
167      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ShareItem&item_id=<%=itemId%>', 'ShareBioAssay', 600, 400);
168    }
169    function setOwner()
170    {
171      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=SetOwnerOfItem&item_id=<%=itemId%>', 'SetOwnerOfItem', 450, 150);
172    }
173    function switchTab(tabControlId, tabId)
174    {
175      if (TabControl.isActive(tabControlId, tabId)) return;
176      if ((tabId == 'overview' || tabId == 'history') && tabId != '<%=tab%>')
177      {
178        location.href = 'index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ViewItem&item_id=<%=itemId%>&tab='+tabId;
179      }
180      else
181      {
182        TabControl.setActiveTab(tabControlId, tabId);
183      }
184    }
185    function runItemPlugin(cmd)
186    {
187      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd='+cmd+'&item_id=<%=itemId%>', 'RunPlugin'+cmd, 740, 540);
188    }
189    function newChildBioAssay()
190    {
191      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', 'DERIVEDBIOASSAY', 0, true, '&parent_id=<%=itemId%>');
192    }
193    function newRawBioAssay()
194    {
195      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', 'RAWBIOASSAY', 0, true, '&bioassay_id=<%=itemId%>');
196    }
197    </script>
198  </base:head>
199  <base:body>
200    <p>
201    <p:path>
202      <p:pathelement title="Derived bioassays" href="<%="index.jsp?ID="+ID%>" />
203      <p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(bioAssay.getName())%>" />
204    </p:path>
205   
206    <t:tabcontrol id="main" active="<%=tab%>" switch="switchTab" remember="false">
207      <t:tab id="properties" title="Properties">
208    <tbl:toolbar
209      >
210      <tbl:button 
211        disabled="<%=writePermission ? false : true%>" 
212        image="<%=writePermission ? "edit.gif" : "edit_disabled.gif"%>" 
213        onclick="editItem()" 
214        title="Edit&hellip;" 
215        tooltip="<%=writePermission ? "Edit this bioassay" : "You do not have permission to edit this bioassay"%>" 
216      />
217      <tbl:button 
218        disabled="<%=deletePermission ? false : true%>" 
219        image="<%=deletePermission ? "delete.gif" : "delete_disabled.gif"%>" 
220        onclick="deleteItem()" 
221        title="Delete"
222        visible="<%=!bioAssay.isRemoved()%>"
223        tooltip="<%=deletePermission ? "Delete this bioassay" : "You do not have permission to delete this bioassay"%>" 
224      />
225      <tbl:button 
226        disabled="<%=writePermission ? false : true%>" 
227        image="<%=writePermission ? "restore.gif" : "restore_disabled.gif"%>" 
228        onclick="restoreItem()" 
229        title="Restore"
230        visible="<%=bioAssay.isRemoved()%>"
231        tooltip="<%=writePermission ? "Restore this bioassay" : "You do not have permission to restore this bioassay"%>" 
232      />
233      <tbl:button 
234        disabled="<%=sharePermission ? false : true%>"
235        image="<%=sharePermission ? "share.gif" : "share_disabled.gif"%>"
236        onclick="shareItem()" 
237        title="Share&hellip;" 
238        tooltip="<%=sharePermission ? "Share this bioassay to other user, groups and projects" : "You do not have permission to share this bioassay"%>"
239      />
240      <tbl:button 
241        disabled="<%=setOwnerPermission ? false : true%>"
242        image="<%=setOwnerPermission ? "take_ownership.png" : "take_ownership_disabled.png"%>"
243        onclick="setOwner()" 
244        title="Set owner&hellip;"
245        tooltip="<%=setOwnerPermission ? "Change owner of this item" : "You do not have permission to change ownership of this item"%>"
246      />
247      <tbl:button
248        image="add.png"
249        onclick="newChildBioAssay()"
250        title="New child bioassay&hellip;"
251        tooltip="Create a child bioassay from this bioassay"
252        visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.DERIVEDBIOASSAY) && usePermission%>"
253      />
254      <tbl:button
255        image="add.png"
256        onclick="newRawBioAssay()"
257        title="New raw bioassay&hellip;"
258        tooltip="Create a raw bioassay from this bioassay"
259        visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.RAWBIOASSAY) && usePermission%>"
260      />
261      <tbl:button 
262        image="import.gif" 
263        onclick="runItemPlugin('ImportItem')" 
264        title="Import&hellip;" 
265        tooltip="Import data" 
266        visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
267      />
268      <tbl:button 
269        image="export.gif" 
270        onclick="runItemPlugin('ExportItem')" 
271        title="Export&hellip;" 
272        tooltip="Export data" 
273        visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
274      />
275      <tbl:button 
276        image="runplugin.gif" 
277        onclick="runItemPlugin('RunPlugin')"
278        title="Run plugin&hellip;" 
279        tooltip="Run a plugin" 
280        visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
281      />
282      <ext:render extensions="<%=toolbarInvoker%>" context="<%=jspContext%>" 
283        wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
284      <tbl:button
285        image="help.gif"
286        onclick="<%="Main.openHelp('" + ID +"', 'derivedbioassay.view.properties')"%>"
287        title="Help&hellip;"
288        tooltip="Get help about this page"
289      />
290      </tbl:toolbar>
291    <div class="boxedbottom">
292      <div class="itemstatus">Permissions on this item: <i><%=PermissionUtil.getFullPermissionNames(bioAssay)%></i></div>
293      <%
294      if (isRemoved || bioAssay.isShared())
295      {
296        %>
297        <div class="itemstatus">
298          <base:icon 
299            image="<%=deletePermanentlyPermission ? "deleted.gif" : "deleted_disabled.gif"%>"
300            onclick="<%=deletePermanentlyPermission ? "deleteItemPermanently()" : null%>"
301            tooltip="<%=deletePermanentlyPermission ? "Permanently delete this item" : null%>"
302            visible="<%=isRemoved%>"> This item has been flagged for deletion<br></base:icon>
303          <base:icon image="used.gif" 
304            onclick="showUsingItems()"
305            tooltip="Show the items that are using this one"
306            visible="<%=isUsed%>"> This item is used by other items and can't be permanently deleted<br></base:icon>
307          <base:icon image="shared.gif" 
308            visible="<%=bioAssay.isShared()%>"> This item is shared to other users, groups and/or projects</base:icon>
309        </div>
310        <%
311      }
312      %>
313     
314      <table width="100%">
315      <tr valign="top">
316      <td width="50%">
317        <h4>Bioassay set</h4>
318        <table class="form" cellspacing=0>
319        <tr>
320          <td class="prompt">Name</td>
321          <td><%=HTML.encodeTags(bioAssay.getName())%></td>
322        </tr>
323        <tr>
324          <td class="prompt">Type</td>
325          <td><base:propertyvalue item="<%=bioAssay%>" property="itemSubtype" /></td>
326        </tr>
327        <tr>
328          <td class="prompt">Physical bioassay</td>
329          <td><base:propertyvalue item="<%=bioAssay%>" property="physicalBioAssay" /></td>
330        </tr>
331        <tr>
332          <td class="prompt">Parent bioassay</td>
333          <td><base:propertyvalue item="<%=bioAssay%>" property="parent" /></td>
334        </tr>
335        <tr>
336          <td class="prompt">Extract</td>
337          <td><base:propertyvalue item="<%=bioAssay%>" property="extract" /></td>
338        </tr>
339        <tr>
340          <td class="prompt">Protocol</td>
341          <td><base:propertyvalue item="<%=bioAssay%>" property="protocol" /></td>
342        </tr>
343        <tr>
344          <td class="prompt">Hardware</td>
345          <td><base:propertyvalue item="<%=bioAssay%>" property="hardware" /></td>
346        </tr>
347        <tr>
348          <td class="prompt">Software</td>
349          <td><base:propertyvalue item="<%=bioAssay%>" property="software" /></td>
350        </tr>
351        <tr>
352          <td class="prompt">Owner</td>
353          <td><base:propertyvalue item="<%=bioAssay%>" property="owner" /></td>
354        </tr>
355        <tr>
356          <td class="prompt">Description</td>
357          <td><%=HTML.niceFormat(bioAssay.getDescription())%></td>
358        </tr>
359        </table>
360       
361        <%
362        if (job != null)
363        {
364          %>
365          <h4>Job</h4>
366          <table class="form" cellspacing=0>
367 
368          <tr>
369            <td class="prompt">Job</td>
370            <td><%=Base.getLinkedName(ID, job, !readJob, false)%></td>
371          </tr>
372          <tr valign=top>
373            <td class="prompt">Started</td>
374            <td>
375              <%=dateTimeFormatter.format(job.getStarted())%>
376            </td>
377          </tr>
378          <tr valign=top>
379            <td class="prompt">Ended</td>
380            <td>
381              <%=dateTimeFormatter.format(job.getEnded())%>
382            </td>
383          </tr>
384          <tr valign=top>
385            <td class="prompt">Server</td>
386            <td>
387              <%=HTML.encodeTags(job.getServer())%>
388            </td>
389          </tr>
390          <tr>
391            <td class="prompt">Description</td>
392            <td><%=HTML.niceFormat(job.getDescription())%></td>
393          </tr>
394          </table>
395          <%
396        }
397        %>
398      </td>
399      <td width="50%">
400        <h4>Plugin &amp; parameters</h4>
401        <table class="form" cellspacing=0>
402        <tr>
403          <td class="prompt">Plugin</td>
404          <td><%=Base.getLinkedName(ID, plugin, 
405              !readPlugin, plugin != null && plugin.hasPermission(Permission.WRITE))%></td>
406        </tr>
407        <tr>
408          <td class="prompt">Plugin configuration</td>
409          <td><%=Base.getLinkedName(ID, configuration, !readConfiguration, 
410            configuration != null && configuration.hasPermission(Permission.WRITE))%></td>
411        </tr>
412        <%
413        if (job != null)
414        {
415          for (String name : job.getParameterNames())
416          {
417            StringBuilder sb = new StringBuilder();
418            String displayValue = "";
419            String description = "";
420            try
421            {
422              ParameterInfo pi = job.getParameterInfo(name);
423              if (pi.getLabel() != null) name = HTML.encodeTags(pi.getLabel());
424              description = HTML.encodeTags(pi.getDescription());
425              List<?> values = pi.getValues();
426              int i = 0;
427              for (Object value : values)
428              {
429                if (value != null)
430                {
431                  if (i > 0) sb.append(", ");
432                  i++;
433                  if (value instanceof BasicItem)
434                  {
435                    BasicItem item = (BasicItem)value;
436                    String itemName = "";
437                    if (item instanceof File)
438                    {
439                      itemName = ((File)item).getPath().toString();
440                    }
441                    else if (item instanceof Nameable)
442                    {
443                      itemName = ((Nameable)item).getName();
444                    }
445                    else
446                    {
447                      itemName = item.toString();
448                    }
449                    sb.append(Base.getLink(ID, HTML.encodeTags(itemName), 
450                      item.getType(), item.getId(), item.hasPermission(Permission.WRITE)));
451                  }
452                  else if (value instanceof Date)
453                  {
454                    sb.append(dateFormatter.format((Date)value));
455                  }
456                  else
457                  {
458                    sb.append(HTML.encodeTags(value.toString()));
459                  }
460                }
461              }
462              displayValue = sb.toString();
463            }
464            catch (Throwable ex)
465            {
466              displayValue = "<i>ERROR: "+ex.getMessage()+"</i>";
467            }
468            %>
469            <tr>
470            <td class="prompt"><span title="<%=description%>"><%=name%></span></td>
471              <td>
472                <%=displayValue%>
473              </td>
474            </tr>
475            <%
476          }
477        }
478        %>
479        </table>
480
481      </td>
482      </tr>
483      </table>
484     
485      <%
486      ItemQuery<DerivedBioAssay> childQuery = bioAssay.getChildren();
487      childQuery.include(Include.ALL);
488      childQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
489      ItemResultList<DerivedBioAssay> children = childQuery.list(dc);
490      if (children.size() == 0)
491      {
492        %>
493        <h4>Child bioassays</h4>
494        This bioassay doesn't have any child bioassays
495        (or you don't have permission to view them).
496        <%
497      }
498      else
499      {
500        %>
501        <base:section 
502          id="children"
503          title="<%="Child bioassays (" + children.size() + ")"%>"
504          context="<%=cc%>"
505          >
506          <tbl:table
507            id="children"
508            clazz="itemlist"
509            columns="all"
510            >
511          <tbl:columndef 
512            id="name"
513            title="Name"
514          />
515          <tbl:columndef 
516            id="itemSubtype"
517            title="Type"
518          />
519          <tbl:columndef 
520            id="description"
521            title="Description"
522          />
523          <tbl:data>
524            <tbl:columns>
525            </tbl:columns>
526            <tbl:rows>
527            <%
528            for (DerivedBioAssay item : children)
529            {
530              %>
531              <tbl:row>
532                <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
533                <tbl:cell column="itemSubtype"><base:propertyvalue item="<%=item%>" property="itemSubtype" /></tbl:cell>
534                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
535              </tbl:row>
536              <%
537            }
538            %>
539            </tbl:rows>
540          </tbl:data>
541          </tbl:table>
542        </base:section>
543        <%
544      }
545      %>
546 
547      <%
548      ItemQuery<RawBioAssay> rawQuery = bioAssay.getRawBioAssays();
549      rawQuery.include(Include.ALL);
550      rawQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
551      ItemResultList<RawBioAssay> rawBioAssays = rawQuery.list(dc);
552      if (rawBioAssays.size() == 0)
553      {
554        %>
555        <h4>Raw bioassays</h4>
556        This bioassay doesn't have any child raw bioassays
557        (or you don't have permission to view them).
558        <%
559      }
560      else
561      {
562        %>
563        <base:section 
564          id="children"
565          title="<%="Raw bioassays (" + rawBioAssays.size() + ")"%>"
566          context="<%=cc%>"
567          >
568          <tbl:table
569            id="rawBioAssays"
570            clazz="itemlist"
571            columns="all"
572            >
573          <tbl:columndef 
574            id="name"
575            title="Name"
576          />
577          <tbl:columndef 
578            id="platform"
579            title="Platform"
580          />
581          <tbl:columndef 
582            id="description"
583            title="Description"
584          />
585          <tbl:data>
586            <tbl:columns>
587            </tbl:columns>
588            <tbl:rows>
589            <%
590            for (RawBioAssay item : rawBioAssays)
591            {
592              %>
593              <tbl:row>
594                <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
595                <tbl:cell column="platform"><base:propertyvalue item="<%=item%>" property="platform" /></tbl:cell>
596                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
597              </tbl:row>
598              <%
599            }
600            %>
601            </tbl:rows>
602          </tbl:data>
603          </tbl:table>
604        </base:section>
605        <%
606      }
607      %>
608     
609      <jsp:include page="../../common/datafiles/list_files.jsp">
610        <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
611        <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
612        <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
613      </jsp:include>
614     
615      <jsp:include page="../../common/anytoany/list_anytoany.jsp">
616        <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
617        <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
618        <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
619        <jsp:param name="title" value="Other items related to this bioassay set" />
620      </jsp:include>
621      </div>
622      </t:tab>
623     
624      <t:tab id="annotations" title="Annotations &amp; parameters" 
625        tooltip="View annotation values and protocol parameters">
626        <div class="boxed">
627        <jsp:include page="../../common/annotations/list_annotations.jsp">
628          <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
629          <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
630          <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
631        </jsp:include>
632        </div>
633       
634      </t:tab>
635     
636      <t:tab id="overview" title="Overview" 
637        tooltip="Display a tree overview of related items">
638        <%
639        if ("overview".equals(tab))
640        {
641          %>
642          <jsp:include page="../../common/overview/overview.jsp">
643            <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
644            <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
645            <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
646          </jsp:include>
647          <%
648        }
649        %>
650      </t:tab>
651      <t:tab id="history" title="Change history" 
652        tooltip="Displays a log of all modifications made to this item"
653        visible="<%=ChangeHistoryUtil.showChangeHistoryTab(sc)%>">
654        <%
655        if ("history".equals(tab))
656        {
657          %>
658          <jsp:include page="../../common/history/frameset.jsp">
659            <jsp:param name="source_type" value="<%=itemType.name()%>" />
660            <jsp:param name="source_id" value="<%=itemId%>" />
661            <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
662          </jsp:include>
663          <%
664        }
665        %>
666      </t:tab>
667      </t:tabcontrol>
668
669  </base:body>
670  </base:page>
671  <%
672}
673finally
674{
675  if (dc != null) dc.close();
676}
677
678%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.