source: trunk/www/views/experiments/view_experiment.jsp @ 5117

Last change on this file since 5117 was 5117, checked in by Nicklas Nordborg, 13 years ago

Fixes #1394: Inherit annotations (Experimental factors) not available for annotation type Text

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Id
File size: 27.0 KB
Line 
1<%-- $Id: view_experiment.jsp 5117 2009-10-05 07:27:25Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson, Gregory Vincic
4  Copyright (C) 2007 Nicklas Nordborg, Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
31  import="net.sf.basedb.core.Permission"
32  import="net.sf.basedb.core.Experiment"
33  import="net.sf.basedb.core.RawBioAssay"
34  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
35  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
36  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
37  import="net.sf.basedb.core.Annotatable"
38  import="net.sf.basedb.core.Unit"
39  import="net.sf.basedb.core.Type"
40  import="net.sf.basedb.core.User"
41  import="net.sf.basedb.core.Group"
42  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
43  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
44  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
45  import="net.sf.basedb.core.Include"
46  import="net.sf.basedb.core.MultiPermissions"
47  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
48  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
49  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
50  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
51  import="net.sf.basedb.core.Project"
52  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
53  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
54  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
55  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
56  import="net.sf.basedb.clients.web.ChangeHistoryUtil"
57  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
58  import="net.sf.basedb.util.Values"
59  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
60  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
63  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
64  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
65  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
66  import="java.util.Collections"
67  import="java.util.Date"
68  import="java.util.Map"
69  import="java.util.HashMap"
70  import="java.util.Set"
71  import="java.util.HashSet"
72  import="java.util.List"
73  import="java.util.LinkedList"
74  import="java.util.Date"
75%>
76<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
77<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
78<%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
79<%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
80<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
81<%!
82  private static final Item itemType = Item.EXPERIMENT;
83  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.ITEM);
84%>
85<%
86final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
87final String ID = sc.getId();
88final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
89final int itemId = cc.getId();
90final String tab = Values.getString(request.getParameter("tab"), "properties");
91final float scale = Base.getScale(sc);
92final String root = request.getContextPath();
93final DbControl dc = sc.newDbControl();
94try
95{
96  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
97  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
98
99  String title = null;
100  Experiment experiment = Experiment.getById(dc, itemId);
101 
102  final boolean writePermission = experiment.hasPermission(Permission.WRITE);
103  final boolean deletePermission = experiment.hasPermission(Permission.DELETE);
104  final boolean sharePermission = experiment.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
105  final boolean setOwnerPermission = experiment.hasPermission(Permission.SET_OWNER);
106  final boolean isOwner = experiment.isOwner();
107  final boolean isRemoved = experiment.isRemoved();
108  final boolean isUsed = isRemoved && experiment.isUsed();
109  final boolean deletePermanentlyPermission = deletePermission && !isUsed;
110 
111  Map<AnnotationType, Set<Object>> usedFactorValues = 
112    new HashMap<AnnotationType, Set<Object>>();
113  Map<AnnotationType, Integer> factorValuesCount = new HashMap<AnnotationType, Integer>();
114  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, experiment);
115  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
116  %>
117  <base:page title="<%=title%>">
118  <base:head scripts="table.js,tabcontrol.js" styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css">
119    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
120    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
121    <script language="JavaScript">
122    function editItem()
123    {
124      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>, true);
125    }
126    function shareItem()
127    {
128      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ShareItem&item_id=<%=itemId%>', 'ShareRawBioAssay', 600, 400);
129    }
130    function deleteItem()
131    {
132      location.replace('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=DeleteItem&item_id=<%=itemId%>');
133    }
134    function restoreItem()
135    {
136      location.replace('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=RestoreItem&item_id=<%=itemId%>');
137    }
138    function deleteItemPermanently()
139    {
140      Main.deleteItemPermanently('<%=ID%>', true, '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>, '&callback=itemDeleted');
141    }
142    function itemDeleted()
143    {
144      Main.listItems('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>');
145    }
146    function showUsingItems()
147    {
148      Main.showUsingItems('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>);
149    }   
150    function setOwner()
151    {
152      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=SetOwnerOfItem&item_id=<%=itemId%>', 'SetOwnerOfItem', 450, 150);
153    }
154    function runPlugin(cmd)
155    {
156      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd='+cmd+'&item_id=<%=itemId%>', 'RunPlugin'+cmd, 740, 540);
157    }
158    function analyzeItem()
159    {
160      location.href = '<%=root%>/analyze/index.jsp?ID=<%=ID%>&experiment_id=<%=itemId%>';
161    }
162    function viewBioAssaySets()
163    {
164      location.href = 'bioassaysets/index.jsp?ID=<%=ID%>&experiment_id=<%=itemId%>';
165    }
166    function switchTab(tabControlId, tabId)
167    {
168      if (TabControl.isActive(tabControlId, tabId)) return;
169      if ((tabId == 'overview' || tabId == 'history') && tabId != '<%=tab%>')
170      {
171        location.href = 'index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ViewItem&item_id=<%=itemId%>&tab='+tabId;
172      }
173      else if (tabId == 'bioassaysets')
174      {
175        viewBioAssaySets();
176      }
177      else
178      {
179        TabControl.setActiveTab(tabControlId, tabId);
180      }
181    }
182    function editAnnotation(itemType, itemId, annotationTypeId)
183    {
184      var url = getRoot() + 'common/annotations/annotate.jsp?ID=<%=ID%>';
185      url += '&item_type='+itemType;
186      url += '&item_id='+itemId;
187      url += '&annotationtype_id='+annotationTypeId;
188      url += '&standalone=1';
189      Main.openPopup(url, 'EditAnnotation', 700, 460);
190    }
191    function editInheritedAnnotation(itemType, itemId, annotationTypeId)
192    {
193      var url = getRoot() + 'common/annotations/inherit.jsp?ID=<%=ID%>';
194      url += '&item_type='+itemType;
195      url += '&item_id='+itemId;
196      url += '&annotationtype_id='+annotationTypeId;
197      url += '&standalone=1';
198      Main.openPopup(url, 'EditAnnotation', 700, 460);
199    }
200    function setUsedFactorValue(annotationTypeId, values)
201    {
202      var div = document.getElementById('usedvalues.'+annotationTypeId);
203      div.innerHTML = values;
204      if (values && values.length > 50)
205      {
206        Main.addClass(div, 'constrained unchecked autoshow');
207        if (window.textOverflowChecker)
208        {
209          window.textOverflowChecker.checkTag(div);
210        }
211      }
212    }
213    function showStatus(annotationTypeId, numTotal, numInherited)
214    {
215      var sss = document.getElementById('status.'+annotationTypeId);
216      var html;
217      if (numTotal == numInherited)
218      {
219        html = '<img src="../../images/ok.gif" title="All ' + numTotal +
220          ' raw bioassays have a value for this experimental factor">';
221      }
222      else
223      {
224        var numMissing = numTotal - numInherited;
225        html = '<a href="javascript:autoInherit('+annotationTypeId+')"' + 
226          ' title="Click for automatic inheritation of annotations from parents">';
227        html += '<img src="../../images/warning.gif" border="0">&nbsp;' + numMissing + ' missing</a>';
228      }
229      sss.innerHTML = html;
230    }
231    function autoInherit(annotationTypeId)
232    {
233      var url = 'index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=AutoInherit&item_id=<%=itemId%>&annotationtype_id=' + annotationTypeId;
234      Main.openPopup(url, 'AutoInherit', 400, 200);
235    }
236    </script>
237  </base:head>
238  <base:body onload="initUsedFactorValues()">
239    <p>
240    <p:path>
241      <p:pathelement title="Experiments" href="<%="index.jsp?ID="+ID%>" />
242      <p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(experiment.getName())%>" />
243    </p:path>
244   
245    <t:tabcontrol id="main" active="<%=tab%>" switch="switchTab" remember="false">
246    <t:tab id="properties" title="Properties">
247   
248    <tbl:toolbar
249      >
250      <tbl:button 
251        disabled="<%=writePermission ? false : true%>" 
252        image="<%=writePermission ? "edit.gif" : "edit_disabled.gif"%>" 
253        onclick="editItem()" 
254        title="Edit&hellip;" 
255        tooltip="<%=writePermission ? "Edit this experiment" : "You do not have permission to edit this experiment"%>" 
256      />
257      <tbl:button 
258        disabled="<%=deletePermission ? false : true%>" 
259        image="<%=deletePermission ? "delete.gif" : "delete_disabled.gif"%>" 
260        onclick="deleteItem()" 
261        title="Delete"
262        visible="<%=!experiment.isRemoved()%>"
263        tooltip="<%=deletePermission ? "Delete this experiment" : "You do not have permission to delete this experiment"%>" 
264      />
265      <tbl:button 
266        disabled="<%=writePermission ? false : true%>" 
267        image="<%=writePermission ? "restore.gif" : "restore_disabled.gif"%>" 
268        onclick="restoreItem()" 
269        title="Restore"
270        visible="<%=experiment.isRemoved()%>"
271        tooltip="<%=writePermission ? "Restore this experiment" : "You do not have permission to restore this experiment"%>" 
272      />
273      <tbl:button 
274        disabled="<%=sharePermission ? false : true%>"
275        image="<%=sharePermission ? "share.gif" : "share_disabled.gif"%>"
276        onclick="shareItem()" 
277        title="Share&hellip;" 
278        tooltip="<%=sharePermission ? "Share this experiment to other user, groups and projects" : "You do not have permission to share this experiment"%>"
279      />
280      <tbl:button 
281        disabled="<%=setOwnerPermission ? false : true%>"
282        image="<%=setOwnerPermission ? "take_ownership.png" : "take_ownership_disabled.png"%>"
283        onclick="setOwner()" 
284        title="Set owner&hellip;"
285        tooltip="<%=setOwnerPermission ? "Change owner of this item" : "You do not have permission to change ownership of this item"%>"
286      />
287      <tbl:button 
288        image="import.gif" 
289        onclick="runPlugin('ImportItem')" 
290        title="Import&hellip;" 
291        tooltip="Import data" 
292        visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
293      />
294      <tbl:button 
295        image="export.gif" 
296        onclick="runPlugin('ExportItem')" 
297        title="Export&hellip;" 
298        tooltip="Export data" 
299        visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
300      />
301      <tbl:button 
302        image="runplugin.gif" 
303        onclick="runPlugin('RunPlugin')" 
304        title="Run plugin&hellip;" 
305        tooltip="Run a plugin" 
306        visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
307      />
308      <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
309        wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
310      <tbl:button
311        image="help.gif"
312        onclick="<%="Main.openHelp('" + ID +"', 'experiment.view.properties')"%>"
313        title="Help&hellip;"
314        tooltip="Get help about this page"
315      />
316      </tbl:toolbar>
317    <div class="boxedbottom">
318      <div class="itemstatus">Permissions on this item: <i><%=PermissionUtil.getFullPermissionNames(experiment)%></i></div>
319      <%
320      if (experiment.isRemoved() || experiment.isShared())
321      {
322        %>
323        <div class="itemstatus">
324          <base:icon 
325            image="<%=deletePermanentlyPermission ? "deleted.gif" : "deleted_disabled.gif"%>"
326            onclick="<%=deletePermanentlyPermission ? "deleteItemPermanently()" : null%>"
327            tooltip="<%=deletePermanentlyPermission ? "Permanently delete this item" : null%>"
328            visible="<%=isRemoved%>"> This item has been flagged for deletion<br></base:icon>
329          <base:icon image="used.gif" 
330            onclick="showUsingItems()"
331            tooltip="Show the items that are using this one"
332            visible="<%=isUsed%>"> This item is used by other items and can't be permanently deleted<br></base:icon>
333          <base:icon image="shared.gif" 
334            visible="<%=experiment.isShared()%>"> This item is shared to other users, groups and/or projects</base:icon>
335        </div>
336        <%
337      }
338      %>
339      <table class="form" cellspacing="0">
340      <tr>
341        <td class="prompt">Name</td>
342        <td><%=HTML.encodeTags(experiment.getName())%></td>
343      </tr>
344      <tr>
345        <td class="prompt">Registered</td>
346        <td><%=dateFormatter.format(experiment.getEntryDate())%></td>
347      </tr>
348      <tr>
349        <td class="prompt">Raw data type</td>
350        <td><base:catch><%=HTML.encodeTags(experiment.getRawDataType().getName())%></base:catch></td>
351      </tr>
352      <tr>
353        <td class="prompt">Directory</td>
354        <td><base:propertyvalue item="<%=experiment%>" property="directory" /></td>
355      </tr>
356      <tr>
357        <td class="prompt">Bytes</td>
358        <td><%=Values.formatBytes(experiment.getBytes())%></td>
359      </tr>
360      <tr>
361        <td class="prompt">Owner</td>
362        <td><base:propertyvalue item="<%=experiment%>" property="owner" /></td>
363      </tr>
364      <tr>
365        <td class="prompt">Description</td>
366        <td><%=HTML.niceFormat(experiment.getDescription())%></td>
367      </tr>
368      </table>
369     
370    <base:section 
371      id="publication" 
372      title="Publication"
373      context="<%=cc%>"
374      >
375      <table class="form" cellspacing="0">
376      <tr>
377        <td class="prompt">PubMed ID</td>
378        <td>
379          <%=HTML.encodeTags(experiment.getPubMedId())%>
380          <%
381          int pubMedId = Values.getInt(experiment.getPubMedId(), -1);
382          if (pubMedId != -1)
383          {
384            %>
385            <b>Link to:</b>
386            <a href="http://www.ebi.ac.uk/citexplore/citationDetails.do?externalId=<%=pubMedId%>&dataSource=MED"
387              target="_new" title="External link to EBI Citation database"
388              >EBI Citation database</a>,
389            <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=PureSearch&db=pubmed&details_term=<%=pubMedId%>"
390              target="_new" title="External link to NCBI Entrez PubMed">NCBI Entrez PubMed</a>
391            <%
392          }
393          %>
394        </td>
395      </tr>
396      <tr>
397        <td class="prompt">Title</td>
398        <td><%=HTML.niceFormat(experiment.getTitle())%></td>
399      </tr>
400      <tr>
401        <td class="prompt">Publication date</td>
402        <td><%=dateFormatter.format(experiment.getPublicationDate())%></td>
403      </tr>
404      <tr>
405        <td class="prompt">Abstract</td>
406        <td><%=HTML.niceFormat(experiment.getAbstract())%></td>
407      </tr>
408      <tr>
409        <td class="prompt">Experiment design</td>
410        <td><%=HTML.niceFormat(experiment.getExperimentDesign())%></td>
411      </tr>
412      <tr>
413        <td class="prompt">Experiment type</td>
414        <td><%=HTML.niceFormat(experiment.getExperimentType())%></td>
415      </tr>
416      <tr>
417        <td class="prompt">Affiliations</td>
418        <td><%=HTML.niceFormat(experiment.getAffiliations())%></td>
419      </tr>
420      <tr>
421        <td class="prompt">Authors</td>
422        <td><%=HTML.niceFormat(experiment.getAuthors())%></td>
423      </tr>
424      <tr>
425        <td class="prompt">Publication</td>
426        <td><%=HTML.niceFormat(experiment.getPublication())%></td>
427      </tr>
428      </table>
429    </base:section>
430     
431      <%
432      ItemQuery<AnnotationType> efQuery = experiment.getExperimentalFactors();
433      efQuery.include(Include.ALL);
434      efQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
435      ItemResultList<AnnotationType> experimentalFactors = efQuery.list(dc);
436      if (experimentalFactors.size() == 0)
437      {
438        %>
439        <h4>Experimental factors</h4>
440        No experimental factors has been added to this experiment
441        (or, you don't have permission to view them).
442        <%
443      }
444      else
445      {
446        %>
447        <base:section 
448          id="experimentalFactors" 
449          title="<%="Experimental factors (" + experimentalFactors.size() +")"%>"
450          context="<%=cc%>">     
451        <tbl:table
452          id="experimentalFactors"
453          clazz="itemlist"
454          style="max-width: 1000px;"
455          columns="all"
456          >
457        <tbl:columndef 
458          id="name"
459          title="Name"
460        />
461        <tbl:columndef
462          id="type"
463          title="Value type"
464        />
465        <tbl:columndef
466          id="values"
467          title="Used values"
468        />
469        <tbl:columndef 
470          id="description"
471          title="Description"
472        />
473        <tbl:columndef 
474          id="status"
475          title="Status"
476        />
477        <tbl:data>
478          <tbl:columns>
479          </tbl:columns>
480          <tbl:rows>
481          <%
482          for (AnnotationType item : experimentalFactors)
483          {
484            Type valueType = item.getValueType();
485            usedFactorValues.put(item, new HashSet<Object>());
486            factorValuesCount.put(item, 0);
487            Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, valueType);
488            %>
489            <tbl:row>
490              <tbl:cell column="name"><base:icon 
491                  image="deleted.gif" 
492                  tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
493                  visible="<%=item.isRemoved()%>"
494                /><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
495              <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
496              <tbl:cell column="type">
497                <%=valueType%>
498                <%=item.isEnumeration() ? "(enumeration)" : ""%>
499              </tbl:cell>
500              <tbl:cell column="values">
501                <%
502                if (!item.isEnumeration() && (valueType == Type.TEXT || valueType == Type.STRING))
503                {
504                  %>
505                  N/A
506                  <%
507                }
508                else
509                {
510                  %>
511                  <div id="usedvalues.<%=item.getId()%>">Loading...</div>
512                  <%
513                }
514                %>
515              </tbl:cell>
516              <tbl:cell column="status"><div id="status.<%=item.getId()%>"></div></tbl:cell>
517            </tbl:row>
518            <%
519          }
520          %>
521          </tbl:rows>
522        </tbl:data>
523        </tbl:table>
524        <base:icon image="warning.gif" /> = Some raw bioassays are missing this factor value;
525          click to automatically try to inherit annotations from parents<br>
526        <base:icon image="ok.gif" /> = All raw bioassays have a value for this factor
527        </base:section>
528        <%
529      }
530      %>
531     
532      <%
533      ItemQuery<RawBioAssay> rbaQuery = experiment.getRawBioAssays();
534      rbaQuery.include(Include.ALL);
535      rbaQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
536      ItemResultList<RawBioAssay> rawBioAssays = rbaQuery.list(dc);
537      if (rawBioAssays.size() == 0)
538      {
539        %>
540        <h4>Raw bioassays</h4>
541        No raw bioassays has been added to this experiment
542        (or, you don't have permission to view them).
543        <%
544      }
545      else
546      {
547        %>
548        <base:section 
549          id="rawbioassays" 
550          title="<%="Raw bioassays (" + rawBioAssays.size() +")"%>"
551          context="<%=cc%>">
552        <tbl:table
553          id="rawbioassays"
554          clazz="itemlist"
555          columns="all"
556          >
557        <tbl:columndef 
558          id="name"
559          title="Name"
560        />
561        <tbl:columndef 
562          id="description"
563          title="Description"
564        />
565        <%
566        for (AnnotationType at : experimentalFactors)
567        {
568          Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
569          %>
570          <tbl:columndef
571            id="<%="at"+at.getId()%>"
572            title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())%>"
573            formatter="<%=formatter%>"
574          />
575          <%
576        }
577        %>
578       
579        <tbl:data>
580          <tbl:columns>
581          </tbl:columns>
582          <tbl:rows>
583          <%
584          for (RawBioAssay item : rawBioAssays)
585          {
586            AnnotationSet as = item.isAnnotated() ? item.getAnnotationSet() : null;
587            %>
588            <tbl:row>
589              <tbl:cell column="name"><base:icon 
590                  image="deleted.gif" 
591                  tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
592                  visible="<%=item.isRemoved()%>"
593                /><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
594              <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
595              <%
596              for (AnnotationType at : experimentalFactors)
597              {
598                Unit unit = at.getDefaultUnit();
599                String unitSymbol = unit == null ? "" : "&nbsp;" + unit.getDisplaySymbol();
600               
601                String value = "<i>- none -</i>";
602                List<Annotation> all = as == null ? null : as.findAnnotations(dc, at, true);
603                Map<Annotatable, List> factorValues = new HashMap<Annotatable, List>();
604                if (all != null && all.size() > 0)
605                {
606                  for (Annotation a : all)
607                  {
608                    List values = a.getValues();
609                    usedFactorValues.get(at).addAll(values);
610                    factorValuesCount.put(at, factorValuesCount.get(at)+1);
611                    Annotatable aItem = null;
612                    try
613                    {
614                      aItem = a.getAnnotationSet().getItem();
615                    }
616                    catch (Throwable t)
617                    {}
618                    List toAdd = factorValues.get(aItem);
619                    if (toAdd == null)
620                    {
621                      toAdd = new LinkedList();
622                      factorValues.put(aItem, toAdd);
623                    }
624                    toAdd.addAll(values);
625                  }
626                }
627               
628                %>
629                <tbl:cell column="<%="at"+at.getId()%>"
630                  >
631                  <%
632                  for (Map.Entry<Annotatable, List> entry : factorValues.entrySet())
633                  {
634                    Annotatable aItem = entry.getKey();
635                    List values = entry.getValue();
636                    %>
637                    <tbl:cellvalue list="<%=values%>" suffix="<%=unitSymbol%>"/>
638                    <%
639                    if (aItem != null && aItem.hasPermission(Permission.WRITE))
640                    {
641                      %>: <base:icon image="edit.gif" 
642                        onclick="<%="editAnnotation('"+aItem.getType().name()+"',"+aItem.getId()+","+at.getId()+")"%>" 
643                        tooltip="Modify the values of this experimental factor" />
644                      <%
645                    }
646                  }
647                  %>
648                </tbl:cell>
649                <%
650              }
651              %>
652            </tbl:row>
653            <%
654          }
655          %>
656          </tbl:rows>
657        </tbl:data>
658        </tbl:table>
659        </base:section>
660        <%
661      }
662     
663      // Tables with users/groups/projects that this item is shared to
664      MultiPermissions mp = new MultiPermissions(Collections.singleton(experiment));
665      ItemResultIterator<User> users = mp.getUsers().iterate(dc);
666      ItemResultIterator<Group> groups = mp.getGroups().iterate(dc);
667      ItemResultIterator<Project> projects = mp.getProjects().iterate(dc);
668     
669      if (users.hasNext() || groups.hasNext() || projects.hasNext())
670      {
671        %>
672        <base:section 
673          id="sharedTo" 
674          title="Shared to"
675          context="<%=cc%>">
676        <tbl:table 
677          id="itemsSharedTo"
678          clazz="itemlist"
679          columns="all"
680        >
681          <tbl:columndef 
682            id="itemType"
683            title="Item type"
684          />
685          <tbl:columndef 
686            id="name"
687            title="Name"
688          />
689          <tbl:columndef 
690            id="permissions"
691            title="Permissions"
692          />
693          <tbl:data>
694            <tbl:columns>
695            </tbl:columns>
696            <tbl:rows>
697            <%
698            while(projects.hasNext())
699            {
700              Project project = projects.next();
701              Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(project).values().iterator().next();
702              %>     
703              <tbl:row>
704                <tbl:cell column="itemType"><%=project.getType()%></tbl:cell>
705                <tbl:cell column="name"><base:icon 
706                  image="deleted.gif" 
707                  tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
708                  visible="<%=project.isRemoved()%>"
709                /><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
710                <tbl:cell column="permissions">
711                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
712                </tbl:cell>
713              </tbl:row>
714              <%
715            }
716            while(groups.hasNext())
717            {
718              Group group = groups.next();
719              Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(group).values().iterator().next();
720              %>
721              <tbl:row>             
722                <tbl:cell column="itemType"><%=group.getType()%></tbl:cell>
723                <tbl:cell column="name"><base:icon 
724                  image="deleted.gif" 
725                  tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
726                  visible="<%=group.isRemoved()%>"
727                /><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
728                <tbl:cell column="permissions">
729                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
730                </tbl:cell>
731              </tbl:row>
732              <% 
733            }
734            while (users.hasNext())
735            {
736              User user = users.next();
737              Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(user).values().iterator().next();
738              %>
739              <tbl:row>             
740                <tbl:cell column="itemType"><%=user.getType()%></tbl:cell>
741                <tbl:cell column="name"><base:icon 
742                  image="deleted.gif" 
743                  tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
744                  visible="<%=user.isRemoved()%>"
745                /><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
746                <tbl:cell column="permissions">
747                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
748                </tbl:cell>
749              </tbl:row>
750              <%
751            }
752            %>
753            </tbl:rows>
754          </tbl:data>
755        </tbl:table>
756        </base:section>
757        <%
758      }
759      else
760      {
761        %>
762        <h4>Shared to</h4>
763        This experiment is not shared
764        (or, you don't have permission to view the ones it is shared to).
765        <%
766      }
767      %>
768    </div>
769   
770    <script language="JavaScript">
771    function initUsedFactorValues()
772    {
773      <%
774      int numRawBioAssays = rawBioAssays.size();
775      for (Map.Entry<AnnotationType, Set<Object>> entry : usedFactorValues.entrySet())
776      {
777        AnnotationType at = entry.getKey();
778        int numRawBioAssaysWithFactor = factorValuesCount.get(at);
779        Type valueType = at.getValueType();
780        if (at.isEnumeration() || (valueType != Type.TEXT && valueType != Type.STRING))
781        {
782          Set<Object> values = entry.getValue();
783          Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, valueType);
784          Unit unit = at.getDefaultUnit();
785          if (unit != null) formatter = unit.getFormatter(formatter);
786          String formattedValues = HTML.encodeTags(Values.getString(values, ", ", true, formatter));
787          %>
788          setUsedFactorValue(<%=at.getId()%>, '<%=HTML.javaScriptEncode(formattedValues)%>');
789          <%
790        }
791        %>
792        showStatus(<%=at.getId()%>, <%=numRawBioAssays%>, <%=numRawBioAssaysWithFactor%>);
793        <%
794      }
795      %>
796    }
797    </script>
798      </t:tab>
799     
800      <t:tab id="bioassaysets" title="Bioassay sets" />
801      <t:tab id="overview" title="Overview" 
802        tooltip="Display a tree overview of related items">
803        <%
804        if ("overview".equals(tab))
805        {
806          %>
807          <jsp:include page="../../common/overview/overview.jsp">
808            <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
809            <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
810            <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
811          </jsp:include>
812          <%
813        }
814        %>
815      </t:tab>     
816      <t:tab id="history" title="Change history" 
817        tooltip="Displays a log of all modifications made to this item"
818        visible="<%=ChangeHistoryUtil.showChangeHistoryTab(sc)%>">
819        <%
820        if ("history".equals(tab))
821        {
822          %>
823          <jsp:include page="../../common/history/frameset.jsp">
824            <jsp:param name="source_type" value="<%=itemType.name()%>" />
825            <jsp:param name="source_id" value="<%=itemId%>" />
826            <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
827          </jsp:include>
828          <%
829        }
830        %>
831      </t:tab>
832      </t:tabcontrol>
833
834  </base:body>
835  </base:page>
836  <%
837}
838finally
839{
840  if (dc != null) dc.close();
841}
842
843%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.