source: trunk/www/views/physicalbioassays/list_bioassays.jsp @ 7773

Last change on this file since 7773 was 7773, checked in by Nicklas Nordborg, 3 years ago

References #2202: Include information from parent items in list pages

Implemented a simple dialog for selecting parent item columns. It currently allows selecting to display the name of a parent item or any annotation that is attached to it. It can probably be improved a bit more.
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 27.0 KB
Line 
1<%-- $Id: list_bioassays.jsp 7773 2020-02-17 10:10:58Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.PhysicalBioAssay"
31  import="net.sf.basedb.core.Extract"
32  import="net.sf.basedb.core.Tag"
33  import="net.sf.basedb.core.DerivedBioAssay"
34  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
35  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEventSource"
36  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
37  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
38  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
39  import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
40  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
41  import="net.sf.basedb.core.Include"
42  import="net.sf.basedb.core.Type"
43  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
44  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
45  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
46  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
47  import="net.sf.basedb.core.Permission"
48  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
49  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
50  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
51  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
52  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
53  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
54  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
55  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
56  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
57  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationLoaderUtil"
58  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationTypeFilter"
59  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSnapshot"
60  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSetSnapshot"
61  import="net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager"
62  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
63  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
64  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
65  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
66  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
67  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
68  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
69  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
70  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
71  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
72  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
73  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ButtonAction" 
74  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
75  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnAction"
76  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
77  import="net.sf.basedb.clients.web.util.ProjectSpecificInfoFilter"
78  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
79  import="net.sf.basedb.util.Values"
80  import="java.util.Iterator"
81  import="java.util.List"
82  import="java.util.Map"
83  import="java.util.Date"
84  import="java.util.ArrayList"
85%>
86<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
87<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
88<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
89<%!
90  private static final Item itemType = Item.PHYSICALBIOASSAY;
91  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
92%>
93<%
94final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
95final String ID = sc.getId();
96final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
97final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
98
99final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
100final String callback = request.getParameter("callback");
101final String title = mode.generateTitle("physical bioassay", "physical bioassays");
102final DbControl dc = sc.newDbControl();
103ItemResultIterator<PhysicalBioAssay> bioAssays = null;
104List<AnnotationLoaderUtil> annotationLoaders = new ArrayList<AnnotationLoaderUtil>();
105try
106{
107  ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
108  SnapshotManager manager = new SnapshotManager();
109  ProjectSpecificInfoFilter psInfo = new ProjectSpecificInfoFilter();
110  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
111  {
112    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at));
113  }
114  annotationTypeQuery = Base.getInheritedAnnotationColumns(cc.getSetting("columns"));
115  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
116  {
117    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at, false, true));
118  }
119  final ItemQuery<ItemSubtype> subtypesQuery = Base.getSubtypesQuery(itemType);
120
121  // Query for extracts relatated to the current bioassay
122  final ItemQuery<Extract> extractQuery = Extract.getQuery();
123  extractQuery.include(cc.getInclude());
124  extractQuery.join(Hql.innerJoin("childCreationEvents", "cce"));
125  extractQuery.join(Hql.innerJoin("cce", "event", "evt"));
126  extractQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("evt", "physicalBioAssay"), Expressions.parameter("bioAssay")));
127  extractQuery.order(Orders.asc(Hql.property("cce", "position")));
128  extractQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
129
130  // Query for derived bioassay sets from to the current bioassay
131  final ItemQuery<DerivedBioAssay> dbasQuery = DerivedBioAssay.getQuery();
132  dbasQuery.include(cc.getInclude());
133  dbasQuery.join(Hql.innerJoin("physicalBioAssays", "pba"));
134  dbasQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("pba"), Expressions.parameter("bioAssay")));
135  dbasQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("root"), Expressions.bool(true)));
136  dbasQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
137  final boolean createDerivedBioAssayPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.DERIVEDBIOASSAY); 
138 
139  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
140  try
141  {
142    final ItemQuery<PhysicalBioAssay> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, PhysicalBioAssay.getQuery(), mode);
143    bioAssays = query.iterate(dc);
144  }
145  catch (Throwable t)
146  {
147    cc.setMessage(t.getMessage());
148    t.printStackTrace();
149  }
150  int numListed = 0;
151  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
152  Formatter<Number> numericFormatter = FormatterFactory.getNumberFormatter(sc);
153  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
154  ExtensionsInvoker<ButtonAction> invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
155  ExtensionsInvoker<ListColumnAction<PhysicalBioAssay,?>> columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
156  %>
157  <base:page title="<%=title==null ? "Physical bioassays" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
158  <base:head scripts="table.js,~bioassays.js" styles="table.css,toolbar.css">
159    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
160    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
161  </base:head>
162 
163  <base:body>
164    <h1><%=title==null ? "Physical bioassays" : title%></h1>
165    <div class="content">
166    <tbl:table 
167      id="bioassays" 
168      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
169      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
170      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
171      action="index.jsp"
172      sc="<%=sc%>"
173      item="<%=itemType%>"
174      filterrows="<%=cc.getFilterRows()%>"
175      subclass="fulltable"
176      data-inherited-annotations="true"
177      data-parent-columns="true"
178      >
179      <tbl:hidden 
180        name="mode" 
181        value="<%=mode.getName()%>" 
182      />
183      <tbl:hidden 
184        name="callback" 
185        value="<%=callback%>" 
186        skip="<%=callback == null%>" 
187      />
188      <tbl:columndef 
189        id="name"
190        property="name"
191        datatype="string"
192        title="Name"
193        sortable="true" 
194        filterable="true"
195        exportable="true"
196        show="always" 
197      />
198      <tbl:columndef 
199        id="itemSubtype"
200        property="itemSubtype"
201        sortproperty="itemSubtype.name"
202        exportproperty="itemSubtype.name:string"
203        datatype="int"
204        enumeration="<%=Enumeration.fromItems(subtypesQuery.list(dc), "-none-")%>"
205        title="Type"
206        sortable="true" 
207        filterable="true"
208        exportable="true"
209      />
210      <tbl:columndef
211        id="id"
212        clazz="uniquecol"
213        property="id"
214        datatype="int"
215        title="ID"
216        sortable="true"
217        filterable="true"
218        exportable="true"
219      />
220      <tbl:columndef 
221        id="size"
222        property="size"
223        datatype="int"
224        title="Size"
225        sortable="true" 
226        filterable="true"
227        exportable="true"
228      />
229      <tbl:columndef
230        id="extracts"
231        title="Extracts"
232        property="&creationEvent.sources(bioMaterial.name)"
233        datatype="string"
234        filterable="true"
235        exportable="true"
236      />
237      <tbl:columndef 
238        id="arraySlide"
239        property="arraySlide.name"
240        datatype="string"
241        title="Array slide"
242        sortable="true" 
243        filterable="true"
244        exportable="true"
245      />
246      <tbl:columndef
247        id="derivedBioAssays"
248        title="Derived bioassays"
249        property="&rootDerivedBioAssays(%name)"
250        datatype="string"
251        filterable="true"
252        exportable="true"
253      />
254      <tbl:columndef 
255        id="protocol"
256        property="creationEvent.protocol.name"
257        datatype="string"
258        title="Protocol"
259        sortable="true" 
260        filterable="true"
261        exportable="true"
262      />
263      <tbl:columndef
264        id="hardware"
265        property="creationEvent.hardware.name"
266        datatype="string"
267        title="Hardware"
268        sortable="true"
269        filterable="true"
270        exportable="true"
271      />
272      <tbl:columndef 
273        id="kit"
274        property="creationEvent.kit.name"
275        datatype="string"
276        title="Kit"
277        sortable="true" 
278        filterable="true"
279        exportable="true"
280      />
281      <tbl:columndef 
282        id="eventDate"
283        property="creationEvent.eventDate"
284        datatype="date"
285        title="Created"
286        sortable="true" 
287        filterable="true"
288        exportable="true"
289        formatter="<%=dateFormatter%>"
290      />
291      <tbl:columndef 
292        id="entryDate"
293        property="creationEvent.entryDate"
294        datatype="date"
295        title="Registered"
296        sortable="true" 
297        filterable="true"
298        exportable="true"
299        formatter="<%=dateFormatter%>"
300      />
301      <tbl:columndef 
302        id="owner"
303        property="owner.name"
304        datatype="string"
305        title="Owner"
306        sortable="true" 
307        filterable="true"
308        exportable="true"
309      />
310      <tbl:columndef 
311        id="description"
312        property="description"
313        datatype="string"
314        title="Description" 
315        sortable="true" 
316        filterable="true" 
317        exportable="true"
318      />
319      <tbl:columndef
320        id="itemList"
321        property="§itemLists"
322        datatype="int"
323        title="Item list"
324        filterable="true"
325        enumeration="<%=Base.getItemListsEnum(dc, itemType, cc.getInclude())%>"
326        multiple="false"
327      />
328      <%
329      for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
330      {
331        AnnotationType at = loader.getAnnotationType();
332        Formatter<Object> formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
333        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
334        if (at.isEnumeration())
335        {
336          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
337          if (!at.getDisplayAsList()) annotationEnum.add("", "-none-");
338          List<?> values = at.getValues();
339          for (Object value : values)
340          {
341            String encoded = formatter.format(value);
342            annotationEnum.add(encoded, encoded);
343          }
344        }
345        %>
346        <tbl:columndef 
347          id="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "ia" : "at")+at.getId()%>"
348          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? " [I]" : " [A]")%>" 
349          property="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "##" : "#")+at.getId()%>"
350          annotation="true"
351          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
352          enumeration="<%=annotationEnum%>"
353          smartenum="<%=at.getDisplayAsList() %>"
354          sortable="<%=at.getMultiplicity() == 1 && !loader.isSearchingInheritedAnnotations()%>" 
355          filterable="true" 
356          exportable="true"
357          formatter="<%=formatter%>"
358          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
359        />
360        <%
361      }
362      %>
363      <tbl:columndef
364        id="permission"
365        title="Permission"
366      />
367      <tbl:columndef
368        id="sharedTo"
369        title="Shared to"
370        filterable="true"
371        filterproperty="!sharedTo.name"
372        datatype="string"
373      />
374      <tbl:columndef 
375        id="xt-columns" 
376        extensions="<%=columnsInvoker%>" 
377        jspcontext="<%=jspContext%>" 
378      />
379      <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
380        <tbl:toolbar
381          subclass="bottomborder"
382          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
383          >
384          <tbl:button 
385            id="btnNewItem"
386            disabled="<%=!createPermission%>" 
387            image="new.png" 
388            title="New&hellip;" 
389            tooltip="<%=createPermission ? "Create new physical bioassay" : "You do not have permission to create physical bioassays"%>" 
390          />
391          <tbl:button
392            id="btnNewMergedDerivedBioAssay"
393            disabled="<%=!createDerivedBioAssayPermission %>"
394            image="add.png"
395            title="New derived bioassay&hellip;"
396            tooltip="<%=createDerivedBioAssayPermission ? "Create new derived bioassay from the selected physical bioassays" : "You do not have permission to create derived bioassays"%>"
397          />
398          <tbl:button 
399            id="btnDeleteItems"
400            image="delete.png"
401            title="Delete" 
402            tooltip="Delete the selected items" 
403          />
404          <tbl:button 
405            id="btnRestoreItems"
406            image="restore.png"
407            title="Restore" 
408            tooltip="Restore the selected (deleted) items"
409          />
410          <tbl:button 
411            id="btnShareItems"
412            image="share.png"
413            title="Share&hellip;" 
414            tooltip="Share the selected items"
415          />
416          <tbl:button 
417            id="btnSetOwner"
418            image="take_ownership.png"
419            title="Set owner&hellip;"
420            tooltip="Change owner of the selected items"
421          />
422          <tbl:button 
423            id="btnColumns"
424            image="columns.png" 
425            title="Columns&hellip;" 
426            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
427          />
428          <tbl:button
429            id="btnNewItemList"
430            image="add.png"
431            title="New item list&hellip;"
432            tooltip="Create a new item list from matching bioassays"
433            visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.ITEMLIST)%>"
434          />
435          <tbl:button
436            id="btnInheritAnnotations"
437            image="inherit.png"
438            title="Inherit annotations&hellip;"
439            tooltip="Batch inherit annotations from parent items"
440          />
441          <tbl:button 
442            id="btnImport"
443            data-plugin-type="IMPORT"
444            image="import.png" 
445            title="Import&hellip;" 
446            tooltip="Import data" 
447            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
448          />
449          <tbl:button 
450            id="btnExport"
451            data-plugin-type="EXPORT"
452            image="export.png" 
453            title="Export&hellip;" 
454            tooltip="Export data" 
455            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
456          />
457          <tbl:button 
458            id="btnRunPlugin"
459            data-plugin-type="OTHER"
460            image="runplugin.png" 
461            title="Run plugin&hellip;" 
462            tooltip="Run a plugin" 
463            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
464          />
465          <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
466            wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer<ButtonAction>(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
467        </tbl:toolbar>
468        <tbl:panel>
469          <tbl:presetselector />
470          <tbl:navigator
471            page="<%=cc.getPage()%>" 
472            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
473            totalrows="<%=bioAssays == null ? 0 : bioAssays.getTotalCount()%>" 
474            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
475          />
476        </tbl:panel>
477      </div>
478      <tbl:data>
479        <tbl:headers>
480          <tbl:headerrow>
481            <tbl:header colspan="3" />
482            <tbl:columnheaders />
483          </tbl:headerrow>
484          <%
485          int numFilters = cc.getNumPropertyFilters();
486          int numRows = cc.getFilterRows();
487          for (int filterNo = 0; filterNo < numRows; filterNo++)
488          {
489            boolean lastRow = filterNo == numRows-1;
490            %>
491            <tbl:headerrow>
492              <tbl:header subclass="index" />
493              <tbl:header 
494                subclass="check" 
495                visible="<%=mode.hasCheck()%>"
496                ><base:icon 
497                  subclass="link table-check"
498                  image="check_uncheck.png" 
499                  tooltip="Toggle all (use CTRL, ALT or SHIFT to check/uncheck)" 
500                  visible="<%=lastRow%>"
501                /></tbl:header>
502              <tbl:header 
503                subclass="check" 
504                visible="<%=mode.hasRadio()%>"
505                />
506              <tbl:header 
507                subclass="icons" 
508                visible="<%=mode.hasIcons()%>"
509                >
510                <base:icon
511                  subclass="link table-filter-row-action"
512                  image="add.png"
513                  tooltip="Add extra filter row"
514                  visible="<%=lastRow%>"
515                /><base:icon
516                  subclass="link table-filter-row-action"
517                  image="remove.png"
518                  tooltip="Remove this filter row"
519                  visible="<%=numRows > 1 || numFilters > 0 %>"
520                  data-remove-row="<%=filterNo%>"
521                />
522              </tbl:header>
523              <tbl:propertyfilter row="<%=filterNo%>" />
524            </tbl:headerrow>
525            <%
526          }
527          %>
528        </tbl:headers>
529        <tbl:rows>
530          <%
531          if (cc.getMessage() != null)
532          {
533            %>
534            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
535              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
536            </tbl:panel>
537            <%
538            cc.setMessage(null);
539          }
540          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
541          int selectedItemId = cc.getId();
542          if (bioAssays != null)
543          {           
544            while (bioAssays.hasNext())
545            {
546              PhysicalBioAssay item = bioAssays.next();
547              BioMaterialEvent creationEvent = item.getCreationEvent();
548              int itemId = item.getId();
549              boolean usePermission = item.hasPermission(Permission.USE);
550              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
551              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
552              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
553              String tooltip = mode.isSelectionMode() ? 
554                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
555              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
556              index++;
557              numListed++;
558              %>
559              <tbl:row>
560                <tbl:header 
561                  clazz="index"
562                  ><%=index%></tbl:header>
563                <tbl:header 
564                  clazz="check" 
565                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
566                  ><input 
567                    type="checkbox" 
568                    name="<%=itemId%>" 
569                    value="<%=itemId%>" 
570                    title="<%=name%>" 
571                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
572                  ></tbl:header>
573                <tbl:header 
574                  clazz="check" 
575                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
576                  ><input 
577                    type="radio" 
578                    name="item_id" 
579                    value="<%=itemId%>" 
580                    title="<%=name%>" 
581                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
582                  ></tbl:header>
583                <tbl:header 
584                  clazz="icons" 
585                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
586                  ><base:icon 
587                    image="deleted.png"
588                    id="<%="delete."+itemId %>"
589                    subclass="<%=deletePermission ? "table-delete-item" : "disabled" %>"
590                    data-item-id="<%=itemId%>"
591                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
592                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
593                  /><base:icon 
594                    image="shared.png" 
595                    id="<%="share."+itemId %>"
596                    subclass="<%=sharePermission ? "table-share-item" : "disabled" %>"
597                    data-item-id="<%=itemId%>"
598                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
599                    visible="<%=item.isShared()%>"
600                  />&nbsp;</tbl:header>
601                <tbl:cell column="name"><div
602                  class="link table-item"
603                  data-item-id="<%=itemId%>"
604                  data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>" 
605                  tabindex="0"
606                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
607                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
608                <tbl:cell column="itemSubtype"><base:propertyvalue 
609                    item="<%=item%>" 
610                    property="itemSubtype"
611                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
612                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
613                  /></tbl:cell>
614                <tbl:cell column="size"><%=item.getSize()%></tbl:cell>
615                <tbl:cell column="extracts">
616                  <%
617                  extractQuery.setParameter("bioAssay", itemId, Type.INT);
618                  try
619                  {
620                    String separator = "";
621                    boolean needIndex = item.getSize() > 1;
622                    for (Extract extract : extractQuery.list(dc))
623                    {
624                      Float usedQuantity = creationEvent.getUsedQuantity(extract);
625                      Tag tag = null;
626                      boolean readTag = true;
627                      try
628                      {
629                        tag = extract.getTag();
630                      }
631                      catch (PermissionDeniedException ex)
632                      {
633                        readTag = false;
634                      }
635                      out.write(separator);
636                      if (needIndex)
637                      {
638                        out.write(creationEvent.getEventSource(extract).getPosition() + ": ");
639                      }
640                      if (mode.hasPropertyLink())
641                      {
642                        out.write(Base.getLinkedName(ID, extract, false, mode.hasEditLink()));
643                      }
644                      else
645                      {
646                        out.write(HTML.encodeTags(extract.getName()));
647                      }
648                      if (tag != null || usedQuantity != null)
649                      {
650                        out.write(" (");
651                        if (usedQuantity != null)
652                        {
653                          out.write(numericFormatter.format(usedQuantity) + "µg");
654                          if (tag != null) out.write("; ");
655                        }
656                        if (tag != null)
657                        {
658                          if (mode.hasPropertyLink())
659                          {
660                            out.write(Base.getLinkedName(ID, tag, !readTag, mode.hasEditLink()));
661                          }
662                          else
663                          {
664                            out.write(" (" + Base.getEncodedName(tag, !readTag));
665                          }
666                        }
667                        out.write(")");
668                      }
669                      separator = ", ";
670                    }
671                  }
672                  catch (Throwable t)
673                  {
674                    %>
675                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
676                    <%
677                  }
678                  %>             
679                </tbl:cell>
680                <tbl:cell column="arraySlide"
681                  ><base:propertyvalue 
682                    item="<%=item%>" 
683                    property="arraySlide"
684                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
685                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
686                  /></tbl:cell>
687                <tbl:cell column="derivedBioAssays">
688                  <%
689                  dbasQuery.setParameter("bioAssay", itemId, Type.INT);
690                  try
691                  {
692                    String separator = "";
693                    for (DerivedBioAssay dbas : dbasQuery.list(dc))
694                    {
695                      out.write(separator);
696                      if (mode.hasPropertyLink())
697                      {
698                        out.write(Base.getLinkedName(ID, dbas, false, mode.hasEditLink()));
699                      }
700                      else
701                      {
702                        out.write(HTML.encodeTags(dbas.getName()));
703                      }
704                      separator = ", ";
705                    }
706                  }
707                  catch (Throwable t)
708                  {
709                    %>
710                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
711                    <%
712                  }
713                  %>
714                  <base:icon
715                    subclass="link auto-init"
716                    data-auto-init="new-derived-bioassay"
717                    data-item-id="<%=itemId %>"
718                    image="add.png" 
719                    tooltip="Create new derived bioassay" 
720                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createDerivedBioAssayPermission && usePermission %>"
721                  />
722                </tbl:cell>
723                <tbl:cell column="protocol"
724                  ><base:propertyvalue 
725                    item="<%=creationEvent%>" 
726                    property="protocol"
727                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
728                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
729                  /></tbl:cell>
730                <tbl:cell column="hardware"
731                  ><base:propertyvalue 
732                    item="<%=creationEvent%>"
733                    property="hardware"
734                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
735                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
736                  /></tbl:cell>
737                <tbl:cell column="kit"
738                  ><base:propertyvalue 
739                    item="<%=creationEvent%>" 
740                    property="kit"
741                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
742                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
743                  /></tbl:cell>
744                <tbl:cell column="eventDate" value="<%=creationEvent.getEventDate()%>" />
745                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=creationEvent.getEntryDate()%>" />
746                <tbl:cell column="owner"
747                  ><base:propertyvalue 
748                    item="<%=item%>" 
749                    property="owner"
750                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
751                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
752                  /></tbl:cell>
753                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
754                <%
755                if (item.isAnnotated())
756                {
757                  AnnotationSetSnapshot snapshot = manager.getSnapshot(dc, item.getAnnotationSet().getId());
758                  for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
759                  {
760                    %>
761                    <tbl:cell 
762                      column="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "ia" : "at")+loader.getId()%>"
763                      ><%
764                      if (loader.find(snapshot, psInfo.reset())) 
765                      {
766                        %><tbl:cellvalue 
767                          list="<%=loader.getValues()%>"
768                          suffix="<%=loader.getUnitSymbol()%>"
769                          clazz="<%=psInfo.overridesDefaultAnnotation() ? "ps-annotation" : null%>"
770                        /><%
771                      }
772                      %></tbl:cell>
773                    <%
774                  }
775                }
776                %>
777                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
778                <tbl:cell column="sharedTo">
779                  <%
780                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
781                  while(sharees.hasNext())
782                  {
783                    Nameable n = sharees.next();
784                    if (mode.hasPropertyLink())
785                    {
786                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
787                    }
788                    else
789                    {
790                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
791                    }
792                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
793                  }
794                  %>
795                </tbl:cell>
796                <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
797                  <tbl:cell column="xt-columns" />
798                </tbl:xt-cells>
799              </tbl:row>
800              <%
801              }
802            }
803          if (numListed == 0)
804          {
805            %>
806            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
807              <div class="messagecontainer note">
808              <%=bioAssays == null || bioAssays.getTotalCount() == 0 ? "No physical bioassays were found" : "No physical bioassays on this page. Please select another page!" %>
809              </div>
810            </tbl:panel>
811            <%
812          }
813          %>
814        </tbl:rows>
815      </tbl:data>
816    </tbl:table>
817    </div>
818   
819    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
820      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
821      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
822      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
823    </base:buttongroup>
824   
825  </base:body>
826  </base:page>
827  <%
828}
829finally
830{
831  if (bioAssays != null) bioAssays.close();
832  if (dc != null) dc.close();
833}
834%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.