source: trunk/www/views/experiments/spotdata/list_spotdata.jsp @ 5951

Last change on this file since 5951 was 5951, checked in by Nicklas Nordborg, 11 years ago

References #1655: GUI improvements

  • Fixes rest of list pages in Biomaterial LIMS menu
  • Introduced an 'iframe' page type so that thos pages doesn't have to 'cannibalise' on the 'popup' page type (doesn't works well with absolutely positioned content).
  • Fixed subclass="dialogbuttons" on all list pages when used in popup form


  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 14.8 KB
Line 
1<%-- $Id: list_spotdata.jsp 5951 2012-02-09 14:19:17Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.Type"
31  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
32  import="net.sf.basedb.core.Permission"
33  import="net.sf.basedb.core.Experiment"
34  import="net.sf.basedb.core.BioAssaySet"
35  import="net.sf.basedb.core.BioAssay"
36  import="net.sf.basedb.core.RawDataType"
37  import="net.sf.basedb.core.BaseException"
38  import="net.sf.basedb.core.DynamicSpotQuery"
39  import="net.sf.basedb.core.DynamicResultIterator"
40  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
41  import="net.sf.basedb.core.Formula"
42  import="net.sf.basedb.core.IntensityTransform"
43  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
44  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
45  import="net.sf.basedb.core.query.SqlResult"
46  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
47  import="net.sf.basedb.util.ColorGenerator"
48  import="net.sf.basedb.util.formatter.LookupFormatter"
49  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
50  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
51  import="net.sf.basedb.clients.web.DynamicUtil"
52  import="net.sf.basedb.clients.web.WebException"
53  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
54  import="net.sf.basedb.util.Values"
55  import="net.sf.basedb.clients.web.taglib.table.TableColumn"
56  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
57  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
58  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
59  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
60  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
61  import="java.util.Map"
62  import="java.util.HashMap"
63  import="java.util.List"
64  import="java.util.LinkedList"
65  import="java.util.ArrayList"
66  import="java.util.Set"
67  import="java.util.HashSet"
68  import="java.util.Arrays"
69  import="java.awt.Color"
70%>
71<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
72<%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
73<%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
74<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
75<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
76<%!
77  private static final Item itemType = Item.SPOTDATA;
78  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
79%>
80<%
81final int bioAssayId = Values.getInt(request.getParameter("bioassay_id"));
82final int bioAssaySetId = Values.getInt(request.getParameter("bioassayset_id"));
83final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
84final String ID = sc.getId();
85
86final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
87final String callback = request.getParameter("callback");
88final String title = mode.generateTitle("spot data", "spot data");
89final DbControl dc = sc.newDbControl();
90DynamicResultIterator spotData = null;
91try
92{
93  final BioAssay bioAssay = bioAssayId == 0 ? null : BioAssay.getById(dc, bioAssayId);
94  final BioAssaySet bioAssaySet = bioAssay != null ? bioAssay.getBioAssaySet() : BioAssaySet.getById(dc, bioAssaySetId);
95  final Experiment experiment = bioAssaySet.getExperiment();
96  final int experimentId = experiment.getId();
97  final RawDataType rawDataType = bioAssaySet.getRawDataType();
98  final IntensityTransform transform = bioAssaySet.getIntensityTransform();
99 
100  final String subContext = rawDataType.getId();
101  final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, subContext, null, null);
102  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
103 
104  List<TableColumn> columns = new LinkedList<TableColumn>();
105  DynamicUtil.addSpotColumns(columns, dc, rawDataType.getChannels(), transform);
106  DynamicUtil.addFormulaColumns(columns, dc, rawDataType, Formula.Type.COLUMN_EXPRESSION, 
107      transform, "frm.", "[Formula] ", true);
108  DynamicUtil.addExtraColumns(columns, dc, bioAssaySet, "ev", "#", "[Xtra] ");
109  DynamicUtil.addRawDataColumns(columns, dc, rawDataType, "raw.", "$", "[Raw] ");
110  DynamicUtil.addReporterColumns(columns, dc, experiment.getVirtualDb().getReporterCloneTemplate(), "rep.", "@", "[Rep] ");
111  DynamicUtil.SelectedInfo selected = DynamicUtil.getSelectedColumns(cc, columns, false);
112  if (bioAssay == null && cc.getSetting("columns").indexOf("COLUMN") >= 0) 
113  {
114    selected.selectedIds.add("COLUMN");
115    selected.selectedProperties.add("COLUMN");
116  }
117  try
118  {
119    final DynamicSpotQuery query = bioAssay != null ? bioAssay.getSpotData() : bioAssaySet.getSpotData();
120    cc.configureQuery(dc, query, selected.selectedProperties);
121    query.setFailSafe(true);
122    spotData = query.iterate(dc);
123  }
124  catch (Throwable t)
125  {
126    cc.setMessage(t.getMessage());
127    t.printStackTrace();
128  }
129
130  int numListed = 0;
131  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, 
132    guiContext, bioAssay == null ? bioAssaySet : bioAssay);
133  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
134  ExtensionsInvoker overviewPlotInvoker = bioAssay != null ? 
135    null : ExtensionsControl.useExtensions(jspContext, "net.sf.basedb.clients.web.bioassayset.overviewplots");
136  %>
137  <base:page title="<%=title%>">
138  <base:head scripts="table.js,tabcontrol.js" styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css">
139    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
140    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
141    <script language="JavaScript">
142    var submitPage = 'index.jsp';
143    var formId = 'spotdata';
144    function configureColumns()
145    {
146      Table.configureColumns('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>', '<%=subContext%>');
147    }
148    function presetOnChange()
149    {
150      Table.presetOnChange('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>', '<%=subContext%>');
151    }
152    function runPlugin(cmd)
153    {
154      Table.submitToPopup(formId, cmd, 750, 500);
155    }
156    function switchTab(tabControlId, tabId)
157    {
158      if (tabId == 'properties.bioassay')
159      {
160        location.href = '../bioassays/index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ViewItem&item_id=<%=bioAssayId%>&tab=properties';
161      }
162      else if (tabId == 'annotations.bioassay')
163      {
164        location.href = '../bioassays/index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ViewItem&item_id=<%=bioAssayId%>&tab=annotations';
165      }
166      else if (tabId == 'properties.bioassayset')
167      {
168        location.href = '../bioassaysets/index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ViewItem&item_id=<%=bioAssaySetId%>&tab=properties';
169      }
170      else if (tabId == 'annotations.bioassayset')
171      {
172        location.href = '../bioassaysets/index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ViewItem&item_id=<%=bioAssaySetId%>&tab=annotations';
173      }
174      else if (tabId == 'overviewplots')
175      {
176        location.href = '../bioassaysets/index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ViewItem&experiment_id=<%=experimentId%>&item_id=<%=bioAssaySetId%>&tab='+tabId;
177      }
178      else if (tabId == 'bioassays')
179      {
180        location.href = '../bioassays/index.jsp?ID=<%=ID%>&experiment_id=<%=experimentId%>&bioassayset_id=<%=bioAssaySetId%>&tab='+tabId;
181      }
182      else
183      {
184        TabControl.setActiveTab(tabControlId, tabId);
185      }
186    }
187    function newReporterList()
188    {
189      Table.submitToPopup(formId, 'CreateReporterList', 540, 400);
190    }
191    </script>
192  </base:head>
193  <base:body>
194    <p>
195    <p:path>
196      <p:pathelement title="Experiments" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>" />
197      <p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(experiment.getName())%>" 
198        href="<%="../bioassaysets/index.jsp?ID="+ID+"&experiment_id="+experiment.getId()%>" />
199       
200      <%
201      if (bioAssay == null)
202      {
203        %>
204        <p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(bioAssaySet.getName())%>" />
205        <%
206      }
207      else
208      {
209        %>
210        <p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(bioAssaySet.getName())%>" 
211          href="<%="../bioassays/index.jsp?ID="+ID+"&bioassayset_id="+bioAssaySet.getId()%>" />
212        <p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(bioAssay.getName())%>" />
213        <%
214      }
215      %>
216    </p:path>
217
218    <t:tabcontrol id="main" active="spotdata" switch="switchTab">
219    <t:tab id="properties.bioassay" title="Properties" visible="<%=bioAssay != null%>"/>
220    <t:tab id="properties.bioassayset" title="Properties" visible="<%=bioAssay == null%>"/>
221
222    <t:tab id="annotations.bioassay" title="Annotations" 
223      tooltip="View annotation values" visible="<%=bioAssay != null%>" />
224    <t:tab id="annotations.bioassayset" title="Annotations" 
225        tooltip="View annotation values" visible="<%=bioAssay == null%>" />
226
227    <t:tab id="bioassays" visible="<%=bioAssay == null%>" title="BioAssays" />
228    <t:tab id="spotdata" title="Spot data" >
229    <%
230    if (cc.getMessage() != null)
231    {
232      %>
233      <div class="error"><%=cc.getMessage()%></div>
234      <%
235      cc.setMessage(null);
236    }
237    %>
238    <tbl:table 
239      id="spotdata" 
240       
241      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
242      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
243      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
244      title="<%=title%>"
245      action="index.jsp"
246      sc="<%=sc%>"
247      item="<%=itemType%>"
248      subcontext="<%=subContext%>"
249      >
250      <tbl:hidden 
251        name="mode" 
252        value="<%=mode.getName()%>" 
253      />
254      <tbl:hidden 
255        name="bioassayset_id" 
256        value="<%=String.valueOf(bioAssaySetId)%>" 
257      />
258      <tbl:hidden 
259        name="bioassay_id" 
260        value="<%=String.valueOf(bioAssayId)%>" 
261      />
262      <tbl:hidden 
263        name="callback" 
264        value="<%=callback%>" 
265        skip="<%=callback == null%>" 
266      />
267
268      <%
269      for (TableColumn tc : columns)
270      {
271        %>
272        <tbl:columndef
273          id="<%=tc.getId()%>"
274          property="<%=tc.getProperty()%>"
275          tooltip="<%=tc.getDescription()%>"
276          datatype="<%=tc.getDatatype().getStringValue()%>"
277          title="<%=HTML.encodeTags(tc.getTitle())%>"
278          sortable="<%=tc.getSortable()%>"
279          filterable="<%=tc.getFilterable()%>"
280          exportable="<%=tc.getExportable()%>"
281          show="<%=tc.getShow()%>"
282          formatter="<%=tc.getFormatter()%>"
283        />
284        <%
285      }
286      %>
287      <%
288      if (bioAssay == null)
289      {
290        Map<Number, String> bioAssayMap = new HashMap<Number, String>();
291        Enumeration<String, String> bioAssayEnum = new Enumeration<String, String>();
292        for (BioAssay ba : bioAssaySet.getBioAssays().list(dc))
293        {
294          short columnNo = ba.getDataCubeColumnNo();
295          String linkedBioAssay = Base.getLinkedName(ID, ba, false, true);
296          // Safety measure, since JDBC driver seems to return 'short' as 'int'
297          bioAssayMap.put(columnNo, linkedBioAssay);
298          bioAssayMap.put((int)columnNo, linkedBioAssay);
299          bioAssayEnum.add(String.valueOf(columnNo), HTML.encodeTags(ba.getName()));
300        }
301        %>
302        <tbl:columndef
303          id="COLUMN"
304          property="COLUMN"
305          datatype="int"
306          title="Bioassay"
307          sortable="true"
308          filterable="true"
309          exportable="true"
310          enumeration="<%=bioAssayEnum%>"
311          formatter="<%=new LookupFormatter<Number>(bioAssayMap)%>"
312        />
313        <%
314      }
315      %>
316      <tbl:columndef 
317        id="reporterList"
318        property="£reporterList"
319        datatype="int"
320        title="Reporter list"
321        filterable="true"
322        enumeration="<%=Base.getReporterListsEnum(dc)%>"
323        multiple="false"
324      />
325      <tbl:toolbar
326        visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
327        >
328        <tbl:button 
329          image="columns.png" 
330          onclick="configureColumns()" 
331          title="Columns&hellip;" 
332          tooltip="Show, hide and re-order columns" 
333        />
334        <tbl:button
335          image="add.png"
336          onclick="newReporterList()"
337          title="New reporter list&hellip;"
338          tooltip="Create a new reporter list from matching spots"
339          visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.REPORTERLIST)%>"
340        />
341        <tbl:button 
342          image="export.png" 
343          onclick="runPlugin('ExportItems')" 
344          title="Export&hellip;" 
345          tooltip="Export data" 
346          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
347        />
348        <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
349          wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
350      </tbl:toolbar>
351      <tbl:presetselector 
352        clazz="columnheader"
353        onchange="presetOnChange()"
354      />
355      <tbl:navigator
356        page="<%=cc.getPage()%>" 
357        rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
358        totalrows="<%=spotData == null ? 0 : spotData.getTotalCount()%>" 
359        visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
360      />
361      <tbl:data>
362        <tbl:headers>
363          <tbl:headerrow>
364            <tbl:header 
365              clazz="index"
366              colspan="2"
367            />
368            <tbl:columnheaders />
369          </tbl:headerrow>
370          <tbl:headerrow>
371            <tbl:header 
372              clazz="index"
373              colspan="2"
374            />
375            <tbl:propertyfilter />
376          </tbl:headerrow>
377        </tbl:headers>
378        <tbl:rows>
379          <%
380          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
381          int selectedItemId = cc.getId();
382          if (spotData != null)
383          {
384            while (spotData.hasNext())
385            {
386              SqlResult item = spotData.next();
387              index++;
388              numListed++;
389              %>
390              <tbl:row>
391                <tbl:header 
392                  clazz="index"
393                  ><%=index%></tbl:header>
394                <tbl:header 
395                  clazz="icons" 
396                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
397                  >&nbsp;</tbl:header>
398                <%
399                int i = 1;
400                for (String columnId : selected.selectedIds)
401                {
402                  %>
403                  <tbl:cell column="<%=columnId%>" value="<%=item.getObject(i++)%>" />
404                  <%
405                }
406                %>
407              </tbl:row>
408              <%
409            }
410          }
411          %>
412          </tbl:rows>
413        </tbl:data>
414      <%
415      if (numListed == 0)
416      {
417        %>
418        <tbl:panel><%=spotData == null || spotData.getTotalCount() == 0 ? "No spot data were found" : "No spot data on this page. Please select another page!" %></tbl:panel>
419        <%
420      }
421      else
422      {
423        %>
424        <tbl:navigator
425          page="<%=cc.getPage()%>" 
426          rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
427          totalrows="<%=spotData == null ? 0 : spotData.getTotalCount()%>" 
428          visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
429          locked="true"
430        />
431        <%
432      }
433      %>
434    </tbl:table>
435    <base:buttongroup>
436      <base:button onclick="returnSelected();" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
437      <base:button onclick="window.close();" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
438      <base:button onclick="window.close();" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
439    </base:buttongroup>
440    </t:tab>
441
442    <t:tab id="overviewplots" title="Overview plots"
443      visible="<%=overviewPlotInvoker != null && overviewPlotInvoker.getNumExtensions() > 0%>" 
444    />
445    </t:tabcontrol>
446
447  </base:body>
448  </base:page>
449  <%
450}
451finally
452{
453  if (dc != null) dc.close();
454}
455%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.