Changeset 4043


Ignore:
Timestamp:
Dec 6, 2007, 3:00:09 PM (14 years ago)
Author:
Jari Häkkinen
Message:

Fixes #593.

Location:
trunk
Files:
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/doc/admin/plugin_configuration/coreplugins.html

    r3701 r4043  
    4040    <div class="abstract">
    4141      <p>
    42         This document lists all core plugins and tools that are included in an
    43         installation of the latest BASE 2 version. <br> There are
    44         configuration examples, to download and import (v2.2 and
    45         later), for those plugins that support configuration. Use the
    46         right-click menu of the mouse to download these xml-files.
     42        This document is mostly superseeded by the <a
     43      href="http://base.thep.lu.se/chrome/site/latest/html/appendix/appendix.coreplugins.html">core
     44        plugins list in the BASE 2 documentation</a>. Some tools are
     45        still listed here.
    4746      </p>
    4847
    49       <p>
    50         Contributed plug-ins are available at
    51         <a
    52         href=http://baseplugins.thep.lu.se>http://baseplugins.thep.lu.se</a>
    53       </p>
    54      
    5548      <b>Contents</b>
    5649      <ol>
    57         <li><a href="#types">Types</a>
    58           <ol type="a">
    59             <li><a href="#analyze">Analyze</a></li>
    60             <li><a href="#export">Export</a></li>
    61             <li><a href="#import">Import</a></li>
    62             <li><a href="#intensity">Intensity</a></li>
    63             <li><a href="#other">Other</a></li>
    64           </ol>
    65         </li>
    66         <li><a href="#config_packages">Configuration packages</a></li>
    6750        <li><a href="#tools">Tools</a></li>
    6851      </ol>
     
    7457    </div>
    7558    <ol>
    76       <li>
    77         <a name="types"></a>
    78         <h2>Types</h2>
    79         <ol type="a">
    80           <li>
    81             <a name="analyze"></a>
    82             <b>Analyze</b>
    83             <table class="listing">
    84               <tr>
    85                 <th>Plugin&nbsp;name</th>
    86                 <th>Configuration</th>               
    87                 <th>Works with</th>
    88                 <th>Remark</th>             
    89               </tr>
    90               <tr>
    91                 <td>Base1PluginExecuter</td>
    92                 <td><i>- N/A -</i></td>
    93                 <td>BASE 2.2+</td>
    94                 <td>Simulates the plug-in runner from Base 1.2.</td>
    95               </tr>
    96               <tr class="evenrow">
    97                 <td>JEP&nbsp;extra&nbsp;value calculator</td>
    98                 <td><i>Not needed</i></td>
    99                 <td>BASE 2.1+</td>
    100                 <td>Calculates extra values for a bioassay set.</td>
    101               </tr>
    102               <tr>
    103                 <td>JEP&nbsp;filter plugin</td>
    104                 <td><i>Not needed</i></td>
    105                 <td>BASE 2.0RC2+</td>
    106                 <td>Bioassay set filter. Expressions parsed with JEP.</td>
    107               </tr>
    108               <tr class="evenrow">
    109                 <td>JEP&nbsp;intensity transformer</td>
    110                 <td><i>Not needed</i></td>
    111                 <td>BASE 2.1+</td>
    112                 <td>Transforms the intensities of a bioassayset.</td>
    113               </tr>
    114               <tr>
    115                 <td>Normalization: Lowess</td>
    116                 <td><i>Not needed</i></td>
    117                 <td>BASE 2.0RC1+</td>
    118                 <td>Normalization using LOWESS algorithm.</td>
    119               </tr>
    120               <tr class="evenrow">
    121                 <td>Normalization: Median&nbsp;ratio</td>
    122                 <td><i>Not needed</i></td>
    123                 <td>BASE 2.0RC1+</td>
    124                 <td>Normalization based on median ratio.</td>
    125               </tr>
    126             </table>
    127             <div align="right"><a href="#top">top of this document</a></div>
    128           </li>                   
    129           <li>
    130             <a name="export"></a>     
    131             <b>Export</b>
    132             <table class="listing">
    133               <tr>
    134                 <th>Plugin&nbsp;name</th>           
    135                 <th>Configuration</th>               
    136                 <th>Works with</th>
    137                 <th>Remark</th>
    138               </tr>
    139               <tr>
    140                 <td>Bioassay&nbsp;set&nbsp;exporter</td>
    141                 <td><i>Not needed</i></td>             
    142                 <td>BASE 2.1+</td>
    143                 <td>Exports bioassay sets in different formats.</td>
    144               </tr>         
    145               <tr class="evenrow">
    146                 <td>Help&nbsp;texts&nbsp;exporter</td>
    147                 <td><i>Not needed</i></td>             
    148                 <td>BASE 2.0RC2+</td>
    149                 <td>Exports helptexts to a XML-file.</td>
    150               </tr>
    151               <tr>
    152                 <td>Packed&nbsp;file&nbsp;exporter</td>
    153                 <td><i>Not needed</i></td>
    154                 <td>BASE 2.4</td>
    155                 <td>
    156                   Exports files and directories as an archive-file.
    157               </tr>
    158               <tr class="evenrow">
    159                 <td>Plate&nbsp;mapping&nbsp;exporter</td>
    160                 <td><i>Not needed</i></td>             
    161                 <td>BASE 2.0RC2+</td>
    162                 <td>Exports plate mappings.</td>
    163               </tr>
    164               <tr>
    165                 <td>Plugin&nbsp;configuration exporter</td>
    166                 <td><i>Not needed</i></td>             
    167                 <td>BASE 2.1+</td>
    168                 <td>Exports plugin configurations to a XML-file.</td>
    169               </tr>
    170               <tr class="evenrow">
    171                 <td>Table&nbsp;exporter</td>
    172                 <td><i>Not needed</i></td>             
    173                 <td>BASE 2.0RC1+</td>
    174                 <td>Exports table listings in the web-interface.</td>
    175               </tr>     
    176             </table>
    177             <div align="right"><a href="#top">top of this document</a></div>
    178           </li>                         
    179 
    180           <li>
    181             <a name="import"></a>
    182             <b>Import</b>
    183             <table class="listing">
    184               <tr>
    185                 <th>Plugin&nbsp;name</th>
    186                 <th>Configuration</th>               
    187                 <th>Works with</th>
    188                 <th>Remark</th>
    189               </tr>
    190              
    191               <tr>
    192                 <td>Help&nbsp;texts&nbsp;importer</td>
    193                 <td><i>Not needed</i></td>
    194                 <td>BASE 2.0RC2+</td>
    195                 <td>Imports helptexts to the clients</td>
    196               </tr>
    197              
    198               <tr class="evenrow">
    199                 <td rowspan="2"  valign="middle">
    200                   Plate&nbsp;importer
    201                 </td>
    202                 <td>       
    203                   <a href="import/plate_importer_384wells.xml">384&nbsp;wells-plate</a>
    204                 </td>
    205                 <td>BASE 2.0RC1+</td>
    206                 <td>Imports plates(384wells) from a simple flat file.</td>
    207               </tr>
    208               <tr class="evenrow">
    209                 <td>
    210                   <a href="import/plate_importer_96wells.xml">96&nbsp;wells-plate</a>
    211                 </td>
    212                 <td>BASE 2.0RC1+</td>
    213                 <td>Imports plates(96wells) from a simple flat file.</td>
    214               </tr>             
    215              
    216               <tr>
    217                 <td>Plate&nbsp;mapping importer</td>
    218                 <td><i>Not needed</i></td>
    219                 <td>BASE 2.0RC2+</td>
    220                 <td>Imports plate mappings.</td>
    221               </tr>
    222              
    223               <tr class="evenrow">
    224                 <td>Plugin&nbsp;configuration importer</td>
    225                 <td><i>Not needed</i></td>
    226                 <td>BASE 2.1+</td>
    227                 <td>Imports pluginconfigurations from a xml-file.</td>
    228               </tr>
    229              
    230               <tr>
    231                 <td>Print&nbsp;map importer</td>
    232                 <td><i>Not needed</i></td>
    233                 <td>BASE 2.0RC1+</td>
    234                 <td>Imports arraydesign from a print map.</td>
    235               </tr>         
    236              
    237               <tr class="evenrow">
    238                 <td rowspan="2" valign="middle">
    239                   Raw&nbsp;data importer
    240                 </td>
    241                 <td>
    242                   <a href="import/raw_data_importer_genepix-cy3_cy5.xml">cy3/cy5&nbsp;genepix</a>
    243                 </td>
    244                 <td>BASE 2.0RC1+</td>
    245                 <td>Imports raw data from a text file (ch1=cy3).</td>
    246               </tr>             
    247               <tr class="evenrow">
    248                 <td>
    249                   <a href="import/raw_data_importer_genepix-cy5_cy3.xml">cy5/cy3&nbsp;genepix</a>
    250                 </td>
    251                 <td>BASE 2.0RC1+</td>
    252                 <td>Imports rawdata from a text file (ch1=cy5).</td>
    253               </tr>               
    254              
    255               <tr>
    256                 <td rowspan="5" valign="middle">
    257                   Reporter importer
    258                 </td>
    259                 <td>
    260                   <a href="import/reporter_importer_96wells.xml">96&nbsp;wells</a><br>
    261                 </td>
    262                 <td>BASE 2.0RC1+</td>
    263                 <td>Imports reporters(96wells) from a file.</td>
    264               </tr>             
    265               <tr>
    266                 <td>
    267                   <a href="import/reporter_importer_384wells.xml">384&nbsp;wells</a><br>
    268                 </td>
    269                 <td>BASE 2.0RC1+</td>
    270                 <td>Imports reporters(384wells) from a file.</td>
    271               </tr>
    272               <tr>
    273                 <td>
    274                   <a href="import/reporter_importer_genepix.xml">Genepix</a>
    275                 </td>
    276                 <td>BASE 2.0RC1+</td>
    277                 <td>Imports reporters from a genepix file.</td>
    278               </tr>
    279               <tr>
    280                 <td>
    281                   <a href="import/reporter_importer_affymetrix.xml">Affymetrix I</a>
    282                 </td>
    283                 <td>BASE 2.0+</td>
    284                 <td>Use for HG-U133_Plus_2 and MG_U74Av2. <br> Imports
    285                   only minimum amount of information.</td>
    286               </tr>
    287               <tr>
    288                 <td>
    289                   <a href="import/reporter_importer_affymetrix2.xml">Affymetrix II</a>
    290                 </td>
    291                 <td>BASE 2.0+</td>
    292                 <td>Use for HG-U133A. <br> Imports gene symbols and
    293                   UniGene ID.</td>
    294               </tr>
    295              
    296               <tr class="evenrow">
    297                 <td>Reporter&nbsp;map importer</td>
    298                 <td>
    299                   <table cellspacing="0">
    300                     <tr>
    301                       <td><a href="import/reporter_map_importer_genepix.xml">Genepix</a></td>
    302                     </tr>
    303                   </table>
    304                 </td>
    305                 <td>BASE 2.0RC1+</td>
    306                 <td>Imports genepix features from a gpr- file</td>
    307               </tr>
    308             </table>
    309             <div align="right"><a href="#top">top of this document</a></div>           
    310           </li>         
    311 
    312           <li>
    313             <a name="intensity"></a>
    314             <b>Intensity</b>
    315             <table class="listing">
    316               <tr>
    317                 <th>Plugin&nbsp;name</th>
    318                 <th>Configuration</th>               
    319                 <th>Works with</th>
    320                 <th>Remark</th>
    321               </tr>
    322               <tr>
    323                 <td>Formula&nbsp;intensity calculator</td>
    324                 <td><i>Not needed</i></td>
    325                 <td>BASE 2.0RC1+</td>
    326                 <td>Calculate intensities from raw data.</td>
    327               </tr>
    328             </table>
    329             <div align="right"><a href="#top">top of this document</a></div>           
    330           </li>                   
    331           <li>
    332             <a name="other"></a>
    333             <b>Other</b>
    334             <table class="listing">
    335               <tr>
    336                 <th>Plugin&nbsp;name</th>
    337                 <th>Configuration</th>               
    338                 <th>Works with</th>
    339                 <th>Remark</th>
    340               </tr>
    341               <tr>
    342                 <td>Spot&nbsp;images creator</td>
    343                 <td><i>Not needed</i></td>
    344                 <td>BASE 2.0RC1+</td>
    345                 <td>Converts a full-size image into jpg images for each spot.</td>
    346               </tr>
    347               <tr class="evenrow">
    348                 <td>ZIP&nbsp;file unpacker</td>
    349                 <td><i>Not needed</i></td>
    350                 <td>BASE 2.1+</td>
    351                 <td>Unpacks zip and jar file on the BASE2's file system.</td>
    352               </tr>
    353             </table>
    354             <div align="right"><a href="#top">top of this document</a></div>
    355           </li>
    356         </ol>
    357       </li>
    358       <li>
    359         <a name="config_packages"></a>
    360         <h2>Configuration packages</h2>
    361         <table class="listing">
    362           <tr>
    363             <th>Type</th>
    364             <th>Download</th>
    365             <th>Plugins</th>
    366           </tr>
    367           <tr>
    368             <td>Affymetrix</td>
    369             <td>download</td>
    370             <td>&nbsp;</td>
    371           </tr>
    372           <tr class="evenrow">
    373             <td>Genepix</td>
    374             <td>download</td>
    375             <td>&nbsp;</td>
    376           </tr>
    377         </table>
    378         <div align="right"><a href="#top">top of this document</a></div>       
    379       </li>
    38059      <li>
    38160        <a name="tools"></a>
  • trunk/doc/src/docbook/appendix/coreplugins.xml

    r3675 r4043  
    66  $Id$
    77 
    8   Copyright (C) 2007 Nicklas Nordborg
     8  Copyright (C) 2007 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg
    99 
    1010  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
     
    2929<appendix id="appendix.coreplugins">
    3030  <title>Core plug-ins shipped with BASE</title>
     31
    3132  <para>
    32     This document is only available in the old format.
    33     See <ulink url="http://base.thep.lu.se/chrome/site/doc/admin/plugin_configuration/coreplugins.html"
     33    List of all plugins installed with a pristine BASE
     34    installation. Some plugins must be configured before use,
     35    requirements are listed below and configuration samples are given
     36    for for plugins that supports/requires configurations. Use the
     37    right-click menu of the mouse to download these XML files for
     38    further import into BASE (see <xref
     39    linkend="plugins.configuration.importexport" />).
     40  </para>
     41
     42  <para>
     43    Contributed plug-ins are available at <ulink
     44    url="http://baseplugins.thep.lu.se" >http://baseplugins.thep.lu.se
     45    </ulink>. These plugins are either developed outside the core team
     46    or require external non-Java compilers and tools. These packages
     47    are excluded from the BASE package to make the installation
     48    process somewhat simpler.
     49  </para>
     50     
     51  <para>
     52    Other non-plugin tools are listed in the old tools document at
     53      <ulink
     54      url="http://base.thep.lu.se/chrome/site/doc/admin/plugin_configuration/coreplugins.html"
    3455      >http://base.thep.lu.se/chrome/site/doc/admin/plugin_configuration/coreplugins.html</ulink>.
    3556  </para>
    3657
     58  <sect1 id="coreplugins.analyze">
     59    <title>Analyse</title>
     60
     61    <variablelist>
     62      <varlistentry>
     63        <term>Base1PluginExecuter</term>
     64        <listitem>
     65          <para>
     66            Simulates the plug-in runner from Base 1.2.
     67          </para>
     68          <para>
     69            <emphasis>Since BASE 2.2, no configuration needed the
     70            Base1PluginExecuter but may be required for the underlying
     71            BASE 1.2 plugins.</emphasis>
     72          </para>
     73        </listitem>
     74      </varlistentry>
     75
     76      <varlistentry>
     77        <term>JEP extra value calculator</term>
     78        <listitem>
     79          <para>
     80            Calculates extra values for a bioassay set.
     81          </para>
     82          <para>
     83            <emphasis>Since BASE 2.1, no configuration needed.</emphasis>
     84          </para>
     85        </listitem>
     86      </varlistentry>
     87
     88      <varlistentry>
     89        <term>JEP filter plugin</term>
     90        <listitem>
     91          <para>
     92            Bioassay set filter. Expressions parsed with JEP.
     93          </para>
     94          <para>
     95            <emphasis>Since BASE 2.0, no configuration needed.</emphasis>
     96          </para>
     97        </listitem>
     98      </varlistentry>
     99
     100      <varlistentry>
     101        <term>JEP intensity transformer</term>
     102        <listitem>
     103          <para>
     104            Transforms the intensities of a bioassayset.
     105          </para>
     106          <para>
     107            <emphasis>Since BASE 2.1, no configuration needed.</emphasis>
     108          </para>
     109        </listitem>
     110      </varlistentry>
     111
     112      <varlistentry>
     113        <term>Normalisation: Lowess</term>
     114        <listitem>
     115          <para>
     116            Normalisation using LOWESS algorithm.
     117          </para>
     118          <para>
     119            <emphasis>Since BASE 2.0, no configuration needed.</emphasis>
     120          </para>
     121        </listitem>
     122      </varlistentry>
     123
     124      <varlistentry>
     125        <term>Normalisation: Median ratio</term>
     126        <listitem>
     127          <para>
     128            Normalisation based on median ratio.
     129          </para>
     130          <para>
     131            <emphasis>Since BASE 2.0, no configuration needed.</emphasis>
     132          </para>
     133        </listitem>
     134      </varlistentry>
     135    </variablelist>
     136
     137  </sect1>
     138
     139  <sect1 id="coreplugins.export">
     140    <title>Export</title>
     141
     142    <variablelist>
     143
     144      <varlistentry>
     145        <term>Bioassay set exporter</term>
     146        <listitem>
     147          <para>
     148            Exports bioassay sets in different formats. See plugin
     149            definition in BASE for listing of supported formats.
     150          </para>
     151          <para>
     152            <emphasis>Since BASE 2.1, no configuration needed.</emphasis>
     153          </para>
     154        </listitem>
     155      </varlistentry>
     156
     157      <varlistentry>
     158        <term>Help texts exporter</term>
     159        <listitem>
     160          <para>
     161            Exports help texts to an XML file.
     162          </para>
     163          <para>
     164            <emphasis>Since BASE 2.0, no configuration needed.</emphasis>
     165          </para>
     166        </listitem>
     167      </varlistentry>
     168
     169      <varlistentry>
     170        <term>Packed file exporter</term>
     171        <listitem>
     172          <para>
     173            Exports files and directories as an archive-file.
     174          </para>
     175          <para>
     176            <emphasis>Since BASE 2.4, no configuration needed.</emphasis>
     177          </para>
     178        </listitem>
     179      </varlistentry>
     180
     181      <varlistentry>
     182        <term>Plate mapping exporter</term>
     183        <listitem>
     184          <para>
     185            Exports plate mappings.
     186          </para>
     187          <para>
     188            <emphasis>Since BASE 2.0, no configuration needed.</emphasis>
     189          </para>
     190        </listitem>
     191      </varlistentry>
     192
     193      <varlistentry>
     194        <term>Plugin configuration exporter</term>
     195        <listitem>
     196          <para>
     197            Exports plugin configurations to an XML file.
     198          </para>
     199          <para>
     200            <emphasis>Since BASE 2.1, no configuration needed.</emphasis>
     201          </para>
     202        </listitem>
     203      </varlistentry>
     204
     205      <varlistentry>
     206        <term>Table exporter</term>
     207        <listitem>
     208          <para>
     209            Exports table listings in the web-interface.
     210          </para>
     211          <para>
     212            <emphasis>Since BASE 2.0, no configuration needed.</emphasis>
     213          </para>
     214        </listitem>
     215      </varlistentry>
     216
     217    </variablelist>
     218
     219  </sect1>
     220
     221  <sect1 id="coreplugins.import">
     222    <title>Import</title>
     223
     224    <variablelist>
     225
     226      <varlistentry>
     227        <term>Affymetrix CDF probeset importer</term>
     228        <listitem>
     229          <para>
     230            This plug-in is used to import probesets (reporters in
     231            BASE language) from an Affymetrix CDF file. It can be used
     232            in import mode from the reporter list view and from the
     233            array design view and in verification mode from the array
     234            design view. The plugin can only set the name and ID of
     235            the reporters, since the CDF file doesn't contains any
     236            annotation information. Probesets already in BASE will not
     237            be affected by the import.
     238          </para>
     239          <para>
     240            <emphasis>Since BASE 2.4, no configuration needed.</emphasis>
     241          </para>
     242        </listitem>
     243      </varlistentry>
     244
     245      <varlistentry>
     246        <term>Annotation importer</term>
     247        <listitem>
     248          <para>
     249            Imports annotation to any annotable item in BASE.
     250          </para>
     251          <para>
     252            <emphasis>Since BASE 2.4, no configuration needed.</emphasis>
     253          </para>
     254        </listitem>
     255      </varlistentry>
     256
     257      <varlistentry>
     258        <term>Help texts importer</term>
     259        <listitem>
     260          <para>
     261            Imports help texts from an XML file into BASE.
     262          </para>
     263          <para>
     264            <emphasis>Since BASE 2.0, no configuration needed.</emphasis>
     265          </para>
     266        </listitem>
     267      </varlistentry>
     268
     269      <varlistentry>
     270        <term>Illumina raw data importer</term>
     271        <listitem>
     272          <para>
     273            This plugin is used to import raw data from Illumina data
     274            files.
     275          </para>
     276          <para>
     277            <emphasis>Since BASE 2.4, no configuration needed.</emphasis>
     278          </para>
     279        </listitem>
     280      </varlistentry>
     281
     282      <varlistentry>
     283        <term>Plate importer</term>
     284        <listitem>
     285          <para>
     286            Imports plates from a simple flat file.
     287          </para>
     288          <para>
     289            <emphasis>Since BASE 2.0, available configurations: </emphasis>
     290            <ulink url="http://base.thep.lu.se/chrome/site/doc/admin/plugin_configuration/import/plate_importer_384wells.xml">384
     291            wells-plate</ulink> and <ulink
     292            url="http://base.thep.lu.se/chrome/site/doc/admin/plugin_configuration/import/plate_importer_96wells.xml">96 wells-plate</ulink>
     293          </para>
     294        </listitem>
     295      </varlistentry>
     296
     297      <varlistentry>
     298        <term>Plate mapping importer</term>
     299        <listitem>
     300          <para>
     301            Imports plate mappings.
     302          </para>
     303          <para>
     304            <emphasis>BASE 2.0, no configuration needed.</emphasis>
     305          </para>
     306        </listitem>
     307      </varlistentry>
     308
     309             
     310      <varlistentry>
     311        <term>Plugin configuration importer</term>
     312        <listitem>
     313          <para>
     314            Imports plugin configurations from an XML file.
     315          </para>
     316          <para>
     317            <emphasis>Since BASE 2.1, no configuration needed.</emphasis>
     318          </para>
     319        </listitem>
     320      </varlistentry>
     321
     322      <varlistentry>
     323        <term>Print map importer</term>
     324        <listitem>
     325          <para>
     326            Imports array designs from a print map.
     327          </para>
     328          <para>
     329            <emphasis>Since BASE 2.0, no configuration needed.</emphasis>
     330          </para>
     331        </listitem>
     332      </varlistentry>
     333
     334      <varlistentry>
     335        <term>Raw data importer</term>
     336        <listitem>
     337          <para>
     338            Imports raw data from a text file.
     339          </para>
     340          <para>
     341            <emphasis>Since BASE 2.0, available configurations:</emphasis>
     342            <ulink
     343            url="http://base.thep.lu.se/chrome/site/doc/admin/plugin_configuration/import/raw_data_importer_genepix-cy3_cy5.xml">cy3/cy5
     344            GenePix</ulink> and <ulink
     345            url="http://base.thep.lu.se/chrome/site/doc/admin/plugin_configuration/import/raw_data_importer_genepix-cy5_cy3.xml">cy5/cy3
     346            GenePix</ulink>
     347          </para>
     348        </listitem>
     349      </varlistentry>
     350
     351
     352      <varlistentry>
     353        <term>Reporter importer</term>
     354        <listitem>
     355          <para>
     356            Import reporter (probeset) information from a file.
     357          </para>
     358          <para>
     359            <emphasis>Since BASE 2.0, available
     360            configurations:</emphasis>
     361          </para>
     362          <para>
     363            GenePix related <ulink
     364            url="http://base.thep.lu.se/chrome/site/doc/admin/plugin_configuration/import/reporter_importer_96wells.xml">96
     365            wells</ulink>, <ulink
     366            url="http://base.thep.lu.se/chrome/site/doc/admin/plugin_configuration/import/reporter_importer_384wells.xml">384
     367            wells</ulink>, and <ulink
     368            url="http://base.thep.lu.se/chrome/site/doc/admin/plugin_configuration/import/reporter_importer_genepix.xml">GenePix</ulink>.
     369          </para>
     370          <para>
     371            Affymetrix related, these samples import a small amount of
     372            information: <ulink
     373            url="http://base.thep.lu.se/chrome/site/doc/admin/plugin_configuration/import/reporter_importer_affymetrix.xml">HG-U133_Plus_2
     374            and MG_U74Av2</ulink> and <ulink
     375            url="http://base.thep.lu.se/chrome/site/doc/admin/plugin_configuration/import/reporter_importer_affymetrix2.xml">HG-U133A</ulink>.
     376            The samples may work on other Affymetrix chips, the listed
     377            ones are tested and known to work.
     378          </para>
     379        </listitem>
     380      </varlistentry>
     381
     382      <varlistentry>
     383        <term>Reporter map importer</term>
     384        <listitem>
     385          <para>
     386            Imports GenePix features from a gpr-file.
     387          </para>
     388          <para>
     389            <emphasis>Since BASE 2.0, <ulink
     390            url="http://base.thep.lu.se/chrome/site/doc/admin/plugin_configuration/import/reporter_map_importer_genepix.xml">GenePix</ulink>
     391            sample configuration available.</emphasis>
     392          </para>
     393        </listitem>
     394      </varlistentry>
     395
     396    </variablelist>
     397
     398  </sect1>
     399
     400  <sect1 id="coreplugins.intensity">
     401    <title>Intensity</title>
     402
     403    <variablelist>
     404      <varlistentry>
     405        <term>Formula intensity calculator</term>
     406        <listitem>
     407          <para>
     408            Calculate intensities from raw data.
     409          </para>
     410          <para>
     411            <emphasis>Since BASE 2.0, no configuration needed.</emphasis>
     412          </para>
     413        </listitem>
     414      </varlistentry>
     415
     416    </variablelist>
     417
     418  </sect1>
     419
     420  <sect1 id="coreplugins.other">
     421    <title>Other</title>
     422
     423    <variablelist>
     424
     425      <varlistentry>
     426        <term>Spot images creator</term>
     427        <listitem>
     428          <para>
     429            Converts a full-size image into JPEG images for each spot.
     430          </para>
     431          <para>
     432            <emphasis>Since BASE 2.0, no configuration needed.</emphasis>
     433          </para>
     434        </listitem>
     435      </varlistentry>
     436
     437      <varlistentry>
     438        <term>TAR file unpacker</term>
     439        <listitem>
     440          <para>
     441            Unpacks a tar file on the BASE file system. It also
     442            supports TAR files compressed with GZIP or BZIP
     443            algorithms.
     444          </para>
     445          <para>
     446            <emphasis>Since BASE 2.1, no configuration needed.</emphasis>
     447          </para>
     448        </listitem>
     449      </varlistentry>
     450
     451      <varlistentry>
     452        <term>ZIP file unpacker</term>
     453        <listitem>
     454          <para>
     455            Unpacks zip and jar file on the BASE2's file system.
     456          </para>
     457          <para>
     458            <emphasis>Since BASE 2.1, no configuration needed.</emphasis>
     459          </para>
     460        </listitem>
     461      </varlistentry>
     462
     463    </variablelist>
     464
     465  </sect1>
     466
    37467</appendix>
    38468
  • trunk/src/plugins/core/net/sf/basedb/plugins/CdfFileReporterImporter.java

    r3820 r4043  
    22  $Id$
    33
    4   Copyright (C) 2007 Nicklas Nordborg
     4  Copyright (C) 2007 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg
    55
    66  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
     
    111111      "and in verification mode from the array design view. " +
    112112      "The plug-in can only set the name and ID of the reporters, since the CDF file doesn't " +
    113       "contains any annotation information.",
     113      "contains any annotation information. Probesets already in BASE will not " +
     114      "be affected by the import",
    114115      "2.4",
    115116      "2007, Base 2 development team",
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.