source: trunk/www/views/hybridizations/view_hybridization.jsp @ 4578

Last change on this file since 4578 was 4578, checked in by Martin Svensson, 13 years ago

References #1136 Updated most of the index-, view- and list-jsp pages to implement the set-permission functionallity

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 17.6 KB
Line 
1<%-- $Id: view_hybridization.jsp 4578 2008-10-13 14:38:58Z martin $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Hakkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.SystemItems"
30  import="net.sf.basedb.core.Item"
31  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
32  import="net.sf.basedb.core.Permission"
33  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
34  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
35  import="net.sf.basedb.core.Hybridization"
36  import="net.sf.basedb.core.ArraySlide"
37  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
38  import="net.sf.basedb.core.Protocol"
39  import="net.sf.basedb.core.Scan"
40  import="net.sf.basedb.core.Group"
41  import="net.sf.basedb.core.Hardware"
42  import="net.sf.basedb.core.User"
43  import="net.sf.basedb.core.LabeledExtract"
44  import="net.sf.basedb.core.Label"
45  import="net.sf.basedb.core.MultiPermissions"
46  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
47  import="net.sf.basedb.core.Include"
48  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
49  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
50  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
51  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
52  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
53  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
54  import="net.sf.basedb.core.Project"
55  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
56  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
57  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
58  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
59  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
60  import="net.sf.basedb.util.Values"
61  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
63  import="java.util.Collections"
64  import="java.util.Date"
65  import="java.util.Map"
66  import="java.util.Set"
67  import="java.util.List"
68%>
69<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
70<%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
71<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
72<%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
73<%!
74  private static final Item itemType = Item.HYBRIDIZATION;
75  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.ITEM);
76%>
77<%
78final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
79final String ID = sc.getId();
80final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
81final int itemId = cc.getId();
82final String tab = Values.getString(request.getParameter("tab"), "properties");
83final float scale = Base.getScale(sc);
84final DbControl dc = sc.newDbControl();
85try
86{
87  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
88  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
89
90  String title = null;
91  Hybridization hyb = Hybridization.getById(dc, itemId);
92  BioMaterialEvent creationEvent = hyb.getCreationEvent();
93 
94  final boolean usePermission = hyb.hasPermission(Permission.USE);
95  final boolean writePermission = hyb.hasPermission(Permission.WRITE);
96  final boolean deletePermission = hyb.hasPermission(Permission.DELETE);
97  final boolean sharePermission = hyb.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
98  final boolean setOwnerPermission = hyb.hasPermission(Permission.SET_OWNER);
99  final boolean isRemoved = hyb.isRemoved();
100  final boolean isUsed = isRemoved && hyb.isUsed();
101  final boolean deletePermanentlyPermission = deletePermission && !isUsed;
102  final boolean isOwner = hyb.isOwner();
103  %>
104
105  <base:page title="<%=title%>">
106  <base:head scripts="table.js,tabcontrol.js" styles="toolbar.css,table.css,headertabcontrol.css,path.css">
107    <script language="JavaScript">
108    function editItem()
109    {
110      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>, true);
111    }
112    function shareItem()
113    {
114      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ShareItem&item_id=<%=itemId%>', 'ShareHybridization', 600, 400);
115    }
116    function deleteItem()
117    {
118      location.replace('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=DeleteItem&item_id=<%=itemId%>');
119    }
120    function restoreItem()
121    {
122      location.replace('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=RestoreItem&item_id=<%=itemId%>');
123    }
124    function deleteItemPermanently()
125    {
126      Main.deleteItemPermanently('<%=ID%>', true, '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>, '&callback=itemDeleted');
127    }
128    function itemDeleted()
129    {
130      Main.listItems('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>');
131    }
132    function showUsingItems()
133    {
134      Main.showUsingItems('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>);
135    }
136    function setOwner()
137    {
138      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=SetOwnerOfItem&item_id=<%=itemId%>', 'SetOwnerOfItem', 450, 150);
139    }
140    function runPlugin(cmd)
141    {
142      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd='+cmd+'&item_id=<%=itemId%>', 'RunPlugin'+cmd, 740, 540);
143    }
144    function newScan()
145    {
146      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', 'SCAN', 0, true, '&hybridization_id=<%=itemId%>');
147    }
148    </script>
149  </base:head>
150  <base:body>
151    <p>
152    <p:path>
153      <p:pathelement title="Hybridizations" href="<%="index.jsp?ID="+ID%>" />
154      <p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(hyb.getName())%>" />
155    </p:path>
156   
157    <t:tabcontrol id="main" active="<%=tab%>" >
158    <t:tab id="properties" title="Properties">
159   
160    <tbl:toolbar
161      >
162      <tbl:button 
163        disabled="<%=writePermission ? false : true%>" 
164        image="<%=writePermission ? "edit.gif" : "edit_disabled.gif"%>" 
165        onclick="editItem()" 
166        title="Edit&hellip;" 
167        tooltip="<%=writePermission ? "Edit this hybridization" : "You do not have permission to edit this hybridization"%>" 
168      />
169      <tbl:button 
170        disabled="<%=deletePermission ? false : true%>" 
171        image="<%=deletePermission ? "delete.gif" : "delete_disabled.gif"%>" 
172        onclick="deleteItem()" 
173        title="Delete"
174        visible="<%=!hyb.isRemoved()%>"
175        tooltip="<%=deletePermission ? "Delete this hybridization" : "You do not have permission to delete this hybridization"%>" 
176      />
177      <tbl:button 
178        disabled="<%=writePermission ? false : true%>" 
179        image="<%=writePermission ? "restore.gif" : "restore_disabled.gif"%>" 
180        onclick="restoreItem()" 
181        title="Restore"
182        visible="<%=hyb.isRemoved()%>"
183        tooltip="<%=writePermission ? "Restore this hybridization" : "You do not have permission to restore this hybridization"%>" 
184      />
185      <tbl:button 
186        disabled="<%=sharePermission ? false : true%>"
187        image="<%=sharePermission ? "share.gif" : "share_disabled.gif"%>"
188        onclick="shareItem()" 
189        title="Share&hellip;" 
190        tooltip="<%=sharePermission ? "Share this hybridization to other user, groups and projects" : "You do not have permission to share this hybridization"%>"
191      />
192      <tbl:button 
193        disabled="<%=setOwnerPermission ? false : true%>"
194        image="<%=setOwnerPermission ? "take_ownership.png" : "take_ownership_disabled.png"%>"
195        onclick="setOwner()" 
196        title="Set owner&hellip;"
197        tooltip="<%=setOwnerPermission ? "Change owner of this item" : "You do not have permission to change ownership of this item"%>"
198      />
199      <tbl:button
200        image="add.png"
201        onclick="newScan()"
202        title="New scan&hellip;"
203        tooltip="Create a new scan from this hybridization"
204        visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.SCAN) && usePermission%>"
205      />
206      <tbl:button 
207        image="import.gif" 
208        onclick="runPlugin('ImportItem')" 
209        title="Import&hellip;" 
210        tooltip="Import data" 
211        visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
212      />
213      <tbl:button 
214        image="export.gif" 
215        onclick="runPlugin('ExportItem')" 
216        title="Export&hellip;" 
217        tooltip="Export data" 
218        visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
219      />
220      <tbl:button 
221        image="runplugin.gif" 
222        onclick="runPlugin('RunPlugin')" 
223        title="Run plugin&hellip;" 
224        tooltip="Run a plugin" 
225        visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
226      />
227      <tbl:button
228        image="help.gif"
229        onclick="<%="Main.openHelp('" + ID +"', 'hybridization.view.properties')"%>"
230        title="Help&hellip;"
231        tooltip="Get help about this page"
232      />
233      </tbl:toolbar>
234    <div class="boxedbottom">
235      <div class="itemstatus">Permissions on this item: <i><%=PermissionUtil.getFullPermissionNames(hyb)%></i></div>
236      <%
237      if (hyb.isRemoved() || hyb.isShared())
238      {
239        %>
240        <div class="itemstatus">
241          <base:icon 
242            image="<%=deletePermanentlyPermission ? "deleted.gif" : "deleted_disabled.gif"%>"
243            onclick="<%=deletePermanentlyPermission ? "deleteItemPermanently()" : null%>"
244            tooltip="<%=deletePermanentlyPermission ? "Permanently delete this item" : null%>"
245            visible="<%=isRemoved%>"> This item has been flagged for deletion<br></base:icon>
246          <base:icon image="used.gif" 
247            onclick="showUsingItems()"
248            tooltip="Show the items that are using this one"
249            visible="<%=isUsed%>"> This item is used by other items and can't be permanently deleted<br></base:icon>
250          <base:icon image="shared.gif" 
251            visible="<%=hyb.isShared()%>"> This item is shared to other users, groups and/or projects</base:icon>
252        </div>
253        <%
254      }
255      %>
256      <table class="form" cellspacing="0">
257      <tr>
258        <td class="prompt">Name</td>
259        <td><%=HTML.encodeTags(hyb.getName())%></td>
260      </tr>
261      <tr>
262        <td class="prompt">Arrays</td>
263        <td><%=hyb.getNumArrays()%></td>
264      </tr>
265      <tr>
266        <td class="prompt">Array slide</td>
267        <td><base:propertyvalue item="<%=hyb%>" property="arraySlide" /></td>
268      </tr>
269      <tr>
270        <td class="prompt">Created</td>
271        <td><%=dateFormatter.format(creationEvent.getEventDate())%></td>
272      </tr>
273      <tr>
274        <td class="prompt">Registered</td>
275        <td><%=dateFormatter.format(creationEvent.getEntryDate())%></td>
276      </tr>
277      <tr>
278        <td class="prompt">Protocol</td>
279        <td><base:propertyvalue item="<%=creationEvent%>" property="protocol" /></td>
280      </tr>
281      <tr>
282        <td class="prompt">Hardware</td>
283        <td><base:propertyvalue item="<%=creationEvent%>" property="hardware" /></td>
284      </tr>
285      <tr>
286        <td class="prompt">Owner</td>
287        <td><base:propertyvalue item="<%=hyb%>" property="owner" /></td>
288      </tr>
289      <tr>
290        <td class="prompt">Description</td>
291        <td><%=HTML.niceFormat(hyb.getDescription())%></td>
292      </tr>
293      </table>
294     
295      <%
296      ItemQuery<LabeledExtract> labeledExtractsQuery = (ItemQuery<LabeledExtract>)creationEvent.getSources();
297      labeledExtractsQuery.include(Include.ALL);
298      labeledExtractsQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
299      ItemResultList<LabeledExtract> labeledExtracts = labeledExtractsQuery.list(dc);
300      if (labeledExtracts.size() == 0)
301      {
302        %>
303        <h4>Labeled extracts</h4>
304        No labeled extracts has been added to this hybridization
305        (or, you don't have permission to view them).
306        <%
307      }
308      else
309      {
310        %>
311        <h4 class="docked">Labeled extracts</h4>
312        <tbl:table
313          id="labeledextracts"
314          clazz="itemlist"
315          columns="all"
316          >
317        <tbl:columndef 
318          id="arrayNum"
319          title="Array"
320          show="<%=hyb.getNumArrays() > 1 ? "always" : "never"%>"
321        />
322        <tbl:columndef 
323          id="name"
324          title="Name"
325        />
326        <tbl:columndef 
327          id="label"
328          title="Label"
329        />
330        <tbl:columndef 
331          id="quantity"
332          title="Used quantity (µg)"
333        />
334        <tbl:columndef 
335          id="description"
336          title="Description"
337        />
338        <tbl:data>
339          <tbl:columns>
340          </tbl:columns>
341          <tbl:rows>
342          <%
343          for (LabeledExtract item : labeledExtracts)
344          {
345            %>
346            <tbl:row>
347              <tbl:cell column="arrayNum"><%=creationEvent.getSourceGroup(item)%></tbl:cell>
348              <tbl:cell column="name"><base:icon 
349                  image="deleted.gif" 
350                  tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
351                  visible="<%=item.isRemoved()%>"
352                /><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
353              <tbl:cell column="label"><base:propertyvalue item="<%=item%>" property="label" /></tbl:cell>
354              <tbl:cell column="quantity"><%=Values.formatNumber(creationEvent.getUsedQuantity(item), 2)%></tbl:cell>
355              <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
356            </tbl:row>
357            <%
358          }
359          %>
360          </tbl:rows>
361        </tbl:data>
362        </tbl:table>
363        <%
364      }
365      %>
366     
367      <%
368      ItemQuery<Scan> scanQuery = (ItemQuery<Scan>)hyb.getScans();
369      scanQuery.include(Include.ALL);
370      scanQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
371      ItemResultList<Scan> scans = scanQuery.list(dc);
372      if (scans.size() == 0)
373      {
374        %>
375        <h4>Scans</h4>
376        No scans has been created from this hybridization
377        (or, you don't have permission to view them).
378        <%
379      }
380      else
381      {
382        %>
383        <h4 class="docked">Scans</h4>
384        <tbl:table
385          id="scans"
386          clazz="itemlist"
387          columns="all"
388          >
389        <tbl:columndef 
390          id="name"
391          title="Name"
392        />
393        <tbl:columndef 
394          id="scanner"
395          title="Scanner"
396        />
397
398        <tbl:columndef 
399          id="description"
400          title="Description"
401        />
402        <tbl:data>
403          <tbl:columns>
404          </tbl:columns>
405          <tbl:rows>
406          <%
407          for (Scan item : scans)
408          {
409            %>
410            <tbl:row>
411              <tbl:cell column="name"><base:icon 
412                  image="deleted.gif" 
413                  tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
414                  visible="<%=item.isRemoved()%>"
415                /><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
416              <tbl:cell column="scanner"><base:propertyvalue item="<%=item%>" property="scanner" /></tbl:cell>
417              <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
418            </tbl:row>
419            <%
420          }
421          %>
422          </tbl:rows>
423        </tbl:data>
424        </tbl:table>
425        <%
426      }     
427     
428      // Tables with users/groups/projects that this item is shared to
429      MultiPermissions mp = new MultiPermissions(Collections.singleton(hyb));
430      ItemResultIterator<User> users = mp.getUsers().iterate(dc);
431      ItemResultIterator<Group> groups = mp.getGroups().iterate(dc);
432      ItemResultIterator<Project> projects = mp.getProjects().iterate(dc);
433     
434      if (users.hasNext() || groups.hasNext() || projects.hasNext())
435      {
436        %>
437        <h4 class="docked">Shared to</h4>
438        <tbl:table 
439          id="itemsSharedTo"
440          clazz="itemlist"
441          columns="all"
442        >
443          <tbl:columndef 
444            id="itemType"
445            title="Item type"
446          />
447          <tbl:columndef 
448            id="name"
449            title="Name"
450          />
451          <tbl:columndef 
452            id="permissions"
453            title="Permissions"
454          />
455          <tbl:data>
456            <tbl:columns>
457            </tbl:columns>
458            <tbl:rows>
459            <%
460            while(projects.hasNext())
461            {
462              Project project = projects.next();
463              Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(project).values().iterator().next();
464              %>     
465              <tbl:row>
466                <tbl:cell column="itemType"><%=project.getType()%></tbl:cell>
467                <tbl:cell column="name"><base:icon 
468                  image="deleted.gif" 
469                  tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
470                  visible="<%=project.isRemoved()%>"
471                /><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
472                <tbl:cell column="permissions">
473                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
474                </tbl:cell>
475              </tbl:row>
476              <%
477            }
478            while(groups.hasNext())
479            {
480              Group group = groups.next();
481              Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(group).values().iterator().next();
482              %>
483              <tbl:row>             
484                <tbl:cell column="itemType"><%=group.getType()%></tbl:cell>
485                <tbl:cell column="name"><base:icon 
486                  image="deleted.gif" 
487                  tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
488                  visible="<%=group.isRemoved()%>"
489                /><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
490                <tbl:cell column="permissions">
491                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
492                </tbl:cell>
493              </tbl:row>
494              <% 
495            }
496            while (users.hasNext())
497            {
498              User user = users.next();
499              Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(user).values().iterator().next();
500              %>
501              <tbl:row>             
502                <tbl:cell column="itemType"><%=user.getType()%></tbl:cell>
503                <tbl:cell column="name"><base:icon 
504                  image="deleted.gif" 
505                  tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
506                  visible="<%=user.isRemoved()%>"
507                /><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
508                <tbl:cell column="permissions">
509                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
510                </tbl:cell>
511              </tbl:row>
512              <%
513            }
514            %>
515            </tbl:rows>
516          </tbl:data>
517        </tbl:table>
518        <%
519      }
520      else
521      {
522        %>
523        <h4>Shared to</h4>
524        This hybridization is not shared
525        (or, you don't have permission to view the ones it is shared to).
526        <%
527      }
528      %>
529     
530    </div>
531      </t:tab>
532     
533      <t:tab id="annotations" title="Annotations &amp; parameters" 
534        tooltip="View annotation values and protocol parameters">
535        <div class="boxed">
536        <jsp:include page="../../common/annotations/list_annotations.jsp">
537          <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
538          <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
539          <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
540        </jsp:include>
541        </div>
542      </t:tab>
543      </t:tabcontrol>
544
545  </base:body>
546  </base:page>
547  <%
548}
549finally
550{
551  if (dc != null) dc.close();
552}
553
554%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.