source: trunk/www/views/experiments/bioassaysets/analysis_tree.jsp @ 7914

Last change on this file since 7914 was 7914, checked in by Nicklas Nordborg, 5 months ago

References #2237: Implement extension mechanism for query filtering

This should now work on all list pages.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 31.6 KB
Line 
1<%-- $Id: analysis_tree.jsp 7914 2021-02-23 07:23:26Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
31  import="net.sf.basedb.core.BasicItem"
32  import="net.sf.basedb.core.Experiment"
33  import="net.sf.basedb.core.BioAssaySet"
34  import="net.sf.basedb.core.Transformation"
35  import="net.sf.basedb.core.ExtraValue"
36  import="net.sf.basedb.core.ExtraValueType"
37  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
38  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
39  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
40  import="net.sf.basedb.core.Job"
41  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
42  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
43  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
44  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
45  import="net.sf.basedb.core.Permission"
46  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
47  import="net.sf.basedb.core.PluginConfiguration"
48  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
49  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
50  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
51  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
52  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
53  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
54  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
55  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
56  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationLoaderUtil"
57  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationTypeFilter"
58  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSnapshot"
59  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSetSnapshot"
60  import="net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager"
61  import="net.sf.basedb.util.Tree"
62  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
63  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
64  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
65  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
66  import="net.sf.basedb.util.Values"
67  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
68  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
69  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
70  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ButtonAction"
71  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
72  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnAction"
73  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
74  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
75  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
76  import="net.sf.basedb.clients.web.util.ProjectSpecificInfoFilter"
77  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
78  import="net.sf.basedb.util.extensions.Renderer"
79  import="java.util.Date"
80  import="java.util.List"
81  import="java.util.ArrayList"
82  import="java.util.LinkedList"
83  import="java.util.Map"
84  import="java.util.HashMap"
85  import="java.util.Iterator"
86  import="java.util.Collection"
87  import="org.json.simple.JSONObject"
88  import="org.json.simple.JSONArray"
89%>
90<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
91<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
92<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
93<%!
94  private static final Item itemType = Item.BIOASSAYSET;
95  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
96%>
97<%!
98
99private static void addToTree(Tree<BasicItem> tree, BioAssaySet bas)
100{
101  if (!tree.contains(bas))
102  {
103    Transformation transformation = bas.getTransformation();
104    Tree.Entry<BasicItem> parent = tree.getEntry(transformation);
105    if (parent == null) 
106    {
107      addToTree(tree, transformation);
108      parent = tree.getEntry(transformation);
109    }
110    Tree.Entry<BasicItem> basEntry = parent.addChild(bas);
111    for (ExtraValue xv : bas.getExtraValues().list(bas.getDbControl())) 
112    {
113      basEntry.addChild(xv);
114    }
115  }
116}
117
118private static void addToTree(Tree<BasicItem> tree, Transformation transformation)
119{
120  if (!tree.contains(transformation))
121  {
122    BioAssaySet source = transformation.getSource();
123    Tree.Entry<BasicItem> parent = tree.getEntry(source);
124    if (parent == null) 
125    {
126      addToTree(tree, source);
127      parent = tree.getEntry(source);
128    }
129    parent.addChild(transformation);
130  }
131}
132
133private static Tree<BasicItem> getAnalysisTree(DbControl dc, ItemQuery<BioAssaySet> bioAssaySetQuery, ItemQuery<Transformation> transformationQuery)
134{
135  Tree<BasicItem> tree = new Tree<BasicItem>(null);
136  ItemResultList<BioAssaySet> allBioAssaySets = bioAssaySetQuery.list(dc);
137  List<Integer> ids = new ArrayList<Integer>(allBioAssaySets.size());
138 
139  for (BioAssaySet bas : allBioAssaySets)
140  {
141    addToTree(tree, bas);
142    ids.add(bas.getId());
143  }
144 
145  transformationQuery.restrict(
146    Restrictions.in(
147      Hql.property("source.id"), 
148      Expressions.parameter("bioAssaySets", ids)
149    )
150  );
151  ItemResultList<Transformation> allTransformations = transformationQuery.list(dc);
152  for (Transformation t: allTransformations)
153  {
154    addToTree(tree, t);
155  }
156  return tree;
157}
158
159JSONArray generateSubTree(JSONObject jsonParent, BasicItem parent, Tree<BasicItem> tree, Collection<String> closed)
160{
161  JSONArray json = new JSONArray();
162 
163  Tree.Entry<BasicItem> parentEntry = tree.getEntry(parent);
164  if (parentEntry == null) return json;
165 
166  if (jsonParent == null && parent != null)
167  {
168    Item parentType = parent.getType();
169    if (parentType == Item.BIOASSAYSET)
170    {
171      jsonParent = newJoustBioAssaySet(null, (BioAssaySet)parent, true);
172    }
173    else if (parentType == Item.TRANSFORMATION)
174    {
175      jsonParent = newJoustTransformation(null, (Transformation)parent, true);
176    }
177    if (jsonParent != null) 
178    {
179      jsonParent.put("noOutlineIcon", 1);
180      json.add(jsonParent);
181    }
182  }
183 
184  List<Tree.Entry<BasicItem>> children = parentEntry.getChildren();
185  if (children != null)
186  {
187    for (Tree.Entry<BasicItem> childEntry : children)
188    {
189      BasicItem child = childEntry.getNode();
190      Item childType = child.getType();
191      JSONObject jsonChild = null;
192      String var = childType.name() + "_" + child.getId();
193      boolean isOpen = (closed == null || !closed.contains(var)) && childEntry.getNumChildren() > 0;
194      if (childType == Item.BIOASSAYSET)
195      {
196        jsonChild = newJoustBioAssaySet(jsonParent, (BioAssaySet)child, isOpen);
197      }
198      else if (childType == Item.TRANSFORMATION)
199      {
200        jsonChild = newJoustTransformation(jsonParent, (Transformation)child, isOpen);
201      }
202      else if (childType == Item.EXTRAVALUE)
203      {
204        jsonChild = newJoustExtraValue(jsonParent, (ExtraValue)child, isOpen);
205      }
206      if (jsonParent == null) json.add(jsonChild);
207      generateSubTree(jsonChild, child, tree, closed);
208    }
209  }
210  return json;
211}
212
213
214JSONObject newJoustBioAssaySet(JSONObject jsonParent, BioAssaySet bas, boolean open)
215{
216  String id = "BIOASSAYSET_"+bas.getId();
217  String name = bas.getName();
218  String icon = "BioAssaySet";
219 
220  JSONObject json = newJoustEntry(jsonParent, icon, HTML.encodeTags(name), id);
221  json.put("type", "bioassayset");
222  json.put("isOpen", open ? 1 : 0);
223  return json;
224}
225
226JSONObject newJoustTransformation(JSONObject jsonParent, Transformation t, boolean open)
227{
228  String id = "TRANSFORMATION_"+t.getId();
229  String name = t.getName();
230  String icon = "Transformation";
231  try
232  {
233    if (t.getJob().getPluginDefinition().supports("net.sf.basedb.core.plugin.AnalysisFilterPlugin"))
234    {
235      icon = "Filter";
236    }
237  }
238  catch (Throwable tt)
239  {}
240 
241  JSONObject json = newJoustEntry(jsonParent, icon, HTML.encodeTags(name), id);
242  json.put("type", "transformation");
243  json.put("isOpen", open ? 1 : 0);
244  return json;
245}
246
247JSONObject newJoustExtraValue(JSONObject jsonParent, ExtraValue ev, boolean open)
248{
249  String id = "EXTRAVALUE_"+ev.getId();
250  String name = ev.getValueType().toString();
251  String icon = "ExtraValue";
252 
253  try
254  {
255    name = ev.getExtraValueType().getName();
256  }
257  catch (PermissionDeniedException ex)
258  {}
259 
260  JSONObject json = newJoustEntry(jsonParent, icon, HTML.encodeTags(name), id);
261  json.put("type", "extra-value");
262  json.put("isOpen", open ? 1 : 0);
263  return json;
264}
265
266JSONObject newJoustEntry(JSONObject jsonParent, String icon, String text, String id)
267{
268  JSONObject jsonJoust = new JSONObject();
269  jsonJoust.put("icon", icon);
270  jsonJoust.put("text", text);
271  jsonJoust.put("id", id);
272  if (jsonParent != null)
273  {
274    JSONArray jsonChildren = (JSONArray)jsonParent.get("children");
275    if (jsonChildren == null)
276    {
277      jsonChildren = new JSONArray();
278      jsonParent.put("children", jsonChildren);
279      jsonParent.remove("isLazy");
280    }
281    jsonChildren.add(jsonJoust);
282  }
283  return jsonJoust;
284}
285%>
286<%
287final int experimentId = Values.getInt(request.getParameter("experiment_id"));
288final int bioAssaySetId = Values.getInt(request.getParameter("item_id"));
289final int transformationId = Values.getInt(request.getParameter("transformation_id"));
290final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
291final String ID = sc.getId();
292final String rootPath = request.getContextPath()+"/";
293final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
294final ItemContext tc = sc.getCurrentContext(Item.TRANSFORMATION);
295final ItemContext xvc = sc.getCurrentContext(Item.EXTRAVALUE);
296
297final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
298final String callback = request.getParameter("callback");
299final String title = mode.generateTitle("bioassay set", "bioassay sets");
300final DbControl dc = sc.newDbControl();
301Tree<BasicItem> analysisTree = null;
302List<AnnotationLoaderUtil> annotationLoaders = new ArrayList<AnnotationLoaderUtil>();
303try
304{
305  Formatter<Date> dateTimeFormatter = FormatterFactory.getDateTimeFormatter(sc);
306  final ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
307  SnapshotManager manager = new SnapshotManager();
308  ProjectSpecificInfoFilter psInfo = new ProjectSpecificInfoFilter();
309  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
310  {
311    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at));
312  }
313  final Experiment experiment = Experiment.getById(dc, experimentId);
314  final BasicItem root = transformationId == 0 ? 
315      (bioAssaySetId == 0 ? null : BioAssaySet.getById(dc, bioAssaySetId))
316      : Transformation.getById(dc, transformationId);
317  final boolean createPermission = experiment.hasPermission(Permission.USE);
318  final boolean deletePermission = createPermission;
319  final boolean writePermission = createPermission;
320
321  final ItemQuery<Transformation> transformationQuery = experiment.getTransformations();
322  transformationQuery.include(cc.getInclude());
323  transformationQuery.setFirstResult(0);
324  transformationQuery.setMaxResults(-1);
325  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
326  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, 
327      guiContext, root == null ? experiment : root);
328  try
329  {
330    final ItemQuery<BioAssaySet> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, jspContext, true, experiment.getBioAssaySets(), mode);
331    query.setFirstResult(0);
332    query.setMaxResults(-1);
333    analysisTree = getAnalysisTree(dc, query, transformationQuery);
334  }
335  catch (Throwable t)
336  {
337    cc.setMessage(t.getMessage());
338    t.printStackTrace();
339  }
340  // Contains the ID:s of the bioassaysets that are closed in the tree
341  Collection<String> closed = cc.getObject("closed");
342  int numListed = 0;
343 
344  ExtensionsInvoker<ButtonAction> toolsInvoker = ExtensionsControl.useExtensions(jspContext, 
345      "net.sf.basedb.clients.web.bioassayset.list.tools");
346  ExtensionsInvoker<ButtonAction> toolbarInvoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
347  ExtensionsInvoker<ListColumnAction<BioAssaySet,?>> columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
348 
349  JSONArray json = generateSubTree(null, root, analysisTree, closed);
350  %>
351  <base:page type="include">
352  <base:head scripts="joust-2.js,/views/experiments/bioassaysets/analysis_tree.js" />
353  <base:body>
354    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
355    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
356   
357    <div id="tree-data" class="datacontainer"
358      data-experiment-id="<%=experimentId%>"
359      data-bioassayset-id="<%=bioAssaySetId%>"
360      data-transformation-id="<%=transformationId %>"
361      data-joust-tree="<%=HTML.encodeTags(json.toJSONString()) %>"
362    ></div>
363   
364    <tbl:table 
365      id="bioAssaySets" 
366      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
367      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
368      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
369      action="<%=transformationId != 0 ? "../bioassaysets/index.jsp" : "index.jsp"%>"
370      sc="<%=sc%>"
371      item="<%=itemType%>"
372      filterrows="<%=cc.getFilterRows()%>"
373      subclass="<%=root == null ? "fulltable" : "" %>"
374      >
375      <tbl:hidden 
376        name="mode" 
377        value="<%=mode.getName()%>" 
378      />
379      <tbl:hidden 
380        name="experiment_id" 
381        value="<%=String.valueOf(experimentId)%>" 
382      />
383      <tbl:hidden 
384        name="item_id" 
385        value="<%=String.valueOf(bioAssaySetId)%>"
386        skip="<%=bioAssaySetId == 0%>"
387      />
388      <tbl:hidden 
389        name="transformation_id" 
390        value="<%=String.valueOf(transformationId)%>"
391        skip="<%=transformationId == 0%>"
392      />
393      <tbl:hidden 
394        name="callback" 
395        value="<%=callback%>" 
396        skip="<%=callback == null%>" 
397      />
398      <tbl:hidden
399        name="closed"
400        value="<%=closed == null ? "," : ","+Values.getString(closed, ",", true)+","%>"
401      />
402      <tbl:columndef 
403        id="name"
404        property="name"
405        datatype="string"
406        title="Name"
407        sortable="true" 
408        filterable="true"
409        exportable="true"
410        show="always" 
411      />
412      <tbl:columndef 
413        id="spots"
414        property="numSpots"
415        datatype="int"
416        title="Spots/Values in db"
417        sortable="true" 
418        filterable="true"
419        exportable="true"
420      />
421      <tbl:columndef 
422        id="reporters"
423        property="numReporters"
424        datatype="int"
425        title="Reporters in db"
426        sortable="true" 
427        filterable="true"
428        exportable="true"
429      />
430      <tbl:columndef 
431        id="fileSpots"
432        property="numFileSpots"
433        datatype="int"
434        title="Spots/Values in file"
435        sortable="true" 
436        filterable="true"
437        exportable="true"
438      />
439      <tbl:columndef 
440        id="fileReporters"
441        property="numFileReporters"
442        datatype="int"
443        title="Reporters in file"
444        sortable="true" 
445        filterable="true"
446        exportable="true"
447      />
448      <tbl:columndef 
449        id="date"
450        property="transformation.job.ended"
451        datatype="timestamp"
452        title="Date"
453        sortable="true" 
454        filterable="true"
455        exportable="true"
456      />
457      <tbl:columndef 
458        id="plugin"
459        property="transformation.job.pluginDefinition.name"
460        datatype="string"
461        title="Plugin"
462        sortable="true" 
463        filterable="true"
464        exportable="true"
465      />
466      <tbl:columndef 
467        id="description"
468        property="description"
469        datatype="string"
470        title="Description" 
471        sortable="true" 
472        filterable="true" 
473        exportable="true"
474      />
475      <%
476      for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
477      {
478        AnnotationType at = loader.getAnnotationType();
479        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
480        Formatter<Object> formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
481        if (at.isEnumeration())
482        {
483          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
484          if (!at.getDisplayAsList()) annotationEnum.add("", "-none-");
485          List<?> values = at.getValues();
486          for (Object value : values)
487          {
488            String encoded = formatter.format(value);
489            annotationEnum.add(encoded, encoded);
490          }
491        }
492        %>
493        <tbl:columndef 
494          id="<%="at"+at.getId()%>"
495          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+" [A]"%>" 
496          property="<%="#"+at.getId()%>"
497          annotation="true"
498          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
499          enumeration="<%=annotationEnum%>"
500          smartenum="<%=at.getDisplayAsList() %>"
501          sortable="<%=at.getMultiplicity() == 1%>" 
502          filterable="true" 
503          exportable="true"
504          formatter="<%=formatter%>"
505          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
506        />
507        <%
508      }
509      %>
510      <tbl:columndef 
511        id="tools"
512        title="Tools" 
513      />
514      <tbl:columndef 
515        id="xt-columns" 
516        extensions="<%=columnsInvoker%>" 
517        jspcontext="<%=jspContext%>" 
518      />
519
520      <div class="panelgroup">
521      <tbl:toolbar
522        visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
523        subclass="<%=root == null ? "bottomborder bg-filled-50" : "topborder leftborder rightborder bg-filled-50" %>"
524        >
525        <tbl:button 
526          id="btnNewRootBioAssaySet"
527          disabled="<%=!createPermission%>" 
528          image="new.png" 
529          title="New root bioassay set&hellip;" 
530          tooltip="<%=createPermission ? "Create a new root bioassay set" : "You do not have permission to create bioassay sets"%>" 
531          visible="<%=root == null && pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.INTENSITY)%>"
532        />
533        <tbl:button 
534          id="btnDeleteTreeItems"
535          disabled="<%=!deletePermission%>" 
536          image="delete.png" 
537          title="Delete"
538          tooltip="<%=deletePermission ? "Delete the selected items" : "You do not have permission to delete items"%>" 
539        />
540        <tbl:button 
541          id="btnRestoreTreeItems"
542          disabled="<%=!writePermission%>" 
543          image="restore.png" 
544          title="Restore"
545          tooltip="<%=writePermission ? "Restore the selected (deleted) items" : "You do not have permission to restore items"%>" 
546        />
547        <tbl:button 
548          id="btnTreeColumns"
549          image="columns.png" 
550          title="Columns&hellip;" 
551          tooltip="Show, hide and re-order columns" 
552        />
553        <tbl:button 
554          id="btnTreeImport"
555          data-plugin-type="IMPORT"
556          image="import.png" 
557          title="Import&hellip;" 
558          tooltip="Import data" 
559          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
560        />
561        <tbl:button 
562          id="btnTreeExport"
563          data-plugin-type="EXPORT"
564          image="export.png" 
565          title="Export&hellip;" 
566          tooltip="Export data" 
567          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
568        />
569        <tbl:button 
570          id="btnTreeRunPlugin"
571          data-plugin-type="OTHER"
572          image="runplugin.png" 
573          title="Run plugin&hellip;" 
574          tooltip="Run a plugin" 
575          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
576        />
577        <ext:render extensions="<%=toolbarInvoker%>" context="<%=jspContext%>" 
578          wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer<ButtonAction>(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
579      </tbl:toolbar>
580      </div>
581      <tbl:data style="<%=root == null ? "top: 1.75em;" : "" %>">
582        <tbl:headers>
583          <tbl:headerrow>
584            <tbl:header colspan="3">
585            <tbl:presetselector 
586              style="border-right: 0px;"
587            />
588            </tbl:header>
589            <tbl:columnheaders />
590          </tbl:headerrow>
591          <%
592          int numFilters = cc.getNumPropertyFilters();
593          int numRows = cc.getFilterRows();
594          for (int filterNo = 0; filterNo < numRows; filterNo++)
595          {
596            boolean lastRow = filterNo == numRows-1;
597            %>
598            <tbl:headerrow>
599              <tbl:header subclass="index" />
600              <tbl:header 
601                subclass="check" 
602                visible="<%=mode.hasCheck()%>"
603                ><base:icon 
604                  subclass="link table-check"
605                  image="check_uncheck.png" 
606                  tooltip="Toggle all (use CTRL, ALT or SHIFT to check/uncheck)" 
607                  visible="<%=lastRow%>"
608                /></tbl:header>
609              <tbl:header 
610                subclass="check" 
611                visible="<%=mode.hasRadio()%>"
612                />
613              <tbl:header 
614                subclass="icons" 
615                visible="<%=mode.hasIcons()%>"
616                >
617                <base:icon
618                  subclass="link table-filter-row-action"
619                  image="add.png"
620                  tooltip="Add extra filter row"
621                  visible="<%=lastRow%>"
622                /><base:icon
623                  subclass="link table-filter-row-action"
624                  image="remove.png"
625                  tooltip="Remove this filter row"
626                  visible="<%=numRows > 1 || numFilters > 0 %>"
627                  data-remove-row="<%=filterNo%>"
628                />
629              </tbl:header>
630              <tbl:propertyfilter row="<%=filterNo%>" />
631            </tbl:headerrow>
632            <%
633          }
634          %>
635          <tbl:columnsubtitles />
636        </tbl:headers>
637        <tbl:rows>
638          <%
639          if (cc.getMessage() != null)
640          {
641            %>
642            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
643              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
644            </tbl:panel>
645            <%
646            cc.setMessage(null);
647          }
648          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
649          int selectedItemId = cc.getId();
650          if (analysisTree != null)
651          {           
652            Iterator<Tree.Entry<BasicItem>> baas = analysisTree.entryIterator(root);
653            while (baas.hasNext())
654            {
655              Tree.Entry<BasicItem> entry = baas.next();
656              BasicItem item = entry.getNode();
657              if (item != null)
658              {
659                int level = entry.getDepth() - 1;
660                int itemId = item.getId();
661                String joustId = item.getType().name() + "_" + itemId;
662               
663                boolean isVisible = true;
664                BasicItem parent = entry.getParent().getNode();
665                if (parent != null && closed != null)
666                {
667                  String parentId = parent.getType().name()+"_"+parent.getId();
668                  isVisible = !closed.contains(parentId);
669                  if (!isVisible) closed.add(joustId);
670                }
671                String name = "";
672                String description = "";
673                String tooltip = mode.isSelectionMode() ?
674                    "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
675                boolean removed = false;
676                Transformation t = null;
677                BioAssaySet bas = null;
678                ExtraValue xv = null;
679                PluginDefinition plugin = null;
680                Job job = null;
681                String prefix = "";
682                ItemContext ccc = null;
683                Item itemType = item.getType();
684                if (itemType == Item.TRANSFORMATION)
685                {
686                  t = (Transformation)item;
687                  removed = t.isRemoved();
688                  prefix = "T:";
689                  ccc = tc;
690                  name = HTML.encodeTags(t.getName());
691                  description = HTML.encodeTags(t.getDescription());
692                  try
693                  {
694                    job = t.getJob();
695                    plugin = job.getPluginDefinition();
696                  }
697                  catch (Throwable ex)
698                  {}
699                }
700                else if (itemType == Item.BIOASSAYSET)
701                {
702                  bas = (BioAssaySet)item;
703                  removed = bas.isRemoved();
704                  ccc = cc;
705                  name = HTML.encodeTags(bas.getName());
706                  description = HTML.encodeTags(bas.getDescription());
707                }
708                else if (itemType == Item.EXTRAVALUE)
709                {
710                  xv = (ExtraValue)item;
711                  prefix = "X:";
712                  removed = false;
713                  ccc = xvc;
714                  try
715                  {
716                    ExtraValueType xvType = xv.getExtraValueType();
717                    name = HTML.encodeTags(xvType.getName());
718                    description = HTML.encodeTags(xvType.getDescription());
719                  }
720                  catch (PermissionDeniedException ex)
721                  {
722                    name = xv.getValueType().toString();
723                    description = "";
724                  }
725                  try
726                  {
727                    job = xv.getJob();
728                    plugin = job.getPluginDefinition();
729                  }
730                  catch (Throwable ex)
731                  {}
732                }
733               
734                index++;
735                numListed++;
736                %>
737                <tbl:row
738                  id="<%="row."+joustId%>"
739                  style="<%=isVisible ? "" : "display: none;" %>"
740                  >
741                  <tbl:header 
742                    clazz="index"
743                    ><%=index%></tbl:header>
744                  <tbl:header 
745                    clazz="check" 
746                    visible="<%=mode.hasCheck()%>"
747                    ><input 
748                        type="checkbox" 
749                        name="<%=prefix+itemId%>" 
750                        value="<%=itemId%>" 
751                        title="<%=name%>" 
752                        <%=ccc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%>
753                      ></tbl:header>
754                  <tbl:header 
755                    clazz="check" 
756                    visible="<%=mode.hasRadio()%>"
757                    ><input 
758                        type="radio" 
759                        name="item_id" 
760                        value="<%=itemId%>" 
761                        title="<%=name%>" 
762                        <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
763                      ></tbl:header>
764                  <tbl:header 
765                    clazz="icons" 
766                    visible="<%=mode.hasIcons()%>"
767                    ><base:icon 
768                      image="deleted.png"
769                      id="<%="delete."+itemId %>"
770                      subclass="<%=deletePermission ? "table-delete-item" : "disabled" %>"
771                      data-item-type="<%=itemType.name() %>"
772                      data-item-id="<%=itemId%>"
773                      data-notify="reloadOnNotify"
774                      tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
775                      visible="<%=removed%>"
776                    />&nbsp;</tbl:header>
777                 
778                  <tbl:cell clazz="cell joust" column="name">
779                    <div id="<%=joustId%>" class="link auto-init"
780                      data-auto-init="item-link"
781                      data-item-type="<%=itemType.name() %>" 
782                      data-item-id="<%=itemId %>"
783                      data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>" 
784                      tabindex="0"
785                      title="<%=tooltip%>"><%=name%></div>
786                  </tbl:cell>
787                  <%
788                  if (t != null)
789                  {
790                    %>
791                    <tbl:cell column="spots">&nbsp;</tbl:cell>
792                    <tbl:cell column="reporters">&nbsp;</tbl:cell>
793                    <tbl:cell column="fileSpots">&nbsp;</tbl:cell>
794                    <tbl:cell column="fileReporters">&nbsp;</tbl:cell>
795                    <tbl:cell column="tools" style="white-space: nowrap;">
796                      <%
797                      if (createPermission && job != null && plugin != null && plugin.isInteractive() && plugin.hasPermission(Permission.USE))
798                      {
799                        // User may not have permission to read plug-in configuration for job
800                        boolean copyTransformationAllowed = false;
801                        try
802                        {
803                          PluginConfiguration pluginConfig = job.getPluginConfiguration();
804                          if (pluginConfig == null || pluginConfig.hasPermission(Permission.USE))
805                          {
806                            copyTransformationAllowed = true;
807                          }
808                        }
809                        catch (Exception e)
810                        {}
811                        if (copyTransformationAllowed)
812                        {
813                          %>
814                          <base:icon 
815                            subclass="link auto-init"
816                            data-auto-init="copy-job"
817                            data-job-id="<%=job.getId() %>"
818                            image="copy.png" 
819                            tooltip="Copy this transformation"
820                          />
821                          <%
822                        }
823                      }
824                      %>
825                      <ext:render extensions="<%=toolsInvoker%>" context="<%=jspContext%>" item="<%=item%>" />
826                    </tbl:cell>
827                    <%
828                  }
829                  if (bas != null)
830                  {
831                    %>
832                    <tbl:cell column="spots"><%=bas.getNumSpots()%></tbl:cell>
833                    <tbl:cell column="reporters"><%=bas.getNumReporters()%></tbl:cell>
834                    <tbl:cell column="fileSpots"><%=bas.getNumFileSpots()%></tbl:cell>
835                    <tbl:cell column="fileReporters"><%=bas.getNumFileReporters()%></tbl:cell>
836                    <tbl:cell column="date">&nbsp;</tbl:cell>
837                    <tbl:cell column="plugin">&nbsp;</tbl:cell>
838                    <%
839                    if (bas.isAnnotated())
840                    {
841                      AnnotationSetSnapshot snapshot = manager.getSnapshot(dc, bas.getAnnotationSet().getId());
842                      for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
843                      {
844                        %>
845                        <tbl:cell 
846                          column="<%="at"+loader.getId()%>"
847                          ><%
848                          if (loader.find(snapshot, psInfo.reset())) 
849                          {
850                            %><tbl:cellvalue 
851                              list="<%=loader.getValues()%>"
852                              suffix="<%=loader.getUnitSymbol()%>"
853                              clazz="<%=psInfo.overridesDefaultAnnotation() ? "ps-annotation" : null%>"
854                            /><%
855                          }
856                          %></tbl:cell>
857                        <%
858                      }
859                    }
860                    %>
861                    <tbl:cell column="tools" style="white-space: nowrap;">
862                      <%
863                      if (bas.getNumSpots() > 0)
864                      {
865                        %>
866                        <base:icon 
867                          subclass="link auto-init"
868                          data-auto-init="bioassayset-plotter"
869                          data-item-id="<%=itemId %>"
870                          image="plotter.png" 
871                          tooltip="A simple plot tool"
872                        />
873                        <base:icon 
874                          subclass="link auto-init"
875                          data-auto-init="experiment-explorer"
876                          data-item-id="<%=itemId %>"
877                          image="explorer.png" 
878                          tooltip="Experiment explorer"
879                        />
880                        <%
881                      }
882                      %>
883                      <base:icon 
884                        subclass="link auto-init"
885                        data-auto-init="bioassayset-plugin"
886                        data-plugin-type="EXPORT"
887                        data-item-id="<%=itemId %>"
888                        image="export.png" 
889                        tooltip="Export data"
890                      />
891                      <%
892                      if (createPermission)
893                      {
894                        %>
895                        <base:icon 
896                          subclass="link auto-init"
897                          data-auto-init="bioassayset-plugin"
898                          data-plugin-type="ANALYZE"
899                          data-cmd="NewFilteredBioAssaySet"
900                          data-item-id="<%=itemId %>"
901                          image="filter.png" 
902                          tooltip="Create a filtered bioassay set"
903                        />
904                        <base:icon 
905                          subclass="link auto-init"
906                          data-auto-init="bioassayset-plugin"
907                          data-plugin-type="ANALYZE"
908                          data-item-id="<%=itemId %>"
909                          image="runplugin.png" 
910                          tooltip="Run an analysis plugin"
911                        />
912                        <%
913                      }
914                      %>
915                      <ext:render extensions="<%=toolsInvoker%>" context="<%=jspContext%>" item="<%=item%>" />
916                    </tbl:cell>
917                    <%
918                  }
919                  if (xv != null)
920                  {
921                    %>
922                    <tbl:cell column="spots"><%=xv.getNumValues()%></tbl:cell>
923                    <tbl:cell column="reporters">&nbsp;</tbl:cell>
924                    <tbl:cell column="fileSpots"><%=xv.getNumFileValues()%></tbl:cell>
925                    <tbl:cell column="fileReporters">&nbsp;</tbl:cell>
926                    <tbl:cell column="tools" style="white-space: nowrap;">
927                      <%
928                      if (createPermission && job != null && plugin != null && plugin.isInteractive() && plugin.hasPermission(Permission.USE))
929                      {
930                        // User may not have permission to read plug-in configuration for job
931                        boolean copyTransformationAllowed = false;
932                        try
933                        {
934                          PluginConfiguration pluginConfig = job.getPluginConfiguration();
935                          if (pluginConfig == null || pluginConfig.hasPermission(Permission.USE))
936                          {
937                            copyTransformationAllowed = true;
938                          }
939                        }
940                        catch (Exception e)
941                        {}
942                        if (copyTransformationAllowed)
943                        {
944                          %>
945                          <base:icon 
946                            subclass="link auto-init"
947                            data-auto-init="copy-job"
948                            data-job-id="<%=job.getId() %>"
949                            image="copy.png" 
950                            tooltip="Copy this extra value"
951                          />
952                          <%
953                        }
954                      }
955                      %>
956                      <ext:render extensions="<%=toolsInvoker%>" context="<%=jspContext%>" item="<%=item%>" />
957                    </tbl:cell>
958                    <%
959                  }
960                  %>
961                  <tbl:cell column="date"><%=job == null ? "" : dateTimeFormatter.format(job.getEnded())%></tbl:cell>
962                  <tbl:cell column="plugin"><%=plugin == null ? "" : Base.getLinkedName(ID, plugin, false, true)%></tbl:cell>
963                  <tbl:cell column="description"><%=description%></tbl:cell>
964                  <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
965                    <tbl:cell column="xt-columns" />
966                  </tbl:xt-cells>
967                </tbl:row>
968                <%
969              }
970            }
971          }
972          if (numListed == 0)
973          {
974            %>
975            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
976              <div class="messagecontainer note">
977              No bioassay sets or transformations were found.
978              </div>
979            </tbl:panel>
980            <%
981          }
982          %>
983        </tbl:rows>
984      </tbl:data>
985    </tbl:table>
986
987    <div id="reloadOnNotify"></div>
988  </base:body>
989  </base:page>
990  <%
991}
992finally
993{
994  if (dc != null) dc.close();
995}
996%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.