source: trunk/www/views/experiments/list_experiments.jsp @ 6698

Last change on this file since 6698 was 6698, checked in by Nicklas Nordborg, 7 years ago

References #1912: Add more filter rows in list pages

Implemented in list pages on the lower half of 'View' menu (physical bioassays, derived bioassays, experiments, formulas, reporters and reporter lists).

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Id
File size: 19.3 KB
Line 
1<%-- $Id: list_experiments.jsp 6698 2015-01-30 09:38:36Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.Experiment"
31  import="net.sf.basedb.core.RawDataType"
32  import="net.sf.basedb.core.RawDataTypes"
33  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
34  import="net.sf.basedb.core.Include"
35  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
36  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
37  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
38  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
39  import="net.sf.basedb.core.Permission"
40  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
41  import="net.sf.basedb.core.Quantity"
42  import="net.sf.basedb.core.Unit"
43  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
44  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
45  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
46  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
47  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
48  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
49  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
50  import="net.sf.basedb.util.units.UnitUtil"
51  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
52  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
53  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
54  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
55  import="net.sf.basedb.util.Values"
56  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
57  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
58  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
59  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
60  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
63  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
64  import="java.util.Iterator"
65  import="java.util.List"
66  import="java.util.Map"
67  import="java.util.Date"
68%>
69<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
70<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
71<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
72<%!
73  private static final Item itemType = Item.EXPERIMENT;
74  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
75%>
76<%
77final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
78final String ID = sc.getId();
79final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
80final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
81
82final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
83final String callback = request.getParameter("callback");
84final String title = mode.generateTitle("experiment", "experiments");
85final DbControl dc = sc.newDbControl();
86ItemResultIterator<Experiment> experiments = null;
87try
88{
89  Unit bytes = UnitUtil.getUnit(dc, Quantity.STORAGE_SIZE, "B");
90  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
91  try
92  {
93    final ItemQuery<Experiment> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, Experiment.getQuery(), mode);
94    experiments = query.iterate(dc);
95  }
96  catch (Throwable t)
97  {
98    cc.setMessage(t.getMessage());
99  }
100  int numListed = 0;
101  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
102  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
103  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
104  ExtensionsInvoker columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
105  %>
106  <base:page title="<%=title==null ? "Experiments" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
107  <base:head scripts="table.js,~experiments.js" styles="table.css,toolbar.css">
108    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
109    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
110  </base:head>
111 
112  <base:body>
113    <h1><%=title==null ? "Experiments" : title%></h1>
114    <div class="content">
115    <tbl:table 
116      id="experiments" 
117      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
118      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
119      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
120      action="index.jsp"
121      sc="<%=sc%>"
122      item="<%=itemType%>"
123      filterrows="<%=cc.getFilterRows()%>"
124      subclass="fulltable"
125      >
126      <tbl:hidden 
127        name="mode" 
128        value="<%=mode.getName()%>" 
129      />
130      <tbl:hidden 
131        name="callback" 
132        value="<%=callback%>" 
133        skip="<%=callback == null%>" 
134      />
135      <tbl:columndef 
136        id="name"
137        property="name"
138        datatype="string"
139        title="Name"
140        sortable="true" 
141        filterable="true"
142        exportable="true"
143        show="always" 
144      />
145      <tbl:columndef 
146        id="id"
147        clazz="uniquecol"
148        property="id"
149        datatype="int"
150        title="ID"
151        sortable="true"
152        filterable="true"
153        exportable="true"
154      />
155      <tbl:columndef 
156        id="entryDate"
157        property="entryDate"
158        datatype="date"
159        title="Registered"
160        sortable="true" 
161        filterable="true"
162        exportable="true"
163        formatter="<%=dateFormatter%>"
164      />
165      <%
166      Enumeration<String, String> rawEnumeration = new Enumeration<String, String>();
167      for (RawDataType rdt : RawDataTypes.getRawDataTypes())
168      {
169        rawEnumeration.add(rdt.getId(), HTML.encodeTags(rdt.getName()));
170      }
171      rawEnumeration.sortValues();
172      %>
173      <tbl:columndef 
174        id="rawDataType"
175        property="rawDataType"
176        datatype="string"
177        enumeration="<%=rawEnumeration%>"
178        title="Raw data type"
179        sortable="true" 
180        filterable="true"
181        exportable="true"
182      />
183      <tbl:columndef 
184        id="bytes"
185        property="bytes"
186        datatype="long"
187        title="Bytes"
188        sortable="true" 
189        filterable="true"
190        exportable="true"
191        unit="<%=bytes%>"
192      />
193      <tbl:columndef 
194        id="directory"
195        property="directory.name"
196        datatype="string"
197        title="Directory"
198        sortable="true" 
199        filterable="true"
200        exportable="true"
201      />
202      <tbl:columndef 
203        id="reporterCloneTemplate"
204        property="virtualDb.reporterCloneTemplate.name"
205        datatype="string"
206        title="Reporter clone template"
207        sortable="true" 
208        filterable="true"
209        exportable="true"
210      />
211      <tbl:columndef 
212        id="title"
213        property="title"
214        datatype="string"
215        title="Title"
216        sortable="true" 
217        filterable="true"
218        exportable="true"
219      />
220      <tbl:columndef 
221        id="abstract"
222        property="abstract"
223        datatype="string"
224        title="Abstract"
225        sortable="true" 
226        filterable="true"
227        exportable="true"
228      />
229      <tbl:columndef 
230        id="affiliations"
231        property="affiliations"
232        datatype="string"
233        title="Affiliations"
234        sortable="true" 
235        filterable="true"
236        exportable="true"
237      />
238      <tbl:columndef 
239        id="authors"
240        property="authors"
241        datatype="string"
242        title="Authors"
243        sortable="true" 
244        filterable="true"
245        exportable="true"
246      />
247      <tbl:columndef 
248        id="experimentDesign"
249        property="experimentDesign"
250        datatype="string"
251        title="Experiment design"
252        sortable="true" 
253        filterable="true"
254        exportable="true"
255      />
256      <tbl:columndef 
257        id="experimentType"
258        property="experimentType"
259        datatype="string"
260        title="Experiment type"
261        sortable="true" 
262        filterable="true"
263        exportable="true"
264      />
265      <tbl:columndef 
266        id="publication"
267        property="publication"
268        datatype="string"
269        title="Publication"
270        sortable="true" 
271        filterable="true"
272        exportable="true"
273      />
274      <tbl:columndef 
275        id="publicationDate"
276        property="publicationDate"
277        datatype="date"
278        title="Publication date"
279        sortable="true" 
280        filterable="true"
281        exportable="true"
282        formatter="<%=dateFormatter%>"
283      />
284      <tbl:columndef 
285        id="pubMedId"
286        property="pubMedId"
287        datatype="string"
288        title="PubMedId"
289        sortable="true" 
290        filterable="true"
291        exportable="true"
292      />
293      <tbl:columndef 
294        id="owner"
295        property="owner.name"
296        datatype="string"
297        title="Owner"
298        sortable="true" 
299        filterable="true"
300        exportable="true"
301      />
302      <tbl:columndef 
303        id="description"
304        property="description"
305        datatype="string"
306        title="Description" 
307        sortable="true" 
308        filterable="true" 
309        exportable="true"
310      />
311      <tbl:columndef 
312        id="actions"
313        title="Actions"
314      />
315      <tbl:columndef
316        id="permission"
317        title="Permission"
318      />
319      <tbl:columndef
320        id="sharedTo"
321        title="Shared to"
322        filterable="true"
323        filterproperty="!sharedTo.name"
324        datatype="string"
325      />
326      <tbl:columndef 
327        id="xt-columns" 
328        extensions="<%=columnsInvoker%>" 
329        jspcontext="<%=jspContext%>" 
330      />
331      <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
332        <tbl:toolbar
333          subclass="bottomborder"
334          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
335          >
336          <tbl:button 
337            id="btnNewItem"
338            disabled="<%=!createPermission%>" 
339            image="new.png" 
340            title="New&hellip;" 
341            tooltip="<%=createPermission ? "Create new experiment" : "You do not have permission to create experiments"%>" 
342          />
343          <tbl:button 
344            id="btnDeleteItems"
345            image="delete.png"
346            title="Delete" 
347            tooltip="Delete the selected items" 
348          />
349          <tbl:button 
350            id="btnRestoreItems"
351            image="restore.png"
352            title="Restore" 
353            tooltip="Restore the selected (deleted) items"
354          />
355          <tbl:button 
356            id="btnShareItems"
357            image="share.png"
358            title="Share&hellip;" 
359            tooltip="Share the selected items"
360          />
361          <tbl:button 
362            id="btnSetOwner"
363            image="take_ownership.png"
364            title="Set owner&hellip;"
365            tooltip="Change owner of the selected items"
366          />
367          <tbl:button 
368            id="btnColumns"
369            image="columns.png" 
370            title="Columns&hellip;" 
371            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
372          />
373          <tbl:button 
374            id="btnImport"
375            data-plugin-type="IMPORT"
376            image="import.png" 
377            title="Import&hellip;" 
378            tooltip="Import data" 
379            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
380          />
381          <tbl:button 
382            id="btnExport"
383            data-plugin-type="EXPORT"
384            image="export.png" 
385            title="Export&hellip;" 
386            tooltip="Export data" 
387            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
388          />
389          <tbl:button 
390            id="btnRunPlugin"
391            data-plugin-type="OTHER"
392            image="runplugin.png" 
393            title="Run plugin&hellip;" 
394            tooltip="Run a plugin" 
395            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
396          />
397          <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
398            wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
399        </tbl:toolbar>
400        <tbl:panel>
401          <tbl:presetselector />
402          <tbl:navigator
403            page="<%=cc.getPage()%>" 
404            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
405            totalrows="<%=experiments == null ? 0 : experiments.getTotalCount()%>" 
406            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
407          />
408        </tbl:panel>
409      </div>
410      <tbl:data>
411        <tbl:headers>
412          <tbl:headerrow>
413            <tbl:header colspan="3" />
414            <tbl:columnheaders />
415          </tbl:headerrow>
416          <%
417          int numFilters = cc.getNumPropertyFilters();
418          int numRows = cc.getFilterRows();
419          for (int filterNo = 0; filterNo < numRows; filterNo++)
420          {
421            boolean lastRow = filterNo == numRows-1;
422            %>
423            <tbl:headerrow>
424              <tbl:header subclass="index" />
425              <tbl:header 
426                subclass="check" 
427                visible="<%=mode.hasCheck()%>"
428                ><base:icon 
429                  id="check.uncheck"
430                  image="check_uncheck.png" 
431                  tooltip="Check/uncheck all" 
432                  visible="<%=lastRow%>"
433                /></tbl:header>
434              <tbl:header 
435                subclass="check" 
436                visible="<%=mode.hasRadio()%>"
437                />
438              <tbl:header 
439                subclass="icons" 
440                visible="<%=mode.hasIcons()%>"
441                >
442                <base:icon
443                  id="table-add-filter-row"
444                  image="add.png"
445                  tooltip="Add extra filter row"
446                  visible="<%=lastRow%>"
447                /><base:icon
448                  id="<%="remove-filter-row-"+filterNo %>"
449                  subclass="table-remove-filter-row"
450                  image="remove.png"
451                  tooltip="Remove this filter row"
452                  visible="<%=numRows > 1 || numFilters > 0 %>"
453                  data-filter-index="<%=filterNo%>"
454                />
455              </tbl:header>
456              <tbl:propertyfilter row="<%=filterNo%>" />
457            </tbl:headerrow>
458            <%
459          }
460          %>
461        </tbl:headers>
462        <tbl:rows>
463          <%
464          if (cc.getMessage() != null)
465          {
466            %>
467            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
468              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
469            </tbl:panel>
470            <%
471            cc.setMessage(null);
472          }
473          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
474          int selectedItemId = Values.getInt(request.getParameter("item_id"));
475          if (experiments != null)
476          {           
477            while (experiments.hasNext())
478            {
479              Experiment item = experiments.next();
480              int itemId = item.getId();
481             
482             
483              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
484              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
485              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
486              String tooltip = mode.isSelectionMode() ?
487                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
488              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
489              index++;
490              numListed++;
491              %>
492              <tbl:row>
493                <tbl:header 
494                  clazz="index"
495                  ><%=index%></tbl:header>
496                <tbl:header 
497                  clazz="check" 
498                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
499                  ><input 
500                    type="checkbox" 
501                    name="<%=itemId%>" 
502                    value="<%=itemId%>" 
503                    title="<%=name%>" 
504                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
505                  ></tbl:header>
506                <tbl:header 
507                  clazz="check" 
508                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
509                  ><input 
510                    type="radio" 
511                    name="item_id" 
512                    value="<%=itemId%>" 
513                    title="<%=name%>" 
514                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
515                  ></tbl:header>
516                <tbl:header 
517                  clazz="icons" 
518                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
519                  ><base:icon 
520                    image="deleted.png"
521                    id="<%="delete."+itemId %>"
522                    subclass="<%=deletePermission ? "table-delete-item" : null %>"
523                    data-item-id="<%=itemId%>"
524                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
525                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
526                  /><base:icon 
527                    image="shared.png" 
528                    id="<%="share."+itemId %>"
529                    subclass="<%=sharePermission ? "table-share-item" : null %>"
530                    data-item-id="<%=itemId%>"
531                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
532                    visible="<%=item.isShared()%>"
533                  />&nbsp;</tbl:header>
534                <tbl:cell column="name"><div 
535                  class="link table-item"
536                  data-item-id="<%=itemId%>"
537                  data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>" 
538                  tabindex="0"
539                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
540                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
541                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=item.getEntryDate()%>" />
542                <tbl:cell column="bytes"><%=Values.formatBytes(item.getBytes())%></tbl:cell>
543                <tbl:cell column="rawDataType"><%=HTML.encodeTags(item.getRawDataType().getName())%></tbl:cell>
544                <tbl:cell column="directory"
545                  ><base:propertyvalue 
546                    item="<%=item%>" 
547                    property="directory" 
548                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
549                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
550                  /></tbl:cell>
551                <tbl:cell column="reporterCloneTemplate"
552                  ><base:propertyvalue 
553                    item="<%=item%>" 
554                    property="virtualDb.reporterCloneTemplate" 
555                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
556                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
557                  /></tbl:cell>
558                <tbl:cell column="title"><%=HTML.encodeTags(item.getTitle())%></tbl:cell>
559                <tbl:cell column="abstract"><%=HTML.encodeTags(item.getAbstract())%></tbl:cell>
560                <tbl:cell column="affiliations"><%=HTML.encodeTags(item.getAffiliations())%></tbl:cell>
561                <tbl:cell column="authors"><%=HTML.encodeTags(item.getAuthors())%></tbl:cell>
562                <tbl:cell column="experimentDesign"><%=HTML.encodeTags(item.getExperimentDesign())%></tbl:cell>
563                <tbl:cell column="experimentType"><%=HTML.encodeTags(item.getExperimentType())%></tbl:cell>
564                <tbl:cell column="publication"><%=HTML.encodeTags(item.getPublication())%></tbl:cell>
565                <tbl:cell column="publicationDate" value="<%=item.getPublicationDate()%>" />
566                <tbl:cell column="pubMedId"><%=HTML.encodeTags(item.getPubMedId())%></tbl:cell>
567                <tbl:cell column="owner"
568                  ><base:propertyvalue 
569                    item="<%=item%>" 
570                    property="owner"
571                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
572                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
573                  /></tbl:cell>
574                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
575                <tbl:cell column="actions"><a href="bioassaysets/index.jsp?ID=<%=ID%>&amp;experiment_id=<%=itemId%>">Analyze</a></tbl:cell>
576                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
577                <tbl:cell column="sharedTo">
578                  <%
579                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
580                  while(sharees.hasNext())
581                  {
582                    Nameable n = sharees.next();
583                    if (mode.hasPropertyLink())
584                    {
585                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
586                    }
587                    else
588                    {
589                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
590                    }
591                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
592                  }
593                  %>
594                </tbl:cell>
595                <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
596                  <tbl:cell column="xt-columns" />
597                </tbl:xt-cells>
598              </tbl:row>
599              <%
600              }
601            }
602          if (numListed == 0)
603          {
604            %>
605            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
606              <div class="messagecontainer note">
607              <%=experiments == null || experiments.getTotalCount() == 0 ? "No experiments were found" : "No experiments on this page. Please select another page!" %>
608              </div>
609            </tbl:panel>
610            <%
611          }
612          %>
613        </tbl:rows>
614      </tbl:data>
615    </tbl:table>
616    </div>
617   
618    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
619      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
620      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
621      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
622    </base:buttongroup>
623   
624  </base:body>
625  </base:page>
626  <%
627}
628finally
629{
630  if (experiments != null) experiments.close();
631  if (dc != null) dc.close();
632}
633%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.