source: trunk/www/views/derivedbioassaysets/list_bioassaysets.jsp @ 5674

Last change on this file since 5674 was 5674, checked in by Nicklas Nordborg, 11 years ago

Fixes #1611: Checkbox enabled lists for enumerated annotations

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 22.7 KB
Line 
1<%-- $Id: list_bioassaysets.jsp 5674 2011-06-27 12:29:52Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2011 Nicklas Nordborg
4
5  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
6  Available at http://base.thep.lu.se/
7
8  BASE is free software; you can redistribute it and/or
9  modify it under the terms of the GNU General Public License
10  as published by the Free Software Foundation; either version 3
11  of the License, or (at your option) any later version.
12
13  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
14  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
15  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
16  GNU General Public License for more details.
17
18  You should have received a copy of the GNU General Public License
19  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  ------------------------------------------------------------------
21
22--%>
23<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
24  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
25  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
26  import="net.sf.basedb.core.Item"
27  import="net.sf.basedb.core.PhysicalBioAssay"
28  import="net.sf.basedb.core.DerivedBioAssaySet"
29  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
30  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
31  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
32  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
33  import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
34  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
35  import="net.sf.basedb.core.Include"
36  import="net.sf.basedb.core.Type"
37  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
38  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
39  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
40  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
41  import="net.sf.basedb.core.Permission"
42  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
43  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
44  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
45  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
46  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
47  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
48  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
49  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
50  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
51  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
52  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
53  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
54  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
55  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
56  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
57  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
58  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
59  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
60  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
63  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
64  import="net.sf.basedb.util.Values"
65  import="java.util.Iterator"
66  import="java.util.List"
67  import="java.util.Map"
68  import="java.util.Date"
69%>
70<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
71<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
72<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
73<%!
74  private static final Item itemType = Item.DERIVEDBIOASSAYSET;
75  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
76%>
77<%
78final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
79final String ID = sc.getId();
80final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
81final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
82
83final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
84final String callback = request.getParameter("callback");
85final String title = mode.generateTitle("derived bioassay set", "derived bioassay sets");
86final DbControl dc = sc.newDbControl();
87ItemResultIterator<DerivedBioAssaySet> bioAssaySets = null;
88ItemResultList<AnnotationType> annotationTypes = null;
89try
90{
91  final ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
92  final ItemQuery<ItemSubtype> subtypesQuery = Base.getSubtypesQuery(itemType);
93
94  // Query for extracts relatated to the current bioassay
95  /*
96  final ItemQuery<Extract> extractQuery = Extract.getQuery();
97  extractQuery.include(cc.getInclude());
98  extractQuery.join(Hql.innerJoin("sourceEvents", "srcevt"));
99  extractQuery.join(Hql.innerJoin("srcevt", "event", "evt"));
100  extractQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("evt", "physicalBioAssay"), Expressions.parameter("bioAssay")));
101  extractQuery.order(Orders.asc(Hql.property("srcevt", "sourceGroup")));
102  extractQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
103  */
104
105  // Query for child bioassay sets to the current bioassay set
106  final ItemQuery<DerivedBioAssaySet> childQuery = DerivedBioAssaySet.getQuery();
107  childQuery.include(cc.getInclude());
108  childQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("parent"), Expressions.parameter("bioAssaySet")));
109  childQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
110 
111  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
112  annotationTypes = annotationTypeQuery.list(dc);
113  try
114  {
115    final ItemQuery<DerivedBioAssaySet> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, DerivedBioAssaySet.getQuery(), mode);
116    bioAssaySets = query.iterate(dc);
117  }
118  catch (Throwable t)
119  {
120    cc.setMessage(t.getMessage());
121    t.printStackTrace();
122  }
123  int numListed = 0;
124  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
125  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
126  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
127  %>
128  <base:page title="<%=title==null ? "Derived bioassay sets" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>">
129  <base:head scripts="menu.js,table.js" styles="menu.css,table.css">
130    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
131    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
132    <script language="JavaScript">
133    var submitPage = 'index.jsp';
134    var formId = 'bioassaysets';
135    function newItem()
136    {
137      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', 0, true);
138    }
139    function editItem(itemId)
140    {
141      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, true);
142    }
143    function viewItem(itemId)
144    {
145      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, false);
146    }
147    function itemOnClick(evt, itemId)
148    {
149      Table.itemOnClick(formId, evt, itemId, '<%=mode.getName()%>', viewItem, editItem, returnSelected);
150    }
151    function deleteItems()
152    {
153      var frm = document.forms[formId];
154      if (Forms.numChecked(frm) == 0)
155      {
156        alert('Please select at least one item in the list');
157        return;
158      }
159      frm.action = submitPage;
160      frm.cmd.value = 'DeleteItems';
161      frm.submit();
162    }
163    function restoreItems()
164    {
165      var frm = document.forms[formId];
166      if (Forms.numChecked(frm) == 0)
167      {
168        alert('Please select at least one item in the list');
169        return;
170      }
171      frm.action = submitPage;
172      frm.cmd.value = 'RestoreItems';
173      frm.submit();
174    }
175    function deleteItemPermanently(itemId)
176    {
177      Main.deleteItemPermanently('<%=ID%>', true, '<%=itemType.name()%>', itemId);
178    }
179    function setOwner()
180    {
181      Table.setOwnerOfItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'SetOwnerOfItems');
182    }
183    function shareItem(itemId)
184    {
185      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ShareItem&item_id='+itemId, 'ShareItem', 600, 400);
186    }
187    function shareItems()
188    {
189      Table.shareItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'ShareItems');
190    }
191    function configureColumns()
192    {
193      Table.configureColumns('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
194    }
195    function runPlugin(cmd)
196    {
197      Table.submitToPopup(formId, cmd, 740, 540);
198    }
199    function returnSelected()
200    {
201      Table.returnSelected(formId, <%=callback != null ? "window.opener."+callback : "null" %>);
202      window.close();
203    }
204    function presetOnChange()
205    {
206      Table.presetOnChange('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
207    }
208    function newChildBioAssaySet(parentId)
209    {
210      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', 'DERIVEDBIOASSAYSET', 0, true, '&parent_id='+parentId);
211    }
212    </script>
213  </base:head>
214 
215  <base:body>
216    <%
217    if (cc.getMessage() != null)
218    {
219      %>
220      <div class="error"><%=cc.getMessage()%></div>
221      <%
222      cc.setMessage(null);
223    }
224    %>
225    <tbl:table 
226      id="bioassaysets" 
227      clazz="itemlist" 
228      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
229      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
230      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
231      title="<%=title%>"
232      action="index.jsp"
233      sc="<%=sc%>"
234      item="<%=itemType%>"
235      >
236      <tbl:hidden 
237        name="mode" 
238        value="<%=mode.getName()%>" 
239      />
240      <tbl:hidden 
241        name="callback" 
242        value="<%=callback%>" 
243        skip="<%=callback == null%>" 
244      />
245      <tbl:columndef 
246        id="name"
247        property="name"
248        datatype="string"
249        title="Name"
250        sortable="true" 
251        filterable="true"
252        exportable="true"
253        show="always" 
254      />
255      <tbl:columndef 
256        id="itemSubtype"
257        property="itemSubtype"
258        sortproperty="itemSubtype.name"
259        exportproperty="itemSubtype.name:string"
260        datatype="int"
261        enumeration="<%=Enumeration.fromItems(subtypesQuery.list(dc), "-none-")%>"
262        title="Type"
263        sortable="true" 
264        filterable="true"
265        exportable="true"
266      />
267      <tbl:columndef
268        id="id"
269        clazz="uniquecol"
270        property="id"
271        datatype="int"
272        title="ID"
273        sortable="true"
274        filterable="true"
275        exportable="true"
276      />
277      <tbl:columndef 
278        id="physicalBioAssay"
279        property="physicalBioAssay.name"
280        datatype="string"
281        title="Physical bioassay"
282        sortable="true" 
283        filterable="true"
284        exportable="true"
285      />
286      <tbl:columndef 
287        id="parent"
288        property="parent.name"
289        datatype="string"
290        title="Parent bioassay set"
291        sortable="true" 
292        filterable="true"
293        exportable="true"
294      />
295      <tbl:columndef
296        id="children"
297        title="Child bioassay sets"
298        property="&children(name)"
299        datatype="string"
300        filterable="true"
301        exportable="true"
302      />
303      <tbl:columndef 
304        id="protocol"
305        property="protocol.name"
306        datatype="string"
307        title="Protocol"
308        sortable="true" 
309        filterable="true"
310        exportable="true"
311      />
312      <tbl:columndef
313        id="hardware"
314        property="hardware.name"
315        datatype="string"
316        title="Hardware"
317        sortable="true"
318        filterable="true"
319        exportable="true"
320      />
321      <tbl:columndef
322        id="software"
323        property="software.name"
324        datatype="string"
325        title="Software"
326        sortable="true"
327        filterable="true"
328        exportable="true"
329      />
330      <tbl:columndef 
331        id="entryDate"
332        property="entryDate"
333        datatype="date"
334        title="Registered"
335        sortable="true" 
336        filterable="true"
337        exportable="true"
338        formatter="<%=dateFormatter%>"
339      />
340      <tbl:columndef 
341        id="owner"
342        property="owner.name"
343        datatype="string"
344        title="Owner"
345        sortable="true" 
346        filterable="true"
347        exportable="true"
348      />
349      <tbl:columndef 
350        id="description"
351        property="description"
352        datatype="string"
353        title="Description" 
354        sortable="true" 
355        filterable="true" 
356        exportable="true"
357      />
358      <%
359      for (AnnotationType at : annotationTypes)
360      {
361        Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
362        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
363        if (at.isEnumeration())
364        {
365          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
366          List<?> values = at.getValues();
367          for (Object value : values)
368          {
369            String encoded = formatter.format(value);
370            annotationEnum.add(encoded, encoded);
371          }
372        }
373        %>
374        <tbl:columndef 
375          id="<%="at"+at.getId()%>"
376          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+" [A]"%>" 
377          property="<%="#"+at.getId()%>"
378          annotation="true"
379          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
380          enumeration="<%=annotationEnum%>"
381          smartenum="<%=at.getDisplayAsList() %>"
382          sortable="false" 
383          filterable="true" 
384          exportable="true"
385          formatter="<%=formatter%>"
386          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
387        />
388        <%
389      }
390      %>
391      <tbl:columndef
392        id="permission"
393        title="Permission"
394      />
395      <tbl:columndef
396        id="sharedTo"
397        title="Shared to"
398        filterable="true"
399        filterproperty="!sharedTo.name"
400        datatype="string"
401      />
402      <tbl:toolbar
403        visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
404        >
405        <tbl:button 
406          disabled="<%=createPermission ? false : true%>" 
407          image="<%=createPermission ? "new.gif" : "new_disabled.gif"%>" 
408          onclick="newItem()" 
409          title="New&hellip;" 
410          tooltip="<%=createPermission ? "Create new derived bioassay set" : "You do not have permission to create derived bioassay sets"%>" 
411        />
412        <tbl:button 
413          image="delete.gif"
414          onclick="deleteItems()" 
415          title="Delete" 
416          tooltip="Delete the selected items" 
417        />
418        <tbl:button 
419          image="restore.gif"
420          onclick="restoreItems()" 
421          title="Restore" 
422          tooltip="Restore the selected (deleted) items"
423        />
424        <tbl:button 
425          image="share.gif"
426          onclick="shareItems()" 
427          title="Share&hellip;" 
428          tooltip="Share the selected items"
429        />
430        <tbl:button 
431          image="take_ownership.png"
432          onclick="setOwner()" 
433          title="Set owner&hellip;"
434          tooltip="Change owner of the selected items"
435        />
436        <tbl:button 
437          image="columns.gif" 
438          onclick="configureColumns()" 
439          title="Columns&hellip;" 
440          tooltip="Show, hide and re-order columns" 
441        />
442        <tbl:button 
443          image="import.gif" 
444          onclick="runPlugin('ImportItems')" 
445          title="Import&hellip;" 
446          tooltip="Import data" 
447          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
448        />
449        <tbl:button 
450          image="export.gif" 
451          onclick="runPlugin('ExportItems')" 
452          title="Export&hellip;" 
453          tooltip="Export data" 
454          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
455        />
456        <tbl:button 
457          image="runplugin.gif" 
458          onclick="runPlugin('RunListPlugin')" 
459          title="Run plugin&hellip;" 
460          tooltip="Run a plugin" 
461          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
462        />
463        <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
464          wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
465      </tbl:toolbar>
466      <tbl:navigator
467        page="<%=cc.getPage()%>" 
468        rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
469        totalrows="<%=bioAssaySets == null ? 0 : bioAssaySets.getTotalCount()%>" 
470        visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
471      />
472      <tbl:data>
473        <tbl:columns>
474        <tbl:presetselector 
475          clazz="columnheader"
476          colspan="3"
477          onchange="presetOnChange()"
478        />
479        </tbl:columns>
480
481        <tr>
482          <tbl:header 
483            clazz="index"
484            >&nbsp;</tbl:header>
485          <tbl:header 
486            clazz="check" 
487            visible="<%=mode.hasCheck()%>"
488            ><base:icon 
489              image="check_uncheck.gif" 
490              tooltip="Check/uncheck all" 
491              onclick="Forms.checkUncheck(document.forms[formId])" style="align: left;"
492            /></tbl:header>
493          <tbl:header 
494            clazz="check" 
495            visible="<%=mode.hasRadio()%>"
496            >&nbsp;</tbl:header>
497          <tbl:header 
498            clazz="icons" 
499            visible="<%=mode.hasIcons()%>"
500            >&nbsp;</tbl:header>
501          <tbl:propertyfilter />
502        </tr>
503         
504          <tbl:rows>
505          <%
506          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
507          int selectedItemId = cc.getId();
508          if (bioAssaySets != null)
509          {           
510            while (bioAssaySets.hasNext())
511            {
512              DerivedBioAssaySet item = bioAssaySets.next();
513              int itemId = item.getId();
514              boolean usePermission = item.hasPermission(Permission.USE);
515              String openSharePopup = "shareItem("+itemId+")";
516              String deletePermanently = "deleteItemPermanently("+itemId+")";
517              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
518              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
519              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
520              String tooltip = mode.isSelectionMode() ? 
521                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
522              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
523              index++;
524              numListed++;
525              %>
526              <tbl:row>
527                <tbl:header 
528                  clazz="index"
529                  ><%=index%></tbl:header>
530                <tbl:header 
531                  clazz="check" 
532                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
533                  ><input 
534                    type="checkbox" 
535                    name="<%=itemId%>" 
536                    value="<%=itemId%>" 
537                    title="<%=name%>" 
538                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
539                  ></tbl:header>
540                <tbl:header 
541                  clazz="check" 
542                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
543                  ><input 
544                    type="radio" 
545                    name="item_id" 
546                    value="<%=itemId%>" 
547                    title="<%=name%>" 
548                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
549                  ></tbl:header>
550                <tbl:header 
551                  clazz="icons" 
552                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
553                  ><base:icon 
554                    image="<%=deletePermission ? "deleted.gif" : "deleted_disabled.gif"%>"
555                    onclick="<%=deletePermission ? deletePermanently : null%>"
556                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
557                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
558                  /><base:icon 
559                    image="<%=sharePermission ? "shared.gif" : "shared_disabled.gif"%>" 
560                    onclick="<%=sharePermission ? openSharePopup : null%>"
561                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
562                    visible="<%=item.isShared()%>"
563                  />&nbsp;</tbl:header>
564                <tbl:cell column="name"><div class="link" 
565                  onclick="itemOnClick(<%=writePermission ? "event" : null%>, <%=itemId%>)" 
566                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
567                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
568                <tbl:cell column="itemSubtype"><base:propertyvalue 
569                    item="<%=item%>" 
570                    property="itemSubtype"
571                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
572                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
573                  /></tbl:cell>
574                <tbl:cell column="children">
575                  <%
576                  childQuery.setParameter("bioAssaySet", itemId, Type.INT);
577                  try
578                  {
579                    String separator = "";
580                    for (DerivedBioAssaySet child : childQuery.list(dc))
581                    {
582                      out.write(separator);
583                      if (mode.hasPropertyLink())
584                      {
585                        out.write(Base.getLinkedName(ID, child, false, mode.hasEditLink()));
586                      }
587                      else
588                      {
589                        out.write(HTML.encodeTags(child.getName()));
590                      }
591                      separator = ", ";
592                    }
593                  }
594                  catch (Throwable t)
595                  {
596                    %>
597                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
598                    <%
599                  }
600                  %>             
601                  <base:icon
602                    image="add.png" 
603                    onclick="<%="newChildBioAssaySet("+itemId+")"%>" 
604                    tooltip="Create new child bioassay set" 
605                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createPermission && usePermission %>"
606                  />
607                </tbl:cell>
608                <tbl:cell column="physicalBioAssay"
609                  ><base:propertyvalue 
610                    item="<%=item%>" 
611                    property="physicalBioAssay"
612                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
613                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
614                  /></tbl:cell>
615                <tbl:cell column="parent"
616                  ><base:propertyvalue 
617                    item="<%=item%>" 
618                    property="parent"
619                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
620                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
621                  /></tbl:cell>
622                <tbl:cell column="protocol"
623                  ><base:propertyvalue 
624                    item="<%=item%>" 
625                    property="protocol"
626                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
627                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
628                  /></tbl:cell>
629                <tbl:cell column="hardware"
630                  ><base:propertyvalue 
631                    item="<%=item%>"
632                    property="hardware"
633                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
634                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
635                  /></tbl:cell>
636                <tbl:cell column="hardware"
637                  ><base:propertyvalue 
638                    item="<%=item%>"
639                    property="software"
640                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
641                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
642                  /></tbl:cell>
643                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=item.getEntryDate()%>" />
644                <tbl:cell column="owner"
645                  ><base:propertyvalue 
646                    item="<%=item%>" 
647                    property="owner"
648                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
649                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
650                  /></tbl:cell>
651                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
652                <%
653                AnnotationSet as = item.isAnnotated() ? item.getAnnotationSet() : null;
654                if (as != null)
655                {
656                  for (AnnotationType at : annotationTypes)
657                  {
658                    if (as.hasAnnotation(at))
659                    {
660                      Annotation a = as.getAnnotation(at);
661                      String suffix = a.getUnitSymbol(null);
662                      if (suffix != null) suffix = "&nbsp;" + suffix;
663                      %>
664                      <tbl:cell 
665                        column="<%="at"+at.getId()%>"
666                        ><tbl:cellvalue 
667                          list="<%=a.getValues(null)%>"
668                          suffix="<%=suffix%>"
669                      /></tbl:cell>
670                      <%
671                    }
672                  }
673                }
674                %>
675                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
676                <tbl:cell column="sharedTo">
677                  <%
678                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
679                  while(sharees.hasNext())
680                  {
681                    Nameable n = sharees.next();
682                    if (mode.hasPropertyLink())
683                    {
684                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
685                    }
686                    else
687                    {
688                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
689                    }
690                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
691                  }
692                  %>
693                </tbl:cell>
694              </tbl:row>
695              <%
696              }
697            }
698          %>
699          </tbl:rows>
700      </tbl:data>
701      <%
702      if (numListed == 0)
703      {
704        %>
705        <tbl:panel><%=bioAssaySets == null || bioAssaySets.getTotalCount() == 0 ? "No bioassay sets were found" : "No bioassay sets on this page. Please select another page!" %></tbl:panel>
706        <%
707      }
708      else
709      {
710        %>
711        <tbl:navigator
712          page="<%=cc.getPage()%>" 
713          rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
714          totalrows="<%=bioAssaySets == null ? 0 : bioAssaySets.getTotalCount()%>" 
715          visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
716          locked="true"
717        />
718        <%
719      }
720      %>
721    </tbl:table>
722    <base:buttongroup align="center" clazz="fixedatbottom">
723      <base:button onclick="returnSelected();" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
724      <base:button onclick="window.close();" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
725      <base:button onclick="window.close();" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
726    </base:buttongroup>
727    <br><br><br>
728  </base:body>
729  </base:page>
730  <%
731}
732finally
733{
734  if (bioAssaySets != null) bioAssaySets.close();
735  if (dc != null) dc.close();
736}
737%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.