Changeset 3888


Ignore:
Timestamp:
Oct 29, 2007, 2:00:56 PM (14 years ago)
Author:
Nicklas Nordborg
Message:

References #707: Can't unlink items that have been put in the trashcan

Fixes the problem for all items in the View and Array LIMS menus.

Location:
trunk
Files:
35 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/src/clients/web/net/sf/basedb/clients/web/Base.java

    r3867 r3888  
    788788    Get a query that returns all annotation types defined for a particular
    789789    item type and, optionally, with a specific protocol parameter setting.
    790     The query will include all items owned by or shared to the logged in user
    791     or the active project.
     790    The query will include all possible annotation types.
    792791    @param itemType The item type
    793792    @param isProtocolParameter Specify if only annotation types assigned as protocol
     
    799798    ItemQuery<AnnotationType> q = AnnotationType.getQuery(itemType);
    800799    q.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
    801     q.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.IN_PROJECT);
     800    q.include(Include.ALL);
    802801    if (isProtocolParameter != null)
    803802    {
     
    815814  /**
    816815    Get a query that returns all annotation types assigned as parameters to
    817     a specific protocol. The query will include all items owned by or shared
    818     to the logged in user or the active project.
     816    a specific protocol. The query will include all possible annotation types.
    819817    @param protocol The protocol, or null
    820818    @return An <code>ItemQuery</code> object, or null if the protocol is null
     
    827825      q = protocol.getParameters();
    828826      q.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
    829       q.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.IN_PROJECT);
     827      q.include(Include.ALL);
    830828    }
    831829    return q;
     
    848846  {
    849847    ItemQuery<DataFileType> q = DataFileType.getQuery();
     848    q.include(Include.ALL);
    850849    // Restrict on itemType
    851850    Restriction onItemType = Restrictions.eq(
  • trunk/src/clients/web/net/sf/basedb/clients/web/taglib/PropertyValue.java

    r3679 r3888  
    3333import net.sf.basedb.core.Nameable;
    3434import net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException;
     35import net.sf.basedb.core.Removable;
    3536import net.sf.basedb.clients.web.Base;
    3637import net.sf.basedb.clients.web.util.HTML;
     
    251252        value = md.getPropertyValue(getDbcontrol(), item, getProperty());       
    252253      }
     254      if (value instanceof Removable)
     255      {
     256        if (((Removable)value).isRemoved())
     257        {
     258          sb.append("<img class=\"icon\" src=\"").append(getRoot());
     259          sb.append("images/deleted.gif\" alt=\"This item has been scheduled for deletion\" border=\"0\">");
     260        }
     261      }
     262     
    253263      if (value == null)
    254264      {
  • trunk/src/core/net/sf/basedb/core/Include.java

    r3679 r3888  
    2525package net.sf.basedb.core;
    2626
     27import java.util.Collection;
     28import java.util.Collections;
    2729import java.util.Set;
    2830import java.util.EnumSet;
     
    7274  IN_PROJECT(128);
    7375
     76  /**
     77    A non-modifable collection containing all options.
     78    @since 2.5
     79  */
     80  public static final Collection<Include> ALL = Collections.unmodifiableSet(EnumSet.allOf(Include.class));
    7481 
    7582  private final int value;
  • trunk/src/core/net/sf/basedb/core/MultiPermissions.java

    r3679 r3888  
    345345    }
    346346    ItemQuery<User> query = User.getQuery();
     347    query.include(Include.ALL);
    347348    if (userIds.size() > 0)
    348349    {
     
    380381    }
    381382    ItemQuery<Group> query = Group.getQuery();
     383    query.include(Include.ALL);
    382384    if (groupIds.size() > 0)
    383385    {
     
    415417    }
    416418    ItemQuery<Project> query = Project.getQuery();
     419    query.include(Include.ALL);
    417420    if (projectIds.size() > 0)
    418421    {
     
    430433      query.restrict(Restrictions.neq(id, id));
    431434    }
    432     query.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.OTHERS);
    433435    return query;
    434436  }
  • trunk/www/biomaterials/biosources/view_biosource.jsp

    r3679 r3888  
    251251      <%
    252252      ItemQuery<Sample> sampleQuery = bioSource.getSamples();
    253       sampleQuery.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.OTHERS, Include.IN_PROJECT);
     253      sampleQuery.include(Include.ALL);
    254254      sampleQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
    255255      ItemResultList<Sample> samples = sampleQuery.list(dc);
     
    288288            %>
    289289            <tbl:row>
    290               <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
     290              <tbl:cell column="name"><base:icon
     291                  image="deleted.gif"
     292                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     293                  visible="<%=item.isRemoved()%>"
     294                /><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
    291295              <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
    292296            </tbl:row>
     
    339343              <tbl:row>
    340344                <tbl:cell column="itemType"><%=project.getType()%></tbl:cell>
    341                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
     345                <tbl:cell column="name"><base:icon
     346                  image="deleted.gif"
     347                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     348                  visible="<%=project.isRemoved()%>"
     349                /><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
    342350                <tbl:cell column="permissions">
    343351                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     
    353361              <tbl:row>             
    354362                <tbl:cell column="itemType"><%=group.getType()%></tbl:cell>
    355                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
     363                <tbl:cell column="name"><base:icon
     364                  image="deleted.gif"
     365                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     366                  visible="<%=group.isRemoved()%>"
     367                /><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
    356368                <tbl:cell column="permissions">
    357369                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     
    367379              <tbl:row>             
    368380                <tbl:cell column="itemType"><%=user.getType()%></tbl:cell>
    369                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
     381                <tbl:cell column="name"><base:icon
     382                  image="deleted.gif"
     383                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     384                  visible="<%=user.isRemoved()%>"
     385                /><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
    370386                <tbl:cell column="permissions">
    371387                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
  • trunk/www/biomaterials/extracts/edit_extract.jsp

    r3679 r3888  
    161161    // Query to retrieve pooled extracts
    162162    extractsQuery = (ItemQuery<Extract>)creationEvent.getSources();
    163     extractsQuery.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.IN_PROJECT, Include.OTHERS);
     163    extractsQuery.include(Include.ALL);
    164164    extractsQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
    165165 
  • trunk/www/biomaterials/extracts/view_extract.jsp

    r3679 r3888  
    317317      {
    318318        ItemQuery<Extract> extractsQuery = (ItemQuery<Extract>)creationEvent.getSources();
    319         extractsQuery.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.IN_PROJECT, Include.OTHERS);
     319        extractsQuery.include(Include.ALL);
    320320        extractsQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
    321321        ItemResultList<Extract> extracts = extractsQuery.list(dc);
     
    348348            %>
    349349            <tbl:row>
    350               <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
     350              <tbl:cell column="name"><base:icon
     351                  image="deleted.gif"
     352                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     353                  visible="<%=item.isRemoved()%>"
     354                /><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
    351355              <tbl:cell column="quantity"><%=Values.formatNumber(creationEvent.getUsedQuantity(item), 2)%></tbl:cell>
    352356              <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
     
    361365      }
    362366      ItemQuery<LabeledExtract> labeledExtractQuery = LabeledExtract.getQuery();
    363       labeledExtractQuery.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.IN_PROJECT, Include.OTHERS);
     367      labeledExtractQuery.include(Include.ALL);
    364368      labeledExtractQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("parent"), Expressions.parameter("extracts")));
    365369      labeledExtractQuery.setParameter("extracts", itemId, Type.INT);
     
    404408                %>
    405409                <tbl:row>
    406                   <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, lbe, false, true)%></tbl:cell>
     410                  <tbl:cell column="name"><base:icon
     411                    image="deleted.gif"
     412                    tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     413                    visible="<%=lbe.isRemoved()%>"
     414                  /><%=Base.getLinkedName(ID, lbe, false, true)%></tbl:cell>
    407415                  <tbl:cell column="quantity"><%=Values.formatNumber(lbe.getCreationEvent().getUsedQuantity(extract), 2)%></tbl:cell>
    408416                  <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(lbe.getDescription())%></tbl:cell>
     
    455463              <tbl:row>
    456464                <tbl:cell column="itemType"><%=project.getType()%></tbl:cell>
    457                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
     465                <tbl:cell column="name"><base:icon
     466                  image="deleted.gif"
     467                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     468                  visible="<%=project.isRemoved()%>"
     469                /><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
    458470                <tbl:cell column="permissions">
    459471                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     
    469481              <tbl:row>             
    470482                <tbl:cell column="itemType"><%=group.getType()%></tbl:cell>
    471                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
     483                <tbl:cell column="name"><base:icon
     484                  image="deleted.gif"
     485                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     486                  visible="<%=group.isRemoved()%>"
     487                /><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
    472488                <tbl:cell column="permissions">
    473489                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     
    483499              <tbl:row>             
    484500                <tbl:cell column="itemType"><%=user.getType()%></tbl:cell>
    485                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
     501                <tbl:cell column="name"><base:icon
     502                  image="deleted.gif"
     503                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     504                  visible="<%=user.isRemoved()%>"
     505                /><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
    486506                <tbl:cell column="permissions">
    487507                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
  • trunk/www/biomaterials/labeledextracts/edit_labeledextract.jsp

    r3679 r3888  
    185185    // Query to retrieve pooled extracts
    186186    extractsQuery = (ItemQuery<LabeledExtract>)creationEvent.getSources();
    187     extractsQuery.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.IN_PROJECT, Include.OTHERS);
     187    extractsQuery.include(Include.ALL);
    188188    extractsQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
    189189 
     
    196196  final ItemQuery<Label> labelsQuery = Label.getQuery();
    197197  labelsQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
    198   labelsQuery.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.IN_PROJECT);
     198  labelsQuery.include(Include.ALL);
    199199  labelsQuery.setCacheResult(true);
    200   labelsQuery.setItemPermission(Permission.USE);
    201200  final ItemResultList<Label> labels = labelsQuery.list(dc);
    202201 
     
    522521            {
    523522              boolean current = label.equals(currentLabel);
     523              if (label.isRemoved() && !current) continue;
    524524              %>
    525525              <option value="<%=current && extract != null ? -label.getId() : label.getId()%>"
  • trunk/www/biomaterials/labeledextracts/view_labeledextract.jsp

    r3679 r3888  
    319319      {
    320320        ItemQuery<LabeledExtract> extractsQuery = (ItemQuery<LabeledExtract>)creationEvent.getSources();
    321         extractsQuery.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.IN_PROJECT, Include.OTHERS);
     321        extractsQuery.include(Include.ALL);
    322322        extractsQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
    323323        ItemResultList<LabeledExtract> extracts = extractsQuery.list(dc);
     
    351351            %>
    352352            <tbl:row>
    353               <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
     353              <tbl:cell column="name"><base:icon
     354                  image="deleted.gif"
     355                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     356                  visible="<%=item.isRemoved()%>"
     357                /><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
    354358              <tbl:cell column="quantity"><%=Values.formatNumber(creationEvent.getUsedQuantity(item), 2)%></tbl:cell>
    355359              <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
     
    364368      }
    365369      ItemQuery<Hybridization> hybridizationQuery = extract.getHybridizations();
    366       hybridizationQuery.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.OTHERS, Include.IN_PROJECT);
     370      hybridizationQuery.include(Include.ALL);
    367371      hybridizationQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
    368372      ItemResultList<Hybridization>hybridizations = hybridizationQuery.list(dc);
     
    404408                %>
    405409                <tbl:row>
    406                   <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, hyb, false, true)%></tbl:cell>
     410                  <tbl:cell column="name"><base:icon
     411                    image="deleted.gif"
     412                    tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     413                    visible="<%=hyb.isRemoved()%>"
     414                  /><%=Base.getLinkedName(ID, hyb, false, true)%></tbl:cell>
    407415                  <tbl:cell column="quantity"><%=Values.formatNumber(hyb.getCreationEvent().getUsedQuantity(extract), 2)%></tbl:cell>
    408416                  <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(hyb.getDescription())%></tbl:cell>
     
    456464              <tbl:row>
    457465                <tbl:cell column="itemType"><%=project.getType()%></tbl:cell>
    458                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
     466                <tbl:cell column="name"><base:icon
     467                  image="deleted.gif"
     468                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     469                  visible="<%=project.isRemoved()%>"
     470                /><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
    459471                <tbl:cell column="permissions">
    460472                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     
    470482              <tbl:row>             
    471483                <tbl:cell column="itemType"><%=group.getType()%></tbl:cell>
    472                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
     484                <tbl:cell column="name"><base:icon
     485                  image="deleted.gif"
     486                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     487                  visible="<%=group.isRemoved()%>"
     488                /><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
    473489                <tbl:cell column="permissions">
    474490                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     
    484500              <tbl:row>             
    485501                <tbl:cell column="itemType"><%=user.getType()%></tbl:cell>
    486                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
     502                <tbl:cell column="name"><base:icon
     503                  image="deleted.gif"
     504                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     505                  visible="<%=user.isRemoved()%>"
     506                /><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
    487507                <tbl:cell column="permissions">
    488508                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
  • trunk/www/biomaterials/labels/view_label.jsp

    r3679 r3888  
    276276              <tbl:row>
    277277                <tbl:cell column="itemType"><%=project.getType()%></tbl:cell>
    278                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
     278                <tbl:cell column="name"><base:icon
     279                  image="deleted.gif"
     280                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     281                  visible="<%=project.isRemoved()%>"
     282                /><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
    279283                <tbl:cell column="permissions">
    280284                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     
    290294              <tbl:row>             
    291295                <tbl:cell column="itemType"><%=group.getType()%></tbl:cell>
    292                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
     296                <tbl:cell column="name"><base:icon
     297                  image="deleted.gif"
     298                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     299                  visible="<%=group.isRemoved()%>"
     300                /><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
    293301                <tbl:cell column="permissions">
    294302                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     
    304312              <tbl:row>             
    305313                <tbl:cell column="itemType"><%=user.getType()%></tbl:cell>
    306                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
     314                <tbl:cell column="name"><base:icon
     315                  image="deleted.gif"
     316                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     317                  visible="<%=user.isRemoved()%>"
     318                /><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
    307319                <tbl:cell column="permissions">
    308320                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
  • trunk/www/biomaterials/samples/edit_sample.jsp

    r3679 r3888  
    161161    // Query to retrieve pooled samples
    162162    samplesQuery = (ItemQuery<Sample>)creationEvent.getSources();
    163     samplesQuery.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.IN_PROJECT, Include.OTHERS);
     163    samplesQuery.include(Include.ALL);
    164164    samplesQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
    165165 
  • trunk/www/biomaterials/samples/view_sample.jsp

    r3679 r3888  
    302302      {
    303303        ItemQuery<Sample> samplesQuery = (ItemQuery<Sample>)creationEvent.getSources();
    304         samplesQuery.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.IN_PROJECT, Include.OTHERS);
     304        samplesQuery.include(Include.ALL);
    305305        samplesQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
    306306        ItemResultList<Sample> samples = samplesQuery.list(dc);
     
    333333            %>
    334334            <tbl:row>
    335               <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
     335              <tbl:cell column="name"><base:icon
     336                  image="deleted.gif"
     337                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     338                  visible="<%=item.isRemoved()%>"
     339                /><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
    336340              <tbl:cell column="quantity"><%=Values.formatNumber(creationEvent.getUsedQuantity(item), 2)%></tbl:cell>
    337341              <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
     
    346350      }
    347351      ItemQuery<Extract> extractQuery = sample.getExtracts();
    348       extractQuery.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.OTHERS, Include.IN_PROJECT);
     352      extractQuery.include(Include.ALL);
    349353      extractQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
    350354      ItemResultList<Extract> extracts = extractQuery.list(dc);
     
    386390                %>
    387391                <tbl:row>
    388                   <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, e, false, true)%></tbl:cell>
     392                  <tbl:cell column="name"><base:icon
     393                  image="deleted.gif"
     394                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     395                  visible="<%=e.isRemoved()%>"
     396                /><%=Base.getLinkedName(ID, e, false, true)%></tbl:cell>
    389397                  <tbl:cell column="quantity"><%=Values.formatNumber(e.getCreationEvent().getUsedQuantity(sample), 2)%></tbl:cell>
    390398                  <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(e.getDescription())%></tbl:cell>
     
    438446              <tbl:row>
    439447                <tbl:cell column="itemType"><%=project.getType()%></tbl:cell>
    440                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
     448                <tbl:cell column="name"><base:icon
     449                  image="deleted.gif"
     450                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     451                  visible="<%=project.isRemoved()%>"
     452                /><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
    441453                <tbl:cell column="permissions">
    442454                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     
    452464              <tbl:row>             
    453465                <tbl:cell column="itemType"><%=group.getType()%></tbl:cell>
    454                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
     466                <tbl:cell column="name"><base:icon
     467                  image="deleted.gif"
     468                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     469                  visible="<%=group.isRemoved()%>"
     470                /><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
    455471                <tbl:cell column="permissions">
    456472                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     
    466482              <tbl:row>             
    467483                <tbl:cell column="itemType"><%=user.getType()%></tbl:cell>
    468                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
     484                <tbl:cell column="name"><base:icon
     485                  image="deleted.gif"
     486                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     487                  visible="<%=user.isRemoved()%>"
     488                /><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
    469489                <tbl:cell column="permissions">
    470490                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
  • trunk/www/common/annotations/annotate.jsp

    r3679 r3888  
    158158        values = as.getAnnotation(at).getValues();
    159159      }
     160      if (at.isRemoved() && values == null) continue;
    160161      categoryQuery.setParameter("annotationType", at.getId(), Type.INT);
    161162      %>
     
    190191        icon = "notrequired_novalues.gif";
    191192      }
     193      String deleted = at.isRemoved() ? "<img src=\"../../images/deleted.gif\">" : "";
    192194      icon = "<span class=\"icon\"><img id=\"icon_"+at.getId()+"\" src=\"../../images/"+icon+"\"></span>";
    193195      sb.append("<div class=\"param\" id=\"prompt_"+at.getId()+"\" onclick=\"parametersOnClick('"+at.getId()+"')\"");
    194196      sb.append(" onmouseover=\"Main.addClass(this, 'hover')\" onmouseout=\"Main.removeClass(this, 'hover')\" title=\""+fullLabel+"\">");
    195       sb.append(icon+"<span class=\"label\">"+label+"</span></div>\n");
     197      sb.append(icon+"<span class=\"label\">"+deleted+label+"</span></div>\n");
    196198      %>
    197199      var at = new Parameter('<%=at.getId()%>', '<%=HTML.javaScriptEncode(at.getName())%>', <%=at.getMultiplicity()%>, <%=at.isEnumeration()%>, false, values);
  • trunk/www/common/annotations/list_annotations.jsp

    r3789 r3888  
    153153              List<?> values = as == null || !as.hasAnnotation(at) ?
    154154                null : as.getAnnotation(at).getValues();
    155               %>
    156               <tbl:row>
    157                 <tbl:cell column="annotation"><%=Base.getLinkedName(ID, at, false, true)%></tbl:cell>
     155              if (values != null || !at.isRemoved())
     156              {
     157                %>
     158                <tbl:row>
     159                  <tbl:cell column="annotation"><base:icon
     160                    image="deleted.gif"
     161                    tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     162                    visible="<%=at.isRemoved()%>"
     163                  /><%=Base.getLinkedName(ID, at, false, true)%></tbl:cell>
    158164                  <tbl:cell column="values"><%=values == null || values.size() == 0 ? "<i>- no values -</i>" : Values.getString(values, ", ", true, formatter)%>
    159165                  <%
     
    167173                    %>
    168174                  </tbl:cell>
    169                 <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(at.getDescription())%></tbl:cell>
    170               </tbl:row>
    171               <%
     175                  <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(at.getDescription())%></tbl:cell>
     176                </tbl:row>
     177                <%
     178              }
    172179            }
    173180            %>
     
    224231                List<?> values = as == null || !as.hasAnnotation(at) ?
    225232                  null : as.getAnnotation(at).getValues();
    226                 %>
    227                 <tbl:row>
    228                   <tbl:cell column="parameter"><%=Base.getLinkedName(ID, at, false, true)%></tbl:cell>
    229                   <tbl:cell column="values">
    230                     <%=values == null || values.size() == 0 ? "<i>- no values -</i>" : Values.getString(values, ", ", true, formatter)%>
    231                     <%
    232                     if (writePermission)
    233                     {
    234                       %>: <base:icon image="edit.gif"
    235                         onclick="<%="editAnnotation("+at.getId()+")"%>"
    236                         tooltip="Modify the values of this protocol parameter" />
     233                if (values != null || !at.isRemoved())
     234                {
     235                  %>
     236                  <tbl:row>
     237                    <tbl:cell column="parameter"><base:icon
     238                      image="deleted.gif"
     239                      tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     240                      visible="<%=at.isRemoved()%>"
     241                    /><%=Base.getLinkedName(ID, at, false, true)%></tbl:cell>
     242                    <tbl:cell column="values">
     243                      <%=values == null || values.size() == 0 ? "<i>- no values -</i>" : Values.getString(values, ", ", true, formatter)%>
    237244                      <%
    238                     }
    239                     %>
    240                   </tbl:cell>
    241                   <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(at.getDescription())%></tbl:cell>
    242                 </tbl:row>
    243                 <%
     245                      if (writePermission)
     246                      {
     247                        %>: <base:icon image="edit.gif"
     248                          onclick="<%="editAnnotation("+at.getId()+")"%>"
     249                          tooltip="Modify the values of this protocol parameter" />
     250                        <%
     251                      }
     252                      %>
     253                    </tbl:cell>
     254                    <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(at.getDescription())%></tbl:cell>
     255                  </tbl:row>
     256                  <%
     257                }
    244258              }
    245259              %>
     
    306320                annotationTypeId = at.getId();
    307321                name = HTML.encodeTags(at.getName());
    308                 if (at.isProtocolParameter()) icon = "parameter.gif";
     322                if (at.isRemoved())
     323                {
     324                  icon = "deleted.gif";
     325                }
     326                else if (at.isProtocolParameter())
     327                {
     328                  icon = "parameter.gif";
     329                }
    309330                description = HTML.encodeTags(at.getDescription());
    310331              }
  • trunk/www/common/datafiles/list_files.jsp

    r3867 r3888  
    291291            %>
    292292            <tbl:row>
    293               <tbl:cell column="type"><%=Base.getLinkedName(ID, dft, !readDataFileType, true)%></tbl:cell>
    294               <tbl:cell column="file">
     293              <tbl:cell column="type"><base:icon
     294                  image="deleted.gif"
     295                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     296                  visible="<%=dft != null && dft.isRemoved()%>"
     297                /><%=Base.getLinkedName(ID, dft, !readDataFileType, true)%></tbl:cell>
     298              <tbl:cell column="file"><base:icon
     299                  image="deleted.gif"
     300                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     301                  visible="<%=file != null && file.isRemoved()%>"
     302                />
    295303                <%=Base.getLinkedFile(ID, file, !readFile, true, true, "../../")%>
    296304                <%
  • trunk/www/filemanager/files/view_file.jsp

    r3719 r3888  
    415415              <tbl:row>
    416416                <tbl:cell column="itemType"><%=project.getType()%></tbl:cell>
    417                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
     417                <tbl:cell column="name"><base:icon
     418                  image="deleted.gif"
     419                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     420                  visible="<%=project.isRemoved()%>"
     421                /><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
    418422                <tbl:cell column="permissions">
    419423                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     
    429433              <tbl:row>             
    430434                <tbl:cell column="itemType"><%=group.getType()%></tbl:cell>
    431                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
     435                <tbl:cell column="name"><base:icon
     436                  image="deleted.gif"
     437                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     438                  visible="<%=group.isRemoved()%>"
     439                /><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
    432440                <tbl:cell column="permissions">
    433441                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     
    443451              <tbl:row>             
    444452                <tbl:cell column="itemType"><%=user.getType()%></tbl:cell>
    445                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
     453                <tbl:cell column="name"><base:icon
     454                  image="deleted.gif"
     455                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     456                  visible="<%=user.isRemoved()%>"
     457                /><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
    446458                <tbl:cell column="permissions">
    447459                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
  • trunk/www/lims/arraybatches/view_batch.jsp

    r3679 r3888  
    270270      <%
    271271      ItemQuery<ArraySlide> slideQuery = batch.getArraySlides();
    272       slideQuery.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.OTHERS, Include.IN_PROJECT);
     272      slideQuery.include(Include.ALL);
    273273      slideQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
    274274      ItemResultList<ArraySlide> slides = slideQuery.list(dc);
     
    311311            %>
    312312            <tbl:row>
    313               <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
     313              <tbl:cell column="name"><base:icon
     314                  image="deleted.gif"
     315                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     316                  visible="<%=item.isRemoved()%>"
     317                /><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
    314318              <tbl:cell column="hybridization"><base:propertyvalue item="<%=item%>" property="hybridization" /></tbl:cell>
    315319              <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
     
    363367              <tbl:row>
    364368                <tbl:cell column="itemType"><%=project.getType()%></tbl:cell>
    365                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
     369                <tbl:cell column="name"><base:icon
     370                  image="deleted.gif"
     371                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     372                  visible="<%=project.isRemoved()%>"
     373                /><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
    366374                <tbl:cell column="permissions">
    367375                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     
    377385              <tbl:row>             
    378386                <tbl:cell column="itemType"><%=group.getType()%></tbl:cell>
    379                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
     387                <tbl:cell column="name"><base:icon
     388                  image="deleted.gif"
     389                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     390                  visible="<%=group.isRemoved()%>"
     391                /><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
    380392                <tbl:cell column="permissions">
    381393                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     
    391403              <tbl:row>             
    392404                <tbl:cell column="itemType"><%=user.getType()%></tbl:cell>
    393                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
     405                <tbl:cell column="name"><base:icon
     406                  image="deleted.gif"
     407                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     408                  visible="<%=user.isRemoved()%>"
     409                /><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
    394410                <tbl:cell column="permissions">
    395411                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
  • trunk/www/lims/arraydesigns/view_design.jsp

    r3820 r3888  
    301301      <%
    302302      ItemQuery<ArrayBatch> batchQuery = design.getArrayBatches();
    303       batchQuery.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.OTHERS, Include.IN_PROJECT);
     303      batchQuery.include(Include.ALL);
    304304      batchQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
    305305      ItemResultList<ArrayBatch> batches = batchQuery.list(dc);
     
    341341            %>
    342342            <tbl:row>
    343               <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
     343              <tbl:cell column="name"><base:icon
     344                  image="deleted.gif"
     345                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     346                  visible="<%=item.isRemoved()%>"
     347                /><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
    344348              <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
    345349            </tbl:row>
     
    357361      <%
    358362      ItemQuery<ArrayDesignPlate> platesQuery = design.getArrayDesignPlates();
    359       platesQuery.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.OTHERS, Include.IN_PROJECT);
     363      platesQuery.include(Include.ALL);
    360364      platesQuery.order(Orders.asc(Hql.property("position")));
    361365      ItemResultList<ArrayDesignPlate> plates = platesQuery.list(dc);
     
    410414            %>
    411415            <tbl:row>
    412               <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, plate, !readPlate, true)%></tbl:cell>
     416              <tbl:cell column="name"><base:icon
     417                  image="deleted.gif"
     418                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     419                  visible="<%=plate != null && plate.isRemoved()%>"
     420                /><%=Base.getLinkedName(ID, plate, !readPlate, true)%></tbl:cell>
    413421              <tbl:cell column="position"><%=item.getPosition()+1%></tbl:cell>
    414422              <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(plate == null ? "" : plate.getDescription())%></tbl:cell>
     
    469477              <tbl:row>
    470478                <tbl:cell column="itemType"><%=project.getType()%></tbl:cell>
    471                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
     479                <tbl:cell column="name"><base:icon
     480                  image="deleted.gif"
     481                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     482                  visible="<%=project.isRemoved()%>"
     483                /><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
    472484                <tbl:cell column="permissions">
    473485                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     
    483495              <tbl:row>             
    484496                <tbl:cell column="itemType"><%=group.getType()%></tbl:cell>
    485                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
     497                <tbl:cell column="name"><base:icon
     498                  image="deleted.gif"
     499                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     500                  visible="<%=group.isRemoved()%>"
     501                /><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
    486502                <tbl:cell column="permissions">
    487503                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     
    497513              <tbl:row>             
    498514                <tbl:cell column="itemType"><%=user.getType()%></tbl:cell>
    499                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
     515                <tbl:cell column="name"><base:icon
     516                  image="deleted.gif"
     517                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     518                  visible="<%=user.isRemoved()%>"
     519                /><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
    500520                <tbl:cell column="permissions">
    501521                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
  • trunk/www/lims/arrayslides/view_slide.jsp

    r3679 r3888  
    294294              <tbl:row>
    295295                <tbl:cell column="itemType"><%=project.getType()%></tbl:cell>
    296                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
     296                <tbl:cell column="name"><base:icon
     297                  image="deleted.gif"
     298                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     299                  visible="<%=project.isRemoved()%>"
     300                /><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
    297301                <tbl:cell column="permissions">
    298302                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     
    308312              <tbl:row>             
    309313                <tbl:cell column="itemType"><%=group.getType()%></tbl:cell>
    310                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
     314                <tbl:cell column="name"><base:icon
     315                  image="deleted.gif"
     316                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     317                  visible="<%=group.isRemoved()%>"
     318                /><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
    311319                <tbl:cell column="permissions">
    312320                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     
    322330              <tbl:row>             
    323331                <tbl:cell column="itemType"><%=user.getType()%></tbl:cell>
    324                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
     332                <tbl:cell column="name"><base:icon
     333                  image="deleted.gif"
     334                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     335                  visible="<%=user.isRemoved()%>"
     336                /><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
    325337                <tbl:cell column="permissions">
    326338                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
  • trunk/www/lims/geometries/view_geometry.jsp

    r3679 r3888  
    209209      <%
    210210      ItemQuery<PlateType> plateTypeQuery = geometry.getPlateTypes();
    211       plateTypeQuery.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.OTHERS, Include.IN_PROJECT);
     211      plateTypeQuery.include(Include.ALL);
    212212      plateTypeQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
    213213      ItemResultList<PlateType> plateTypes = plateTypeQuery.list(dc);
     
    246246            %>
    247247            <tbl:row>
    248               <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
     248              <tbl:cell column="name"><base:icon
     249                  image="deleted.gif"
     250                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     251                  visible="<%=item.isRemoved()%>"
     252                /><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
    249253              <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
    250254            </tbl:row>
  • trunk/www/lims/platemappings/view_mapping.jsp

    r3679 r3888  
    297297              <tbl:row>
    298298                <tbl:cell column="itemType"><%=project.getType()%></tbl:cell>
    299                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
     299                <tbl:cell column="name"><base:icon
     300                  image="deleted.gif"
     301                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     302                  visible="<%=project.isRemoved()%>"
     303                /><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
    300304                <tbl:cell column="permissions">
    301305                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     
    311315              <tbl:row>             
    312316                <tbl:cell column="itemType"><%=group.getType()%></tbl:cell>
    313                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
     317                <tbl:cell column="name"><base:icon
     318                  image="deleted.gif"
     319                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     320                  visible="<%=group.isRemoved()%>"
     321                /><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
    314322                <tbl:cell column="permissions">
    315323                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     
    325333              <tbl:row>             
    326334                <tbl:cell column="itemType"><%=user.getType()%></tbl:cell>
    327                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
     335                <tbl:cell column="name"><base:icon
     336                  image="deleted.gif"
     337                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     338                  visible="<%=user.isRemoved()%>"
     339                /><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
    328340                <tbl:cell column="permissions">
    329341                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
  • trunk/www/lims/plates/view_plate.jsp

    r3679 r3888  
    293293      <%
    294294      ItemQuery<Plate> parentPlatesQuery = plate.getParentPlates();
    295       parentPlatesQuery.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.OTHERS, Include.IN_PROJECT);
     295      parentPlatesQuery.include(Include.ALL);
    296296      parentPlatesQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
    297297      ItemResultList<Plate> parentPlates = parentPlatesQuery.list(dc);
     
    333333            %>
    334334            <tbl:row>
    335               <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
     335              <tbl:cell column="name"><base:icon
     336                  image="deleted.gif"
     337                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     338                  visible="<%=item.isRemoved()%>"
     339                /><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
    336340              <tbl:cell column="index"><%=plate.getSourceIndex(item)+1%></tbl:cell>
    337341              <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
     
    348352      <%
    349353      ItemQuery<Plate> childPlatesQuery = plate.getChildPlates();
    350       childPlatesQuery.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.OTHERS, Include.IN_PROJECT);
     354      childPlatesQuery.include(Include.ALL);
    351355      childPlatesQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
    352356      ItemResultList<Plate> childPlates = childPlatesQuery.list(dc);
     
    392396            %>
    393397            <tbl:row>
    394               <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
     398              <tbl:cell column="name"><base:icon
     399                  image="deleted.gif"
     400                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     401                  visible="<%=item.isRemoved()%>"
     402                /><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
    395403              <tbl:cell column="mapping"><base:propertyvalue item="<%=item%>" property="plateMapping" /></tbl:cell>
    396404              <tbl:cell column="index"><%=item.getSourceIndex(plate) + 1%></tbl:cell>
     
    445453              <tbl:row>
    446454                <tbl:cell column="itemType"><%=project.getType()%></tbl:cell>
    447                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
     455                <tbl:cell column="name"><base:icon
     456                  image="deleted.gif"
     457                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     458                  visible="<%=project.isRemoved()%>"
     459                /><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
    448460                <tbl:cell column="permissions">
    449461                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     
    459471              <tbl:row>             
    460472                <tbl:cell column="itemType"><%=group.getType()%></tbl:cell>
    461                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
     473                <tbl:cell column="name"><base:icon
     474                  image="deleted.gif"
     475                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     476                  visible="<%=group.isRemoved()%>"
     477                /><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
    462478                <tbl:cell column="permissions">
    463479                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     
    473489              <tbl:row>             
    474490                <tbl:cell column="itemType"><%=user.getType()%></tbl:cell>
    475                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
     491                <tbl:cell column="name"><base:icon
     492                  image="deleted.gif"
     493                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     494                  visible="<%=user.isRemoved()%>"
     495                /><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
    476496                <tbl:cell column="permissions">
    477497                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
  • trunk/www/lims/platetypes/edit_platetype.jsp

    r3679 r3888  
    7676   
    7777    ItemQuery<PlateGeometry> geometryQuery = PlateGeometry.getQuery();
     78    geometryQuery.include(Include.ALL);
    7879    geometryQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
    7980    geometryQuery.setCacheResult(true);
     
    176177            for (PlateGeometry pg : plateGeometries)
    177178            {
     179              if (pg.isRemoved() && pg.getId() != currentGeometryId) continue;
    178180              %>
    179181              <option value="<%=pg.getId()%>" <%=pg.getId() == currentGeometryId ? "selected" : ""%>><%=HTML.encodeTags(pg.getName())%>
  • trunk/www/lims/platetypes/view_platetype.jsp

    r3679 r3888  
    251251      <%
    252252      ItemQuery<Plate> plateQuery = plateType.getPlates();
    253       plateQuery.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.OTHERS, Include.IN_PROJECT);
     253      plateQuery.include(Include.ALL);
    254254      plateQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
    255255      ItemResultList<Plate> plates = plateQuery.list(dc);
     
    296296            %>
    297297            <tbl:row>
    298               <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
     298              <tbl:cell column="name"><base:icon
     299                  image="deleted.gif"
     300                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     301                  visible="<%=item.isRemoved()%>"
     302                /><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
    299303              <tbl:cell column="barcode"><%=HTML.encodeTags(item.getBarcode())%></tbl:cell>
    300304              <tbl:cell column="destroyed"><%=item.isDestroyed() ? "yes" : "no" %></tbl:cell>
     
    349353              <tbl:row>
    350354                <tbl:cell column="itemType"><%=project.getType()%></tbl:cell>
    351                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
     355                <tbl:cell column="name"><base:icon
     356                  image="deleted.gif"
     357                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     358                  visible="<%=project.isRemoved()%>"
     359                /><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
    352360                <tbl:cell column="permissions">
    353361                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     
    363371              <tbl:row>             
    364372                <tbl:cell column="itemType"><%=group.getType()%></tbl:cell>
    365                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
     373                <tbl:cell column="name"><base:icon
     374                  image="deleted.gif"
     375                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     376                  visible="<%=group.isRemoved()%>"
     377                /><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
    366378                <tbl:cell column="permissions">
    367379                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     
    377389              <tbl:row>             
    378390                <tbl:cell column="itemType"><%=user.getType()%></tbl:cell>
    379                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
     391                <tbl:cell column="name"><base:icon
     392                  image="deleted.gif"
     393                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     394                  visible="<%=user.isRemoved()%>"
     395                /><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
    380396                <tbl:cell column="permissions">
    381397                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
  • trunk/www/my_base/projects/edit_project.jsp

    r3850 r3888  
    144144   
    145145    groupQuery = project.getGroups();
     146    groupQuery.include(Include.ALL);
    146147    groupQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
    147148    userQuery = project.getUsers();
     149    userQuery.include(Include.ALL);
    148150    userQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
    149151  }
     
    154156 
    155157  ItemQuery<Platform> platformQuery = Platform.getQuery();
    156   platformQuery.include(Include.REMOVED, Include.NOT_REMOVED);
     158  platformQuery.include(Include.ALL);
    157159  platformQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
    158160  platformQuery.setCacheResult(true);
     
    160162
    161163  ItemQuery<PlatformVariant> variantQuery = PlatformVariant.getQuery();
    162   variantQuery.include(Include.REMOVED, Include.NOT_REMOVED);
     164  variantQuery.include(Include.ALL);
    163165  variantQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
    164166  variantQuery.setCacheResult(true);
  • trunk/www/my_base/projects/view_project.jsp

    r3847 r3888  
    3333  import="net.sf.basedb.core.Item"
    3434  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
     35  import="net.sf.basedb.core.Include"
    3536  import="net.sf.basedb.core.Permission"
    3637  import="net.sf.basedb.core.Project"
     
    262263          // Query to retrieve child groups
    263264          ItemQuery<Group> groupQuery = project.getGroups();
     265          groupQuery.include(Include.ALL);
    264266          groupQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
    265267          ItemResultList<Group> groups = groupQuery.list(dc);
     
    270272            <tbl:row>
    271273              <tbl:cell column="type">Group</tbl:cell>
    272               <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
     274              <tbl:cell column="name"><base:icon
     275                  image="deleted.gif"
     276                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     277                  visible="<%=group.isRemoved()%>"
     278                /><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
    273279              <tbl:cell column="permissions"><%=permissions.toString().replaceAll("\\[|\\]", "")%></tbl:cell>
    274280            </tbl:row>
     
    278284          // Query to retrieve user members
    279285          ItemQuery<User> userQuery = project.getUsers();
     286          userQuery.include(Include.ALL);
    280287          userQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
    281288          ItemResultList<User> users = userQuery.list(dc);
     
    286293            <tbl:row>
    287294              <tbl:cell column="type">User</tbl:cell>
    288               <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
     295              <tbl:cell column="name"><base:icon
     296                  image="deleted.gif"
     297                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     298                  visible="<%=user.isRemoved()%>"
     299                /><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
    289300              <tbl:cell column="permissions"><%=permissions.toString().replaceAll("\\[|\\]", "")%></tbl:cell>
    290301            </tbl:row>
  • trunk/www/views/experiments/edit_experiment.jsp

    r3820 r3888  
    268268        var rawBioAssays = frm.rawBioAssays;
    269269        <%
    270         rbaQuery.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.OTHERS, Include.IN_PROJECT);
     270        rbaQuery.include(Include.ALL);
    271271        rbaQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
    272272        ItemResultList<RawBioAssay> rawBioAssays = rbaQuery.list(dc);
     
    300300        var annotationTypes = frm.annotationTypes;
    301301        <%
    302         efQuery.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.OTHERS, Include.IN_PROJECT);
     302        efQuery.include(Include.ALL);
    303303        efQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
    304304        ItemResultList<AnnotationType> experimentalFactors = efQuery.list(dc);
  • trunk/www/views/experiments/view_experiment.jsp

    r3875 r3888  
    368368      <%
    369369      ItemQuery<AnnotationType> efQuery = experiment.getExperimentalFactors();
    370       efQuery.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.OTHERS, Include.IN_PROJECT);
     370      efQuery.include(Include.ALL);
    371371      efQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
    372372      ItemResultList<AnnotationType> experimentalFactors = efQuery.list(dc);
     
    419419            %>
    420420            <tbl:row>
    421               <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
     421              <tbl:cell column="name"><base:icon
     422                  image="deleted.gif"
     423                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     424                  visible="<%=item.isRemoved()%>"
     425                /><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
    422426              <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
    423427              <tbl:cell column="type">
     
    455459      <%
    456460      ItemQuery<RawBioAssay> rbaQuery = experiment.getRawBioAssays();
    457       rbaQuery.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.OTHERS, Include.IN_PROJECT);
     461      rbaQuery.include(Include.ALL);
    458462      rbaQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
    459463      ItemResultList<RawBioAssay> rawBioAssays = rbaQuery.list(dc);
     
    510514            %>
    511515            <tbl:row>
    512               <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
     516              <tbl:cell column="name"><base:icon
     517                  image="deleted.gif"
     518                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     519                  visible="<%=item.isRemoved()%>"
     520                /><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
    513521              <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
    514522              <%
     
    618626              <tbl:row>
    619627                <tbl:cell column="itemType"><%=project.getType()%></tbl:cell>
    620                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
     628                <tbl:cell column="name"><base:icon
     629                  image="deleted.gif"
     630                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     631                  visible="<%=project.isRemoved()%>"
     632                /><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
    621633                <tbl:cell column="permissions">
    622634                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     
    632644              <tbl:row>             
    633645                <tbl:cell column="itemType"><%=group.getType()%></tbl:cell>
    634                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
     646                <tbl:cell column="name"><base:icon
     647                  image="deleted.gif"
     648                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     649                  visible="<%=group.isRemoved()%>"
     650                /><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
    635651                <tbl:cell column="permissions">
    636652                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     
    646662              <tbl:row>             
    647663                <tbl:cell column="itemType"><%=user.getType()%></tbl:cell>
    648                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
     664                <tbl:cell column="name"><base:icon
     665                  image="deleted.gif"
     666                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     667                  visible="<%=user.isRemoved()%>"
     668                /><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
    649669                <tbl:cell column="permissions">
    650670                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
  • trunk/www/views/formulas/view_formula.jsp

    r3679 r3888  
    316316              <tbl:row>
    317317                <tbl:cell column="itemType"><%=project.getType()%></tbl:cell>
    318                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
     318                <tbl:cell column="name"><base:icon
     319                  image="deleted.gif"
     320                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     321                  visible="<%=project.isRemoved()%>"
     322                /><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
    319323                <tbl:cell column="permissions">
    320324                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     
    330334              <tbl:row>             
    331335                <tbl:cell column="itemType"><%=group.getType()%></tbl:cell>
    332                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
     336                <tbl:cell column="name"><base:icon
     337                  image="deleted.gif"
     338                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     339                  visible="<%=group.isRemoved()%>"
     340                /><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
    333341                <tbl:cell column="permissions">
    334342                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     
    344352              <tbl:row>             
    345353                <tbl:cell column="itemType"><%=user.getType()%></tbl:cell>
    346                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
     354                <tbl:cell column="name"><base:icon
     355                  image="deleted.gif"
     356                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     357                  visible="<%=user.isRemoved()%>"
     358                /><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
    347359                <tbl:cell column="permissions">
    348360                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
  • trunk/www/views/hybridizations/edit_hybridization.jsp

    r3679 r3888  
    170170    // Query to retrieve source labeled extracts
    171171    labeledExtractsQuery = (ItemQuery<LabeledExtract>)creationEvent.getSources();
    172     labeledExtractsQuery.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.OTHERS, Include.IN_PROJECT);
     172    labeledExtractsQuery.include(Include.ALL);
    173173    labeledExtractsQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
    174174   
  • trunk/www/views/hybridizations/view_hybridization.jsp

    r3679 r3888  
    275275      <%
    276276      ItemQuery<LabeledExtract> labeledExtractsQuery = (ItemQuery<LabeledExtract>)creationEvent.getSources();
    277       labeledExtractsQuery.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.OTHERS, Include.IN_PROJECT);
     277      labeledExtractsQuery.include(Include.ALL);
    278278      labeledExtractsQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
    279279      ItemResultList<LabeledExtract> labeledExtracts = labeledExtractsQuery.list(dc);
     
    320320            %>
    321321            <tbl:row>
    322               <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
     322              <tbl:cell column="name"><base:icon
     323                  image="deleted.gif"
     324                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     325                  visible="<%=item.isRemoved()%>"
     326                /><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
    323327              <tbl:cell column="label"><base:propertyvalue item="<%=item%>" property="label" /></tbl:cell>
    324328              <tbl:cell column="quantity"><%=Values.formatNumber(creationEvent.getUsedQuantity(item), 2)%></tbl:cell>
     
    337341      <%
    338342      ItemQuery<Scan> scanQuery = (ItemQuery<Scan>)hyb.getScans();
    339       scanQuery.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.OTHERS, Include.IN_PROJECT);
     343      scanQuery.include(Include.ALL);
    340344      scanQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
    341345      ItemResultList<Scan> scans = scanQuery.list(dc);
     
    379383            %>
    380384            <tbl:row>
    381               <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
     385              <tbl:cell column="name"><base:icon
     386                  image="deleted.gif"
     387                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     388                  visible="<%=item.isRemoved()%>"
     389                /><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
    382390              <tbl:cell column="scanner"><base:propertyvalue item="<%=item%>" property="scanner" /></tbl:cell>
    383391              <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
     
    431439              <tbl:row>
    432440                <tbl:cell column="itemType"><%=project.getType()%></tbl:cell>
    433                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
     441                <tbl:cell column="name"><base:icon
     442                  image="deleted.gif"
     443                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     444                  visible="<%=project.isRemoved()%>"
     445                /><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
    434446                <tbl:cell column="permissions">
    435447                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     
    445457              <tbl:row>             
    446458                <tbl:cell column="itemType"><%=group.getType()%></tbl:cell>
    447                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
     459                <tbl:cell column="name"><base:icon
     460                  image="deleted.gif"
     461                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     462                  visible="<%=group.isRemoved()%>"
     463                /><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
    448464                <tbl:cell column="permissions">
    449465                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     
    459475              <tbl:row>             
    460476                <tbl:cell column="itemType"><%=user.getType()%></tbl:cell>
    461                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
     477                <tbl:cell column="name"><base:icon
     478                  image="deleted.gif"
     479                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     480                  visible="<%=user.isRemoved()%>"
     481                /><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
    462482                <tbl:cell column="permissions">
    463483                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
  • trunk/www/views/rawbioassays/view_rawbioassay.jsp

    r3820 r3888  
    412412      <%
    413413      ItemQuery<Experiment> experimentQuery = rawBioAssay.getExperiments();
    414       experimentQuery.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.OTHERS, Include.IN_PROJECT);
     414      experimentQuery.include(Include.ALL);
    415415      experimentQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
    416416      ItemResultList<Experiment> experiments = experimentQuery.list(dc);
     
    453453              %>
    454454              <tbl:row>
    455                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
     455                <tbl:cell column="name"><base:icon
     456                  image="deleted.gif"
     457                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     458                  visible="<%=item.isRemoved()%>"
     459                /><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
    456460                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
    457461              </tbl:row>
     
    508512              <tbl:row>
    509513                <tbl:cell column="itemType"><%=project.getType()%></tbl:cell>
    510                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
     514                <tbl:cell column="name"><base:icon
     515                  image="deleted.gif"
     516                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     517                  visible="<%=project.isRemoved()%>"
     518                /><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
    511519                <tbl:cell column="permissions">
    512520                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     
    522530              <tbl:row>             
    523531                <tbl:cell column="itemType"><%=group.getType()%></tbl:cell>
    524                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
     532                <tbl:cell column="name"><base:icon
     533                  image="deleted.gif"
     534                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     535                  visible="<%=group.isRemoved()%>"
     536                /><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
    525537                <tbl:cell column="permissions">
    526538                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     
    536548              <tbl:row>             
    537549                <tbl:cell column="itemType"><%=user.getType()%></tbl:cell>
    538                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
     550                <tbl:cell column="name"><base:icon
     551                  image="deleted.gif"
     552                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     553                  visible="<%=user.isRemoved()%>"
     554                /><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
    539555                <tbl:cell column="permissions">
    540556                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
  • trunk/www/views/reporterlists/view_reporterlist.jsp

    r3675 r3888  
    8282  %>
    8383  <base:page title="<%=title%>">
    84   <base:head scripts="tabcontrol.js" styles="toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css">
     84  <base:head scripts="tabcontrol.js" styles="toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css,table.css">
    8585    <script language="JavaScript">
    8686    function editItem()
     
    287287              <tbl:row>
    288288                <tbl:cell column="itemType"><%=project.getType()%></tbl:cell>
    289                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
     289                <tbl:cell column="name"><base:icon
     290                  image="deleted.gif"
     291                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     292                  visible="<%=project.isRemoved()%>"
     293                /><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
    290294                <tbl:cell column="permissions">
    291295                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     
    301305              <tbl:row>             
    302306                <tbl:cell column="itemType"><%=group.getType()%></tbl:cell>
    303                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
     307                <tbl:cell column="name"><base:icon
     308                  image="deleted.gif"
     309                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     310                  visible="<%=group.isRemoved()%>"
     311                /><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
    304312                <tbl:cell column="permissions">
    305313                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     
    315323              <tbl:row>             
    316324                <tbl:cell column="itemType"><%=user.getType()%></tbl:cell>
    317                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
     325                <tbl:cell column="name"><base:icon
     326                  image="deleted.gif"
     327                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     328                  visible="<%=user.isRemoved()%>"
     329                /><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
    318330                <tbl:cell column="permissions">
    319331                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
  • trunk/www/views/scans/view_scan.jsp

    r3679 r3888  
    275275      <%
    276276      ItemQuery<RawBioAssay> rawQuery = scan.getRawBioAssays();
    277       rawQuery.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.OTHERS, Include.IN_PROJECT);
     277      rawQuery.include(Include.ALL);
    278278      rawQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
    279279      ItemResultList<RawBioAssay> raw = rawQuery.list(dc);
     
    328328            %>
    329329            <tbl:row>
    330               <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
     330              <tbl:cell column="name"><base:icon
     331                  image="deleted.gif"
     332                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     333                  visible="<%=item.isRemoved()%>"
     334                /><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
    331335              <tbl:cell column="type"><%=HTML.encodeTags(item.getRawDataType().getName())%></tbl:cell>
    332336              <tbl:cell column="software"><base:propertyvalue item="<%=item%>" property="software" /></tbl:cell>
     
    383387              <tbl:row>
    384388                <tbl:cell column="itemType"><%=project.getType()%></tbl:cell>
    385                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
     389                <tbl:cell column="name"><base:icon
     390                  image="deleted.gif"
     391                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     392                  visible="<%=project.isRemoved()%>"
     393                /><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
    386394                <tbl:cell column="permissions">
    387395                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     
    397405              <tbl:row>             
    398406                <tbl:cell column="itemType"><%=group.getType()%></tbl:cell>
    399                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
     407                <tbl:cell column="name"><base:icon
     408                  image="deleted.gif"
     409                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     410                  visible="<%=group.isRemoved()%>"
     411                /><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
    400412                <tbl:cell column="permissions">
    401413                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     
    411423              <tbl:row>             
    412424                <tbl:cell column="itemType"><%=user.getType()%></tbl:cell>
    413                 <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
     425                <tbl:cell column="name"><base:icon
     426                  image="deleted.gif"
     427                  tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     428                  visible="<%=user.isRemoved()%>"
     429                /><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
    414430                <tbl:cell column="permissions">
    415431                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.