source: trunk/www/views/experiments/reporters/list_reporters.jsp @ 5952

Last change on this file since 5952 was 5952, checked in by Nicklas Nordborg, 10 years ago

References #1655: GUI improvements

List page in the View menu

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 13.5 KB
Line 
1<%-- $Id: list_reporters.jsp 5952 2012-02-10 12:27:27Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2011 Nicklas Nordborg
4
5  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
6  Available at http://base.thep.lu.se/
7
8  BASE is free software; you can redistribute it and/or
9  modify it under the terms of the GNU General Public License
10  as published by the Free Software Foundation; either version 3
11  of the License, or (at your option) any later version.
12
13  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
14  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
15  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
16  GNU General Public License for more details.
17
18  You should have received a copy of the GNU General Public License
19  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  ------------------------------------------------------------------
21
22--%>
23<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
24  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
25  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
26  import="net.sf.basedb.core.Item"
27  import="net.sf.basedb.core.Type"
28  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
29  import="net.sf.basedb.core.Permission"
30  import="net.sf.basedb.core.Experiment"
31  import="net.sf.basedb.core.VirtualDb"
32  import="net.sf.basedb.core.BaseException"
33  import="net.sf.basedb.core.DynamicReporterQuery"
34  import="net.sf.basedb.core.Reporter"
35  import="net.sf.basedb.core.DynamicResultIterator"
36  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
37  import="net.sf.basedb.core.Formula"
38  import="net.sf.basedb.core.IntensityTransform"
39  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
40  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
41  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
42  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
43  import="net.sf.basedb.core.query.Selects"
44  import="net.sf.basedb.core.query.Dynamic"
45  import="net.sf.basedb.core.query.SqlResult"
46  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
47  import="net.sf.basedb.util.ColorGenerator"
48  import="net.sf.basedb.util.formatter.LookupFormatter"
49  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
50  import="net.sf.basedb.clients.web.ChangeHistoryUtil"
51  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
52  import="net.sf.basedb.clients.web.DynamicUtil"
53  import="net.sf.basedb.clients.web.WebException"
54  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
55  import="net.sf.basedb.util.Values"
56  import="net.sf.basedb.clients.web.taglib.table.TableColumn"
57  import="java.util.Map"
58  import="java.util.HashMap"
59  import="java.util.List"
60  import="java.util.LinkedList"
61  import="java.util.ArrayList"
62  import="java.util.Set"
63  import="java.util.HashSet"
64  import="java.util.Arrays"
65%>
66<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
67<%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
68<%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
69<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
70<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
71<%!
72  private static final Item itemType = Item.REPORTER;
73  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
74%>
75<%
76final int experimentId = Values.getInt(request.getParameter("experiment_id"));
77final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
78final String ID = sc.getId();
79
80final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
81final String callback = request.getParameter("callback");
82final String title = mode.generateTitle("spot data", "spot data");
83final DbControl dc = sc.newDbControl();
84DynamicResultIterator reporters = null;
85try
86{
87  final Experiment experiment = Experiment.getById(dc, experimentId);
88  final String subContext = "clonedreporters." + experimentId;
89  final boolean writePermission = experiment.hasPermission(Permission.WRITE);
90  VirtualDb virtualDb = experiment.getVirtualDb();
91  if (!virtualDb.hasClonedReporters()) 
92  {
93    response.sendRedirect("../index.jsp?ID="+ID + "&cmd=ViewItem&item_id="+experimentId);
94    return;
95  }
96
97  final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, subContext, null, null);
98  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
99 
100  List<TableColumn> columns = new LinkedList<TableColumn>();
101  DynamicUtil.addReporterColumns(columns, dc, experiment.getVirtualDb().getReporterCloneTemplate(), "cln.", "@", "[Cln] ");
102  DynamicUtil.addReporterColumns(columns, dc, "mst.", "@@", "[Mst] ");
103  DynamicUtil.SelectedInfo selected = DynamicUtil.getSelectedColumns(cc, columns, false);
104  final boolean hasUpToDateColumn = true;
105  try
106  {
107    final DynamicReporterQuery query = Reporter.getDynamicQuery(experiment);
108    query.select(Selects.expression(Dynamic.reporter("id"), "id", true));
109    if (hasUpToDateColumn)
110    {
111      query.select(
112        Selects.expression(
113          Expressions.bool(Restrictions.eq(Dynamic.reporter("version", true), Dynamic.reporter("version", false))),
114          "upToDate"
115        ));
116    }
117    cc.configureQuery(dc, query, selected.selectedProperties);
118    query.setFailSafe(true);
119    reporters = query.iterate(dc);
120  }
121  catch (Throwable t)
122  {
123    cc.setMessage(t.getMessage());
124    t.printStackTrace();
125  }
126  int numListed = 0;
127  %>
128  <base:page title="<%=title%>">
129  <base:head scripts="table.js,tabcontrol.js" styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css">
130    <script language="JavaScript">
131    var submitPage = 'index.jsp';
132    var formId = 'reporters';
133    function editItem(itemId)
134    {
135      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, true);
136    }
137    function viewItem(itemId)
138    {
139      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, false);
140    }
141    function itemOnClick(evt, itemId)
142    {
143      Table.itemOnClick(formId, evt, itemId, 'DEFAULT', viewItem, editItem, null);
144    }   
145    function configureColumns()
146    {
147      Table.configureColumns('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>', '<%=subContext%>');
148    }
149    function presetOnChange()
150    {
151      Table.presetOnChange('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>', '<%=subContext%>');
152    }
153    function runPlugin(cmd)
154    {
155      Table.submitToPopup(formId, cmd, 750, 500);
156    }
157    function switchTab(tabControlId, tabId)
158    {
159      if (tabId == 'properties' || tabId == 'overview' || tabId == 'history')
160      {
161        location.href = '../index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ViewItem&item_id=<%=experimentId%>&tab='+tabId;
162      }
163      else if (tabId == 'bioassaysets')
164      {
165        viewBioAssaySets();
166      }
167      else
168      {
169        TabControl.setActiveTab(tabControlId, tabId);
170      }
171    }
172    function viewBioAssaySets()
173    {
174      location.href = '../bioassaysets/index.jsp?ID=<%=ID%>&experiment_id=<%=experimentId%>';
175    }
176    function newReporterList()
177    {
178      Table.submitToPopup(formId, 'CreateReporterList', 600, 400);
179    }
180    function removeClonedReporters()
181    {
182      if (confirm('Are you sure that you want to remove all cloned reporter annotations?\nThis action can\'t be undone.'))
183      {
184        Main.openPopup('../index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=RemoveClonedReporters&item_id=<%=experimentId%>', 'RemoveClonedReporters', 450, 300);
185      }
186    }
187    function updateClonedReporters()
188    {
189      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=UpdateClonedReporters&experiment_id=<%=experimentId%>', 'UpdateClonedReporters', 600, 400);
190    }
191    </script>
192  </base:head>
193  <base:body>
194    <p:path><p:pathelement
195      title="Experiments" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>" 
196      /><p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(experiment.getName())%>" 
197      /></p:path>
198
199    <t:tabcontrol 
200      id="main" 
201      subclass="mastertabcontrol content"
202      active="clonedreporters" switch="switchTab">
203    <t:tab id="properties" title="Properties" />
204    <t:tab id="bioassaysets" title="Bioassay sets" />
205
206    <t:tab id="clonedreporters" title="Cloned reporters" >
207    <tbl:table 
208      id="reporters" 
209      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
210      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
211      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
212      action="index.jsp"
213      sc="<%=sc%>"
214      item="<%=itemType%>"
215      subcontext="<%=subContext%>"
216      subclass="fulltable"
217      >
218      <tbl:hidden 
219        name="mode" 
220        value="<%=mode.getName()%>" 
221      />
222      <tbl:hidden 
223        name="experiment_id" 
224        value="<%=String.valueOf(experimentId)%>" 
225      />
226      <tbl:hidden 
227        name="callback" 
228        value="<%=callback%>" 
229        skip="<%=callback == null%>" 
230      />
231      <%
232      for (TableColumn tc : columns)
233      {
234        %>
235        <tbl:columndef
236          id="<%=tc.getId()%>"
237          property="<%=tc.getProperty()%>"
238          tooltip="<%=tc.getDescription()%>"
239          datatype="<%=tc.getDatatype().getStringValue()%>"
240          title="<%=HTML.encodeTags(tc.getTitle())%>"
241          sortable="<%=tc.getSortable()%>"
242          filterable="<%=tc.getFilterable()%>"
243          exportable="<%=tc.getExportable()%>"
244          show="<%="cln.externalId".equals(tc.getId()) ? "always" : tc.getShow()%>"
245          formatter="<%=tc.getFormatter()%>"
246        />
247        <%
248      }
249      %>
250      <tbl:columndef
251        id="upToDate"
252        property="upToDate"
253        filterproperty="=rep('version') == mrep('version')"
254        exportproperty="=rep('version') == mrep('version')"
255        datatype="boolean"
256        title="Up to date"
257        filterable="true"
258        exportable="true"
259      />
260      <tbl:columndef 
261        id="reporterList"
262        property="£reporterList"
263        datatype="int"
264        title="Reporter list"
265        filterable="true"
266        enumeration="<%=Base.getReporterListsEnum(dc)%>"
267        multiple="false"
268      />
269      <div class="panelgroup bottomborder">
270        <tbl:toolbar
271          subclass="bottomborder"
272          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
273          >
274          <tbl:button 
275            image="columns.png" 
276            onclick="configureColumns()" 
277            title="Columns&hellip;" 
278            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
279          />
280          <tbl:button
281            image="add.png"
282            onclick="newReporterList()"
283            title="New reporter list&hellip;"
284            tooltip="Create a new reporter list from matching spots"
285            visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.REPORTERLIST)%>"
286          />
287          <tbl:button
288            visible="<%=writePermission%>"
289            image="refresh.png"
290            onclick="updateClonedReporters()"
291            title="Update cloned reporters&hellip;"
292            tooltip="Update all cloned reporter annotations with information from the master table"
293          />
294          <tbl:button
295            visible="<%=writePermission%>"
296            image="delete_permanently.png"
297            onclick="removeClonedReporters()"
298            title="Remove cloned reporters&hellip;"
299            tooltip="Remove all cloned reporter annotations"
300          />
301          <tbl:button 
302            image="export.png" 
303            onclick="runPlugin('ExportItems')" 
304            title="Export&hellip;" 
305            tooltip="Export data" 
306            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
307          />
308        </tbl:toolbar>
309        <tbl:panel>
310          <tbl:presetselector 
311            onchange="presetOnChange()"
312          />
313          <tbl:navigator
314            page="<%=cc.getPage()%>" 
315            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
316            totalrows="<%=reporters == null ? 0 : reporters.getTotalCount()%>" 
317            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
318          />
319        </tbl:panel>
320      </div>
321      <tbl:data>
322        <tbl:headers>
323          <tbl:headerrow>
324            <tbl:header 
325              clazz="index"
326              colspan="2"
327            />
328            <tbl:columnheaders />
329          </tbl:headerrow>
330          <tbl:headerrow>
331            <tbl:header 
332              clazz="index"
333              colspan="2"
334            />
335            <tbl:propertyfilter />
336          </tbl:headerrow>
337        </tbl:headers>
338        <tbl:rows>
339          <%
340          if (cc.getMessage() != null)
341          {
342            %>
343            <tbl:panel clazz="messagepanel">
344              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
345            </tbl:panel>
346            <%
347            cc.setMessage(null);
348          }
349          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
350          int selectedItemId = cc.getId();
351          if (reporters != null)
352          {
353            while (reporters.hasNext())
354            {
355              SqlResult item = reporters.next();
356              int itemId = item.getInt(1);
357              index++;
358              numListed++;
359              %>
360              <tbl:row>
361                <tbl:header 
362                  clazz="index"
363                  ><%=index%></tbl:header>
364                <tbl:header 
365                  clazz="icons" 
366                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
367                  >&nbsp;</tbl:header>
368                  <tbl:cell column="upToDate" visible="<%=hasUpToDateColumn %>">
369                    <%=item.getObject(2) %>
370                  </tbl:cell>
371                <%
372                int colIndex = hasUpToDateColumn ? 3 : 2;
373                for (String columnId : selected.selectedIds)
374                {
375                  if ("cln.externalId".equals(columnId))
376                  {
377                    %>
378                    <tbl:cell column="cln.externalId"><div class="link" onclick="itemOnClick(event, <%=itemId%>)" 
379                      title="View this item (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)"><%=HTML.encodeTags(item.getString(colIndex))%></div></tbl:cell>
380                    <%
381                  }
382                  else
383                  {
384                    %>
385                    <tbl:cell column="<%=columnId%>" value="<%=item.getObject(colIndex)%>" />
386                    <%
387                  }
388                  ++colIndex;
389                }
390                %>
391              </tbl:row>
392              <%
393            }
394          }
395          if (numListed == 0)
396          {
397            %>
398            <tbl:panel clazz="messagepanel">
399              <div class="messagecontainer note">
400              <%=reporters == null || reporters.getTotalCount() == 0 ? "No reporters were found" : "No reporters on this page. Please select another page!" %>
401              </div>
402            </tbl:panel>
403            <%
404          }
405          %>
406          </tbl:rows>
407        </tbl:data>
408    </tbl:table>
409    </t:tab>
410
411    <t:tab id="overview" title="Overview" 
412      tooltip="Display a tree overview of related items" />
413    <t:tab id="history" title="Change history" 
414      tooltip="Displays a log of all modifications made to this item"
415      visible="<%=ChangeHistoryUtil.showChangeHistoryTab(sc)%>" />
416    </t:tabcontrol>
417
418    <base:buttongroup>
419      <base:button onclick="returnSelected();" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
420      <base:button onclick="window.close();" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
421      <base:button onclick="window.close();" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
422    </base:buttongroup>
423
424  </base:body>
425  </base:page>
426  <%
427}
428finally
429{
430  if (dc != null) dc.close();
431}
432%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.