source: trunk/www/views/hybridizations/view_hybridization.jsp @ 4627

Last change on this file since 4627 was 4627, checked in by Nicklas Nordborg, 13 years ago

Fixes #1139: Display the barcode for array slide in the hybridization information page

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 17.7 KB
Line 
1<%-- $Id: view_hybridization.jsp 4627 2008-11-05 11:02:56Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Hakkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.SystemItems"
30  import="net.sf.basedb.core.Item"
31  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
32  import="net.sf.basedb.core.Permission"
33  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
34  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
35  import="net.sf.basedb.core.Hybridization"
36  import="net.sf.basedb.core.ArraySlide"
37  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
38  import="net.sf.basedb.core.Protocol"
39  import="net.sf.basedb.core.Scan"
40  import="net.sf.basedb.core.Group"
41  import="net.sf.basedb.core.Hardware"
42  import="net.sf.basedb.core.User"
43  import="net.sf.basedb.core.LabeledExtract"
44  import="net.sf.basedb.core.Label"
45  import="net.sf.basedb.core.MultiPermissions"
46  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
47  import="net.sf.basedb.core.Include"
48  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
49  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
50  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
51  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
52  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
53  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
54  import="net.sf.basedb.core.Project"
55  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
56  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
57  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
58  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
59  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
60  import="net.sf.basedb.util.Values"
61  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
63  import="java.util.Collections"
64  import="java.util.Date"
65  import="java.util.Map"
66  import="java.util.Set"
67  import="java.util.List"
68%>
69<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
70<%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
71<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
72<%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
73<%!
74  private static final Item itemType = Item.HYBRIDIZATION;
75  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.ITEM);
76%>
77<%
78final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
79final String ID = sc.getId();
80final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
81final int itemId = cc.getId();
82final String tab = Values.getString(request.getParameter("tab"), "properties");
83final float scale = Base.getScale(sc);
84final DbControl dc = sc.newDbControl();
85try
86{
87  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
88  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
89
90  String title = null;
91  Hybridization hyb = Hybridization.getById(dc, itemId);
92  BioMaterialEvent creationEvent = hyb.getCreationEvent();
93 
94  final boolean usePermission = hyb.hasPermission(Permission.USE);
95  final boolean writePermission = hyb.hasPermission(Permission.WRITE);
96  final boolean deletePermission = hyb.hasPermission(Permission.DELETE);
97  final boolean sharePermission = hyb.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
98  final boolean setOwnerPermission = hyb.hasPermission(Permission.SET_OWNER);
99  final boolean isRemoved = hyb.isRemoved();
100  final boolean isUsed = isRemoved && hyb.isUsed();
101  final boolean deletePermanentlyPermission = deletePermission && !isUsed;
102  final boolean isOwner = hyb.isOwner();
103  %>
104
105  <base:page title="<%=title%>">
106  <base:head scripts="table.js,tabcontrol.js" styles="toolbar.css,table.css,headertabcontrol.css,path.css">
107    <script language="JavaScript">
108    function editItem()
109    {
110      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>, true);
111    }
112    function shareItem()
113    {
114      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ShareItem&item_id=<%=itemId%>', 'ShareHybridization', 600, 400);
115    }
116    function deleteItem()
117    {
118      location.replace('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=DeleteItem&item_id=<%=itemId%>');
119    }
120    function restoreItem()
121    {
122      location.replace('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=RestoreItem&item_id=<%=itemId%>');
123    }
124    function deleteItemPermanently()
125    {
126      Main.deleteItemPermanently('<%=ID%>', true, '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>, '&callback=itemDeleted');
127    }
128    function itemDeleted()
129    {
130      Main.listItems('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>');
131    }
132    function showUsingItems()
133    {
134      Main.showUsingItems('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>);
135    }
136    function setOwner()
137    {
138      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=SetOwnerOfItem&item_id=<%=itemId%>', 'SetOwnerOfItem', 450, 150);
139    }
140    function runPlugin(cmd)
141    {
142      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd='+cmd+'&item_id=<%=itemId%>', 'RunPlugin'+cmd, 740, 540);
143    }
144    function newScan()
145    {
146      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', 'SCAN', 0, true, '&hybridization_id=<%=itemId%>');
147    }
148    </script>
149  </base:head>
150  <base:body>
151    <p>
152    <p:path>
153      <p:pathelement title="Hybridizations" href="<%="index.jsp?ID="+ID%>" />
154      <p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(hyb.getName())%>" />
155    </p:path>
156   
157    <t:tabcontrol id="main" active="<%=tab%>" >
158    <t:tab id="properties" title="Properties">
159   
160    <tbl:toolbar
161      >
162      <tbl:button 
163        disabled="<%=writePermission ? false : true%>" 
164        image="<%=writePermission ? "edit.gif" : "edit_disabled.gif"%>" 
165        onclick="editItem()" 
166        title="Edit&hellip;" 
167        tooltip="<%=writePermission ? "Edit this hybridization" : "You do not have permission to edit this hybridization"%>" 
168      />
169      <tbl:button 
170        disabled="<%=deletePermission ? false : true%>" 
171        image="<%=deletePermission ? "delete.gif" : "delete_disabled.gif"%>" 
172        onclick="deleteItem()" 
173        title="Delete"
174        visible="<%=!hyb.isRemoved()%>"
175        tooltip="<%=deletePermission ? "Delete this hybridization" : "You do not have permission to delete this hybridization"%>" 
176      />
177      <tbl:button 
178        disabled="<%=writePermission ? false : true%>" 
179        image="<%=writePermission ? "restore.gif" : "restore_disabled.gif"%>" 
180        onclick="restoreItem()" 
181        title="Restore"
182        visible="<%=hyb.isRemoved()%>"
183        tooltip="<%=writePermission ? "Restore this hybridization" : "You do not have permission to restore this hybridization"%>" 
184      />
185      <tbl:button 
186        disabled="<%=sharePermission ? false : true%>"
187        image="<%=sharePermission ? "share.gif" : "share_disabled.gif"%>"
188        onclick="shareItem()" 
189        title="Share&hellip;" 
190        tooltip="<%=sharePermission ? "Share this hybridization to other user, groups and projects" : "You do not have permission to share this hybridization"%>"
191      />
192      <tbl:button 
193        disabled="<%=setOwnerPermission ? false : true%>"
194        image="<%=setOwnerPermission ? "take_ownership.png" : "take_ownership_disabled.png"%>"
195        onclick="setOwner()" 
196        title="Set owner&hellip;"
197        tooltip="<%=setOwnerPermission ? "Change owner of this item" : "You do not have permission to change ownership of this item"%>"
198      />
199      <tbl:button
200        image="add.png"
201        onclick="newScan()"
202        title="New scan&hellip;"
203        tooltip="Create a new scan from this hybridization"
204        visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.SCAN) && usePermission%>"
205      />
206      <tbl:button 
207        image="import.gif" 
208        onclick="runPlugin('ImportItem')" 
209        title="Import&hellip;" 
210        tooltip="Import data" 
211        visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
212      />
213      <tbl:button 
214        image="export.gif" 
215        onclick="runPlugin('ExportItem')" 
216        title="Export&hellip;" 
217        tooltip="Export data" 
218        visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
219      />
220      <tbl:button 
221        image="runplugin.gif" 
222        onclick="runPlugin('RunPlugin')" 
223        title="Run plugin&hellip;" 
224        tooltip="Run a plugin" 
225        visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
226      />
227      <tbl:button
228        image="help.gif"
229        onclick="<%="Main.openHelp('" + ID +"', 'hybridization.view.properties')"%>"
230        title="Help&hellip;"
231        tooltip="Get help about this page"
232      />
233      </tbl:toolbar>
234    <div class="boxedbottom">
235      <div class="itemstatus">Permissions on this item: <i><%=PermissionUtil.getFullPermissionNames(hyb)%></i></div>
236      <%
237      if (hyb.isRemoved() || hyb.isShared())
238      {
239        %>
240        <div class="itemstatus">
241          <base:icon 
242            image="<%=deletePermanentlyPermission ? "deleted.gif" : "deleted_disabled.gif"%>"
243            onclick="<%=deletePermanentlyPermission ? "deleteItemPermanently()" : null%>"
244            tooltip="<%=deletePermanentlyPermission ? "Permanently delete this item" : null%>"
245            visible="<%=isRemoved%>"> This item has been flagged for deletion<br></base:icon>
246          <base:icon image="used.gif" 
247            onclick="showUsingItems()"
248            tooltip="Show the items that are using this one"
249            visible="<%=isUsed%>"> This item is used by other items and can't be permanently deleted<br></base:icon>
250          <base:icon image="shared.gif" 
251            visible="<%=hyb.isShared()%>"> This item is shared to other users, groups and/or projects</base:icon>
252        </div>
253        <%
254      }
255      %>
256      <table class="form" cellspacing="0">
257      <tr>
258        <td class="prompt">Name</td>
259        <td><%=HTML.encodeTags(hyb.getName())%></td>
260      </tr>
261      <tr>
262        <td class="prompt">Arrays</td>
263        <td><%=hyb.getNumArrays()%></td>
264      </tr>
265      <tr>
266        <td class="prompt">Array slide</td>
267        <td><base:propertyvalue item="<%=hyb%>" property="arraySlide" /></td>
268      </tr>
269      <tr>
270        <td class="subprompt">-barcode</td>
271        <td><base:propertyvalue item="<%=hyb%>" property="arraySlide.barcode" /></td>
272      </tr>
273      <tr>
274        <td class="prompt">Created</td>
275        <td><%=dateFormatter.format(creationEvent.getEventDate())%></td>
276      </tr>
277      <tr>
278        <td class="prompt">Registered</td>
279        <td><%=dateFormatter.format(creationEvent.getEntryDate())%></td>
280      </tr>
281      <tr>
282        <td class="prompt">Protocol</td>
283        <td><base:propertyvalue item="<%=creationEvent%>" property="protocol" /></td>
284      </tr>
285      <tr>
286        <td class="prompt">Hardware</td>
287        <td><base:propertyvalue item="<%=creationEvent%>" property="hardware" /></td>
288      </tr>
289      <tr>
290        <td class="prompt">Owner</td>
291        <td><base:propertyvalue item="<%=hyb%>" property="owner" /></td>
292      </tr>
293      <tr>
294        <td class="prompt">Description</td>
295        <td><%=HTML.niceFormat(hyb.getDescription())%></td>
296      </tr>
297      </table>
298     
299      <%
300      ItemQuery<LabeledExtract> labeledExtractsQuery = (ItemQuery<LabeledExtract>)creationEvent.getSources();
301      labeledExtractsQuery.include(Include.ALL);
302      labeledExtractsQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
303      ItemResultList<LabeledExtract> labeledExtracts = labeledExtractsQuery.list(dc);
304      if (labeledExtracts.size() == 0)
305      {
306        %>
307        <h4>Labeled extracts</h4>
308        No labeled extracts has been added to this hybridization
309        (or, you don't have permission to view them).
310        <%
311      }
312      else
313      {
314        %>
315        <h4 class="docked">Labeled extracts</h4>
316        <tbl:table
317          id="labeledextracts"
318          clazz="itemlist"
319          columns="all"
320          >
321        <tbl:columndef 
322          id="arrayNum"
323          title="Array"
324          show="<%=hyb.getNumArrays() > 1 ? "always" : "never"%>"
325        />
326        <tbl:columndef 
327          id="name"
328          title="Name"
329        />
330        <tbl:columndef 
331          id="label"
332          title="Label"
333        />
334        <tbl:columndef 
335          id="quantity"
336          title="Used quantity (µg)"
337        />
338        <tbl:columndef 
339          id="description"
340          title="Description"
341        />
342        <tbl:data>
343          <tbl:columns>
344          </tbl:columns>
345          <tbl:rows>
346          <%
347          for (LabeledExtract item : labeledExtracts)
348          {
349            %>
350            <tbl:row>
351              <tbl:cell column="arrayNum"><%=creationEvent.getSourceGroup(item)%></tbl:cell>
352              <tbl:cell column="name"><base:icon 
353                  image="deleted.gif" 
354                  tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
355                  visible="<%=item.isRemoved()%>"
356                /><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
357              <tbl:cell column="label"><base:propertyvalue item="<%=item%>" property="label" /></tbl:cell>
358              <tbl:cell column="quantity"><%=Values.formatNumber(creationEvent.getUsedQuantity(item), 2)%></tbl:cell>
359              <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
360            </tbl:row>
361            <%
362          }
363          %>
364          </tbl:rows>
365        </tbl:data>
366        </tbl:table>
367        <%
368      }
369      %>
370     
371      <%
372      ItemQuery<Scan> scanQuery = (ItemQuery<Scan>)hyb.getScans();
373      scanQuery.include(Include.ALL);
374      scanQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
375      ItemResultList<Scan> scans = scanQuery.list(dc);
376      if (scans.size() == 0)
377      {
378        %>
379        <h4>Scans</h4>
380        No scans has been created from this hybridization
381        (or, you don't have permission to view them).
382        <%
383      }
384      else
385      {
386        %>
387        <h4 class="docked">Scans</h4>
388        <tbl:table
389          id="scans"
390          clazz="itemlist"
391          columns="all"
392          >
393        <tbl:columndef 
394          id="name"
395          title="Name"
396        />
397        <tbl:columndef 
398          id="scanner"
399          title="Scanner"
400        />
401
402        <tbl:columndef 
403          id="description"
404          title="Description"
405        />
406        <tbl:data>
407          <tbl:columns>
408          </tbl:columns>
409          <tbl:rows>
410          <%
411          for (Scan item : scans)
412          {
413            %>
414            <tbl:row>
415              <tbl:cell column="name"><base:icon 
416                  image="deleted.gif" 
417                  tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
418                  visible="<%=item.isRemoved()%>"
419                /><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
420              <tbl:cell column="scanner"><base:propertyvalue item="<%=item%>" property="scanner" /></tbl:cell>
421              <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
422            </tbl:row>
423            <%
424          }
425          %>
426          </tbl:rows>
427        </tbl:data>
428        </tbl:table>
429        <%
430      }     
431     
432      // Tables with users/groups/projects that this item is shared to
433      MultiPermissions mp = new MultiPermissions(Collections.singleton(hyb));
434      ItemResultIterator<User> users = mp.getUsers().iterate(dc);
435      ItemResultIterator<Group> groups = mp.getGroups().iterate(dc);
436      ItemResultIterator<Project> projects = mp.getProjects().iterate(dc);
437     
438      if (users.hasNext() || groups.hasNext() || projects.hasNext())
439      {
440        %>
441        <h4 class="docked">Shared to</h4>
442        <tbl:table 
443          id="itemsSharedTo"
444          clazz="itemlist"
445          columns="all"
446        >
447          <tbl:columndef 
448            id="itemType"
449            title="Item type"
450          />
451          <tbl:columndef 
452            id="name"
453            title="Name"
454          />
455          <tbl:columndef 
456            id="permissions"
457            title="Permissions"
458          />
459          <tbl:data>
460            <tbl:columns>
461            </tbl:columns>
462            <tbl:rows>
463            <%
464            while(projects.hasNext())
465            {
466              Project project = projects.next();
467              Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(project).values().iterator().next();
468              %>     
469              <tbl:row>
470                <tbl:cell column="itemType"><%=project.getType()%></tbl:cell>
471                <tbl:cell column="name"><base:icon 
472                  image="deleted.gif" 
473                  tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
474                  visible="<%=project.isRemoved()%>"
475                /><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
476                <tbl:cell column="permissions">
477                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
478                </tbl:cell>
479              </tbl:row>
480              <%
481            }
482            while(groups.hasNext())
483            {
484              Group group = groups.next();
485              Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(group).values().iterator().next();
486              %>
487              <tbl:row>             
488                <tbl:cell column="itemType"><%=group.getType()%></tbl:cell>
489                <tbl:cell column="name"><base:icon 
490                  image="deleted.gif" 
491                  tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
492                  visible="<%=group.isRemoved()%>"
493                /><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
494                <tbl:cell column="permissions">
495                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
496                </tbl:cell>
497              </tbl:row>
498              <% 
499            }
500            while (users.hasNext())
501            {
502              User user = users.next();
503              Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(user).values().iterator().next();
504              %>
505              <tbl:row>             
506                <tbl:cell column="itemType"><%=user.getType()%></tbl:cell>
507                <tbl:cell column="name"><base:icon 
508                  image="deleted.gif" 
509                  tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
510                  visible="<%=user.isRemoved()%>"
511                /><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
512                <tbl:cell column="permissions">
513                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
514                </tbl:cell>
515              </tbl:row>
516              <%
517            }
518            %>
519            </tbl:rows>
520          </tbl:data>
521        </tbl:table>
522        <%
523      }
524      else
525      {
526        %>
527        <h4>Shared to</h4>
528        This hybridization is not shared
529        (or, you don't have permission to view the ones it is shared to).
530        <%
531      }
532      %>
533     
534    </div>
535      </t:tab>
536     
537      <t:tab id="annotations" title="Annotations &amp; parameters" 
538        tooltip="View annotation values and protocol parameters">
539        <div class="boxed">
540        <jsp:include page="../../common/annotations/list_annotations.jsp">
541          <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
542          <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
543          <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
544        </jsp:include>
545        </div>
546      </t:tab>
547      </t:tabcontrol>
548
549  </base:body>
550  </base:page>
551  <%
552}
553finally
554{
555  if (dc != null) dc.close();
556}
557
558%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.