source: trunk/www/views/formulas/edit_formula.jsp @ 3679

Last change on this file since 3679 was 3679, checked in by Jari Häkkinen, 14 years ago

Changing the pesky "a (ä) character to a.
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 16.7 KB
Line 
1<%-- $Id: edit_formula.jsp 3679 2007-08-17 07:18:29Z jari $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Hakkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Nicklas Nordborg
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 2
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with this program; if not, write to the Free Software
21  Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330,
22  Boston, MA  02111-1307, USA.
23  ------------------------------------------------------------------
24
25
26  @author Nicklas
27  @version 2.0
28--%>
29<%@ page session="false"
30  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
31  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
32  import="net.sf.basedb.core.Item"
33  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
34  import="net.sf.basedb.core.Permission"
35  import="net.sf.basedb.core.Formula"
36  import="net.sf.basedb.core.Coloring"
37  import="net.sf.basedb.core.RawDataType"
38  import="net.sf.basedb.core.RawDataTypes"
39  import="net.sf.basedb.core.RawDataProperty"
40  import="net.sf.basedb.core.Project"
41  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
42  import="net.sf.basedb.util.Values"
43  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
44  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
45  import="java.util.List"
46%>
47<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
48<%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
49<%
50final Item itemType = Item.FORMULA;
51final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
52final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
53final int itemId = cc.getId();
54final String ID = sc.getId();
55final float scale = Base.getScale(sc);
56final DbControl dc = sc.newDbControl();
57try
58{
59  String title = null;
60  Formula formula = null;
61  Formula.Type currentType = null;
62  Formula.Parser currentParser = null;
63  Formula.AverageMethod currentAverageMethod = null;
64  RawDataType currentRawDataType = null;
65  RawDataType defaultRawDataType = null;
66  List<String> expressions = null;
67  Coloring coloring = null;
68
69  int activeProjectId = sc.getActiveProjectId();
70  if (activeProjectId > 0)
71  {
72    Project activeProject = Project.getById(dc, activeProjectId);
73    defaultRawDataType = activeProject.getDefaultRawDataType();
74  } 
75  if (itemId == 0)
76  {
77    title = "Create formula";
78    cc.removeObject("item");
79    String recentType = cc.getRecent("FormulaType", 0);
80    String filterType = cc.getPropertyValue("type");
81    if (filterType != null) currentType =  Formula.Type.fromValue(Values.getInt(filterType));
82    if (currentType == null && recentType != null) currentType = Formula.Type.valueOf(recentType);
83    if (currentType == null) currentType = Formula.Type.COLUMN_EXPRESSION;
84    currentParser = Formula.Parser.fromValue(Values.getInt(cc.getPropertyValue("parser"), 
85      Formula.Parser.JEP.getValue()));
86    currentAverageMethod = Formula.AverageMethod.fromValue(Values.getInt(cc.getPropertyValue("averageMethod"),
87      Formula.AverageMethod.ARITHMETIC_MEAN.getValue()));
88    currentRawDataType = RawDataTypes.getRawDataType(cc.getPropertyValue("rawDataType"));
89    if (currentRawDataType == null)
90    {
91      currentRawDataType = RawDataTypes.getRawDataType(cc.getRecent("RawDataType", 0));
92    }
93    coloring = new Coloring();
94    coloring.setUsingColors(Values.getBoolean(cc.getPropertyValue("coloring.usingColors")));
95    coloring.setLogarithmic(Values.getBoolean(cc.getPropertyValue("coloring.logarithmic")));
96    coloring.setMinValue(Values.getFloat(cc.getPropertyValue("coloring.minValue"), null));
97    coloring.setMidValue(Values.getFloat(cc.getPropertyValue("coloring.midValue"), null));
98    coloring.setMaxValue(Values.getFloat(cc.getPropertyValue("coloring.maxValue"), null));
99   
100    currentRawDataType = currentRawDataType != null ? currentRawDataType : defaultRawDataType;
101  }
102  else
103  {
104    formula = Formula.getById(dc, itemId);
105    currentParser = formula.getParser();
106    currentAverageMethod = formula.getAverageMethod();
107    currentType = formula.getFormulaType();
108    currentRawDataType = formula.getRawDataType();
109    expressions = formula.getFormulas();
110    coloring = formula.getColoring();
111    cc.setObject("item", formula);
112    title = "Edit formula -- " + HTML.encodeTags(formula.getName());
113  }
114  if (formula != null) formula.checkPermission(Permission.WRITE);
115 
116  final String clazz = "class=\"text\"";
117  final String requiredClazz = "class=\"text required\"";
118  %>
119  <base:page type="popup" title="<%=title%>">
120  <base:head scripts="tabcontrol.js" styles="tabcontrol.css">
121    <script language="JavaScript">
122    // Validate the "Formula" tab
123    function validateFormula()
124    {
125      var frm = document.forms['formula'];
126      if (Main.trimString(frm.name.value) == '')
127      {
128        alert("You must enter a name");
129        frm.name.focus();
130        return false;
131      }
132      var type = frm.type[frm.type.selectedIndex].value;
133      var numFormulas = frm.expressions.length;
134      var numChannels = frm.channels.value;
135      if (type == '<%=Formula.Type.INTENSITY_EXPRESSION.name()%>' || type == '<%=Formula.Type.INTENSITY_TRANSFORMATION.name()%>')
136      {
137        // One formula per channel required
138        if (numFormulas != numChannels)
139        {
140          alert('You must enter one formula for each channel for type = ' + frm.type[frm.type.selectedIndex].text);
141          return false;
142        }
143      }
144      else
145      {
146        // Only one formula can be specified
147        if (numFormulas != 1)
148        {
149          alert('You can only enter one formula for type = ' + frm.type[frm.type.selectedIndex].text);
150          return false;
151        }
152      }
153     
154      if (frm.use_colors.checked && !frm.use_colors.disabled)
155      {
156        var minValue = parseFloat(frm.min_value.value);
157        var midValue = parseFloat(frm.mid_value.value);
158        var maxValue = parseFloat(frm.max_value.value);
159        if (isNaN(minValue))
160        {
161          alert('No min value has been specified');
162          frm.min_value.focus();
163          return false;
164        }
165        if (isNaN(midValue))
166        {
167          alert('No mid value has been specified');
168          frm.mid_value.focus();
169          return false;
170        }
171        if (isNaN(maxValue))
172        {
173          alert('No max value has been specified');
174          frm.max_value.focus();
175          return false;
176        }
177        if (minValue > midValue)
178        {
179          alert('The min value (' + minValue + ') can\'t be greater than the mid value (' + midValue + ')');
180          return false;
181        }
182        if (midValue > maxValue)
183        {
184          alert('The mid (' + midValue + ') value can\'t be greater than the max value (' + maxValue + ')');
185          return false;
186        }
187      }
188      return true;
189    }
190
191    // Submit the form
192    function saveSettings()
193    {
194      var frm = document.forms['formula'];
195      if (TabControl.validateActiveTab('settings'))
196      {
197        for (var i = 0; i < frm.expressions.length; i++)
198        {
199          Forms.createHidden(frm, 'formulas', frm.expressions[i].text);
200        }
201        frm.channels.disabled = false; // Otherwise the channels info, isn't sent
202        frm.submit();
203      }
204    }
205   
206    function init()
207    {
208      <%
209      if (formula == null)
210      {
211        %>
212        var frm = document.forms['formula'];
213        frm.name.focus();
214        frm.name.select();
215        <%
216      }
217      %>
218      formulaTypeOnChange();
219    }
220    var rawDataTypes = new Array();
221    <%
222    for (RawDataType rdt : RawDataTypes.getRawDataTypes())
223    {
224      %>
225      rawDataTypes['<%=rdt.getId()%>'] = <%=rdt.getChannels()%>;
226      var a = new Array();
227      <%
228      for (RawDataProperty rp : rdt.getProperties())
229      {
230        %>
231        a['<%=rp.getName()%>'] = 1;
232        <%
233      }
234      %>
235      rawDataTypes['<%=rdt.getId()%>.properties'] = a;
236      <%
237    }
238    %>
239   
240    function rawDataTypeOnChange()
241    {
242      var frm = document.forms['formula'];
243      var rdt = frm.rawdatatype[frm.rawdatatype.selectedIndex].value;
244      if (rdt != '')
245      {
246        frm.channels.value = rawDataTypes[rdt];
247        frm.channels.disabled = true;
248        Main.addClass(frm.channels, 'disabled');
249        Main.removeClass(frm.channels, 'required');
250      }
251      else
252      {
253        frm.channels.disabled = false;
254        Main.removeClass(frm.channels, 'disabled');
255        Main.addClass(frm.channels, 'required');
256      }
257    }
258
259    var selectedExpressionIndex = -1;
260    function expressionsOnClick()
261    {
262      var frm = document.forms['formula'];
263      selectedExpressionIndex = frm.expressions.selectedIndex;
264      frm.expression.value = frm.expressions[selectedExpressionIndex].text;
265    }
266
267    function expressionOnBlur()
268    {
269      var frm = document.forms['formula'];
270      if (selectedExpressionIndex >= 0)
271      {
272        frm.expressions[selectedExpressionIndex].text = frm.expression.value;
273      }
274    }
275   
276    function removeOnClick()
277    {
278      var frm = document.forms['formula'];
279      if (selectedExpressionIndex >= 0)
280      {
281        frm.expressions[selectedExpressionIndex] = null;
282        selectedExpressionIndex = -1;
283      }
284    }
285   
286    function addOnClick()
287    {
288      var frm = document.forms['formula'];
289      if (frm.expression.value != '')
290      {
291        frm.expressions[frm.expressions.length] = new Option(frm.expression.value);
292        selectedExpressionIndex = frm.expressions.length - 1;
293        frm.expressions.selectedIndex = selectedExpressionIndex;
294      }
295    }
296   
297    function openExpressionBuilder()
298    {
299      var frm = document.forms['formula'];
300      var rdt = frm.rawdatatype[frm.rawdatatype.selectedIndex].value;
301      var formulaType = frm.type[frm.type.selectedIndex].value;
302      var channels = frm.channels.value;
303      var restrictions = formulaType == '<%=Formula.Type.COLUMN_RESTRICTION.name()%>';
304      Main.expressionBuilder('<%=ID%>', 'Expression', 'formula', 'expression', formulaType, rdt, channels, restrictions);
305    }
306 
307    var useColors = new Array();
308    var supportsAverage = new Array();
309    <%
310    for (Formula.Type ft : Formula.Type.values())
311    {
312      %>
313      useColors['<%=ft.name()%>'] = <%=ft.canUseColoring()%>;
314      supportsAverage['<%=ft.name()%>'] = <%=ft.supportsAverage()%>;
315      <%
316    }
317    %>
318 
319    function useColorsOnClick()
320    {
321      var frm = document.forms['formula'];
322      var useColors = frm.use_colors.checked && !frm.use_colors.disabled;
323      frm.min_value.disabled = !useColors;
324      frm.mid_value.disabled = !useColors;
325      frm.max_value.disabled = !useColors;
326      frm.logarithmic.disabled = !useColors;
327      if (useColors)
328      {
329        Main.addClass(frm.min_value, 'required');
330        Main.addClass(frm.mid_value, 'required');
331        Main.addClass(frm.max_value, 'required');
332      }
333      else
334      {
335        Main.removeClass(frm.min_value, 'required');
336        Main.removeClass(frm.mid_value, 'required');
337        Main.removeClass(frm.max_value, 'required');
338      }
339    }
340   
341    function formulaTypeOnChange()
342    {
343      var frm = document.forms['formula'];
344      var formulaType = frm.type[frm.type.selectedIndex].value;
345      var use = useColors[formulaType];
346      frm.use_colors.disabled = !use;
347      useColorsOnClick();
348      var supportsAvg = supportsAverage[formulaType];
349      frm.averageMethod.disabled = !supportsAvg;
350      if (!supportsAvg) frm.averageMethod.selectedIndex = 0;
351    }
352    </script>
353  </base:head>
354  <base:body onload="init()">
355    <p>
356    <form action="index.jsp?ID=<%=ID%>" method="post" name="formula" onsubmit="return false;">
357    <input type="hidden" name="cmd" value="UpdateItem">
358
359    <h3 class="docked"><%=title%> <base:help tabcontrol="settings" /></h3>
360    <t:tabcontrol id="settings" contentstyle="<%="height: "+(int)(scale*380)+"px;"%>" 
361      position="bottom"  remember="<%=formula != null%>">
362    <t:tab id="info" title="Formula" validate="validateFormula()" helpid="formula.edit">
363      <table class="form" cellspacing=0>
364      <tr>
365        <td class="prompt">Name</td>
366        <td><input <%=requiredClazz%> type="text" name="name" 
367          value="<%=HTML.encodeTags(formula == null ? Values.getString(cc.getPropertyValue("name"), "New formula") : formula.getName())%>" 
368          size="40" maxlength="<%=Formula.MAX_NAME_LENGTH%>"></td>
369      </tr>
370      <tr>
371        <td class="prompt">Type</td>
372        <td>
373          <select name="type" class="required" onchange="formulaTypeOnChange()">
374          <%
375          for (Formula.Type type : Formula.Type.values())
376          {
377            String selected = type == currentType ? "selected" : "";
378            %>
379            <option value="<%=type.name()%>" <%=selected%>><%=HTML.encodeTags(type.toString())%>
380            <%
381          }
382          %>
383          </select>
384        </td>
385      </tr>
386      <tr>
387        <td class="prompt">Parser</td>
388        <td>
389          <select name="parser" class="required">
390          <%
391          for (Formula.Parser parser : Formula.Parser.values())
392          {
393            String selected = parser == currentParser ? "selected" : "";
394            %>
395            <option value="<%=parser.name()%>" <%=selected%>><%=HTML.encodeTags(parser.toString())%>
396            <%
397          }
398          %>
399          </select>
400        </td>
401      </tr>
402      <tr>
403        <td class="prompt">Raw data type</td>
404        <td>
405          <select name="rawdatatype" onchange="rawDataTypeOnChange()">
406          <option value="">- none -
407          <%
408          for (RawDataType rdt : RawDataTypes.getRawDataTypes())
409          {
410            String selected = rdt == currentRawDataType ? "selected" : "";
411            %>
412            <option value="<%=rdt.getId()%>" <%=selected%>><%=HTML.encodeTags(rdt.getName())%>
413            <%
414          }
415          %>
416          </select>
417        </td>
418      </tr>
419      <tr>
420        <td class="prompt">Channels</td>
421        <td><input <%=currentRawDataType != null ? "class=\"text disabled\" disabled" : requiredClazz%> type="text" name="channels" 
422          value="<%=formula == null ? (currentRawDataType == null ? Values.getInt(cc.getPropertyValue("channels")) : currentRawDataType.getChannels()) : formula.getChannels()%>" 
423          size="12" maxlength="10" onkeypress="return Numbers.integerOnly(event)"
424          ></td>
425      </tr>
426      <tr valign="top">
427        <td class="prompt">Expressions</td>
428        <td>
429          <table border="0" cellspacing="0" cellpadding="2">
430          <tr>
431            <td>
432            <select name="expressions" size="3" style="width: 26em;"
433              onchange="expressionsOnClick()" multiple class="required">
434              <%
435              if (expressions != null)
436              {
437                for (String expression : expressions)
438                {
439                  %>
440                  <option><%=HTML.encodeTags(expression)%>
441                  <%
442                }
443              }
444              %>
445            </select>
446            </td>
447            <td><base:button onclick="removeOnClick()" title="Remove" /></td>
448          </tr>
449          <tr>
450          <td>
451            <input type="text" name="expression" class="text" style="width: 26em;"
452              maxlength="<%=Formula.MAX_FORMULA_LENGTH%>"
453              onblur="expressionOnBlur()">
454          </td>
455          <td>
456            <base:button onclick="addOnClick()" title="Add" />
457          </td>
458          <td>
459            <base:button onclick="openExpressionBuilder()" 
460              image="expression_builder.gif"
461              title="Expression builder&hellip;" />
462          </td>
463          </table>
464        </td>
465      </tr>
466      <tr>
467        <td class="prompt">Avg. method</td>
468        <td>
469          <select name="averageMethod" class="required">
470          <%
471          for (Formula.AverageMethod method : Formula.AverageMethod.values())
472          {
473            String selected = method == currentAverageMethod ? "selected" : "";
474            %>
475            <option value="<%=method.name()%>" <%=selected%>><%=HTML.encodeTags(method.toString())%>
476            <%
477          }
478          %>
479          </select>
480        </td>
481      </tr>
482     
483      <tr>
484        <td class="prompt">Use colors</td>
485        <td>
486          <input type="checkbox" name="use_colors" value="1" 
487            <%=coloring.isUsingColors() ? "checked" : "" %>
488            onclick="useColorsOnClick()">
489         
490          <b>Min value</b>
491          <input type="text" class="text" name="min_value"
492             value="<%=Values.formatNumber(coloring.getMinValue(), -1)%>"
493             size="6" maxlength="6"
494             onkeypress="return Numbers.numberOnly(event)"
495             >
496          <b>Mid value</b>
497          <input type="text" class="text" name="mid_value"
498             value="<%=Values.formatNumber(coloring.getMidValue(), -1)%>"
499             size="6" maxlength="6"
500             onkeypress="return Numbers.numberOnly(event)"
501             >
502          <b>Max value</b>
503          <input type="text" class="text" name="max_value"
504             value="<%=Values.formatNumber(coloring.getMaxValue(), -1)%>"
505             size="6" maxlength="6"
506             onkeypress="return Numbers.numberOnly(event)"
507             >
508             <br>
509          <input type="checkbox" name="logarithmic" value="1" 
510            <%=coloring.isLogarithmic() ? "checked" : "" %>>
511          <b>Logarithmic</b>
512        </td>
513      </tr>
514
515      <tr valign=top>
516        <td class="prompt">Description</td>
517        <td nowrap>
518          <textarea <%=clazz%> rows="4" cols="40" name="description" wrap="virtual"
519            ><%=HTML.encodeTags(formula == null ? cc.getPropertyValue("description") : formula.getDescription())%></textarea>
520          <a href="javascript:Main.zoom('Description', 'formula', 'description')"
521            title="Edit in larger window"><base:icon image="zoom.gif" /></a>
522        </td>
523      </tr>
524      </table>
525      <div align=right>&nbsp;<i><base:icon image="required.gif" /> = required information</i></div>
526    </t:tab>
527    </t:tabcontrol>
528
529    <table align="center">
530    <tr>
531      <td width="50%"><base:button onclick="saveSettings()" title="Save" /></td>
532      <td width="50%"><base:button onclick="window.close()" title="Cancel" /></td>
533    </tr>
534    </table>
535    </form>
536  </base:body>
537  </base:page>
538  <%
539}
540finally
541{
542  if (dc != null) dc.close();
543}
544%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.