source: trunk/www/views/rawbioassays/list_rawbioassays.jsp @ 7773

Last change on this file since 7773 was 7773, checked in by Nicklas Nordborg, 2 years ago

References #2202: Include information from parent items in list pages

Implemented a simple dialog for selecting parent item columns. It currently allows selecting to display the name of a parent item or any annotation that is attached to it. It can probably be improved a bit more.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 29.5 KB
Line 
1<%-- $Id: list_rawbioassays.jsp 7773 2020-02-17 10:10:58Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2005 Nicklas Nordborg
4  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
5  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Martin Svensson
6
7  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
8  Available at http://base.thep.lu.se/
9
10  BASE is free software; you can redistribute it and/or
11  modify it under the terms of the GNU General Public License
12  as published by the Free Software Foundation; either version 3
13  of the License, or (at your option) any later version.
14
15  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
16  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
17  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
18  GNU General Public License for more details.
19
20  You should have received a copy of the GNU General Public License
21  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
22  ------------------------------------------------------------------
23
24  @author Nicklas
25  @version 2.0
26--%>
27<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
28  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
29  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
30  import="net.sf.basedb.core.Item"
31  import="net.sf.basedb.core.RawBioAssay"
32  import="net.sf.basedb.core.Platform"
33  import="net.sf.basedb.core.RawDataType"
34  import="net.sf.basedb.core.RawDataTypes"
35  import="net.sf.basedb.core.Experiment"
36  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
37  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
38  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
39  import="net.sf.basedb.core.File"
40  import="net.sf.basedb.core.FileSet"
41  import="net.sf.basedb.core.DataFileType"
42  import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
43  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
44  import="net.sf.basedb.core.Include"
45  import="net.sf.basedb.core.Type"
46  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
47  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
48  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
49  import="net.sf.basedb.core.Job"
50  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
51  import="net.sf.basedb.core.Permission"
52  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
53  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
54  import="net.sf.basedb.core.Quantity"
55  import="net.sf.basedb.core.Unit"
56  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
57  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
58  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
59  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
60  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
61  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
62  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationLoaderUtil"
63  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationTypeFilter"
64  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSnapshot"
65  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSetSnapshot"
66  import="net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager"
67  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
68  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
69  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
70  import="net.sf.basedb.util.units.UnitUtil"
71  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
72  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
73  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
74  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
75  import="net.sf.basedb.util.Values"
76  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
77  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.DataFileFormatter"
78  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
79  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
80  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
81  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
82  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ButtonAction" 
83  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
84  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnAction"
85  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
86  import="net.sf.basedb.clients.web.util.ProjectSpecificInfoFilter"
87  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
88  import="java.util.Iterator"
89  import="java.util.List"
90  import="java.util.Map"
91  import="java.util.Date"
92  import="java.util.ArrayList"
93%>
94<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
95<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
96<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
97<%!
98  private static final Item itemType = Item.RAWBIOASSAY;
99  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
100%>
101<%
102final String root = request.getContextPath()+"/";
103final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
104final String ID = sc.getId();
105final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
106final boolean readPermission = sc.hasPermission(Permission.READ, itemType);
107final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
108
109final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
110final String callback = request.getParameter("callback");
111final String title = mode.generateTitle("raw bioassay", "raw bioassays");
112final DbControl dc = sc.newDbControl();
113ItemResultIterator<RawBioAssay> rawBioAssays = null;
114List<AnnotationLoaderUtil> annotationLoaders = new ArrayList<AnnotationLoaderUtil>();
115try
116{
117  ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
118  SnapshotManager manager = new SnapshotManager();
119  ProjectSpecificInfoFilter psInfo = new ProjectSpecificInfoFilter();
120  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
121  {
122    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at));
123  }
124  annotationTypeQuery = Base.getInheritedAnnotationColumns(cc.getSetting("columns"));
125  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
126  {
127    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at, false, true));
128  }
129  List<DataFileType> fileTypeColumns = new ArrayList<DataFileType>(Base.getDataFileColumns(itemType, null).list(dc));
130
131  final ItemQuery<ItemSubtype> jobSubtypesQuery = Base.getSubtypesQuery(Item.JOB);
132 
133  // Query for experiments relatated to the current raw bioassay
134  final ItemQuery<Experiment> experimentQuery = Experiment.getQuery();
135  experimentQuery.include(cc.getInclude());
136  experimentQuery.join(Hql.innerJoin("rawBioAssays", "rba"));
137  experimentQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("rba"), Expressions.parameter("rawBioAssay")));
138  experimentQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
139 
140  // Get all platforms
141  final ItemQuery<Platform> platformQuery = Platform.getQuery();
142  platformQuery.include(cc.getInclude());
143  platformQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
144  platformQuery.setCacheResult(true);
145  Enumeration<String, String> platforms = new Enumeration<String, String>();
146  for (Platform p : platformQuery.list(dc))
147  {
148    platforms.add(Integer.toString(p.getId()), p.getName());
149  }
150 
151  Unit bytes = UnitUtil.getUnit(dc, Quantity.STORAGE_SIZE, "B");
152  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
153  try
154  {
155    final ItemQuery<RawBioAssay> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, RawBioAssay.getQuery(), mode);
156    rawBioAssays = query.iterate(dc);
157  }
158  catch (Throwable t)
159  {
160    t.printStackTrace();
161    cc.setMessage(t.getMessage());
162  }
163  Formatter<Date> dateTimeFormatter = FormatterFactory.getDateTimeFormatter(sc);
164  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
165  int numListed = 0;
166  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
167  ExtensionsInvoker<ButtonAction> invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
168  ExtensionsInvoker<ListColumnAction<RawBioAssay,?>> columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
169  %>
170  <base:page title="<%=title==null ? "Raw bioassays" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
171  <base:head scripts="table.js,~bioassays.js" styles="table.css,toolbar.css">
172    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
173    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
174  </base:head>
175 
176  <base:body>
177    <h1><%=title==null ? "Raw bioassays" : title%></h1>
178    <div class="content">
179    <tbl:table 
180      id="rawbioassays" 
181      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
182      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
183      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
184      action="index.jsp"
185      sc="<%=sc%>"
186      item="<%=itemType%>"
187      subclass="fulltable"
188      filterrows="<%=cc.getFilterRows()%>"
189      data-inherited-annotations="true"
190      data-parent-columns="true"
191      >
192      <tbl:hidden 
193        name="mode" 
194        value="<%=mode.getName()%>" 
195      />
196      <tbl:hidden 
197        name="callback" 
198        value="<%=callback%>" 
199        skip="<%=callback == null%>" 
200      />
201      <tbl:columndef 
202        id="name"
203        property="name"
204        datatype="string"
205        title="Name"
206        sortable="true" 
207        filterable="true"
208        exportable="true"
209        show="always" 
210      />
211      <tbl:columndef 
212        id="id" 
213        clazz="uniquecol"
214        property="id"
215        datatype="int"
216        title="ID"
217        sortable="true"
218        filterable="true"
219        exportable="true"
220      />
221      <tbl:columndef 
222        id="entryDate"
223        property="entryDate"
224        datatype="date"
225        title="Registered"
226        sortable="true" 
227        filterable="true"
228        exportable="true"
229        formatter="<%=dateFormatter%>"
230      />
231      <tbl:columndef 
232        id="platform"
233        property="platform"
234        sortproperty="platform.name"
235        exportproperty="platform.name:string"
236        datatype="int"
237        enumeration="<%=platforms%>"
238        title="Platform"
239        sortable="true" 
240        filterable="true"
241        exportable="true"
242      /> 
243      <tbl:columndef 
244        id="variant"
245        property="variant.name"
246        datatype="string"
247        title="Variant"
248        sortable="true" 
249        filterable="true"
250        exportable="true"
251      />       
252      <%
253      Enumeration<String, String> rawEnumeration = new Enumeration<String, String>();
254      for (RawDataType rdt : RawDataTypes.getRawDataTypes())
255      {
256        rawEnumeration.add(rdt.getId(), HTML.encodeTags(rdt.getName()));
257      }
258      rawEnumeration.sortValues();
259      %>
260      <tbl:columndef 
261        id="rawDataType"
262        property="rawDataType"
263        datatype="string"
264        enumeration="<%=rawEnumeration%>"
265        title="Raw data type"
266        sortable="true" 
267        filterable="true"
268        exportable="true"
269      />
270      <tbl:columndef 
271        id="hasData"
272        property="hasData"
273        datatype="boolean"
274        title="Has data"
275        sortable="true" 
276        filterable="true"
277        exportable="true"
278      />
279      <tbl:columndef 
280        id="spots"
281        property="spots"
282        datatype="int"
283        title="Db spots"
284        sortable="true" 
285        filterable="true"
286        exportable="true"
287      />
288      <tbl:columndef 
289        id="numFileSpots"
290        property="numFileSpots"
291        datatype="int"
292        title="File spots"
293        sortable="true" 
294        filterable="true"
295        exportable="true"
296      />     
297      <tbl:columndef 
298        id="bytes"
299        property="bytes"
300        datatype="long"
301        title="Bytes"
302        sortable="true" 
303        filterable="true"
304        exportable="true"
305        unit="<%=bytes%>"
306      />
307      <tbl:columndef 
308        id="parentBioAssay"
309        property="parentBioAssay.name"
310        datatype="string"
311        title="Parent bioassay"
312        sortable="true" 
313        filterable="true"
314        exportable="true"
315      />
316      <tbl:columndef 
317        id="parentExtract"
318        property="parentExtract.name"
319        datatype="string"
320        title="Parent extract"
321        sortable="true" 
322        filterable="true"
323        exportable="true"
324      />
325      <tbl:columndef 
326        id="software"
327        property="software.name"
328        datatype="string"
329        title="Software"
330        sortable="true" 
331        filterable="true"
332        exportable="true"
333      />
334      <tbl:columndef 
335        id="protocol"
336        property="protocol.name"
337        datatype="string"
338        title="Protocol"
339        sortable="true" 
340        filterable="true"
341        exportable="true"
342      />
343      <tbl:columndef 
344        id="arrayDesign"
345        property="arrayDesign.name"
346        datatype="string"
347        title="Array design"
348        sortable="true" 
349        filterable="true"
350        exportable="true"
351      />
352      <tbl:columndef 
353        id="jobType"
354        property="job.itemSubtype"
355        sortproperty="job.itemSubtype.name"
356        exportproperty="job.itemSubtype.name:string"
357        datatype="int"
358        enumeration="<%=Enumeration.fromItems(jobSubtypesQuery.list(dc), "-none-")%>"
359        title="Job type"
360        sortable="true" 
361        filterable="true"
362        exportable="true"
363      />
364      <tbl:columndef 
365        id="plugin"
366        property="job.pluginDefinition.name"
367        datatype="string"
368        title="Plugin"
369        sortable="true"
370        filterable="true"
371        exportable="true"
372        tooltip="The plug-in that was used to create data for the raw bioassay"
373      />
374      <tbl:columndef 
375        id="configuration"
376        property="job.pluginConfiguration.name"
377        datatype="string"
378        title="Configuration"
379        sortable="true"
380        filterable="true"
381        exportable="true" 
382        tooltip="The configuration/file format that was used to create data for the raw bioassay"
383      />
384      <tbl:columndef 
385        id="importdate"
386        property="job.ended"
387        datatype="date"
388        title="Import date"
389        sortable="true"
390        filterable="true"
391        exportable="true" 
392        tooltip="The date and time of the raw data import"
393        formatter="<%=dateTimeFormatter%>"
394      />
395      <tbl:columndef
396        id="experiments"
397        title="Experiments"
398        property="&experiments(name)"
399        datatype="string"
400        filterable="true"
401        exportable="true"
402      />
403      <tbl:columndef 
404        id="owner"
405        property="owner.name"
406        datatype="string"
407        title="Owner"
408        sortable="true" 
409        filterable="true"
410        exportable="true"
411      />
412      <tbl:columndef 
413        id="description"
414        property="description"
415        datatype="string"
416        title="Description" 
417        sortable="true" 
418        filterable="true" 
419        exportable="true"
420      />
421      <tbl:columndef
422        id="itemList"
423        property="§itemLists"
424        datatype="int"
425        title="Item list"
426        filterable="true"
427        enumeration="<%=Base.getItemListsEnum(dc, itemType, cc.getInclude())%>"
428        multiple="false"
429      />
430      <%
431      for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
432      {
433        AnnotationType at = loader.getAnnotationType();
434        Formatter<Object> formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
435        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
436        if (at.isEnumeration())
437        {
438          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
439          if (!at.getDisplayAsList()) annotationEnum.add("", "-none-");
440          List<?> values = at.getValues();
441          for (Object value : values)
442          {
443            String encoded = HTML.encodeTags(value.toString());
444            annotationEnum.add(encoded, encoded);
445          }
446        }
447        %>
448        <tbl:columndef 
449          id="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "ia" : "at")+at.getId()%>"
450          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? " [I]" : " [A]")%>" 
451          property="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "##" : "#")+at.getId()%>"
452          annotation="true"
453          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
454          enumeration="<%=annotationEnum%>"
455          smartenum="<%=at.getDisplayAsList() %>"
456          sortable="<%=at.getMultiplicity() == 1 && !loader.isSearchingInheritedAnnotations()%>" 
457          filterable="true" 
458          exportable="true"
459          formatter="<%=formatter%>"
460          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
461        />
462        <%
463      }
464      for (DataFileType ft : fileTypeColumns)
465      {
466        %>
467        <tbl:columndef
468          subclass="controlled-width"
469          id="<%="ft"+ft.getId()%>"
470          title="<%=HTML.encodeTags(ft.getName())+" [F]"%>"
471          property="<%="¤" + ft.getId()+"(file.name)"%>"
472          exportproperty="<%="¤" + ft.getId()+"(file.path)"%>"
473          datatype="string"
474          filterable="true"
475          sortable="false"
476          exportable="true"
477          formatter="<%=new DataFileFormatter(dc, ft, mode) %>"
478        />
479        <%
480      }
481      %>
482      <tbl:columndef
483        id="permission"
484        title="Permission"
485      />
486      <tbl:columndef
487        id="sharedTo"
488        title="Shared to"
489        filterable="true"
490        filterproperty="!sharedTo.name"
491        datatype="string"
492      />
493      <tbl:columndef 
494        id="xt-columns" 
495        extensions="<%=columnsInvoker%>" 
496        jspcontext="<%=jspContext%>" 
497      />
498      <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
499        <tbl:toolbar
500          subclass="bottomborder"
501          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
502          >
503          <tbl:button 
504            id="btnNewItem"
505            disabled="<%=!createPermission%>" 
506            image="new.png" 
507            title="New&hellip;" 
508            tooltip="<%=createPermission ? "Create new raw bioassay" : "You do not have permission to create raw bioassays"%>" 
509          />
510          <tbl:button 
511            id="btnDeleteItems"
512            image="delete.png"
513            title="Delete" 
514            tooltip="Delete the selected items" 
515          />
516          <tbl:button 
517            id="btnRestoreItems"
518            image="restore.png"
519            title="Restore" 
520            tooltip="Restore the selected (deleted) items"
521          />
522          <tbl:button 
523            id="btnShareItems"
524            image="share.png"
525            title="Share&hellip;" 
526            tooltip="Share the selected items"
527          />
528          <tbl:button 
529            id="btnSetOwner"
530            image="take_ownership.png"
531            title="Set owner&hellip;"
532            tooltip="Change owner of the selected items"
533          />
534          <tbl:button 
535            id="btnColumns"
536            image="columns.png" 
537            title="Columns&hellip;" 
538            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
539          />
540          <tbl:button
541            id="btnNewItemList"
542            image="add.png"
543            title="New item list&hellip;"
544            tooltip="Create a new item list from matching raw bioassays"
545            visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.ITEMLIST)%>"
546          />
547          <tbl:button
548            id="btnNewExperiment"
549            image="add.png"
550            title="New experiment&hellip;"
551            tooltip="Create a new experiment from the selected raw bioassays"
552            visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.EXPERIMENT)%>"
553          />
554          <tbl:button
555            id="btnInheritAnnotations"
556            image="inherit.png"
557            title="Inherit annotations&hellip;"
558            tooltip="Batch inherit annotations from parent items"
559          />
560          <tbl:button 
561            id="btnImport"
562            data-plugin-type="IMPORT"
563            image="import.png" 
564            title="Import&hellip;" 
565            tooltip="Import data" 
566            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
567          />
568          <tbl:button 
569            id="btnExport"
570            data-plugin-type="EXPORT"
571            image="export.png" 
572            title="Export&hellip;" 
573            tooltip="Export data" 
574            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
575          />
576          <tbl:button 
577            id="btnRunPlugin"
578            data-plugin-type="OTHER"
579            image="runplugin.png" 
580            title="Run plugin&hellip;" 
581            tooltip="Run a plugin" 
582            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
583          />
584          <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
585            wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer<ButtonAction>(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
586        </tbl:toolbar>
587        <tbl:panel>
588          <tbl:presetselector />
589          <tbl:navigator
590            page="<%=cc.getPage()%>" 
591            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
592            totalrows="<%=rawBioAssays == null ? 0 : rawBioAssays.getTotalCount()%>" 
593            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
594          />
595        </tbl:panel>
596      </div>
597      <tbl:data>
598        <tbl:headers>
599          <tbl:headerrow>
600            <tbl:header colspan="3" />
601            <tbl:columnheaders />
602          </tbl:headerrow>
603          <%
604          int numFilters = cc.getNumPropertyFilters();
605          int numRows = cc.getFilterRows();
606          for (int filterNo = 0; filterNo < numRows; filterNo++)
607          {
608            boolean lastRow = filterNo == numRows-1;
609            %>
610            <tbl:headerrow>
611              <tbl:header subclass="index" />
612              <tbl:header 
613                subclass="check" 
614                visible="<%=mode.hasCheck()%>"
615                ><base:icon 
616                  subclass="link table-check"
617                  image="check_uncheck.png" 
618                  tooltip="Toggle all (use CTRL, ALT or SHIFT to check/uncheck)" 
619                  visible="<%=lastRow%>"
620                /></tbl:header>
621              <tbl:header 
622                subclass="check" 
623                visible="<%=mode.hasRadio()%>"
624                />
625              <tbl:header 
626                subclass="icons" 
627                visible="<%=mode.hasIcons()%>"
628                >
629                <base:icon
630                  subclass="link table-filter-row-action"
631                  image="add.png"
632                  tooltip="Add extra filter row"
633                  visible="<%=lastRow%>"
634                /><base:icon
635                  subclass="link table-filter-row-action"
636                  image="remove.png"
637                  tooltip="Remove this filter row"
638                  visible="<%=numRows > 1 || numFilters > 0 %>"
639                  data-remove-row="<%=filterNo%>"
640                />
641              </tbl:header>
642              <tbl:propertyfilter row="<%=filterNo%>" />
643            </tbl:headerrow>
644            <%
645          }
646          %>
647        </tbl:headers>
648        <tbl:rows>
649          <%
650          if (cc.getMessage() != null)
651          {
652            %>
653            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
654              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
655            </tbl:panel>
656            <%
657            cc.setMessage(null);
658          }
659          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
660          int selectedItemId = cc.getId();
661          if (rawBioAssays != null)
662          {           
663            while (rawBioAssays.hasNext())
664            {
665              RawBioAssay item = rawBioAssays.next();
666              Job job = null;
667              try
668              {
669                job = item.getJob();
670              }
671              catch (Throwable t)
672              {}
673              int itemId = item.getId();
674             
675             
676              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
677              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
678              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
679              String tooltip = mode.isSelectionMode() ? 
680                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
681              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
682              index++;
683              numListed++;
684              %>
685              <tbl:row>
686                <tbl:header 
687                  clazz="index"
688                  ><%=index%></tbl:header>
689                <tbl:header 
690                  clazz="check" 
691                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
692                  ><input 
693                    type="checkbox" 
694                    name="<%=itemId%>" 
695                    value="<%=itemId%>" 
696                    title="<%=name%>" 
697                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
698                  ></tbl:header>
699                <tbl:header 
700                  clazz="check" 
701                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
702                  ><input 
703                    type="radio" 
704                    name="item_id" 
705                    value="<%=itemId%>" 
706                    title="<%=name%>" 
707                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
708                  ></tbl:header>
709                <tbl:header 
710                  clazz="icons" 
711                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
712                  ><base:icon 
713                    image="deleted.png"
714                    id="<%="delete."+itemId %>"
715                    subclass="<%=deletePermission ? "table-delete-item" : "disabled" %>"
716                    data-item-id="<%=itemId%>"
717                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
718                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
719                  /><base:icon 
720                    image="shared.png" 
721                    id="<%="share."+itemId %>"
722                    subclass="<%=sharePermission ? "table-share-item" : "disabled" %>"
723                    data-item-id="<%=itemId%>"
724                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
725                    visible="<%=item.isShared()%>"
726                  />&nbsp;</tbl:header>
727                <tbl:cell column="name"><div 
728                  class="link table-item"
729                  data-item-id="<%=itemId%>"
730                  data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>" 
731                  tabindex="0"
732                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
733                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
734                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=item.getEntryDate()%>" />
735                <tbl:cell column="spots"><%=item.getNumDbSpots()%></tbl:cell>
736                <tbl:cell column="numFileSpots"><%=item.getNumFileSpots()%></tbl:cell>
737                <tbl:cell column="bytes"><%=Values.formatBytes(item.getBytes())%></tbl:cell>
738                <tbl:cell column="platform"
739                  ><base:propertyvalue 
740                    item="<%=item%>" 
741                    property="platform"
742                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
743                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
744                  /></tbl:cell>
745                <tbl:cell column="variant"
746                  ><base:propertyvalue 
747                    item="<%=item%>" 
748                    property="variant"
749                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
750                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
751                  /></tbl:cell>               
752                <tbl:cell column="rawDataType"><%=HTML.encodeTags(item.getRawDataType().getName())%></tbl:cell>
753                <tbl:cell column="hasData"><%=item.hasData()%></tbl:cell>
754                <tbl:cell column="parentBioAssay"
755                  ><base:propertyvalue 
756                    item="<%=item%>" 
757                    property="parentBioAssay"
758                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
759                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
760                  /></tbl:cell>
761                <tbl:cell column="parentExtract"
762                  ><base:propertyvalue 
763                    item="<%=item%>" 
764                    property="parentExtract"
765                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
766                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
767                  /></tbl:cell>
768                <tbl:cell column="software"
769                  ><base:propertyvalue 
770                    item="<%=item%>" 
771                    property="software"
772                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
773                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
774                  /></tbl:cell>
775                <tbl:cell column="protocol"
776                  ><base:propertyvalue 
777                    item="<%=item%>" 
778                    property="protocol"
779                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
780                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
781                  /></tbl:cell>
782                <tbl:cell column="arrayDesign"
783                  ><base:propertyvalue 
784                    item="<%=item%>" 
785                    property="arrayDesign"
786                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
787                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
788                  /></tbl:cell>
789                <tbl:cell column="jobType"><base:propertyvalue 
790                    item="<%=item%>" 
791                    property="job.itemSubtype"
792                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
793                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
794                  /></tbl:cell>
795                <tbl:cell column="plugin">
796                  <base:propertyvalue 
797                    item="<%=item%>"
798                    property="job.pluginDefinition" 
799                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
800                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
801                    />
802                </tbl:cell>
803                <tbl:cell column="configuration">
804                  <base:propertyvalue 
805                    item="<%=item%>"
806                    property="job.pluginConfiguration" 
807                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
808                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
809                  />
810                </tbl:cell>
811                <tbl:cell 
812                  column="importdate" 
813                  value="<%=job == null ? null : job.getEnded() %>" 
814                />
815                <tbl:cell column="experiments">
816                  <%
817                  experimentQuery.setParameter("rawBioAssay", itemId, Type.INT);
818                  try
819                  {
820                    String separator = "";
821                    for (Experiment e : experimentQuery.list(dc))
822                    {
823                      out.write(separator);
824                      if (mode.hasPropertyLink())
825                      {
826                        out.write(Base.getLinkedName(ID, e, false, mode.hasEditLink()));
827                      }
828                      else
829                      {
830                        out.write(HTML.encodeTags(e.getName()));
831                      }
832                      separator = ", ";
833                    }
834                  }
835                  catch (Throwable t)
836                  {
837                    %>
838                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
839                    <%
840                  }
841                  %>
842                </tbl:cell>
843                <tbl:cell column="owner"
844                  ><base:propertyvalue 
845                    item="<%=item%>" 
846                    property="owner"
847                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
848                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
849                  /></tbl:cell>
850                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
851                <%
852                if (item.hasFileSet())
853                {
854                  FileSet fileSet = item.getFileSet();
855                  for (DataFileType ft : fileTypeColumns)
856                  {
857                    %>
858                    <tbl:cell column="<%="ft"+ft.getId()%>" value="<%=fileSet%>" />
859                    <%
860                  }
861                }
862                if (item.isAnnotated())
863                {
864                  AnnotationSetSnapshot snapshot = manager.getSnapshot(dc, item.getAnnotationSet().getId());
865                  for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
866                  {
867                    %>
868                    <tbl:cell 
869                      column="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "ia" : "at")+loader.getId()%>"
870                      ><%
871                      if (loader.find(snapshot, psInfo.reset())) 
872                      {
873                        %><tbl:cellvalue 
874                          list="<%=loader.getValues()%>"
875                          suffix="<%=loader.getUnitSymbol()%>"
876                          clazz="<%=psInfo.overridesDefaultAnnotation() ? "ps-annotation" : null%>"
877                        /><%
878                      }
879                      %></tbl:cell>
880                    <%
881                  }
882                }
883                %>
884                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
885                <tbl:cell column="sharedTo">
886                  <%
887                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
888                  while(sharees.hasNext())
889                  {
890                    Nameable n = sharees.next();
891                    if (mode.hasPropertyLink())
892                    {
893                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
894                    }
895                    else
896                    {
897                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
898                    }
899                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
900                  }
901                  %>
902                </tbl:cell>
903                <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
904                  <tbl:cell column="xt-columns" />
905                </tbl:xt-cells>
906              </tbl:row>
907              <%
908              }
909            }
910          if (numListed == 0)
911          {
912            %>
913            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
914              <div class="messagecontainer note">
915              <%=rawBioAssays == null || rawBioAssays.getTotalCount() == 0 ? "No raw bioassays were found" : "No raw bioassays on this page. Please select another page!" %>
916              </div>
917            </tbl:panel>
918            <%
919          }
920          %>
921        </tbl:rows>
922      </tbl:data>
923    </tbl:table>
924    </div>
925   
926    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
927      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
928      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
929      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
930    </base:buttongroup>
931   
932  </base:body>
933  </base:page>
934  <%
935}
936finally
937{
938  if (rawBioAssays != null) rawBioAssays.close();
939  if (dc != null) dc.close();
940}
941%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.