Changeset 3580


Ignore:
Timestamp:
Jul 20, 2007, 8:02:00 AM (14 years ago)
Author:
Nicklas Nordborg
Message:

Fixes #690: Not allowed to read Extra value type

Location:
trunk
Files:
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/src/clients/web/net/sf/basedb/clients/web/DynamicUtil.java

    r3562 r3580  
    169169    {
    170170      ExtraValue ev = result.next();
    171       ExtraValueType evt = ev.getExtraValueType();
    172171      int id = ev.getId();
    173       TableColumn tc = new TableColumn(idPrefix+id, propertyPrefix + id, "xtra('" + evt.getExternalId() + "')", ev.getValueType(),
    174         titlePrefix+evt.getName(), evt.getDescription(), "auto", true, true, true, evt.getAverageMethod(), null);
    175       Formatter<?> formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, evt.getValueType());
    176       if (evt.getValueType().isNumerical())
     172      ExtraValueType evt = null;
     173      TableColumn tc = null;
     174      try
     175      {
     176        evt = ev.getExtraValueType();
     177        tc = new TableColumn(idPrefix+id, propertyPrefix + id, "xtra('" + evt.getExternalId() + "')",
     178            ev.getValueType(), titlePrefix+evt.getName(), evt.getDescription(),
     179            "auto", true, true, true, evt.getAverageMethod(), null);
     180      }
     181      catch (Throwable t)
     182      {
     183        tc = new TableColumn(idPrefix+id, propertyPrefix + id, "xtra('" + id + "')",
     184            ev.getValueType(), titlePrefix+ev.getValueType(), "",
     185            "auto", true, true, true, null, null);
     186      }
     187      Formatter<?> formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, ev.getValueType());
     188      if (ev.getValueType().isNumerical() && evt != null)
    177189      {
    178190        // Numerical types *should* return a numeric formatter which is required by the color formatter
  • trunk/www/views/experiments/bioassaysets/analysis_tree.jsp

    r3578 r3580  
    768768                  ccc = xvc;
    769769                  onClick = "extraValueOnClick";
    770                   ExtraValueType xvType = xv.getExtraValueType();
    771                   name = HTML.encodeTags(xvType.getName());
    772                   description = HTML.encodeTags(xvType.getDescription());
     770                  try
     771                  {
     772                    ExtraValueType xvType = xv.getExtraValueType();
     773                    name = HTML.encodeTags(xvType.getName());
     774                    description = HTML.encodeTags(xvType.getDescription());
     775                  }
     776                  catch (PermissionDeniedException ex)
     777                  {
     778                    name = xv.getValueType().toString();
     779                    description = "";
     780                  }
    773781                  try
    774782                  {
  • trunk/www/views/experiments/extravalues/view_extravalue.jsp

    r2978 r3580  
    8888  String title = null;
    8989  final ExtraValue extraValue = ExtraValue.getById(dc, itemId);
    90   final ExtraValueType extraValueType = extraValue.getExtraValueType();
    9190  final BioAssaySet bioAssaySet = extraValue.getBioAssaySet();
    9291  final Experiment experiment = bioAssaySet.getExperiment();
     
    9493  RawDataType rawDataType = experiment.getRawDataType();
    9594 
     95  ExtraValueType extraValueType = null;
     96  boolean readExtraValueType = true;
    9697  Job job = null;
    9798  boolean readJob = true;
     
    101102  boolean readConfiguration = true;
    102103
     104  try
     105  {
     106    extraValueType = extraValue.getExtraValueType();
     107  }
     108  catch (PermissionDeniedException ex)
     109  {
     110    readExtraValueType = false;
     111  }
    103112  try
    104113  {
     
    167176      <p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(bioAssaySet.getName())%>"
    168177        href="<%="../bioassaysets/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=ViewItem&experiement_id="+experimentId+"&item_id="+bioAssaySet.getId()%>" />
    169       <p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(extraValueType.getName()) %>" />
     178      <p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(extraValueType == null ? extraValue.getValueType().toString() : extraValueType.getName()) %>" />
    170179    </p:path>
    171180   
     
    227236        <h4>Extra value</h4>
    228237        <table class="form" cellspacing=0>
    229         <tr>
    230           <td class="prompt">Name</td>
    231           <td><%=Base.getLinkedName(ID, extraValueType, false, writePermission)%></td>
    232         </tr>
     238        <%
     239        if (extraValueType == null)
     240        {
     241          %>
     242          <tr>
     243            <td class="prompt">Type</td>
     244            <td><%=extraValue.getValueType()%></td>
     245          </tr>
     246          <%
     247        }
     248        else
     249        {
     250          %>
     251          <tr>
     252            <td class="prompt">Name</td>
     253            <td><%=Base.getLinkedName(ID, extraValueType, !readExtraValueType, writePermission)%></td>
     254          </tr>
     255          <%
     256        }
     257        %>
    233258        <tr>
    234259          <td class="prompt">Bioassay set</td>
     
    246271        <tr>
    247272          <td class="prompt">Description</td>
    248           <td><%=HTML.niceFormat(extraValueType.getDescription())%></td>
     273          <td><%=HTML.niceFormat(extraValueType != null ? extraValueType.getDescription() : "")%></td>
    249274        </tr>
    250275        </table>
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.