source: trunk/www/views/physicalbioassays/view_bioassay.jsp @ 5937

Last change on this file since 5937 was 5937, checked in by Nicklas Nordborg, 10 years ago

References #1655: GUI improvements

  • Fixes rest of view pages in biomaterials menu.
  • Use SVG filter to make disabled button images grayscale.
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 17.8 KB
Line 
1<%-- $Id: view_bioassay.jsp 5937 2012-01-27 11:00:26Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.SystemItems"
30  import="net.sf.basedb.core.Item"
31  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
32  import="net.sf.basedb.core.Permission"
33  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
34  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
35  import="net.sf.basedb.core.PhysicalBioAssay"
36  import="net.sf.basedb.core.ArraySlide"
37  import="net.sf.basedb.core.BioMaterial"
38  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
39  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEventSource"
40  import="net.sf.basedb.core.Protocol"
41  import="net.sf.basedb.core.DerivedBioAssay"
42  import="net.sf.basedb.core.Group"
43  import="net.sf.basedb.core.Hardware"
44  import="net.sf.basedb.core.User"
45  import="net.sf.basedb.core.Extract"
46  import="net.sf.basedb.core.Tag"
47  import="net.sf.basedb.core.MultiPermissions"
48  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
49  import="net.sf.basedb.core.SpecialQuery"
50  import="net.sf.basedb.core.Include"
51  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
52  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
53  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
54  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
55  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
56  import="net.sf.basedb.core.Project"
57  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
58  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
59  import="net.sf.basedb.core.query.ResultList"
60  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.ChangeHistoryUtil"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
63  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
64  import="net.sf.basedb.util.Values"
65  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
66  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
67  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
68  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
69  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
70  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
71  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
72  import="java.util.Collections"
73  import="java.util.Date"
74  import="java.util.Map"
75  import="java.util.Set"
76  import="java.util.List"
77%>
78<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
79<%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
80<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
81<%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
82<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
83<%!
84  private static final Item itemType = Item.PHYSICALBIOASSAY;
85  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.ITEM);
86%>
87<%
88final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
89final String ID = sc.getId();
90final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
91final int itemId = cc.getId();
92final String tab = Values.getString(request.getParameter("tab"), "properties");
93final float scale = Base.getScale(sc);
94final DbControl dc = sc.newDbControl();
95try
96{
97  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
98  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
99
100  String title = null;
101  PhysicalBioAssay pba = PhysicalBioAssay.getById(dc, itemId);
102  BioMaterialEvent creationEvent = pba.getCreationEvent();
103 
104  final boolean usePermission = pba.hasPermission(Permission.USE);
105  final boolean writePermission = pba.hasPermission(Permission.WRITE);
106  final boolean deletePermission = pba.hasPermission(Permission.DELETE);
107  final boolean sharePermission = pba.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
108  final boolean setOwnerPermission = pba.hasPermission(Permission.SET_OWNER);
109  final boolean isRemoved = pba.isRemoved();
110  final boolean isUsed = isRemoved && pba.isUsed();
111  final boolean deletePermanentlyPermission = deletePermission && !isUsed;
112  final boolean isOwner = pba.isOwner();
113  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, pba);
114  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
115  %>
116  <base:page title="<%=title%>">
117  <base:head scripts="table.js,tabcontrol.js" styles="toolbar.css,table.css,headertabcontrol.css,path.css">
118    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
119    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
120    <script language="JavaScript">
121    function editItem()
122    {
123      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>, true);
124    }
125    function shareItem()
126    {
127      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ShareItem&item_id=<%=itemId%>', 'SharePhysicalBioAssay', 600, 400);
128    }
129    function deleteItem()
130    {
131      location.replace('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=DeleteItem&item_id=<%=itemId%>');
132    }
133    function restoreItem()
134    {
135      location.replace('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=RestoreItem&item_id=<%=itemId%>');
136    }
137    function deleteItemPermanently()
138    {
139      Main.deleteItemPermanently('<%=ID%>', true, '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>, '&callback=itemDeleted');
140    }
141    function itemDeleted()
142    {
143      Main.listItems('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>');
144    }
145    function showUsingItems()
146    {
147      Main.showUsingItems('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>);
148    }
149    function setOwner()
150    {
151      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=SetOwnerOfItem&item_id=<%=itemId%>', 'SetOwnerOfItem', 450, 300);
152    }
153    function runPlugin(cmd)
154    {
155      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd='+cmd+'&item_id=<%=itemId%>', 'RunPlugin'+cmd, 750, 500);
156    }
157    function switchTab(tabControlId, tabId)
158    {
159      if (TabControl.isActive(tabControlId, tabId)) return;
160      if ((tabId == 'overview' || tabId == 'history') && tabId != '<%=tab%>')
161      {
162        location.href = 'index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ViewItem&item_id=<%=itemId%>&tab='+tabId;
163      }
164      else
165      {
166        TabControl.setActiveTab(tabControlId, tabId);
167      }
168    }
169    function newDerivedBioAssay()
170    {
171      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', 'DERIVEDBIOASSAY', 0, true, '&physicalbioassay_id=<%=itemId%>');
172    }
173    </script>
174  </base:head>
175  <base:body>
176    <p>
177    <p:path>
178      <p:pathelement title="Physical bioassays" href="<%="index.jsp?ID="+ID%>" />
179      <p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(pba.getName())%>" />
180    </p:path>
181    <t:tabcontrol id="main" active="<%=tab%>" switch="switchTab" remember="false">
182    <t:tab id="properties" title="Properties">
183   
184    <tbl:toolbar
185      >
186      <tbl:button 
187        disabled="<%=writePermission ? false : true%>" 
188        image="edit.gif" 
189        onclick="editItem()" 
190        title="Edit&hellip;" 
191        tooltip="<%=writePermission ? "Edit this physical bioassay" : "You do not have permission to edit this physical bioassay"%>" 
192      />
193      <tbl:button 
194        disabled="<%=deletePermission ? false : true%>" 
195        image="delete.gif" 
196        onclick="deleteItem()" 
197        title="Delete"
198        visible="<%=!pba.isRemoved()%>"
199        tooltip="<%=deletePermission ? "Delete this physical bioassay" : "You do not have permission to delete this physical bioassay"%>" 
200      />
201      <tbl:button 
202        disabled="<%=writePermission ? false : true%>" 
203        image="restore.gif" 
204        onclick="restoreItem()" 
205        title="Restore"
206        visible="<%=pba.isRemoved()%>"
207        tooltip="<%=writePermission ? "Restore this physical bioassay" : "You do not have permission to restore this physical bioassay"%>" 
208      />
209      <tbl:button 
210        disabled="<%=sharePermission ? false : true%>"
211        image="share.gif"
212        onclick="shareItem()" 
213        title="Share&hellip;" 
214        tooltip="<%=sharePermission ? "Share this physical bioassay to other user, groups and projects" : "You do not have permission to share this physical bioassay"%>"
215      />
216      <tbl:button 
217        disabled="<%=setOwnerPermission ? false : true%>"
218        image="take_ownership.png"
219        onclick="setOwner()" 
220        title="Set owner&hellip;"
221        tooltip="<%=setOwnerPermission ? "Change owner of this item" : "You do not have permission to change ownership of this item"%>"
222      />
223      <tbl:button
224        image="add.png"
225        onclick="newDerivedBioAssay()"
226        title="New derived bioassay&hellip;"
227        tooltip="Create a derived bioassay from this bioassay"
228        visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.DERIVEDBIOASSAY) && usePermission%>"
229      />
230      <tbl:button 
231        image="import.gif" 
232        onclick="runPlugin('ImportItem')" 
233        title="Import&hellip;" 
234        tooltip="Import data" 
235        visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
236      />
237      <tbl:button 
238        image="export.gif" 
239        onclick="runPlugin('ExportItem')" 
240        title="Export&hellip;" 
241        tooltip="Export data" 
242        visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
243      />
244      <tbl:button 
245        image="runplugin.gif" 
246        onclick="runPlugin('RunPlugin')" 
247        title="Run plugin&hellip;" 
248        tooltip="Run a plugin" 
249        visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
250      />
251      <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
252        wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
253      <tbl:button
254        image="help.png"
255        onclick="<%="Main.openHelp('" + ID +"', 'physicalbioassay.view.properties')"%>"
256        title="Help&hellip;"
257        tooltip="Get help about this page"
258      />
259      </tbl:toolbar>
260    <div class="boxedbottom">
261      <div class="itemstatus">Permissions on this item: <i><%=PermissionUtil.getFullPermissionNames(pba)%></i></div>
262      <%
263      if (pba.isRemoved() || pba.isShared())
264      {
265        %>
266        <div class="itemstatus">
267          <base:icon 
268            image="<%=deletePermanentlyPermission ? "deleted.gif" : "deleted_disabled.gif"%>"
269            onclick="<%=deletePermanentlyPermission ? "deleteItemPermanently()" : null%>"
270            tooltip="<%=deletePermanentlyPermission ? "Permanently delete this item" : null%>"
271            visible="<%=isRemoved%>"> This item has been flagged for deletion<br></base:icon>
272          <base:icon image="used.gif" 
273            onclick="showUsingItems()"
274            tooltip="Show the items that are using this one"
275            visible="<%=isUsed%>"> This item is used by other items and can't be permanently deleted<br></base:icon>
276          <base:icon image="shared.gif" 
277            visible="<%=pba.isShared()%>"> This item is shared to other users, groups and/or projects</base:icon>
278        </div>
279        <%
280      }
281      %>
282      <table class="form" cellspacing="0">
283      <tr>
284        <td class="prompt">Name</td>
285        <td><%=HTML.encodeTags(pba.getName())%></td>
286      </tr>
287      <tr>
288        <td class="prompt">Type</td>
289        <td><base:propertyvalue item="<%=pba%>" property="itemSubtype" /></td>
290      </tr>
291      <tr>
292        <td class="prompt">Size</td>
293        <td><%=pba.getSize()%></td>
294      </tr>
295      <tr>
296        <td class="prompt">Array slide</td>
297        <td><base:propertyvalue item="<%=pba%>" property="arraySlide" /></td>
298      </tr>
299      <tr>
300        <td class="subprompt">-barcode</td>
301        <td><base:propertyvalue item="<%=pba%>" property="arraySlide.barcode" /></td>
302      </tr>
303      <tr>
304        <td class="prompt">Created</td>
305        <td><%=dateFormatter.format(creationEvent.getEventDate())%></td>
306      </tr>
307      <tr>
308        <td class="prompt">Registered</td>
309        <td><%=dateFormatter.format(creationEvent.getEntryDate())%></td>
310      </tr>
311      <tr>
312        <td class="prompt">Protocol</td>
313        <td><base:propertyvalue item="<%=creationEvent%>" property="protocol" /></td>
314      </tr>
315      <tr>
316        <td class="prompt">Hardware</td>
317        <td><base:propertyvalue item="<%=creationEvent%>" property="hardware" /></td>
318      </tr>
319      <tr>
320        <td class="prompt">Owner</td>
321        <td><base:propertyvalue item="<%=pba%>" property="owner" /></td>
322      </tr>
323      <tr>
324        <td class="prompt">Description</td>
325        <td><%=HTML.niceFormat(pba.getDescription())%></td>
326      </tr>
327      </table>
328     
329      <%
330      SpecialQuery<BioMaterialEventSource> sourceQuery = creationEvent.getEventSources();
331      sourceQuery.order(Orders.asc(Hql.property("position")));
332      sourceQuery.order(Orders.asc(Hql.property("bioMaterial.name")));
333      ResultList<BioMaterialEventSource> sources = sourceQuery.list(dc);
334      if (sources.size() == 0)
335      {
336        %>
337        <h4>Extracts</h4>
338        No extracts has been added to this physical bioassay
339        (or, you don't have permission to view them).
340        <%
341      }
342      else
343      {
344        %>
345        <base:section
346          id="extractSection"
347          title="<%="Extracts (" + sources.size() + ")"%>"
348          context="<%=cc%>"
349          >
350          <tbl:table
351            id="extracts"
352           
353            columns="all"
354            >
355          <tbl:columndef 
356            id="position"
357            title="Position"
358            show="<%=pba.getSize() > 1 ? "always" : "never"%>"
359          />
360          <tbl:columndef 
361            id="name"
362            title="Name"
363          />
364          <tbl:columndef 
365            id="tag"
366            title="Tag"
367          />
368          <tbl:columndef 
369            id="quantity"
370            title="Used quantity (µg)"
371          />
372          <tbl:columndef 
373            id="description"
374            title="Description"
375          />
376          <tbl:data>
377            <tbl:columns>
378            </tbl:columns>
379            <tbl:rows>
380            <%
381            for (BioMaterialEventSource item : sources)
382            {
383              BioMaterial bm = null;
384              try
385              {
386                bm = item.getBioMaterial();
387              }
388              catch (PermissionDeniedException ex)
389              {}
390              %>
391              <tbl:row>
392                <tbl:cell column="position"><%=item.getPosition()%></tbl:cell>
393                <tbl:cell column="name"><base:icon 
394                    image="deleted.gif" 
395                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
396                    visible="<%=bm != null && bm.isRemoved()%>"
397                  /><%=Base.getLinkedName(ID, bm, bm == null, true)%></tbl:cell>
398                <tbl:cell column="tag" visible="<%=bm != null && bm.getType() == Item.EXTRACT%>"><base:propertyvalue item="<%=bm%>" property="tag" /></tbl:cell>
399                <tbl:cell column="quantity"><%=Values.formatNumber(item.getUsedQuantity(), 2)%></tbl:cell>
400                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(bm == null ? "" : bm.getDescription())%></tbl:cell>
401              </tbl:row>
402              <%
403            }
404            %>
405            </tbl:rows>
406          </tbl:data>
407          </tbl:table>
408        </base:section>
409        <%
410      }
411      %>
412
413      <%
414      ItemQuery<DerivedBioAssay> childQuery = pba.getRootDerivedBioAssays();
415      childQuery.include(Include.ALL);
416      childQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
417      ItemResultList<DerivedBioAssay> children = childQuery.list(dc);
418      if (children.size() == 0)
419      {
420        %>
421        <h4>Derived bioassays</h4>
422        This bioassay doesn't have any derived bioassays.
423        <%
424      }
425      else
426      {
427        %>
428        <base:section 
429          id="children"
430          title="<%="Derived bioassays (" + children.size() + ")"%>"
431          context="<%=cc%>"
432          >
433          <tbl:table
434            id="children"
435           
436            columns="all"
437            >
438          <tbl:columndef 
439            id="name"
440            title="Name"
441          />
442          <tbl:columndef 
443            id="itemSubtype"
444            title="Type"
445          />
446          <tbl:columndef 
447            id="description"
448            title="Description"
449          />
450          <tbl:data>
451            <tbl:columns>
452            </tbl:columns>
453            <tbl:rows>
454            <%
455            for (DerivedBioAssay item : children)
456            {
457              %>
458              <tbl:row>
459                <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
460                <tbl:cell column="itemSubtype"><base:propertyvalue item="<%=item%>" property="itemSubtype" /></tbl:cell>
461                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
462              </tbl:row>
463              <%
464            }
465            %>
466            </tbl:rows>
467          </tbl:data>
468          </tbl:table>
469        </base:section>
470        <%
471      }
472      %>
473
474
475      <jsp:include page="../../common/anytoany/list_anytoany.jsp">
476        <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
477        <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
478        <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
479        <jsp:param name="title" value="Other items related to this physical bioassay" />
480      </jsp:include>
481      <jsp:include page="../../common/share/list_share.jsp">
482        <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
483        <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
484        <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
485        <jsp:param name="title" value="Shared to" />
486      </jsp:include>
487      </div>
488      </t:tab>
489     
490      <t:tab id="annotations" title="Annotations &amp; parameters" 
491        tooltip="View annotation values and protocol parameters" clazz="white">
492        <jsp:include page="../../common/annotations/list_annotations.jsp">
493          <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
494          <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
495          <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
496        </jsp:include>
497      </t:tab>
498
499      <t:tab id="overview" title="Overview" 
500        tooltip="Display a tree overview of related items">
501        <%
502        if ("overview".equals(tab))
503        {
504          %>
505          <jsp:include page="../../common/overview/overview.jsp">
506            <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
507            <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
508            <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
509          </jsp:include>
510          <%
511        }
512        %>
513      </t:tab>
514      <t:tab id="history" title="Change history" 
515        tooltip="Displays a log of all modifications made to this item"
516        visible="<%=ChangeHistoryUtil.showChangeHistoryTab(sc)%>">
517        <%
518        if ("history".equals(tab))
519        {
520          %>
521          <jsp:include page="../../common/history/frameset.jsp">
522            <jsp:param name="source_type" value="<%=itemType.name()%>" />
523            <jsp:param name="source_id" value="<%=itemId%>" />
524            <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
525          </jsp:include>
526          <%
527        }
528        %>
529      </t:tab>
530      </t:tabcontrol>
531
532  </base:body>
533  </base:page>
534  <%
535}
536finally
537{
538  if (dc != null) dc.close();
539}
540
541%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.