source: trunk/www/views/experiments/bioassaysets/analysis_tree.jsp @ 3592

Last change on this file since 3592 was 3592, checked in by Nicklas Nordborg, 16 years ago

Fixes #687: Make it possible for other plug-ins than the FormulaFilter? to be launched by the 'Filter bioassayset' button
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 29.4 KB
Line 
1<%-- $Id: analysis_tree.jsp 3592 2007-07-23 12:57:39Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) Authors contributing to this file.
4
5  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
6  Available at http://base.thep.lu.se/
7
8  BASE is free software; you can redistribute it and/or
9  modify it under the terms of the GNU General Public License
10  as published by the Free Software Foundation; either version 2
11  of the License, or (at your option) any later version.
12
13  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
14  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
15  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
16  GNU General Public License for more details.
17
18  You should have received a copy of the GNU General Public License
19  along with this program; if not, write to the Free Software
20  Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330,
21  Boston, MA  02111-1307, USA.
22  ------------------------------------------------------------------
23
24  @author Nicklas
25  @version 2.0
26--%>
27<%@ page session="false"
28  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
29  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
30  import="net.sf.basedb.core.Item"
31  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
32  import="net.sf.basedb.core.BasicItem"
33  import="net.sf.basedb.core.Experiment"
34  import="net.sf.basedb.core.BioAssaySet"
35  import="net.sf.basedb.core.Transformation"
36  import="net.sf.basedb.core.ExtraValue"
37  import="net.sf.basedb.core.ExtraValueType"
38  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
39  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
40  import="net.sf.basedb.core.Job"
41  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
42  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
43  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
44  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
45  import="net.sf.basedb.core.Permission"
46  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
47  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
48  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
49  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
50  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
51  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
52  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
53  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
54  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
55  import="net.sf.basedb.util.Tree"
56  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
57  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
58  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
59  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
60  import="net.sf.basedb.util.Values"
61  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
63  import="java.util.Date"
64  import="java.util.List"
65  import="java.util.ArrayList"
66  import="java.util.LinkedList"
67  import="java.util.Map"
68  import="java.util.HashMap"
69  import="java.util.Iterator"
70  import="java.util.Collection"
71%>
72<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
73<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
74<%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
75<%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
76<%!
77  private static final Item itemType = Item.BIOASSAYSET;
78  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
79%>
80<%!
81
82private static void addToTree(Tree<BasicItem> tree, BioAssaySet bas)
83{
84  if (!tree.contains(bas))
85  {
86    Transformation transformation = bas.getTransformation();
87    Tree.Entry<BasicItem> parent = tree.getEntry(transformation);
88    if (parent == null) 
89    {
90      addToTree(tree, transformation);
91      parent = tree.getEntry(transformation);
92    }
93    Tree.Entry<BasicItem> basEntry = parent.addChild(bas);
94    for (ExtraValue xv : bas.getExtraValues().list(bas.getDbControl())) 
95    {
96      basEntry.addChild(xv);
97    }
98  }
99}
100
101private static void addToTree(Tree<BasicItem> tree, Transformation transformation)
102{
103  if (!tree.contains(transformation))
104  {
105    BioAssaySet source = transformation.getSource();
106    Tree.Entry<BasicItem> parent = tree.getEntry(source);
107    if (parent == null) 
108    {
109      addToTree(tree, source);
110      parent = tree.getEntry(source);
111    }
112    parent.addChild(transformation);
113  }
114}
115
116private static Tree<BasicItem> getAnalysisTree(DbControl dc, ItemQuery<BioAssaySet> bioAssaySetQuery, ItemQuery<Transformation> transformationQuery)
117{
118  Tree<BasicItem> tree = new Tree<BasicItem>(null);
119  ItemResultList<BioAssaySet> allBioAssaySets = bioAssaySetQuery.list(dc);
120  List<Integer> ids = new ArrayList<Integer>(allBioAssaySets.size());
121 
122  for (BioAssaySet bas : allBioAssaySets)
123  {
124    addToTree(tree, bas);
125    ids.add(bas.getId());
126  }
127 
128  transformationQuery.restrict(
129    Restrictions.in(
130      Hql.property("source.id"), 
131      Expressions.parameter("bioAssaySets", ids)
132    )
133  );
134  ItemResultList<Transformation> allTransformations = transformationQuery.list(dc);
135  for (Transformation t: allTransformations)
136  {
137    addToTree(tree, t);
138  }
139  return tree;
140}
141String generateTree(Tree<BasicItem> tree, BasicItem root, BasicItem parentItem, Collection<String> closed)
142{
143  StringBuilder sb = new StringBuilder();
144  Tree.Entry<BasicItem> parentEntry = tree.getEntry(parentItem);
145  if (parentEntry == null) return "";
146 
147  if (root != null && root == parentItem)
148  {
149    appendNode(sb, root, null, true);
150  }
151 
152  List<Tree.Entry<BasicItem>> children = parentEntry.getChildren();
153  if (children != null)
154  {
155    for (Tree.Entry<BasicItem> child : children)
156    {
157      BasicItem node = child.getNode();
158      String var = node.getType().name() + "_" + node.getId();
159      appendNode(sb, node, parentItem, (closed == null || !closed.contains(var)) && child.getNumChildren() > 0);
160      sb.append(generateTree(tree, root, node, closed));
161    }
162  }
163  return sb.toString();
164}
165
166void appendNode(StringBuilder sb, BasicItem node, BasicItem parentItem, boolean open)
167{
168  int id = node.getId();
169  String var = node.getType().name() + "_" + id;
170  String name = "";
171 
172  Item nodeType = node.getType();
173  String folderIcon = "";
174  if (nodeType == Item.BIOASSAYSET)
175  {
176    folderIcon = "BioAssaySet";
177    name = ((BioAssaySet)node).getName();
178  } 
179  else if (nodeType == Item.TRANSFORMATION)
180  {
181    Transformation t = (Transformation)node;
182    folderIcon = "Transformation";
183    try
184    {
185      if (t.getJob().getPluginDefinition().supports("net.sf.basedb.core.plugin.AnalysisFilterPlugin"))
186      {
187        folderIcon = "Filter";
188      }
189    }
190    catch (Throwable tt)
191    {}
192    name = t.getName();
193  } 
194  else if (nodeType == Item.EXTRAVALUE) 
195  {
196    folderIcon = "ExtraValue";
197    try
198    {
199      name = ((ExtraValue)node).getExtraValueType().getName();
200    }
201    catch (PermissionDeniedException ex)
202    {
203      name = ((ExtraValue)node).getValueType().toString();
204    }
205  }
206  sb.append("var ").append(var);
207  if (parentItem == null)
208  {
209    sb.append(" = JoustMenu.addMenuItem(-1");
210  }
211  else
212  {
213    String rootVar = parentItem.getType().name() + "_" + parentItem.getId();
214    sb.append(" = JoustMenu.addChildItem(").append(rootVar); 
215  }
216  sb.append(",'").append(folderIcon).append("'");
217  sb.append(",'").append(HTML.javaScriptEncode(name)).append("'");
218  sb.append(", null, '', '").append(var).append("');\n");
219  if (open)
220  {
221    sb.append("JoustMenu.menuItems[").append(var).append("].isOpen = true;\n");
222  }
223}
224%>
225<%
226final int experimentId = Values.getInt(request.getParameter("experiment_id"));
227final int bioAssaySetId = Values.getInt(request.getParameter("item_id"));
228final int transformationId = Values.getInt(request.getParameter("transformation_id"));
229final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
230final String ID = sc.getId();
231final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
232final ItemContext tc = sc.getCurrentContext(Item.TRANSFORMATION);
233final ItemContext xvc = sc.getCurrentContext(Item.EXTRAVALUE);
234
235final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
236final String callback = request.getParameter("callback");
237final String title = mode.generateTitle("bioassay set", "bioassay sets");
238final DbControl dc = sc.newDbControl();
239Tree<BasicItem> analysisTree = null;
240ItemResultList<AnnotationType> annotationTypes = null;
241try
242{
243  Formatter<Date> dateTimeFormatter = FormatterFactory.getDateTimeFormatter(sc);
244  final ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
245  final Experiment experiment = Experiment.getById(dc, experimentId);
246  final BasicItem root = transformationId == 0 ? 
247      (bioAssaySetId == 0 ? null : BioAssaySet.getById(dc, bioAssaySetId))
248      : Transformation.getById(dc, transformationId);
249  final boolean createPermission = experiment.hasPermission(Permission.USE);
250  final boolean deletePermission = createPermission;
251  final boolean writePermission = createPermission;
252
253  final ItemQuery<BioAssaySet> query = Base.getConfiguredQuery(cc, true, experiment.getBioAssaySets(), mode);
254  final ItemQuery<Transformation> transformationQuery = experiment.getTransformations();
255  transformationQuery.include(cc.getInclude());
256  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
257  annotationTypes = annotationTypeQuery.list(dc);
258  try
259  {
260    analysisTree = getAnalysisTree(dc, query, transformationQuery);
261  }
262  catch (Throwable t)
263  {
264    cc.setMessage(t.getMessage());
265  }
266  // Contains the ID:s of the bioassaysets that are closed in the tree
267  Collection<String> closed = (Collection<String>)cc.getObject("closed");
268  int numListed = 0;
269  %>
270  <base:page type="include">
271  <base:body>
272    <script language="JavaScript">
273    var submitPage = '<%=transformationId != 0 ? "../bioassaysets/index.jsp" : "index.jsp"%>';
274    var formId = 'bioAssaySets';
275    function newItem()
276    {
277      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=NewItem&experiment_id=<%=experimentId%>', 'NewBioAssaySet', 740, 540);
278    }
279    function editBioAssaySet(itemId)
280    {
281      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, true);
282    }
283    function viewBioAssaySet(itemId)
284    {
285      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, false);
286    }
287    function bioAssaySetOnClick(evt, itemId)
288    {
289      Table.itemOnClick(formId, evt, itemId, '<%=mode.getName()%>', viewBioAssaySet, editBioAssaySet, returnSelected);
290    }
291    function viewTransformation(itemId)
292    {
293      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', 'TRANSFORMATION', itemId, false);
294    }
295    function editTransformation(itemId)
296    {
297      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', 'TRANSFORMATION', itemId, true);
298    }
299    function transformationOnClick(evt, itemId)
300    {
301      Table.itemOnClick(formId, evt, itemId, '<%=mode.getName()%>', viewTransformation, editTransformation, returnSelected);
302    }
303    function viewExtraValue(itemId)
304    {
305      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', 'EXTRAVALUE', itemId, false);
306    }
307    function editExtraValue(itemId)
308    {
309      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', 'EXTRAVALUE', itemId, true);
310    }
311    function extraValueOnClick(evt, itemId)
312    {
313      Table.itemOnClick(formId, evt, itemId, '<%=mode.getName()%>', viewExtraValue, editExtraValue, returnSelected);
314    }
315    function deleteItems()
316    {
317      var frm = document.forms[formId];
318      if (Forms.numChecked(frm) == 0)
319      {
320        alert('Please select at least one item in the list');
321        return;
322      }
323      if (Forms.numChecked(frm, /^X:/) > 0)
324      {
325        if (!confirm('Extra values are deleted immediately and cannot be restored. Do you want to continue?'))
326        {
327          return;
328        }
329      }
330      frm.action = submitPage;
331      frm.cmd.value = 'DeleteItems';
332      frm.submit();
333    }
334    function restoreItems()
335    {
336      var frm = document.forms[formId];
337      if (Forms.numChecked(frm) == 0)
338      {
339        alert('Please select at least one item in the list');
340        return;
341      }
342      frm.action = submitPage;
343      frm.cmd.value = 'RestoreItems';
344      frm.submit();
345    }
346    function configureColumns()
347    {
348      Table.configureColumns('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
349    }
350    function runPlugin(cmd)
351    {
352      Table.submitToPopup(formId, cmd, 740, 540);
353    }
354    function filter(itemId)
355    {
356      Main.openPopup('../bioassaysets/index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=NewFilteredBioAssaySet&experiment_id=<%=experimentId%>&item_id='+itemId, 'FilterBioAssaySet', 740, 540);
357    }
358    function openPlotTool(itemId)
359    {
360      Main.openPopup('../plotter/index.jsp?ID=<%=ID%>&bioassayset_id='+itemId, 'Plotter', 1000, 700);
361    }
362    function openExperimentExplorer(itemId)
363    {
364      location.href = '../explorer/view/index.jsp?ID=<%=ID%>&bioassayset_id='+itemId;
365    }
366    function launchMeV(itemId)
367    {
368      location.href = '../../../plugins/org/tigr/microarray/mev/launch_mev.jsp?ID=<%=ID%>&bioassayset_id='+itemId;
369    }
370    function runAnalysisPlugin(itemId)
371    {
372      Main.openPopup('../bioassaysets/index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=RunAnalysisPlugin&experiment_id=<%=experimentId%>&item_id='+itemId, 'RunPlugin', 740, 540);
373    }
374    function runExportPlugin(itemId)
375    {
376      Main.openPopup('../bioassaysets/index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ExportItem&experiment_id=<%=experimentId%>&item_id='+itemId, 'Export', 740, 540);
377    }
378    function copyJob(jobId)
379    {
380      var url = '../../../common/plugin/index.jsp?ID=<%=ID%>';
381      url += '&cmd=CopyJob&job_id='+jobId;
382      url += '&item_type=BIOASSAYSET&context_type=LIST'
383      Main.openPopup(url, 'CopyJob', 740, 540);
384    }
385    function returnSelected()
386    {
387      Table.returnSelected(formId, <%=callback != null ? "window.opener."+callback : "null" %>);
388      window.close();
389    }
390    function presetOnChange()
391    {
392      Table.presetOnChange('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
393    }
394    function initTree()
395    {
396      var bigDir = getRoot()+'images/joust/big/';
397      IconStore.init(bigDir, 18, 22);
398      IconStore.addIcon('BioAssaySet', bigDir + 'bioassayset.gif', 18, 22);
399      IconStore.addIcon('Transformation', bigDir + 'transformation.gif', 18, 22);
400      IconStore.addIcon('Filter', bigDir + 'filter.gif', 18, 22);
401      IconStore.addIcon('ExtraValue', bigDir + 'extravalue.gif', 18, 22);
402
403      JoustMenu.toggle = function(menuItemIndex)
404      {
405        var menuItem = this.menuItems[menuItemIndex];
406        if (!menuItem) return;
407        // Switch the open/closed status and hide or show the children
408        menuItem.isOpen = !menuItem.isOpen;
409        if (menuItem.isOpen)
410        {
411          this.showChildren(menuItemIndex);
412          var frm = document.forms[formId];
413          frm.closed.value = frm.closed.value.replace(','+menuItem.externalId+',', ',');
414        }
415        else
416        {
417          this.hideChildren(menuItemIndex);
418          var frm = document.forms[formId];
419          frm.closed.value += menuItem.externalId+',';
420        }
421        // alert(document.forms[formId].closed.value);
422        this.updateIconsAndText(menuItemIndex);
423      }
424     
425      JoustMenu.drawMenuItems = function(firstIndex, indentString)
426      {
427        var menuItem = this.menuItems[firstIndex];
428        while (menuItem)
429        {
430          var html = menuItem.draw(indentString);
431          var padIcon = IconStore.getIcon(menuItem.noOutlineIcon == true ? null : menuItem.nextItemIndex == -1 ? 'iconBlank' : 'iconLine');
432          var padHtml = padIcon == null ? '' : padIcon.getImgTag();
433         
434          var menuDiv = document.getElementById('tree.'+menuItem.externalId);
435          menuDiv.innerHTML = html;
436         
437          if (menuItem.firstChildIndex != -1)
438          {
439            this.drawMenuItems(menuItem.firstChildIndex, indentString+padHtml);
440          }
441          if (!menuItem.isOpen)
442          {
443            this.hideChildren(menuItem.index);
444          }
445          menuItem = this.menuItems[menuItem.nextItemIndex];
446        }
447        return '';
448      }
449
450      JoustMenu.hideChildren = function(menuItemIndex)
451      {
452        var menuItem = this.menuItems[menuItemIndex];
453        if (menuItem)
454        {
455          var firstChildIndex = menuItem.firstChildIndex;
456          var child = this.menuItems[firstChildIndex];
457          while (child)
458          {
459            var e = document.getElementById('row.'+child.externalId);
460            e.style.display = 'none';
461            this.hideChildren(child.index);
462            child = this.menuItems[child.nextItemIndex];
463          }
464        }
465      }
466     
467      JoustMenu.showChildren = function(menuItemIndex)
468      {
469        var menuItem = this.menuItems[menuItemIndex];
470        if (menuItem)
471        {
472          var firstChildIndex = menuItem.firstChildIndex;
473          var child = this.menuItems[firstChildIndex];
474          while (child)
475          {
476            var e = document.getElementById('row.'+child.externalId);
477            e.style.display = Browser.isIE ? 'block' : 'table-row';
478            if (child.isOpen)
479            {
480              this.showChildren(child.index);
481            }
482            child = this.menuItems[child.nextItemIndex];
483          }
484        }
485      }
486
487      <%=analysisTree == null ? "" : generateTree(analysisTree, root, root, closed)%>
488      JoustMenu.draw('joust');
489     
490    }
491    </script>
492 
493
494    <%
495    if (cc.getMessage() != null)
496    {
497      %>
498      <div class="error"><%=cc.getMessage()%></div>
499      <%
500      cc.setMessage(null);
501    }
502    %>
503    <tbl:table 
504      id="bioAssaySets" 
505      clazz="itemlist" 
506      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
507      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
508      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
509      title="<%=title%>"
510      action="<%=transformationId != 0 ? "../bioassaysets/index.jsp" : "index.jsp"%>"
511      sc="<%=sc%>"
512      item="<%=itemType%>"
513      >
514      <tbl:hidden 
515        name="mode" 
516        value="<%=mode.getName()%>" 
517      />
518      <tbl:hidden 
519        name="experiment_id" 
520        value="<%=String.valueOf(experimentId)%>" 
521      />
522      <tbl:hidden 
523        name="item_id" 
524        value="<%=String.valueOf(bioAssaySetId)%>"
525        skip="<%=bioAssaySetId == 0%>"
526      />
527      <tbl:hidden 
528        name="transformation_id" 
529        value="<%=String.valueOf(transformationId)%>"
530        skip="<%=transformationId == 0%>"
531      />
532      <tbl:hidden 
533        name="callback" 
534        value="<%=callback%>" 
535        skip="<%=callback == null%>" 
536      />
537      <tbl:hidden
538        name="closed"
539        value="<%=closed == null ? "," : ","+Values.getString(closed, ",", true)+","%>"
540      />
541      <tbl:columndef 
542        id="name"
543        property="name"
544        datatype="string"
545        title="Name"
546        sortable="true" 
547        filterable="true"
548        exportable="true"
549        show="always" 
550      />
551      <tbl:columndef 
552        id="spots"
553        property="numSpots"
554        datatype="int"
555        title="Spots/Values"
556        sortable="true" 
557        filterable="true"
558        exportable="true"
559      />
560      <tbl:columndef 
561        id="reporters"
562        property="numReporters"
563        datatype="int"
564        title="Reporters"
565        sortable="true" 
566        filterable="true"
567        exportable="true"
568      />
569      <tbl:columndef 
570        id="date"
571        property="transformation.job.ended"
572        datatype="string"
573        title="Date"
574        sortable="true" 
575        filterable="true"
576        exportable="true"
577      />
578      <tbl:columndef 
579        id="plugin"
580        property="transformation.job.pluginDefinition.name"
581        datatype="string"
582        title="Plugin"
583        sortable="true" 
584        filterable="true"
585        exportable="true"
586      />
587      <tbl:columndef 
588        id="description"
589        property="description"
590        datatype="string"
591        title="Description" 
592        sortable="true" 
593        filterable="true" 
594        exportable="true"
595      />
596      <%
597      for (AnnotationType at : annotationTypes)
598      {
599        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
600        Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
601        if (at.isEnumeration())
602        {
603          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
604          List<?> values = at.getValues();
605          for (Object value : values)
606          {
607            String encoded = formatter.format(value);
608            annotationEnum.add(encoded, encoded);
609          }
610        }
611        %>
612        <tbl:columndef 
613          id="<%="at"+at.getId()%>"
614          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+" [A]"%>" 
615          property="<%="#"+at.getId()%>"
616          annotation="true"
617          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
618          enumeration="<%=annotationEnum%>"
619          sortable="false" 
620          filterable="true" 
621          exportable="true"
622          formatter="<%=formatter%>"
623        />
624        <%
625      }
626      %>
627      <tbl:columndef 
628        id="tools"
629        title="Tools" 
630      />
631
632      <tbl:toolbar
633        visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
634        >
635        <tbl:button 
636          disabled="<%=createPermission ? false : true%>" 
637          image="<%=createPermission ? "new.gif" : "new_disabled.gif"%>" 
638          onclick="newItem()" 
639          title="New root bioassay set&hellip;" 
640          tooltip="<%=createPermission ? "Create a new root bioassay set" : "You do not have permission to create bioassay sets"%>" 
641          visible="<%=root == null && pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.INTENSITY)%>"
642        />
643        <tbl:button 
644          disabled="<%=deletePermission ? false : true%>" 
645          image="<%=deletePermission ? "delete.gif" : "delete_disabled.gif"%>" 
646          title="Delete"
647          onclick="deleteItems()" 
648          tooltip="<%=deletePermission ? "Delete the selected items" : "You do not have permission to delete items"%>" 
649        />
650        <tbl:button 
651          disabled="<%=writePermission ? false : true%>" 
652          image="<%=writePermission ? "restore.gif" : "restore_disabled.gif"%>" 
653          onclick="restoreItems()" 
654          title="Restore"
655          tooltip="<%=writePermission ? "Restore the selected (deleted) items" : "You do not have permission to restore items"%>" 
656        />
657        <tbl:button 
658          image="columns.gif" 
659          onclick="configureColumns()" 
660          title="Columns&hellip;" 
661          tooltip="Show, hide and re-order columns" 
662        />
663        <tbl:button 
664          image="import.gif" 
665          onclick="runPlugin('ImportItems')" 
666          title="Import&hellip;" 
667          tooltip="Import data" 
668          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
669        />
670        <tbl:button 
671          image="export.gif" 
672          onclick="runPlugin('ExportItems')" 
673          title="Export&hellip;" 
674          tooltip="Export data" 
675          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
676        />
677        <tbl:button 
678          image="runplugin.gif" 
679          onclick="runPlugin('RunListPlugin')" 
680          title="Run plugin&hellip;" 
681          tooltip="Run a plugin" 
682          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
683        />
684      </tbl:toolbar>
685      <tbl:data>
686        <tbl:columns>
687        <tbl:presetselector 
688          clazz="columnheader"
689          colspan="3"
690          onchange="presetOnChange()"
691        />
692        </tbl:columns>
693        <tr>
694          <tbl:header 
695            clazz="index"
696            >&nbsp;</tbl:header>
697          <tbl:header 
698            clazz="check" 
699            visible="<%=mode.hasCheck()%>"
700            ><base:icon 
701              image="check_uncheck.gif" 
702              tooltip="Check/uncheck all" 
703              onclick="Forms.checkUncheck(document.forms[formId])" style="align: left;"
704            /></tbl:header>
705          <tbl:header 
706            clazz="check" 
707            visible="<%=mode.hasRadio()%>"
708            />
709          <tbl:header 
710            clazz="icons" 
711            visible="<%=mode.hasIcons()%>"
712            >&nbsp;</tbl:header>
713          <tbl:propertyfilter />
714        </tr>
715   
716          <tbl:rows>
717          <%
718          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
719          int selectedItemId = cc.getId();
720          if (analysisTree != null)
721          {           
722            Iterator<Tree.Entry<BasicItem>> baas = analysisTree.entryIterator(root);
723            while (baas.hasNext())
724            {
725              Tree.Entry<BasicItem> entry = baas.next();
726              BasicItem item = entry.getNode();
727              if (item != null)
728              {
729                int level = entry.getDepth() - 1;
730                int itemId = item.getId();
731                String joustId = item.getType().name() + "_" + itemId;
732                String name = "";
733                String description = "";
734                String tooltip = mode.isSelectionMode() ?
735                    "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
736                boolean removed = false;
737                Transformation t = null;
738                BioAssaySet bas = null;
739                ExtraValue xv = null;
740                PluginDefinition plugin = null;
741                Job job = null;
742                String prefix = "";
743                ItemContext ccc = null;
744                String view = "";
745                String onClick = "";
746                Item itemType = item.getType();
747                if (itemType == Item.TRANSFORMATION)
748                {
749                  t = (Transformation)item;
750                  removed = t.isRemoved();
751                  prefix = "T:";
752                  ccc = tc;
753                  onClick = "transformationOnClick";
754                  name = HTML.encodeTags(t.getName());
755                  description = HTML.encodeTags(t.getDescription());
756                  try
757                  {
758                    job = t.getJob();
759                    plugin = job.getPluginDefinition();
760                  }
761                  catch (Throwable ex)
762                  {}
763                }
764                else if (itemType == Item.BIOASSAYSET)
765                {
766                  bas = (BioAssaySet)item;
767                  removed = bas.isRemoved();
768                  ccc = cc;
769                  onClick = "bioAssaySetOnClick";
770                  name = HTML.encodeTags(bas.getName());
771                  description = HTML.encodeTags(bas.getDescription());
772                }
773                else if (itemType == Item.EXTRAVALUE)
774                {
775                  xv = (ExtraValue)item;
776                  prefix = "X:";
777                  removed = false;
778                  ccc = xvc;
779                  onClick = "extraValueOnClick";
780                  try
781                  {
782                    ExtraValueType xvType = xv.getExtraValueType();
783                    name = HTML.encodeTags(xvType.getName());
784                    description = HTML.encodeTags(xvType.getDescription());
785                  }
786                  catch (PermissionDeniedException ex)
787                  {
788                    name = xv.getValueType().toString();
789                    description = "";
790                  }
791                  try
792                  {
793                    job = xv.getJob();
794                    plugin = job.getPluginDefinition();
795                  }
796                  catch (Throwable ex)
797                  {}
798                }
799               
800                index++;
801                numListed++;
802
803                %>
804                <tbl:row
805                  id="<%="row."+joustId%>"
806                  >
807                  <tbl:header 
808                    clazz="index"
809                    ><%=index%></tbl:header>
810                  <tbl:header 
811                    clazz="check" 
812                    visible="<%=mode.hasCheck()%>"
813                    ><input 
814                        type="checkbox" 
815                        name="<%=prefix+itemId%>" 
816                        value="<%=itemId%>" 
817                        title="<%=name%>" 
818                        <%=ccc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%>
819                      ></tbl:header>
820                  <tbl:header 
821                    clazz="check" 
822                    visible="<%=mode.hasRadio()%>"
823                    ><input 
824                        type="radio" 
825                        name="item_id" 
826                        value="<%=itemId%>" 
827                        title="<%=name%>" 
828                        <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
829                      ></tbl:header>
830                  <tbl:header 
831                    clazz="icons" 
832                    visible="<%=mode.hasIcons()%>"
833                    ><base:icon 
834                      image="deleted.gif" 
835                      tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
836                      visible="<%=removed%>"
837                    />&nbsp;</tbl:header>
838                 
839                  <tbl:cell clazz="joustcell" column="name">
840                    <div id="tree.<%=joustId%>" class="link" 
841                      onclick="<%=onClick%>(<%=writePermission ? "event" : null%>, <%=itemId%>)" 
842                      title="<%=tooltip%>"><%=name%>
843                    </div>
844                  </tbl:cell>
845                  <%
846                  if (t != null)
847                  {
848                    %>
849                    <tbl:cell column="spots">&nbsp;</tbl:cell>
850                    <tbl:cell column="reporters">&nbsp;</tbl:cell>
851                    <tbl:cell column="tools">
852                      <nobr>
853                      <%
854                      if (createPermission && job != null && plugin != null && plugin.isInteractive())
855                      {
856                        %>
857                        <a href="javascript:copyJob(<%=job.getId()%>)" 
858                          title="Copy this transformation"><img 
859                          src="../../../images/copy.gif" border="0"></a>
860                        <%
861                      }
862                      %>
863                      </nobr>
864                    </tbl:cell>
865                    <%
866                  }
867                  if (bas != null)
868                  {
869                    %>
870                    <tbl:cell column="spots"><%=bas.getNumSpots()%></tbl:cell>
871                    <tbl:cell column="reporters"><%=bas.getNumReporters()%></tbl:cell>
872                    <tbl:cell column="date">&nbsp;</tbl:cell>
873                    <tbl:cell column="plugin">&nbsp;</tbl:cell>
874                    <%
875                    AnnotationSet as = bas.isAnnotated() ? bas.getAnnotationSet() : null;
876                    if (as != null)
877                    {
878                      for (AnnotationType at : annotationTypes)
879                      {
880                        if (as.hasAnnotation(at))
881                        {
882                          %>
883                          <tbl:cell column="<%="at"+at.getId()%>"
884                            ><tbl:cellvalue 
885                            list="<%=as.getAnnotation(at).getValues()%>" 
886                          /></tbl:cell>
887                          <%
888                        }
889                      }
890                    }
891                    %>
892                    <tbl:cell column="tools">
893                      <nobr>
894                      <a href="javascript:openPlotTool(<%=itemId%>)" 
895                        title="A simple plot tool"><img 
896                        src="../../../images/plotter.gif" border="0"></a>
897                      <a href="javascript:openExperimentExplorer(<%=itemId%>)"
898                        title="Experiment explorer"><img
899                        src="../../../images/explorer.png" border="0"></a>
900                      <a href="javascript:launchMeV(<%=itemId%>)"
901                        title="MeV: MultiExperiment Viewer"><img
902                        src="../../../images/tm4.png" border="0"></a>
903                      <a href="javascript:runExportPlugin(<%=itemId%>)"
904                        title="Export data"><img 
905                        src="../../../images/export.gif" border="0"></a>
906                      <%
907                      if (createPermission)
908                      {
909                        %>
910                        <a href="javascript:filter(<%=itemId%>)" 
911                          title="Create a filtered bioassay set"><img 
912                          src="../../../images/filter.gif" border="0"></a>
913                        <a href="javascript:runAnalysisPlugin(<%=itemId%>)" title="Run an analysis plugin"><img 
914                          src="../../../images/runplugin.gif" border="0"></a>
915                        <%
916                      }
917                      %>
918                      </nobr>
919                    </tbl:cell>
920                    <%
921                  }
922                  if (xv != null)
923                  {
924                    %>
925                    <tbl:cell column="spots"><%=xv.getNumValues()%></tbl:cell>
926                    <tbl:cell column="reporters">&nbsp;</tbl:cell>
927                    <tbl:cell column="tools">
928                      <nobr>
929                      <%
930                      if (createPermission && job != null && plugin != null && plugin.isInteractive())
931                      {
932                        %>
933                        <a href="javascript:copyJob(<%=job.getId()%>)" 
934                          title="Copy this extra value"><img 
935                          src="../../../images/copy.gif" border="0"></a>
936                        <%
937                      }
938                      %>
939                      </nobr>
940                    </tbl:cell>
941                    <%
942                  }
943                  %>
944                  <tbl:cell column="date"><%=job == null ? "" : dateTimeFormatter.format(job.getEnded())%></tbl:cell>
945                  <tbl:cell column="plugin"><%=plugin == null ? "" : Base.getLinkedName(ID, plugin, false, true)%></tbl:cell>
946                  <tbl:cell column="description"><%=description%></tbl:cell>
947                </tbl:row>
948                <%
949              }
950            }
951          }
952          %>
953          </tbl:rows>
954        </tbl:data>
955      <%
956      if (numListed == 0)
957      {
958        %>
959        <tbl:panel>No bioassay sets or transformations were found.</tbl:panel>
960        <%
961      }
962      %>
963    </tbl:table>
964
965
966    <script language="JavaScript">
967    initTree();
968    </script>
969  </base:body>
970  </base:page>
971  <%
972}
973finally
974{
975  if (dc != null) dc.close();
976}
977%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.