source: trunk/www/views/experiments/view_experiment.jsp @ 2918

Last change on this file since 2918 was 2918, checked in by Nicklas Nordborg, 17 years ago

References #348: Take ownership of items

Implemented on all pages in the "View" menu.
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Id
File size: 14.2 KB
Line 
1<%-- $Id: view_experiment.jsp 2918 2006-11-15 11:21:13Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) Authors contributing to this file.
4
5  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
6  Available at http://base.thep.lu.se/
7
8  BASE is free software; you can redistribute it and/or
9  modify it under the terms of the GNU General Public License
10  as published by the Free Software Foundation; either version 2
11  of the License, or (at your option) any later version.
12
13  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
14  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
15  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
16  GNU General Public License for more details.
17
18  You should have received a copy of the GNU General Public License
19  along with this program; if not, write to the Free Software
20  Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330,
21  Boston, MA  02111-1307, USA.
22  ------------------------------------------------------------------
23
24  @author Nicklas
25  @version 2.0
26--%>
27<%@ page
28  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
29  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
30  import="net.sf.basedb.core.Item"
31  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
32  import="net.sf.basedb.core.Permission"
33  import="net.sf.basedb.core.Experiment"
34  import="net.sf.basedb.core.RawBioAssay"
35  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
36  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
37  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
38  import="net.sf.basedb.core.User"
39  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
40  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
41  import="net.sf.basedb.core.Include"
42  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
43  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
44  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
45  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
46  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
47  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
48  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
49  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
50  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
51  import="net.sf.basedb.util.Values"
52  import="java.util.Date"
53  import="java.util.Map"
54  import="java.util.Set"
55%>
56<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
57<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
58<%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
59<%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
60<%!
61  private static final Item itemType = Item.EXPERIMENT;
62  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.ITEM);
63%>
64<%
65final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
66final String ID = sc.getId();
67final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
68final int itemId = cc.getId();
69final float scale = Base.getScale(sc);
70final String root = request.getContextPath();
71final DbControl dc = sc.newDbControl();
72try
73{
74  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
75
76  String title = null;
77  Experiment experiment = Experiment.getById(dc, itemId);
78 
79  final boolean writePermission = experiment.hasPermission(Permission.WRITE);
80  final boolean deletePermission = experiment.hasPermission(Permission.DELETE);
81  final boolean sharePermission = experiment.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
82  final boolean setOwnerPermission = experiment.hasPermission(Permission.SET_OWNER);
83  final boolean isOwner = experiment.isOwner();
84  %>
85
86  <base:page title="<%=title%>">
87  <base:head scripts="table.js,tabcontrol.js" styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css">
88    <script language="JavaScript">
89    function editItem()
90    {
91      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>, true);
92    }
93    function shareItem()
94    {
95      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ShareItem&item_id=<%=itemId%>', 'ShareRawBioAssay', 500, 400);
96    }
97    function deleteItem()
98    {
99      location.replace('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=DeleteItem&item_id=<%=itemId%>');
100    }
101    function restoreItem()
102    {
103      location.replace('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=RestoreItem&item_id=<%=itemId%>');
104    }
105    function takeOwnership()
106    {
107      if (confirm('Are you sure that you want to take ownership of this item? It can\'t be undone.'))
108      {
109        location.replace('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=TakeOwnershipOfItem&item_id=<%=itemId%>');
110      }
111    }
112    function runPlugin(cmd)
113    {
114      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd='+cmd+'&item_id=<%=itemId%>', 'RunPlugin'+cmd, 740, 540);
115    }
116    function analyzeItem()
117    {
118      location.href = '<%=root%>/analyze/index.jsp?ID=<%=ID%>&experiment_id=<%=itemId%>';
119    }
120    function viewBioAssaySets()
121    {
122      location.href = 'bioassaysets/index.jsp?ID=<%=ID%>&experiment_id=<%=itemId%>';
123    }
124    function switchTab(tabControlId, tabId)
125    {
126      if (tabId == 'bioassaysets')
127      {
128        viewBioAssaySets();
129      }
130      else
131      {
132        TabControl.setActiveTab(tabControlId, tabId);
133      }
134    }
135    </script>
136  </base:head>
137  <base:body>
138    <p>
139    <p:path>
140      <p:pathelement title="Experiments" href="<%="index.jsp?ID="+ID%>" />
141      <p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(experiment.getName())%>" />
142    </p:path>
143   
144    <t:tabcontrol id="main" active="properties" switch="switchTab">
145    <t:tab id="properties" title="Properties">
146   
147    <tbl:toolbar
148      >
149      <tbl:button 
150        disabled="<%=writePermission ? false : true%>" 
151        image="<%=writePermission ? "edit.gif" : "edit_disabled.gif"%>" 
152        onclick="editItem()" 
153        title="Edit&hellip;" 
154        tooltip="<%=writePermission ? "Edit this experiment" : "You do not have permission to edit this experiment"%>" 
155      />
156      <tbl:button 
157        disabled="<%=deletePermission ? false : true%>" 
158        image="<%=deletePermission ? "delete.gif" : "delete_disabled.gif"%>" 
159        onclick="deleteItem()" 
160        title="Delete"
161        visible="<%=!experiment.isRemoved()%>"
162        tooltip="<%=deletePermission ? "Delete this experiment" : "You do not have permission to delete this experiment"%>" 
163      />
164      <tbl:button 
165        disabled="<%=writePermission ? false : true%>" 
166        image="<%=writePermission ? "restore.gif" : "restore_disabled.gif"%>" 
167        onclick="restoreItem()" 
168        title="Restore"
169        visible="<%=experiment.isRemoved()%>"
170        tooltip="<%=writePermission ? "Restore this experiment" : "You do not have permission to restore this experiment"%>" 
171      />
172      <tbl:button 
173        disabled="<%=sharePermission ? false : true%>"
174        image="<%=sharePermission ? "share.gif" : "share_disabled.gif"%>"
175        onclick="shareItem()" 
176        title="Share&hellip;" 
177        tooltip="<%=sharePermission ? "Share this experiment to other user, groups and projects" : "You do not have permission to share this experiment"%>"
178      />
179      <tbl:button 
180        disabled="<%=setOwnerPermission ? false : true%>"
181        image="<%=setOwnerPermission ? "take_ownership.png" : "take_ownership_disabled.png"%>"
182        onclick="takeOwnership()" 
183        title="Take ownership&hellip;"
184        visible="<%=!isOwner%>"
185        tooltip="<%=setOwnerPermission ? "Take ownership of this item" : "You do not have permission to take ownership of this item"%>"
186      />
187      <tbl:button 
188        image="import.gif" 
189        onclick="runPlugin('ImportItem')" 
190        title="Import&hellip;" 
191        tooltip="Import data" 
192        visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
193      />
194      <tbl:button 
195        image="export.gif" 
196        onclick="runPlugin('ExportItem')" 
197        title="Export&hellip;" 
198        tooltip="Export data" 
199        visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
200      />
201      <tbl:button 
202        image="runplugin.gif" 
203        onclick="runPlugin('RunPlugin')" 
204        title="Run plugin&hellip;" 
205        tooltip="Run a plugin" 
206        visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
207      />
208      <tbl:button
209        image="help.gif"
210        onclick="<%="Main.openHelp('" + ID +"', 'experiment.view.properties')"%>"
211        title="Help&hellip;"
212        tooltip="Get help about this page"
213      />
214      </tbl:toolbar>
215    <div class="boxedbottom">
216      <div class="itemstatus">Permissions on this item: <i><%=PermissionUtil.getFullPermissionNames(experiment)%></i></div>
217      <%
218      if (experiment.isRemoved() || experiment.isShared())
219      {
220        %>
221        <div class="itemstatus">
222          <base:icon image="deleted.gif" 
223            visible="<%=experiment.isRemoved()%>"> This item has been flagged for deletion<br></base:icon>
224          <base:icon image="shared.gif" 
225            visible="<%=experiment.isShared()%>"> This item is shared to other user, groups and/or projects</base:icon>
226        </div>
227        <%
228      }
229      %>
230      <table class="form" cellspacing=0>
231      <tr>
232        <td class="prompt">Name</td>
233        <td><%=HTML.encodeTags(experiment.getName())%></td>
234      </tr>
235      <tr>
236        <td class="prompt">Raw data type</td>
237        <td><%=HTML.encodeTags(experiment.getRawDataType().getName())%></td>
238      </tr>
239      <tr>
240        <td class="prompt">Directory</td>
241        <td><base:propertyvalue item="<%=experiment%>" property="directory" /></td>
242      </tr>
243      <tr>
244        <td class="prompt">Bytes</td>
245        <td><%=Values.formatBytes(experiment.getBytes())%></td>
246      </tr>
247      <tr>
248        <td class="prompt">Owner</td>
249        <td><base:propertyvalue item="<%=experiment%>" property="owner" /></td>
250      </tr>
251      <tr>
252        <td class="prompt">Description</td>
253        <td><%=HTML.niceFormat(experiment.getDescription())%></td>
254      </tr>
255      </table>
256     
257      <h4>Publication</h4>
258      <table class="form" cellspacing=0>
259      <tr>
260        <td class="prompt">PubMed ID</td>
261        <td>
262          <%=HTML.encodeTags(experiment.getPubMedId())%>
263          <%
264          int pubMedId = Values.getInt(experiment.getPubMedId(), -1);
265          if (pubMedId != -1)
266          {
267            %>
268            <b>Link to:</b>
269            <a href="http://www.ebi.ac.uk/citexplore/citationDetails.do?externalId=<%=pubMedId%>&dataSource=MED"
270              target="_new" title="External link to EBI Citation database"
271              >EBI Citation database</a>,
272            <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=PureSearch&db=pubmed&details_term=<%=pubMedId%>"
273              target="_new" title="External link to NCBI Entrez PubMed">NCBI Entrez PubMed</a>
274            <%
275          }
276          %>
277        </td>
278      </tr>
279      <tr>
280        <td class="prompt">Title</td>
281        <td><%=HTML.niceFormat(experiment.getTitle())%></td>
282      </tr>
283      <tr>
284        <td class="prompt">Publication date</td>
285        <td><%=Values.formatDate(experiment.getPublicationDate())%></td>
286      </tr>
287      <tr>
288        <td class="prompt">Abstract</td>
289        <td><%=HTML.niceFormat(experiment.getAbstract())%></td>
290      </tr>
291      <tr>
292        <td class="prompt">Experiment design</td>
293        <td><%=HTML.niceFormat(experiment.getExperimentDesign())%></td>
294      </tr>
295      <tr>
296        <td class="prompt">Experiment type</td>
297        <td><%=HTML.niceFormat(experiment.getExperimentType())%></td>
298      </tr>
299      <tr>
300        <td class="prompt">Affiliations</td>
301        <td><%=HTML.niceFormat(experiment.getAffiliations())%></td>
302      </tr>
303      <tr>
304        <td class="prompt">Authors</td>
305        <td><%=HTML.niceFormat(experiment.getAuthors())%></td>
306      </tr>
307      <tr>
308        <td class="prompt">Publication</td>
309        <td><%=HTML.niceFormat(experiment.getPublication())%></td>
310      </tr>
311      </table>
312     
313      <%
314      ItemQuery<AnnotationType> efQuery = experiment.getExperimentalFactors();
315      efQuery.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.OTHERS, Include.IN_PROJECT);
316      efQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
317      ItemResultList<AnnotationType> experimentalFactors = efQuery.list(dc);
318      if (experimentalFactors.size() == 0)
319      {
320        %>
321        <h4>Experimental factors</h4>
322        No experimental factors has been added to this experiment
323        (or, you don't have permission to view them).
324        <%
325      }
326      else
327      {
328        %>
329        <h4 class="docked">Experimental factors</h4>
330        <tbl:table
331          id="experimentalFactors"
332          clazz="itemlist"
333          columns="all"
334          >
335        <tbl:columndef 
336          id="name"
337          title="Name"
338        />
339        <tbl:columndef
340          id="values"
341          title="Values"
342        />
343        <tbl:columndef 
344          id="description"
345          title="Description"
346        />
347        <tbl:data>
348          <tbl:columns>
349          </tbl:columns>
350          <tbl:rows>
351          <%
352          for (AnnotationType item : experimentalFactors)
353          {
354            %>
355            <tbl:row>
356              <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
357              <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
358              <tbl:cell column="values">
359              <%=item.isEnumeration() ? 
360                "Enumeration: " + HTML.encodeTags(Values.getString(item.getValues(), ", ", true)) :
361                item.getValueType()%>
362              </tbl:cell>
363            </tbl:row>
364            <%
365          }
366          %>
367          </tbl:rows>
368        </tbl:data>
369        </tbl:table>
370        <%
371      }
372      %>
373     
374      <%
375      ItemQuery<RawBioAssay> rbaQuery = experiment.getRawBioAssays();
376      rbaQuery.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.OTHERS, Include.IN_PROJECT);
377      rbaQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
378      ItemResultList<RawBioAssay> rawBioAssays = rbaQuery.list(dc);
379      if (rawBioAssays.size() == 0)
380      {
381        %>
382        <h4>Raw bioassays</h4>
383        No raw bioassays has been added to this experiment
384        (or, you don't have permission to view them).
385        <%
386      }
387      else
388      {
389        %>
390        <h4 class="docked">Raw bioassays</h4>
391        <tbl:table
392          id="rawbioassays"
393          clazz="itemlist"
394          columns="all"
395          >
396        <tbl:columndef 
397          id="name"
398          title="Name"
399        />
400        <tbl:columndef 
401          id="description"
402          title="Description"
403        />
404        <%
405        for (AnnotationType at : experimentalFactors)
406        {
407          %>
408          <tbl:columndef
409            id="<%="at"+at.getId()%>"
410            title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+" [EF]"%>"
411          />
412          <%
413        }
414        %>
415       
416        <tbl:data>
417          <tbl:columns>
418          </tbl:columns>
419          <tbl:rows>
420          <%
421          for (RawBioAssay item : rawBioAssays)
422          {
423            AnnotationSet as = item.isAnnotated() ? item.getAnnotationSet() : null;
424            %>
425            <tbl:row>
426              <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
427              <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
428              <%
429              for (AnnotationType at : experimentalFactors)
430              {
431               
432                String value = "<i>- none -</i>";
433                if (as != null)
434                {
435                  Annotation a = as.findAnnotation(at);
436                  if (a != null)
437                  {
438                    value = HTML.encodeTags(Values.getString(a.getValues(), ", ", true));
439                  }
440                }
441                %>
442                <tbl:cell column="<%="at"+at.getId()%>"><%=value%></tbl:cell>
443                <%
444              }
445              %>
446            </tbl:row>
447            <%
448          }
449          %>
450          </tbl:rows>
451        </tbl:data>
452        </tbl:table>
453        <%
454      }
455      %>
456    </div>
457      </t:tab>
458     
459      <t:tab id="bioassaysets" title="Bioassay sets" />
460     
461      </t:tabcontrol>
462
463
464  </base:body>
465  </base:page>
466  <%
467}
468finally
469{
470  if (dc != null) dc.close();
471}
472
473%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.