source: trunk/www/views/physicalbioassays/view_bioassay.jsp @ 6087

Last change on this file since 6087 was 6087, checked in by Nicklas Nordborg, 9 years ago

Fixes #1709: The 'physical bioassay' page doesn't display correctly

Removed an extra/unmatched <div> tag.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 18.6 KB
Line 
1<%-- $Id: view_bioassay.jsp 6087 2012-08-21 12:48:09Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.SystemItems"
30  import="net.sf.basedb.core.Item"
31  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
32  import="net.sf.basedb.core.Permission"
33  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
34  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
35  import="net.sf.basedb.core.PhysicalBioAssay"
36  import="net.sf.basedb.core.ArraySlide"
37  import="net.sf.basedb.core.BioMaterial"
38  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
39  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEventSource"
40  import="net.sf.basedb.core.Protocol"
41  import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
42  import="net.sf.basedb.core.DerivedBioAssay"
43  import="net.sf.basedb.core.Group"
44  import="net.sf.basedb.core.Hardware"
45  import="net.sf.basedb.core.User"
46  import="net.sf.basedb.core.Extract"
47  import="net.sf.basedb.core.Tag"
48  import="net.sf.basedb.core.MultiPermissions"
49  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
50  import="net.sf.basedb.core.SpecialQuery"
51  import="net.sf.basedb.core.Include"
52  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
53  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
54  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
55  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
56  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
57  import="net.sf.basedb.core.Project"
58  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
59  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
60  import="net.sf.basedb.core.query.ResultList"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.ChangeHistoryUtil"
63  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
64  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
65  import="net.sf.basedb.util.Values"
66  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
67  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
68  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
69  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
70  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
71  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
72  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
73  import="java.util.Collections"
74  import="java.util.Date"
75  import="java.util.Map"
76  import="java.util.Set"
77  import="java.util.List"
78%>
79<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
80<%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
81<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
82<%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
83<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
84<%!
85  private static final Item itemType = Item.PHYSICALBIOASSAY;
86  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.ITEM);
87%>
88<%
89final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
90final String ID = sc.getId();
91final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
92final int itemId = cc.getId();
93final String tab = Values.getString(request.getParameter("tab"), "properties");
94final float scale = Base.getScale(sc);
95final DbControl dc = sc.newDbControl();
96try
97{
98  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
99  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
100
101  String title = null;
102  PhysicalBioAssay pba = PhysicalBioAssay.getById(dc, itemId);
103  BioMaterialEvent creationEvent = pba.getCreationEvent();
104 
105  final boolean usePermission = pba.hasPermission(Permission.USE);
106  final boolean writePermission = pba.hasPermission(Permission.WRITE);
107  final boolean deletePermission = pba.hasPermission(Permission.DELETE);
108  final boolean sharePermission = pba.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
109  final boolean setOwnerPermission = pba.hasPermission(Permission.SET_OWNER);
110  final boolean isRemoved = pba.isRemoved();
111  final boolean isUsed = isRemoved && pba.isUsed();
112  final boolean deletePermanentlyPermission = deletePermission && !isUsed;
113  final boolean isOwner = pba.isOwner();
114  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, pba);
115  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
116  %>
117  <base:page title="<%=title%>">
118  <base:head scripts="table.js,tabcontrol.js" styles="toolbar.css,table.css,headertabcontrol.css,path.css">
119    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
120    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
121    <script language="JavaScript">
122    function editItem()
123    {
124      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>, true);
125    }
126    function shareItem()
127    {
128      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ShareItem&item_id=<%=itemId%>', 'SharePhysicalBioAssay', 600, 400);
129    }
130    function deleteItem()
131    {
132      location.replace('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=DeleteItem&item_id=<%=itemId%>');
133    }
134    function restoreItem()
135    {
136      location.replace('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=RestoreItem&item_id=<%=itemId%>');
137    }
138    function deleteItemPermanently()
139    {
140      Main.deleteItemPermanently('<%=ID%>', true, '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>, '&callback=itemDeleted');
141    }
142    function itemDeleted()
143    {
144      Main.listItems('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>');
145    }
146    function showUsingItems()
147    {
148      Main.showUsingItems('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>);
149    }
150    function setOwner()
151    {
152      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=SetOwnerOfItem&item_id=<%=itemId%>', 'SetOwnerOfItem', 450, 300);
153    }
154    function runPlugin(cmd)
155    {
156      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd='+cmd+'&item_id=<%=itemId%>', 'RunPlugin'+cmd, 750, 500);
157    }
158    function switchTab(tabControlId, tabId)
159    {
160      if (TabControl.isActive(tabControlId, tabId)) return;
161      if ((tabId == 'overview' || tabId == 'history') && tabId != '<%=tab%>')
162      {
163        location.href = 'index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ViewItem&item_id=<%=itemId%>&tab='+tabId;
164      }
165      else
166      {
167        TabControl.setActiveTab(tabControlId, tabId);
168      }
169    }
170    function newDerivedBioAssay()
171    {
172      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', 'DERIVEDBIOASSAY', 0, true, '&physicalbioassay_id=<%=itemId%>');
173    }
174    </script>
175  </base:head>
176  <base:body>
177    <p:path><p:pathelement 
178      title="Physical bioassays" href="<%="index.jsp?ID="+ID%>" 
179      /><p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(pba.getName())%>" 
180      /></p:path>
181    <t:tabcontrol 
182      id="main" 
183      subclass="content mastertabcontrol" 
184      active="<%=tab%>" switch="switchTab" remember="false">
185    <t:tab id="properties" title="Properties">
186      <div>
187      <table class="fullform bottomborder">
188      <tr>
189        <th class="itemstatus">
190          <base:icon 
191            image="shared.png" 
192            visible="<%=pba.isShared()%>"
193            tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects"
194          />
195          <base:icon 
196            image="deleted.png"
197            onclick="deleteItemPermanently()"
198            tooltip="This item has been flagged for deletion. Click to delete it now."
199            enabled="<%=deletePermanentlyPermission %>"
200            visible="<%=isRemoved%>" 
201          />
202          <base:icon image="used.png" 
203            onclick="showUsingItems()"
204            tooltip="This item is used by other items and can't be permanently deleted. Show the items that are using this one"
205            visible="<%=isRemoved && isUsed%>" />
206        </th>
207        <td style="padding: 0px;">
208          <tbl:toolbar subclass="bottomborder">
209            <tbl:button 
210              disabled="<%=!writePermission%>" 
211              image="edit.png" 
212              onclick="editItem()" 
213              title="Edit&hellip;" 
214              tooltip="<%=writePermission ? "Edit this physical bioassay" : "You do not have permission to edit this physical bioassay"%>" 
215            />
216            <tbl:button 
217              disabled="<%=!deletePermission%>" 
218              image="delete.png" 
219              onclick="deleteItem()" 
220              title="Delete"
221              visible="<%=!pba.isRemoved()%>"
222              tooltip="<%=deletePermission ? "Delete this physical bioassay" : "You do not have permission to delete this physical bioassay"%>" 
223            />
224            <tbl:button 
225              disabled="<%=!writePermission%>" 
226              image="restore.png" 
227              onclick="restoreItem()" 
228              title="Restore"
229              visible="<%=pba.isRemoved()%>"
230              tooltip="<%=writePermission ? "Restore this physical bioassay" : "You do not have permission to restore this physical bioassay"%>" 
231            />
232            <tbl:button 
233              disabled="<%=!sharePermission%>"
234              image="share.png"
235              onclick="shareItem()" 
236              title="Share&hellip;" 
237              tooltip="<%=sharePermission ? "Share this physical bioassay to other user, groups and projects" : "You do not have permission to share this physical bioassay"%>"
238            />
239            <tbl:button 
240              disabled="<%=!setOwnerPermission%>"
241              image="take_ownership.png"
242              onclick="setOwner()" 
243              title="Set owner&hellip;"
244              tooltip="<%=setOwnerPermission ? "Change owner of this item" : "You do not have permission to change ownership of this item"%>"
245            />
246            <tbl:button
247              image="add.png"
248              onclick="newDerivedBioAssay()"
249              title="New derived bioassay&hellip;"
250              tooltip="Create a derived bioassay from this bioassay"
251              visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.DERIVEDBIOASSAY) && usePermission%>"
252            />
253            <tbl:button 
254              image="import.png" 
255              onclick="runPlugin('ImportItem')" 
256              title="Import&hellip;" 
257              tooltip="Import data" 
258              visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
259            />
260            <tbl:button 
261              image="export.png" 
262              onclick="runPlugin('ExportItem')" 
263              title="Export&hellip;" 
264              tooltip="Export data" 
265              visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
266            />
267            <tbl:button 
268              image="runplugin.png" 
269              onclick="runPlugin('RunPlugin')" 
270              title="Run plugin&hellip;" 
271              tooltip="Run a plugin" 
272              visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
273            />
274            <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
275              wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
276            <tbl:button
277              image="help.png"
278              onclick="<%="Main.openHelp('" + ID +"', 'physicalbioassay.view.properties')"%>"
279              title="Help&hellip;"
280              tooltip="Get help about this page"
281            />
282          </tbl:toolbar>
283        </td>
284      </tr>
285      <tr>
286        <th>Name</th>
287        <td><%=HTML.encodeTags(pba.getName())%></td>
288      </tr>
289      <tr>
290        <th>Type</th>
291        <td><base:propertyvalue item="<%=pba%>" property="itemSubtype" /></td>
292      </tr>
293      <tr>
294        <th>Size</th>
295        <td><%=pba.getSize()%></td>
296      </tr>
297      <tr>
298        <th>Array slide</th>
299        <td><base:propertyvalue item="<%=pba%>" property="arraySlide" /></td>
300      </tr>
301      <tr>
302        <th class="subprompt">-barcode</th>
303        <td><base:propertyvalue item="<%=pba%>" property="arraySlide.barcode" /></td>
304      </tr>
305      <tr>
306        <th>Created</th>
307        <td><%=dateFormatter.format(creationEvent.getEventDate())%></td>
308      </tr>
309      <tr>
310        <th>Registered</th>
311        <td><%=dateFormatter.format(creationEvent.getEntryDate())%></td>
312      </tr>
313      <tr>
314        <th>Protocol</th>
315        <td><base:propertyvalue item="<%=creationEvent%>" property="protocol" /></td>
316      </tr>
317      <tr>
318        <th>Hardware</th>
319        <td><base:propertyvalue item="<%=creationEvent%>" property="hardware" /></td>
320      </tr>
321      <tr>
322        <th>Owner</th>
323        <td><base:propertyvalue item="<%=pba%>" property="owner" /></td>
324      </tr>
325      <tr>
326        <th>Permissions</th>
327        <td><%=PermissionUtil.getFullPermissionNames(pba)%></td>
328      </tr>
329      <tr>
330        <th>Description</th>
331        <td><%=HTML.niceFormat(pba.getDescription())%></td>
332      </tr>
333      </table>
334      </div>
335     
336      <%
337      SpecialQuery<BioMaterialEventSource> sourceQuery = creationEvent.getEventSources();
338      sourceQuery.order(Orders.asc(Hql.property("position")));
339      sourceQuery.order(Orders.asc(Hql.property("bioMaterial.name")));
340      ResultList<BioMaterialEventSource> sources = sourceQuery.list(dc);
341      %>
342      <base:section
343        id="extractSection"
344        title="<%="Extracts (" + sources.size() + ")"%>"
345        context="<%=cc%>"
346        >
347        <%
348        if (sources.size() == 0)
349        {
350          %>
351          <div class="messagecontainer note">
352          No extracts has been added to this physical bioassay
353          (or, you don't have permission to view them).
354          </div>
355          <%
356        }
357        else
358        {
359          %>
360          <tbl:table
361            id="extracts"
362            columns="all"
363            >
364            <tbl:columndef 
365              id="position"
366              title="Position"
367              show="<%=pba.getSize() > 1 ? "always" : "never"%>"
368            />
369            <tbl:columndef 
370              id="name"
371              title="Name"
372            />
373            <tbl:columndef 
374              id="type"
375              title="Type"
376            />
377            <tbl:columndef 
378              id="tag"
379              title="Tag"
380            />
381            <tbl:columndef 
382              id="quantity"
383              title="Used quantity (µg)"
384            />
385            <tbl:columndef 
386              id="description"
387              title="Description"
388            />
389            <tbl:data>
390              <tbl:headers>
391                <tbl:headerrow>
392                  <tbl:columnheaders />
393                </tbl:headerrow>
394              </tbl:headers>
395              <tbl:rows>
396              <%
397              for (BioMaterialEventSource item : sources)
398              {
399                BioMaterial bm = null;
400                ItemSubtype subtype = null;
401                try
402                {
403                  bm = item.getBioMaterial();
404                  subtype = bm.getItemSubtype();
405                }
406                catch (PermissionDeniedException ex)
407                {}
408                %>
409                <tbl:row>
410                  <tbl:cell column="position"><%=item.getPosition()%></tbl:cell>
411                  <tbl:cell column="name"><base:icon 
412                      image="deleted.png" 
413                      tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
414                      visible="<%=bm != null && bm.isRemoved()%>"
415                    /><%=Base.getLinkedName(ID, bm, bm == null, true)%></tbl:cell>
416                  <tbl:cell column="type">
417                    <%
418                    if (subtype != null)
419                    {
420                      %>
421                      <%=Base.getLinkedName(ID, subtype, false, true)%> <span class="itemsubtype">(<%=bm.getType() %>)</span>
422                      <%
423                    }
424                    else
425                    {
426                      %>
427                      <%=bm != null ? bm.getType() : "" %>
428                      <%
429                    }
430                    %>
431                  </tbl:cell>
432                  <tbl:cell column="tag" visible="<%=bm != null && bm.getType() == Item.EXTRACT%>"><base:propertyvalue item="<%=bm%>" property="tag" /></tbl:cell>
433                  <tbl:cell column="quantity"><%=Values.formatNumber(item.getUsedQuantity(), 2)%></tbl:cell>
434                  <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(bm == null ? "" : bm.getDescription())%></tbl:cell>
435                </tbl:row>
436                <%
437              }
438              %>
439              </tbl:rows>
440            </tbl:data>
441          </tbl:table>
442          <%
443        }
444        %>
445      </base:section>
446      <%
447      ItemQuery<DerivedBioAssay> childQuery = pba.getRootDerivedBioAssays();
448      childQuery.include(Include.ALL);
449      childQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
450      ItemResultList<DerivedBioAssay> children = childQuery.list(dc);
451      %>
452      <base:section 
453        id="children"
454        title="<%="Derived bioassays (" + children.size() + ")"%>"
455        context="<%=cc%>"
456        >
457        <%
458        if (children.size() == 0)
459        {
460          %>
461          <div class="messagecontainer note">
462          This bioassay doesn't have any derived bioassays.
463          </div>
464          <%
465        }
466        else
467        {
468          %>
469          <tbl:table
470            id="children"
471            columns="all"
472            >
473            <tbl:columndef 
474              id="name"
475              title="Name"
476            />
477            <tbl:columndef 
478              id="itemSubtype"
479              title="Type"
480            />
481            <tbl:columndef 
482              id="description"
483              title="Description"
484            />
485            <tbl:data>
486              <tbl:headers>
487                <tbl:headerrow>
488                  <tbl:columnheaders />
489                </tbl:headerrow>
490              </tbl:headers>
491              <tbl:rows>
492              <%
493              for (DerivedBioAssay item : children)
494              {
495                %>
496                <tbl:row>
497                  <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
498                  <tbl:cell column="itemSubtype"><base:propertyvalue item="<%=item%>" property="itemSubtype" /></tbl:cell>
499                  <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
500                </tbl:row>
501                <%
502              }
503              %>
504              </tbl:rows>
505            </tbl:data>
506          </tbl:table>
507          <%
508        }
509        %>
510      </base:section>
511      <jsp:include page="../../common/anytoany/list_anytoany.jsp">
512        <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
513        <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
514        <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
515        <jsp:param name="title" value="Other items related to this physical bioassay" />
516      </jsp:include>
517      <jsp:include page="../../common/share/list_share.jsp">
518        <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
519        <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
520        <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
521        <jsp:param name="title" value="Shared to" />
522      </jsp:include>
523
524      </t:tab>
525     
526      <t:tab id="annotations" title="Annotations &amp; parameters" 
527        tooltip="View annotation values and protocol parameters" clazz="white">
528        <jsp:include page="../../common/annotations/list_annotations.jsp">
529          <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
530          <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
531          <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
532        </jsp:include>
533      </t:tab>
534
535      <t:tab id="overview" title="Overview" 
536        tooltip="Display a tree overview of related items">
537        <%
538        if ("overview".equals(tab))
539        {
540          %>
541          <jsp:include page="../../common/overview/overview.jsp">
542            <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
543            <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
544            <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
545          </jsp:include>
546          <%
547        }
548        %>
549      </t:tab>
550      <t:tab id="history" title="Change history" 
551        tooltip="Displays a log of all modifications made to this item"
552        visible="<%=ChangeHistoryUtil.showChangeHistoryTab(sc)%>">
553        <%
554        if ("history".equals(tab))
555        {
556          %>
557          <jsp:include page="../../common/history/frameset.jsp">
558            <jsp:param name="source_type" value="<%=itemType.name()%>" />
559            <jsp:param name="source_id" value="<%=itemId%>" />
560            <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
561          </jsp:include>
562          <%
563        }
564        %>
565      </t:tab>
566      </t:tabcontrol>
567
568  </base:body>
569  </base:page>
570  <%
571}
572finally
573{
574  if (dc != null) dc.close();
575}
576
577%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.