Changeset 2964


Ignore:
Timestamp:
Nov 27, 2006, 3:44:21 PM (16 years ago)
Author:
Jari Häkkinen
Message:

Fixes #430. Finalized export ... fixed experimental factor output. Requesting proper permissions.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • branches/2.1/src/plugins/core/net/sf/basedb/plugins/BioAssaySetExporter.java

    r2961 r2964  
    348348      for (BioAssay bioassay : bioassayset.getBioAssays().list(dc))
    349349      {
    350         Set<Object> values = BioAssaySetUtil.getAnnotationValues(dc,bioassay,at);
    351         for (Object v : values) out.write("\t"+v);
     350        Set<Object> values=BioAssaySetUtil.getAnnotationValues(dc,bioassay,at);
     351        out.print("\t");
     352        out.print( !values.isEmpty() ? values.iterator().next() : "N/A" );
    352353      }
    353354    }
     
    671672    if (permissions.size() == 0)
    672673    {
    673       permissions.add(new Permissions(Item.FILE, null, EnumSet.of(Permission.CREATE, Permission.WRITE)));
    674       permissions.add(new Permissions(Item.FORMULA, null, EnumSet.of(Permission.USE)));
    675       permissions.add(new Permissions(Item.DIRECTORY, null, EnumSet.of(Permission.CREATE, Permission.WRITE)));
    676       permissions.add(new Permissions(Item.USER, null, EnumSet.of(Permission.READ)));
    677       permissions.add(new Permissions(Item.EXPERIMENT, null, EnumSet.of(Permission.READ)));
    678       permissions.add(new Permissions(Item.EXTRAVALUETYPE, null, EnumSet.of(Permission.READ)));
     674      permissions.add(new Permissions(Item.ANNOTATIONTYPE, null,
     675                                      EnumSet.of(Permission.READ)));
     676      permissions.add(new Permissions(Item.DIRECTORY, null,
     677                                      EnumSet.of(Permission.CREATE,
     678                                                 Permission.WRITE)));
     679      permissions.add(new Permissions(Item.EXPERIMENT, null,
     680                                      EnumSet.of(Permission.READ)));
     681      permissions.add(new Permissions(Item.FILE, null,
     682                                      EnumSet.of(Permission.CREATE,
     683                                                 Permission.WRITE)));
     684      permissions.add(new Permissions(Item.RAWBIOASSAY, null,
     685                                      EnumSet.of(Permission.READ)));
     686      permissions.add(new Permissions(Item.USER, null,
     687                                      EnumSet.of(Permission.READ)));
    679688    }
    680689    return permissions;
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.