source: trunk/www/views/physicalbioassays/view_bioassay.jsp @ 5939

Last change on this file since 5939 was 5939, checked in by Nicklas Nordborg, 10 years ago

References #1655: GUI improvements

View pages for:

  • File server
  • Projects
  • Permission templates
  • Physical, derived and raw bioassays
  • Experiments, bioassay set
  • Formulas
  • Reporters
  • Reporter lists
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 18.1 KB
Line 
1<%-- $Id: view_bioassay.jsp 5939 2012-01-30 14:42:18Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.SystemItems"
30  import="net.sf.basedb.core.Item"
31  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
32  import="net.sf.basedb.core.Permission"
33  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
34  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
35  import="net.sf.basedb.core.PhysicalBioAssay"
36  import="net.sf.basedb.core.ArraySlide"
37  import="net.sf.basedb.core.BioMaterial"
38  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
39  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEventSource"
40  import="net.sf.basedb.core.Protocol"
41  import="net.sf.basedb.core.DerivedBioAssay"
42  import="net.sf.basedb.core.Group"
43  import="net.sf.basedb.core.Hardware"
44  import="net.sf.basedb.core.User"
45  import="net.sf.basedb.core.Extract"
46  import="net.sf.basedb.core.Tag"
47  import="net.sf.basedb.core.MultiPermissions"
48  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
49  import="net.sf.basedb.core.SpecialQuery"
50  import="net.sf.basedb.core.Include"
51  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
52  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
53  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
54  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
55  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
56  import="net.sf.basedb.core.Project"
57  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
58  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
59  import="net.sf.basedb.core.query.ResultList"
60  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.ChangeHistoryUtil"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
63  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
64  import="net.sf.basedb.util.Values"
65  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
66  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
67  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
68  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
69  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
70  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
71  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
72  import="java.util.Collections"
73  import="java.util.Date"
74  import="java.util.Map"
75  import="java.util.Set"
76  import="java.util.List"
77%>
78<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
79<%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
80<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
81<%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
82<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
83<%!
84  private static final Item itemType = Item.PHYSICALBIOASSAY;
85  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.ITEM);
86%>
87<%
88final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
89final String ID = sc.getId();
90final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
91final int itemId = cc.getId();
92final String tab = Values.getString(request.getParameter("tab"), "properties");
93final float scale = Base.getScale(sc);
94final DbControl dc = sc.newDbControl();
95try
96{
97  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
98  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
99
100  String title = null;
101  PhysicalBioAssay pba = PhysicalBioAssay.getById(dc, itemId);
102  BioMaterialEvent creationEvent = pba.getCreationEvent();
103 
104  final boolean usePermission = pba.hasPermission(Permission.USE);
105  final boolean writePermission = pba.hasPermission(Permission.WRITE);
106  final boolean deletePermission = pba.hasPermission(Permission.DELETE);
107  final boolean sharePermission = pba.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
108  final boolean setOwnerPermission = pba.hasPermission(Permission.SET_OWNER);
109  final boolean isRemoved = pba.isRemoved();
110  final boolean isUsed = isRemoved && pba.isUsed();
111  final boolean deletePermanentlyPermission = deletePermission && !isUsed;
112  final boolean isOwner = pba.isOwner();
113  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, pba);
114  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
115  %>
116  <base:page title="<%=title%>">
117  <base:head scripts="table.js,tabcontrol.js" styles="toolbar.css,table.css,headertabcontrol.css,path.css">
118    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
119    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
120    <script language="JavaScript">
121    function editItem()
122    {
123      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>, true);
124    }
125    function shareItem()
126    {
127      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ShareItem&item_id=<%=itemId%>', 'SharePhysicalBioAssay', 600, 400);
128    }
129    function deleteItem()
130    {
131      location.replace('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=DeleteItem&item_id=<%=itemId%>');
132    }
133    function restoreItem()
134    {
135      location.replace('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=RestoreItem&item_id=<%=itemId%>');
136    }
137    function deleteItemPermanently()
138    {
139      Main.deleteItemPermanently('<%=ID%>', true, '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>, '&callback=itemDeleted');
140    }
141    function itemDeleted()
142    {
143      Main.listItems('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>');
144    }
145    function showUsingItems()
146    {
147      Main.showUsingItems('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>);
148    }
149    function setOwner()
150    {
151      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=SetOwnerOfItem&item_id=<%=itemId%>', 'SetOwnerOfItem', 450, 300);
152    }
153    function runPlugin(cmd)
154    {
155      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd='+cmd+'&item_id=<%=itemId%>', 'RunPlugin'+cmd, 750, 500);
156    }
157    function switchTab(tabControlId, tabId)
158    {
159      if (TabControl.isActive(tabControlId, tabId)) return;
160      if ((tabId == 'overview' || tabId == 'history') && tabId != '<%=tab%>')
161      {
162        location.href = 'index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ViewItem&item_id=<%=itemId%>&tab='+tabId;
163      }
164      else
165      {
166        TabControl.setActiveTab(tabControlId, tabId);
167      }
168    }
169    function newDerivedBioAssay()
170    {
171      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', 'DERIVEDBIOASSAY', 0, true, '&physicalbioassay_id=<%=itemId%>');
172    }
173    </script>
174  </base:head>
175  <base:body>
176    <p:path><p:pathelement 
177      title="Physical bioassays" href="<%="index.jsp?ID="+ID%>" 
178      /><p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(pba.getName())%>" 
179      /></p:path>
180    <t:tabcontrol 
181      id="main" 
182      subclass="content mastertabcontrol" 
183      active="<%=tab%>" switch="switchTab" remember="false">
184    <t:tab id="properties" title="Properties">
185      <div>
186      <table class="fullform bottomborder">
187      <tr>
188        <th class="itemstatus">
189          <base:icon 
190            image="shared.gif" 
191            visible="<%=pba.isShared()%>"
192            tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects"
193          />
194          <base:icon 
195            image="deleted.gif"
196            onclick="deleteItemPermanently()"
197            tooltip="This item has been flagged for deletion. Click to delete it now."
198            enabled="<%=deletePermanentlyPermission %>"
199            visible="<%=isRemoved%>" 
200          />
201          <base:icon image="used.gif" 
202            onclick="showUsingItems()"
203            tooltip="This item is used by other items and can't be permanently deleted. Show the items that are using this one"
204            visible="<%=isRemoved && isUsed%>" />
205        </th>
206        <td style="padding: 0px;">
207          <tbl:toolbar subclass="bottomborder">
208            <tbl:button 
209              disabled="<%=writePermission ? false : true%>" 
210              image="edit.gif" 
211              onclick="editItem()" 
212              title="Edit&hellip;" 
213              tooltip="<%=writePermission ? "Edit this physical bioassay" : "You do not have permission to edit this physical bioassay"%>" 
214            />
215            <tbl:button 
216              disabled="<%=deletePermission ? false : true%>" 
217              image="delete.gif" 
218              onclick="deleteItem()" 
219              title="Delete"
220              visible="<%=!pba.isRemoved()%>"
221              tooltip="<%=deletePermission ? "Delete this physical bioassay" : "You do not have permission to delete this physical bioassay"%>" 
222            />
223            <tbl:button 
224              disabled="<%=writePermission ? false : true%>" 
225              image="restore.gif" 
226              onclick="restoreItem()" 
227              title="Restore"
228              visible="<%=pba.isRemoved()%>"
229              tooltip="<%=writePermission ? "Restore this physical bioassay" : "You do not have permission to restore this physical bioassay"%>" 
230            />
231            <tbl:button 
232              disabled="<%=sharePermission ? false : true%>"
233              image="share.gif"
234              onclick="shareItem()" 
235              title="Share&hellip;" 
236              tooltip="<%=sharePermission ? "Share this physical bioassay to other user, groups and projects" : "You do not have permission to share this physical bioassay"%>"
237            />
238            <tbl:button 
239              disabled="<%=setOwnerPermission ? false : true%>"
240              image="take_ownership.png"
241              onclick="setOwner()" 
242              title="Set owner&hellip;"
243              tooltip="<%=setOwnerPermission ? "Change owner of this item" : "You do not have permission to change ownership of this item"%>"
244            />
245            <tbl:button
246              image="add.png"
247              onclick="newDerivedBioAssay()"
248              title="New derived bioassay&hellip;"
249              tooltip="Create a derived bioassay from this bioassay"
250              visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.DERIVEDBIOASSAY) && usePermission%>"
251            />
252            <tbl:button 
253              image="import.gif" 
254              onclick="runPlugin('ImportItem')" 
255              title="Import&hellip;" 
256              tooltip="Import data" 
257              visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
258            />
259            <tbl:button 
260              image="export.gif" 
261              onclick="runPlugin('ExportItem')" 
262              title="Export&hellip;" 
263              tooltip="Export data" 
264              visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
265            />
266            <tbl:button 
267              image="runplugin.gif" 
268              onclick="runPlugin('RunPlugin')" 
269              title="Run plugin&hellip;" 
270              tooltip="Run a plugin" 
271              visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
272            />
273            <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
274              wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
275            <tbl:button
276              image="help.png"
277              onclick="<%="Main.openHelp('" + ID +"', 'physicalbioassay.view.properties')"%>"
278              title="Help&hellip;"
279              tooltip="Get help about this page"
280            />
281          </tbl:toolbar>
282        </td>
283      </tr>
284      <tr>
285        <th>Name</th>
286        <td><%=HTML.encodeTags(pba.getName())%></td>
287      </tr>
288      <tr>
289        <th>Type</th>
290        <td><base:propertyvalue item="<%=pba%>" property="itemSubtype" /></td>
291      </tr>
292      <tr>
293        <th>Size</th>
294        <td><%=pba.getSize()%></td>
295      </tr>
296      <tr>
297        <th>Array slide</th>
298        <td><base:propertyvalue item="<%=pba%>" property="arraySlide" /></td>
299      </tr>
300      <tr>
301        <th class="subprompt">-barcode</th>
302        <td><base:propertyvalue item="<%=pba%>" property="arraySlide.barcode" /></td>
303      </tr>
304      <tr>
305        <th>Created</th>
306        <td><%=dateFormatter.format(creationEvent.getEventDate())%></td>
307      </tr>
308      <tr>
309        <th>Registered</th>
310        <td><%=dateFormatter.format(creationEvent.getEntryDate())%></td>
311      </tr>
312      <tr>
313        <th>Protocol</th>
314        <td><base:propertyvalue item="<%=creationEvent%>" property="protocol" /></td>
315      </tr>
316      <tr>
317        <th>Hardware</th>
318        <td><base:propertyvalue item="<%=creationEvent%>" property="hardware" /></td>
319      </tr>
320      <tr>
321        <th>Owner</th>
322        <td><base:propertyvalue item="<%=pba%>" property="owner" /></td>
323      </tr>
324      <tr>
325        <th>Permissions</th>
326        <td><%=PermissionUtil.getFullPermissionNames(pba)%></td>
327      </tr>
328      <tr>
329        <th>Description</th>
330        <td><%=HTML.niceFormat(pba.getDescription())%></td>
331      </tr>
332      </table>
333      </div>
334     
335      <%
336      SpecialQuery<BioMaterialEventSource> sourceQuery = creationEvent.getEventSources();
337      sourceQuery.order(Orders.asc(Hql.property("position")));
338      sourceQuery.order(Orders.asc(Hql.property("bioMaterial.name")));
339      ResultList<BioMaterialEventSource> sources = sourceQuery.list(dc);
340      %>
341      <base:section
342        id="extractSection"
343        title="<%="Extracts (" + sources.size() + ")"%>"
344        context="<%=cc%>"
345        >
346        <%
347        if (sources.size() == 0)
348        {
349          %>
350          <div class="messagecontainer note">
351          No extracts has been added to this physical bioassay
352          (or, you don't have permission to view them).
353          </div>
354          <%
355        }
356        else
357        {
358          %>
359          <tbl:table
360            id="extracts"
361            columns="all"
362            >
363            <tbl:columndef 
364              id="position"
365              title="Position"
366              show="<%=pba.getSize() > 1 ? "always" : "never"%>"
367            />
368            <tbl:columndef 
369              id="name"
370              title="Name"
371            />
372            <tbl:columndef 
373              id="tag"
374              title="Tag"
375            />
376            <tbl:columndef 
377              id="quantity"
378              title="Used quantity (µg)"
379            />
380            <tbl:columndef 
381              id="description"
382              title="Description"
383            />
384            <tbl:data>
385              <tbl:headers>
386                <tbl:headerrow>
387                  <tbl:columnheaders />
388                </tbl:headerrow>
389              </tbl:headers>
390              <tbl:rows>
391              <%
392              for (BioMaterialEventSource item : sources)
393              {
394                BioMaterial bm = null;
395                try
396                {
397                  bm = item.getBioMaterial();
398                }
399                catch (PermissionDeniedException ex)
400                {}
401                %>
402                <tbl:row>
403                  <tbl:cell column="position"><%=item.getPosition()%></tbl:cell>
404                  <tbl:cell column="name"><base:icon 
405                      image="deleted.gif" 
406                      tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
407                      visible="<%=bm != null && bm.isRemoved()%>"
408                    /><%=Base.getLinkedName(ID, bm, bm == null, true)%></tbl:cell>
409                  <tbl:cell column="tag" visible="<%=bm != null && bm.getType() == Item.EXTRACT%>"><base:propertyvalue item="<%=bm%>" property="tag" /></tbl:cell>
410                  <tbl:cell column="quantity"><%=Values.formatNumber(item.getUsedQuantity(), 2)%></tbl:cell>
411                  <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(bm == null ? "" : bm.getDescription())%></tbl:cell>
412                </tbl:row>
413                <%
414              }
415              %>
416              </tbl:rows>
417            </tbl:data>
418          </tbl:table>
419          <%
420        }
421        %>
422      </base:section>
423      <%
424      ItemQuery<DerivedBioAssay> childQuery = pba.getRootDerivedBioAssays();
425      childQuery.include(Include.ALL);
426      childQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
427      ItemResultList<DerivedBioAssay> children = childQuery.list(dc);
428      %>
429      <base:section 
430        id="children"
431        title="<%="Derived bioassays (" + children.size() + ")"%>"
432        context="<%=cc%>"
433        >
434        <%
435        if (children.size() == 0)
436        {
437          %>
438          <div class="messagecontainer note">
439          This bioassay doesn't have any derived bioassays.
440          </div>
441          <%
442        }
443        else
444        {
445          %>
446          <tbl:table
447            id="children"
448            columns="all"
449            >
450            <tbl:columndef 
451              id="name"
452              title="Name"
453            />
454            <tbl:columndef 
455              id="itemSubtype"
456              title="Type"
457            />
458            <tbl:columndef 
459              id="description"
460              title="Description"
461            />
462            <tbl:data>
463              <tbl:headers>
464                <tbl:headerrow>
465                  <tbl:columnheaders />
466                </tbl:headerrow>
467              </tbl:headers>
468              <tbl:rows>
469              <%
470              for (DerivedBioAssay item : children)
471              {
472                %>
473                <tbl:row>
474                  <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
475                  <tbl:cell column="itemSubtype"><base:propertyvalue item="<%=item%>" property="itemSubtype" /></tbl:cell>
476                  <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
477                </tbl:row>
478                <%
479              }
480              %>
481              </tbl:rows>
482            </tbl:data>
483          </tbl:table>
484          <%
485        }
486        %>
487      </base:section>
488      <jsp:include page="../../common/anytoany/list_anytoany.jsp">
489        <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
490        <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
491        <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
492        <jsp:param name="title" value="Other items related to this physical bioassay" />
493      </jsp:include>
494      <jsp:include page="../../common/share/list_share.jsp">
495        <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
496        <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
497        <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
498        <jsp:param name="title" value="Shared to" />
499      </jsp:include>
500      </div>
501      </t:tab>
502     
503      <t:tab id="annotations" title="Annotations &amp; parameters" 
504        tooltip="View annotation values and protocol parameters" clazz="white">
505        <jsp:include page="../../common/annotations/list_annotations.jsp">
506          <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
507          <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
508          <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
509        </jsp:include>
510      </t:tab>
511
512      <t:tab id="overview" title="Overview" 
513        tooltip="Display a tree overview of related items">
514        <%
515        if ("overview".equals(tab))
516        {
517          %>
518          <jsp:include page="../../common/overview/overview.jsp">
519            <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
520            <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
521            <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
522          </jsp:include>
523          <%
524        }
525        %>
526      </t:tab>
527      <t:tab id="history" title="Change history" 
528        tooltip="Displays a log of all modifications made to this item"
529        visible="<%=ChangeHistoryUtil.showChangeHistoryTab(sc)%>">
530        <%
531        if ("history".equals(tab))
532        {
533          %>
534          <jsp:include page="../../common/history/frameset.jsp">
535            <jsp:param name="source_type" value="<%=itemType.name()%>" />
536            <jsp:param name="source_id" value="<%=itemId%>" />
537            <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
538          </jsp:include>
539          <%
540        }
541        %>
542      </t:tab>
543      </t:tabcontrol>
544
545  </base:body>
546  </base:page>
547  <%
548}
549finally
550{
551  if (dc != null) dc.close();
552}
553
554%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.