source: trunk/www/views/rawbioassays/list_rawbioassays.jsp @ 4596

Last change on this file since 4596 was 4596, checked in by Nicklas Nordborg, 13 years ago

References #792: Add support for units to annotation values

Fixes a display issue for annotations without a unit (the string 'null' was displayed) in list pages.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 24.9 KB
Line 
1<%-- $Id: list_rawbioassays.jsp 4596 2008-10-22 07:19:42Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2005 Nicklas Nordborg
4  Copyright (C) 2006 Jari Hakkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
5  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Martin Svensson
6
7  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
8  Available at http://base.thep.lu.se/
9
10  BASE is free software; you can redistribute it and/or
11  modify it under the terms of the GNU General Public License
12  as published by the Free Software Foundation; either version 3
13  of the License, or (at your option) any later version.
14
15  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
16  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
17  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
18  GNU General Public License for more details.
19
20  You should have received a copy of the GNU General Public License
21  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
22  ------------------------------------------------------------------
23
24  @author Nicklas
25  @version 2.0
26--%>
27<%@ page session="false"
28  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
29  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
30  import="net.sf.basedb.core.Item"
31  import="net.sf.basedb.core.RawBioAssay"
32  import="net.sf.basedb.core.Platform"
33  import="net.sf.basedb.core.RawDataType"
34  import="net.sf.basedb.core.RawDataTypes"
35  import="net.sf.basedb.core.Experiment"
36  import="net.sf.basedb.core.Affymetrix"
37  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
38  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
39  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
40  import="net.sf.basedb.core.File"
41  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
42  import="net.sf.basedb.core.Include"
43  import="net.sf.basedb.core.Type"
44  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
45  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
46  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
47  import="net.sf.basedb.core.Job"
48  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
49  import="net.sf.basedb.core.Permission"
50  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
51  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
52  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
53  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
54  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
55  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
56  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
57  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
58  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
59  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
60  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
63  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
64  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
65  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
66  import="net.sf.basedb.util.Values"
67  import="java.util.Iterator"
68  import="java.util.List"
69  import="java.util.Map"
70  import="java.util.Date"
71%>
72<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
73<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
74<%!
75  private static final Item itemType = Item.RAWBIOASSAY;
76  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
77%>
78<%
79final String root = request.getContextPath()+"/";
80final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
81final String ID = sc.getId();
82final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
83final boolean readPermission = sc.hasPermission(Permission.READ, itemType);
84final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
85
86final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
87final String callback = request.getParameter("callback");
88final String title = mode.generateTitle("raw bioassay", "raw bioassays");
89final DbControl dc = sc.newDbControl();
90ItemResultIterator<RawBioAssay> rawBioAssays = null;
91ItemResultList<AnnotationType> annotationTypes = null;
92try
93{
94  final ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
95
96  // Query for experiments relatated to the current raw bioassay
97  final ItemQuery<Experiment> experimentQuery = Experiment.getQuery();
98  experimentQuery.include(cc.getInclude());
99  experimentQuery.join(Hql.innerJoin("rawBioAssays", "rba"));
100  experimentQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("rba"), Expressions.parameter("rawBioAssay")));
101  experimentQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
102 
103  // Get all platforms
104  final ItemQuery<Platform> platformQuery = Platform.getQuery();
105  platformQuery.include(cc.getInclude());
106  platformQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
107  platformQuery.setCacheResult(true);
108  Enumeration<String, String> platforms = new Enumeration<String, String>();
109  for (Platform p : platformQuery.list(dc))
110  {
111    platforms.add(Integer.toString(p.getId()), p.getName());
112  }
113 
114  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
115  annotationTypes = annotationTypeQuery.list(dc);
116  try
117  {
118    final ItemQuery<RawBioAssay> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, RawBioAssay.getQuery(), mode);
119    rawBioAssays = query.iterate(dc);
120  }
121  catch (Throwable t)
122  {
123    t.printStackTrace();
124    cc.setMessage(t.getMessage());
125  }
126  Formatter<Date> dateTimeFormatter = FormatterFactory.getDateTimeFormatter(sc);
127  int numListed = 0;
128  %>
129  <base:page title="<%=title==null ? "Raw bioassays" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>">
130  <base:head scripts="menu.js,table.js" styles="menu.css,table.css">
131    <script language="JavaScript">
132    var submitPage = 'index.jsp';
133    var formId = 'rawbioassays';
134    function newItem()
135    {
136      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', 0, true);
137    }
138    function editItem(itemId)
139    {
140      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, true);
141    }
142    function viewItem(itemId)
143    {
144      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, false);
145    }
146    function itemOnClick(evt, itemId)
147    {
148      Table.itemOnClick(formId, evt, itemId, '<%=mode.getName()%>', viewItem, editItem, returnSelected);
149    }
150    function deleteItems()
151    {
152      var frm = document.forms[formId];
153      if (Forms.numChecked(frm) == 0)
154      {
155        alert('Please select at least one item in the list');
156        return;
157      }
158      frm.action = submitPage;
159      frm.cmd.value = 'DeleteItems';
160      frm.submit();
161    }
162    function restoreItems()
163    {
164      var frm = document.forms[formId];
165      if (Forms.numChecked(frm) == 0)
166      {
167        alert('Please select at least one item in the list');
168        return;
169      }
170      frm.action = submitPage;
171      frm.cmd.value = 'RestoreItems';
172      frm.submit();
173    }
174    function deleteItemPermanently(itemId)
175    {
176      Main.deleteItemPermanently('<%=ID%>', true, '<%=itemType.name()%>', itemId);
177    }
178    function setOwner()
179    {
180      Table.setOwnerOfItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'SetOwnerOfItems');
181    }
182    function shareItem(itemId)
183    {
184      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ShareItem&item_id='+itemId, 'ShareRawBioAssay', 600, 400);
185    }
186    function shareItems()
187    {
188      Table.shareItems(submitPage, '<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', 'ShareItems');
189    }
190    function configureColumns()
191    {
192      Table.configureColumns('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
193    }
194    function runPlugin(cmd)
195    {
196      Table.submitToPopup(formId, cmd, 740, 540);
197    }
198    function returnSelected()
199    {
200      Table.returnSelected(formId, <%=callback != null ? "window.opener."+callback : "null" %>);
201      window.close();
202    }
203    function presetOnChange()
204    {
205      Table.presetOnChange('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
206    }
207    function newExperiment()
208    {
209      var frm = document.forms[formId];
210      var selected = Table.getSelected(formId);
211      if (selected.length == 0)
212      {
213        alert('Please select at least one item in the list');
214        return;
215      }
216      var extraUrl = '&rawbioassay_id='+selected.join('&rawbioassay_id=');
217      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', 'EXPERIMENT', 0, true, extraUrl);
218    }
219    </script>
220  </base:head>
221 
222  <base:body>
223    <%
224    if (cc.getMessage() != null)
225    {
226      %>
227      <div class="error"><%=cc.getMessage()%></div>
228      <%
229      cc.setMessage(null);
230    }
231    %>
232    <tbl:table 
233      id="rawbioassays" 
234      clazz="itemlist" 
235      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
236      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
237      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
238      title="<%=title%>"
239      action="index.jsp"
240      sc="<%=sc%>"
241      item="<%=itemType%>"
242      >
243      <tbl:hidden 
244        name="mode" 
245        value="<%=mode.getName()%>" 
246      />
247      <tbl:hidden 
248        name="callback" 
249        value="<%=callback%>" 
250        skip="<%=callback == null%>" 
251      />
252      <tbl:columndef 
253        id="name"
254        property="name"
255        datatype="string"
256        title="Name"
257        sortable="true" 
258        filterable="true"
259        exportable="true"
260        show="always" 
261      />
262      <tbl:columndef 
263        id="id" 
264        clazz="uniquecol"
265        property="id"
266        datatype="int"
267        title="ID"
268        sortable="true"
269        filterable="true"
270        exportable="true"
271      />
272      <tbl:columndef 
273        id="platform"
274        property="platform"
275        sortproperty="platform.name"
276        exportproperty="platform.name"
277        datatype="int"
278        enumeration="<%=platforms%>"
279        title="Platform"
280        sortable="true" 
281        filterable="true"
282        exportable="true"
283      /> 
284      <tbl:columndef 
285        id="variant"
286        property="variant.name"
287        datatype="string"
288        title="Variant"
289        sortable="true" 
290        filterable="true"
291        exportable="true"
292      />       
293      <%
294      Enumeration<String, String> rawEnumeration = new Enumeration<String, String>();
295      for (RawDataType rdt : RawDataTypes.getRawDataTypes())
296      {
297        rawEnumeration.add(rdt.getId(), HTML.encodeTags(rdt.getName()));
298      }
299      rawEnumeration.sortValues();
300      %>
301      <tbl:columndef 
302        id="rawDataType"
303        property="rawDataType"
304        datatype="string"
305        enumeration="<%=rawEnumeration%>"
306        title="Raw data type"
307        sortable="true" 
308        filterable="true"
309        exportable="true"
310      />
311      <tbl:columndef 
312        id="arrayNum"
313        property="arrayNum"
314        datatype="int"
315        title="Array index"
316        sortable="true" 
317        filterable="true"
318        exportable="true"
319      />
320      <tbl:columndef 
321        id="hasData"
322        property="hasData"
323        datatype="boolean"
324        title="Has data"
325        sortable="true" 
326        filterable="true"
327        exportable="true"
328      />
329      <tbl:columndef 
330        id="spots"
331        property="spots"
332        datatype="int"
333        title="Db spots"
334        sortable="true" 
335        filterable="true"
336        exportable="true"
337      />
338      <tbl:columndef 
339        id="numFileSpots"
340        property="numFileSpots"
341        datatype="int"
342        title="File spots"
343        sortable="true" 
344        filterable="true"
345        exportable="true"
346      />     
347      <tbl:columndef 
348        id="bytes"
349        property="bytes"
350        datatype="long"
351        title="Bytes"
352        sortable="true" 
353        filterable="true"
354        exportable="true"
355      />
356      <tbl:columndef 
357        id="scan"
358        property="scan.name"
359        datatype="string"
360        title="Scan"
361        sortable="true" 
362        filterable="true"
363        exportable="true"
364      />
365      <tbl:columndef 
366        id="software"
367        property="software.name"
368        datatype="string"
369        title="Software"
370        sortable="true" 
371        filterable="true"
372        exportable="true"
373      />
374      <tbl:columndef 
375        id="protocol"
376        property="protocol.name"
377        datatype="string"
378        title="Protocol"
379        sortable="true" 
380        filterable="true"
381        exportable="true"
382      />
383      <tbl:columndef 
384        id="arrayDesign"
385        property="arrayDesign.name"
386        datatype="string"
387        title="Array design"
388        sortable="true" 
389        filterable="true"
390        exportable="true"
391      />
392      <tbl:columndef 
393        id="plugin"
394        property="job.pluginDefinition.name"
395        datatype="string"
396        title="Plugin"
397        sortable="true"
398        filterable="true"
399        exportable="true"
400        tooltip="The plug-in that was used to import raw data"
401      />
402      <tbl:columndef 
403        id="configuration"
404        property="job.pluginConfiguration.name"
405        datatype="string"
406        title="Configuration"
407        sortable="true"
408        filterable="true"
409        exportable="true" 
410        tooltip="The configuration/file format that was used to import raw data"
411      />
412      <tbl:columndef 
413        id="importdate"
414        property="job.ended"
415        datatype="date"
416        title="Import date"
417        sortable="true"
418        filterable="true"
419        exportable="true" 
420        tooltip="The date and time of the raw data import"
421        formatter="<%=dateTimeFormatter%>"
422      />
423      <tbl:columndef
424        id="experiments"
425        title="Experiments"
426      />
427      <tbl:columndef 
428        id="owner"
429        property="owner.name"
430        datatype="string"
431        title="Owner"
432        sortable="true" 
433        filterable="true"
434        exportable="true"
435      />
436      <tbl:columndef 
437        id="description"
438        property="description"
439        datatype="string"
440        title="Description" 
441        sortable="true" 
442        filterable="true" 
443        exportable="true"
444      />
445      <%
446      for (AnnotationType at : annotationTypes)
447      {
448        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
449        if (at.isEnumeration())
450        {
451          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
452          List<?> values = at.getValues();
453          for (Object value : values)
454          {
455            String encoded = HTML.encodeTags(value.toString());
456            annotationEnum.add(encoded, encoded);
457          }
458        }
459        %>
460        <tbl:columndef 
461          id="<%="at"+at.getId()%>"
462          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+" [A]"%>" 
463          property="<%="#"+at.getId()%>"
464          annotation="true"
465          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
466          enumeration="<%=annotationEnum%>"
467          sortable="false" 
468          filterable="true" 
469          exportable="true"
470          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
471        />
472        <%
473      }
474      %>
475      <tbl:columndef
476        id="permission"
477        title="Permission"
478      />
479      <tbl:columndef 
480        id="sharedTo" 
481        title="Shared to"
482      />
483      <tbl:toolbar
484        visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
485        >
486        <tbl:button 
487          disabled="<%=createPermission ? false : true%>" 
488          image="<%=createPermission ? "new.gif" : "new_disabled.gif"%>" 
489          onclick="newItem()" 
490          title="New&hellip;" 
491          tooltip="<%=createPermission ? "Create new raw bioassay" : "You do not have permission to create raw bioassays"%>" 
492        />
493        <tbl:button 
494          image="delete.gif"
495          onclick="deleteItems()" 
496          title="Delete" 
497          tooltip="Delete the selected items" 
498        />
499        <tbl:button 
500          image="restore.gif"
501          onclick="restoreItems()" 
502          title="Restore" 
503          tooltip="Restore the selected (deleted) items"
504        />
505        <tbl:button 
506          image="share.gif"
507          onclick="shareItems()" 
508          title="Share&hellip;" 
509          tooltip="Share the selected items"
510        />
511        <tbl:button 
512          image="take_ownership.png"
513          onclick="setOwner()" 
514          title="Set owner&hellip;"
515          tooltip="Change owner of the selected items"
516        />
517        <tbl:button 
518          image="columns.gif" 
519          onclick="configureColumns()" 
520          title="Columns&hellip;" 
521          tooltip="Show, hide and re-order columns" 
522        />
523        <tbl:button
524          image="add.png"
525          onclick="newExperiment()"
526          title="New experiment&hellip;"
527          tooltip="Create a new experiment from the selected raw bioassays"
528          visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.EXPERIMENT)%>"
529        />
530        <tbl:button 
531          image="import.gif" 
532          onclick="runPlugin('ImportItems')" 
533          title="Import&hellip;" 
534          tooltip="Import data" 
535          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
536        />
537        <tbl:button 
538          image="export.gif" 
539          onclick="runPlugin('ExportItems')" 
540          title="Export&hellip;" 
541          tooltip="Export data" 
542          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
543        />
544        <tbl:button 
545          image="runplugin.gif" 
546          onclick="runPlugin('RunListPlugin')" 
547          title="Run plugin&hellip;" 
548          tooltip="Run a plugin" 
549          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
550        />
551      </tbl:toolbar>
552      <tbl:navigator
553        page="<%=cc.getPage()%>" 
554        rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
555        totalrows="<%=rawBioAssays == null ? 0 : rawBioAssays.getTotalCount()%>" 
556        visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
557      />
558      <tbl:data>
559        <tbl:columns>
560        <tbl:presetselector 
561          clazz="columnheader"
562          colspan="3"
563          onchange="presetOnChange()"
564        />
565        </tbl:columns>
566
567        <tr>
568          <tbl:header 
569            clazz="index"
570            >&nbsp;</tbl:header>
571          <tbl:header 
572            clazz="check" 
573            visible="<%=mode.hasCheck()%>"
574            ><base:icon 
575              image="check_uncheck.gif" 
576              tooltip="Check/uncheck all" 
577              onclick="Forms.checkUncheck(document.forms[formId])" style="align: left;"
578            /></tbl:header>
579          <tbl:header 
580            clazz="check" 
581            visible="<%=mode.hasRadio()%>"
582            >&nbsp;</tbl:header>
583          <tbl:header 
584            clazz="icons" 
585            visible="<%=mode.hasIcons()%>"
586            >&nbsp;</tbl:header>
587          <tbl:propertyfilter />
588        </tr>
589         
590          <tbl:rows>
591          <%
592          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
593          int selectedItemId = cc.getId();
594          if (rawBioAssays != null)
595          {           
596            while (rawBioAssays.hasNext())
597            {
598              RawBioAssay item = rawBioAssays.next();
599              Job job = null;
600              try
601              {
602                job = item.getJob();
603              }
604              catch (Throwable t)
605              {}
606              RawDataType rdt = item.getRawDataType();
607              int itemId = item.getId();
608              String openSharePopup = "shareItem("+itemId+")";
609              String deletePermanently = "deleteItemPermanently("+itemId+")";
610              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
611              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
612              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
613              String tooltip = mode.isSelectionMode() ? 
614                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
615              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
616              index++;
617              numListed++;
618              %>
619              <tbl:row>
620                <tbl:header 
621                  clazz="index"
622                  ><%=index%></tbl:header>
623                <tbl:header 
624                  clazz="check" 
625                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
626                  ><input 
627                    type="checkbox" 
628                    name="<%=itemId%>" 
629                    value="<%=itemId%>" 
630                    title="<%=name%>" 
631                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
632                  ></tbl:header>
633                <tbl:header 
634                  clazz="check" 
635                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
636                  ><input 
637                    type="radio" 
638                    name="item_id" 
639                    value="<%=itemId%>" 
640                    title="<%=name%>" 
641                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
642                  ></tbl:header>
643                <tbl:header 
644                  clazz="icons" 
645                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
646                  ><base:icon 
647                    image="<%=deletePermission ? "deleted.gif" : "deleted_disabled.gif"%>"
648                    onclick="<%=deletePermission ? deletePermanently : null%>"
649                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
650                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
651                  /><base:icon 
652                    image="<%=sharePermission ? "shared.gif" : "shared_disabled.gif"%>" 
653                    onclick="<%=sharePermission ? openSharePopup : null%>"
654                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
655                    visible="<%=item.isShared()%>"
656                  />&nbsp;</tbl:header>
657                <tbl:cell column="name"><div class="link" 
658                  onclick="itemOnClick(<%=writePermission ? "event" : null%>, <%=itemId%>)" 
659                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
660                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
661                <tbl:cell column="spots"><%=item.getNumDbSpots()%></tbl:cell>
662                <tbl:cell column="numFileSpots"><%=item.getNumFileSpots()%></tbl:cell>
663                <tbl:cell column="bytes"><%=Values.formatBytes(item.getBytes())%></tbl:cell>
664                <tbl:cell column="platform"
665                  ><base:propertyvalue 
666                    item="<%=item%>" 
667                    property="platform"
668                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
669                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
670                  /></tbl:cell>
671                <tbl:cell column="variant"
672                  ><base:propertyvalue 
673                    item="<%=item%>" 
674                    property="variant"
675                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
676                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
677                  /></tbl:cell>               
678                <tbl:cell column="rawDataType"><%=HTML.encodeTags(rdt.getName())%></tbl:cell>
679                <tbl:cell column="arrayNum"><%=item.getArrayNum()%></tbl:cell>
680                <tbl:cell column="hasData"><%=item.hasData()%></tbl:cell>
681                <tbl:cell column="scan"
682                  ><base:propertyvalue 
683                    item="<%=item%>" 
684                    property="scan"
685                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
686                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
687                  /></tbl:cell>
688                <tbl:cell column="software"
689                  ><base:propertyvalue 
690                    item="<%=item%>" 
691                    property="software"
692                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
693                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
694                  /></tbl:cell>
695                <tbl:cell column="protocol"
696                  ><base:propertyvalue 
697                    item="<%=item%>" 
698                    property="protocol"
699                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
700                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
701                  /></tbl:cell>
702                <tbl:cell column="arrayDesign"
703                  ><base:propertyvalue 
704                    item="<%=item%>" 
705                    property="arrayDesign"
706                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
707                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
708                  /></tbl:cell>
709                <tbl:cell column="plugin">
710                  <base:propertyvalue 
711                    item="<%=item%>"
712                    property="job.pluginDefinition" 
713                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
714                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
715                    />
716                </tbl:cell>
717                <tbl:cell column="configuration">
718                  <base:propertyvalue 
719                    item="<%=item%>"
720                    property="job.pluginConfiguration" 
721                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
722                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
723                  />
724                </tbl:cell>
725                <tbl:cell 
726                  column="importdate" 
727                  value="<%=job == null ? null : job.getEnded() %>" 
728                />
729                <tbl:cell column="experiments">
730                  <%
731                  experimentQuery.setParameter("rawBioAssay", itemId, Type.INT);
732                  try
733                  {
734                    String separator = "";
735                    for (Experiment e : experimentQuery.list(dc))
736                    {
737                      out.write(separator);
738                      if (mode.hasPropertyLink())
739                      {
740                        out.write(Base.getLinkedName(ID, e, false, mode.hasEditLink()));
741                      }
742                      else
743                      {
744                        out.write(HTML.encodeTags(e.getName()));
745                      }
746                      separator = ", ";
747                    }
748                  }
749                  catch (Throwable t)
750                  {
751                    %>
752                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
753                    <%
754                  }
755                  %>
756                </tbl:cell>
757                <tbl:cell column="owner"
758                  ><base:propertyvalue 
759                    item="<%=item%>" 
760                    property="owner"
761                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
762                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
763                  /></tbl:cell>
764                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
765                <%
766                AnnotationSet as = item.isAnnotated() ? item.getAnnotationSet() : null;
767                if (as != null)
768                {
769                  for (AnnotationType at : annotationTypes)
770                  {
771                    if (as.hasAnnotation(at))
772                    {
773                      Annotation a = as.getAnnotation(at);
774                      String suffix = a.getUnitSymbol(null);
775                      if (suffix != null) suffix = "&nbsp;" + suffix;
776                      %>
777                      <tbl:cell 
778                        column="<%="at"+at.getId()%>"
779                        ><tbl:cellvalue 
780                          list="<%=a.getValues(null)%>"
781                          suffix="<%=suffix%>"
782                      /></tbl:cell>
783                      <%
784                    }
785                  }
786                }
787                %>
788                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
789                <tbl:cell column="sharedTo">
790                  <%
791                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
792                  while(sharees.hasNext())
793                  {
794                    Nameable n = sharees.next();
795                    if (mode.hasPropertyLink())
796                    {
797                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
798                    }
799                    else
800                    {
801                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
802                    }
803                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
804                  }
805                  %>
806                </tbl:cell>
807              </tbl:row>
808              <%
809              }
810            }
811          %>
812          </tbl:rows>
813      </tbl:data>
814      <%
815      if (numListed == 0)
816      {
817        %>
818        <tbl:panel><%=rawBioAssays == null || rawBioAssays.getTotalCount() == 0 ? "No raw bioassays were found" : "No raw bioassays on this page. Please select another page!" %></tbl:panel>
819        <%
820      }
821      else
822      {
823        %>
824        <tbl:navigator
825          page="<%=cc.getPage()%>" 
826          rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
827          totalrows="<%=rawBioAssays == null ? 0 : rawBioAssays.getTotalCount()%>" 
828          visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
829          locked="true"
830        />
831        <%
832      }
833      %>
834    </tbl:table>
835    <base:buttongroup align="center" clazz="fixedatbottom">
836      <base:button onclick="returnSelected();" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
837      <base:button onclick="window.close();" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
838      <base:button onclick="window.close();" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
839    </base:buttongroup>
840    <br><br><br>
841  </base:body>
842  </base:page>
843  <%
844}
845finally
846{
847  if (rawBioAssays != null) rawBioAssays.close();
848  if (dc != null) dc.close();
849}
850%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.