source: trunk/www/views/experiments/bioassays/list_bioassays.jsp @ 5952

Last change on this file since 5952 was 5952, checked in by Nicklas Nordborg, 10 years ago

References #1655: GUI improvements

List page in the View menu

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 20.6 KB
Line 
1<%-- $Id: list_bioassays.jsp 5952 2012-02-10 12:27:27Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
31  import="net.sf.basedb.core.Experiment"
32  import="net.sf.basedb.core.BioAssaySet"
33  import="net.sf.basedb.core.BioAssay"
34  import="net.sf.basedb.core.RawBioAssay"
35  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
36  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
37  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
38  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
39  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
40  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
41  import="net.sf.basedb.core.Permission"
42  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
43  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
44  import="net.sf.basedb.core.RawDataType"
45  import="net.sf.basedb.core.Type"
46  import="net.sf.basedb.core.Include"
47  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
48  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
49  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
50  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
51  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
52  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
53  import="net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager"
54  import="net.sf.basedb.util.Tree"
55  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
56  import="net.sf.basedb.util.BioAssaySetUtil"
57  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
58  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
59  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
60  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
61  import="net.sf.basedb.util.Values"
62  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
63  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
64  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
65  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
66  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
67  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
68  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
69  import="java.util.List"
70  import="java.util.LinkedList"
71  import="java.util.Map"
72  import="java.util.HashMap"
73  import="java.util.Iterator"
74  import="java.util.Collection"
75%>
76<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
77<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
78<%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
79<%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
80<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
81<%!
82  private static final Item itemType = Item.BIOASSAY;
83  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
84%>
85<%
86final int bioAssaySetId = Values.getInt(request.getParameter("bioassayset_id"));
87final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
88final String ID = sc.getId();
89final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
90
91final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
92final String callback = request.getParameter("callback");
93final String title = mode.generateTitle("bioassay", "bioassays");
94final DbControl dc = sc.newDbControl();
95ItemResultIterator<BioAssay> bioAssays = null;
96ItemResultList<AnnotationType> annotationTypes = null;
97ItemResultList<AnnotationType> experimentalFactors = null;
98try
99{
100  final ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
101  final BioAssaySet bioAssaySet = BioAssaySet.getById(dc, bioAssaySetId);
102  final Experiment experiment = bioAssaySet.getExperiment();
103  final boolean hasDbSpots = bioAssaySet.getNumSpots() > 0;
104  final ItemQuery<AnnotationType> experimentalFactorQuery = experiment.getExperimentalFactors();
105  experimentalFactorQuery.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.IN_PROJECT, Include.OTHERS);
106  final int experimentId = experiment.getId();
107  final RawDataType rawDataType = experiment.getRawDataType();
108  final boolean createPermission = experiment.hasPermission(Permission.WRITE);
109  final boolean deletePermission = createPermission;
110  final boolean writePermission = createPermission;
111
112  // Query for raw bioassays related to the current bioassay
113  final ItemQuery<RawBioAssay> rawQuery = RawBioAssay.getQuery();
114  rawQuery.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.IN_PROJECT, Include.OTHERS);
115  rawQuery.join(Hql.innerJoin("bioAssays", "bas"));
116  rawQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("bas"), Expressions.parameter("bioAssay"))); 
117  rawQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
118 
119  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
120  annotationTypes = annotationTypeQuery.list(dc);
121  experimentalFactors = experimentalFactorQuery.list(dc);
122  final SnapshotManager snapshotManager = new SnapshotManager();
123  try
124  {
125    final ItemQuery<BioAssay> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, bioAssaySet.getBioAssays(), mode);
126    query.join(Hql.leftJoin("rawParents", "rba"));
127    query.setDistinct(true);
128    bioAssays = query.iterate(dc);
129  }
130  catch (Throwable t)
131  {
132    t.printStackTrace();
133    cc.setMessage(t.getMessage());
134  }
135  int numListed = 0;
136  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, 
137      guiContext, bioAssaySet);
138  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
139  ExtensionsInvoker overviewPlotInvoker = ExtensionsControl.useExtensions(jspContext, 
140      "net.sf.basedb.clients.web.bioassayset.overviewplots");
141  %>
142  <base:page title="<%=title%>" type="<%=mode.getPageType()%>">
143  <base:head scripts="table.js,tabcontrol.js" styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css">
144    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
145    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
146    <script language="JavaScript">
147    var submitPage = 'index.jsp';
148    var formId = 'bioAssaySets';
149    function editItem(itemId)
150    {
151      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, true);
152    }
153    function viewItem(itemId)
154    {
155      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, false);
156    }
157    function itemOnClick(evt, itemId)
158    {
159      Table.itemOnClick(formId, evt, itemId, '<%=mode.getName()%>', viewItem, editItem, returnSelected);
160    }
161    function configureColumns()
162    {
163      Table.configureColumns('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
164    }
165    function runPlugin(cmd)
166    {
167      Table.submitToPopup(formId, cmd, 750, 500);
168    }
169    function returnSelected()
170    {
171      Table.returnSelected(formId, <%=callback != null ? "window.opener."+callback : "null" %>);
172      window.close();
173    }
174    function presetOnChange()
175    {
176      Table.presetOnChange('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
177    }
178    function switchTab(tabControlId, tabId)
179    {
180      if (tabId == 'properties' || tabId == 'overviewplots' || tabId == 'annotations')
181      {
182        location.href = '../bioassaysets/index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ViewItem&experiment_id=<%=experiment.getId()%>&item_id=<%=bioAssaySetId%>&tab='+tabId;
183      }
184      else if (tabId == 'spotdata')
185      {
186        location.href = '../spotdata/index.jsp?ID=<%=ID%>&experiment_id=<%=experimentId%>&bioassayset_id=<%=bioAssaySetId%>';
187      }
188      else
189      {
190        TabControl.setActiveTab(tabControlId, tabId);
191      }
192    }
193    function openPlotTool(bioAssayId)
194    {
195      Main.openPopup('../plotter/index.jsp?ID=<%=ID%>&bioassay_id='+bioAssayId, 'Plotter', 1050, 700);
196    }
197    function viewSpotData(bioAssayId)
198    {
199      location.href = '../spotdata/index.jsp?ID=<%=ID%>&bioassay_id='+bioAssayId;
200    }
201    </script>
202  </base:head>
203 
204  <base:body>
205    <%
206    if (!mode.isSelectionMode())
207    {
208      %>
209      <p:path><p:pathelement 
210        title="Experiments" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>" 
211        /><p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(experiment.getName())%>" 
212          href="<%="../bioassaysets/index.jsp?ID="+ID+"&experiment_id="+experiment.getId()%>" 
213        /><p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(bioAssaySet.getName())%>"
214        /></p:path>
215      <%
216    }
217    else
218    {
219      %>
220      <h1><%=title %></h1>
221      <%
222    }
223    %>
224    <t:tabcontrol 
225      id="main"
226      subclass="mastertabcontrol content"
227      active="bioassays" switch="switchTab">
228    <t:tab id="properties" title="Properties" />
229   
230    <t:tab id="annotations" title="Annotations" 
231        tooltip="View annotation values" />
232   
233    <t:tab id="bioassays" title="Bioassays">
234    <tbl:table 
235      id="bioAssaySets" 
236      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
237      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
238      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
239      action="index.jsp"
240      sc="<%=sc%>"
241      item="<%=itemType%>"
242      subclass="fulltable"
243      >
244      <tbl:hidden 
245        name="mode" 
246        value="<%=mode.getName()%>" 
247      />
248      <tbl:hidden 
249        name="bioassayset_id" 
250        value="<%=String.valueOf(bioAssaySetId)%>" 
251      />
252      <tbl:hidden 
253        name="callback" 
254        value="<%=callback%>" 
255        skip="<%=callback == null%>" 
256      />
257      <tbl:columndef 
258        id="name"
259        property="name"
260        datatype="string"
261        title="Name"
262        sortable="true" 
263        filterable="true"
264        exportable="true"
265        show="always" 
266      />
267      <tbl:columndef 
268        id="id"
269        clazz="uniquecol"
270        property="id"
271        datatype="int"
272        title="ID"
273        sortable="true"
274        filterable="true"
275        exportable="true"
276      />
277      <tbl:columndef 
278        id="spots"
279        property="numSpots"
280        datatype="int"
281        title="Spots in db"
282        sortable="true" 
283        filterable="true"
284        exportable="true"
285      />
286      <tbl:columndef 
287        id="fileSpots"
288        property="numFileSpots"
289        datatype="int"
290        title="Spots in file"
291        sortable="true" 
292        filterable="true"
293        exportable="true"
294      />
295      <tbl:columndef
296        id="rawBioAssays"
297        title="Raw bioassays"
298      />
299      <tbl:columndef 
300        id="description"
301        property="description"
302        datatype="string"
303        title="Description" 
304        sortable="true" 
305        filterable="true" 
306        exportable="true"
307      />
308      <tbl:columndef 
309        id="tools"
310        title="Tools" 
311        show="<%=mode.isSelectionMode() ? "never" : "auto"%>"
312      />
313      <%
314      for (AnnotationType at : annotationTypes)
315      {
316        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
317        Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
318        if (at.isEnumeration())
319        {
320          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
321          List<?> values = at.getValues();
322          for (Object value : values)
323          {
324            String encoded = formatter.format(value);
325            annotationEnum.add(encoded, encoded);
326          }
327        }
328        %>
329        <tbl:columndef 
330          id="<%="at"+at.getId()%>"
331          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+" [A]"%>" 
332          property="<%="#"+at.getId()%>"
333          annotation="true"
334          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
335          enumeration="<%=annotationEnum%>"
336          smartenum="<%=at.getDisplayAsList() %>"
337          sortable="false" 
338          filterable="true" 
339          exportable="true"
340          formatter="<%=formatter%>"
341          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
342        />
343        <%
344      }
345      %>
346      <%
347      for (AnnotationType at : experimentalFactors)
348      {
349        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
350        Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
351        if (at.isEnumeration())
352        {
353          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
354          List<?> values = at.getValues();
355          for (Object value : values)
356          {
357            String encoded = formatter.format(value);
358            annotationEnum.add(encoded, encoded);
359          }
360        }
361        %>
362        <tbl:columndef 
363          id="<%="ef"+at.getId()%>"
364          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+" [EF]"%>" 
365          property="<%="$rba.##"+at.getId()%>"
366          exportproperty="<%="#" + at.getId() %>"
367          annotation="true"
368          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
369          enumeration="<%=annotationEnum%>"
370          sortable="false" 
371          filterable="true" 
372          exportable="true"
373          formatter="<%=formatter%>"
374        />
375        <%
376      }
377      %>
378      <div class="panelgroup bottomborder">
379        <tbl:toolbar
380          subclass="bottomborder"
381          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
382          >
383          <tbl:button 
384            image="columns.png" 
385            onclick="configureColumns()" 
386            title="Columns&hellip;" 
387            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
388          />
389          <tbl:button 
390            image="import.png" 
391            onclick="runPlugin('ImportItems')" 
392            title="Import&hellip;" 
393            tooltip="Import data" 
394            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
395          />
396          <tbl:button 
397            image="export.png" 
398            onclick="runPlugin('ExportItems')" 
399            title="Export&hellip;" 
400            tooltip="Export data" 
401            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
402          />
403          <tbl:button
404            disabled="<%=!createPermission%>"
405            image="filter.png"
406            onclick="<%="runPlugin('NewFilteredBioAssaySet')"%>"
407            title="Filter bioassay set&hellip;"
408            tooltip="<%=createPermission ? 
409              "Create a new bioassay set by filtering this bioassayset" :
410              "You do not have permission analyze this experiment"%>"
411            visible="<%=!mode.isSelectionMode()%>"
412          />
413          <tbl:button 
414            image="runplugin.png" 
415            onclick="runPlugin('RunListPlugin')" 
416            title="Run plugin&hellip;" 
417            tooltip="Run a plugin" 
418            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER) && !mode.isSelectionMode()%>"
419          />
420          <tbl:button 
421            disabled="<%=!createPermission%>"
422            image="runplugin.png" 
423            onclick="<%="runPlugin('RunListAnalysisPlugin')"%>"
424            title="Run analysis&hellip;" 
425            tooltip="<%=createPermission ? "Run an analysis plugin" : 
426              "You do not have permission to analyze this experiment"%>"
427            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.ANALYZE) && !mode.isSelectionMode()%>"
428          />
429          <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
430            wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
431        </tbl:toolbar>
432        <tbl:panel>
433          <tbl:presetselector 
434            onchange="presetOnChange()"
435          />
436          <tbl:navigator
437            page="<%=cc.getPage()%>" 
438            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
439            totalrows="<%=bioAssays == null ? 0 : bioAssays.getTotalCount()%>" 
440            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
441          />
442        </tbl:panel>
443      </div>
444      <tbl:data>
445        <tbl:headers>
446          <tbl:headerrow>
447            <tbl:header colspan="3" />
448            <tbl:columnheaders />
449          </tbl:headerrow>
450          <tbl:headerrow>
451            <tbl:header subclass="index" />
452            <tbl:header 
453              subclass="check" 
454              visible="<%=mode.hasCheck()%>"
455              ><base:icon 
456                image="check_uncheck.png" 
457                tooltip="Check/uncheck all" 
458                onclick="Forms.checkUncheck(document.forms[formId])" 
459              /></tbl:header>
460            <tbl:header 
461              subclass="check" 
462              visible="<%=mode.hasRadio()%>"
463              />
464            <tbl:header 
465              subclass="icons" 
466              visible="<%=mode.hasIcons()%>"
467              />
468            <tbl:propertyfilter />
469          </tbl:headerrow>
470        </tbl:headers>
471        <tbl:rows>
472          <%
473          if (cc.getMessage() != null)
474          {
475            %>
476            <tbl:panel clazz="messagepanel">
477              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
478            </tbl:panel>
479            <%
480            cc.setMessage(null);
481          }
482          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
483          int selectedItemId = cc.getId();
484          if (bioAssays != null)
485          {           
486            while (bioAssays.hasNext())
487            {
488              BioAssay item = bioAssays.next();
489              boolean bioAssayHasDbSpots = item.getNumSpots() > 0;
490              int itemId = item.getId();
491              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
492              String tooltip = mode.isSelectionMode() ?
493                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
494              index++;
495              numListed++;         
496              %>
497              <tbl:row>
498                <tbl:header 
499                  clazz="index"
500                  ><%=index%></tbl:header>
501                <tbl:header 
502                  clazz="check" 
503                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
504                  ><input 
505                      type="checkbox" 
506                      name="<%=itemId%>" 
507                      value="<%=itemId%>" 
508                      title="<%=name%>" 
509                      <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%>
510                    ></tbl:header>
511                <tbl:header 
512                  clazz="check" 
513                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
514                  ><input 
515                      type="radio" 
516                      name="item_id" 
517                      value="<%=itemId%>" 
518                      title="<%=name%>" 
519                      <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
520                    ></tbl:header>
521                <tbl:header 
522                  clazz="icons" 
523                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
524                  >&nbsp;</tbl:header>
525                <tbl:cell column="name"><div class="link" 
526                  onclick="itemOnClick(<%=writePermission ? "event" : null%>, <%=itemId%>)" 
527                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
528                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
529                <tbl:cell column="spots"><%=item.getNumSpots()%></tbl:cell>
530                <tbl:cell column="fileSpots"><%=item.getNumFileSpots()%></tbl:cell>
531                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
532                <tbl:cell column="rawBioAssays">
533                  <%
534                  rawQuery.setParameter("bioAssay", itemId, Type.INT);
535                  try
536                  {
537                    String separator = "";
538                    for (RawBioAssay rba : rawQuery.list(dc))
539                    {
540                      out.write(separator);
541                      if (mode.hasPropertyLink())
542                      {
543                        out.write(Base.getLinkedName(ID, rba, false, mode.hasEditLink()));
544                      }
545                      else
546                      {
547                        out.write(HTML.encodeTags(rba.getName()));
548                      }
549                      separator = ", ";
550                    }
551                  }
552                  catch (Throwable t)
553                  {
554                    %>
555                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
556                    <%
557                  }
558                  %>
559                </tbl:cell>
560                <%
561                AnnotationSet as = item.isAnnotated() ? item.getAnnotationSet() : null;
562                if (as != null)
563                {
564                  for (AnnotationType at : annotationTypes)
565                  {
566                    if (as.hasAnnotation(at))
567                    {
568                      Annotation a = as.getAnnotation(at);
569                      String suffix = a.getUnitSymbol(null);
570                      if (suffix != null) suffix = "&nbsp;" + suffix;
571                      %>
572                      <tbl:cell 
573                        column="<%="at"+at.getId()%>"
574                        ><tbl:cellvalue 
575                          list="<%=a.getValues(null)%>"
576                          suffix="<%=suffix%>"
577                      /></tbl:cell>
578                      <%
579                    }
580                  }
581                }
582                for (AnnotationType at : experimentalFactors)
583                {
584                  %>
585                  <tbl:cell column="<%="ef"+at.getId()%>"
586                    ><tbl:cellvalue
587                    list="<%=BioAssaySetUtil.getAnnotationValues(dc, snapshotManager, item, at)%>"
588                  /></tbl:cell>
589                  <%
590                }               
591                %>
592                <tbl:cell column="tools">
593                  <nobr>
594                  <% 
595                  if (bioAssayHasDbSpots) 
596                  {
597                    %>
598                    <a href="javascript:openPlotTool(<%=itemId%>)" 
599                      title="A simple plot tool"><img 
600                      src="../../../images/plotter.png" border="0"></a>
601                    <a href="javascript:viewSpotData(<%=itemId%>)"
602                      title="View spot data as a table"><img 
603                      src="../../../images/table.png" border="0"></a>
604                    <%
605                  }
606                  %>
607                  </nobr>
608                </tbl:cell>
609              </tbl:row>
610              <%
611            }
612          }
613          if (numListed == 0)
614          {
615            %>
616            <tbl:panel clazz="messagepanel">
617              <div class="messagecontainer note">
618              <%=bioAssays == null || bioAssays.getTotalCount() == 0 ? "No bioassays were found" : "No bioassays on this page. Please select another page!" %>
619              </div>
620            </tbl:panel>
621            <%
622          }
623          %>
624          </tbl:rows>
625        </tbl:data>
626    </tbl:table>
627    </t:tab>
628   
629    <t:tab id="spotdata" title="Spot data" visible="<%=hasDbSpots%>" />
630   
631    <t:tab id="overviewplots" title="Overview plots" 
632      visible="<%=overviewPlotInvoker.getNumExtensions() > 0%>" />
633    </t:tabcontrol>
634
635    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
636      <base:button onclick="returnSelected();" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
637      <base:button onclick="window.close();" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
638      <base:button onclick="window.close();" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
639    </base:buttongroup>
640
641  </base:body>
642  </base:page>
643  <%
644}
645finally
646{
647  if (bioAssays != null) bioAssays.close();
648  if (dc != null) dc.close();
649}
650%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.