source: trunk/www/views/reporterlists/reporters/list_reporters.jsp @ 5952

Last change on this file since 5952 was 5952, checked in by Nicklas Nordborg, 10 years ago

References #1655: GUI improvements

List page in the View menu

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 17.1 KB
Line 
1<%-- $Id: list_reporters.jsp 5952 2012-02-10 12:27:27Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Johan Enell, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Nicklas Nordborg
5 
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8 
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or modify it
10  under the terms of the GNU General Public License as published by
11  the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or
12  (at your option) any later version.
13 
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful, but
15  WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
17  General Public License for more details.
18 
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.SystemItems"
30  import="net.sf.basedb.core.Item"
31  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
32  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
33  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
34  import="net.sf.basedb.core.ReporterList"
35  import="net.sf.basedb.core.ReporterType"
36  import="net.sf.basedb.core.ReporterScore"
37  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
38  import="net.sf.basedb.core.data.ReporterData"
39  import="net.sf.basedb.core.ReporterScoreQuery"
40  import="net.sf.basedb.core.ReporterScoreResultIterator"
41  import="net.sf.basedb.core.ExtendedProperty"
42  import="net.sf.basedb.core.ExtendedProperties"
43  import="net.sf.basedb.core.Permission"
44  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
45  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
46  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
47  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
48  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
49  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
50  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
51  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
52  import="net.sf.basedb.util.Values"
53  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
54  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
55  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
56  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
57  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
58  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
59  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
60  import="java.util.Date"
61  import="java.util.Map"
62  import="java.util.List"
63%>
64<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
65<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
66<%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
67<%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
68<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
69<%!
70  private static final Item itemType = Item.REPORTERSCORE;
71  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
72%>
73<%
74final int reporterListId = Values.getInt(request.getParameter("reporterlist_id"));
75final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
76final String ID = sc.getId();
77
78final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
79
80final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
81final String callback = request.getParameter("callback");
82final String title = mode.generateTitle("reporter", "reporters");
83final DbControl dc = sc.newDbControl();
84ReporterScoreResultIterator reporters = null;
85ItemResultList<ReporterType> reporterTypes = null;
86try
87{
88  final ReporterList reporterList = ReporterList.getById(dc, reporterListId);
89  final boolean createPermission = reporterList.hasPermission(Permission.WRITE);
90  final boolean writePermission = createPermission;
91  final boolean deletePermission = createPermission;
92
93  final ReporterScoreQuery query = reporterList.getReporterScores();
94  query.join(Hql.innerJoin(null, "reporter", "rpt", true));
95  final ItemQuery<ReporterType> typeQuery = ReporterType.getQuery();
96  typeQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
97  typeQuery.setCacheResult(true);
98  List<ExtendedProperty> reporterProperties = ExtendedProperties.getProperties("ReporterData");
99  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
100
101  try
102  {
103    cc.configureQuery(dc, query, true);
104    reporters = query.iterate(dc);
105  }
106  catch (Throwable t)
107  {
108    cc.setMessage(t.getMessage());
109    t.printStackTrace();
110  }
111  int numListed = 0;
112  Formatter<Date> dateTimeFormatter = FormatterFactory.getDateTimeFormatter(sc);
113  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
114  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, reporterList);
115  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
116  %>
117  <base:page title="<%=title%>" type="<%=mode.getPageType()%>">
118  <base:head scripts="table.js,tabcontrol.js" styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css">
119    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
120    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
121    <script language="JavaScript">
122    var submitPage = 'index.jsp';
123    var formId = 'reporters';
124    function editItem(itemId)
125    {
126      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, true);
127    }
128    function viewItem(itemId)
129    {
130      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, false);
131    }
132    function itemOnClick(evt, itemId)
133    {
134      Table.itemOnClick(formId, evt, itemId, '<%=mode.getName()%>', viewItem, editItem, returnSelected);
135    }
136    function addItems()
137    {
138      Main.openPopup('add_reporters_frameset.jsp?ID=<%=ID%>&reporterlist_id=<%=reporterListId%>', 'AddReporters', 1050, 700);
139    }
140    function deleteItems()
141    {
142      var frm = document.forms[formId];
143      var numChecked = Forms.numChecked(frm);
144      if (numChecked == 0)
145      {
146        alert('Please select at least one item in the list');
147        return;
148      }
149      else
150      {
151        var rep = numChecked == 1 ? 'reporter' : 'reporters';
152        if (!confirm('You are about to delete '+numChecked+' '+rep+' from the reporter list. This can\'t be undone. Continue?'))
153        {
154          return;
155        }
156      }
157      frm.action = submitPage;
158      frm.cmd.value = 'DeleteItems';
159      frm.submit();
160    }
161    function configureColumns()
162    {
163      Table.configureColumns('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
164    }
165    function runPlugin(cmd)
166    {
167      Table.submitToPopup(formId, cmd, 750, 500);
168    }
169    function returnSelected()
170    {
171      Table.returnSelected(formId, <%=callback != null ? "window.opener."+callback : "null" %>);
172      window.close();
173    }
174    function presetOnChange()
175    {
176      Table.presetOnChange('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
177    }
178    function switchTab(tabControlId, tabId)
179    {
180      if (tabId == 'properties')
181      {
182        location.href = '../index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ViewItem&item_id=<%=reporterListId%>&tab='+tabId;
183      }
184      else
185      {
186        TabControl.setActiveTab(tabControlId, tabId);
187      }
188    }
189    </script>
190  </base:head>
191 
192  <base:body>
193    <p:path><p:pathelement 
194      title="Reporter lists" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>" 
195      /><p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(reporterList.getName())%>" 
196      /></p:path>
197 
198    <t:tabcontrol 
199      id="main" 
200      subclass="mastertabcontrol content"
201      active="reporters" switch="switchTab">
202    <t:tab id="properties" title="Properties" />
203   
204    <t:tab id="reporters" title="Reporters">
205    <tbl:table 
206      id="reporters" 
207      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
208      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
209      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
210      action="index.jsp"
211      sc="<%=sc%>"
212      item="<%=itemType%>"
213      subclass="fulltable"
214      >
215      <tbl:hidden 
216        name="mode" 
217        value="<%=mode.getName()%>" 
218      />
219      <tbl:hidden 
220        name="callback" 
221        value="<%=callback%>" 
222        skip="<%=callback == null%>" 
223      />
224      <tbl:hidden 
225        name="reporterlist_id" 
226        value="<%=String.valueOf(reporterListId)%>" 
227      />
228      <tbl:columndef 
229        id="externalId"
230        clazz="uniquecol"
231        property="reporter.externalId"
232        datatype="string"
233        title="External ID"
234        sortable="true" 
235        filterable="true"
236        exportable="true"
237      />
238      <tbl:columndef 
239        id="name"
240        property="reporter.name"
241        datatype="string"
242        title="Name"
243        sortable="true" 
244        filterable="true"
245        exportable="true"
246        show="always" 
247      />
248      <tbl:columndef 
249        id="id"
250        clazz="uniquecol"
251        property="reporter.id"
252        datatype="int"
253        title="ID"
254        sortable="true"
255        filterable="true"
256        exportable="true"
257      />
258      <tbl:columndef 
259        id="score"
260        property="score"
261        datatype="float"
262        title="Score"
263        sortable="true" 
264        filterable="true"
265        exportable="true"
266      />
267      <tbl:columndef 
268        id="symbol"
269        property="reporter.symbol"
270        datatype="string"
271        title="Gene symbol"
272        sortable="true" 
273        filterable="true"
274        exportable="true"
275      />
276      <tbl:columndef 
277        id="description"
278        property="reporter.description"
279        datatype="string"
280        title="Description" 
281        sortable="true" 
282        filterable="true" 
283        exportable="true"
284      />
285      <tbl:columndef
286        id="reporterList"
287        property="$rpt.£reporterListScores"
288        datatype="int"
289        title="Reporter list"
290        filterable="true"
291        enumeration="<%=Base.getReporterListsEnum(dc)%>"
292        multiple="false"
293      />
294      <tbl:columndef 
295        id="entryDate"
296        property="reporter.entryDate"
297        datatype="date"
298        title="Registered"
299        sortable="true" 
300        filterable="true"
301        exportable="true"
302        formatter="<%=dateFormatter%>"
303      />
304      <tbl:columndef 
305        id="lastUpdate"
306        property="reporter.lastUpdate"
307        datatype="timestamp"
308        title="Last update" 
309        sortable="true" 
310        filterable="true" 
311        exportable="true"
312        formatter="<%=dateTimeFormatter%>"
313      />
314      <%
315      if (reporterProperties != null)
316      {
317        for (ExtendedProperty ep : reporterProperties)
318        {
319          String name = ep.getName();
320          %>
321          <tbl:columndef
322            id="<%=name%>"
323            property="<%="reporter."+name%>"
324            datatype="<%=ep.getType().getStringValue()%>"
325            title="<%=HTML.encodeTags(ep.getTitle())%>"
326            sortable="true"
327            filterable="true"
328            exportable="true"
329            formatter="<%=FormatterFactory.getExtendedPropertyFormatter(sc, ep)%>"
330          />
331          <%
332        }
333      }
334      Enumeration<String, String> types = new Enumeration<String, String>();
335      reporterTypes = typeQuery.list(dc);
336      types.add("", "- none -");
337      for (ReporterType rt : reporterTypes)
338      {
339        types.add(Integer.toString(rt.getId()), HTML.encodeTags(rt.getName()));
340      }
341      %>
342      <tbl:columndef 
343        id="reporterType"
344        property="reporter.reporterType"
345        sortproperty="reporter.reporterType.name"
346        exportproperty="reporter.reporterType.name"
347        datatype="int"
348        enumeration="<%=types%>"
349        title="Type"
350        sortable="true" 
351        filterable="true"
352        exportable="true"
353      />
354      <div class="panelgroup bottomborder">
355        <tbl:toolbar
356          subclass="bottomborder"
357          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
358          >
359          <tbl:button 
360            disabled="<%=!writePermission%>" 
361            image="add.png" 
362            onclick="addItems()" 
363            title="Add&hellip;" 
364            tooltip="<%=writePermission ? "Add reporters to this list" : "You do not have permission to add reporters" %>" 
365          />
366          <tbl:button 
367            disabled="<%=!deletePermission%>" 
368            image="delete.png" 
369            onclick="deleteItems()" 
370            title="Remove&hellip;" 
371            tooltip="<%=deletePermission ? "Remove the selected items from this list" : "You do not have permission to remove reporters" %>" 
372          />
373          <tbl:button 
374            image="columns.png" 
375            onclick="configureColumns()" 
376            title="Columns&hellip;" 
377            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
378          />
379          <tbl:button 
380            image="import.png" 
381            onclick="runPlugin('ImportItems')" 
382            title="Import&hellip;" 
383            tooltip="Import data" 
384            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
385          />
386          <tbl:button 
387            image="export.png" 
388            onclick="runPlugin('ExportItems')" 
389            title="Export&hellip;" 
390            tooltip="Export data" 
391            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
392          />
393          <tbl:button 
394            image="runplugin.png" 
395            onclick="runPlugin('RunListPlugin')" 
396            title="Run plugin&hellip;" 
397            tooltip="Run a plugin" 
398            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
399          />
400          <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
401            wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
402        </tbl:toolbar>
403        <tbl:panel>
404          <tbl:presetselector 
405            onchange="presetOnChange()"
406          />
407          <tbl:navigator
408            page="<%=cc.getPage()%>" 
409            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
410            totalrows="<%=reporters == null ? 0 : reporters.getTotalCount()%>" 
411            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
412          />
413        </tbl:panel>
414      </div>
415      <tbl:data>
416        <tbl:headers>
417          <tbl:headerrow>
418            <tbl:header colspan="3" />
419            <tbl:columnheaders />
420          </tbl:headerrow>
421          <tbl:headerrow>
422            <tbl:header subclass="index" />
423            <tbl:header 
424              subclass="check" 
425              visible="<%=mode.hasCheck()%>"
426              ><base:icon 
427                image="check_uncheck.png" 
428                tooltip="Check/uncheck all" 
429                onclick="Forms.checkUncheck(document.forms[formId])" 
430              /></tbl:header>
431            <tbl:header 
432              subclass="check" 
433              visible="<%=mode.hasRadio()%>"
434              />
435            <tbl:header 
436              subclass="icons" 
437              visible="<%=mode.hasIcons()%>"
438              />
439            <tbl:propertyfilter />
440          </tbl:headerrow>
441        </tbl:headers>
442        <tbl:rows>
443          <%
444          if (cc.getMessage() != null)
445          {
446            %>
447            <tbl:panel clazz="messagepanel">
448              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
449            </tbl:panel>
450            <%
451            cc.setMessage(null);
452          }
453          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
454          int selectedItemId = cc.getId();
455          if (reporters != null)
456          {           
457            while (reporters.hasNext())
458            {
459              ReporterScore score = reporters.next();
460              ReporterData item = score.getReporter();
461              int itemId = item.getId();
462              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
463              String tooltip = mode.isSelectionMode() ?
464                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
465              index++;
466              numListed++;
467              %>
468              <tbl:row>
469                <tbl:header 
470                  clazz="index"
471                  ><%=index%></tbl:header>
472                <tbl:header 
473                  clazz="check" 
474                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
475                  ><input 
476                    type="checkbox" 
477                    name="<%=itemId%>" 
478                    value="<%=itemId%>" 
479                    title="<%=name%>" 
480                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
481                  ></tbl:header>
482                <tbl:header 
483                  clazz="check" 
484                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
485                  ><input 
486                    type="radio" 
487                    name="item_id" 
488                    value="<%=itemId%>" 
489                    title="<%=name%>" 
490                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
491                  ></tbl:header>
492                <tbl:header 
493                  clazz="icons" 
494                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
495                  >&nbsp;</tbl:header>
496                <tbl:cell column="name"><div class="link" 
497                  onclick="itemOnClick(<%=writePermission ? "event" : null%>, <%=itemId%>)" 
498                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
499                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
500                <tbl:cell column="externalId"><%=HTML.encodeTags(item.getExternalId())%></tbl:cell>
501                <tbl:cell column="score"><%=Values.formatNumber(score.getScore(), 2)%></tbl:cell>
502                <tbl:cell column="symbol"><%=HTML.encodeTags(item.getSymbol())%></tbl:cell>
503                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
504                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=item.getEntryDate()%>" />
505                <tbl:cell column="lastUpdate" value="<%=item.getLastUpdate()%>" />
506                <tbl:cell column="reporterType"><base:propertyvalue dbcontrol="<%=dc%>" item="<%=item%>" property="reporterType.name" /></tbl:cell>
507                <%
508                if (reporterProperties != null)
509                {
510                  for (ExtendedProperty ep : reporterProperties)
511                  {
512                    name = ep.getName();
513                    %>
514                    <tbl:cell column="<%=name%>"><tbl:cellvalue value="<%=item.getExtended(name)%>" /></tbl:cell>
515                    <%
516                  }
517                }
518                %>
519              </tbl:row>
520              <%
521            }
522          }
523          if (numListed == 0)
524          {
525            %>
526            <tbl:panel clazz="messagepanel">
527              <div class="messagecontainer note">
528              <%=reporters == null || reporters.getTotalCount() == 0 ? "No reporters were found" : "No reporters on this page. Please select another page!" %>
529              </div>
530            </tbl:panel>
531            <%
532          }
533          %>
534          </tbl:rows>
535      </tbl:data>
536    </tbl:table>
537    </t:tab>
538    </t:tabcontrol>
539
540    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
541      <base:button onclick="returnSelected();" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
542      <base:button onclick="window.close();" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
543      <base:button onclick="window.close();" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
544    </base:buttongroup>
545
546  </base:body>
547  </base:page>
548  <%
549}
550finally
551{
552  if (reporters != null) reporters.close();
553  if (dc != null) dc.close();
554}
555%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.