source: trunk/www/views/experiments/plotter/index.jsp @ 4486

Last change on this file since 4486 was 4486, checked in by Nicklas Nordborg, 15 years ago

Fixes #1109: Plot tool doesn't display "Generating plot..." correctly in IE
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 23.2 KB
Line 
1<%-- $Id: index.jsp 4486 2008-09-08 06:58:19Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  BioArray Software Environment (BASE) - http:// base.thep.lu.se/
4
5  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
6  Available at http://base.thep.lu.se/
7
8  BASE is free software; you can redistribute it and/or
9  modify it under the terms of the GNU General Public License
10  as published by the Free Software Foundation; either version 3
11  of the License, or (at your option) any later version.
12
13  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
14  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
15  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
16  GNU General Public License for more details.
17
18  You should have received a copy of the GNU General Public License
19  along with this program; if not, write to the Free Software
20  Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330,
21  Boston, MA  02111-1307, USA.
22  ------------------------------------------------------------------
23
24  @author Nicklas
25  @version 2.0
26--%>
27<%@ page session="false"
28  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
29  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
30  import="net.sf.basedb.core.Experiment"
31  import="net.sf.basedb.core.BioAssaySet"
32  import="net.sf.basedb.core.BioAssay"
33  import="net.sf.basedb.core.RawDataType"
34  import="net.sf.basedb.core.RawDataProperty"
35  import="net.sf.basedb.core.Formula"
36  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
37  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
38  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
39  import="net.sf.basedb.core.Include"
40  import="net.sf.basedb.core.Permission"
41  import="net.sf.basedb.core.Item"
42  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
43  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
44  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
45  import="net.sf.basedb.core.query.Restriction"
46  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
47  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
48  import="net.sf.basedb.clients.web.DynamicUtil"
49  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
50  import="net.sf.basedb.util.Values"
51  import="net.sf.basedb.clients.web.WebException"
52  import="net.sf.basedb.clients.web.taglib.table.TableColumn"
53  import="java.util.List"
54  import="java.util.LinkedList"
55%>
56<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
57<%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
58<%!
59private static void addFormulaOption(StringBuilder options, String formula, String title, String description)
60{
61  options.append("<option value=\"").append(HTML.encodeTags(formula)).append("\"");
62  options.append(" title=\"").append(HTML.encodeTags(description)).append("\"");
63  options.append(">").append(HTML.encodeTags(title)).append("\n");
64}
65
66%>
67<%
68final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
69final float scale = Base.getScale(sc);
70final String ID = sc.getId();
71final DbControl dc = sc.newDbControl();
72try
73{
74  int bioAssaySetId = Values.getInt(request.getParameter("bioassayset_id"));
75  int bioAssayId = Values.getInt(request.getParameter("bioassay_id"));
76  BioAssay ba = bioAssayId == 0 ? null : BioAssay.getById(dc, bioAssayId);
77  BioAssaySet bas = ba == null ? BioAssaySet.getById(dc, bioAssaySetId) : ba.getBioAssaySet();
78  RawDataType rdt = bas.getRawDataType();
79  Experiment experiment = bas.getExperiment();
80  int maxRawMappings = bas.getMaxRawMappingsForSpot();
81 
82  List<TableColumn> formulas = new LinkedList<TableColumn>();
83  DynamicUtil.addSpotColumns(formulas, dc, rdt.getChannels());
84  DynamicUtil.addFormulaColumns(formulas, dc, rdt, Formula.Type.COLUMN_EXPRESSION, "", "", maxRawMappings == 1);
85  DynamicUtil.addExtraColumns(formulas, dc, bas, "ev", "#", "[Xtra] ");
86  if (maxRawMappings == 1)
87  {
88    DynamicUtil.addRawDataColumns(formulas, dc, rdt, "", "", "[Raw] ");
89  }
90 
91  StringBuilder formulaOptions = new StringBuilder();
92  for (TableColumn tc : formulas)
93  {
94    if (tc.getJepExpression() != null && tc.getDatatype().isNumerical())
95    {
96      String jepExpression = tc.getJepExpression();
97      addFormulaOption(formulaOptions, jepExpression, tc.getTitle(), tc.getDescription());
98    }
99  }
100 
101  StringBuilder filterOptions = new StringBuilder();
102  ItemQuery<Formula> formulaQuery = Formula.getQuery(Formula.Type.COLUMN_RESTRICTION, rdt);
103  formulaQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
104  formulaQuery.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.IN_PROJECT, Include.OTHERS);
105  for (Formula formula : formulaQuery.list(dc))
106  {
107    String f = formula.getFormulas().get(0);
108    if (maxRawMappings == 1 || !f.contains("raw("))
109    {
110      addFormulaOption(filterOptions, f, 
111        formula.getName(), formula.getDescription());
112    }
113  }
114 
115  // Annnotations -- experimental factors and bioassay annotations
116  final ItemQuery<AnnotationType> query = AnnotationType.getQuery(null);
117  query.join(Hql.leftJoin("experiments", Item.EXPERIMENT.getAlias()));
118  query.join(Hql.innerJoin("itemTypes", "itemType"));
119  Restriction ef = Restrictions.eq(
120    Hql.alias(Item.EXPERIMENT.getAlias()), 
121    Hql.entity(experiment)
122  );
123  Restriction baa = Restrictions.eq(
124    Hql.alias("itemType"),
125    Expressions.integer(Item.BIOASSAY.getValue())
126  );
127  query.restrict(Restrictions.or(ef, baa));
128  query.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.IN_PROJECT, Include.OTHERS);
129  query.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
130  List<AnnotationType> experimentalFactors = query.list(dc);
131 
132  String title = HTML.encodeTags("Plot " + (ba == null ? bas.getName() : ba.getName()));
133 
134  final boolean hasCreateFilePermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.FILE);
135 
136  %>
137  <base:page type="popup" title="<%=title%>">
138  <base:head styles="tabcontrol.css" scripts="tabcontrol.js">
139  <script language="JavaScript">
140
141  function validate()
142  {
143    var plotType = getPlotType();
144    if (plotType == 'scatter')
145    {
146      return validateScatterPlot();
147    }
148    else if (plotType == 'histogram')
149    {
150      return validateHistogramPlot();
151    }
152    return false;
153  }
154  function validateScatterPlot()
155  {
156    var frm = document.forms['scatter'];
157    if (Main.trimString(frm.yFormula.value) == '')
158    {
159      alert("You must enter an expression for the Y axis");
160      frm.yFormula.focus();
161      return false;
162    }
163    else if (Main.trimString(frm.xFormula.value) == '')
164    {
165      alert("You must enter an expression for the X axis");
166      frm.xFormula.focus();
167      return false;
168    }
169    return true;
170  }
171  function validateHistogramPlot()
172  {
173    var frm = document.forms['histogram'];
174    var yAggregate = Forms.getCheckedRadio(frm.yAggregate).value;
175    if (Main.trimString(frm.xFormula.value) == '')
176    {
177      alert("You must enter an expression for the X axis");
178      frm.xFormula.focus();
179      return false;
180    }
181    else if (yAggregate != 'count' && Main.trimString(frm.yFormula.value) == '')
182    {
183      alert("You must enter an expression for the Y axis");
184      frm.yFormula.focus();
185      return false;
186    }
187    return true;
188  }
189
190  var plotType = 'scatter';
191  function getPlotType()
192  {
193    return plotType;
194  }
195
196  function switchTab(tabControlId, tabId)
197  {
198    if (tabId == 'scatter' || tabId == 'histogram')
199    {
200      plotType = tabId;
201    }
202    TabControl.setActiveTab(tabControlId, tabId);
203  }
204
205  function presetOnChange(list, formula, label)
206  {
207    var index = list.selectedIndex;
208    formula.value = list[index].value;
209    if (label && list[index].value != '') label.value = list[index].text;
210    list.selectedIndex = 0;
211  }
212 
213  function aggregateOnChange()
214  {
215    var frm = document.forms['histogram'];
216    var selected = Forms.getCheckedRadio(frm.yAggregate);
217    var isCount = selected.value == 'count';
218    frm.yFormula.disabled = isCount;
219    frm.yPresets.disabled = isCount;
220    frm.yLog.disabled = isCount;
221    for (var i = 0; i < frm.hiloAggregate.length; i++)
222    {
223      frm.hiloAggregate[i].disabled = isCount;
224    }
225    if (isCount)
226    {
227      Main.removeClass(frm.yFormula, 'required');
228      frm.yLabel.value = 'Count';
229    }
230    else
231    {
232      Main.addClass(frm.yFormula, 'required');
233      var yPreset = frm.yPresets[frm.yPresets.selectedIndex];
234      if (yPreset.value != '') frm.yLabel.value = yPreset.text;
235    }
236  }
237 
238  function annotationOnChange(list)
239  {
240    var frm = document.forms['plot'];
241    var selected = list[list.selectedIndex];
242    var value = selected.value && selected.value != '$' ? selected.text : '';
243    value = value.replace('\[A\] ', '');
244    frm.subTitle.value = value;
245   
246    var annotationFrm = document.forms['annotation'];
247    if (selected.value.substring(0, 1) == '$')
248    {
249      annotationFrm.annotationExp.disabled = true;
250    }
251    else
252    {
253      if (selected.value)
254      {
255        annotationFrm.annotationExp.value = selected.value;
256      }
257      annotationFrm.annotationExp.disabled = false;
258      annotationFrm.annotationExp.focus();
259    }
260  }
261 
262  function annotationExpressionOnChange()
263  {
264    var annotationFrm = document.forms['annotation'];
265    annotationFrm.annotationPresets.selectedIndex = annotationFrm.annotationPresets.length-1;
266  }
267 
268  function generatePlotUrl(fullSize)
269  {
270    if (validate())
271    {
272      var plotFrm = document.forms['plot'];
273      var url = 'plot?ID=<%=ID%>&bioassayset_id=<%=bioAssaySetId%>&bioassay_id=<%=bioAssayId%>';
274      url += '&title='+Main.encodeURI(plotFrm.title.value);
275      url += '&subTitle='+Main.encodeURI(plotFrm.subTitle.value);
276      if (fullSize)
277      {
278        url += '&width='+plotFrm.width.value;
279        url += '&height='+plotFrm.height.value;
280      }
281     
282      var filterFrm = document.forms['filter'];
283      if (filterFrm.filter.value != '')
284      {
285        url += '&filter='+Main.encodeURI(filterFrm.filter.value);
286      }
287     
288      var annotationFrm = document.forms['annotation'];
289      var annotation = '';
290      if (!annotationFrm.annotationExp.disabled)
291      {
292        if (annotationFrm.annotationExp.value)
293        {
294          annotation = '=' + annotationFrm.annotationExp.value;
295        }
296      }
297      else
298      {
299        annotation = annotationFrm.annotationPresets[annotationFrm.annotationPresets.selectedIndex].value.substring(1);
300      }
301      if (annotation)
302      {
303        url += '&annotation='+Main.encodeURI(annotation);
304      }
305
306      var plotType = getPlotType();
307      if (plotType == 'scatter')
308      {
309        var frm = document.forms['scatter'];
310        url += '&type=scatter';
311        url += '&x='+Main.encodeURI(frm.xFormula.value);
312        url += '&xLog='+(frm.xLog.checked ? 1 : 0);
313        url += '&xLabel='+Main.encodeURI(frm.xLabel.value);
314        url += '&y='+Main.encodeURI(frm.yFormula.value);
315        url += '&yLog='+(frm.yLog.checked ? 1 : 0);
316        url += '&yLabel='+Main.encodeURI(frm.yLabel.value);
317      }
318      else
319      {
320        var frm = document.forms['histogram'];
321        var yAggregate = Forms.getCheckedRadio(frm.yAggregate).value;
322        url += '&type=histogram';
323        url += '&x='+Main.encodeURI(frm.xFormula.value);
324        url += '&xLog='+(frm.xLog.checked ? 1 : 0);
325        url += '&xLabel='+Main.encodeURI(frm.xLabel.value);
326        url += '&binSize='+Main.encodeURI(frm.binSize.value);
327        url += '&yAggregate='+yAggregate;
328        if (yAggregate != 'count')
329        {
330          url += '&y='+Main.encodeURI(frm.yFormula.value);
331          url += '&yLog='+(frm.yLog.checked ? 1 : 0);
332          url += '&hiloAggregate='+Forms.getCheckedRadio(frm.hiloAggregate).value
333        }
334        url += '&yLabel='+Main.encodeURI(frm.yLabel.value);
335      }
336      return url;
337    }
338  }
339 
340  function openExpressionBuilder(title, frmName, inputName, formulaType)
341  {
342    if (!document.forms[frmName][inputName].disabled)
343    {
344      var restrictions = formulaType == '<%=Formula.Type.COLUMN_RESTRICTION.name()%>';
345      Main.expressionBuilder('<%=ID%>', title, frmName, inputName, formulaType, '<%=rdt.getId()%>', <%=rdt.getChannels()%>, restrictions, <%=bas.getId()%>);
346    }
347  }
348 
349  function previewPlot()
350  {
351    var url = generatePlotUrl(false);
352    if (url)
353    {
354      url += '&width=600&height=400';
355      var image = document.getElementById('preview');
356      if (image.src.indexOf('plot_select') == -1)
357      {
358        var background = document.getElementById('background');
359        background.src = image.src;
360      }
361      image.src = getRoot()+'images/plot_generating.gif';
362      // Otherwise, the browser refuses to display the 'plot_generating.gif' while we are waiting.
363      //setTimeout('changePreviewImage()', 100);
364      image.realImg = new Image();
365      image.realImg.onload = changePreviewImage;
366      image.realImg.src = url;
367    }
368  }
369 
370  function changePreviewImage()
371  {
372    var image = document.getElementById('preview');
373    image.src = image.realImg.src;
374    image.realImg = null;
375  }
376 
377  function viewPlot()
378  {
379    var url = generatePlotUrl(true);
380    if (url)
381    {
382      var frm = document.forms['plot'];
383      var width = parseInt(frm.width.value);
384      var height = parseInt(frm.height.value);
385      if (!width || width < 600) width = 600;
386      if (!height || height < 400) height = 400;
387      Main.openPopup('view.jsp?ID=<%=ID%>&title='+Main.encodeURI(frm.title.value), 'ViewPlot', width+50, height+100);
388    }
389  }
390 
391  function downloadPlot()
392  {
393    var url = generatePlotUrl(true);
394    if (url)
395    {
396      Main.openPopup('download.jsp?ID=<%=ID%>', 'DownloadPlot', 500, 260);
397    }
398  }
399 
400  function savePlotAs()
401  {
402    var url = generatePlotUrl(true);
403    if (url)
404    {
405      Main.openPopup('save_as.jsp?ID=<%=ID%>', 'SavePlotAs', 500, 260);
406    }
407  }
408 
409  function init()
410  {
411    aggregateOnChange();
412  }
413  </script>
414  </base:head>
415  <base:body onload="init()">
416 
417  <h3 class="docked"><%=title%> <base:help tabcontrol="plotType" /></h3>
418  <div class="boxed">
419 
420  <table border="0" cellspacing="0" cellpadding="2" width="100%">
421  <tr valign="bottom">
422    <td>
423    <form name="plot">
424    <table class="form">
425    <tr>
426      <td class="prompt">Plot title</td>
427      <td colspan="2"><input type="text" class="text" size="30" maxlength="255" name="title" 
428        value="<%=HTML.encodeTags(ba == null ? bas.getName() : ba.getName())%>"></td>
429    </tr>
430    <tr>
431      <td class="prompt">Subtitle</td>
432      <td colspan="2"><input type="text" class="text" size="30" maxlength="255" name="subTitle" 
433        value=""></td>
434    </tr>
435    <tr>
436      <td class="prompt">Width</td>
437      <td><input type="text" class="text" size="12" maxlength="10" name="width" 
438        value="800" onkeypress="return Numbers.integerOnly(event)"></td>
439      <td rowspan="2" valign="center">(not used by preview)</td>
440    </tr>
441    <tr>
442      <td class="prompt">Height</td>
443      <td><input type="text" class="text" size="12" maxlength="10" name="height" 
444        value="600" onkeypress="return Numbers.integerOnly(event)"></td>
445    </tr>
446    </table>
447    </form>
448    <p>
449
450    <t:tabcontrol id="plotType" style="<%="width: "+(int)(scale*340)+"px;"%>" contentstyle="<%="height: "+(int)(scale*340)+"px;"%>"
451      switch="switchTab">
452    <t:tab id="scatter" title="Scatter plot" helpid="plotter.scatterplot"
453      tooltip="Create a scatter plot">
454      <form name="scatter">
455      <table border="0" cellspacing="0" cellpadding="2" class="form">
456      <tr>
457        <td class="prompt" colspan="3">Y-axis</td>
458      </tr>
459      <tr>
460        <td>&nbsp;Presets</td>
461        <td colspan="2">
462        <select name="yPresets" style="width: 20em;"
463          onchange="presetOnChange(this, this.form.yFormula, this.form.yLabel)" 
464          >
465          <option value="">- select from list or enter formula below -
466          <%=formulaOptions.toString()%>
467        </select>
468        </td>
469      </tr>
470      <tr>
471        <td>&nbsp;Expression</td>
472        <td><input type="text" class="text required" size="30" maxlength="255" name="yFormula"></td>
473        <td>
474          <base:button
475            title=""
476            image="expression_builder.gif"
477            tooltip="Use the Expression builder"
478            onclick="openExpressionBuilder('Y-axis expression', 'scatter', 'yFormula', 'COLUMN_EXPRESSION')"
479          />
480        </td>
481      </tr>
482      <tr>
483        <td>&nbsp;Label</td>
484        <td colspan="2"><input type="text" class="text" size="30" maxlength="255" name="yLabel"></td>
485      </tr>
486      <tr>
487        <td>&nbsp;Log scale</td>
488        <td colspan="2"><input type="checkbox" name="yLog" value="1"></td>
489      </tr>
490      <tr>
491        <td class="prompt" colspan="3">X-axis</td>
492      </tr>
493      <tr>
494        <td>Presets</td>
495        <td colspan="2">
496        <select name="xPresets" style="width: 20em;"
497          onchange="presetOnChange(this, this.form.xFormula, this.form.xLabel)" 
498          >
499          <option value="">- select from list or enter formula below -
500          <%=formulaOptions.toString()%>
501        </select>
502        </td>
503      </tr>
504      <tr>
505        <td>Expression</td>
506        <td><input type="text" class="text required" size="30" maxlength="255" name="xFormula"></td>
507        <td>
508          <base:button
509            title=""
510            image="expression_builder.gif"
511            tooltip="Use the Expression builder"
512            onclick="openExpressionBuilder('X-axis expression', 'scatter', 'xFormula', 'COLUMN_EXPRESSION')"
513          />
514        </td>
515      </tr>
516      <tr>
517        <td>Label</td>
518        <td colspan="2"><input type="text" class="text" size="30" maxlength="255" name="xLabel"></td>
519      </tr>
520      <tr>
521        <td>Log scale</td>
522        <td colspan="2"><input type="checkbox" name="xLog" value="1"></td>
523      </tr>
524      </table>
525      </form>
526    </t:tab>
527
528    <t:tab id="histogram" title="Histogram plot" helpid="plotter.histogram"
529      tooltip="Create a histogram plot">
530      <form name="histogram">
531      <table border="0" cellspacing="0" cellpadding="2" class="form">
532      <tr>
533        <td class="prompt" >Y-axis</td>
534        <td colspan="2">
535          <input type="radio" name="yAggregate" value="count" checked onchange="aggregateOnChange()"> Count
536          <input type="radio" name="yAggregate" value="mean" onchange="aggregateOnChange()"> Mean
537        </td>
538      </tr>
539      <tr>
540        <td>&nbsp;Hi-lo</td>
541        <td colspan="2">
542          <input type="radio" name="hiloAggregate" value="" checked> None
543          <input type="radio" name="hiloAggregate" value="hilomaxmin"> Min/Max
544          <input type="radio" name="hiloAggregate" value="hilostdev"> Stdev
545        </td>
546      </tr>
547      <tr>
548        <td>&nbsp;Presets</td>
549        <td colspan="2">
550        <select name="yPresets" style="width: 20em;"
551          onchange="presetOnChange(this, this.form.yFormula, this.form.yLabel)" 
552          disabled
553          >
554          <option value="">- select from list or enter formula below -
555          <%=formulaOptions.toString()%>
556        </select>
557        </td>
558      </tr>
559      <tr>
560        <td>&nbsp;Expression</td>
561        <td><input type="text" class="text" size="30" maxlength="255" name="yFormula" disabled></td>
562        <td>
563          <base:button
564            title=""
565            image="expression_builder.gif"
566            tooltip="Use the Expression builder"
567            onclick="openExpressionBuilder('Y-axis expression', 'histogram', 'yFormula', 'COLUMN_EXPRESSION')"
568          />
569        </td>
570      </tr>
571
572      <tr>
573        <td>&nbsp;Label</td>
574        <td colspan="2"><input type="text" class="text" size="30" maxlength="255" 
575          name="yLabel" value="Count"></td>
576      </tr>
577      <tr>
578        <td>&nbsp;Log scale</td>
579        <td colspan="2"><input type="checkbox" name="yLog" value="1"></td>
580      </tr>
581      <tr>
582        <td class="prompt" colspan="3">X-axis</td>
583      </tr>
584      <tr>
585        <td>Presets</td>
586        <td colspan="2">
587        <select name="xPresets"  style="width: 20em;"
588          onchange="presetOnChange(this, this.form.xFormula, this.form.xLabel)" 
589          >
590          <option value="">- select from list or enter formula below -
591          <%=formulaOptions.toString()%>
592        </select>
593        </td>
594      </tr>
595      <tr>
596        <td>Expression</td>
597        <td><input type="text" class="text required" size="30" 
598          maxlength="255" name="xFormula"></td>
599        <td>
600          <base:button
601            title=""
602            image="expression_builder.gif"
603            tooltip="Use the Expression builder"
604            onclick="openExpressionBuilder('X-axis expression', 'histogram', 'xFormula', 'COLUMN_EXPRESSION')"
605          />
606        </td>
607      </tr>
608      <tr>
609        <td>Label</td>
610        <td colspan="2"><input type="text" class="text" size="30" maxlength="255" name="xLabel"></td>
611      </tr>
612      <tr>
613        <td>Log scale</td>
614        <td colspan="2"><input type="checkbox" name="xLog" value="1"></td>
615      </tr>
616      <tr>
617        <td>Bin size</td>
618        <td colspan="2"><input type="text" class="text" name="binSize" value="1"></td>
619      </tr>
620      </table>
621      </form>
622    </t:tab>
623   
624    <t:tab id="filter" title="Filter" helpid="plotter.filter"
625      tooltip="Specify a filter for spots that should be included in the plot">
626      <form name="filter">
627      <table border="0" cellspacing="0" cellpadding="2" class="form">
628      <tr>
629        <td class="prompt" colspan="2">Filter</td>
630      </tr>
631      <tr>
632        <td>&nbsp;Presets</td>
633        <td colspan="2">
634        <select name="filterPresets" style="width: 20em;"
635          onchange="presetOnChange(this, this.form.filter, null)" 
636          >
637          <option value="">- select from list or enter formula below -
638          <%=filterOptions.toString()%>
639        </select>
640        </td>
641      </tr>
642      <tr>
643        <td>&nbsp;Expression</td>
644        <td><input type="text" class="text" size="30" maxlength="255" name="filter"></td>
645        <td>
646          <base:button
647            title=""
648            image="expression_builder.gif"
649            tooltip="Use the Expression builder"
650            onclick="openExpressionBuilder('Filter expression', 'filter', 'filter', 'COLUMN_RESTRICTION')"
651          />
652        </td>
653      </tr>
654      </table>
655      </form>
656    </t:tab>
657   
658    <t:tab id="annotation" title="Annotation" helpid="plotter.annotation"
659      tooltip="Specify a property or expression for sub-grouping the plotted values">
660      <form name="annotation">
661     
662      <table border="0" cellspacing="0" cellpadding="2" class="form">
663      <tr>
664        <td class="prompt" colspan="2">Annotation</td>
665      </tr>
666      <tr>
667        <td>&nbsp;Presets</td>
668        <td colspan="2">
669        <select name="annotationPresets" onchange="annotationOnChange(this)">
670          <option value="$">- none -
671          <%
672          if (ba == null)
673          {
674            %>
675            <option value="$bioassay">Bioassay
676            <option value="$spots">Spots
677            <option value="$arrayDesign.name">Array design
678            <option value="$software.name">Software
679            <option value="$protocol.name">Protocol
680            <option value="$scan.scanner.name">Scanner
681            <option value="$scan.protocol.name">Scanning protocol
682            <option value="$scan.hybridization.protocol.name">Hybridization protocol
683            <option value="$scan.hybridization.creationEvent.eventDate">Hybridization date
684            <option value="" disabled>- annotations -
685            <%
686            for (AnnotationType at : experimentalFactors)
687            {
688              %>
689              <option value="$<%=at.getId()%>">[A] <%=HTML.encodeTags(at.getName())%>
690              <%
691            }
692          }
693          %>
694          <option value="" disabled>- expressions -
695          <%=filterOptions.toString()%>
696          <option value="">Other...
697        </select>
698        </td>
699      </tr>
700      <tr>
701        <td>&nbsp;Expression</td>
702        <td><input type="text" class="text" size="30" maxlength="255" name="annotationExp"
703          onchange="annotationExpressionOnChange()" disabled></td>
704        <td>
705          <base:button
706            title=""
707            image="expression_builder.gif"
708            tooltip="Use the Expression builder"
709            onclick="openExpressionBuilder('Annotation filter', 'annotation', 'annotationExp', 'COLUMN_RESTRICTION')"
710          />
711        </td>
712      </tr>
713      </table>
714      </form>
715    </t:tab> 
716   
717    </t:tabcontrol>
718    </td>
719    <td xstyle="width: 600px;">
720      <div style="position: relative; top: 0px; left: 0px; width: 600px; height: 400px; padding-bottom: 2px;">
721      <img src="../../../images/plot_empty.png" id="background" 
722        style="position: absolute; top: 0px; left: 0px; z-index: 1; border: 1px solid #999999;">
723      <img src="../../../images/plot_select.gif" id="preview" 
724        style="position: relative; top: 0px; left: 0px; z-index: 2; border: 1px solid #999999;">
725      </div>
726    </td>
727  </tr>
728  </table>
729  </div>
730    <p>
731    <div align="center">
732    <base:buttongroup>
733      <base:button title="Preview" onclick="previewPlot()" 
734        image="plotter_preview.gif" tooltip="Generate a preview of the plot" 
735      />
736      <base:button title="View&hellip;" onclick="viewPlot()" 
737        image="plotter.gif" tooltip="View a fullsized version of the plot (in a popup)" 
738      />
739      <base:button title="Download&hellip;" onclick="downloadPlot()" 
740        image="download.gif"
741        tooltip="Downlad a fullsized version of the plot to you computer" 
742      />
743      <base:button title="Save as&hellip;" onclick="savePlotAs()" 
744        image="<%=hasCreateFilePermission ? "saveas.gif" : "saveas_disabled.gif"%>"
745        disabled="<%=!hasCreateFilePermission%>"
746        tooltip="<%=hasCreateFilePermission ? 
747          "Save a fullsized version of the plot on the BASE server" :
748          "You don't have permission to create files" %>" 
749      />
750      <base:button onclick="window.close()" title="Close" />
751    </base:buttongroup>
752    </div>
753 
754  </base:body>
755  </base:page>
756  <%
757}
758finally
759{
760  if (dc != null) dc.close();
761}
762%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.