source: trunk/www/views/physicalbioassays/list_bioassays.jsp @ 5952

Last change on this file since 5952 was 5952, checked in by Nicklas Nordborg, 10 years ago

References #1655: GUI improvements

List page in the View menu
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 24.3 KB
Line 
1<%-- $Id: list_bioassays.jsp 5952 2012-02-10 12:27:27Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.PhysicalBioAssay"
31  import="net.sf.basedb.core.Extract"
32  import="net.sf.basedb.core.Tag"
33  import="net.sf.basedb.core.DerivedBioAssay"
34  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
35  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEventSource"
36  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
37  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
38  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
39  import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
40  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
41  import="net.sf.basedb.core.Include"
42  import="net.sf.basedb.core.Type"
43  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
44  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
45  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
46  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
47  import="net.sf.basedb.core.Permission"
48  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
49  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
50  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
51  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
52  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
53  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
54  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
55  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
56  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
57  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
58  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
59  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
60  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
63  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
64  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
65  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
66  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
67  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
68  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
69  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
70  import="net.sf.basedb.util.Values"
71  import="java.util.Iterator"
72  import="java.util.List"
73  import="java.util.Map"
74  import="java.util.Date"
75%>
76<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
77<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
78<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
79<%!
80  private static final Item itemType = Item.PHYSICALBIOASSAY;
81  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
82%>
83<%
84final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
85final String ID = sc.getId();
86final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
87final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
88
89final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
90final String callback = request.getParameter("callback");
91final String title = mode.generateTitle("physical bioassay", "physical bioassays");
92final DbControl dc = sc.newDbControl();
93ItemResultIterator<PhysicalBioAssay> bioAssays = null;
94ItemResultList<AnnotationType> annotationTypes = null;
95try
96{
97  final ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
98  final ItemQuery<ItemSubtype> subtypesQuery = Base.getSubtypesQuery(itemType);
99
100  // Query for extracts relatated to the current bioassay
101  final ItemQuery<Extract> extractQuery = Extract.getQuery();
102  extractQuery.include(cc.getInclude());
103  extractQuery.join(Hql.innerJoin("childCreationEvents", "cce"));
104  extractQuery.join(Hql.innerJoin("cce", "event", "evt"));
105  extractQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("evt", "physicalBioAssay"), Expressions.parameter("bioAssay")));
106  extractQuery.order(Orders.asc(Hql.property("cce", "position")));
107  extractQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
108
109  // Query for derived bioassay sets from to the current bioassay
110  final ItemQuery<DerivedBioAssay> dbasQuery = DerivedBioAssay.getQuery();
111  dbasQuery.include(cc.getInclude());
112  dbasQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("physicalBioAssay"), Expressions.parameter("bioAssay")));
113  dbasQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("parent"), null));
114  dbasQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
115  final boolean createDerivedBioAssayPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.DERIVEDBIOASSAY); 
116 
117  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
118  annotationTypes = annotationTypeQuery.list(dc);
119  try
120  {
121    final ItemQuery<PhysicalBioAssay> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, PhysicalBioAssay.getQuery(), mode);
122    bioAssays = query.iterate(dc);
123  }
124  catch (Throwable t)
125  {
126    cc.setMessage(t.getMessage());
127    t.printStackTrace();
128  }
129  int numListed = 0;
130  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
131  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
132  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
133  %>
134  <base:page title="<%=title==null ? "Physical bioassays" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>">
135  <base:head scripts="menu.js,table.js" styles="menu.css,table.css,toolbar.css">
136    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
137    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
138    <script language="JavaScript">
139    var submitPage = 'index.jsp';
140    var formId = 'bioassays';
141    function newItem()
142    {
143      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', 0, true);
144    }
145    function editItem(itemId)
146    {
147      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, true);
148    }
149    function viewItem(itemId)
150    {
151      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, false);
152    }
153    function itemOnClick(evt, itemId)
154    {
155      Table.itemOnClick(formId, evt, itemId, '<%=mode.getName()%>', viewItem, editItem, returnSelected);
156    }
157    function deleteItems()
158    {
159      var frm = document.forms[formId];
160      if (Forms.numChecked(frm) == 0)
161      {
162        alert('Please select at least one item in the list');
163        return;
164      }
165      frm.action = submitPage;
166      frm.cmd.value = 'DeleteItems';
167      frm.submit();
168    }
169    function restoreItems()
170    {
171      var frm = document.forms[formId];
172      if (Forms.numChecked(frm) == 0)
173      {
174        alert('Please select at least one item in the list');
175        return;
176      }
177      frm.action = submitPage;
178      frm.cmd.value = 'RestoreItems';
179      frm.submit();
180    }
181    function deleteItemPermanently(itemId)
182    {
183      Main.deleteItemPermanently('<%=ID%>', true, '<%=itemType.name()%>', itemId);
184    }
185    function setOwner()
186    {
187      Table.setOwnerOfItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'SetOwnerOfItems');
188    }
189    function shareItem(itemId)
190    {
191      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ShareItem&item_id='+itemId, 'ShareItem', 600, 400);
192    }
193    function shareItems()
194    {
195      Table.shareItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'ShareItems');
196    }
197    function configureColumns()
198    {
199      Table.configureColumns('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
200    }
201    function runPlugin(cmd)
202    {
203      Table.submitToPopup(formId, cmd, 750, 500);
204    }
205    function returnSelected()
206    {
207      Table.returnSelected(formId, <%=callback != null ? "window.opener."+callback : "null" %>);
208      window.close();
209    }
210    function presetOnChange()
211    {
212      Table.presetOnChange('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
213    }
214    function newDerivedBioAssay(bioAssayId)
215    {
216      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', 'DERIVEDBIOASSAY', 0, true, '&physicalbioassay_id='+bioAssayId);
217    }
218    </script>
219  </base:head>
220 
221  <base:body>
222    <h1><%=title==null ? "Physical bioassays" : title%></h1>
223    <div class="content">
224    <tbl:table 
225      id="bioassays" 
226      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
227      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
228      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
229      action="index.jsp"
230      sc="<%=sc%>"
231      item="<%=itemType%>"
232      subclass="fulltable"
233      >
234      <tbl:hidden 
235        name="mode" 
236        value="<%=mode.getName()%>" 
237      />
238      <tbl:hidden 
239        name="callback" 
240        value="<%=callback%>" 
241        skip="<%=callback == null%>" 
242      />
243      <tbl:columndef 
244        id="name"
245        property="name"
246        datatype="string"
247        title="Name"
248        sortable="true" 
249        filterable="true"
250        exportable="true"
251        show="always" 
252      />
253      <tbl:columndef 
254        id="itemSubtype"
255        property="itemSubtype"
256        sortproperty="itemSubtype.name"
257        exportproperty="itemSubtype.name:string"
258        datatype="int"
259        enumeration="<%=Enumeration.fromItems(subtypesQuery.list(dc), "-none-")%>"
260        title="Type"
261        sortable="true" 
262        filterable="true"
263        exportable="true"
264      />
265      <tbl:columndef
266        id="id"
267        clazz="uniquecol"
268        property="id"
269        datatype="int"
270        title="ID"
271        sortable="true"
272        filterable="true"
273        exportable="true"
274      />
275      <tbl:columndef 
276        id="size"
277        property="size"
278        datatype="int"
279        title="Size"
280        sortable="true" 
281        filterable="true"
282        exportable="true"
283      />
284      <tbl:columndef
285        id="extracts"
286        title="Extracts"
287        property="&creationEvent.sources(bioMaterial.name)"
288        datatype="string"
289        filterable="true"
290        exportable="true"
291      />
292      <tbl:columndef 
293        id="arraySlide"
294        property="arraySlide.name"
295        datatype="string"
296        title="Array slide"
297        sortable="true" 
298        filterable="true"
299        exportable="true"
300      />
301      <tbl:columndef
302        id="derivedBioAssays"
303        title="Derived bioassays"
304        property="&rootDerivedBioAssays(name)"
305        datatype="string"
306        filterable="true"
307        exportable="true"
308      />
309      <tbl:columndef 
310        id="protocol"
311        property="creationEvent.protocol.name"
312        datatype="string"
313        title="Protocol"
314        sortable="true" 
315        filterable="true"
316        exportable="true"
317      />
318      <tbl:columndef
319        id="hardware"
320        property="creationEvent.hardware.name"
321        datatype="string"
322        title="Hardware"
323        sortable="true"
324        filterable="true"
325        exportable="true"
326      />
327      <tbl:columndef 
328        id="eventDate"
329        property="creationEvent.eventDate"
330        datatype="date"
331        title="Created"
332        sortable="true" 
333        filterable="true"
334        exportable="true"
335        formatter="<%=dateFormatter%>"
336      />
337      <tbl:columndef 
338        id="entryDate"
339        property="creationEvent.entryDate"
340        datatype="date"
341        title="Registered"
342        sortable="true" 
343        filterable="true"
344        exportable="true"
345        formatter="<%=dateFormatter%>"
346      />
347      <tbl:columndef 
348        id="owner"
349        property="owner.name"
350        datatype="string"
351        title="Owner"
352        sortable="true" 
353        filterable="true"
354        exportable="true"
355      />
356      <tbl:columndef 
357        id="description"
358        property="description"
359        datatype="string"
360        title="Description" 
361        sortable="true" 
362        filterable="true" 
363        exportable="true"
364      />
365      <%
366      for (AnnotationType at : annotationTypes)
367      {
368        Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
369        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
370        if (at.isEnumeration())
371        {
372          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
373          List<?> values = at.getValues();
374          for (Object value : values)
375          {
376            String encoded = formatter.format(value);
377            annotationEnum.add(encoded, encoded);
378          }
379        }
380        %>
381        <tbl:columndef 
382          id="<%="at"+at.getId()%>"
383          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+" [A]"%>" 
384          property="<%="#"+at.getId()%>"
385          annotation="true"
386          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
387          enumeration="<%=annotationEnum%>"
388          smartenum="<%=at.getDisplayAsList() %>"
389          sortable="false" 
390          filterable="true" 
391          exportable="true"
392          formatter="<%=formatter%>"
393          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
394        />
395        <%
396      }
397      %>
398      <tbl:columndef
399        id="permission"
400        title="Permission"
401      />
402      <tbl:columndef
403        id="sharedTo"
404        title="Shared to"
405        filterable="true"
406        filterproperty="!sharedTo.name"
407        datatype="string"
408      />
409      <div class="panelgroup bottomborder">
410        <tbl:toolbar
411          subclass="bottomborder"
412          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
413          >
414          <tbl:button 
415            disabled="<%=!createPermission%>" 
416            image="new.png" 
417            onclick="newItem()" 
418            title="New&hellip;" 
419            tooltip="<%=createPermission ? "Create new physical bioassay" : "You do not have permission to create physical bioassays"%>" 
420          />
421          <tbl:button 
422            image="delete.png"
423            onclick="deleteItems()" 
424            title="Delete" 
425            tooltip="Delete the selected items" 
426          />
427          <tbl:button 
428            image="restore.png"
429            onclick="restoreItems()" 
430            title="Restore" 
431            tooltip="Restore the selected (deleted) items"
432          />
433          <tbl:button 
434            image="share.png"
435            onclick="shareItems()" 
436            title="Share&hellip;" 
437            tooltip="Share the selected items"
438          />
439          <tbl:button 
440            image="take_ownership.png"
441            onclick="setOwner()" 
442            title="Set owner&hellip;"
443            tooltip="Change owner of the selected items"
444          />
445          <tbl:button 
446            image="columns.png" 
447            onclick="configureColumns()" 
448            title="Columns&hellip;" 
449            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
450          />
451          <tbl:button 
452            image="import.png" 
453            onclick="runPlugin('ImportItems')" 
454            title="Import&hellip;" 
455            tooltip="Import data" 
456            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
457          />
458          <tbl:button 
459            image="export.png" 
460            onclick="runPlugin('ExportItems')" 
461            title="Export&hellip;" 
462            tooltip="Export data" 
463            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
464          />
465          <tbl:button 
466            image="runplugin.png" 
467            onclick="runPlugin('RunListPlugin')" 
468            title="Run plugin&hellip;" 
469            tooltip="Run a plugin" 
470            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
471          />
472          <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
473            wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
474        </tbl:toolbar>
475        <tbl:panel>
476          <tbl:presetselector 
477            onchange="presetOnChange()"
478          />
479          <tbl:navigator
480            page="<%=cc.getPage()%>" 
481            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
482            totalrows="<%=bioAssays == null ? 0 : bioAssays.getTotalCount()%>" 
483            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
484          />
485        </tbl:panel>
486      </div>
487      <tbl:data>
488        <tbl:headers>
489          <tbl:headerrow>
490            <tbl:header colspan="3" />
491            <tbl:columnheaders />
492          </tbl:headerrow>
493          <tbl:headerrow>
494            <tbl:header subclass="index" />
495            <tbl:header 
496              subclass="check" 
497              visible="<%=mode.hasCheck()%>"
498              ><base:icon 
499                image="check_uncheck.png" 
500                tooltip="Check/uncheck all" 
501                onclick="Forms.checkUncheck(document.forms[formId])" 
502              /></tbl:header>
503            <tbl:header 
504              subclass="check" 
505              visible="<%=mode.hasRadio()%>"
506              />
507            <tbl:header 
508              subclass="icons" 
509              visible="<%=mode.hasIcons()%>"
510              />
511            <tbl:propertyfilter />
512          </tbl:headerrow>
513        </tbl:headers>
514        <tbl:rows>
515          <%
516          if (cc.getMessage() != null)
517          {
518            %>
519            <tbl:panel clazz="messagepanel">
520              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
521            </tbl:panel>
522            <%
523            cc.setMessage(null);
524          }
525          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
526          int selectedItemId = cc.getId();
527          if (bioAssays != null)
528          {           
529            while (bioAssays.hasNext())
530            {
531              PhysicalBioAssay item = bioAssays.next();
532              BioMaterialEvent creationEvent = item.getCreationEvent();
533              int itemId = item.getId();
534              boolean usePermission = item.hasPermission(Permission.USE);
535              String openSharePopup = "shareItem("+itemId+")";
536              String deletePermanently = "deleteItemPermanently("+itemId+")";
537              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
538              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
539              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
540              String tooltip = mode.isSelectionMode() ? 
541                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
542              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
543              index++;
544              numListed++;
545              %>
546              <tbl:row>
547                <tbl:header 
548                  clazz="index"
549                  ><%=index%></tbl:header>
550                <tbl:header 
551                  clazz="check" 
552                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
553                  ><input 
554                    type="checkbox" 
555                    name="<%=itemId%>" 
556                    value="<%=itemId%>" 
557                    title="<%=name%>" 
558                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
559                  ></tbl:header>
560                <tbl:header 
561                  clazz="check" 
562                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
563                  ><input 
564                    type="radio" 
565                    name="item_id" 
566                    value="<%=itemId%>" 
567                    title="<%=name%>" 
568                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
569                  ></tbl:header>
570                <tbl:header 
571                  clazz="icons" 
572                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
573                  ><base:icon 
574                    image="deleted.png"
575                    onclick="<%=deletePermission ? deletePermanently : null%>"
576                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
577                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
578                  /><base:icon 
579                    image="shared.png" 
580                    onclick="<%=sharePermission ? openSharePopup : null%>"
581                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
582                    visible="<%=item.isShared()%>"
583                  />&nbsp;</tbl:header>
584                <tbl:cell column="name"><div class="link" 
585                  onclick="itemOnClick(<%=writePermission ? "event" : null%>, <%=itemId%>)" 
586                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
587                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
588                <tbl:cell column="itemSubtype"><base:propertyvalue 
589                    item="<%=item%>" 
590                    property="itemSubtype"
591                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
592                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
593                  /></tbl:cell>
594                <tbl:cell column="size"><%=item.getSize()%></tbl:cell>
595                <tbl:cell column="extracts">
596                  <%
597                  extractQuery.setParameter("bioAssay", itemId, Type.INT);
598                  try
599                  {
600                    String separator = "";
601                    boolean needIndex = item.getSize() > 1;
602                    for (Extract extract : extractQuery.list(dc))
603                    {
604                      Tag tag = null;
605                      boolean readTag = true;
606                      try
607                      {
608                        tag = extract.getTag();
609                      }
610                      catch (PermissionDeniedException ex)
611                      {
612                        readTag = false;
613                      }
614                      out.write(separator);
615                      if (needIndex)
616                      {
617                        out.write(creationEvent.getEventSource(extract).getPosition() + ": ");
618                      }
619                      if (mode.hasPropertyLink())
620                      {
621                        out.write(Base.getLinkedName(ID, extract, false, mode.hasEditLink()));
622                        out.write(" (" + Base.getLinkedName(ID, tag, !readTag, mode.hasEditLink()) + ")");
623                      }
624                      else
625                      {
626                        out.write(HTML.encodeTags(extract.getName()));
627                        out.write(" (" + Base.getEncodedName(tag, !readTag) + ")");
628                      }
629                      separator = ", ";
630                    }
631                  }
632                  catch (Throwable t)
633                  {
634                    %>
635                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
636                    <%
637                  }
638                  %>             
639                </tbl:cell>
640                <tbl:cell column="arraySlide"
641                  ><base:propertyvalue 
642                    item="<%=item%>" 
643                    property="arraySlide"
644                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
645                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
646                  /></tbl:cell>
647                <tbl:cell column="derivedBioAssays">
648                  <%
649                  dbasQuery.setParameter("bioAssay", itemId, Type.INT);
650                  try
651                  {
652                    String separator = "";
653                    for (DerivedBioAssay dbas : dbasQuery.list(dc))
654                    {
655                      out.write(separator);
656                      if (mode.hasPropertyLink())
657                      {
658                        out.write(Base.getLinkedName(ID, dbas, false, mode.hasEditLink()));
659                      }
660                      else
661                      {
662                        out.write(HTML.encodeTags(dbas.getName()));
663                      }
664                      separator = ", ";
665                    }
666                  }
667                  catch (Throwable t)
668                  {
669                    %>
670                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
671                    <%
672                  }
673                  %>
674                  <base:icon
675                    image="add.png" 
676                    onclick="<%="newDerivedBioAssay("+itemId+")"%>" 
677                    tooltip="Create new derived bioassay" 
678                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createDerivedBioAssayPermission && usePermission %>"
679                  />
680                </tbl:cell>
681                <tbl:cell column="protocol"
682                  ><base:propertyvalue 
683                    item="<%=creationEvent%>" 
684                    property="protocol"
685                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
686                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
687                  /></tbl:cell>
688                <tbl:cell column="hardware"
689                  ><base:propertyvalue 
690                    item="<%=creationEvent%>"
691                    property="hardware"
692                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
693                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
694                  /></tbl:cell>
695                <tbl:cell column="eventDate" value="<%=creationEvent.getEventDate()%>" />
696                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=creationEvent.getEntryDate()%>" />
697                <tbl:cell column="owner"
698                  ><base:propertyvalue 
699                    item="<%=item%>" 
700                    property="owner"
701                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
702                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
703                  /></tbl:cell>
704                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
705                <%
706                AnnotationSet as = item.isAnnotated() ? item.getAnnotationSet() : null;
707                if (as != null)
708                {
709                  for (AnnotationType at : annotationTypes)
710                  {
711                    if (as.hasAnnotation(at))
712                    {
713                      Annotation a = as.getAnnotation(at);
714                      String suffix = a.getUnitSymbol(null);
715                      if (suffix != null) suffix = "&nbsp;" + suffix;
716                      %>
717                      <tbl:cell 
718                        column="<%="at"+at.getId()%>"
719                        ><tbl:cellvalue 
720                          list="<%=a.getValues(null)%>"
721                          suffix="<%=suffix%>"
722                      /></tbl:cell>
723                      <%
724                    }
725                  }
726                }
727                %>
728                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
729                <tbl:cell column="sharedTo">
730                  <%
731                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
732                  while(sharees.hasNext())
733                  {
734                    Nameable n = sharees.next();
735                    if (mode.hasPropertyLink())
736                    {
737                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
738                    }
739                    else
740                    {
741                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
742                    }
743                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
744                  }
745                  %>
746                </tbl:cell>
747              </tbl:row>
748              <%
749              }
750            }
751          if (numListed == 0)
752          {
753            %>
754            <tbl:panel clazz="messagepanel">
755              <div class="messagecontainer note">
756              <%=bioAssays == null || bioAssays.getTotalCount() == 0 ? "No physical bioassays were found" : "No physical bioassays on this page. Please select another page!" %>
757              </div>
758            </tbl:panel>
759            <%
760          }
761          %>
762        </tbl:rows>
763      </tbl:data>
764    </tbl:table>
765    </div>
766   
767    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
768      <base:button onclick="returnSelected();" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
769      <base:button onclick="window.close();" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
770      <base:button onclick="window.close();" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
771    </base:buttongroup>
772   
773  </base:body>
774  </base:page>
775  <%
776}
777finally
778{
779  if (bioAssays != null) bioAssays.close();
780  if (dc != null) dc.close();
781}
782%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.