Changeset 3048


Ignore:
Timestamp:
Jan 5, 2007, 12:11:21 PM (15 years ago)
Author:
Martin Svensson
Message:

Extended the plugin-list. All core plugins are now in the list.
Left to do: add downloads link, add configuration packages

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/doc/user/coreplugins.html

    r3047 r3048  
    4242      <p>
    4343        This document lists all available core plugins in BASE 2. <br>Each plugin can be downloaded and installed separately.<br>
    44         There are also an example of configuration, that can be downloaded and imported, for those plugins that have configuration support.
     44        There are also examples of configuration for some of the plugins that support configuration.
     45        The plugin configurations are also available in packages for different kind of arrays.
    4546      </p>
    46       <b>Plugin types</b>
     47      <b>Plugins</b>
    4748      <ol>
    48         <li><a href="#analyse">Analyse</a></li>
    49         <li><a href="#export">Export</a></li>
    50         <li><a href="#import">Import</a></li>
    51         <li><a href="#intensity">Intensity</a></li>
    52         <li><a href="#other">Other</a></li>
     49        <li><a href="#types">Types</a>
     50          <ol type="a">
     51            <li><a href="#analyze">Analyze</a></li>
     52            <li><a href="#export">Export</a></li>
     53            <li><a href="#import">Import</a></li>
     54            <li><a href="#intensity">Intensity</a></li>
     55            <li><a href="#other">Other</a></li>
     56          </ol>
     57        </li>
     58        <li><a href="#config_packages">Configuration packages</a></li>
    5359      </ol>
    5460
     
    5965      </p>
    6066    </div>
    61    
    6267    <ol>
    6368      <li>
    64         <a name="analyse"></a>
    65         <h2>Analyse</h2>
     69        <a name="types"></a>
     70        <h2>Types</h2>
     71        <ol type="a">
     72          <li>
     73            <a name="analyze"></a>
     74            <b>Analyze</b>
     75            <table class="listing">
     76              <tr>
     77                <th>Plugin&nbsp;name</th>
     78                <th>Download</th>
     79                <th>Configuration</th>               
     80                <th>BASE version</th>               
     81              </tr>
     82              <tr>
     83                <td>Base1PluginExecuter</td>
     84                <td><a href="">download</a></td>
     85                <td><i>-N/A-</i></td>
     86                <td>&nbsp;</td>
     87              </tr>
     88              <tr class="evenrow">
     89                <td>JEP&nbsp;extra&nbsp;value calculator</td>
     90                <td><a href="">download</a></td>
     91                <td><i>-N/A-</i></td>
     92                <td>&nbsp;</td>
     93              </tr>
     94              <tr>
     95                <td>JEP&nbsp;filter plugin</td>
     96                <td><a href="">download</a></td>
     97                <td><i>-N/A-</i></td>
     98                <td>&nbsp;</td>
     99              </tr>
     100              <tr class="evenrow">
     101                <td>JEP&nbsp;intensity transformer</td>
     102                <td><a href="">download</a></td>
     103                <td><i>-N/A-</i></td>
     104                <td>&nbsp;</td>
     105              </tr>
     106              <tr>
     107                <td>Normalization: Lowess</td>
     108                <td><a href="">download</a></td>
     109                <td><i>-N/A- </i></td>
     110                <td>&nbsp;</td>
     111              </tr>
     112              <tr class="evenrow">
     113                <td>Normalization: Median&nbsp;ratio</td>
     114                <td><a href="">download</a></td>
     115                <td><i>-N/A-</i></td>
     116                <td>&nbsp;</td>
     117              </tr>
     118            </table><br>         
     119          </li>
     120                   
     121          <li>
     122            <a name="export"></a>     
     123            <b>Export</b>
     124            <table class="listing">
     125              <tr>
     126                <th>Plugin&nbsp;name</th>           
     127                <th>Download</th>
     128                <th>Configuration</th>               
     129                <th>BASE version</th>
     130              </tr>
     131              <tr>
     132                <td>Bioassay&nbsp;set&nbsp;exporter</td>
     133                <td><a href="">download</a></td>
     134                <td><i>- N/A -</i></td>             
     135                <td>&nbsp;</td>
     136              </tr>         
     137              <tr class="evenrow">
     138                <td>Help&nbsp;texts&nbsp;exporter</td>
     139                <td><a href="">download</a></td>
     140                <td><i>- N/A -</i></td>             
     141                <td>&nbsp;</td>
     142              </tr>
     143              <tr>
     144                <td>Plate&nbsp;mapping&nbsp;exporter</td>
     145                <td><a href="">download</a></td>
     146                <td><i>- N/A -</i></td>             
     147                <td>&nbsp;</td>
     148              </tr>
     149              <tr class="evenrow">
     150                <td>Plugin&nbsp;configuration exporter</td>
     151                <td><a href="">download</a></td>
     152                <td><i>- N/A -</i></td>             
     153                <td>&nbsp;</td>
     154              </tr>
     155              <tr>
     156                <td>Table&nbsp;exporter</td>
     157                <td><a href="">download</a></td>
     158                <td><i>- N/A -</i></td>             
     159                <td>&nbsp;</td>
     160              </tr>     
     161            </table><br>
     162          </li>
     163                         
     164          <li>
     165            <a name="import"></a>
     166            <b>Import</b>
     167            <table class="listing">
     168              <tr>
     169                <th>Plugin&nbsp;name</th>
     170                <th>Download</th>
     171                <th>Configuration</th>               
     172                <th>BASE version</th>
     173              </tr>
     174              <tr>
     175                <td>Help&nbsp;texts&nbsp;exporter</td>
     176                <td><a href="">download</a></td>
     177                <td><i>- N/A -</i></td>
     178                <td>&nbsp;</td>
     179              </tr>
     180              <tr class="evenrow">
     181                <td>Plate&nbsp;importer</td>
     182                <td><a href="">download</a></td>
     183                <td>
     184                  <table cellspacing="0">
     185                    <tr>
     186                      <td><a href="download/plugin_configuration/importer/plate_importer(384wells).xml">384&nbsp;wells-plate</a></td>
     187                    </tr>
     188                    <tr>
     189                      <td><a href="download/plugin_configuration/importer/plate_importer(96wells).xml">96&nbsp;wells-plate</a></td>
     190                    </tr>
     191                  </table>
     192                </td>
     193                <td>&nbsp;</td>
     194              </tr>
     195              <tr>
     196                <td>Plate&nbsp;mapping importer</td>
     197                <td><a href="">download</a></td>
     198                <td><i>- N/A -</i></td>
     199                <td>&nbsp;</td>
     200              </tr>
     201              <tr class="evenrow">
     202                <td>Plugin&nbsp;configuration importer</td>
     203                <td><a href="">download</a></td>
     204                <td><i>- N/A -</i></td>
     205                <td>&nbsp;</td>
     206              </tr>
     207              <tr>
     208                <td>Print&nbsp;map importer</td>
     209                <td><a href="">download</a></td>
     210                <td><i>- N/A -</i></td>
     211                <td>&nbsp;</td>
     212              </tr>         
     213              <tr class="evenrow">
     214                <td>Raw&nbsp;data importer</td>
     215                <td><a href="">download</a></td>
     216                <td>
     217                  <table cellspacing="0">
     218                    <tr>
     219                      <td><a href="download/plugin_configuration/importer/rawdata_importer_genepix(cy3_cy5).xml">cy3/cy5&nbsp;genepix</a></td>
     220                    </tr>
     221                    <tr>
     222                      <td><a href="download/plugin_configuration/importer/rawdata_importer_genepix(cy5_cy3).xml">cy5/cy3&nbsp;genepix</a></td>
     223                    </tr>
     224                  </table>               
     225                </td>
     226                <td>&nbsp;</td>
     227              </tr>
     228              <tr>
     229                <td>Reporter importer</td>
     230                <td><a href="">download</a></td>
     231                <td>
     232                  <table cellspacing="0">
     233                    <tr>
     234                      <td><a href="download/plugin_configuration/importer/reporter_importer(96wells).xml">96&nbsp;wells</a></td>
     235                    </tr>           
     236                    <tr>
     237                      <td><a href="download/plugin_configuration/importer/reporter_importer(384wells).xml">384&nbsp;wells</a></td>
     238                    </tr>
     239                    <tr>
     240                      <td><a href="download/plugin_configuration/importer/reporter_importer(genepix).xml">genepix</a></td>
     241                    </tr>
     242                  </table>
     243                </td>
     244                <td>&nbsp;</td>
     245              </tr>
     246              <tr class="evenrow">
     247                <td>Reporter&nbsp;map importer</td>
     248                <td><a href="">download</a></td>
     249                <td>
     250                  <table cellspacing="0">
     251                    <tr>
     252                      <td><a href="download/plugin_configuration/importer/reporter_map_importer(genepix).xml">genepix</a></td>
     253                    </tr>
     254                  </table>
     255                </td>
     256                <td>&nbsp;</td>
     257              </tr>
     258            </table><br> 
     259          </li>
     260         
     261          <li>
     262            <a name="intensity"></a>
     263            <b>Intensity</b>
     264            <table class="listing">
     265              <tr>
     266                <th>Plugin&nbsp;name</th>
     267                <th>Download</th>
     268                <th>Configuration</th>               
     269                <th>BASE version</th>
     270              </tr>
     271              <tr>
     272                <td>Formula&nbsp;intensity calculator</td>
     273                <td><a href="">download</a></td>
     274                <td><i>- N/A -</i></td>
     275                <td>&nbsp;</td>
     276
     277              </tr>
     278            </table><br>         
     279          </li>
     280                   
     281          <li>
     282            <a name="other"></a>
     283            <b>Other</b>
     284            <table class="listing">
     285              <tr>
     286                <th>Plugin&nbsp;name</th>
     287                <th>Download</th>
     288                <th>Configuration</th>               
     289                <th>BASE version</th>
     290              </tr>
     291                <tr>
     292                <td>Spot&nbsp;images creator</td>
     293                <td><a href="download/plugin_jar/other/spot_image_creator.jar">download</a></td>
     294                <td><i>- N/A -</i></td>
     295                <td>&nbsp;</td>
     296              </tr>
     297              <tr class="evenrow">
     298                <td>ZIP&nbsp;file unpacker</td>
     299                <td><a href="download/plugin_jar/other/zip_file_unpacker.jar">download</a></td>
     300                <td><i>- N/A -</i></td>
     301                <td>&nbsp;</td>
     302              </tr>
     303            </table><br>         
     304          </li>
     305        </ol>
     306      </li>
     307      <li>
     308        <a name="config_packages"></a>
     309        <h2>Configuration packages</h2>
    66310        <table class="listing">
    67311          <tr>
    68             <th>Plugin&nbsp;name</th>
    69             <th colspan="2">Download/Configuration</th>
    70             <th>Description</th>
     312            <th>Type</th>
     313            <th>Date</th>
     314            <th>Download</th>
     315            <th>Plugins</th>
    71316          </tr>
    72317          <tr>
    73             <td>Base1PluginExecuter</td>
    74             <td><a href="">download</a></td>
    75             <td><a href="">configuration</a></td>
    76             <td>This plug-in simulates the plug-in runner from Base 1.2 to enable old plug-ins to be executed.</td>
     318            <td>Affymetrix</td>
     319            <td>&nbsp;</td>
     320            <td>download</td>
     321            <td>&nbsp;</td>
    77322          </tr>
    78           <tr>
    79             <td>JEP&nbsp;extra&nbsp;value calculator</td>
    80             <td><a href="">download</a></td>
    81             <td><i>- N/A -</i></td>
    82             <td>This plugin is used to calculate extra values for a bioassay set. The expressions are parsed with the JEP package.</td>
     323          <tr class="evenrow">
     324            <td>Genepix</td>
     325            <td>&nbsp;</td>
     326            <td>download</td>
     327            <td>&nbsp;</td>
    83328          </tr>
    84           <tr>
    85             <td>JEP&nbsp;filter plugin</td>
    86             <td><a href="">download</a></td>
    87             <td><i>- N/A -</i></td>
    88             <td>This filter is based on expressions entered by the user, which are parsed with the JEP package.</td>
    89           </tr>
    90           <tr>
    91             <td>JEP&nbsp;intensity transformer</td>
    92             <td><a href="">download</a></td>
    93             <td><i>- N/A -</i></td>
    94             <td>
    95               This plugin is used to transform the intensities of a bioassayset using expressions entered by the user.
    96               The expressions are parsed with the JEP package.
    97             </td>
    98           </tr>
    99           <tr>
    100             <td>Normalization: Lowess</td>
    101             <td><a href="">download</a></td>
    102             <td><i>- N/A - </i></td>
    103             <td>This is an efficient java implementation by Johan Enell of the LOWESS algorithm. It provides intensity-based normalization.</td>                       
    104           </tr>
    105           <tr>
    106             <td>Normalization: Median&nbsp;ratio</td>
    107             <td><a href="">download</a></td>
    108             <td><i>- N/A - </i></td>
    109             <td>This normalizer scales the intensities in such a way that their geometric mean (sqrt(i1 * i2)) is kept constant but the median of their ratios (i1/i2) is shifted to 1.</td>
    110           </tr>
    111         </table>           
    112       </li>
    113      
    114       <li>
    115         <a name="export"></a>     
    116         <h2>Export</h2>
    117         <table class="listing">
    118           <tr>
    119             <th>Plugin&nbsp;name</th>           
    120             <th colspan="2">Download/Configuration</th>
    121             <th>Description</th>
    122           </tr>
    123           <tr>
    124             <td>Bioassay&nbsp;set&nbsp;exporter</td>
    125             <td><a href="">download</a></td>
    126             <td><i>- N/A -</i></td>             
    127             <td>Exporter for bioassay sets.</td>
    128           </tr>         
    129           <tr>
    130             <td>Help&nbsp;texts&nbsp;exporter</td>
    131             <td><a href="">download</a></td>
    132             <td><i>- N/A -</i></td>             
    133             <td>This plugin is used to export a client application's help texts.</td>
    134           </tr>
    135           <tr>
    136             <td>Plate&nbsp;mapping&nbsp;exporter</td>
    137             <td><a href="">download</a></td>
    138             <td><i>- N/A -</i></td>             
    139             <td>This plugin is used to export plate mappings.</td>
    140           </tr>
    141           <tr>
    142             <td>Plugin&nbsp;configuration exporter</td>
    143             <td><a href="">download</a></td>
    144             <td><i>- N/A -</i></td>             
    145             <td>This plugin is used to export plugin configurations to an XML-file.</td>
    146           </tr>
    147           <tr>
    148             <td>Table&nbsp;exporter</td>
    149             <td><a href="">download</a></td>
    150             <td><i>- N/A -</i></td>             
    151             <td>Export all table listings in the web interface as tab-separated text files or as XML.</td>
    152           </tr>     
    153         </table> 
    154       </li>
    155            
    156       <li>
    157         <a name="import"></a>
    158         <h2>Import</h2>
    159         <table class="listing">
    160           <tr>
    161             <th>Plugin&nbsp;name</th>
    162             <th colspan="2">Download/Configuration</th>
    163             <th>Description</th>
    164           </tr>
    165           <tr>
    166             <td>Help&nbsp;texts&nbsp;exporter</td>
    167             <td><a href="">download</a></td>
    168             <td><i>- N/A -</i></td>
    169             <td>This plugin imports help texts from a XML-file to the BASE.</td>
    170           </tr>
    171           <tr>
    172             <td>Plate&nbsp;importer</td>
    173             <td><a href="">download</a></td>
    174             <td><a href="">configuration</a></td>
    175             <td>This plugin is used to import plates from a simple flat file.</td>
    176           </tr>
    177           <tr>
    178             <td>Plate&nbsp;mapping&nbsp;importer</td>
    179             <td><a href="">download</a></td>
    180             <td><i>- N/A -</i></td>
    181             <td>This plugin is used to import plate mappings.</td>
    182           </tr>
    183           <tr>
    184             <td>Plugin&nbsp;configuration importer</td>
    185             <td><a href="">download</a></td>
    186             <td><i>- N/A -</i></td>
    187             <td>This plugin is used to import configuration for a BASE plugin.</td>
    188           </tr>
    189           <tr>
    190             <td>Print&nbsp;map&nbsp;importer</td>
    191             <td><a href="">download</a></td>
    192             <td><i>- N/A -</i></td>
    193             <td>This plugin is used to import arraydesign from a print map.</td>
    194           </tr>         
    195           <tr>
    196             <td>Raw&nbsp;data&nbsp;importer</td>
    197             <td><a href="">download</a></td>
    198             <td><a href="">configuration</a></td>
    199             <td>This plugin is used to import raw data from a simple text file.</td>
    200           </tr>
    201           <tr>
    202             <td>Reporter&nbsp;importer</td>
    203             <td><a href="">download</a></td>
    204             <td><a href="">configuration</a></td>
    205             <td>This plugin is used to import reporters from a simple flat file.</td>
    206           </tr>
    207           <tr>
    208             <td>Reporter&nbsp;map&nbsp;importer</td>
    209             <td><a href="">download</a></td>
    210             <td><a href="">configuration</a></td>
    211             <td>This plugin is used to import features to an ArrayDesign from a simple flat file.</td>
    212           </tr>
    213         </table> 
    214       </li>
    215      
    216       <li>
    217         <a name="intensity"></a>
    218         <h2>Intensity</h2>
    219         <table class="listing">
    220           <tr>
    221             <th>Plugin&nbsp;name</th>
    222             <th colspan="2">Download/Configuration</th>
    223             <th>Description</th>
    224           </tr>
    225           <tr>
    226             <td>Formula&nbsp;intensity calculator</td>
    227             <td><a href="">download</a></td>
    228             <td><i>- N/A -</i></td>
    229             <td>This plugin is used to calculate intensities from raw data</td>
    230           </tr>
    231         </table>           
    232       </li>
    233      
    234       <li>
    235         <a name="other"></a>
    236         <h2>Other</h2>
    237         <table class="listing">
    238           <tr>
    239             <th>Plugin&nbsp;name</th>
    240             <th colspan="2">Download/Configuration</th>
    241             <th>Description</th>
    242           </tr>
    243         </table>           
     329        </table>
    244330      </li>
    245331    </ol>
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.