source: trunk/www/views/hybridizations/list_hybridizations.jsp @ 4131

Last change on this file since 4131 was 4131, checked in by Nicklas Nordborg, 15 years ago

Fixes #868: Support for chips with multiple arrays
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 22.2 KB
Line 
1<%-- $Id: list_hybridizations.jsp 4131 2008-02-08 08:55:48Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Hakkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 2
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with this program; if not, write to the Free Software
21  Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330,
22  Boston, MA  02111-1307, USA.
23  ------------------------------------------------------------------
24
25  @author Nicklas
26  @version 2.0
27--%>
28<%@ page session="false"
29  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
30  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
31  import="net.sf.basedb.core.Item"
32  import="net.sf.basedb.core.Hybridization"
33  import="net.sf.basedb.core.LabeledExtract"
34  import="net.sf.basedb.core.Label"
35  import="net.sf.basedb.core.Scan"
36  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
37  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
38  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
39  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
40  import="net.sf.basedb.core.Include"
41  import="net.sf.basedb.core.Type"
42  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
43  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
44  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
45  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
46  import="net.sf.basedb.core.Permission"
47  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
48  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
49  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
50  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
51  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
52  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
53  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
54  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
55  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
56  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
57  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
58  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
59  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
60  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
62  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
63  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
64  import="net.sf.basedb.util.Values"
65  import="java.util.Iterator"
66  import="java.util.List"
67  import="java.util.Map"
68  import="java.util.Date"
69%>
70<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
71<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
72<%!
73  private static final Item itemType = Item.HYBRIDIZATION;
74  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
75%>
76<%
77final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
78final String ID = sc.getId();
79final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
80final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
81
82final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
83final String callback = request.getParameter("callback");
84final String title = mode.generateTitle("hybridization", "hybridizations");
85final DbControl dc = sc.newDbControl();
86ItemResultIterator<Hybridization> hybridizations = null;
87ItemResultList<AnnotationType> annotationTypes = null;
88try
89{
90  final ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
91
92  // Query for labeled extracts relatated to the current hybridization
93  final ItemQuery<LabeledExtract> labeledExtractQuery = LabeledExtract.getQuery();
94  labeledExtractQuery.include(cc.getInclude());
95  labeledExtractQuery.join(Hql.innerJoin("sourceEvents", "evt"));
96  labeledExtractQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("evt", "hybridization"), Expressions.parameter("hybridization"))); 
97  labeledExtractQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
98
99  // Query for scans relatated to the current hybridization
100  final ItemQuery<Scan> scanQuery = Scan.getQuery();
101  scanQuery.include(cc.getInclude());
102  scanQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("hybridization"), Expressions.parameter("hybridization")));
103  scanQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
104  final boolean createScanPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.SCAN); 
105 
106  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
107  annotationTypes = annotationTypeQuery.list(dc);
108  try
109  {
110    final ItemQuery<Hybridization> query = Base.getConfiguredQuery(cc, true, Hybridization.getQuery(), mode);
111    hybridizations = query.iterate(dc);
112  }
113  catch (Throwable t)
114  {
115    cc.setMessage(t.getMessage());
116  }
117  int numListed = 0;
118  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
119  %>
120  <base:page title="<%=title==null ? "Hybridizations" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>">
121  <base:head scripts="menu.js,table.js" styles="menu.css,table.css">
122    <script language="JavaScript">
123    var submitPage = 'index.jsp';
124    var formId = 'hybridizations';
125    function newItem()
126    {
127      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', 0, true);
128    }
129    function editItem(itemId)
130    {
131      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, true);
132    }
133    function viewItem(itemId)
134    {
135      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, false);
136    }
137    function itemOnClick(evt, itemId)
138    {
139      Table.itemOnClick(formId, evt, itemId, '<%=mode.getName()%>', viewItem, editItem, returnSelected);
140    }
141    function deleteItems()
142    {
143      var frm = document.forms[formId];
144      if (Forms.numChecked(frm) == 0)
145      {
146        alert('Please select at least one item in the list');
147        return;
148      }
149      frm.action = submitPage;
150      frm.cmd.value = 'DeleteItems';
151      frm.submit();
152    }
153    function restoreItems()
154    {
155      var frm = document.forms[formId];
156      if (Forms.numChecked(frm) == 0)
157      {
158        alert('Please select at least one item in the list');
159        return;
160      }
161      frm.action = submitPage;
162      frm.cmd.value = 'RestoreItems';
163      frm.submit();
164    }
165    function deleteItemPermanently(itemId)
166    {
167      Main.deleteItemPermanently('<%=ID%>', true, '<%=itemType.name()%>', itemId);
168    }
169    function takeOwnership()
170    {
171      var frm = document.forms[formId];
172      if (Forms.numChecked(frm) == 0)
173      {
174        alert('Please select at least one item in the list');
175        return;
176      }
177      if (confirm('Are you sure that you want to take ownership of the selected items? It can\'t be undone.'))
178      {
179        frm.action = submitPage;
180        frm.cmd.value = 'TakeOwnershipOfItems';
181        frm.submit();
182      }
183    }
184    function shareItem(itemId)
185    {
186      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ShareItem&item_id='+itemId, 'ShareHybridizations', 600, 400);
187    }
188    function shareItems()
189    {
190      Table.shareItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'ShareItems');
191    }
192    function configureColumns()
193    {
194      Table.configureColumns('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
195    }
196    function runPlugin(cmd)
197    {
198      Table.submitToPopup(formId, cmd, 740, 540);
199    }
200    function returnSelected()
201    {
202      Table.returnSelected(formId, <%=callback != null ? "window.opener."+callback : "null" %>);
203      window.close();
204    }
205    function presetOnChange()
206    {
207      Table.presetOnChange('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
208    }
209    function newScan(hybridizationId)
210    {
211      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', 'SCAN', 0, true, '&hybridization_id='+hybridizationId);
212    }
213    </script>
214  </base:head>
215 
216  <base:body>
217    <%
218    if (cc.getMessage() != null)
219    {
220      %>
221      <div class="error"><%=cc.getMessage()%></div>
222      <%
223      cc.setMessage(null);
224    }
225    %>
226    <tbl:table 
227      id="hybridizations" 
228      clazz="itemlist" 
229      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
230      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
231      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
232      title="<%=title%>"
233      action="index.jsp"
234      sc="<%=sc%>"
235      item="<%=itemType%>"
236      >
237      <tbl:hidden 
238        name="mode" 
239        value="<%=mode.getName()%>" 
240      />
241      <tbl:hidden 
242        name="callback" 
243        value="<%=callback%>" 
244        skip="<%=callback == null%>" 
245      />
246      <tbl:columndef 
247        id="name"
248        property="name"
249        datatype="string"
250        title="Name"
251        sortable="true" 
252        filterable="true"
253        exportable="true"
254        show="always" 
255      />
256      <tbl:columndef 
257        id="numArrays"
258        property="numArrays"
259        datatype="int"
260        title="Arrays/slide"
261        sortable="true" 
262        filterable="true"
263        exportable="true"
264      />
265      <tbl:columndef
266        id="labeledExtracts"
267        title="Labeled extracts"
268      />
269      <tbl:columndef 
270        id="arraySlide"
271        property="arraySlide.name"
272        datatype="string"
273        title="Array slide"
274        sortable="true" 
275        filterable="true"
276        exportable="true"
277      />
278      <tbl:columndef
279        id="scans"
280        title="Scans"
281      />
282      <tbl:columndef 
283        id="protocol"
284        property="creationEvent.protocol"
285        sortproperty="creationEvent.protocol.name"
286        filterproperty="creationEvent.protocol.name"
287        exportproperty="creationEvent.protocol.name"
288        datatype="string"
289        title="Protocol"
290        sortable="true" 
291        filterable="true"
292        exportable="true"
293      />
294      <tbl:columndef
295        id="hybStation"
296        property="creationEvent.hardware"
297        datatype="string"
298        title="Hardware"
299        sortable="true"
300        filterable="true"
301        exportable="true"
302      />
303      <tbl:columndef 
304        id="eventDate"
305        property="creationEvent.eventDate"
306        datatype="date"
307        title="Created"
308        sortable="true" 
309        filterable="true"
310        exportable="true"
311        formatter="<%=dateFormatter%>"
312      />
313      <tbl:columndef 
314        id="entryDate"
315        property="creationEvent.entryDate"
316        datatype="date"
317        title="Registered"
318        sortable="true" 
319        filterable="true"
320        exportable="true"
321        formatter="<%=dateFormatter%>"
322      />
323      <tbl:columndef 
324        id="owner"
325        property="owner.name"
326        datatype="string"
327        title="Owner"
328        sortable="true" 
329        filterable="true"
330        exportable="true"
331      />
332      <tbl:columndef 
333        id="description"
334        property="description"
335        datatype="string"
336        title="Description" 
337        sortable="true" 
338        filterable="true" 
339        exportable="true"
340      />
341      <%
342      for (AnnotationType at : annotationTypes)
343      {
344        Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
345        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
346        if (at.isEnumeration())
347        {
348          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
349          List<?> values = at.getValues();
350          for (Object value : values)
351          {
352            String encoded = formatter.format(value);
353            annotationEnum.add(encoded, encoded);
354          }
355        }
356        %>
357        <tbl:columndef 
358          id="<%="at"+at.getId()%>"
359          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+" [A]"%>" 
360          property="<%="#"+at.getId()%>"
361          annotation="true"
362          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
363          enumeration="<%=annotationEnum%>"
364          sortable="false" 
365          filterable="true" 
366          exportable="true"
367          formatter="<%=formatter%>"
368        />
369        <%
370      }
371      %>
372      <tbl:columndef
373        id="permission"
374        title="Permission"
375      />
376      <tbl:columndef 
377        id="sharedTo"
378        title="Shared to"
379      />
380      <tbl:toolbar
381        visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
382        >
383        <tbl:button 
384          disabled="<%=createPermission ? false : true%>" 
385          image="<%=createPermission ? "new.gif" : "new_disabled.gif"%>" 
386          onclick="newItem()" 
387          title="New&hellip;" 
388          tooltip="<%=createPermission ? "Create new hybridization" : "You do not have permission to create hybridizations"%>" 
389        />
390        <tbl:button 
391          image="delete.gif"
392          onclick="deleteItems()" 
393          title="Delete" 
394          tooltip="Delete the selected items" 
395        />
396        <tbl:button 
397          image="restore.gif"
398          onclick="restoreItems()" 
399          title="Restore" 
400          tooltip="Restore the selected (deleted) items"
401        />
402        <tbl:button 
403          image="share.gif"
404          onclick="shareItems()" 
405          title="Share&hellip;" 
406          tooltip="Share the selected items"
407        />
408        <tbl:button 
409          image="take_ownership.png"
410          onclick="takeOwnership()" 
411          title="Take ownership&hellip;"
412          tooltip="Take ownership of the selected items"
413        />
414        <tbl:button 
415          image="columns.gif" 
416          onclick="configureColumns()" 
417          title="Columns&hellip;" 
418          tooltip="Show, hide and re-order columns" 
419        />
420        <tbl:button 
421          image="import.gif" 
422          onclick="runPlugin('ImportItems')" 
423          title="Import&hellip;" 
424          tooltip="Import data" 
425          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
426        />
427        <tbl:button 
428          image="export.gif" 
429          onclick="runPlugin('ExportItems')" 
430          title="Export&hellip;" 
431          tooltip="Export data" 
432          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
433        />
434        <tbl:button 
435          image="runplugin.gif" 
436          onclick="runPlugin('RunListPlugin')" 
437          title="Run plugin&hellip;" 
438          tooltip="Run a plugin" 
439          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
440        />
441      </tbl:toolbar>
442      <tbl:navigator
443        page="<%=cc.getPage()%>" 
444        rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
445        totalrows="<%=hybridizations == null ? 0 : hybridizations.getTotalCount()%>" 
446        visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
447      />
448      <tbl:data>
449        <tbl:columns>
450        <tbl:presetselector 
451          clazz="columnheader"
452          colspan="3"
453          onchange="presetOnChange()"
454        />
455        </tbl:columns>
456
457        <tr>
458          <tbl:header 
459            clazz="index"
460            >&nbsp;</tbl:header>
461          <tbl:header 
462            clazz="check" 
463            visible="<%=mode.hasCheck()%>"
464            ><base:icon 
465              image="check_uncheck.gif" 
466              tooltip="Check/uncheck all" 
467              onclick="Forms.checkUncheck(document.forms[formId])" style="align: left;"
468            /></tbl:header>
469          <tbl:header 
470            clazz="check" 
471            visible="<%=mode.hasRadio()%>"
472            >&nbsp;</tbl:header>
473          <tbl:header 
474            clazz="icons" 
475            visible="<%=mode.hasIcons()%>"
476            >&nbsp;</tbl:header>
477          <tbl:propertyfilter />
478        </tr>
479         
480          <tbl:rows>
481          <%
482          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
483          int selectedItemId = cc.getId();
484          if (hybridizations != null)
485          {           
486            while (hybridizations.hasNext())
487            {
488              Hybridization item = hybridizations.next();
489              BioMaterialEvent creationEvent = item.getCreationEvent();
490              int itemId = item.getId();
491              boolean usePermission = item.hasPermission(Permission.USE);
492              String openSharePopup = "shareItem("+itemId+")";
493              String deletePermanently = "deleteItemPermanently("+itemId+")";
494              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
495              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
496              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
497              String tooltip = mode.isSelectionMode() ? 
498                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
499              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
500              index++;
501              numListed++;
502              %>
503              <tbl:row>
504                <tbl:header 
505                  clazz="index"
506                  ><%=index%></tbl:header>
507                <tbl:header 
508                  clazz="check" 
509                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
510                  ><input 
511                    type="checkbox" 
512                    name="<%=itemId%>" 
513                    value="<%=itemId%>" 
514                    title="<%=name%>" 
515                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
516                  ></tbl:header>
517                <tbl:header 
518                  clazz="check" 
519                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
520                  ><input 
521                    type="radio" 
522                    name="item_id" 
523                    value="<%=itemId%>" 
524                    title="<%=name%>" 
525                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
526                  ></tbl:header>
527                <tbl:header 
528                  clazz="icons" 
529                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
530                  ><base:icon 
531                    image="<%=deletePermission ? "deleted.gif" : "deleted_disabled.gif"%>"
532                    onclick="<%=deletePermission ? deletePermanently : null%>"
533                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
534                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
535                  /><base:icon 
536                    image="<%=sharePermission ? "shared.gif" : "shared_disabled.gif"%>" 
537                    onclick="<%=sharePermission ? openSharePopup : null%>"
538                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
539                    visible="<%=item.isShared()%>"
540                  />&nbsp;</tbl:header>
541                <tbl:cell column="name"><div class="link" 
542                  onclick="itemOnClick(<%=writePermission ? "event" : null%>, <%=itemId%>)" 
543                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
544                <tbl:cell column="numArrays"><%=item.getNumArrays()%></tbl:cell>
545                <tbl:cell column="labeledExtracts">
546                  <%
547                  labeledExtractQuery.setParameter("hybridization", itemId, Type.INT);
548                  try
549                  {
550                    String separator = "";
551                    boolean isMultiArrayHyb = item.getNumArrays() > 1;
552                    for (LabeledExtract le : labeledExtractQuery.list(dc))
553                    {
554                      Label label = null;
555                      boolean readLabel = true;
556                      try
557                      {
558                        label = le.getLabel();
559                      }
560                      catch (PermissionDeniedException ex)
561                      {
562                        readLabel = false;
563                      }
564                      out.write(separator);
565                      if (isMultiArrayHyb)
566                      {
567                        out.write(creationEvent.getSourceGroup(le) + ": ");
568                      }
569                      if (mode.hasPropertyLink())
570                      {
571                        out.write(Base.getLinkedName(ID, le, false, mode.hasEditLink()));
572                        out.write(" (" + Base.getLinkedName(ID, label, !readLabel, mode.hasEditLink()) + ")");
573                      }
574                      else
575                      {
576                        out.write(HTML.encodeTags(le.getName()));
577                        out.write(" (" + Base.getEncodedName(label, !readLabel) + ")");
578                      }
579                      separator = ", ";
580                    }
581                  }
582                  catch (Throwable t)
583                  {
584                    %>
585                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
586                    <%
587                  }
588                  %>             
589                </tbl:cell>
590                <tbl:cell column="arraySlide"
591                  ><base:propertyvalue 
592                    item="<%=item%>" 
593                    property="arraySlide"
594                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
595                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
596                  /></tbl:cell>
597                <tbl:cell column="scans">
598                  <%
599                  scanQuery.setParameter("hybridization", itemId, Type.INT);
600                  try
601                  {
602                    String separator = "";
603                    for (Scan s : scanQuery.list(dc))
604                    {
605                      out.write(separator);
606                      if (mode.hasPropertyLink())
607                      {
608                        out.write(Base.getLinkedName(ID, s, false, mode.hasEditLink()));
609                      }
610                      else
611                      {
612                        out.write(HTML.encodeTags(s.getName()));
613                      }
614                      separator = ", ";
615                    }
616                  }
617                  catch (Throwable t)
618                  {
619                    %>
620                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
621                    <%
622                  }
623                  %>
624                  <base:icon
625                    image="add.png" 
626                    onclick="<%="newScan("+itemId+")"%>" 
627                    tooltip="Create new scan" 
628                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createScanPermission && usePermission %>"
629                  />
630                </tbl:cell>
631                <tbl:cell column="protocol"
632                  ><base:propertyvalue 
633                    item="<%=creationEvent%>" 
634                    property="protocol"
635                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
636                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
637                  /></tbl:cell>
638                <tbl:cell column="hybStation"
639                  ><base:propertyvalue 
640                    item="<%=creationEvent%>"
641                    property="hardware"
642                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
643                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
644                  /></tbl:cell>
645                <tbl:cell column="eventDate" value="<%=creationEvent.getEventDate()%>" />
646                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=creationEvent.getEntryDate()%>" />
647                <tbl:cell column="owner"
648                  ><base:propertyvalue 
649                    item="<%=item%>" 
650                    property="owner"
651                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
652                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
653                  /></tbl:cell>
654                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
655                <%
656                AnnotationSet as = item.isAnnotated() ? item.getAnnotationSet() : null;
657                if (as != null)
658                {
659                  for (AnnotationType at : annotationTypes)
660                  {
661                    if (as.hasAnnotation(at))
662                    {
663                      %>
664                      <tbl:cell column="<%="at"+at.getId()%>"
665                        ><tbl:cellvalue 
666                        list="<%=as.getAnnotation(at).getValues()%>" 
667                      /></tbl:cell>
668                      <%
669                    }
670                  }
671                }
672                %>
673                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
674                <tbl:cell column="sharedTo">
675                  <%
676                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
677                  while(sharees.hasNext())
678                  {
679                    Nameable n = sharees.next();
680                    if (mode.hasPropertyLink())
681                    {
682                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
683                    }
684                    else
685                    {
686                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
687                    }
688                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
689                  }
690                  %>
691                </tbl:cell>
692              </tbl:row>
693              <%
694              }
695            }
696          %>
697          </tbl:rows>
698      </tbl:data>
699      <%
700      if (numListed == 0)
701      {
702        %>
703        <tbl:panel><%=hybridizations == null || hybridizations.getTotalCount() == 0 ? "No hybridizations were found" : "No hybridizations on this page. Please select another page!" %></tbl:panel>
704        <%
705      }
706      else
707      {
708        %>
709        <tbl:navigator
710          page="<%=cc.getPage()%>" 
711          rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
712          totalrows="<%=hybridizations == null ? 0 : hybridizations.getTotalCount()%>" 
713          visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
714          locked="true"
715        />
716        <%
717      }
718      %>
719    </tbl:table>
720    <base:buttongroup align="center" clazz="fixedatbottom">
721      <base:button onclick="returnSelected();" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
722      <base:button onclick="window.close();" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
723      <base:button onclick="window.close();" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
724    </base:buttongroup>
725    <br><br><br>
726  </base:body>
727  </base:page>
728  <%
729}
730finally
731{
732  if (hybridizations != null) hybridizations.close();
733  if (dc != null) dc.close();
734}
735%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.