source: trunk/www/views/experiments/view_experiment.jsp @ 5937

Last change on this file since 5937 was 5937, checked in by Nicklas Nordborg, 10 years ago

References #1655: GUI improvements

  • Fixes rest of view pages in biomaterials menu.
  • Use SVG filter to make disabled button images grayscale.
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Id
File size: 31.1 KB
Line 
1<%-- $Id: view_experiment.jsp 5937 2012-01-27 11:00:26Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson, Gregory Vincic
4  Copyright (C) 2007 Nicklas Nordborg, Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@page import="net.sf.basedb.core.VirtualTable"%>
27<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
28  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
29  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
30  import="net.sf.basedb.core.Item"
31  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
32  import="net.sf.basedb.core.Permission"
33  import="net.sf.basedb.core.Experiment"
34  import="net.sf.basedb.core.VirtualDb"
35  import="net.sf.basedb.core.RawBioAssay"
36  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
37  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
38  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
39  import="net.sf.basedb.core.Annotatable"
40  import="net.sf.basedb.core.Unit"
41  import="net.sf.basedb.core.Type"
42  import="net.sf.basedb.core.User"
43  import="net.sf.basedb.core.Group"
44  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
45  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
46  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
47  import="net.sf.basedb.core.Include"
48  import="net.sf.basedb.core.MultiPermissions"
49  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
50  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
51  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
52  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
53  import="net.sf.basedb.core.Project"
54  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
55  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
56  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
57  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
58  import="net.sf.basedb.clients.web.ChangeHistoryUtil"
59  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
60  import="net.sf.basedb.util.Values"
61  import="net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager"
62  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSetSnapshot"
63  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSnapshot"
64  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationTypeFilter"
65  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
66  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
67  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
68  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
69  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
70  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
71  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
72  import="java.util.Collections"
73  import="java.util.Date"
74  import="java.util.Map"
75  import="java.util.HashMap"
76  import="java.util.Set"
77  import="java.util.HashSet"
78  import="java.util.List"
79  import="java.util.LinkedList"
80  import="java.util.Date"
81%>
82<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
83<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
84<%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
85<%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
86<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
87<%!
88  private static final Item itemType = Item.EXPERIMENT;
89  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.ITEM);
90%>
91<%
92final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
93final String ID = sc.getId();
94final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
95final int itemId = cc.getId();
96final String tab = Values.getString(request.getParameter("tab"), "properties");
97final float scale = Base.getScale(sc);
98final String root = request.getContextPath();
99final DbControl dc = sc.newDbControl();
100try
101{
102  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
103  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
104
105  String title = null;
106  Experiment experiment = Experiment.getById(dc, itemId);
107  VirtualDb virtualDb = experiment.getVirtualDb();
108 
109  final boolean writePermission = experiment.hasPermission(Permission.WRITE);
110  final boolean deletePermission = experiment.hasPermission(Permission.DELETE);
111  final boolean sharePermission = experiment.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
112  final boolean setOwnerPermission = experiment.hasPermission(Permission.SET_OWNER);
113  final boolean isOwner = experiment.isOwner();
114  final boolean isRemoved = experiment.isRemoved();
115  final boolean isUsed = isRemoved && experiment.isUsed();
116  final boolean deletePermanentlyPermission = deletePermission && !isUsed;
117 
118  Map<AnnotationType, Set<Object>> usedFactorValues = 
119    new HashMap<AnnotationType, Set<Object>>();
120  Map<AnnotationType, Integer> factorValuesCount = new HashMap<AnnotationType, Integer>();
121  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, experiment);
122  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
123  %>
124  <base:page title="<%=title%>">
125  <base:head scripts="table.js,tabcontrol.js" styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css">
126    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
127    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
128    <script language="JavaScript">
129    function editItem()
130    {
131      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>, true);
132    }
133    function shareItem()
134    {
135      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ShareItem&item_id=<%=itemId%>', 'ShareRawBioAssay', 600, 400);
136    }
137    function deleteItem()
138    {
139      location.replace('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=DeleteItem&item_id=<%=itemId%>');
140    }
141    function restoreItem()
142    {
143      location.replace('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=RestoreItem&item_id=<%=itemId%>');
144    }
145    function deleteItemPermanently()
146    {
147      Main.deleteItemPermanently('<%=ID%>', true, '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>, '&callback=itemDeleted');
148    }
149    function itemDeleted()
150    {
151      Main.listItems('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>');
152    }
153    function showUsingItems()
154    {
155      Main.showUsingItems('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>);
156    }   
157    function setOwner()
158    {
159      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=SetOwnerOfItem&item_id=<%=itemId%>', 'SetOwnerOfItem', 450, 300);
160    }
161    function runPlugin(cmd)
162    {
163      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd='+cmd+'&item_id=<%=itemId%>', 'RunPlugin'+cmd, 750, 500);
164    }
165    function analyzeItem()
166    {
167      location.href = '<%=root%>/analyze/index.jsp?ID=<%=ID%>&experiment_id=<%=itemId%>';
168    }
169    function viewBioAssaySets()
170    {
171      location.href = 'bioassaysets/index.jsp?ID=<%=ID%>&experiment_id=<%=itemId%>';
172    }
173    function viewClonedReporters()
174    {
175      location.href = 'reporters/index.jsp?ID=<%=ID%>&experiment_id=<%=itemId%>';
176    }
177    function switchTab(tabControlId, tabId)
178    {
179      if (TabControl.isActive(tabControlId, tabId)) return;
180      if ((tabId == 'overview' || tabId == 'history') && tabId != '<%=tab%>')
181      {
182        location.href = 'index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ViewItem&item_id=<%=itemId%>&tab='+tabId;
183      }
184      else if (tabId == 'clonedreporters')
185      {
186        viewClonedReporters();
187      }
188      else if (tabId == 'bioassaysets')
189      {
190        viewBioAssaySets();
191      }
192      else
193      {
194        TabControl.setActiveTab(tabControlId, tabId);
195      }
196    }
197    function editAnnotation(itemType, itemId, annotationTypeId)
198    {
199      var url = getRoot() + 'common/annotations/annotate.jsp?ID=<%=ID%>';
200      url += '&item_type='+itemType;
201      url += '&item_id='+itemId;
202      url += '&annotationtype_id='+annotationTypeId;
203      url += '&standalone=1';
204      Main.openPopup(url, 'EditAnnotation', 700, 460);
205    }
206    function editInheritedAnnotation(itemType, itemId, annotationTypeId)
207    {
208      var url = getRoot() + 'common/annotations/inherit.jsp?ID=<%=ID%>';
209      url += '&item_type='+itemType;
210      url += '&item_id='+itemId;
211      url += '&annotationtype_id='+annotationTypeId;
212      url += '&standalone=1';
213      Main.openPopup(url, 'EditAnnotation', 700, 460);
214    }
215    function setUsedFactorValue(annotationTypeId, values)
216    {
217      var div = document.getElementById('usedvalues.'+annotationTypeId);
218      div.innerHTML = values;
219      if (values && values.length > 50)
220      {
221        Main.addClass(div, 'constrained unchecked autoshow');
222        if (window.textOverflowChecker)
223        {
224          window.textOverflowChecker.checkTag(div);
225        }
226      }
227    }
228    var hasMissingFactors = false;
229    function showStatus(annotationTypeId, numTotal, numInherited)
230    {
231      var sss = document.getElementById('status.'+annotationTypeId);
232      var html;
233      if (numInherited >= numTotal)
234      {
235        html = '<img src="../../images/ok.png" title="All ' + numTotal +
236          ' raw bioassays have a value for this experimental factor">';
237      }
238      else
239      {
240        var numMissing = numTotal - numInherited;
241        html = '<table border="0" cellspacing="0" cellpadding="0"><tr>';
242        html += '<td width="20"><img src="../../images/warning.gif" border="0"';
243        html += ' title="' + numMissing + ' raw bioassays are missing a value for this experimental factor"></td>';
244        html += '<td width="20" style="text-align: center;">';
245        html += '<input type="checkbox" name="autoinherit" id="autoinherit'+annotationTypeId+'" value="'+annotationTypeId+'" checked';
246        html += ' title="Select to automatically inherit annotations from parents"></td>';
247        html += '<td>&nbsp;<label for="autoinherit'+annotationTypeId+'">' + numMissing + ' missing</label></td>'
248        html += '</tr></table>';
249
250        if (!hasMissingFactors)
251        {
252          hasMissingFactors = true;
253          var checkAll = '<table border="0" cellspacing="0" cellpadding="0"><tr>';
254          checkAll += '<td width="20"></td>';
255          checkAll += '<td width="20" style="text-align: center;">';
256          checkAll += '<a href="javascript:checkFactors()" title="Check/uncheck all">';
257          checkAll += '<img src="../../images/check_uncheck.gif" border="0"></a></td>';
258          checkAll += '<td width="20"><img src="../../images/bullet.gif" border="0"></td>';
259          checkAll += '<td><a href="javascript:autoInherit()"';
260          checkAll += ' title="Automatically try to inherit values for the selected experimental factors from parent items">';
261          checkAll += 'Auto-inherit</a></td>'
262          checkAll += '</tr></table>';
263          document.getElementById('status').innerHTML = checkAll;
264          Main.show('warning.missing');
265        }
266      }
267      sss.innerHTML = html;
268    }
269    function checkFactors()
270    {
271      var frm = document.forms['experimentalFactors'];
272      Forms.checkUncheck(frm, /autoinherit/);
273    }
274    function autoInherit()
275    {
276      var frm = document.forms['experimentalFactors'];
277      if (Forms.numChecked(frm, /autoinherit/) == 0)
278      {
279        alert('Please select at least on experimental factor');
280        return;
281      }
282      Main.openPopup('../../common/progress_reporter.jsp?ID=<%=ID%>&progress=autoinherit&title=Inheriting experimental factors', 'Progress', 300, 200);
283      frm.cmd.value = 'AutoInherit';
284      frm.submit();
285    }
286    function cloneReporters()
287    {
288      Main.openPopup('clone_reporters.jsp?ID=<%=ID%>&item_id=<%=itemId%>', 'CloneReporters', 600, 400);
289    }
290    function removeClonedReporters()
291    {
292      if (confirm('Are you sure that you want to remove all cloned reporter annotations?\nThis action can\'t be undone.'))
293      {
294        Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=RemoveClonedReporters&item_id=<%=itemId%>', 'RemoveClonedReporters', 450, 300);
295      }
296    }
297    </script>
298  </base:head>
299  <base:body onload="initUsedFactorValues()">
300    <p>
301    <p:path>
302      <p:pathelement title="Experiments" href="<%="index.jsp?ID="+ID%>" />
303      <p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(experiment.getName())%>" />
304    </p:path>
305   
306    <t:tabcontrol id="main" active="<%=tab%>" switch="switchTab" remember="false">
307    <t:tab id="properties" title="Properties">
308   
309    <tbl:toolbar
310      >
311      <tbl:button 
312        disabled="<%=writePermission ? false : true%>" 
313        image="edit.gif" 
314        onclick="editItem()" 
315        title="Edit&hellip;" 
316        tooltip="<%=writePermission ? "Edit this experiment" : "You do not have permission to edit this experiment"%>" 
317      />
318      <tbl:button 
319        disabled="<%=deletePermission ? false : true%>" 
320        image="delete.gif" 
321        onclick="deleteItem()" 
322        title="Delete"
323        visible="<%=!experiment.isRemoved()%>"
324        tooltip="<%=deletePermission ? "Delete this experiment" : "You do not have permission to delete this experiment"%>" 
325      />
326      <tbl:button 
327        disabled="<%=writePermission ? false : true%>" 
328        image="restore.gif" 
329        onclick="restoreItem()" 
330        title="Restore"
331        visible="<%=experiment.isRemoved()%>"
332        tooltip="<%=writePermission ? "Restore this experiment" : "You do not have permission to restore this experiment"%>" 
333      />
334      <tbl:button 
335        disabled="<%=sharePermission ? false : true%>"
336        image="share.gif"
337        onclick="shareItem()" 
338        title="Share&hellip;" 
339        tooltip="<%=sharePermission ? "Share this experiment to other user, groups and projects" : "You do not have permission to share this experiment"%>"
340      />
341      <tbl:button 
342        disabled="<%=setOwnerPermission ? false : true%>"
343        image="take_ownership.png"
344        onclick="setOwner()" 
345        title="Set owner&hellip;"
346        tooltip="<%=setOwnerPermission ? "Change owner of this item" : "You do not have permission to change ownership of this item"%>"
347      />
348      <tbl:button
349        visible="<%=writePermission && (virtualDb.hasTable(VirtualTable.POSITION) || experiment.getRawDataType().isStoredInDb()) %>"
350        image="copy.gif"
351        onclick="cloneReporters()"
352        title="Clone reporters&hellip;"
353        tooltip="Clone reporter annotations for all reporters that are used in this experiment"
354      />
355      <tbl:button
356        visible="<%=writePermission && virtualDb.hasClonedReporters() %>"
357        image="delete_permanently.png"
358        onclick="removeClonedReporters()"
359        title="Remove cloned reporters&hellip;"
360        tooltip="Remove all cloned reporter annotations"
361      />
362      <tbl:button 
363        image="import.gif" 
364        onclick="runPlugin('ImportItem')" 
365        title="Import&hellip;" 
366        tooltip="Import data" 
367        visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
368      />
369      <tbl:button 
370        image="export.gif" 
371        onclick="runPlugin('ExportItem')" 
372        title="Export&hellip;" 
373        tooltip="Export data" 
374        visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
375      />
376      <tbl:button 
377        image="runplugin.gif" 
378        onclick="runPlugin('RunPlugin')" 
379        title="Run plugin&hellip;" 
380        tooltip="Run a plugin" 
381        visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
382      />
383      <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
384        wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
385      <tbl:button
386        image="help.png"
387        onclick="<%="Main.openHelp('" + ID +"', 'experiment.view.properties')"%>"
388        title="Help&hellip;"
389        tooltip="Get help about this page"
390      />
391      </tbl:toolbar>
392    <div class="boxedbottom">
393      <div class="itemstatus">Permissions on this item: <i><%=PermissionUtil.getFullPermissionNames(experiment)%></i></div>
394      <%
395      if (experiment.isRemoved() || experiment.isShared())
396      {
397        %>
398        <div class="itemstatus">
399          <base:icon 
400            image="<%=deletePermanentlyPermission ? "deleted.gif" : "deleted_disabled.gif"%>"
401            onclick="<%=deletePermanentlyPermission ? "deleteItemPermanently()" : null%>"
402            tooltip="<%=deletePermanentlyPermission ? "Permanently delete this item" : null%>"
403            visible="<%=isRemoved%>"> This item has been flagged for deletion<br></base:icon>
404          <base:icon image="used.gif" 
405            onclick="showUsingItems()"
406            tooltip="Show the items that are using this one"
407            visible="<%=isUsed%>"> This item is used by other items and can't be permanently deleted<br></base:icon>
408          <base:icon image="shared.gif" 
409            visible="<%=experiment.isShared()%>"> This item is shared to other users, groups and/or projects</base:icon>
410        </div>
411        <%
412      }
413      %>
414      <table class="form" cellspacing="0">
415      <tr>
416        <td class="prompt">Name</td>
417        <td><%=HTML.encodeTags(experiment.getName())%></td>
418      </tr>
419      <tr>
420        <td class="prompt">Registered</td>
421        <td><%=dateFormatter.format(experiment.getEntryDate())%></td>
422      </tr>
423      <tr>
424        <td class="prompt">Raw data type</td>
425        <td><base:catch><%=HTML.encodeTags(experiment.getRawDataType().getName())%></base:catch></td>
426      </tr>
427      <tr>
428        <td class="prompt">Directory</td>
429        <td><base:propertyvalue item="<%=experiment%>" property="directory" /></td>
430      </tr>
431      <tr>
432        <td class="prompt">Reporter clone template</td>
433        <td><base:propertyvalue item="<%=experiment%>" property="virtualDb.reporterCloneTemplate" nulltext="<i>- no cloned reporters -</i>" /></td>
434      </tr>
435      <tr>
436        <td class="prompt">Bytes</td>
437        <td><%=Values.formatBytes(experiment.getBytes())%></td>
438      </tr>
439      <tr>
440        <td class="prompt">Owner</td>
441        <td><base:propertyvalue item="<%=experiment%>" property="owner" /></td>
442      </tr>
443      <tr>
444        <td class="prompt">Description</td>
445        <td><%=HTML.niceFormat(experiment.getDescription())%></td>
446      </tr>
447      </table>
448     
449    <base:section 
450      id="publication" 
451      title="Publication"
452      context="<%=cc%>"
453      >
454      <table class="form" cellspacing="0">
455      <tr>
456        <td class="prompt">PubMed ID</td>
457        <td>
458          <%=HTML.encodeTags(experiment.getPubMedId())%>
459          <%
460          int pubMedId = Values.getInt(experiment.getPubMedId(), -1);
461          if (pubMedId != -1)
462          {
463            %>
464            <b>Link to:</b>
465            <a href="http://www.ebi.ac.uk/citexplore/citationDetails.do?externalId=<%=pubMedId%>&dataSource=MED"
466              target="_new" title="External link to EBI Citation database"
467              >EBI Citation database</a>,
468            <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=PureSearch&db=pubmed&details_term=<%=pubMedId%>"
469              target="_new" title="External link to NCBI Entrez PubMed">NCBI Entrez PubMed</a>
470            <%
471          }
472          %>
473        </td>
474      </tr>
475      <tr>
476        <td class="prompt">Title</td>
477        <td><%=HTML.niceFormat(experiment.getTitle())%></td>
478      </tr>
479      <tr>
480        <td class="prompt">Publication date</td>
481        <td><%=dateFormatter.format(experiment.getPublicationDate())%></td>
482      </tr>
483      <tr>
484        <td class="prompt">Abstract</td>
485        <td><%=HTML.niceFormat(experiment.getAbstract())%></td>
486      </tr>
487      <tr>
488        <td class="prompt">Experiment design</td>
489        <td><%=HTML.niceFormat(experiment.getExperimentDesign())%></td>
490      </tr>
491      <tr>
492        <td class="prompt">Experiment type</td>
493        <td><%=HTML.niceFormat(experiment.getExperimentType())%></td>
494      </tr>
495      <tr>
496        <td class="prompt">Affiliations</td>
497        <td><%=HTML.niceFormat(experiment.getAffiliations())%></td>
498      </tr>
499      <tr>
500        <td class="prompt">Authors</td>
501        <td><%=HTML.niceFormat(experiment.getAuthors())%></td>
502      </tr>
503      <tr>
504        <td class="prompt">Publication</td>
505        <td><%=HTML.niceFormat(experiment.getPublication())%></td>
506      </tr>
507      </table>
508    </base:section>
509     
510      <%
511      ItemQuery<AnnotationType> efQuery = experiment.getExperimentalFactors();
512      efQuery.include(Include.ALL);
513      efQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
514      ItemResultList<AnnotationType> experimentalFactors = efQuery.list(dc);
515      if (experimentalFactors.size() == 0)
516      {
517        %>
518        <h4>Experimental factors</h4>
519        No experimental factors has been added to this experiment
520        (or, you don't have permission to view them).
521        <%
522      }
523      else
524      {
525        %>
526        <base:section 
527          id="experimentalFactors" 
528          title="<%="Experimental factors (" + experimentalFactors.size() +")"%>"
529          context="<%=cc%>"
530          >
531        <table border="0" cellspacing="0" cellpadding="0" style="width: 100%; max-width: 1000px;"><tr><td>
532        <tbl:table
533          id="experimentalFactors"
534         
535          columns="all"
536          action="index.jsp"
537          >
538        <tbl:hidden name="item_id" value="<%=Integer.toString(itemId)%>" />
539        <tbl:columndef 
540          id="name"
541          title="Name"
542        />
543        <tbl:columndef
544          id="type"
545          title="Value type"
546        />
547        <tbl:columndef
548          id="values"
549          title="Used values"
550        />
551        <tbl:columndef 
552          id="description"
553          title="Description"
554        />
555        <tbl:columndef 
556          id="status"
557          title="Status"
558        />
559        <tbl:data>
560          <tbl:columns>
561          </tbl:columns>
562          <tbl:rows>
563          <%
564          for (AnnotationType item : experimentalFactors)
565          {
566            Type valueType = item.getValueType();
567            usedFactorValues.put(item, new HashSet<Object>());
568            factorValuesCount.put(item, 0);
569            Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, valueType);
570            %>
571            <tbl:row>
572              <tbl:cell column="name"><base:icon 
573                  image="deleted.gif" 
574                  tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
575                  visible="<%=item.isRemoved()%>"
576                /><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
577              <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
578              <tbl:cell column="type">
579                <%=valueType%>
580                <%=item.isEnumeration() ? "(enumeration)" : ""%>
581              </tbl:cell>
582              <tbl:cell column="values">
583                <%
584                if (!item.isEnumeration() && (valueType == Type.TEXT || valueType == Type.STRING))
585                {
586                  %>
587                  N/A
588                  <%
589                }
590                else
591                {
592                  %>
593                  <div id="usedvalues.<%=item.getId()%>">Loading...</div>
594                  <%
595                }
596                %>
597              </tbl:cell>
598              <tbl:cell column="status" id="<%="status." + item.getId()%>">
599              </tbl:cell>
600            </tbl:row>
601            <%
602          }
603          %>
604          </tbl:rows>
605        </tbl:data>
606        </tbl:table>
607        <div align="right" id="warning.missing" style="display: none;">
608          <base:icon image="warning.gif" /> = Some raw bioassays are missing this factor value<br>
609          <base:icon image="ok.png" /> = All raw bioassays have a value for this factor
610        </div>
611        </td></tr></table>
612        </base:section>
613        <%
614      }
615      %>
616      <%
617      ItemQuery<RawBioAssay> rbaQuery = experiment.getRawBioAssays();
618      rbaQuery.include(Include.ALL);
619      rbaQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
620      ItemResultList<RawBioAssay> rawBioAssays = rbaQuery.list(dc);
621      if (rawBioAssays.size() == 0)
622      {
623        %>
624        <h4>Raw bioassays</h4>
625        No raw bioassays has been added to this experiment
626        (or, you don't have permission to view them).
627        <%
628      }
629      else
630      {
631        %>
632        <base:section 
633          id="rawbioassays" 
634          title="<%="Raw bioassays (" + rawBioAssays.size() +")"%>"
635          context="<%=cc%>">
636        <tbl:table
637          id="rawbioassays"
638         
639          columns="all"
640          >
641        <tbl:columndef 
642          id="name"
643          title="Name"
644        />
645        <tbl:columndef 
646          id="description"
647          title="Description"
648        />
649        <%
650        for (AnnotationType at : experimentalFactors)
651        {
652          Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
653          %>
654          <tbl:columndef
655            id="<%="at"+at.getId()%>"
656            title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())%>"
657            formatter="<%=formatter%>"
658          />
659          <%
660        }
661        %>
662        <tbl:data>
663          <tbl:columns>
664          </tbl:columns>
665          <tbl:rows>
666          <%
667          SnapshotManager manager = new SnapshotManager();
668          AnnotationTypeFilter annotationTypeFilter = new AnnotationTypeFilter();
669          for (RawBioAssay item : rawBioAssays)
670          {
671            AnnotationSet as = item.isAnnotated() ? item.getAnnotationSet() : null;
672            AnnotationSetSnapshot snapshot = as == null ? null : manager.getSnapshot(dc, as.getId());
673            %>
674            <tbl:row>
675              <tbl:cell column="name"><base:icon 
676                  image="deleted.gif" 
677                  tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
678                  visible="<%=item.isRemoved()%>"
679                /><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
680              <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
681              <%
682              for (AnnotationType at : experimentalFactors)
683              {
684                Unit unit = at.getDefaultUnit();
685                String unitSymbol = unit == null ? "" : "&nbsp;" + unit.getDisplaySymbol();
686               
687                String value = "<i>- none -</i>";
688                annotationTypeFilter.setAnnotationType(at);
689                List<AnnotationSnapshot> all = snapshot == null ? 
690                    null : manager.findAnnotations(dc, snapshot, annotationTypeFilter, true);
691                Map<Annotatable, List> factorValues = new HashMap<Annotatable, List>();
692                if (all != null && all.size() > 0)
693                {
694                  for (AnnotationSnapshot a : all)
695                  {
696                    List values = a.getValues();
697                    usedFactorValues.get(at).addAll(values);
698                    factorValuesCount.put(at, factorValuesCount.get(at)+1);
699                    Annotatable aItem = null;
700                    try
701                    {
702                      aItem = a.getItem(dc);
703                    }
704                    catch (Throwable t)
705                    {}
706                    List toAdd = factorValues.get(aItem);
707                    if (toAdd == null)
708                    {
709                      toAdd = new LinkedList();
710                      factorValues.put(aItem, toAdd);
711                    }
712                    toAdd.addAll(values);
713                  }
714                }
715                %>
716                <tbl:cell column="<%="at"+at.getId()%>"
717                  >
718                  <%
719                  for (Map.Entry<Annotatable, List> entry : factorValues.entrySet())
720                  {
721                    Annotatable aItem = entry.getKey();
722                    List values = entry.getValue();
723                    %>
724                    <tbl:cellvalue list="<%=values%>" suffix="<%=unitSymbol%>"/>
725                    <%
726                    if (aItem != null && aItem.hasPermission(Permission.WRITE))
727                    {
728                      %>: <base:icon image="edit.gif" 
729                        onclick="<%="editAnnotation('"+aItem.getType().name()+"',"+aItem.getId()+","+at.getId()+")"%>" 
730                        tooltip="Modify the values of this experimental factor" />
731                      <%
732                    }
733                  }
734                  %>
735                </tbl:cell>
736                <%
737              }
738              %>
739            </tbl:row>
740            <%
741          }
742          %>
743          </tbl:rows>
744        </tbl:data>
745        </tbl:table>
746        </base:section>
747        <%
748      }
749      %>
750      <jsp:include page="../../common/anytoany/list_anytoany.jsp">
751        <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
752        <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
753        <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
754        <jsp:param name="title" value="Other items related to this experiment" />
755      </jsp:include>
756      <%
757      // Tables with users/groups/projects that this item is shared to
758      MultiPermissions mp = new MultiPermissions(Collections.singleton(experiment));
759      ItemResultIterator<User> users = mp.getUsers().iterate(dc);
760      ItemResultIterator<Group> groups = mp.getGroups().iterate(dc);
761      ItemResultIterator<Project> projects = mp.getProjects().iterate(dc);
762     
763      if (users.hasNext() || groups.hasNext() || projects.hasNext())
764      {
765        %>
766        <base:section 
767          id="sharedTo" 
768          title="Shared to"
769          context="<%=cc%>">
770        <tbl:table 
771          id="itemsSharedTo"
772         
773          columns="all"
774        >
775          <tbl:columndef 
776            id="itemType"
777            title="Item type"
778          />
779          <tbl:columndef 
780            id="name"
781            title="Name"
782          />
783          <tbl:columndef 
784            id="permissions"
785            title="Permissions"
786          />
787          <tbl:data>
788            <tbl:columns>
789            </tbl:columns>
790            <tbl:rows>
791            <%
792            while(projects.hasNext())
793            {
794              Project project = projects.next();
795              Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(project).values().iterator().next();
796              %>     
797              <tbl:row>
798                <tbl:cell column="itemType"><%=project.getType()%></tbl:cell>
799                <tbl:cell column="name"><base:icon 
800                  image="deleted.gif" 
801                  tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
802                  visible="<%=project.isRemoved()%>"
803                /><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
804                <tbl:cell column="permissions">
805                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
806                </tbl:cell>
807              </tbl:row>
808              <%
809            }
810            while(groups.hasNext())
811            {
812              Group group = groups.next();
813              Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(group).values().iterator().next();
814              %>
815              <tbl:row>             
816                <tbl:cell column="itemType"><%=group.getType()%></tbl:cell>
817                <tbl:cell column="name"><base:icon 
818                  image="deleted.gif" 
819                  tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
820                  visible="<%=group.isRemoved()%>"
821                /><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
822                <tbl:cell column="permissions">
823                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
824                </tbl:cell>
825              </tbl:row>
826              <% 
827            }
828            while (users.hasNext())
829            {
830              User user = users.next();
831              Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(user).values().iterator().next();
832              %>
833              <tbl:row>             
834                <tbl:cell column="itemType"><%=user.getType()%></tbl:cell>
835                <tbl:cell column="name"><base:icon 
836                  image="deleted.gif" 
837                  tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
838                  visible="<%=user.isRemoved()%>"
839                /><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
840                <tbl:cell column="permissions">
841                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
842                </tbl:cell>
843              </tbl:row>
844              <%
845            }
846            %>
847            </tbl:rows>
848          </tbl:data>
849        </tbl:table>
850        </base:section>
851        <%
852      }
853      else
854      {
855        %>
856        <h4>Shared to</h4>
857        This experiment is not shared
858        (or, you don't have permission to view the ones it is shared to).
859        <%
860      }
861      %>
862    </div>
863   
864    <script language="JavaScript">
865    function initUsedFactorValues()
866    {
867      <%
868      int numRawBioAssays = rawBioAssays.size();
869      for (Map.Entry<AnnotationType, Set<Object>> entry : usedFactorValues.entrySet())
870      {
871        AnnotationType at = entry.getKey();
872        int numRawBioAssaysWithFactor = factorValuesCount.get(at);
873        Type valueType = at.getValueType();
874        if (at.isEnumeration() || (valueType != Type.TEXT && valueType != Type.STRING))
875        {
876          Set<Object> values = entry.getValue();
877          Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, valueType);
878          Unit unit = at.getDefaultUnit();
879          if (unit != null) formatter = unit.getFormatter(formatter);
880          String formattedValues = HTML.encodeTags(Values.getString(values, ", ", true, formatter));
881          %>
882          setUsedFactorValue(<%=at.getId()%>, '<%=HTML.javaScriptEncode(formattedValues)%>');
883          <%
884        }
885        %>
886        showStatus(<%=at.getId()%>, <%=numRawBioAssays%>, <%=numRawBioAssaysWithFactor%>);
887        <%
888      }
889      %>
890    }
891    </script>
892      </t:tab>
893     
894      <t:tab id="bioassaysets" title="Bioassay sets" />
895      <t:tab id="clonedreporters" 
896        title="Cloned reporters" 
897        visible="<%=virtualDb.hasClonedReporters() %>"
898        tooltip="Show information about cloned reporters"
899      />
900      <t:tab id="overview" title="Overview" 
901        tooltip="Display a tree overview of related items">
902        <%
903        if ("overview".equals(tab))
904        {
905          %>
906          <jsp:include page="../../common/overview/overview.jsp">
907            <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
908            <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
909            <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
910          </jsp:include>
911          <%
912        }
913        %>
914      </t:tab>     
915      <t:tab id="history" title="Change history" 
916        tooltip="Displays a log of all modifications made to this item"
917        visible="<%=ChangeHistoryUtil.showChangeHistoryTab(sc)%>">
918        <%
919        if ("history".equals(tab))
920        {
921          %>
922          <jsp:include page="../../common/history/frameset.jsp">
923            <jsp:param name="source_type" value="<%=itemType.name()%>" />
924            <jsp:param name="source_id" value="<%=itemId%>" />
925            <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
926          </jsp:include>
927          <%
928        }
929        %>
930      </t:tab>
931      </t:tabcontrol>
932
933  </base:body>
934  </base:page>
935  <%
936}
937finally
938{
939  if (dc != null) dc.close();
940}
941
942%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.