source: trunk/www/views/formulas/edit_formula.jsp @ 6314

Last change on this file since 6314 was 6314, checked in by Nicklas Nordborg, 10 years ago

References #1729 and #1730. Several edit dialogs in the 'View' menu. Expression builder, which required changes to the 'Validate' function which is now done on the server side instead of in the browser (due to the use of eval() on user input).
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 13.5 KB
Line 
1<%-- $Id: edit_formula.jsp 6314 2013-09-02 12:47:53Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Nicklas Nordborg
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23
24  @author Nicklas
25  @version 2.0
26--%>
27<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
28  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
29  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
30  import="net.sf.basedb.core.Item"
31  import="net.sf.basedb.core.Type"
32  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
33  import="net.sf.basedb.core.Permission"
34  import="net.sf.basedb.core.Formula"
35  import="net.sf.basedb.core.IntensityTransform"
36  import="net.sf.basedb.core.Coloring"
37  import="net.sf.basedb.core.RawDataType"
38  import="net.sf.basedb.core.RawDataTypes"
39  import="net.sf.basedb.core.RawDataProperty"
40  import="net.sf.basedb.core.Project"
41  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
42  import="net.sf.basedb.util.Values"
43  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
44  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
45  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
46  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
47  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
48  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.edit.EditUtil"
49  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
50  import="java.util.List"
51%>
52<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
53<%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
54<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
55<%
56final Item itemType = Item.FORMULA;
57final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
58final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
59final int itemId = cc.getId();
60final String ID = sc.getId();
61final float scale = Base.getScale(sc);
62final DbControl dc = sc.newDbControl();
63try
64{
65  String title = null;
66  Formula formula = null;
67  Formula.Type currentType = null;
68  Type currentValueType = Type.FLOAT;
69  Formula.Parser currentParser = null;
70  Formula.AverageMethod currentAverageMethod = null;
71  RawDataType currentRawDataType = null;
72  RawDataType defaultRawDataType = null;
73  IntensityTransform currentSourceIntensityTransform = null;
74  IntensityTransform currentResultIntensityTransform = null;
75  List<String> expressions = null;
76  Coloring coloring = null;
77
78  int activeProjectId = sc.getActiveProjectId();
79  if (activeProjectId > 0)
80  {
81    Project activeProject = Project.getById(dc, activeProjectId);
82    defaultRawDataType = activeProject.getDefaultRawDataType();
83  } 
84  if (itemId == 0)
85  {
86    title = "Create formula";
87    cc.removeObject("item");
88    String recentType = cc.getRecent("FormulaType", 0);
89    String filterType = cc.getPropertyValue("type");
90    if (filterType != null) currentType =  Formula.Type.fromValue(Values.getInt(filterType));
91    if (currentType == null && recentType != null) currentType = Formula.Type.valueOf(recentType);
92    if (currentType == null) currentType = Formula.Type.COLUMN_EXPRESSION;
93    currentParser = Formula.Parser.fromValue(Values.getInt(cc.getPropertyValue("parser"), 
94      Formula.Parser.JEP.getValue()));
95    currentAverageMethod = Formula.AverageMethod.fromValue(Values.getInt(cc.getPropertyValue("averageMethod"),
96      Formula.AverageMethod.ARITHMETIC_MEAN.getValue()));
97    currentRawDataType = RawDataTypes.getRawDataType(cc.getPropertyValue("rawDataType"));
98    if (currentRawDataType == null)
99    {
100      currentRawDataType = RawDataTypes.getRawDataType(cc.getRecent("RawDataType", 0));
101    }
102    if (cc.getPropertyValue("sourceIntensityTransform") != null)
103    {
104      currentSourceIntensityTransform = IntensityTransform.fromValue(Values.getInt(cc.getPropertyValue("sourceIntensityTransform")));
105    }
106    if (cc.getPropertyValue("resultIntensityTransform") != null)
107    {
108      currentResultIntensityTransform = IntensityTransform.fromValue(Values.getInt(cc.getPropertyValue("resultIntensityTransform")));
109    }
110    coloring = new Coloring();
111    coloring.setUsingColors(Values.getBoolean(cc.getPropertyValue("coloring.usingColors")));
112    coloring.setLogarithmic(Values.getBoolean(cc.getPropertyValue("coloring.logarithmic")));
113    coloring.setMinValue(Values.getFloat(cc.getPropertyValue("coloring.minValue"), null));
114    coloring.setMidValue(Values.getFloat(cc.getPropertyValue("coloring.midValue"), null));
115    coloring.setMaxValue(Values.getFloat(cc.getPropertyValue("coloring.maxValue"), null));
116   
117    currentRawDataType = currentRawDataType != null ? currentRawDataType : defaultRawDataType;
118  }
119  else
120  {
121    formula = Formula.getById(dc, itemId);
122    formula.checkPermission(Permission.WRITE);
123    currentParser = formula.getParser();
124    currentAverageMethod = formula.getAverageMethod();
125    currentType = formula.getFormulaType();
126    currentValueType = formula.getValueType();
127    currentRawDataType = formula.getRawDataType();
128    currentSourceIntensityTransform = formula.getSourceIntensityTransform();
129    currentResultIntensityTransform = formula.getResultIntensityTransform();
130    expressions = formula.getFormulas();
131    coloring = formula.getColoring();
132    cc.setObject("item", formula);
133    title = "Edit formula -- " + HTML.encodeTags(formula.getName());
134  }
135  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.item(itemType), formula);
136  ExtensionsInvoker invoker = EditUtil.useEditExtensions(jspContext);
137  %>
138  <base:page type="popup" title="<%=title%>" id="edit-page">
139  <base:head scripts="tabcontrol-2.js,~formulas.js" styles="tabcontrol.css">
140    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
141    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
142  </base:head>
143  <base:body >
144    <h1><%=title%> <base:help tabcontrol="settings" /></h1>
145    <form action="index.jsp?ID=<%=ID%>" method="post" name="formula">
146    <input type="hidden" name="cmd" value="UpdateItem">
147
148    <t:tabcontrol id="settings" 
149      subclass="content dialogtabcontrol"
150      position="bottom" remember="<%=formula != null%>"
151      extensions="<%=invoker%>">
152    <t:tab id="info" title="Formula" helpid="formula.edit">
153      <table class="fullform input100">
154      <tr>
155        <th>Name</th>
156        <td><input class="text required auto-init" data-auto-init="<%=formula == null ? "focus-select" : "focus" %>"
157          type="text" name="name" 
158          value="<%=HTML.encodeTags(formula == null ? Values.getString(cc.getPropertyValue("name"), "New formula") : formula.getName())%>" 
159          maxlength="<%=Formula.MAX_NAME_LENGTH%>"></td>
160        <td></td>
161      </tr>
162      <tr>
163        <th>Type</th>
164        <td>
165          <select name="type" class="required" id="formulaType" style="width: 15em;">
166          <%
167          for (Formula.Type type : Formula.Type.values())
168          {
169            String selected = type == currentType ? "selected" : "";
170            Type valueType = type.getValueType();
171            %>
172            <option value="<%=type.name()%>" <%=selected%>
173              data-supports-colors="<%=type.canUseColoring() ? 1 : 0 %>"
174              data-supports-average="<%=type.supportsAverage() ? 1 : 0 %>"
175              data-value-type="<%=valueType == null ? "" : valueType.name() %>"
176            ><%=HTML.encodeTags(type.toString())%>
177            <%
178          }
179          %>
180          </select>
181        </td>
182        <td></td>
183      </tr>
184      <tr>
185        <th>Parser</th>
186        <td>
187          <select name="parser" class="required" style="width: 15em;">
188          <%
189          for (Formula.Parser parser : Formula.Parser.values())
190          {
191            String selected = parser == currentParser ? "selected" : "";
192            %>
193            <option value="<%=parser.name()%>" <%=selected%>><%=HTML.encodeTags(parser.toString())%>
194            <%
195          }
196          %>
197          </select>
198        </td>
199        <td></td>
200      </tr>
201      <tr>
202        <th>Raw data type</th>
203        <td>
204          <select name="rawdatatype" id="rawdatatype" style="width: 15em;">
205          <option value="">- none -
206          <%
207          for (RawDataType rdt :  RawDataTypes.getSortedRawDataTypes(new RawDataTypes.NameComparator()))
208          {
209            String selected = rdt == currentRawDataType ? "selected" : "";
210            %>
211            <option value="<%=rdt.getId()%>" <%=selected%>
212              data-channels="<%=rdt.getChannels()%>"
213              ><%=HTML.encodeTags(rdt.getName())%>
214            <%
215          }
216          %>
217          </select>
218        </td>
219        <td></td>
220      </tr>
221      <tr>
222        <th>Channels</th>
223        <td><input <%=currentRawDataType != null ? "class=\"text disabled\" disabled" : "class=\"text required\""%> 
224          type="text" name="channels" id="channels"
225          style="width:15em;"
226          value="<%=formula == null ? (currentRawDataType == null ? Values.getInt(cc.getPropertyValue("channels")) : currentRawDataType.getChannels()) : formula.getChannels()%>" 
227           maxlength="10"
228          ></td>
229        <td></td>
230      </tr>
231      <tr class="big">
232        <th>Expressions</th>
233        <td>
234          <table>
235          <tr>
236            <td>
237            <select name="expressions" id="expressions" size="3" style="width: 26em;"
238              multiple class="required">
239              <%
240              if (expressions != null)
241              {
242                for (String expression : expressions)
243                {
244                  %>
245                  <option><%=HTML.encodeTags(expression)%>
246                  <%
247                }
248              }
249              %>
250            </select>
251            </td>
252            <td><base:button id="btnRemoveExpression" title="Remove" /></td>
253            <td></td>
254          </tr>
255          <tr>
256          <td>
257            <input type="text" name="expression" id="expression" class="text" style="width: 26em;"
258              maxlength="<%=Formula.MAX_FORMULA_LENGTH%>">
259          </td>
260          <td>
261            <base:button id="btnAddExpression" title="Add" />
262          </td>
263          <td>
264            <base:button
265              id="btnExpressionBuilder" 
266              image="expression_builder.png"
267              title="Expression builder&hellip;" />
268          </td>
269          </table>
270        </td>
271        <td></td>
272      </tr>
273      <tr>
274        <th>Value type</th>
275        <td>
276          <select name="valueType" style="width: 15em;">
277          <option value="">- unknown -
278          <%
279          for (Type type : Type.values())
280          {
281            String selected = type == currentValueType ? "selected" : "";
282            %>
283            <option value="<%=type.name()%>" <%=selected%>><%=HTML.encodeTags(type.toString())%>
284            <%
285          }
286          %>
287          </select>
288        </td>
289        <td></td>
290      </tr>
291      <tr>
292        <th>Avg. method</th>
293        <td>
294          <select name="averageMethod" class="required" style="width: 15em;">
295          <%
296          for (Formula.AverageMethod method : Formula.AverageMethod.values())
297          {
298            String selected = method == currentAverageMethod ? "selected" : "";
299            %>
300            <option value="<%=method.name()%>" <%=selected%>><%=HTML.encodeTags(method.toString())%>
301            <%
302          }
303          %>
304          </select>
305        </td>
306        <td></td>
307      </tr>
308      <tr>
309        <th>Intensity<br>transformation</th>
310        <td>
311          <b>Source</b>
312          <select name="sourceIntensityTransform" style="width: 15em;">
313          <option value="">- any -
314          <%
315          for (IntensityTransform t : IntensityTransform.values())
316          {
317            String selected = t == currentSourceIntensityTransform ? "selected" : "";
318            %>
319            <option value="<%=t.name()%>" <%=selected%>><%=HTML.encodeTags(t.toString())%>
320            <%
321          }
322          %>
323          </select>
324          <b>Result</b>
325          <select name="resultIntensityTransform" style="width: 15em;">
326          <option value="">- any -
327          <%
328          for (IntensityTransform t : IntensityTransform.values())
329          {
330            String selected = t == currentResultIntensityTransform ? "selected" : "";
331            %>
332            <option value="<%=t.name()%>" <%=selected%>><%=HTML.encodeTags(t.toString())%>
333            <%
334          }
335          %>
336          </select>
337        </td>
338        <td></td>
339      </tr>
340      <tr>
341        <th></th>
342        <td>
343          <input type="checkbox" name="use_colors" id="useColors" value="1" 
344            <%=coloring.isUsingColors() ? "checked" : "" %>>
345          <label for="useColors"><b>Use colors</b></label>
346         
347          <input type="checkbox" name="logarithmic" id="logarithmic" value="1" 
348            <%=coloring.isLogarithmic() ? "checked" : "" %>>
349          <label for="logarithmic"><b>Logarithmic</b></label> 
350        </td>
351        <td></td>
352      </tr>
353      <tr>
354        <th class="subprompt"></th>
355        <td>
356          <b>Min value</b>
357          <input type="text" class="text" name="min_value" id="min_value" style="width: 6em;"
358             value="<%=Values.formatNumber(coloring.getMinValue(), -1)%>"
359             maxlength="6">
360          <b>Mid value</b>
361          <input type="text" class="text" name="mid_value" id="mid_value" style="width: 6em;"
362             value="<%=Values.formatNumber(coloring.getMidValue(), -1)%>"
363             maxlength="6">
364          <b>Max value</b>
365          <input type="text" class="text" name="max_value" id="max_value" style="width: 6em;"
366             value="<%=Values.formatNumber(coloring.getMaxValue(), -1)%>"
367             maxlength="6">
368        </td>
369        <td></td>
370      </tr>
371      <tr class="dynamic">
372        <th>Description</th>
373        <td>
374          <textarea class="text" rows="4" name="description" id="description"
375            ><%=HTML.encodeTags(formula == null ? cc.getPropertyValue("description") : formula.getDescription())%></textarea>
376        </td>
377        <td style="width: 20px;">
378          <base:zoom textarea="description" title="Description" />
379        </td>
380      </tr>
381      </table>
382    </t:tab>
383    </t:tabcontrol>
384    </form>
385
386    <div class="legend">
387      <base:icon image="required.png" />= required information
388    </div>
389
390    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
391      <base:button id="btnSave" title="Save" />
392      <base:button id="close" title="Cancel" />
393    </base:buttongroup>
394  </base:body>
395  </base:page>
396  <%
397}
398finally
399{
400  if (dc != null) dc.close();
401}
402%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.