source: trunk/www/views/rawbioassays/list_rawbioassays.jsp @ 6699

Last change on this file since 6699 was 6699, checked in by Nicklas Nordborg, 9 years ago

References #1912: Add more filter rows in list pages

Fixes a problem with using non-unique id for the 'Add filter row' icon when used on pages that has multiple lists. This caused the icon to not work or add rows to the incorrect list.

The add/remove icons are now based on class names instead which means we can target each icon within the table context it is defined in.
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 27.4 KB
Line 
1<%-- $Id: list_rawbioassays.jsp 6699 2015-01-30 10:32:48Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2005 Nicklas Nordborg
4  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
5  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Martin Svensson
6
7  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
8  Available at http://base.thep.lu.se/
9
10  BASE is free software; you can redistribute it and/or
11  modify it under the terms of the GNU General Public License
12  as published by the Free Software Foundation; either version 3
13  of the License, or (at your option) any later version.
14
15  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
16  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
17  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
18  GNU General Public License for more details.
19
20  You should have received a copy of the GNU General Public License
21  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
22  ------------------------------------------------------------------
23
24  @author Nicklas
25  @version 2.0
26--%>
27<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
28  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
29  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
30  import="net.sf.basedb.core.Item"
31  import="net.sf.basedb.core.RawBioAssay"
32  import="net.sf.basedb.core.Platform"
33  import="net.sf.basedb.core.RawDataType"
34  import="net.sf.basedb.core.RawDataTypes"
35  import="net.sf.basedb.core.Experiment"
36  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
37  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
38  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
39  import="net.sf.basedb.core.File"
40  import="net.sf.basedb.core.FileSetMember"
41  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
42  import="net.sf.basedb.core.Include"
43  import="net.sf.basedb.core.Type"
44  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
45  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
46  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
47  import="net.sf.basedb.core.Job"
48  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
49  import="net.sf.basedb.core.Permission"
50  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
51  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
52  import="net.sf.basedb.core.Quantity"
53  import="net.sf.basedb.core.Unit"
54  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
55  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
56  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
57  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
58  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
59  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
60  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationLoaderUtil"
61  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationTypeFilter"
62  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSnapshot"
63  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSetSnapshot"
64  import="net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager"
65  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
66  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
67  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
68  import="net.sf.basedb.util.units.UnitUtil"
69  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
70  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
71  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
72  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
73  import="net.sf.basedb.util.Values"
74  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
75  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
76  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
77  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
78  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
79  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
80  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
81  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
82  import="java.util.Iterator"
83  import="java.util.List"
84  import="java.util.Map"
85  import="java.util.Date"
86  import="java.util.ArrayList"
87%>
88<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
89<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
90<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
91<%!
92  private static final Item itemType = Item.RAWBIOASSAY;
93  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
94%>
95<%
96final String root = request.getContextPath()+"/";
97final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
98final String ID = sc.getId();
99final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
100final boolean readPermission = sc.hasPermission(Permission.READ, itemType);
101final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
102
103final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
104final String callback = request.getParameter("callback");
105final String title = mode.generateTitle("raw bioassay", "raw bioassays");
106final DbControl dc = sc.newDbControl();
107ItemResultIterator<RawBioAssay> rawBioAssays = null;
108List<AnnotationLoaderUtil> annotationLoaders = new ArrayList<AnnotationLoaderUtil>();
109try
110{
111  ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
112  SnapshotManager manager = new SnapshotManager();
113  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
114  {
115    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at));
116  }
117  annotationTypeQuery = Base.getInheritedAnnotationColumns(cc.getSetting("columns"));
118  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
119  {
120    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at, false, true));
121  }
122
123  // Query for experiments relatated to the current raw bioassay
124  final ItemQuery<Experiment> experimentQuery = Experiment.getQuery();
125  experimentQuery.include(cc.getInclude());
126  experimentQuery.join(Hql.innerJoin("rawBioAssays", "rba"));
127  experimentQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("rba"), Expressions.parameter("rawBioAssay")));
128  experimentQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
129 
130  // Get all platforms
131  final ItemQuery<Platform> platformQuery = Platform.getQuery();
132  platformQuery.include(cc.getInclude());
133  platformQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
134  platformQuery.setCacheResult(true);
135  Enumeration<String, String> platforms = new Enumeration<String, String>();
136  for (Platform p : platformQuery.list(dc))
137  {
138    platforms.add(Integer.toString(p.getId()), p.getName());
139  }
140 
141  Unit bytes = UnitUtil.getUnit(dc, Quantity.STORAGE_SIZE, "B");
142  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
143  try
144  {
145    final ItemQuery<RawBioAssay> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, RawBioAssay.getQuery(), mode);
146    rawBioAssays = query.iterate(dc);
147  }
148  catch (Throwable t)
149  {
150    t.printStackTrace();
151    cc.setMessage(t.getMessage());
152  }
153  Formatter<Date> dateTimeFormatter = FormatterFactory.getDateTimeFormatter(sc);
154  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
155  int numListed = 0;
156  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
157  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
158  ExtensionsInvoker columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
159  %>
160  <base:page title="<%=title==null ? "Raw bioassays" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
161  <base:head scripts="table.js,~bioassays.js" styles="table.css,toolbar.css">
162    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
163    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
164  </base:head>
165 
166  <base:body>
167    <h1><%=title==null ? "Raw bioassays" : title%></h1>
168    <div class="content">
169    <tbl:table 
170      id="rawbioassays" 
171      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
172      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
173      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
174      action="index.jsp"
175      sc="<%=sc%>"
176      item="<%=itemType%>"
177      subclass="fulltable"
178      filterrows="<%=cc.getFilterRows()%>"
179      data-inherited-annotations="true"
180      >
181      <tbl:hidden 
182        name="mode" 
183        value="<%=mode.getName()%>" 
184      />
185      <tbl:hidden 
186        name="callback" 
187        value="<%=callback%>" 
188        skip="<%=callback == null%>" 
189      />
190      <tbl:columndef 
191        id="name"
192        property="name"
193        datatype="string"
194        title="Name"
195        sortable="true" 
196        filterable="true"
197        exportable="true"
198        show="always" 
199      />
200      <tbl:columndef 
201        id="id" 
202        clazz="uniquecol"
203        property="id"
204        datatype="int"
205        title="ID"
206        sortable="true"
207        filterable="true"
208        exportable="true"
209      />
210      <tbl:columndef 
211        id="entryDate"
212        property="entryDate"
213        datatype="date"
214        title="Registered"
215        sortable="true" 
216        filterable="true"
217        exportable="true"
218        formatter="<%=dateFormatter%>"
219      />
220      <tbl:columndef 
221        id="platform"
222        property="platform"
223        sortproperty="platform.name"
224        exportproperty="platform.name:string"
225        datatype="int"
226        enumeration="<%=platforms%>"
227        title="Platform"
228        sortable="true" 
229        filterable="true"
230        exportable="true"
231      /> 
232      <tbl:columndef 
233        id="variant"
234        property="variant.name"
235        datatype="string"
236        title="Variant"
237        sortable="true" 
238        filterable="true"
239        exportable="true"
240      />       
241      <%
242      Enumeration<String, String> rawEnumeration = new Enumeration<String, String>();
243      for (RawDataType rdt : RawDataTypes.getRawDataTypes())
244      {
245        rawEnumeration.add(rdt.getId(), HTML.encodeTags(rdt.getName()));
246      }
247      rawEnumeration.sortValues();
248      %>
249      <tbl:columndef 
250        id="rawDataType"
251        property="rawDataType"
252        datatype="string"
253        enumeration="<%=rawEnumeration%>"
254        title="Raw data type"
255        sortable="true" 
256        filterable="true"
257        exportable="true"
258      />
259      <tbl:columndef 
260        id="hasData"
261        property="hasData"
262        datatype="boolean"
263        title="Has data"
264        sortable="true" 
265        filterable="true"
266        exportable="true"
267      />
268      <tbl:columndef 
269        id="spots"
270        property="spots"
271        datatype="int"
272        title="Db spots"
273        sortable="true" 
274        filterable="true"
275        exportable="true"
276      />
277      <tbl:columndef 
278        id="numFileSpots"
279        property="numFileSpots"
280        datatype="int"
281        title="File spots"
282        sortable="true" 
283        filterable="true"
284        exportable="true"
285      />     
286      <tbl:columndef 
287        id="bytes"
288        property="bytes"
289        datatype="long"
290        title="Bytes"
291        sortable="true" 
292        filterable="true"
293        exportable="true"
294        unit="<%=bytes%>"
295      />
296      <tbl:columndef 
297        id="parentBioAssay"
298        property="parentBioAssay.name"
299        datatype="string"
300        title="Parent bioassay"
301        sortable="true" 
302        filterable="true"
303        exportable="true"
304      />
305      <tbl:columndef 
306        id="parentExtract"
307        property="parentExtract.name"
308        datatype="string"
309        title="Parent extract"
310        sortable="true" 
311        filterable="true"
312        exportable="true"
313      />
314      <tbl:columndef 
315        id="software"
316        property="software.name"
317        datatype="string"
318        title="Software"
319        sortable="true" 
320        filterable="true"
321        exportable="true"
322      />
323      <tbl:columndef 
324        id="protocol"
325        property="protocol.name"
326        datatype="string"
327        title="Protocol"
328        sortable="true" 
329        filterable="true"
330        exportable="true"
331      />
332      <tbl:columndef 
333        id="arrayDesign"
334        property="arrayDesign.name"
335        datatype="string"
336        title="Array design"
337        sortable="true" 
338        filterable="true"
339        exportable="true"
340      />
341      <tbl:columndef 
342        id="plugin"
343        property="job.pluginDefinition.name"
344        datatype="string"
345        title="Plugin"
346        sortable="true"
347        filterable="true"
348        exportable="true"
349        tooltip="The plug-in that was used to import raw data"
350      />
351      <tbl:columndef 
352        id="configuration"
353        property="job.pluginConfiguration.name"
354        datatype="string"
355        title="Configuration"
356        sortable="true"
357        filterable="true"
358        exportable="true" 
359        tooltip="The configuration/file format that was used to import raw data"
360      />
361      <tbl:columndef 
362        id="importdate"
363        property="job.ended"
364        datatype="date"
365        title="Import date"
366        sortable="true"
367        filterable="true"
368        exportable="true" 
369        tooltip="The date and time of the raw data import"
370        formatter="<%=dateTimeFormatter%>"
371      />
372      <tbl:columndef
373        id="experiments"
374        title="Experiments"
375        property="&experiments(name)"
376        datatype="string"
377        filterable="true"
378        exportable="true"
379      />
380      <tbl:columndef
381        id="files"
382        title="Files"
383        property="&fileSet.members(file.name)"
384        datatype="string"
385        filterable="true"
386        exportable="true"
387      />
388      <tbl:columndef 
389        id="owner"
390        property="owner.name"
391        datatype="string"
392        title="Owner"
393        sortable="true" 
394        filterable="true"
395        exportable="true"
396      />
397      <tbl:columndef 
398        id="description"
399        property="description"
400        datatype="string"
401        title="Description" 
402        sortable="true" 
403        filterable="true" 
404        exportable="true"
405      />
406      <%
407      for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
408      {
409        AnnotationType at = loader.getAnnotationType();
410        Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
411        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
412        if (at.isEnumeration())
413        {
414          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
415          List<?> values = at.getValues();
416          for (Object value : values)
417          {
418            String encoded = HTML.encodeTags(value.toString());
419            annotationEnum.add(encoded, encoded);
420          }
421        }
422        %>
423        <tbl:columndef 
424          id="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "ia" : "at")+at.getId()%>"
425          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? " [I]" : " [A]")%>" 
426          property="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "##" : "#")+at.getId()%>"
427          annotation="true"
428          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
429          enumeration="<%=annotationEnum%>"
430          smartenum="<%=at.getDisplayAsList() %>"
431          sortable="<%=at.getMultiplicity() == 1 && !loader.isSearchingInheritedAnnotations()%>" 
432          filterable="true" 
433          exportable="true"
434          formatter="<%=formatter%>"
435          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
436        />
437        <%
438      }
439      %>
440      <tbl:columndef
441        id="permission"
442        title="Permission"
443      />
444      <tbl:columndef
445        id="sharedTo"
446        title="Shared to"
447        filterable="true"
448        filterproperty="!sharedTo.name"
449        datatype="string"
450      />
451      <tbl:columndef 
452        id="xt-columns" 
453        extensions="<%=columnsInvoker%>" 
454        jspcontext="<%=jspContext%>" 
455      />
456      <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
457        <tbl:toolbar
458          subclass="bottomborder"
459          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
460          >
461          <tbl:button 
462            id="btnNewItem"
463            disabled="<%=!createPermission%>" 
464            image="new.png" 
465            title="New&hellip;" 
466            tooltip="<%=createPermission ? "Create new raw bioassay" : "You do not have permission to create raw bioassays"%>" 
467          />
468          <tbl:button 
469            id="btnDeleteItems"
470            image="delete.png"
471            title="Delete" 
472            tooltip="Delete the selected items" 
473          />
474          <tbl:button 
475            id="btnRestoreItems"
476            image="restore.png"
477            title="Restore" 
478            tooltip="Restore the selected (deleted) items"
479          />
480          <tbl:button 
481            id="btnShareItems"
482            image="share.png"
483            title="Share&hellip;" 
484            tooltip="Share the selected items"
485          />
486          <tbl:button 
487            id="btnSetOwner"
488            image="take_ownership.png"
489            title="Set owner&hellip;"
490            tooltip="Change owner of the selected items"
491          />
492          <tbl:button 
493            id="btnColumns"
494            image="columns.png" 
495            title="Columns&hellip;" 
496            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
497          />
498          <tbl:button
499            id="btnNewExperiment"
500            image="add.png"
501            title="New experiment&hellip;"
502            tooltip="Create a new experiment from the selected raw bioassays"
503            visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.EXPERIMENT)%>"
504          />
505          <tbl:button
506            id="btnInheritAnnotations"
507            image="inherit.png"
508            title="Inherit annotations&hellip;"
509            tooltip="Batch inherit annotations from parent items"
510          />
511          <tbl:button 
512            id="btnImport"
513            data-plugin-type="IMPORT"
514            image="import.png" 
515            title="Import&hellip;" 
516            tooltip="Import data" 
517            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
518          />
519          <tbl:button 
520            id="btnExport"
521            data-plugin-type="EXPORT"
522            image="export.png" 
523            title="Export&hellip;" 
524            tooltip="Export data" 
525            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
526          />
527          <tbl:button 
528            id="btnRunPlugin"
529            data-plugin-type="OTHER"
530            image="runplugin.png" 
531            title="Run plugin&hellip;" 
532            tooltip="Run a plugin" 
533            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
534          />
535          <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
536            wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
537        </tbl:toolbar>
538        <tbl:panel>
539          <tbl:presetselector />
540          <tbl:navigator
541            page="<%=cc.getPage()%>" 
542            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
543            totalrows="<%=rawBioAssays == null ? 0 : rawBioAssays.getTotalCount()%>" 
544            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
545          />
546        </tbl:panel>
547      </div>
548      <tbl:data>
549        <tbl:headers>
550          <tbl:headerrow>
551            <tbl:header colspan="3" />
552            <tbl:columnheaders />
553          </tbl:headerrow>
554          <%
555          int numFilters = cc.getNumPropertyFilters();
556          int numRows = cc.getFilterRows();
557          for (int filterNo = 0; filterNo < numRows; filterNo++)
558          {
559            boolean lastRow = filterNo == numRows-1;
560            %>
561            <tbl:headerrow>
562              <tbl:header subclass="index" />
563              <tbl:header 
564                subclass="check" 
565                visible="<%=mode.hasCheck()%>"
566                ><base:icon 
567                  id="check.uncheck"
568                  image="check_uncheck.png" 
569                  tooltip="Check/uncheck all" 
570                  visible="<%=lastRow%>"
571                /></tbl:header>
572              <tbl:header 
573                subclass="check" 
574                visible="<%=mode.hasRadio()%>"
575                />
576              <tbl:header 
577                subclass="icons" 
578                visible="<%=mode.hasIcons()%>"
579                >
580                <base:icon
581                  subclass="link table-filter-row-action"
582                  image="add.png"
583                  tooltip="Add extra filter row"
584                  visible="<%=lastRow%>"
585                /><base:icon
586                  subclass="link table-filter-row-action"
587                  image="remove.png"
588                  tooltip="Remove this filter row"
589                  visible="<%=numRows > 1 || numFilters > 0 %>"
590                  data-remove-row="<%=filterNo%>"
591                />
592              </tbl:header>
593              <tbl:propertyfilter row="<%=filterNo%>" />
594            </tbl:headerrow>
595            <%
596          }
597          %>
598        </tbl:headers>
599        <tbl:rows>
600          <%
601          if (cc.getMessage() != null)
602          {
603            %>
604            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
605              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
606            </tbl:panel>
607            <%
608            cc.setMessage(null);
609          }
610          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
611          int selectedItemId = cc.getId();
612          if (rawBioAssays != null)
613          {           
614            while (rawBioAssays.hasNext())
615            {
616              RawBioAssay item = rawBioAssays.next();
617              Job job = null;
618              try
619              {
620                job = item.getJob();
621              }
622              catch (Throwable t)
623              {}
624              int itemId = item.getId();
625             
626             
627              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
628              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
629              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
630              String tooltip = mode.isSelectionMode() ? 
631                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
632              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
633              index++;
634              numListed++;
635              %>
636              <tbl:row>
637                <tbl:header 
638                  clazz="index"
639                  ><%=index%></tbl:header>
640                <tbl:header 
641                  clazz="check" 
642                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
643                  ><input 
644                    type="checkbox" 
645                    name="<%=itemId%>" 
646                    value="<%=itemId%>" 
647                    title="<%=name%>" 
648                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
649                  ></tbl:header>
650                <tbl:header 
651                  clazz="check" 
652                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
653                  ><input 
654                    type="radio" 
655                    name="item_id" 
656                    value="<%=itemId%>" 
657                    title="<%=name%>" 
658                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
659                  ></tbl:header>
660                <tbl:header 
661                  clazz="icons" 
662                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
663                  ><base:icon 
664                    image="deleted.png"
665                    id="<%="delete."+itemId %>"
666                    subclass="<%=deletePermission ? "table-delete-item" : null %>"
667                    data-item-id="<%=itemId%>"
668                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
669                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
670                  /><base:icon 
671                    image="shared.png" 
672                    id="<%="share."+itemId %>"
673                    subclass="<%=sharePermission ? "table-share-item" : null %>"
674                    data-item-id="<%=itemId%>"
675                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
676                    visible="<%=item.isShared()%>"
677                  />&nbsp;</tbl:header>
678                <tbl:cell column="name"><div 
679                  class="link table-item"
680                  data-item-id="<%=itemId%>"
681                  data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>" 
682                  tabindex="0"
683                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
684                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
685                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=item.getEntryDate()%>" />
686                <tbl:cell column="spots"><%=item.getNumDbSpots()%></tbl:cell>
687                <tbl:cell column="numFileSpots"><%=item.getNumFileSpots()%></tbl:cell>
688                <tbl:cell column="bytes"><%=Values.formatBytes(item.getBytes())%></tbl:cell>
689                <tbl:cell column="platform"
690                  ><base:propertyvalue 
691                    item="<%=item%>" 
692                    property="platform"
693                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
694                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
695                  /></tbl:cell>
696                <tbl:cell column="variant"
697                  ><base:propertyvalue 
698                    item="<%=item%>" 
699                    property="variant"
700                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
701                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
702                  /></tbl:cell>               
703                <tbl:cell column="rawDataType"><%=HTML.encodeTags(item.getRawDataType().getName())%></tbl:cell>
704                <tbl:cell column="hasData"><%=item.hasData()%></tbl:cell>
705                <tbl:cell column="parentBioAssay"
706                  ><base:propertyvalue 
707                    item="<%=item%>" 
708                    property="parentBioAssay"
709                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
710                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
711                  /></tbl:cell>
712                <tbl:cell column="parentExtract"
713                  ><base:propertyvalue 
714                    item="<%=item%>" 
715                    property="parentExtract"
716                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
717                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
718                  /></tbl:cell>
719                <tbl:cell column="software"
720                  ><base:propertyvalue 
721                    item="<%=item%>" 
722                    property="software"
723                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
724                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
725                  /></tbl:cell>
726                <tbl:cell column="protocol"
727                  ><base:propertyvalue 
728                    item="<%=item%>" 
729                    property="protocol"
730                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
731                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
732                  /></tbl:cell>
733                <tbl:cell column="arrayDesign"
734                  ><base:propertyvalue 
735                    item="<%=item%>" 
736                    property="arrayDesign"
737                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
738                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
739                  /></tbl:cell>
740                <tbl:cell column="plugin">
741                  <base:propertyvalue 
742                    item="<%=item%>"
743                    property="job.pluginDefinition" 
744                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
745                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
746                    />
747                </tbl:cell>
748                <tbl:cell column="configuration">
749                  <base:propertyvalue 
750                    item="<%=item%>"
751                    property="job.pluginConfiguration" 
752                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
753                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
754                  />
755                </tbl:cell>
756                <tbl:cell 
757                  column="importdate" 
758                  value="<%=job == null ? null : job.getEnded() %>" 
759                />
760                <tbl:cell column="files">
761                  <% 
762                  if (item.hasFileSet())
763                  {
764                    for (FileSetMember member : item.getFileSet().getMembers().list(dc))
765                    {
766                      try
767                      {
768                        %>
769                        <%=Base.getLinkedFile(ID, member.getFile(), false, true, true, root) %><br>
770                        <%
771                      }
772                      catch (PermissionDeniedException ex)
773                      {}
774                    }
775                  }
776                  else
777                  {
778                    %>
779                    <i>- none -</i>
780                    <%
781                  }
782                  %>
783                </tbl:cell>
784                <tbl:cell column="experiments">
785                  <%
786                  experimentQuery.setParameter("rawBioAssay", itemId, Type.INT);
787                  try
788                  {
789                    String separator = "";
790                    for (Experiment e : experimentQuery.list(dc))
791                    {
792                      out.write(separator);
793                      if (mode.hasPropertyLink())
794                      {
795                        out.write(Base.getLinkedName(ID, e, false, mode.hasEditLink()));
796                      }
797                      else
798                      {
799                        out.write(HTML.encodeTags(e.getName()));
800                      }
801                      separator = ", ";
802                    }
803                  }
804                  catch (Throwable t)
805                  {
806                    %>
807                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
808                    <%
809                  }
810                  %>
811                </tbl:cell>
812                <tbl:cell column="owner"
813                  ><base:propertyvalue 
814                    item="<%=item%>" 
815                    property="owner"
816                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
817                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
818                  /></tbl:cell>
819                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
820                <%
821                if (item.isAnnotated())
822                {
823                  AnnotationSetSnapshot snapshot = manager.getSnapshot(dc, item.getAnnotationSet().getId());
824                  for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
825                  {
826                    if (loader.find(snapshot))
827                    {
828                      %>
829                      <tbl:cell 
830                        column="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "ia" : "at")+loader.getId()%>"
831                        ><tbl:cellvalue 
832                          list="<%=loader.getValues()%>"
833                          suffix="<%=loader.getUnitSymbol()%>"
834                      /></tbl:cell>
835                      <%
836                    }
837                  }
838                }
839                %>
840                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
841                <tbl:cell column="sharedTo">
842                  <%
843                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
844                  while(sharees.hasNext())
845                  {
846                    Nameable n = sharees.next();
847                    if (mode.hasPropertyLink())
848                    {
849                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
850                    }
851                    else
852                    {
853                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
854                    }
855                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
856                  }
857                  %>
858                </tbl:cell>
859                <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
860                  <tbl:cell column="xt-columns" />
861                </tbl:xt-cells>
862              </tbl:row>
863              <%
864              }
865            }
866          if (numListed == 0)
867          {
868            %>
869            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
870              <div class="messagecontainer note">
871              <%=rawBioAssays == null || rawBioAssays.getTotalCount() == 0 ? "No raw bioassays were found" : "No raw bioassays on this page. Please select another page!" %>
872              </div>
873            </tbl:panel>
874            <%
875          }
876          %>
877        </tbl:rows>
878      </tbl:data>
879    </tbl:table>
880    </div>
881   
882    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
883      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
884      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
885      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
886    </base:buttongroup>
887   
888  </base:body>
889  </base:page>
890  <%
891}
892finally
893{
894  if (rawBioAssays != null) rawBioAssays.close();
895  if (dc != null) dc.close();
896}
897%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.