source: trunk/www/views/experiments/bioassays/list_bioassays.jsp @ 5674

Last change on this file since 5674 was 5674, checked in by Nicklas Nordborg, 12 years ago

Fixes #1611: Checkbox enabled lists for enumerated annotations
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 20.6 KB
Line 
1<%-- $Id: list_bioassays.jsp 5674 2011-06-27 12:29:52Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
31  import="net.sf.basedb.core.Experiment"
32  import="net.sf.basedb.core.BioAssaySet"
33  import="net.sf.basedb.core.BioAssay"
34  import="net.sf.basedb.core.RawBioAssay"
35  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
36  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
37  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
38  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
39  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
40  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
41  import="net.sf.basedb.core.Permission"
42  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
43  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
44  import="net.sf.basedb.core.RawDataType"
45  import="net.sf.basedb.core.Type"
46  import="net.sf.basedb.core.Include"
47  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
48  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
49  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
50  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
51  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
52  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
53  import="net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager"
54  import="net.sf.basedb.util.Tree"
55  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
56  import="net.sf.basedb.util.BioAssaySetUtil"
57  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
58  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
59  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
60  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
61  import="net.sf.basedb.util.Values"
62  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
63  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
64  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
65  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
66  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
67  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
68  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
69  import="java.util.List"
70  import="java.util.LinkedList"
71  import="java.util.Map"
72  import="java.util.HashMap"
73  import="java.util.Iterator"
74  import="java.util.Collection"
75%>
76<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
77<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
78<%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
79<%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
80<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
81<%!
82  private static final Item itemType = Item.BIOASSAY;
83  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
84%>
85<%
86final int bioAssaySetId = Values.getInt(request.getParameter("bioassayset_id"));
87final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
88final String ID = sc.getId();
89final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
90
91final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
92final String callback = request.getParameter("callback");
93final String title = mode.generateTitle("bioassay", "bioassays");
94final DbControl dc = sc.newDbControl();
95ItemResultIterator<BioAssay> bioAssays = null;
96ItemResultList<AnnotationType> annotationTypes = null;
97ItemResultList<AnnotationType> experimentalFactors = null;
98try
99{
100  final ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
101  final BioAssaySet bioAssaySet = BioAssaySet.getById(dc, bioAssaySetId);
102  final Experiment experiment = bioAssaySet.getExperiment();
103  final boolean hasDbSpots = bioAssaySet.getNumSpots() > 0;
104  final ItemQuery<AnnotationType> experimentalFactorQuery = experiment.getExperimentalFactors();
105  experimentalFactorQuery.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.IN_PROJECT, Include.OTHERS);
106  final int experimentId = experiment.getId();
107  final RawDataType rawDataType = experiment.getRawDataType();
108  final boolean createPermission = experiment.hasPermission(Permission.WRITE);
109  final boolean deletePermission = createPermission;
110  final boolean writePermission = createPermission;
111
112  // Query for raw bioassays related to the current bioassay
113  final ItemQuery<RawBioAssay> rawQuery = RawBioAssay.getQuery();
114  rawQuery.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.IN_PROJECT, Include.OTHERS);
115  rawQuery.join(Hql.innerJoin("bioAssays", "bas"));
116  rawQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("bas"), Expressions.parameter("bioAssay"))); 
117  rawQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
118 
119  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
120  annotationTypes = annotationTypeQuery.list(dc);
121  experimentalFactors = experimentalFactorQuery.list(dc);
122  final SnapshotManager snapshotManager = new SnapshotManager();
123  try
124  {
125    final ItemQuery<BioAssay> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, bioAssaySet.getBioAssays(), mode);
126    query.join(Hql.leftJoin("rawParents", "rba"));
127    query.setDistinct(true);
128    bioAssays = query.iterate(dc);
129  }
130  catch (Throwable t)
131  {
132    t.printStackTrace();
133    cc.setMessage(t.getMessage());
134  }
135  int numListed = 0;
136  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, 
137      guiContext, bioAssaySet);
138  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
139  ExtensionsInvoker overviewPlotInvoker = ExtensionsControl.useExtensions(jspContext, 
140      "net.sf.basedb.clients.web.bioassayset.overviewplots");
141  %>
142  <base:page title="<%=title%>" type="<%=mode.getPageType()%>">
143  <base:head scripts="table.js,tabcontrol.js" styles="table.css,headertabcontrol.css,path.css">
144    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
145    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
146    <script language="JavaScript">
147    var submitPage = 'index.jsp';
148    var formId = 'bioAssaySets';
149    function editItem(itemId)
150    {
151      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, true);
152    }
153    function viewItem(itemId)
154    {
155      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, false);
156    }
157    function itemOnClick(evt, itemId)
158    {
159      Table.itemOnClick(formId, evt, itemId, '<%=mode.getName()%>', viewItem, editItem, returnSelected);
160    }
161    function configureColumns()
162    {
163      Table.configureColumns('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
164    }
165    function runPlugin(cmd)
166    {
167      Table.submitToPopup(formId, cmd, 740, 540);
168    }
169    function returnSelected()
170    {
171      Table.returnSelected(formId, <%=callback != null ? "window.opener."+callback : "null" %>);
172      window.close();
173    }
174    function presetOnChange()
175    {
176      Table.presetOnChange('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
177    }
178    function switchTab(tabControlId, tabId)
179    {
180      if (tabId == 'properties' || tabId == 'overviewplots' || tabId == 'annotations')
181      {
182        location.href = '../bioassaysets/index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ViewItem&experiment_id=<%=experiment.getId()%>&item_id=<%=bioAssaySetId%>&tab='+tabId;
183      }
184      else if (tabId == 'spotdata')
185      {
186        location.href = '../spotdata/index.jsp?ID=<%=ID%>&experiment_id=<%=experimentId%>&bioassayset_id=<%=bioAssaySetId%>';
187      }
188      else
189      {
190        TabControl.setActiveTab(tabControlId, tabId);
191      }
192    }
193    function openPlotTool(bioAssayId)
194    {
195      Main.openPopup('../plotter/index.jsp?ID=<%=ID%>&bioassay_id='+bioAssayId, 'Plotter', 1000, 700);
196    }
197    function viewSpotData(bioAssayId)
198    {
199      location.href = '../spotdata/index.jsp?ID=<%=ID%>&bioassay_id='+bioAssayId;
200    }
201    </script>
202  </base:head>
203 
204  <base:body>
205    <p>
206    <%
207    if (!mode.isSelectionMode())
208    {
209      %>
210      <p:path>
211        <p:pathelement title="Experiments" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>" />
212        <p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(experiment.getName())%>" 
213          href="<%="../bioassaysets/index.jsp?ID="+ID+"&experiment_id="+experiment.getId()%>" />
214        <p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(bioAssaySet.getName())%>" />
215      </p:path>
216      <%
217    }
218    %>
219
220    <t:tabcontrol id="main" active="bioassays" switch="switchTab" notabs="<%=mode.isSelectionMode()%>">
221    <t:tab id="properties" title="Properties" />
222   
223    <t:tab id="annotations" title="Annotations" 
224        tooltip="View annotation values" />
225   
226    <t:tab id="bioassays" title="Bioassays">
227    <%
228    if (cc.getMessage() != null)
229    {
230      %>
231      <div class="error"><%=cc.getMessage()%></div>
232      <%
233      cc.setMessage(null);
234    }
235    %>
236    <tbl:table 
237      id="bioAssaySets" 
238      clazz="itemlist" 
239      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
240      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
241      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
242      title="<%=title%>"
243      action="index.jsp"
244      sc="<%=sc%>"
245      item="<%=itemType%>"
246      >
247      <tbl:hidden 
248        name="mode" 
249        value="<%=mode.getName()%>" 
250      />
251      <tbl:hidden 
252        name="bioassayset_id" 
253        value="<%=String.valueOf(bioAssaySetId)%>" 
254      />
255      <tbl:hidden 
256        name="callback" 
257        value="<%=callback%>" 
258        skip="<%=callback == null%>" 
259      />
260      <tbl:columndef 
261        id="name"
262        property="name"
263        datatype="string"
264        title="Name"
265        sortable="true" 
266        filterable="true"
267        exportable="true"
268        show="always" 
269      />
270      <tbl:columndef 
271        id="id"
272        clazz="uniquecol"
273        property="id"
274        datatype="int"
275        title="ID"
276        sortable="true"
277        filterable="true"
278        exportable="true"
279      />
280      <tbl:columndef 
281        id="spots"
282        property="numSpots"
283        datatype="int"
284        title="Spots in db"
285        sortable="true" 
286        filterable="true"
287        exportable="true"
288      />
289      <tbl:columndef 
290        id="fileSpots"
291        property="numFileSpots"
292        datatype="int"
293        title="Spots in file"
294        sortable="true" 
295        filterable="true"
296        exportable="true"
297      />
298      <tbl:columndef
299        id="rawBioAssays"
300        title="Raw bioassays"
301      />
302      <tbl:columndef 
303        id="description"
304        property="description"
305        datatype="string"
306        title="Description" 
307        sortable="true" 
308        filterable="true" 
309        exportable="true"
310      />
311      <tbl:columndef 
312        id="tools"
313        title="Tools" 
314        show="<%=mode.isSelectionMode() ? "never" : "auto"%>"
315      />
316      <%
317      for (AnnotationType at : annotationTypes)
318      {
319        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
320        Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
321        if (at.isEnumeration())
322        {
323          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
324          List<?> values = at.getValues();
325          for (Object value : values)
326          {
327            String encoded = formatter.format(value);
328            annotationEnum.add(encoded, encoded);
329          }
330        }
331        %>
332        <tbl:columndef 
333          id="<%="at"+at.getId()%>"
334          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+" [A]"%>" 
335          property="<%="#"+at.getId()%>"
336          annotation="true"
337          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
338          enumeration="<%=annotationEnum%>"
339          smartenum="<%=at.getDisplayAsList() %>"
340          sortable="false" 
341          filterable="true" 
342          exportable="true"
343          formatter="<%=formatter%>"
344          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
345        />
346        <%
347      }
348      %>
349      <%
350      for (AnnotationType at : experimentalFactors)
351      {
352        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
353        Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
354        if (at.isEnumeration())
355        {
356          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
357          List<?> values = at.getValues();
358          for (Object value : values)
359          {
360            String encoded = formatter.format(value);
361            annotationEnum.add(encoded, encoded);
362          }
363        }
364        %>
365        <tbl:columndef 
366          id="<%="ef"+at.getId()%>"
367          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+" [EF]"%>" 
368          property="<%="$rba.##"+at.getId()%>"
369          exportproperty="<%="#" + at.getId() %>"
370          annotation="true"
371          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
372          enumeration="<%=annotationEnum%>"
373          sortable="false" 
374          filterable="true" 
375          exportable="true"
376          formatter="<%=formatter%>"
377        />
378        <%
379      }
380      %>
381      <tbl:toolbar
382        visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
383        >
384        <tbl:button 
385          image="columns.gif" 
386          onclick="configureColumns()" 
387          title="Columns&hellip;" 
388          tooltip="Show, hide and re-order columns" 
389        />
390        <tbl:button 
391          image="import.gif" 
392          onclick="runPlugin('ImportItems')" 
393          title="Import&hellip;" 
394          tooltip="Import data" 
395          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
396        />
397        <tbl:button 
398          image="export.gif" 
399          onclick="runPlugin('ExportItems')" 
400          title="Export&hellip;" 
401          tooltip="Export data" 
402          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
403        />
404        <tbl:button
405          disabled="<%=!createPermission%>"
406          image="<%=createPermission ? "filter.gif" : "filter_disabled.gif"%>"
407          onclick="<%="runPlugin('NewFilteredBioAssaySet')"%>"
408          title="Filter bioassay set&hellip;"
409          tooltip="<%=createPermission ? 
410            "Create a new bioassay set by filtering this bioassayset" :
411            "You do not have permission analyze this experiment"%>"
412          visible="<%=!mode.isSelectionMode()%>"
413        />
414        <tbl:button 
415          image="runplugin.gif" 
416          onclick="runPlugin('RunListPlugin')" 
417          title="Run plugin&hellip;" 
418          tooltip="Run a plugin" 
419          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER) && !mode.isSelectionMode()%>"
420        />
421        <tbl:button 
422          disabled="<%=!createPermission%>"
423          image="<%=createPermission ? "runplugin.gif" : "runplugin_disabled.gif"%>" 
424          onclick="<%="runPlugin('RunListAnalysisPlugin')"%>"
425          title="Run analysis&hellip;" 
426          tooltip="<%=createPermission ? "Run an analysis plugin" : 
427            "You do not have permission to analyze this experiment"%>"
428          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.ANALYZE) && !mode.isSelectionMode()%>"
429        />
430        <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
431          wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
432      </tbl:toolbar>
433      <tbl:navigator
434        page="<%=cc.getPage()%>" 
435        rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
436        totalrows="<%=bioAssays == null ? 0 : bioAssays.getTotalCount()%>" 
437        visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
438      />
439      <tbl:data>
440        <tbl:columns>
441        <tbl:presetselector 
442          clazz="columnheader"
443          colspan="3"
444          onchange="presetOnChange()"
445        />
446        </tbl:columns>
447        <tr>
448          <tbl:header 
449            clazz="index"
450            >&nbsp;</tbl:header>
451          <tbl:header 
452            clazz="check" 
453            visible="<%=mode.hasCheck()%>"
454            ><base:icon 
455              image="check_uncheck.gif" 
456              tooltip="Check/uncheck all" 
457              onclick="Forms.checkUncheck(document.forms[formId])" style="align: left;"
458            /></tbl:header>
459          <tbl:header 
460            clazz="check" 
461            visible="<%=mode.hasRadio()%>"
462            />
463          <tbl:header 
464            clazz="icons" 
465            visible="<%=mode.hasIcons()%>"
466            >&nbsp;</tbl:header>
467          <tbl:propertyfilter />
468        </tr>
469   
470          <tbl:rows>
471          <%
472          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
473          int selectedItemId = cc.getId();
474          if (bioAssays != null)
475          {           
476            while (bioAssays.hasNext())
477            {
478              BioAssay item = bioAssays.next();
479              boolean bioAssayHasDbSpots = item.getNumSpots() > 0;
480              int itemId = item.getId();
481              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
482              String tooltip = mode.isSelectionMode() ?
483                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
484              index++;
485              numListed++;         
486              %>
487              <tbl:row>
488                <tbl:header 
489                  clazz="index"
490                  ><%=index%></tbl:header>
491                <tbl:header 
492                  clazz="check" 
493                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
494                  ><input 
495                      type="checkbox" 
496                      name="<%=itemId%>" 
497                      value="<%=itemId%>" 
498                      title="<%=name%>" 
499                      <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%>
500                    ></tbl:header>
501                <tbl:header 
502                  clazz="check" 
503                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
504                  ><input 
505                      type="radio" 
506                      name="item_id" 
507                      value="<%=itemId%>" 
508                      title="<%=name%>" 
509                      <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
510                    ></tbl:header>
511                <tbl:header 
512                  clazz="icons" 
513                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
514                  >&nbsp;</tbl:header>
515                <tbl:cell column="name"><div class="link" 
516                  onclick="itemOnClick(<%=writePermission ? "event" : null%>, <%=itemId%>)" 
517                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
518                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
519                <tbl:cell column="spots"><%=item.getNumSpots()%></tbl:cell>
520                <tbl:cell column="fileSpots"><%=item.getNumFileSpots()%></tbl:cell>
521                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
522                <tbl:cell column="rawBioAssays">
523                  <%
524                  rawQuery.setParameter("bioAssay", itemId, Type.INT);
525                  try
526                  {
527                    String separator = "";
528                    for (RawBioAssay rba : rawQuery.list(dc))
529                    {
530                      out.write(separator);
531                      if (mode.hasPropertyLink())
532                      {
533                        out.write(Base.getLinkedName(ID, rba, false, mode.hasEditLink()));
534                      }
535                      else
536                      {
537                        out.write(HTML.encodeTags(rba.getName()));
538                      }
539                      separator = ", ";
540                    }
541                  }
542                  catch (Throwable t)
543                  {
544                    %>
545                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
546                    <%
547                  }
548                  %>
549                </tbl:cell>
550                <%
551                AnnotationSet as = item.isAnnotated() ? item.getAnnotationSet() : null;
552                if (as != null)
553                {
554                  for (AnnotationType at : annotationTypes)
555                  {
556                    if (as.hasAnnotation(at))
557                    {
558                      Annotation a = as.getAnnotation(at);
559                      String suffix = a.getUnitSymbol(null);
560                      if (suffix != null) suffix = "&nbsp;" + suffix;
561                      %>
562                      <tbl:cell 
563                        column="<%="at"+at.getId()%>"
564                        ><tbl:cellvalue 
565                          list="<%=a.getValues(null)%>"
566                          suffix="<%=suffix%>"
567                      /></tbl:cell>
568                      <%
569                    }
570                  }
571                }
572                for (AnnotationType at : experimentalFactors)
573                {
574                  %>
575                  <tbl:cell column="<%="ef"+at.getId()%>"
576                    ><tbl:cellvalue
577                    list="<%=BioAssaySetUtil.getAnnotationValues(dc, snapshotManager, item, at)%>"
578                  /></tbl:cell>
579                  <%
580                }               
581                %>
582                <tbl:cell column="tools">
583                  <nobr>
584                  <% 
585                  if (bioAssayHasDbSpots) 
586                  {
587                    %>
588                    <a href="javascript:openPlotTool(<%=itemId%>)" 
589                      title="A simple plot tool"><img 
590                      src="../../../images/plotter.gif" border="0"></a>
591                    <a href="javascript:viewSpotData(<%=itemId%>)"
592                      title="View spot data as a table"><img 
593                      src="../../../images/table.gif" border="0"></a>
594                    <%
595                  }
596                  %>
597                  </nobr>
598                </tbl:cell>
599              </tbl:row>
600              <%
601            }
602          }
603          %>
604          </tbl:rows>
605        </tbl:data>
606      <%
607      if (numListed == 0)
608      {
609        %>
610        <tbl:panel><%=bioAssays == null || bioAssays.getTotalCount() == 0 ? "No bioassays were found" : "No bioassays on this page. Please select another page!" %></tbl:panel>
611        <%
612      }
613      else
614      {
615        %>
616        <tbl:navigator
617          page="<%=cc.getPage()%>" 
618          rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
619          totalrows="<%=bioAssays == null ? 0 : bioAssays.getTotalCount()%>" 
620          visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
621          locked="true"
622        />
623        <%
624      }
625      %>
626
627    </tbl:table>
628    <base:buttongroup align="center" clazz="fixedatbottom">
629      <base:button onclick="returnSelected();" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
630      <base:button onclick="window.close();" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
631      <base:button onclick="window.close();" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
632    </base:buttongroup>
633    </t:tab>
634   
635    <t:tab id="spotdata" title="Spot data" visible="<%=hasDbSpots%>" />
636   
637    <t:tab id="overviewplots" title="Overview plots" 
638      visible="<%=overviewPlotInvoker.getNumExtensions() > 0%>" />
639   
640    </t:tabcontrol>
641
642  </base:body>
643  </base:page>
644  <%
645}
646finally
647{
648  if (bioAssays != null) bioAssays.close();
649  if (dc != null) dc.close();
650}
651%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.