Ignore:
Timestamp:
Nov 26, 2006, 9:38:24 PM (16 years ago)
Author:
Jari Häkkinen
Message:

Improved Genepix information in the getting started doc.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/doc/user/getting_started.html

    r2869 r2954  
    157157            importer", and click on the 'New configuration ...'
    158158            tab. Enter a name in the 'Name' field (Affymetrix probe
    159             set importer / ) and click 'Save and configure'
    160             button. The next pop-up expects input of regular
    161             expression needed to import reporter data. Here we just
    162             give the values to add to the panel, but as of version 2.1
    163             it is possible to use a import format wizard. The wizard
    164             is started by clicking on the 'Test with file ...'
    165             button. Here we tabulated the regexps to enter (assuming
    166             that the default
     159            set importer / Genepix reporter import) and click 'Save
     160            and configure' button. The next pop-up expects input of
     161            regular expression needed to import reporter data. Here we
     162            just give the values to add to the panel, but as of
     163            version 2.1 it is possible to use a import format
     164            wizard. The wizard is started by clicking on the 'Test
     165            with file ...'  button. </p>
     166
     167            <p> Below we tabulate regexps to enter for a few file
     168            formats if you prefer to enter the regexp manually. Note
     169            1: Here it is assumed that the default
    167170            <a
    168171            href="../admin/extended-properties.html">extended-properties.xml</a>
    169             is used):
    170             <table>
    171               <tr>
    172                 <td> <b>Column</b> </td>
    173                 <td> <b>Regexp</b> (Affymetrix) </td>
    174                 <td> <b>Regexp</b> (Genepix) </td>
     172            is used. Note 2: your browser may break lines in the
     173            table cells, treat these line breaks as a ' ' (space)
     174            character. Note 3: Depending on your files the values to
     175            input may be different.
     176            <table cellspacing=3>
     177              <tr>
     178                <td align=left> <i>Column</i> </td>
     179                <td align=left> <i>Affymetrix</i> </td>
     180                <td align=left> <i>Genepix .gpr</i> </td>
     181                <td align=left> <i>Genepix .txt</i> </td>
    175182              </tr>
    176183              <tr>
    177184                <td> Data Header </td>
    178185                <td> "Probe Set ID","GeneChip Array",.* </td>
    179                 <td> </td>
     186                <td> "Block"\t"Column"\t"Row"\t"Name"\t"ID"\t.* </td>
     187                <td> 384_number\t384_column\t384_row\t384_position\toligo_id.* </td>
    180188              </tr>
    181189              <tr>
    182190                <td> Data splitter </td>
    183191                <td> (?!"),(?=") </td>
    184                 <td> </td>
     192                <td> \t</td>
     193                <td> \t</td>
    185194              </tr>
    186195              <tr>
    187196                <td> Remove quotes </td>
    188197                <td> true </td>
    189                 <td> </td>
     198                <td> true </td>
     199                <td> true </td>
    190200              </tr>
    191201              <tr>
    192202                <td> Name </td>
    193203                <td> \Probe Set ID\ </td>
    194                 <td> </td>
     204                <td> \Name\</td>
     205                <td> \oligo_id\</td>
    195206              </tr>
    196207              <tr>
    197208                <td> Reporter ID </td>
    198209                <td> \Probe Set ID\ </td>
    199                 <td> </td>
     210                <td> \ID\</td>
     211                <td> \oligo_id\ </td>
    200212              </tr>
    201213              <tr>
     
    203215                <td> \Gene Symbol\ </td>
    204216                <td> </td>
     217                <td> \gene_symbol_Ensembl*\ </td>
    205218              </tr>
    206219              <tr>
     
    208221                <td> \UniGene ID\ </td>
    209222                <td> </td>
     223                <td> \RefSeq\ </td>
    210224              </tr>
    211225            </table>
     
    216230            do not need a configuration since these are not imported
    217231            to BASE with a plug-in. Genepix data requires a
    218             configuration. Select the "Reporter map importer" from the
    219             plug-in definition list. Genepix documentation missing
    220             here. </p>
    221 
    222             <p> <i>Raw data importer</i> <br> Affymetrix CEL files
    223             do not need a configuration since these are not imported
    224             to BASE with a plug-in. Genepix data requires a
    225             configuration. Select the "Raw data importer" from the
    226             plug-in definition list. Genepix documentation missing
    227             here. </p>
     232            configuration. To configure a plug-in for Genepix reporter
     233            map imports select the "Reporter map importer" from the
     234            plug-in definition list. Click on the 'New configuration
     235            ...'  tab. Enter a name in the 'Name' field (Affymetrix
     236            probe set importer / Genepix reporter map importer) and
     237            click 'Save and configure' button. The next pop-up expects
     238            input of regular expression needed to import reporter map
     239            data. Here we just give the values to add to the panel,
     240            but as of version 2.1 it is possible to use a import
     241            format wizard. The wizard is started by clicking on the
     242            'Test with file ...'  button. Below we tabulate regexps to
     243            enter if you prefer to enter the regexp manually:
     244            <table cellspacing=3>
     245              <tr>
     246                <td align=left> <i>Column</i> </td>
     247                <td align=left> <i>Genepix .gpr</i> </td>
     248              </tr>
     249              <tr>
     250                <td> Data Header </td>
     251                <td> "Block"\t"Column"\t"Row"\t"Name"\t"ID"\t.* </td>
     252              </tr>
     253              <tr>
     254                <td> Data splitter </td>
     255                <td> \t</td>
     256              </tr>
     257              <tr>
     258                <td> Remove quotes </td>
     259                <td> true </td>
     260              </tr>
     261              <tr>
     262                <td> Reporter ID </td>
     263                <td> \ID\</td>
     264              </tr>
     265              <tr>
     266                <td> Block </td>
     267                <td> \Block\ </td>
     268              </tr>
     269              <tr>
     270                <td> Column </td>
     271                <td> \Column\ </td>
     272              </tr>
     273              <tr>
     274                <td> Row </td>
     275                <td> \Row\ </td>
     276              </tr>
     277            </table>
     278            <br> Finalize with clicking 'Next'. You can of course fill
     279            the other entries as well. </p>
     280
     281            <p> <i>Raw data importer</i> <br> Affymetrix CEL files do
     282            not need a configuration since these are not imported to
     283            BASE with a plug-in. Genepix data requires a
     284            configuration. Create a configuration for Genepix raw data
     285            import by selecting the "Raw data importer" from the
     286            plug-in definition list. Click on the 'New configuration
     287            ...'  tab. Enter a name in the 'Name' field (Genepix raw
     288            data importer) and click 'Save and configure' button. The
     289            next pop-up expects input of regular expression needed to
     290            import raw data. Here we just give the values to add to
     291            the panel, but as of version 2.1 it is possible to use a
     292            import format wizard. The wizard is started by clicking on
     293            the 'Test with file ...'  button. Below we tabulate
     294            regexps to enter if you prefer to enter the regexp
     295            manually:
     296
     297            <table cellspacing=3>
     298              <tr>
     299                <td align=left> <i>Column</i> </td>
     300                <td align=left> <i>Genepix .gpr</i> </td>
     301              </tr>
     302              <tr>
     303                <td>Raw data type</td>
     304                <td>Genepix</td>
     305              </tr>
     306              <tr>
     307                <td>Header</td>
     308                <td>"(.+)=(.*)"</td>
     309              </tr>
     310              <tr>
     311                <td>Data header</td>
     312                <td>"Block"\t"Column"\t"Row"\t"Name"\t"ID"\t.*"Ratio of Medians \(532\/635\)".*</td>
     313              </tr>
     314              <tr>
     315                <td>Data splitter</td>
     316                <td>\t</td>
     317              </tr>
     318              <tr>
     319                <td>Min data columns</td>
     320                <td>48</td>
     321              </tr>
     322              <tr>
     323                <td>Max data columns</td>
     324                <td>48</td>
     325              </tr>
     326              <tr>
     327                <td>Block</td>
     328                <td>\Block\</td>
     329              </tr>
     330              <tr>
     331                <td>Column</td>
     332                <td>\Column\</td>
     333              </tr>
     334              <tr>
     335                <td>Row</td>
     336                <td>\Row\</td>
     337              </tr>
     338              <tr>
     339                <td>X</td>
     340                <td>\X\</td>
     341              </tr>
     342              <tr>
     343                <td>Y</td>
     344                <td>\Y\</td>
     345              </tr>
     346              <tr>
     347                <td>Reporter ID</td>
     348                <td>\ID\</td>
     349              </tr>
     350              <tr>
     351                <td>Spot diameter</td>
     352                <td>\Dia.\</td>
     353              </tr>
     354              <tr>
     355                <td>Channel 1 foreground median</td>
     356                <td>\F635 Median\</td>
     357              </tr>
     358              <tr>
     359                <td>Channel 1 foreground mean</td>
     360                <td>\F635 Mean\</td>
     361              </tr>
     362              <tr>
     363                <td>Channel 1 foreground standard deviation</td>
     364                <td>\F635 SD\</td>
     365              </tr>
     366              <tr>
     367                <td>Channel 1 background median</td>
     368                <td>\B635 Median\</td>
     369              </tr>
     370              <tr>
     371                <td>Channel 1 background mean</td>
     372                <td>\B635 Mean\</td>
     373              </tr>
     374              <tr>
     375                <td>Channel 1 background standard deviation</td>
     376                <td>\B635 SD\</td>
     377              </tr>
     378              <tr>
     379                <td>Percent pixels within 1 standard deviation</td>
     380                <td>\% > B635+1SD\</td>
     381              </tr>
     382              <tr>
     383                <td>Percent pixels within 2 standard deviations</td>
     384                <td>\% > B635+2SD\</td>
     385              </tr>
     386              <tr>
     387                <td>Percent saturated pixels</td>
     388                <td>\F635 % Sat.\</td>
     389              </tr>
     390              <tr>
     391                <td>Channel 2 foreground median</td>
     392                <td>\F532 Median\</td>
     393              </tr>
     394              <tr>
     395                <td>Channel 2 foreground mean</td>
     396                <td>\F532 Mean\</td>
     397              </tr>
     398              <tr>
     399                <td>Channel 2 foreground standard deviation</td>
     400                <td>\F532 SD\</td>
     401              </tr>
     402              <tr>
     403                <td>Channel 2 background median</td>
     404                <td>\B532 Median\</td>
     405              </tr>
     406              <tr>
     407                <td>Channel 2 background mean</td>
     408                <td>\B532 Mean\</td>
     409              </tr>
     410              <tr>
     411                <td>Channel 2 background standard deviation</td>
     412                <td>\B532 SD\</td>
     413              </tr>
     414              <tr>
     415                <td>Percent pixels within 1 standard deviation</td>
     416                <td>\% > B532+1SD\</td>
     417              </tr>
     418              <tr>
     419                <td>Percent pixels within 2 standard deviations</td>
     420                <td>\% > B532+2SD\</td>
     421              </tr>
     422              <tr>
     423                <td>Percent saturated pixels</td>
     424                <td>\F532 % Sat.\</td>
     425              </tr>
     426              <tr>
     427                <td>Foreground pixels</td>
     428                <td>\F Pixels\</td>
     429              </tr>
     430              <tr>
     431                <td>Background pixels</td>
     432                <td>\B Pixels\</td>
     433              </tr>
     434              <tr>
     435                <td>Flags</td>
     436                <td>\Flags\</td>
     437              </tr>
     438            </table>
     439            <br> Finalize with clicking 'Next'. You can of course fill
     440            the other entries as well. </p>
    228441          </li>
    229442
     
    284497            <p> <i>Genepix reporter map import</i> <br> Click on the
    285498            newly created array design, and click on the 'Import...'
    286             tab. More information needed here. </p>
     499            tab. In the pop up, click 'Next'. Browse for the reporter
     500            map file and click 'Next'. In the following dialogue you
     501            can specify how to treat errors encountered. The default
     502            is 'fail' which may be too restrictive, trial and error is
     503            the way to go here for now. You can safely leave the
     504            'Character set' as it is. </p>
    287505          </li>
    288506
     
    349567      <li>
    350568        <p> <b>Analysing an experiment step I</b> <br> Select the
    351         newly created experiment and in the the experiment windown
     569        newly created experiment and in the the experiment window
    352570        select the 'Bioassay sets' tab. There are no bioassay sets and
    353571        you must create a root bioassay set. This step is different
     
    401619        analysis tree.) So, assuming you select the proper export
    402620        button you will be given a list of different export
    403         formats. The list of supported eports depends on what plug-ins
     621        formats. The list of supported exports depends on what plug-ins
    404622        are added to the server, but there should at least be an
    405623        export to <a href=http://www.tm4.org/mev.html>MultiExperiment
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.