source: trunk/www/views/experiments/bioassays/list_bioassays.jsp @ 6691

Last change on this file since 6691 was 6691, checked in by Nicklas Nordborg, 8 years ago

References #1906: Display inherited annotations in list views

Implemented for bioassays in experiment.
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 20.0 KB
Line 
1<%-- $Id: list_bioassays.jsp 6691 2015-01-21 12:30:52Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
31  import="net.sf.basedb.core.Experiment"
32  import="net.sf.basedb.core.BioAssaySet"
33  import="net.sf.basedb.core.BioAssay"
34  import="net.sf.basedb.core.RawBioAssay"
35  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
36  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
37  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
38  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
39  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
40  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
41  import="net.sf.basedb.core.Permission"
42  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
43  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
44  import="net.sf.basedb.core.RawDataType"
45  import="net.sf.basedb.core.Type"
46  import="net.sf.basedb.core.Include"
47  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
48  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
49  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
50  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
51  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
52  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
53  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationLoaderUtil"
54  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationTypeFilter"
55  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSnapshot"
56  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSetSnapshot"
57  import="net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager"
58  import="net.sf.basedb.util.Tree"
59  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
60  import="net.sf.basedb.util.BioAssaySetUtil"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
63  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
64  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
65  import="net.sf.basedb.util.Values"
66  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
67  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
68  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
69  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
70  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
71  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
72  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
73  import="java.util.List"
74  import="java.util.LinkedList"
75  import="java.util.ArrayList"
76  import="java.util.Map"
77  import="java.util.HashMap"
78  import="java.util.Iterator"
79  import="java.util.Collection"
80%>
81<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
82<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
83<%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
84<%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
85<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
86<%!
87  private static final Item itemType = Item.BIOASSAY;
88  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
89%>
90<%
91final int bioAssaySetId = Values.getInt(request.getParameter("bioassayset_id"));
92final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
93final String ID = sc.getId();
94final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
95
96final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
97final String callback = request.getParameter("callback");
98final String title = mode.generateTitle("bioassay", "bioassays");
99final DbControl dc = sc.newDbControl();
100ItemResultIterator<BioAssay> bioAssays = null;
101List<AnnotationLoaderUtil> annotationLoaders = new ArrayList<AnnotationLoaderUtil>();
102ItemResultList<AnnotationType> experimentalFactors = null;
103try
104{
105  ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
106  SnapshotManager manager = new SnapshotManager();
107  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
108  {
109    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at));
110  }
111  annotationTypeQuery = Base.getInheritedAnnotationColumns(cc.getSetting("columns"));
112  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
113  {
114    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at, false, true));
115  }
116  final BioAssaySet bioAssaySet = BioAssaySet.getById(dc, bioAssaySetId);
117  final Experiment experiment = bioAssaySet.getExperiment();
118  final boolean hasDbSpots = bioAssaySet.getNumSpots() > 0;
119  final ItemQuery<AnnotationType> experimentalFactorQuery = experiment.getExperimentalFactors();
120  experimentalFactorQuery.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.IN_PROJECT, Include.OTHERS);
121  final int experimentId = experiment.getId();
122  final RawDataType rawDataType = experiment.getRawDataType();
123  final boolean createPermission = experiment.hasPermission(Permission.USE);
124  final boolean deletePermission = bioAssaySet.hasPermission(Permission.DELETE);
125  final boolean writePermission = bioAssaySet.hasPermission(Permission.WRITE);
126
127  // Query for raw bioassays related to the current bioassay
128  final ItemQuery<RawBioAssay> rawQuery = RawBioAssay.getQuery();
129  rawQuery.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.IN_PROJECT, Include.OTHERS);
130  rawQuery.join(Hql.innerJoin("bioAssays", "bas"));
131  rawQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("bas"), Expressions.parameter("bioAssay"))); 
132  rawQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
133 
134  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
135  experimentalFactors = experimentalFactorQuery.list(dc);
136  try
137  {
138    final ItemQuery<BioAssay> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, bioAssaySet.getBioAssays(), mode);
139    query.join(Hql.leftJoin("rawParents", "rba"));
140    query.setDistinct(true);
141    bioAssays = query.iterate(dc);
142  }
143  catch (Throwable t)
144  {
145    t.printStackTrace();
146    cc.setMessage(t.getMessage());
147  }
148  int numListed = 0;
149  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, 
150      guiContext, bioAssaySet);
151  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
152  ExtensionsInvoker overviewPlotInvoker = ExtensionsControl.useExtensions(jspContext, 
153      "net.sf.basedb.clients.web.bioassayset.overviewplots");
154  %>
155  <base:page title="<%=title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
156  <base:head scripts="table.js,tabcontrol-2.js,~bioassays.js" styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css">
157    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
158    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
159  </base:head>
160  <base:body>
161    <%
162    if (!mode.isSelectionMode())
163    {
164      %>
165      <p:path><p:pathelement 
166        title="Experiments" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>" 
167        /><p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(experiment.getName())%>" 
168          href="<%="../bioassaysets/index.jsp?ID="+ID+"&amp;experiment_id="+experiment.getId()%>" 
169        /><p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(bioAssaySet.getName())%>"
170        /></p:path>
171      <%
172    }
173    else
174    {
175      %>
176      <h1><%=title %></h1>
177      <%
178    }
179    %>
180    <t:tabcontrol 
181      id="main"
182      subclass="mastertabcontrol content"
183      active="bioassays" notabs="<%=mode.isSelectionMode() %>">
184    <t:tab id="bioassayset.properties" title="Properties" />
185   
186    <t:tab id="bioassayset.annotations" title="Annotations" 
187        tooltip="View annotation values" />
188   
189    <t:tab id="bioassays" title="Bioassays">
190    <tbl:table 
191      id="bioassays" 
192      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
193      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
194      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
195      action="index.jsp"
196      sc="<%=sc%>"
197      item="<%=itemType%>"
198      subclass="fulltable"
199      data-inherited-annotations="true"
200      >
201      <tbl:hidden 
202        name="mode" 
203        value="<%=mode.getName()%>" 
204      />
205      <tbl:hidden 
206        name="bioassayset_id" 
207        value="<%=String.valueOf(bioAssaySetId)%>" 
208      />
209      <tbl:hidden 
210        name="callback" 
211        value="<%=callback%>" 
212        skip="<%=callback == null%>" 
213      />
214      <tbl:columndef 
215        id="name"
216        property="name"
217        datatype="string"
218        title="Name"
219        sortable="true" 
220        filterable="true"
221        exportable="true"
222        show="always" 
223      />
224      <tbl:columndef 
225        id="id"
226        clazz="uniquecol"
227        property="id"
228        datatype="int"
229        title="ID"
230        sortable="true"
231        filterable="true"
232        exportable="true"
233      />
234      <tbl:columndef 
235        id="spots"
236        property="numSpots"
237        datatype="int"
238        title="Spots in db"
239        sortable="true" 
240        filterable="true"
241        exportable="true"
242      />
243      <tbl:columndef 
244        id="fileSpots"
245        property="numFileSpots"
246        datatype="int"
247        title="Spots in file"
248        sortable="true" 
249        filterable="true"
250        exportable="true"
251      />
252      <tbl:columndef
253        id="rawBioAssays"
254        title="Raw bioassays"
255      />
256      <tbl:columndef 
257        id="description"
258        property="description"
259        datatype="string"
260        title="Description" 
261        sortable="true" 
262        filterable="true" 
263        exportable="true"
264      />
265      <tbl:columndef 
266        id="tools"
267        title="Tools" 
268        show="<%=mode.isSelectionMode() ? "never" : "auto"%>"
269      />
270      <%
271      for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
272      {
273        AnnotationType at = loader.getAnnotationType();
274        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
275        Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
276        if (at.isEnumeration())
277        {
278          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
279          List<?> values = at.getValues();
280          for (Object value : values)
281          {
282            String encoded = formatter.format(value);
283            annotationEnum.add(encoded, encoded);
284          }
285        }
286        %>
287        <tbl:columndef 
288          id="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "ia" : "at")+at.getId()%>"
289          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? " [I]" : " [A]")%>" 
290          property="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "##" : "#")+at.getId()%>"
291          annotation="true"
292          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
293          enumeration="<%=annotationEnum%>"
294          smartenum="<%=at.getDisplayAsList() %>"
295          sortable="<%=at.getMultiplicity() == 1 && !loader.isSearchingInheritedAnnotations()%>" 
296          filterable="true" 
297          exportable="true"
298          formatter="<%=formatter%>"
299          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
300        />
301        <%
302      }
303      %>
304      <%
305      for (AnnotationType at : experimentalFactors)
306      {
307        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
308        Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
309        if (at.isEnumeration())
310        {
311          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
312          List<?> values = at.getValues();
313          for (Object value : values)
314          {
315            String encoded = formatter.format(value);
316            annotationEnum.add(encoded, encoded);
317          }
318        }
319        %>
320        <tbl:columndef 
321          id="<%="ef"+at.getId()%>"
322          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+" [EF]"%>" 
323          property="<%="$rba.##"+at.getId()%>"
324          exportproperty="<%="#" + at.getId() %>"
325          annotation="true"
326          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
327          enumeration="<%=annotationEnum%>"
328          sortable="false" 
329          filterable="true" 
330          exportable="true"
331          formatter="<%=formatter%>"
332        />
333        <%
334      }
335      %>
336      <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
337        <tbl:toolbar
338          subclass="bottomborder"
339          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
340          >
341          <tbl:button 
342            id="btnColumns"
343            image="columns.png" 
344            title="Columns&hellip;" 
345            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
346          />
347          <tbl:button 
348            id="btnImport"
349            data-plugin-type="IMPORT"
350            image="import.png" 
351            title="Import&hellip;" 
352            tooltip="Import data" 
353            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
354          />
355          <tbl:button 
356            id="btnExport"
357            data-plugin-type="EXPORT"
358            image="export.png" 
359            title="Export&hellip;" 
360            tooltip="Export data" 
361            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
362          />
363          <tbl:button
364            id="btnFilter"
365            data-plugin-type="ANALYZE"
366            data-cmd="NewFilteredBioAssaySet"
367            disabled="<%=!createPermission%>"
368            image="filter.png"
369            title="Filter bioassay set&hellip;"
370            tooltip="<%=createPermission ? 
371              "Create a new bioassay set by filtering this bioassayset" :
372              "You do not have permission analyze this experiment"%>"
373            visible="<%=!mode.isSelectionMode()%>"
374          />
375          <tbl:button 
376            id="btnRunPlugin"
377            data-plugin-type="OTHER"
378            image="runplugin.png" 
379            title="Run plugin&hellip;" 
380            tooltip="Run a plugin" 
381            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER) && !mode.isSelectionMode()%>"
382          />
383          <tbl:button 
384            id="btnAnalyze"
385            data-plugin-type="ANALYZE"
386            disabled="<%=!createPermission%>"
387            image="runplugin.png" 
388            title="Run analysis&hellip;" 
389            tooltip="<%=createPermission ? "Run an analysis plugin" : 
390              "You do not have permission to analyze this experiment"%>"
391            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.ANALYZE) && !mode.isSelectionMode()%>"
392          />
393          <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
394            wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
395        </tbl:toolbar>
396        <tbl:panel>
397          <tbl:presetselector />
398          <tbl:navigator
399            page="<%=cc.getPage()%>" 
400            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
401            totalrows="<%=bioAssays == null ? 0 : bioAssays.getTotalCount()%>" 
402            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
403          />
404        </tbl:panel>
405      </div>
406      <tbl:data>
407        <tbl:headers>
408          <tbl:headerrow>
409            <tbl:header colspan="3" />
410            <tbl:columnheaders />
411          </tbl:headerrow>
412          <tbl:headerrow>
413            <tbl:header subclass="index" />
414            <tbl:header 
415              subclass="check" 
416              visible="<%=mode.hasCheck()%>"
417              ><base:icon 
418                id="check.uncheck"
419                image="check_uncheck.png" 
420                tooltip="Check/uncheck all" 
421                 
422              /></tbl:header>
423            <tbl:header 
424              subclass="check" 
425              visible="<%=mode.hasRadio()%>"
426              />
427            <tbl:header 
428              subclass="icons" 
429              visible="<%=mode.hasIcons()%>"
430              />
431            <tbl:propertyfilter />
432          </tbl:headerrow>
433        </tbl:headers>
434        <tbl:rows>
435          <%
436          if (cc.getMessage() != null)
437          {
438            %>
439            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
440              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
441            </tbl:panel>
442            <%
443            cc.setMessage(null);
444          }
445          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
446          int selectedItemId = cc.getId();
447          if (bioAssays != null)
448          {           
449            while (bioAssays.hasNext())
450            {
451              BioAssay item = bioAssays.next();
452              boolean bioAssayHasDbSpots = item.getNumSpots() > 0;
453              int itemId = item.getId();
454              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
455              String tooltip = mode.isSelectionMode() ?
456                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
457              index++;
458              numListed++;         
459              %>
460              <tbl:row>
461                <tbl:header 
462                  clazz="index"
463                  ><%=index%></tbl:header>
464                <tbl:header 
465                  clazz="check" 
466                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
467                  ><input 
468                      type="checkbox" 
469                      name="<%=itemId%>" 
470                      value="<%=itemId%>" 
471                      title="<%=name%>" 
472                      <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%>
473                    ></tbl:header>
474                <tbl:header 
475                  clazz="check" 
476                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
477                  ><input 
478                      type="radio" 
479                      name="item_id" 
480                      value="<%=itemId%>" 
481                      title="<%=name%>" 
482                      <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
483                    ></tbl:header>
484                <tbl:header 
485                  clazz="icons" 
486                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
487                  >&nbsp;</tbl:header>
488                <tbl:cell column="name"><div 
489                  class="link table-item"
490                  data-item-id="<%=itemId%>"
491                  data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>" 
492                  tabindex="0"
493                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
494                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
495                <tbl:cell column="spots"><%=item.getNumSpots()%></tbl:cell>
496                <tbl:cell column="fileSpots"><%=item.getNumFileSpots()%></tbl:cell>
497                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
498                <tbl:cell column="rawBioAssays">
499                  <%
500                  rawQuery.setParameter("bioAssay", itemId, Type.INT);
501                  try
502                  {
503                    String separator = "";
504                    for (RawBioAssay rba : rawQuery.list(dc))
505                    {
506                      out.write(separator);
507                      if (mode.hasPropertyLink())
508                      {
509                        out.write(Base.getLinkedName(ID, rba, false, mode.hasEditLink()));
510                      }
511                      else
512                      {
513                        out.write(HTML.encodeTags(rba.getName()));
514                      }
515                      separator = ", ";
516                    }
517                  }
518                  catch (Throwable t)
519                  {
520                    %>
521                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
522                    <%
523                  }
524                  %>
525                </tbl:cell>
526                <%
527                if (item.isAnnotated())
528                {
529                  AnnotationSetSnapshot snapshot = manager.getSnapshot(dc, item.getAnnotationSet().getId());
530                  for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
531                  {
532                    if (loader.find(snapshot))
533                    {
534                      %>
535                      <tbl:cell 
536                        column="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "ia" : "at")+loader.getId()%>"
537                        ><tbl:cellvalue 
538                          list="<%=loader.getValues()%>"
539                          suffix="<%=loader.getUnitSymbol()%>"
540                      /></tbl:cell>
541                      <%
542                    }
543                  }
544                }
545                for (AnnotationType at : experimentalFactors)
546                {
547                  %>
548                  <tbl:cell column="<%="ef"+at.getId()%>"
549                    ><tbl:cellvalue
550                    list="<%=BioAssaySetUtil.getAnnotationValues(dc, manager, item, at)%>"
551                  /></tbl:cell>
552                  <%
553                }               
554                %>
555                <tbl:cell column="tools" style="white-space: nowrap;">
556                  <% 
557                  if (bioAssayHasDbSpots) 
558                  {
559                    %>
560                    <base:icon 
561                      subclass="link auto-init"
562                      data-auto-init="plotter"
563                      data-item-id="<%=itemId %>"
564                      image="plotter.png" 
565                      tooltip="A simple plot tool"
566                    />
567                    <base:icon 
568                      subclass="link auto-init"
569                      data-auto-init="spotdata"
570                      data-item-id="<%=itemId %>"
571                      image="table.png" 
572                      tooltip="View spot data as a table"
573                    />
574                    <%
575                  }
576                  %>
577                </tbl:cell>
578              </tbl:row>
579              <%
580            }
581          }
582          if (numListed == 0)
583          {
584            %>
585            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
586              <div class="messagecontainer note">
587              <%=bioAssays == null || bioAssays.getTotalCount() == 0 ? "No bioassays were found" : "No bioassays on this page. Please select another page!" %>
588              </div>
589            </tbl:panel>
590            <%
591          }
592          %>
593          </tbl:rows>
594        </tbl:data>
595    </tbl:table>
596    </t:tab>
597   
598    <t:tab id="spotdata" title="Spot data" visible="<%=hasDbSpots%>" />
599   
600    <t:tab id="bioassayset.overviewplots" title="Overview plots" 
601      visible="<%=overviewPlotInvoker.getNumExtensions() > 0%>" />
602    </t:tabcontrol>
603
604    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
605      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
606      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
607      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
608    </base:buttongroup>
609
610  </base:body>
611  </base:page>
612  <%
613}
614finally
615{
616  if (bioAssays != null) bioAssays.close();
617  if (dc != null) dc.close();
618}
619%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.