Changeset 3204


Ignore:
Timestamp:
Mar 22, 2007, 6:20:43 PM (15 years ago)
Author:
dominic
Message:

fixes to experimental factor values

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • branches/tab2mage_ebi/src/plugins/core/net/sf/basedb/plugins/Tab2MageExporter.java

    r3201 r3204  
    8181import net.sf.basedb.core.query.Hql;
    8282import net.sf.basedb.core.query.Orders;
     83import net.sf.basedb.core.Include;
    8384import net.sf.basedb.util.Values;
    8485
     
    319320       if (experiment.getExperimentalFactors().list(dc).size()==0)
    320321      {
    321         response.setDone("[EXPORT FAILED: Experimnetal factors have not been specified for this experiment].");
     322        response.setError("[Export Failed] Experimental factors have not been specified for this experiment].", Arrays.asList(new Throwable()));
    322323        return; 
    323324 
     
    627628                if(!at.isRemoved())
    628629                {
    629                   //hybSectionHeader.add("BioMaterialCharacteristics["+at.getName()+"]");
    630630                  List<?> values= annotation==null? null:annotation.getValues();
    631631                  if (count < hybsize || count==1)
     
    641641                      }
    642642                      //displayMaps(bioXterParameterMap);
    643                       //hybridizationDataRows.add(values==null || values.size()==0 ? getDefaultValue(at) : Values.getString(values, ", ", true));
    644                       //System.out.println(values==null || values.size()==0 ? "-none-" : Values.getString(values, ", ", true));
    645643                    }
    646644                    else if (pooledSampleFlag && bioSourceCount>1) // this cater for other biources when samples were pooled
     
    659657                      }
    660658                    }
    661                     //twoColorHybDataRows.add(values==null || values.size()==0 ? getDefaultValue(at) : Values.getString(values, ", ", true));
    662                     //System.out.println(values==null || values.size()==0 ? "-none-" : Values.getString(values, ", ", true));
    663659                    if (pooledSampleFlag && bioSourceCount>1) poolSampleTail.add(values==null || values.size()==0 ? getDefaultValue(at) : Values.getString(values, ", ", true));
    664660                  }
     
    679675          Populate the Hyb data row before display
    680676         */
    681         //displayMaps(bioXterParameterMap);
    682         //System.out.println ("****two color bio xteristics****");
    683         //displayMaps(twoColorBioXterParameterMap);
    684677        for (Map.Entry<String, String> e: bioXterParameterMap.entrySet())
    685678        {
     
    708701        }
    709702          //  add parameter values
    710         //for (String paramValue : parameterValues )  removed temporarily
     703       
    711704        for (Map.Entry<String, String> entry: parameterMap.entrySet())
    712705        {
     
    714707          parameterHybSectionHeader.add(entry.getKey());
    715708        }
    716         //for (String paramValue: parameterMap.values())
    717         //{
    718         //  hybridizationDataRows.add(paramValue);
    719         //}
    720        
    721709        if (twoColorHyb)
    722710        {
    723           System.out.println("++++ The two color parameter map from RBA to HYB after BEFORE combining: ++++");
    724           displayMaps(twoColorFirstParameterMap);
    725           System.out.println("++++ The two color from LABELED EXTRACT to SAMPLING BEFORE combining: ++++");
    726           displayMaps(twoColorParameterMap);
    727711          for (Map.Entry<String, String> firstMapE :twoColorFirstParameterMap.entrySet())
    728712          {
     
    735719            }
    736720          }
    737           System.out.println("++++ The two color parameter map AFTER combining them together is : ++++");
    738           displayMaps(twoColorFirstParameterMap);
    739          
    740           //twoColorFirstParameterValues.addAll(twoColorParameterValues);
    741           //for (String paramValue : twoColorFirstParameterValues  )
    742          
    743721          for (String paramValue : twoColorFirstParameterMap.values())
    744722          {
     
    755733          if (value!=null)
    756734          {
    757             factorValuesHybSectionHeader.add("FactorValue["+value.getAnnotationType().getName()+"]");
    758735            List<?> values= value.getValues();
    759736            hybridizationDataRows.add(values==null || values.size()==0 ? "" : Values.getString(values, ", ", true));
     
    823800      }// end of raw biossay for loop
    824801     
     802      //add headers
    825803      for (String bioXterHeader: bioXterHybSectionHeader)
    826804      {
     
    831809        hybSectionHeader.add(protocolHeader);
    832810      }
    833 //      for (String parameterHeader : newParameterHybSectionHeader)s
    834       for (String parameterHeader :parameterHybSectionHeader) //temporarily removed
     811      for (String parameterHeader :parameterHybSectionHeader)
    835812      {
    836813        hybSectionHeader.add("Parameter["+parameterHeader+"]");
     
    938915 
    939916  /**
    940     [TODO] FAIL WHEN THE EXPORT IS RUN WITHOUT EXPERIMENTAL FACTORS. FORCE USERS TO INPUT EXPRIMENTAL FACTORS
    941      get all the experimental factors for an experiments
     917     get all the experimental factors for an experiments
    942918     @param DcControl dc, the database control
    943919     @param Experiment experiment, the experiment
     
    945921     @return List, list of annotations
    946922   */
     923 
    947924  private static List<Annotation> getExperimentalFactorValues(DbControl dc, Experiment experiment, RawBioAssay rba)
    948925  {
    949926    List<Annotation> values= new LinkedList<Annotation>();
    950927    AnnotationSet annotationSet = rba.isAnnotated() ? rba.getAnnotationSet() : null;
    951     ItemResultList<AnnotationType> experimentalFactors = experiment.getExperimentalFactors().list(dc);
     928    ItemQuery<AnnotationType> experimentalFactorsQuery= experiment.getExperimentalFactors();
     929    experimentalFactorsQuery.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.OTHERS, Include.IN_PROJECT);
     930    ItemResultList<AnnotationType> experimentalFactors = experimentalFactorsQuery.list(dc);
    952931    if (annotationSet!=null)
    953932    {
    954       ItemResultList<Annotation> annotations=annotationSet.getAnnotations().list(dc);
    955       for (Annotation annotation: annotations)
    956       {
    957         for (AnnotationType exprFactor :experimentalFactors)
    958         {
    959           if (exprFactor.equals(annotation.getAnnotationType())&& !exprFactor.isRemoved())
    960           {
    961             //factorValuesHybSectionHeader.add("FactorValue["+exprFactor.getName()+"]");
    962             values.add(annotation);
    963           }
    964         }
    965       }
    966     }
    967     //for (AnnotationType exprFactor :experimentalFactors) //create the expr factor value for this experiment, obtaining annotations from rawbioassay
    968     //{
    969     //  if (!exprFactor.isRemoved())
    970     //  {
    971     //    factorValuesHybSectionHeader.add("FactorValue["+exprFactor.getName()+"]");
    972     //    //AnnotationSet annotationSet = rba.isAnnotated() ? rba.getAnnotationSet() : null;
    973     //    if (annotationSet!=null)
    974     //    {
    975     //      values.add(annotationSet.getAnnotation(exprFactor));
    976     //    }
    977     //  }
    978     //}
     933      for (AnnotationType exprFactor :experimentalFactors)
     934      {
     935        if (!exprFactor.isRemoved())
     936        {
     937          //factorValuesHybSectionHeader.add("FactorValue["+exprFactor.getName()+"]");
     938          values.add(annotationSet.findAnnotation(exprFactor));
     939          if (annotationSet.findAnnotation(exprFactor)!=null)factorValuesHybSectionHeader.add("FactorValue["+exprFactor.getName()+"]");
     940        }
     941      }
     942    }
    979943    return values;
    980944  }
     
    10621026        newParameterHybSectionHeader.add(annotation.getAnnotationType().getName());
    10631027    }
    1064     System.out.println("+++++ List all parameter header  +++++");
     1028    //System.out.println("+++++ List all parameter header  +++++");
    10651029    for (String paramHyb : newParameterHybSectionHeader)
    10661030    {
     
    10831047        bioMatXteristicsHeader.add(at.getName());
    10841048    }
    1085     //this section is only for testing only
    1086     //System.out.println("+++++ List all biomaterial xteristics header  +++++");
    1087     //for (String bioxter : bioMatXteristicsHeader)
    1088     //{
    1089     //  System.out.println(bioxter+"\n");
    1090     //}
    10911049  }
    10921050 
     
    11331091        if (anotatable.getProtocol().isParameter(annotation.getAnnotationType()) && !annotation.getAnnotationType().isRemoved())
    11341092        {
    1135           //parameterHybSectionHeader.add("Parameter["+annotation.getAnnotationType().getName()+"]");
    11361093          List<?> values= annotation.getValues();
    11371094          for (String header : parameterMap.keySet())
     
    11391096            if (header.equals(annotation.getAnnotationType().getName()))
    11401097            {
    1141               System.out.println("The header is: "+ header);
    11421098              parameterMap.replace(header, "", values==null || values.size()==0 ? "" : Values.getString(values, ", ", true));
    11431099            }
     
    11471103            if (twoColorFirstHeader.equals(annotation.getAnnotationType().getName()))
    11481104            {
    1149               System.out.println("The header for twocolor first parameter map is: "+ twoColorFirstHeader);
    11501105              twoColorFirstParameterMap.replace(twoColorFirstHeader, "", values==null || values.size()==0 ? "" : Values.getString(values, ", ", true));
    1151               //twoColorFirstParameterMap.replace(twoColorFirstHeader,twoColorFirstParameterMap.get(twoColorFirstHeader) , values==null || values.size()==0 ? "" : Values.getString(values, ", ", true));
    1152               //twoColorFirstParameterMap.replace(twoColorFirstHeader, values==null || values.size()==0 ? "" : Values.getString(values, ", ", true));
    1153               System.out.println(values==null || values.size()==0 ? "-none-" : Values.getString(values, ", ", true));
    11541106            }
    11551107          }
    1156           //displayMaps(parameterMap);
    1157           //System.out.println("[Before the labelled extract item] the two color parameter map is : \n ");
    1158           //displayMaps(twoColorFirstParameterMap);
    1159           //parameterValues.add( values==null || values.size()==0 ? "" : Values.getString(values, ", ", true));
    1160           //twoColorFirstParameterValues.add(values==null || values.size()==0 ? "" : Values.getString(values, ", ", true));
    1161           //System.out.println(values==null || values.size()==0 ? "-none-" : Values.getString(values, ", ", true));
    11621108        }
    11631109      }
     
    11761122        if (anotatable.getProtocol().isParameter(annotation.getAnnotationType()) && !annotation.getAnnotationType().isRemoved())
    11771123        {
    1178           //parameterHybSectionHeader.add("Parameter["+annotation.getAnnotationType().getName()+"]");
    11791124          List<?> values= annotation.getValues();
    11801125          if (count < hybsize || count==1)
     
    11951140              {
    11961141                twoColorParameterMap.replace(twoColorHeader, "", values==null || values.size()==0 ? "" : Values.getString(values, ", ", true));
    1197                 //twoColorFirstParameterMap.replace(twoColorHeader,twoColorFirstParameterMap.get(twoColorHeader) , values==null || values.size()==0 ? "" : Values.getString(values, ", ", true));
    1198                 //twoColorFirstParameterMap.replace(twoColorHeader, values==null || values.size()==0 ? "" : Values.getString(values, ", ", true));
    1199                 System.out.println("TESTING PLEASE: The values at this point");
    1200                 System.out.println(values==null || values.size()==0 ? "-none-" : Values.getString(values, ", ", true));
    12011142              }
    12021143            }
    12031144          }
    1204           //displayMaps(parameterMap);
    1205           //System.out.println("[after the hybridization item] the two color parameter map: \n");
    1206           //displayMaps(twoColorParameterMap);
    1207           //if (count < hybsize || count==1)
    1208           //{
    1209           //  parameterValues.add( values==null || values.size()==0 ? "" : Values.getString(values, ", ", true));
    1210           //  //System.out.println(values==null || values.size()==0 ? "-none-" : Values.getString(values, ", ", true));
    1211           //}
    1212           //else if(count==2)
    1213           //{
    1214           //  twoColorParameterValues.add(values==null || values.size()==0 ? "" : Values.getString(values, ", ", true));
    1215           //  //System.out.println(values==null || values.size()==0 ? "-none-" : Values.getString(values, ", ", true));
    1216           //}
    12171145        }
    12181146      }
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.