Changeset 3932


Ignore:
Timestamp:
Nov 7, 2007, 5:32:05 PM (14 years ago)
Author:
Johan Enell
Message:

Fixes #817

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • branches/2.4-stable/src/plugins/core/net/sf/basedb/plugins/Base1PluginExecuter.java

    r3931 r3932  
    6060import net.sf.basedb.core.SpotExtraValueBatcher;
    6161import net.sf.basedb.core.StringParameterType;
    62 import net.sf.basedb.core.StringUtil;
    6362import net.sf.basedb.core.Transformation;
    6463import net.sf.basedb.core.Type;
     
    411410        try
    412411        {
    413           getJobParametersFromXML(String.valueOf(configuration.getValue(jobParametersParameter.getName())));
     412          getJobParametersFromXML(String.valueOf(configuration.getValue(jobParametersParameter.getName())), false);
    414413        }
    415414        catch (BaseException e)
     
    810809     
    811810      ListMap<String, String> parameters = new ListMap<String, String>();
    812       for (PluginParameter<?> pp : getJobParametersFromXML(String.valueOf(configuration.getValue(jobParametersParameter.getName()))))
     811      for (PluginParameter<?> pp : getJobParametersFromXML(String.valueOf(configuration.getValue(jobParametersParameter.getName())), true))
    813812      {
    814813        String name = pp.getName();
     
    957956    }
    958957   
    959     HashSet<String> parameterNames = new HashSet<String>();
    960958    Element parameters = new Element("jobparameters");
    961959    while (ffp.hasMoreData())
     
    965963      {
    966964        JobParameter jp = new JobParameter(dataline.line().split("\t"));
    967         if (parameterNames.contains(jp.getName()))
    968         {
    969           throw new BaseException("Duplicate parameter name '"+jp.getName()+"'");
    970         }
    971         parameterNames.add(jp.getName());
    972965        parameters.addContent(jp.toXml());
    973966      }
     
    984977 
    985978  @SuppressWarnings("unchecked")
    986   private List<PluginParameter<?>> getJobParametersFromXML(String xml)
     979  private List<PluginParameter<?>> getJobParametersFromXML(String xml, boolean hideRemoved)
    987980  {
    988981    try
     
    1003996      });
    1004997     
    1005       HashSet<String> parameterNames = new HashSet<String>();
    1006998      TreeMap<Integer, PluginParameter<?>> positionParameter = new TreeMap<Integer, PluginParameter<?>>();
    1007999      while (it.hasNext())
     
    10091001        Element e = it.next();
    10101002        JobParameter jp = new JobParameter(e);
    1011         if (positionParameter.containsKey(jp.getPosition()))
    1012         {
    1013           throw new BaseException("Duplicate parameter at position "+jp.getPosition());
    1014         }
    1015         if (parameterNames.contains(jp.getName()))
    1016         {
    1017           throw new BaseException("Duplicate parameter name '"+jp.getName()+"'");
    1018         }
    1019         parameterNames.add(jp.getName());
    1020         positionParameter.put(jp.getPosition(), jp.getPluginParameter());
     1003        if (!jp.isRemoved())
     1004        {
     1005          if (positionParameter.containsKey(jp.getPosition()))
     1006          {
     1007            throw new BaseException("Duplicate parameter at position "+jp.getPosition());
     1008          }
     1009          positionParameter.put(jp.getPosition(), jp.getPluginParameter());
     1010        }
    10211011      }
    10221012      return new ArrayList<PluginParameter<?>>(positionParameter.values());
     
    12931283        throw new BaseException("Cant find the jobparameters specification. Reconfigure the plugin.");
    12941284      }
    1295       jobParameters.addAll(getJobParametersFromXML(xml.toString()));
     1285      jobParameters.addAll(getJobParametersFromXML(xml.toString(), true));
    12961286    }
    12971287    finally
     
    17431733        }
    17441734      }
    1745       removed = !base1ConfigLine[7].equals("0");
     1735      System.err.println(Values.getBoolean(base1ConfigLine[7])+" "+base1ConfigLine[7]);
     1736      removed = Values.getBoolean(base1ConfigLine[7]);
    17461737    }
    17471738
     
    18661857          List<AnnotationType> annotations = getAnnotationTypes();
    18671858          Enumeration<String, String> enums = new Enumeration<String, String>();
    1868          
    1869           System.err.println("###" + defaultValue);
    1870          
    18711859          for (AnnotationType at : annotations)
    18721860          {
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.