Changeset 3201


Ignore:
Timestamp:
Mar 22, 2007, 10:25:51 AM (15 years ago)
Author:
dominic
Message:

New changes to fix the shifting of parameter and biomaterialxteristics columns

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • branches/tab2mage_ebi/src/plugins/core/net/sf/basedb/plugins/Tab2MageExporter.java

    r3199 r3201  
    384384        initialiseMaps(twoColorFirstParameterMap,true);
    385385        initialiseMaps(bioXterParameterMap,false);
     386        initialiseMaps(twoColorBioXterParameterMap,false);
    386387       
    387388        twoColorHybDataRows.add("-done-");
     
    547548          {
    548549            hybSectionHeader.add("Sample");
    549            
    550550            Protocol sampleProtocol=sample.getCreationEvent().getProtocol();    //sampling protocol
    551551            if (samplingProtocolCount>0)protocolHybSectionHeader.add("Protocol[treatment]");
     
    562562            }
    563563              // sampling protocol parameter
    564             setParameterValues(labeledExtract,dc,count,hybsize);
    565           }
    566             // Biosource
     564            setParameterValues(sample,dc,count,hybsize);
     565          }
     566         
     567          // Biosource
    567568          Set<BioSource> bioSources= new LinkedHashSet();
    568569          if (sample.isPooled())
     
    651652                  else if(count==2)
    652653                  {
    653                     twoColorHybDataRows.add(values==null || values.size()==0 ? getDefaultValue(at) : Values.getString(values, ", ", true));
     654                    for (String header : twoColorBioXterParameterMap.keySet())
     655                    {
     656                      if (header.equals(annotation.getAnnotationType().getName()))
     657                      {
     658                        twoColorBioXterParameterMap.replace(header, values==null || values.size()==0 ? getDefaultValue(at) : Values.getString(values, ", ", true));
     659                      }
     660                    }
     661                    //twoColorHybDataRows.add(values==null || values.size()==0 ? getDefaultValue(at) : Values.getString(values, ", ", true));
    654662                    //System.out.println(values==null || values.size()==0 ? "-none-" : Values.getString(values, ", ", true));
    655663                    if (pooledSampleFlag && bioSourceCount>1) poolSampleTail.add(values==null || values.size()==0 ? getDefaultValue(at) : Values.getString(values, ", ", true));
     
    671679          Populate the Hyb data row before display
    672680         */
    673         displayMaps(bioXterParameterMap);
     681        //displayMaps(bioXterParameterMap);
     682        //System.out.println ("****two color bio xteristics****");
     683        //displayMaps(twoColorBioXterParameterMap);
    674684        for (Map.Entry<String, String> e: bioXterParameterMap.entrySet())
    675685        {
     
    677687          bioXterHybSectionHeader.add(e.getKey());
    678688        }
     689        if (twoColorHyb)
     690        {
     691          for (Map.Entry<String, String> e: twoColorBioXterParameterMap.entrySet())
     692          {
     693            twoColorHybDataRows.add(e.getValue());
     694          }
     695        }
    679696        // add protocol hyb ref ids
    680697        for (String protcolId : protocolRefId) //add protocol id
     
    682699          hybridizationDataRows.add(protcolId);
    683700        }
    684        
    685701        if (twoColorHyb)
    686702        {
     
    705721        if (twoColorHyb)
    706722        {
     723          System.out.println("++++ The two color parameter map from RBA to HYB after BEFORE combining: ++++");
     724          displayMaps(twoColorFirstParameterMap);
     725          System.out.println("++++ The two color from LABELED EXTRACT to SAMPLING BEFORE combining: ++++");
     726          displayMaps(twoColorParameterMap);
    707727          for (Map.Entry<String, String> firstMapE :twoColorFirstParameterMap.entrySet())
    708728          {
     
    715735            }
    716736          }
    717           System.out.println("++++ The two color parameter map after combining them together is : ++++");
     737          System.out.println("++++ The two color parameter map AFTER combining them together is : ++++");
    718738          displayMaps(twoColorFirstParameterMap);
    719739         
     
    781801        twoColorFirstParameterMap.clear();
    782802        bioXterParameterMap.clear();
     803        twoColorBioXterParameterMap.clear();
    783804        protocolRefId.clear();
    784805        parameterValues.clear();
     
    888909        }
    889910      }
    890      
    891       //testing the new header
    892       //statusOut.write("\n");
    893       //for (String header : newParameterHybSectionHeader)
    894       //{
    895       //  statusOut.write(header+"\t");
    896       //}
    897       //statusOut.write("\n");
    898       //for (String values: parameterMap.values())
    899       //{
    900       //  statusOut.write(values+"\t");
    901     //  }
    902      
    903911      out.flush();
    904912      out.close();
     
    922930      newParameterHybSectionHeader.clear();
    923931      bioMatXteristicsHeader.clear();
     932      bioXterHybSectionHeader.clear();
    924933      factorValuesHybSectionHeader.clear();
    925934      parameterHybSectionHeader.clear();
     
    10501059    for (Annotation annotation: annotations)
    10511060    {
    1052      
    10531061      if (anotatable.getProtocol().isParameter(annotation.getAnnotationType()) && !annotation.getAnnotationType().isRemoved())
    10541062        newParameterHybSectionHeader.add(annotation.getAnnotationType().getName());
     1063    }
     1064    System.out.println("+++++ List all parameter header  +++++");
     1065    for (String paramHyb : newParameterHybSectionHeader)
     1066    {
     1067      System.out.println(paramHyb+"\n");
    10551068    }
    10561069  }
     
    10701083        bioMatXteristicsHeader.add(at.getName());
    10711084    }
    1072     System.out.println("+++++ List all biomaterial xteristics header  +++++");
    1073     for (String bioxter : bioMatXteristicsHeader)
    1074     {
    1075       System.out.println(bioxter+"\n");
    1076     }
     1085    //this section is only for testing only
     1086    //System.out.println("+++++ List all biomaterial xteristics header  +++++");
     1087    //for (String bioxter : bioMatXteristicsHeader)
     1088    //{
     1089    //  System.out.println(bioxter+"\n");
     1090    //}
    10771091  }
    10781092 
     
    11291143            }
    11301144          }
    1131           for (String header : twoColorFirstParameterMap.keySet())
    1132           {
    1133             if (header.equals(annotation.getAnnotationType().getName()))
    1134             {
    1135               System.out.println("The header for twocolor first parameter map is: "+ header);
    1136               twoColorFirstParameterMap.replace(header, "", values==null || values.size()==0 ? "" : Values.getString(values, ", ", true));
     1145          for (String twoColorFirstHeader : twoColorFirstParameterMap.keySet())
     1146          {
     1147            if (twoColorFirstHeader.equals(annotation.getAnnotationType().getName()))
     1148            {
     1149              System.out.println("The header for twocolor first parameter map is: "+ twoColorFirstHeader);
     1150              twoColorFirstParameterMap.replace(twoColorFirstHeader, "", values==null || values.size()==0 ? "" : Values.getString(values, ", ", true));
     1151              //twoColorFirstParameterMap.replace(twoColorFirstHeader,twoColorFirstParameterMap.get(twoColorFirstHeader) , values==null || values.size()==0 ? "" : Values.getString(values, ", ", true));
     1152              //twoColorFirstParameterMap.replace(twoColorFirstHeader, values==null || values.size()==0 ? "" : Values.getString(values, ", ", true));
     1153              System.out.println(values==null || values.size()==0 ? "-none-" : Values.getString(values, ", ", true));
    11371154            }
    11381155          }
    11391156          //displayMaps(parameterMap);
    1140           System.out.println("[Before the labelled extract item] the two color parameter map is : \n ");
    1141           displayMaps(twoColorFirstParameterMap);
     1157          //System.out.println("[Before the labelled extract item] the two color parameter map is : \n ");
     1158          //displayMaps(twoColorFirstParameterMap);
    11421159          //parameterValues.add( values==null || values.size()==0 ? "" : Values.getString(values, ", ", true));
    11431160          //twoColorFirstParameterValues.add(values==null || values.size()==0 ? "" : Values.getString(values, ", ", true));
     
    11731190          else if(count==2)
    11741191          {
    1175             for (String header : twoColorParameterMap.keySet())
    1176             {
    1177               if (header.equals(annotation.getAnnotationType().getName()))
     1192            for (String twoColorHeader : twoColorParameterMap.keySet())
     1193            {
     1194              if (twoColorHeader.equals(annotation.getAnnotationType().getName()))
    11781195              {
    1179                 twoColorParameterMap.replace(header, "", values==null || values.size()==0 ? "" : Values.getString(values, ", ", true));
     1196                twoColorParameterMap.replace(twoColorHeader, "", values==null || values.size()==0 ? "" : Values.getString(values, ", ", true));
     1197                //twoColorFirstParameterMap.replace(twoColorHeader,twoColorFirstParameterMap.get(twoColorHeader) , values==null || values.size()==0 ? "" : Values.getString(values, ", ", true));
     1198                //twoColorFirstParameterMap.replace(twoColorHeader, values==null || values.size()==0 ? "" : Values.getString(values, ", ", true));
     1199                System.out.println("TESTING PLEASE: The values at this point");
     1200                System.out.println(values==null || values.size()==0 ? "-none-" : Values.getString(values, ", ", true));
    11801201              }
    11811202            }
    11821203          }
    11831204          //displayMaps(parameterMap);
    1184           System.out.println("[after the hybridization item] the two color parameter map: \n");
    1185           displayMaps(twoColorParameterMap);
     1205          //System.out.println("[after the hybridization item] the two color parameter map: \n");
     1206          //displayMaps(twoColorParameterMap);
    11861207          //if (count < hybsize || count==1)
    11871208          //{
     
    11981219    }
    11991220  }
     1221 
    12001222  /**
    12011223    Display the content of the map
     
    12531275  private static ConcurrentHashMap<String,String> twoColorFirstParameterMap = new ConcurrentHashMap<String, String>();
    12541276  private static ConcurrentHashMap<String,String> bioXterParameterMap = new ConcurrentHashMap<String, String>();
     1277  private static ConcurrentHashMap<String,String> twoColorBioXterParameterMap = new ConcurrentHashMap<String, String>();
    12551278  private static Set<String> factorValuesHybSectionHeader= new LinkedHashSet<String>();
    12561279  private static Set<String> parameterHybSectionHeader= new LinkedHashSet<String>();
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.