source: trunk/www/views/rawbioassays/rawdata/list_rawdata.jsp @ 7604

Last change on this file since 7604 was 7604, checked in by Nicklas Nordborg, 3 years ago

References #2151: Pre-compile all JSP pages before releases

Getting rid of rawtypes warnings. Most of them are relatively simple by adding a type parameter.

Utility functions that are used with generics are typically a bit harder.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 30.3 KB
Line 
1<%-- $Id: list_rawdata.jsp 7604 2019-02-25 12:19:50Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Johan Enell, Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Nicklas Nordborg
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
31  import="net.sf.basedb.core.RawBioAssay"
32  import="net.sf.basedb.core.RawDataType"
33  import="net.sf.basedb.core.RawDataProperty"
34  import="net.sf.basedb.core.ReporterType"
35  import="net.sf.basedb.core.Feature"
36  import="net.sf.basedb.core.Reporter"
37  import="net.sf.basedb.core.ArrayDesignBlock"
38  import="net.sf.basedb.core.Well"
39  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
40  import="net.sf.basedb.core.DataQuery"
41  import="net.sf.basedb.core.DataResultIterator"
42  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
43  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
44  import="net.sf.basedb.core.Permission"
45  import="net.sf.basedb.core.PlateGeometry"
46  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
47  import="net.sf.basedb.core.ExtendedProperty"
48  import="net.sf.basedb.core.ExtendedProperties"
49  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
50  import="net.sf.basedb.core.data.RawData"
51  import="net.sf.basedb.core.data.ReporterData"
52  import="net.sf.basedb.core.data.FeatureData"
53  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
54  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
55  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
56  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
57  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
58  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
59  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
60  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.ChangeHistoryUtil"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
63  import="net.sf.basedb.util.Values"
64  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
65  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
66  import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
67  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
68  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
69  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
70  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
71  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ButtonAction" 
72  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
73  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnAction"
74  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
75  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
76  import="java.util.List"
77  import="java.util.Map"
78  import="java.util.Date"
79%>
80<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
81<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
82<%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
83<%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
84<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
85<%!
86  private static final Item itemType = Item.RAWDATA;
87%>
88<%
89final int rawBioAssayId = Values.getInt(request.getParameter("rawbioassay_id"));
90final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
91final String ID = sc.getId();
92
93final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
94final String callback = request.getParameter("callback");
95final String title = mode.generateTitle("raw data", "raw data");
96final DbControl dc = sc.newDbControl();
97DataResultIterator<RawData> rawData = null;
98try
99{
100  final boolean readReporter = !sc.hasPermission(Permission.DENIED, Item.REPORTER);
101  RawBioAssay rawBioAssay = RawBioAssay.getById(dc, rawBioAssayId);
102  RawDataType rawDataType = rawBioAssay.getRawDataType();
103  final String subContext = rawDataType.getId();
104  final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST, subContext);
105
106  final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, subContext, null, null);
107
108  final DataQuery<RawData> query = rawBioAssay.getRawData();
109  query.join(Hql.leftJoin(null, "reporter", "r", null, true));
110  query.join(Hql.leftJoin(null, "feature", "f", null, true));
111  cc.configureQuery(dc, query, true);
112  if (!"row".equals(cc.getSortProperty())) query.order(Orders.asc(Hql.property("row")));
113  if (!"column".equals(cc.getSortProperty())) query.order(Orders.asc(Hql.property("column")));
114
115  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
116  final ItemQuery<ReporterType> typeQuery = ReporterType.getQuery();
117  typeQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
118  typeQuery.setCacheResult(true);
119  List<ExtendedProperty> reporterProperties = ExtendedProperties.getProperties("ReporterData");
120 
121  WellCoordinateFormatter rowFormatter = new WellCoordinateFormatter(true);
122  WellCoordinateFormatter columnFormatter = new WellCoordinateFormatter(false);
123 
124  Enumeration<String, String> plateRows = new Enumeration<String, String>();
125  final ItemQuery<PlateGeometry> geometryQuery = PlateGeometry.getQuery();
126  geometryQuery.order(Orders.desc(Hql.property("rows")));
127  ItemResultIterator<PlateGeometry> result = geometryQuery.iterate(dc);
128  int maxRows = result.next().getRows();
129  for (int row = 0; row < maxRows && row < 256; row++)
130  {
131    plateRows.add(Integer.toString(row), rowFormatter.format(row));
132  }
133 
134  Enumeration<String, String> plateColumns = new Enumeration<String, String>();
135  final ItemQuery<PlateGeometry> columnsGeometryQuery = PlateGeometry.getQuery();
136  columnsGeometryQuery.order(Orders.desc(Hql.property("columns")));
137  ItemResultIterator<PlateGeometry> columnsResult = columnsGeometryQuery.iterate(dc);
138  int maxColumns = columnsResult.next().getColumns();
139  for (int column = 0; column < maxColumns && column < 256; column++)
140  {
141    plateColumns.add(Integer.toString(column), columnFormatter.format(column));
142  }
143 
144  try
145  {
146    rawData = query.iterate(dc);
147  }
148  catch (Throwable t)
149  {
150    cc.setMessage(t.getMessage());
151    t.printStackTrace();
152  }
153  int numListed = 0;
154  final boolean writeReporterPermission = sc.hasPermission(Permission.WRITE, Item.REPORTER);
155  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateTimeFormatter(sc);
156  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, rawBioAssay);
157  ExtensionsInvoker<ButtonAction> invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
158  ExtensionsInvoker<ListColumnAction<RawData,?>> columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
159  %>
160  <base:page title="<%=title%>" id="list-page">
161  <base:head scripts="table.js,tabcontrol-2.js,~rawdata.js" styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css">
162    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
163    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
164  </base:head>
165 
166  <base:body>
167    <p:path><p:pathelement 
168      title="Raw bioassays" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>"
169      /><p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(rawBioAssay.getName())%>" 
170      /></p:path>
171     
172    <t:tabcontrol 
173      id="main" 
174      subclass="mastertabcontrol content"
175      active="rawdata">
176    <t:tab id="properties" title="Properties" />
177    <t:tab id="annotations" title="Annotations &amp; parameters" 
178      tooltip="View annotation values and protocol parameters" />
179   
180    <t:tab id="rawdata" title="Raw data">
181
182    <tbl:table 
183      id="rawdata"
184      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
185      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
186      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
187      action="index.jsp"
188      sc="<%=sc%>"
189      item="<%=itemType%>"
190      subcontext="<%=subContext%>"
191      filterrows="<%=cc.getFilterRows()%>"
192      subclass="fulltable"
193      >
194      <tbl:hidden 
195        name="mode" 
196        value="<%=mode.getName()%>" 
197      />
198      <tbl:hidden 
199        name="rawbioassay_id" 
200        value="<%=String.valueOf(rawBioAssayId)%>" 
201      />
202      <tbl:hidden 
203        name="callback" 
204        value="<%=callback%>" 
205        skip="<%=callback == null%>" 
206      />
207      <tbl:columndef 
208        id="position"
209        clazz="uniquecol"
210        property="position"
211        datatype="int"
212        title="[Raw] Position"
213        sortable="true" 
214        filterable="true"
215        exportable="true"
216        show="always" 
217      />
218      <tbl:columndef 
219        id="id"
220        clazz="uniquecol"
221        property="id"
222        datatype="int"
223        title="ID"
224        sortable="true"
225        filterable="true"
226        exportable="true"
227      />
228      <tbl:columndef 
229        id="block"
230        property="block"
231        datatype="int"
232        title="[Raw] Block"
233        sortable="true" 
234        filterable="true"
235        exportable="true"
236      />
237      <tbl:columndef 
238        id="metaGridX"
239        property="metaGridX"
240        datatype="int"
241        title="[Raw] Meta grid X"
242        sortable="true" 
243        filterable="true"
244        exportable="true"
245      />
246      <tbl:columndef 
247        id="metaGridY"
248        property="metaGridY"
249        datatype="int"
250        title="[Raw] Meta grid Y"
251        sortable="true" 
252        filterable="true"
253        exportable="true"
254      />
255      <tbl:columndef 
256        id="row"
257        property="row"
258        datatype="int"
259        title="[Raw] Row"
260        sortable="true" 
261        filterable="true"
262        exportable="true"       
263      />
264      <tbl:columndef 
265        id="column"
266        property="column"
267        datatype="int"
268        title="[Raw] Column"
269        sortable="true" 
270        filterable="true"
271        exportable="true"
272      />
273      <tbl:columndef 
274        id="x"
275        property="x"
276        datatype="int"
277        title="[Raw] X"
278        sortable="true" 
279        filterable="true"
280        exportable="true"
281      />
282      <tbl:columndef 
283        id="y"
284        property="y"
285        datatype="int"
286        title="[Raw] Y"
287        sortable="true" 
288        filterable="true"
289        exportable="true"
290      />
291      <tbl:columndef 
292        id="spotImage"
293        title="Spot image"
294      />
295      <%
296      for (RawDataProperty rdp : rawBioAssay.getRawDataType().getProperties())
297      {
298        %>
299        <tbl:columndef
300          id="<%="raw."+rdp.getName()%>"
301          property="<%=rdp.getName()%>"
302          datatype="<%=rdp.getType().getStringValue()%>"
303          title="<%="[Raw] "+HTML.encodeTags(rdp.getTitle())%>"
304          sortable="true" 
305          filterable="true"
306          exportable="true"
307          formatter="<%=FormatterFactory.getExtendedPropertyFormatter(sc, rdp)%>"
308        />
309        <%
310      }
311      %>
312      <tbl:columndef
313        id="reporterList"
314        property="$r.£reporterListScores"
315        datatype="int"
316        title="[Rep] Reporter list"
317        filterable="true"
318        enumeration="<%=Base.getReporterListsEnum(dc)%>"
319        multiple="false"
320      />     
321      <tbl:columndef 
322        id="reporter.name"
323        property="$r.name"
324        exportproperty="reporter.name"
325        datatype="string"
326        title="[Rep] Name"
327        sortable="<%=readReporter%>" 
328        filterable="<%=readReporter%>"
329        exportable="<%=readReporter%>"
330      />
331      <%
332      if (readReporter)
333      {
334        %>
335        <tbl:columndef 
336          id="reporter.externalId"
337          clazz="uniquecol"
338          property="$r.externalId"
339          exportproperty="reporter.externalId"
340          datatype="string"
341          title="[Rep] ID"
342          sortable="true" 
343          filterable="true"
344          exportable="true"
345        />
346        <tbl:columndef 
347          id="reporter.symbol"
348          property="$r.symbol"
349          exportproperty="reporter.symbol"
350          datatype="string"
351          title="[Rep] Gene symbol"
352          sortable="true" 
353          filterable="true"
354          exportable="true"
355        />
356        <tbl:columndef 
357          id="reporter.description"
358          property="$r.description"
359          exportproperty="reporter.description"
360          datatype="string"
361          title="[Rep] Description" 
362          sortable="true" 
363          filterable="true" 
364          exportable="true"
365        />
366        <tbl:columndef 
367          id="reporter.lastUpdate"
368          property="$r.lastUpdate"
369          exportproperty="reporter.lastUpdate"
370          datatype="timestamp"
371          title="[Rep] Last update" 
372          sortable="true" 
373          filterable="true" 
374          exportable="true"
375          formatter="<%=dateFormatter%>"
376        />
377        <%
378        Enumeration<String, String> types = new Enumeration<String, String>();
379        ItemResultList<ReporterType> reporterTypes = typeQuery.list(dc);
380        types.add("", "- none -");
381        for (ReporterType rt : reporterTypes)
382        {
383          types.add(Integer.toString(rt.getId()), HTML.encodeTags(rt.getName()));
384        }
385        %>
386        <tbl:columndef 
387          id="reporter.reporterType"
388          property="$r.reporterType"
389          sortproperty="$r.reporterType.name"
390          exportproperty="reporter.reporterType.name:string"
391          datatype="int"
392          enumeration="<%=types%>"
393          title="[Rep] Type"
394          sortable="true" 
395          filterable="true"
396          exportable="true"
397        />
398        <%
399        if (reporterProperties != null)
400        {
401          for (ExtendedProperty ep : reporterProperties)
402          {
403            String name = ep.getName();
404            %>
405            <tbl:columndef
406              id="<%="reporter."+name%>"
407              property="<%="$r."+name%>"
408              exportproperty="<%="reporter."+name%>"
409              datatype="<%=ep.getType().getStringValue()%>"
410              title="<%="[Rep] "+HTML.encodeTags(ep.getTitle())%>"
411              sortable="true"
412              filterable="true"
413              exportable="true"
414              formatter="<%=FormatterFactory.getExtendedPropertyFormatter(sc, ep)%>"
415            />
416            <%
417          }
418        }
419      }
420      %>
421      <tbl:columndef 
422        id="feature.position"
423        clazz="uniquecol"
424        property="$f.position"
425        exportproperty="feature.position"
426        datatype="int"
427        title="[Feat] Position" 
428        sortable="true" 
429        filterable="true" 
430        exportable="true"
431      />
432      <tbl:columndef 
433        id="feature.externalId"
434        clazz="uniquecol"
435        property="$f.externalId"
436        exportproperty="feature.externalId"
437        datatype="string"
438        title="[Feat] Feature ID" 
439        sortable="true" 
440        filterable="true" 
441        exportable="true"
442      />
443      <tbl:columndef 
444        id="feature.block"
445        property="$f.arrayDesignBlock.blockNumber"
446        exportproperty="feature.arrayDesignBlock.blockNumber"
447        datatype="int"
448        title="[Feat] Block"
449        sortable="true" 
450        filterable="true"
451        exportable="true"
452      />
453      <tbl:columndef 
454        id="feature.metaGridX"
455        property="$f.arrayDesignBlock.metaGridX"
456        exportproperty="feature.arrayDesignBlock.metaGridX"
457        datatype="int"
458        title="[Feat] Meta grid X"
459        sortable="true" 
460        filterable="true"
461        exportable="true"
462      />
463      <tbl:columndef 
464        id="feature.metaGridY"
465        property="$f.arrayDesignBlock.metaGridY"
466        exportproperty="feature.arrayDesignBlock.metaGridY"
467        datatype="int"
468        title="[Feat] Meta grid Y"
469        sortable="true" 
470        filterable="true"
471        exportable="true"
472      />
473      <tbl:columndef 
474        id="feature.row"
475        property="$f.row"
476        exportproperty="feature.row"
477        datatype="int"
478        title="[Feat] Row"
479        sortable="true" 
480        filterable="true"
481        exportable="true"
482      />
483      <tbl:columndef 
484        id="feature.column"
485        property="$f.column"
486        exportproperty="feature.column"
487        datatype="int"
488        title="[Feat] Column"
489        sortable="true" 
490        filterable="true"
491        exportable="true"
492      />
493      <tbl:columndef 
494        id="feature.blockSizeX"
495        property="$f.arrayDesignBlock.blockSizeX"
496        exportproperty="feature.arrayDesignBlock.blockSizeX"
497        datatype="int"
498        title="[Feat] Block size X"
499        sortable="true" 
500        filterable="true"
501        exportable="true"
502      />
503      <tbl:columndef 
504        id="feature.blockSizeY"
505        property="$f.arrayDesignBlock.blockSizeY"
506        exportproperty="feature.arrayDesignBlock.blockSizeY"
507        datatype="int"
508        title="[Feat] Block size Y"
509        sortable="true" 
510        filterable="true"
511        exportable="true"
512      />
513      <tbl:columndef 
514        id="feature.originX"
515        property="$f.arrayDesignBlock.originX"
516        exportproperty="feature.arrayDesignBlock.originX"
517        datatype="int"
518        title="[Feat] Origin X"
519        sortable="true" 
520        filterable="true"
521        exportable="true"
522      />
523      <tbl:columndef 
524        id="feature.originY"
525        property="$f.arrayDesignBlock.originY"
526        exportproperty="feature.arrayDesignBlock.originY"
527        datatype="int"
528        title="[Feat] Origin Y"
529        sortable="true" 
530        filterable="true"
531        exportable="true"
532      />
533      <tbl:columndef 
534        id="feature.spacingX"
535        property="$f.arrayDesignBlock.spacingX"
536        exportproperty="feature.arrayDesignBlock.spacingX"
537        datatype="int"
538        title="[Feat] Spacing X"
539        sortable="true" 
540        filterable="true"
541        exportable="true"
542      />
543      <tbl:columndef 
544        id="feature.spacingY"
545        property="$f.arrayDesignBlock.spacingY"
546        exportproperty="feature.arrayDesignBlock.spacingY"
547        datatype="int"
548        title="[Feat] Spacing Y"
549        sortable="true" 
550        filterable="true"
551        exportable="true"
552      />
553      <tbl:columndef 
554        id="well.row"
555        property="$f.well.row"
556        exportproperty="feature.well.row"
557        datatype="int"
558        title="[Well] Row" 
559        sortable="true" 
560        filterable="true"
561        enumeration="<%=plateRows%>" 
562        exportable="true"
563        formatter="<%=rowFormatter%>"
564      />
565      <tbl:columndef 
566        id="well.column"
567        property="$f.well.column"
568        exportproperty="feature.well.column"
569        datatype="int"
570        title="[Well] Column" 
571        sortable="true" 
572        filterable="true" 
573        enumeration="<%=plateColumns%>" 
574        exportable="true"
575        formatter="<%=columnFormatter%>"
576      />
577      <tbl:columndef 
578        id="well.plate"
579        property="$f.well.plate.name"
580        exportproperty="feature.well.plate.name"
581        datatype="string"
582        title="[Well] Plate" 
583        sortable="true" 
584        filterable="true" 
585        exportable="true"
586      />
587      <tbl:columndef 
588        id="xt-columns" 
589        extensions="<%=columnsInvoker%>" 
590        jspcontext="<%=jspContext%>" 
591      />
592      <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
593        <tbl:toolbar
594          subclass="bottomborder"
595          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
596          >
597          <tbl:button 
598            id="btnColumns"
599            image="columns.png" 
600            title="Columns&hellip;" 
601            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
602          />
603          <tbl:button
604            id="btnNewReporterList"
605            image="add.png"
606            title="New reporter list&hellip;"
607            tooltip="Create a new reporter list from matching spots"
608            visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.REPORTERLIST)%>"
609          />
610          <tbl:button 
611            id="btnImport"
612            data-plugin-type="IMPORT"
613            image="import.png" 
614            title="Import&hellip;" 
615            tooltip="Import data" 
616            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
617          />
618          <tbl:button 
619            id="btnExport"
620            data-plugin-type="EXPORT"
621            image="export.png" 
622            title="Export&hellip;" 
623            tooltip="Export data" 
624            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
625          />
626          <tbl:button 
627            id="btnRunPlugin"
628            data-plugin-type="OTHER"
629            image="runplugin.png" 
630            title="Run plugin&hellip;" 
631            tooltip="Run a plugin" 
632            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
633          />
634          <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
635            wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer<ButtonAction>(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
636        </tbl:toolbar>
637        <tbl:panel>
638          <tbl:presetselector />
639          <tbl:navigator
640            page="<%=cc.getPage()%>" 
641            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
642            totalrows="<%=rawData == null ? 0 : rawData.getTotalCount()%>" 
643            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
644          />
645        </tbl:panel>
646      </div>
647      <tbl:data>
648        <tbl:headers>
649          <tbl:headerrow>
650            <tbl:header colspan="3" />
651            <tbl:columnheaders />
652          </tbl:headerrow>
653          <%
654          int numFilters = cc.getNumPropertyFilters();
655          int numRows = cc.getFilterRows();
656          for (int filterNo = 0; filterNo < numRows; filterNo++)
657          {
658            boolean lastRow = filterNo == numRows-1;
659            %>
660            <tbl:headerrow>
661              <tbl:header subclass="index" />
662              <tbl:header 
663                subclass="check" 
664                visible="<%=mode.hasCheck()%>"
665                ><base:icon 
666                  subclass="link table-check"
667                  image="check_uncheck.png" 
668                  tooltip="Toggle all (use CTRL, ALT or SHIFT to check/uncheck)" 
669                  visible="<%=lastRow%>"
670                /></tbl:header>
671              <tbl:header 
672                subclass="check" 
673                visible="<%=mode.hasRadio()%>"
674                />
675              <tbl:header 
676                subclass="icons" 
677                visible="<%=mode.hasIcons()%>"
678                >
679                <base:icon
680                  subclass="link table-filter-row-action"
681                  image="add.png"
682                  tooltip="Add extra filter row"
683                  visible="<%=lastRow%>"
684                /><base:icon
685                  subclass="link table-filter-row-action"
686                  image="remove.png"
687                  tooltip="Remove this filter row"
688                  visible="<%=numRows > 1 || numFilters > 0 %>"
689                  data-remove-row="<%=filterNo%>"
690                />
691              </tbl:header>
692              <tbl:propertyfilter row="<%=filterNo%>" />
693            </tbl:headerrow>
694            <%
695          }
696          %>
697        </tbl:headers>
698        <tbl:rows>
699          <%
700          if (cc.getMessage() != null)
701          {
702            %>
703            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
704              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
705            </tbl:panel>
706            <%
707            cc.setMessage(null);
708          }
709          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
710          int selectedItemId = cc.getId();
711          boolean hasSpotImages = rawBioAssay.hasSpotImages();
712          if (rawData != null)
713          {
714            String tooltip = mode.isSelectionMode() ?
715              "Select this item" : "View this item";
716            while (rawData.hasNext())
717            {
718              RawData item = rawData.next();
719              int itemId = item.getId();
720              index++;
721              numListed++;
722              %>
723              <tbl:row>
724                <tbl:header 
725                  clazz="index"
726                  ><%=index%></tbl:header>
727                <tbl:header 
728                  clazz="check" 
729                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
730                  ><input 
731                      type="checkbox" 
732                      name="<%=itemId%>" 
733                      value="<%=itemId%>" 
734                      title="TODO" 
735                      <%=request.getParameter(Integer.toString(itemId)) == null ? "" : "checked"%> 
736                    ></tbl:header>
737                <tbl:header 
738                  clazz="check" 
739                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
740                  ><input 
741                      type="radio" 
742                      name="item_id" 
743                      value="<%=itemId%>" 
744                      title="TODO" 
745                      <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
746                    ></tbl:header>
747                <tbl:header 
748                  clazz="icons" 
749                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
750                  ></tbl:header>
751                <tbl:cell column="position"><div
752                  class="link table-item"
753                  data-item-id="<%=itemId%>"
754                  data-extra-url="<%="&rawbioassay_id="+rawBioAssayId%>"
755                  tabindex="0"
756                  title="<%=tooltip%>"><%=item.getPosition()%></div></tbl:cell>
757                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
758                <tbl:cell column="block"><%=item.getBlock()%></tbl:cell>
759                <tbl:cell column="row"><tbl:cellvalue value="<%=item.getRow()%>"/></tbl:cell>
760                <tbl:cell column="column"><tbl:cellvalue value="<%=item.getColumn()%>"/></tbl:cell>
761                <tbl:cell column="metaGridX"><%=item.getMetaGridX()%></tbl:cell>
762                <tbl:cell column="metaGridY"><%=item.getMetaGridY()%></tbl:cell>
763                <tbl:cell column="x"><%=item.getX()%></tbl:cell>
764                <tbl:cell column="y"><%=item.getY()%></tbl:cell>
765                <tbl:cell column="spotImage">
766                  <%
767                  if (hasSpotImages)
768                  {
769                    %>
770                    <img class="spotimage" src="spotimage/<%=ID%>/<%=rawBioAssay.getId()%>/<%=itemId%>/spot<%=item.getPosition()%>.png">
771                    <%
772                  }
773                  %>
774                </tbl:cell>
775                <%
776                for (RawDataProperty rdp : rawBioAssay.getRawDataType().getProperties())
777                {
778                  %>
779                  <tbl:cell column="<%="raw."+rdp.getName()%>"><tbl:cellvalue value="<%=item.getExtended(rdp.getName())%>" /></tbl:cell>
780                  <%
781                }
782                %>
783                <%
784                if (!readReporter)
785                {
786                  %>
787                  <tbl:cell column="reporter.name"><i>- denied -</i></tbl:cell>
788                  <%
789                }
790                else
791                {
792                  ReporterData reporter = item.getReporter();
793                  if (reporter == null)
794                  {
795                    %>
796                    <tbl:cell column="reporter.name"><i>- none -</i></tbl:cell>
797                    <tbl:cell column="reporter.externalId"><i>- none -</i></tbl:cell>
798                    <%
799                  }
800                  else
801                  {
802                    %>
803                    <tbl:cell column="reporter.name"><%=Base.getLink(ID, reporter.getName(), Item.REPORTER, reporter.getId(), writeReporterPermission)%></tbl:cell>
804                    <tbl:cell column="reporter.externalId"><%=HTML.encodeTags(reporter.getExternalId())%></tbl:cell>
805                    <tbl:cell column="reporter.symbol"><%=HTML.encodeTags(reporter.getSymbol())%></tbl:cell>
806                    <tbl:cell column="reporter.description"><%=HTML.encodeTags(reporter.getDescription())%></tbl:cell>
807                    <tbl:cell column="reporter.lastUpdate" value="<%=reporter.getLastUpdate()%>" />
808                    <tbl:cell column="reporter.reporterType"><base:propertyvalue dbcontrol="<%=dc%>" item="<%=reporter%>" property="reporterType.name" /></tbl:cell>
809                    <%
810                    if (reporterProperties != null)
811                    {
812                      for (ExtendedProperty ep : reporterProperties)
813                      {
814                        String name = ep.getName();
815                        %>
816                        <tbl:cell column="<%="reporter."+name%>"><tbl:cellvalue value="<%=reporter.getExtended(name)%>" /></tbl:cell>
817                        <%
818                      }
819                    }
820                  }
821                }
822                %>
823                <%
824                FeatureData feature = item.getFeature();
825                if (feature == null)
826                {
827                  %>
828                  <tbl:cell column="feature.position"><i>- none -</i></tbl:cell>
829                  <tbl:cell column="feature.externalId"><i>- none -</i></tbl:cell>
830                  <tbl:cell column="feature.row"><i>- none -</i></tbl:cell>
831                  <tbl:cell column="feature.column"><i>- none -</i></tbl:cell>
832                  <tbl:cell column="feature.block"><i>- none -</i></tbl:cell>
833                  <tbl:cell column="feature.metaGridX"><i>- none -</i></tbl:cell>
834                  <tbl:cell column="feature.metaGridY"><i>- none -</i></tbl:cell>
835                  <tbl:cell column="feature.blockSizeX"><i>- none -</i></tbl:cell>
836                  <tbl:cell column="feature.blockSizeY"><i>- none -</i></tbl:cell>
837                  <tbl:cell column="feature.originX"><i>- none -</i></tbl:cell>
838                  <tbl:cell column="feature.originY"><i>- none -</i></tbl:cell>
839                  <tbl:cell column="feature.spacingX"><i>- none -</i></tbl:cell>
840                  <tbl:cell column="feature.spacingY"><i>- none -</i></tbl:cell>
841                  <%
842                }
843                else
844                {
845                  %>
846                  <tbl:cell column="feature.position"><%=feature.getPosition()%></tbl:cell>
847                  <tbl:cell column="feature.externalId"><%=HTML.encodeTags(feature.getExternalId())%></tbl:cell>
848                  <tbl:cell column="feature.row"><%=feature.getRow()%></tbl:cell>
849                  <tbl:cell column="feature.column"><%=feature.getColumn()%></tbl:cell>
850                  <%
851                  ArrayDesignBlock block = null;
852                  try
853                  {
854                    block = Feature.getArrayDesignBlock(dc, feature);
855                  }
856                  catch (PermissionDeniedException ex)
857                  {}
858                  if (block == null)
859                  {
860                    %>
861                    <tbl:cell column="feature.block"><i>- denied -</i></tbl:cell>
862                    <tbl:cell column="feature.metaGridX"><i>- denied -</i></tbl:cell>
863                    <tbl:cell column="feature.metaGridY"><i>- denied -</i></tbl:cell>
864                    <tbl:cell column="feature.blockSizeX"><i>- denied -</i></tbl:cell>
865                    <tbl:cell column="feature.blockSizeY"><i>- denied -</i></tbl:cell>
866                    <tbl:cell column="feature.originX"><i>- denied -</i></tbl:cell>
867                    <tbl:cell column="feature.originY"><i>- denied -</i></tbl:cell>
868                    <tbl:cell column="feature.spacingX"><i>- denied -</i></tbl:cell>
869                    <tbl:cell column="feature.spacingY"><i>- denied -</i></tbl:cell>
870                    <%
871                  }
872                  else
873                  {
874                    %>
875                    <tbl:cell column="feature.block"><%=block.getBlockNumber()%></tbl:cell>
876                    <tbl:cell column="feature.metaGridX"><%=block.getMetaGridX()%></tbl:cell>
877                    <tbl:cell column="feature.metaGridY"><%=block.getMetaGridY()%></tbl:cell>
878                    <tbl:cell column="feature.blockSizeX"><%=block.getBlockSizeX()%></tbl:cell>
879                    <tbl:cell column="feature.blockSizeY"><%=block.getBlockSizeY()%></tbl:cell>
880                    <tbl:cell column="feature.originX"><%=block.getOriginX()%></tbl:cell>
881                    <tbl:cell column="feature.originY"><%=block.getOriginY()%></tbl:cell>
882                    <tbl:cell column="feature.spacingX"><%=block.getSpacingX()%></tbl:cell>
883                    <tbl:cell column="feature.spacingY"><%=block.getSpacingY()%></tbl:cell>
884                    <%
885                  }
886                  Well well = null;
887                  boolean readWell = true;
888                  try
889                  {
890                    well = Feature.getWell(dc, feature);
891                  }
892                  catch (PermissionDeniedException ex)
893                  {
894                    readWell = false;
895                  }
896                  if (!readWell)
897                  {
898                    %>
899                    <tbl:cell column="well.row"><i>- denied -</i></tbl:cell>
900                    <tbl:cell column="well.column"><i>- denied -</i></tbl:cell>
901                    <tbl:cell column="well.plate"><i>- denied -</i></tbl:cell>
902                    <%
903                  }
904                  else if (well == null)
905                  {
906                    %>
907                    <tbl:cell column="well.row"><i>- none -</i></tbl:cell>
908                    <tbl:cell column="well.column"><i>- none -</i></tbl:cell>
909                    <tbl:cell column="well.plate"><i>- none -</i></tbl:cell>
910                    <%
911                  }
912                  else
913                  {
914                    %>
915                    <tbl:cell column="well.row"><tbl:cellvalue value="<%=well.getRow()%>"/></tbl:cell>
916                    <tbl:cell column="well.column"><tbl:cellvalue value="<%=well.getColumn()%>"/></tbl:cell>
917                    <tbl:cell column="well.plate"><%=well.getPlate().getName()%></tbl:cell>
918                    <%
919                  }
920                }
921                %>
922                <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
923                  <tbl:cell column="xt-columns" />
924                </tbl:xt-cells>
925              </tbl:row>
926              <%
927            }
928          }
929          if (numListed == 0)
930          {
931            %>
932            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
933              <div class="messagecontainer note">
934              <%=rawData == null || rawData.getTotalCount() == 0 ? "No raw data were found" : "No raw data on this page. Please select another page!" %>
935              </div>
936            </tbl:panel>
937            <%
938          }
939          %>
940          </tbl:rows>
941        </tbl:data>
942    </tbl:table>
943    </t:tab>
944    <t:tab id="overview" title="Overview" 
945      tooltip="Display a tree overview of related items" />
946    <t:tab id="history" title="History"
947      tooltip="Displays a log with the history of this item"
948      visible="<%=ChangeHistoryUtil.showChangeHistoryTab(sc)%>" />
949    </t:tabcontrol>
950
951    <base:buttongroup>
952      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
953      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
954      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
955    </base:buttongroup>
956
957  </base:body>
958  </base:page>
959  <%
960}
961finally
962{
963  if (rawData != null) rawData.close();
964  if (dc != null) dc.close();
965}
966%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.