source: trunk/www/views/experiments/view_experiment.jsp @ 5120

Last change on this file since 5120 was 5120, checked in by Nicklas Nordborg, 13 years ago

References #1374: Caching of experimental factors

The cache is now working. #1400, #1401 and some other enhancements indicate that the initial caching can be 2-3 times quicker than the old code. The performance gain with the cache seems to be about 5-7 times. The end result is about 15-20 times quicker than the old code. Note that this was for a very simple experiment with 4 raw data sets and 5 experimental factors and almost no other data in the database. This should be tested in real-world scenario.

IMPORTANT NOTE!! Cache invalidation has not yet been implemented. What goes into the cache stays in the cache. Updates and changes to annotations will not be visible!

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Id
File size: 27.9 KB
Line 
1<%-- $Id: view_experiment.jsp 5120 2009-10-08 12:30:00Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson, Gregory Vincic
4  Copyright (C) 2007 Nicklas Nordborg, Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
31  import="net.sf.basedb.core.Permission"
32  import="net.sf.basedb.core.Experiment"
33  import="net.sf.basedb.core.RawBioAssay"
34  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
35  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
36  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
37  import="net.sf.basedb.core.Annotatable"
38  import="net.sf.basedb.core.Unit"
39  import="net.sf.basedb.core.Type"
40  import="net.sf.basedb.core.User"
41  import="net.sf.basedb.core.Group"
42  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
43  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
44  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
45  import="net.sf.basedb.core.Include"
46  import="net.sf.basedb.core.MultiPermissions"
47  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
48  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
49  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
50  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
51  import="net.sf.basedb.core.Project"
52  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
53  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
54  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
55  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
56  import="net.sf.basedb.clients.web.ChangeHistoryUtil"
57  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
58  import="net.sf.basedb.util.Values"
59  import="net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager"
60  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSetSnapshot"
61  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSnapshot"
62  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
63  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
64  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
65  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
66  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
67  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
68  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
69  import="java.util.Collections"
70  import="java.util.Date"
71  import="java.util.Map"
72  import="java.util.HashMap"
73  import="java.util.Set"
74  import="java.util.HashSet"
75  import="java.util.List"
76  import="java.util.LinkedList"
77  import="java.util.Date"
78%>
79<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
80<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
81<%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
82<%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
83<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
84<%!
85  private static final Item itemType = Item.EXPERIMENT;
86  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.ITEM);
87%>
88<%
89final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
90final String ID = sc.getId();
91final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
92final int itemId = cc.getId();
93final String tab = Values.getString(request.getParameter("tab"), "properties");
94final float scale = Base.getScale(sc);
95final String root = request.getContextPath();
96final DbControl dc = sc.newDbControl();
97try
98{
99  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
100  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
101
102  String title = null;
103  Experiment experiment = Experiment.getById(dc, itemId);
104 
105  final boolean writePermission = experiment.hasPermission(Permission.WRITE);
106  final boolean deletePermission = experiment.hasPermission(Permission.DELETE);
107  final boolean sharePermission = experiment.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
108  final boolean setOwnerPermission = experiment.hasPermission(Permission.SET_OWNER);
109  final boolean isOwner = experiment.isOwner();
110  final boolean isRemoved = experiment.isRemoved();
111  final boolean isUsed = isRemoved && experiment.isUsed();
112  final boolean deletePermanentlyPermission = deletePermission && !isUsed;
113 
114  Map<AnnotationType, Set<Object>> usedFactorValues = 
115    new HashMap<AnnotationType, Set<Object>>();
116  Map<AnnotationType, Integer> factorValuesCount = new HashMap<AnnotationType, Integer>();
117  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, experiment);
118  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
119  %>
120  <base:page title="<%=title%>">
121  <base:head scripts="table.js,tabcontrol.js" styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css">
122    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
123    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
124    <script language="JavaScript">
125    function editItem()
126    {
127      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>, true);
128    }
129    function shareItem()
130    {
131      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ShareItem&item_id=<%=itemId%>', 'ShareRawBioAssay', 600, 400);
132    }
133    function deleteItem()
134    {
135      location.replace('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=DeleteItem&item_id=<%=itemId%>');
136    }
137    function restoreItem()
138    {
139      location.replace('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=RestoreItem&item_id=<%=itemId%>');
140    }
141    function deleteItemPermanently()
142    {
143      Main.deleteItemPermanently('<%=ID%>', true, '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>, '&callback=itemDeleted');
144    }
145    function itemDeleted()
146    {
147      Main.listItems('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>');
148    }
149    function showUsingItems()
150    {
151      Main.showUsingItems('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>);
152    }   
153    function setOwner()
154    {
155      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=SetOwnerOfItem&item_id=<%=itemId%>', 'SetOwnerOfItem', 450, 150);
156    }
157    function runPlugin(cmd)
158    {
159      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd='+cmd+'&item_id=<%=itemId%>', 'RunPlugin'+cmd, 740, 540);
160    }
161    function analyzeItem()
162    {
163      location.href = '<%=root%>/analyze/index.jsp?ID=<%=ID%>&experiment_id=<%=itemId%>';
164    }
165    function viewBioAssaySets()
166    {
167      location.href = 'bioassaysets/index.jsp?ID=<%=ID%>&experiment_id=<%=itemId%>';
168    }
169    function switchTab(tabControlId, tabId)
170    {
171      if (TabControl.isActive(tabControlId, tabId)) return;
172      if ((tabId == 'overview' || tabId == 'history') && tabId != '<%=tab%>')
173      {
174        location.href = 'index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ViewItem&item_id=<%=itemId%>&tab='+tabId;
175      }
176      else if (tabId == 'bioassaysets')
177      {
178        viewBioAssaySets();
179      }
180      else
181      {
182        TabControl.setActiveTab(tabControlId, tabId);
183      }
184    }
185    function editAnnotation(itemType, itemId, annotationTypeId)
186    {
187      var url = getRoot() + 'common/annotations/annotate.jsp?ID=<%=ID%>';
188      url += '&item_type='+itemType;
189      url += '&item_id='+itemId;
190      url += '&annotationtype_id='+annotationTypeId;
191      url += '&standalone=1';
192      Main.openPopup(url, 'EditAnnotation', 700, 460);
193    }
194    function editInheritedAnnotation(itemType, itemId, annotationTypeId)
195    {
196      var url = getRoot() + 'common/annotations/inherit.jsp?ID=<%=ID%>';
197      url += '&item_type='+itemType;
198      url += '&item_id='+itemId;
199      url += '&annotationtype_id='+annotationTypeId;
200      url += '&standalone=1';
201      Main.openPopup(url, 'EditAnnotation', 700, 460);
202    }
203    function setUsedFactorValue(annotationTypeId, values)
204    {
205      var div = document.getElementById('usedvalues.'+annotationTypeId);
206      div.innerHTML = values;
207      if (values && values.length > 50)
208      {
209        Main.addClass(div, 'constrained unchecked autoshow');
210        if (window.textOverflowChecker)
211        {
212          window.textOverflowChecker.checkTag(div);
213        }
214      }
215    }
216    function showStatus(annotationTypeId, numTotal, numInherited)
217    {
218      var sss = document.getElementById('status.'+annotationTypeId);
219      var html;
220      if (numTotal == numInherited)
221      {
222        html = '<img src="../../images/ok.gif" title="All ' + numTotal +
223          ' raw bioassays have a value for this experimental factor">';
224      }
225      else
226      {
227        var numMissing = numTotal - numInherited;
228        html = '<a href="javascript:autoInherit('+annotationTypeId+')"' + 
229          ' title="Click for automatic inheritation of annotations from parents">';
230        html += '<img src="../../images/warning.gif" border="0">&nbsp;' + numMissing + ' missing</a>';
231      }
232      sss.innerHTML = html;
233    }
234    function autoInherit(annotationTypeId)
235    {
236      var url = 'index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=AutoInherit&item_id=<%=itemId%>&annotationtype_id=' + annotationTypeId;
237      Main.openPopup(url, 'AutoInherit', 400, 200);
238    }
239    </script>
240  </base:head>
241  <base:body onload="initUsedFactorValues()">
242    <p>
243    <p:path>
244      <p:pathelement title="Experiments" href="<%="index.jsp?ID="+ID%>" />
245      <p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(experiment.getName())%>" />
246    </p:path>
247   
248    <t:tabcontrol id="main" active="<%=tab%>" switch="switchTab" remember="false">
249    <t:tab id="properties" title="Properties">
250   
251    <tbl:toolbar
252      >
253      <tbl:button 
254        disabled="<%=writePermission ? false : true%>" 
255        image="<%=writePermission ? "edit.gif" : "edit_disabled.gif"%>" 
256        onclick="editItem()" 
257        title="Edit&hellip;" 
258        tooltip="<%=writePermission ? "Edit this experiment" : "You do not have permission to edit this experiment"%>" 
259      />
260      <tbl:button 
261        disabled="<%=deletePermission ? false : true%>" 
262        image="<%=deletePermission ? "delete.gif" : "delete_disabled.gif"%>" 
263        onclick="deleteItem()" 
264        title="Delete"
265        visible="<%=!experiment.isRemoved()%>"
266        tooltip="<%=deletePermission ? "Delete this experiment" : "You do not have permission to delete this experiment"%>" 
267      />
268      <tbl:button 
269        disabled="<%=writePermission ? false : true%>" 
270        image="<%=writePermission ? "restore.gif" : "restore_disabled.gif"%>" 
271        onclick="restoreItem()" 
272        title="Restore"
273        visible="<%=experiment.isRemoved()%>"
274        tooltip="<%=writePermission ? "Restore this experiment" : "You do not have permission to restore this experiment"%>" 
275      />
276      <tbl:button 
277        disabled="<%=sharePermission ? false : true%>"
278        image="<%=sharePermission ? "share.gif" : "share_disabled.gif"%>"
279        onclick="shareItem()" 
280        title="Share&hellip;" 
281        tooltip="<%=sharePermission ? "Share this experiment to other user, groups and projects" : "You do not have permission to share this experiment"%>"
282      />
283      <tbl:button 
284        disabled="<%=setOwnerPermission ? false : true%>"
285        image="<%=setOwnerPermission ? "take_ownership.png" : "take_ownership_disabled.png"%>"
286        onclick="setOwner()" 
287        title="Set owner&hellip;"
288        tooltip="<%=setOwnerPermission ? "Change owner of this item" : "You do not have permission to change ownership of this item"%>"
289      />
290      <tbl:button 
291        image="import.gif" 
292        onclick="runPlugin('ImportItem')" 
293        title="Import&hellip;" 
294        tooltip="Import data" 
295        visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
296      />
297      <tbl:button 
298        image="export.gif" 
299        onclick="runPlugin('ExportItem')" 
300        title="Export&hellip;" 
301        tooltip="Export data" 
302        visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
303      />
304      <tbl:button 
305        image="runplugin.gif" 
306        onclick="runPlugin('RunPlugin')" 
307        title="Run plugin&hellip;" 
308        tooltip="Run a plugin" 
309        visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
310      />
311      <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
312        wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
313      <tbl:button
314        image="help.gif"
315        onclick="<%="Main.openHelp('" + ID +"', 'experiment.view.properties')"%>"
316        title="Help&hellip;"
317        tooltip="Get help about this page"
318      />
319      </tbl:toolbar>
320    <div class="boxedbottom">
321      <div class="itemstatus">Permissions on this item: <i><%=PermissionUtil.getFullPermissionNames(experiment)%></i></div>
322      <%
323      if (experiment.isRemoved() || experiment.isShared())
324      {
325        %>
326        <div class="itemstatus">
327          <base:icon 
328            image="<%=deletePermanentlyPermission ? "deleted.gif" : "deleted_disabled.gif"%>"
329            onclick="<%=deletePermanentlyPermission ? "deleteItemPermanently()" : null%>"
330            tooltip="<%=deletePermanentlyPermission ? "Permanently delete this item" : null%>"
331            visible="<%=isRemoved%>"> This item has been flagged for deletion<br></base:icon>
332          <base:icon image="used.gif" 
333            onclick="showUsingItems()"
334            tooltip="Show the items that are using this one"
335            visible="<%=isUsed%>"> This item is used by other items and can't be permanently deleted<br></base:icon>
336          <base:icon image="shared.gif" 
337            visible="<%=experiment.isShared()%>"> This item is shared to other users, groups and/or projects</base:icon>
338        </div>
339        <%
340      }
341      %>
342      <table class="form" cellspacing="0">
343      <tr>
344        <td class="prompt">Name</td>
345        <td><%=HTML.encodeTags(experiment.getName())%></td>
346      </tr>
347      <tr>
348        <td class="prompt">Registered</td>
349        <td><%=dateFormatter.format(experiment.getEntryDate())%></td>
350      </tr>
351      <tr>
352        <td class="prompt">Raw data type</td>
353        <td><base:catch><%=HTML.encodeTags(experiment.getRawDataType().getName())%></base:catch></td>
354      </tr>
355      <tr>
356        <td class="prompt">Directory</td>
357        <td><base:propertyvalue item="<%=experiment%>" property="directory" /></td>
358      </tr>
359      <tr>
360        <td class="prompt">Bytes</td>
361        <td><%=Values.formatBytes(experiment.getBytes())%></td>
362      </tr>
363      <tr>
364        <td class="prompt">Owner</td>
365        <td><base:propertyvalue item="<%=experiment%>" property="owner" /></td>
366      </tr>
367      <tr>
368        <td class="prompt">Description</td>
369        <td><%=HTML.niceFormat(experiment.getDescription())%></td>
370      </tr>
371      </table>
372     
373    <base:section 
374      id="publication" 
375      title="Publication"
376      context="<%=cc%>"
377      >
378      <table class="form" cellspacing="0">
379      <tr>
380        <td class="prompt">PubMed ID</td>
381        <td>
382          <%=HTML.encodeTags(experiment.getPubMedId())%>
383          <%
384          int pubMedId = Values.getInt(experiment.getPubMedId(), -1);
385          if (pubMedId != -1)
386          {
387            %>
388            <b>Link to:</b>
389            <a href="http://www.ebi.ac.uk/citexplore/citationDetails.do?externalId=<%=pubMedId%>&dataSource=MED"
390              target="_new" title="External link to EBI Citation database"
391              >EBI Citation database</a>,
392            <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=PureSearch&db=pubmed&details_term=<%=pubMedId%>"
393              target="_new" title="External link to NCBI Entrez PubMed">NCBI Entrez PubMed</a>
394            <%
395          }
396          %>
397        </td>
398      </tr>
399      <tr>
400        <td class="prompt">Title</td>
401        <td><%=HTML.niceFormat(experiment.getTitle())%></td>
402      </tr>
403      <tr>
404        <td class="prompt">Publication date</td>
405        <td><%=dateFormatter.format(experiment.getPublicationDate())%></td>
406      </tr>
407      <tr>
408        <td class="prompt">Abstract</td>
409        <td><%=HTML.niceFormat(experiment.getAbstract())%></td>
410      </tr>
411      <tr>
412        <td class="prompt">Experiment design</td>
413        <td><%=HTML.niceFormat(experiment.getExperimentDesign())%></td>
414      </tr>
415      <tr>
416        <td class="prompt">Experiment type</td>
417        <td><%=HTML.niceFormat(experiment.getExperimentType())%></td>
418      </tr>
419      <tr>
420        <td class="prompt">Affiliations</td>
421        <td><%=HTML.niceFormat(experiment.getAffiliations())%></td>
422      </tr>
423      <tr>
424        <td class="prompt">Authors</td>
425        <td><%=HTML.niceFormat(experiment.getAuthors())%></td>
426      </tr>
427      <tr>
428        <td class="prompt">Publication</td>
429        <td><%=HTML.niceFormat(experiment.getPublication())%></td>
430      </tr>
431      </table>
432    </base:section>
433     
434      <%
435      ItemQuery<AnnotationType> efQuery = experiment.getExperimentalFactors();
436      efQuery.include(Include.ALL);
437      efQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
438      ItemResultList<AnnotationType> experimentalFactors = efQuery.list(dc);
439      if (experimentalFactors.size() == 0)
440      {
441        %>
442        <h4>Experimental factors</h4>
443        No experimental factors has been added to this experiment
444        (or, you don't have permission to view them).
445        <%
446      }
447      else
448      {
449        %>
450        <base:section 
451          id="experimentalFactors" 
452          title="<%="Experimental factors (" + experimentalFactors.size() +")"%>"
453          context="<%=cc%>">     
454        <tbl:table
455          id="experimentalFactors"
456          clazz="itemlist"
457          style="max-width: 1000px;"
458          columns="all"
459          >
460        <tbl:columndef 
461          id="name"
462          title="Name"
463        />
464        <tbl:columndef
465          id="type"
466          title="Value type"
467        />
468        <tbl:columndef
469          id="values"
470          title="Used values"
471        />
472        <tbl:columndef 
473          id="description"
474          title="Description"
475        />
476        <tbl:columndef 
477          id="status"
478          title="Status"
479        />
480        <tbl:data>
481          <tbl:columns>
482          </tbl:columns>
483          <tbl:rows>
484          <%
485          for (AnnotationType item : experimentalFactors)
486          {
487            Type valueType = item.getValueType();
488            usedFactorValues.put(item, new HashSet<Object>());
489            factorValuesCount.put(item, 0);
490            Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, valueType);
491            %>
492            <tbl:row>
493              <tbl:cell column="name"><base:icon 
494                  image="deleted.gif" 
495                  tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
496                  visible="<%=item.isRemoved()%>"
497                /><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
498              <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
499              <tbl:cell column="type">
500                <%=valueType%>
501                <%=item.isEnumeration() ? "(enumeration)" : ""%>
502              </tbl:cell>
503              <tbl:cell column="values">
504                <%
505                if (!item.isEnumeration() && (valueType == Type.TEXT || valueType == Type.STRING))
506                {
507                  %>
508                  N/A
509                  <%
510                }
511                else
512                {
513                  %>
514                  <div id="usedvalues.<%=item.getId()%>">Loading...</div>
515                  <%
516                }
517                %>
518              </tbl:cell>
519              <tbl:cell column="status"><div id="status.<%=item.getId()%>"></div></tbl:cell>
520            </tbl:row>
521            <%
522          }
523          %>
524          </tbl:rows>
525        </tbl:data>
526        </tbl:table>
527        <base:icon image="warning.gif" /> = Some raw bioassays are missing this factor value;
528          click to automatically try to inherit annotations from parents<br>
529        <base:icon image="ok.gif" /> = All raw bioassays have a value for this factor
530        </base:section>
531        <%
532      }
533      %>
534     
535      <%
536      ItemQuery<RawBioAssay> rbaQuery = experiment.getRawBioAssays();
537      rbaQuery.include(Include.ALL);
538      rbaQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
539      ItemResultList<RawBioAssay> rawBioAssays = rbaQuery.list(dc);
540      if (rawBioAssays.size() == 0)
541      {
542        %>
543        <h4>Raw bioassays</h4>
544        No raw bioassays has been added to this experiment
545        (or, you don't have permission to view them).
546        <%
547      }
548      else
549      {
550        long time = 0;
551        %>
552        <base:section 
553          id="rawbioassays" 
554          title="<%="Raw bioassays (" + rawBioAssays.size() +")"%>"
555          context="<%=cc%>">
556        <tbl:table
557          id="rawbioassays"
558          clazz="itemlist"
559          columns="all"
560          >
561        <tbl:columndef 
562          id="name"
563          title="Name"
564        />
565        <tbl:columndef 
566          id="description"
567          title="Description"
568        />
569        <%
570        for (AnnotationType at : experimentalFactors)
571        {
572          Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
573          %>
574          <tbl:columndef
575            id="<%="at"+at.getId()%>"
576            title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())%>"
577            formatter="<%=formatter%>"
578          />
579          <%
580        }
581        %>
582       
583        <tbl:data>
584          <tbl:columns>
585          </tbl:columns>
586          <tbl:rows>
587          <%
588          time -= System.currentTimeMillis();
589          SnapshotManager manager = new SnapshotManager();
590          for (RawBioAssay item : rawBioAssays)
591          {
592            //System.out.println("processing rba: " + item);
593            AnnotationSet as = item.isAnnotated() ? item.getAnnotationSet() : null;
594            //System.out.println("got annotation set: " + as);
595            AnnotationSetSnapshot snapshot = as == null ? null : manager.getSnapshot(dc, as.getId());
596            //System.out.println("got snapshot: " + snapshot);
597            %>
598            <tbl:row>
599              <tbl:cell column="name"><base:icon 
600                  image="deleted.gif" 
601                  tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
602                  visible="<%=item.isRemoved()%>"
603                /><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
604              <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
605              <%
606              for (AnnotationType at : experimentalFactors)
607              {
608                Unit unit = at.getDefaultUnit();
609                String unitSymbol = unit == null ? "" : "&nbsp;" + unit.getDisplaySymbol();
610               
611                String value = "<i>- none -</i>";
612                //System.out.println("load annotations: " + at);
613                List<AnnotationSnapshot> all = snapshot == null ? 
614                    null : manager.findAnnotations(dc, snapshot, at, true);
615                //System.out.println("loaded annotations: " + at);
616                Map<Annotatable, List> factorValues = new HashMap<Annotatable, List>();
617                if (all != null && all.size() > 0)
618                {
619                  for (AnnotationSnapshot a : all)
620                  {
621                    List values = a.getValues();
622                    usedFactorValues.get(at).addAll(values);
623                    factorValuesCount.put(at, factorValuesCount.get(at)+1);
624                    Annotatable aItem = null;
625                    try
626                    {
627                      //System.out.println("load item: "+ a.getItemType() + a.getItemId());
628                      aItem = a.getItem(dc);
629                      //System.out.println("loaded item: "+ a.getItemType() + a.getItemId());
630                    }
631                    catch (Throwable t)
632                    {}
633                    List toAdd = factorValues.get(aItem);
634                    if (toAdd == null)
635                    {
636                      toAdd = new LinkedList();
637                      factorValues.put(aItem, toAdd);
638                    }
639                    toAdd.addAll(values);
640                  }
641                }
642               
643                %>
644                <tbl:cell column="<%="at"+at.getId()%>"
645                  >
646                  <%
647                  for (Map.Entry<Annotatable, List> entry : factorValues.entrySet())
648                  {
649                    Annotatable aItem = entry.getKey();
650                    List values = entry.getValue();
651                    %>
652                    <tbl:cellvalue list="<%=values%>" suffix="<%=unitSymbol%>"/>
653                    <%
654                    if (aItem != null && aItem.hasPermission(Permission.WRITE))
655                    {
656                      %>: <base:icon image="edit.gif" 
657                        onclick="<%="editAnnotation('"+aItem.getType().name()+"',"+aItem.getId()+","+at.getId()+")"%>" 
658                        tooltip="Modify the values of this experimental factor" />
659                      <%
660                    }
661                  }
662                  %>
663                </tbl:cell>
664                <%
665              }
666              %>
667            </tbl:row>
668            <%
669          }
670          time += System.currentTimeMillis();
671          %>
672          </tbl:rows>
673        </tbl:data>
674        </tbl:table>
675        <%=time %> ms
676        </base:section>
677        <%
678      }
679     
680      // Tables with users/groups/projects that this item is shared to
681      MultiPermissions mp = new MultiPermissions(Collections.singleton(experiment));
682      ItemResultIterator<User> users = mp.getUsers().iterate(dc);
683      ItemResultIterator<Group> groups = mp.getGroups().iterate(dc);
684      ItemResultIterator<Project> projects = mp.getProjects().iterate(dc);
685     
686      if (users.hasNext() || groups.hasNext() || projects.hasNext())
687      {
688        %>
689        <base:section 
690          id="sharedTo" 
691          title="Shared to"
692          context="<%=cc%>">
693        <tbl:table 
694          id="itemsSharedTo"
695          clazz="itemlist"
696          columns="all"
697        >
698          <tbl:columndef 
699            id="itemType"
700            title="Item type"
701          />
702          <tbl:columndef 
703            id="name"
704            title="Name"
705          />
706          <tbl:columndef 
707            id="permissions"
708            title="Permissions"
709          />
710          <tbl:data>
711            <tbl:columns>
712            </tbl:columns>
713            <tbl:rows>
714            <%
715            while(projects.hasNext())
716            {
717              Project project = projects.next();
718              Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(project).values().iterator().next();
719              %>     
720              <tbl:row>
721                <tbl:cell column="itemType"><%=project.getType()%></tbl:cell>
722                <tbl:cell column="name"><base:icon 
723                  image="deleted.gif" 
724                  tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
725                  visible="<%=project.isRemoved()%>"
726                /><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
727                <tbl:cell column="permissions">
728                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
729                </tbl:cell>
730              </tbl:row>
731              <%
732            }
733            while(groups.hasNext())
734            {
735              Group group = groups.next();
736              Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(group).values().iterator().next();
737              %>
738              <tbl:row>             
739                <tbl:cell column="itemType"><%=group.getType()%></tbl:cell>
740                <tbl:cell column="name"><base:icon 
741                  image="deleted.gif" 
742                  tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
743                  visible="<%=group.isRemoved()%>"
744                /><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
745                <tbl:cell column="permissions">
746                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
747                </tbl:cell>
748              </tbl:row>
749              <% 
750            }
751            while (users.hasNext())
752            {
753              User user = users.next();
754              Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(user).values().iterator().next();
755              %>
756              <tbl:row>             
757                <tbl:cell column="itemType"><%=user.getType()%></tbl:cell>
758                <tbl:cell column="name"><base:icon 
759                  image="deleted.gif" 
760                  tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
761                  visible="<%=user.isRemoved()%>"
762                /><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
763                <tbl:cell column="permissions">
764                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
765                </tbl:cell>
766              </tbl:row>
767              <%
768            }
769            %>
770            </tbl:rows>
771          </tbl:data>
772        </tbl:table>
773        </base:section>
774        <%
775      }
776      else
777      {
778        %>
779        <h4>Shared to</h4>
780        This experiment is not shared
781        (or, you don't have permission to view the ones it is shared to).
782        <%
783      }
784      %>
785    </div>
786   
787    <script language="JavaScript">
788    function initUsedFactorValues()
789    {
790      <%
791      int numRawBioAssays = rawBioAssays.size();
792      for (Map.Entry<AnnotationType, Set<Object>> entry : usedFactorValues.entrySet())
793      {
794        AnnotationType at = entry.getKey();
795        int numRawBioAssaysWithFactor = factorValuesCount.get(at);
796        Type valueType = at.getValueType();
797        if (at.isEnumeration() || (valueType != Type.TEXT && valueType != Type.STRING))
798        {
799          Set<Object> values = entry.getValue();
800          Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, valueType);
801          Unit unit = at.getDefaultUnit();
802          if (unit != null) formatter = unit.getFormatter(formatter);
803          String formattedValues = HTML.encodeTags(Values.getString(values, ", ", true, formatter));
804          %>
805          setUsedFactorValue(<%=at.getId()%>, '<%=HTML.javaScriptEncode(formattedValues)%>');
806          <%
807        }
808        %>
809        showStatus(<%=at.getId()%>, <%=numRawBioAssays%>, <%=numRawBioAssaysWithFactor%>);
810        <%
811      }
812      %>
813    }
814    </script>
815      </t:tab>
816     
817      <t:tab id="bioassaysets" title="Bioassay sets" />
818      <t:tab id="overview" title="Overview" 
819        tooltip="Display a tree overview of related items">
820        <%
821        if ("overview".equals(tab))
822        {
823          %>
824          <jsp:include page="../../common/overview/overview.jsp">
825            <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
826            <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
827            <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
828          </jsp:include>
829          <%
830        }
831        %>
832      </t:tab>     
833      <t:tab id="history" title="Change history" 
834        tooltip="Displays a log of all modifications made to this item"
835        visible="<%=ChangeHistoryUtil.showChangeHistoryTab(sc)%>">
836        <%
837        if ("history".equals(tab))
838        {
839          %>
840          <jsp:include page="../../common/history/frameset.jsp">
841            <jsp:param name="source_type" value="<%=itemType.name()%>" />
842            <jsp:param name="source_id" value="<%=itemId%>" />
843            <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
844          </jsp:include>
845          <%
846        }
847        %>
848      </t:tab>
849      </t:tabcontrol>
850
851  </base:body>
852  </base:page>
853  <%
854}
855finally
856{
857  if (dc != null) dc.close();
858}
859
860%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.