Changeset 4722


Ignore:
Timestamp:
Jan 9, 2009, 1:18:06 PM (14 years ago)
Author:
Nicklas Nordborg
Message:

References #1227: ItemNotFoundException? in Base1PluginExecuter if leaveStdin or leaveStdout is false

Should be fixed now. As part of the fix some rearrangements were made so that leaveStdin and leaveStdout are respected even when there is some kind of problem with the plug-in.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • branches/2.9-stable/src/plugins/core/net/sf/basedb/plugins/Base1PluginExecuter.java

    r4716 r4722  
    563563      File stdout = null;
    564564      Transformation trans = null;
    565      
    566565      Directory workingDirectory = null;
    567 
    568       //Export
     566      boolean leaveStdin = Boolean.TRUE.equals(configuration.getValue("leaveStdin"));
     567      boolean leaveStdout = Boolean.TRUE.equals(configuration.getValue("leaveStdout"));
     568
    569569      try
    570570      {
    571         dc = sc.newDbControl();
    572         String workingPath = (String) job.getValue("pluginDirectory") + "/" + job.getId();
    573         workingDirectory = getPluginDirectory(dc, workingPath);
    574         progress.display(0, "Exporting data to be used by plugin.");
    575         stdin = exportData(dc, workingDirectory);
    576         checkInterrupted();
    577         dc.commit();
    578       }
    579       catch(Exception e)
    580       {
    581         response.setError("Error during export: " + e.getMessage(), Arrays.asList(e));
    582         return;
     571        //Export
     572        try
     573        {
     574          dc = sc.newDbControl();
     575          String workingPath = (String) job.getValue("pluginDirectory") + "/" + job.getId();
     576          workingDirectory = getPluginDirectory(dc, workingPath);
     577          progress.display(0, "Exporting data to be used by plugin.");
     578          stdin = exportData(dc, workingDirectory);
     579          checkInterrupted();
     580          dc.commit();
     581        }
     582        catch(Exception e)
     583        {
     584          response.setError("Error during export: " + e.getMessage(), Arrays.asList(e));
     585          return;
     586        }
     587        finally
     588        {
     589          if (dc != null) dc.close();
     590        }
     591       
     592        //Execution
     593        Process externalProcess = null;
     594        try
     595        {
     596          checkInterrupted();
     597          copy(stdin, getExecDirectory());
     598          progress.display(10, "Running on remote computation server.");
     599          externalProcess = Runtime.getRuntime().exec(getExecLine(), null, getExecDirectory());
     600 
     601          ByteArrayOutputStream err = new ByteArrayOutputStream();
     602          StreamHandler errorStream = new StreamHandler(
     603              new BufferedInputStream(externalProcess.getErrorStream()),
     604              new BufferedOutputStream(err));
     605 
     606          FileOutputStream out =
     607            new FileOutputStream(new java.io.File(getExecDirectory(), "stdout.txt"));
     608          StreamHandler inputStream = new StreamHandler(
     609            new BufferedInputStream(externalProcess.getInputStream()),
     610            new BufferedOutputStream(out));
     611         
     612          FileInputStream in =
     613            new FileInputStream(new java.io.File(getExecDirectory(), "stdin.txt"));
     614          StreamHandler outputStream = new StreamHandler(
     615            new BufferedInputStream(in),
     616            new BufferedOutputStream(externalProcess.getOutputStream()));
     617         
     618          inputStream.start();
     619          errorStream.start();
     620          outputStream.start();
     621          int exitValue = 0;
     622          try
     623          {
     624            exitValue = externalProcess.waitFor();
     625          }
     626          catch (InterruptedException ex)
     627          {
     628            // Aborted by user
     629            externalProcess.destroy();
     630            throw new SignalException("Aborted by user", ex);
     631          }
     632 
     633          progress.display(50, "Reading from error stream.");
     634          for(int i = 0; errorStream.isAlive(); ++i)
     635          {
     636            Thread.sleep(1000);
     637            if (i > 300) throw new BaseException("Waited 5 minutes for the errormessage. I give up.");
     638          }
     639                   
     640          err.flush();
     641          msg = err.toString();
     642          out.flush();
     643         
     644          if (exitValue != 0)
     645          {
     646            response.setError(msg, null);
     647            return;
     648          }
     649        }
     650        catch (Exception e)
     651        {
     652          response.setError("Error during execution: " + e.getMessage(), Arrays.asList(e));
     653          return;
     654        }
     655       
     656        // Import analysis files created by the BASE1 plug-in
     657        try
     658        {
     659          //Copy files
     660          dc = sc.newDbControl();
     661          progress.display(60, "Copying files to server.");
     662          importTempFiles(dc, getExecDirectory().listFiles(), workingDirectory);
     663          dc.commit();
     664          if (!deleteDir(getExecDirectory()))
     665          {
     666            response.setError("Could not remove execution directory: "+getExecDirectory().getAbsolutePath(), null);
     667            return;
     668          }
     669        }
     670        finally
     671        {
     672          if (dc != null) dc.close();
     673        }
     674             
     675        //Import
     676        try
     677        {
     678          dc = sc.newDbControl();
     679          checkInterrupted();
     680          progress.display(70, "Importing data from plugin.");
     681          BioAssaySet parentBas = getSourceBioAssaySet(dc);
     682          trans = parentBas.newTransformation(Job.getById(dc, job.getId()));
     683          trans.setName(PluginConfiguration.getById(dc, configuration.getId()).getName());
     684          dc.saveItem(trans);
     685          stdout = File.getFile(dc, workingDirectory, "stdout.txt", true);
     686          associateFiles(dc, trans, workingDirectory);
     687          importData(dc, stdout, trans);
     688          dc.commit();
     689        }
     690        catch (Exception ex)
     691        {
     692          response.setError(ex.getMessage(), Arrays.asList(ex));
     693          return;
     694        }
     695        finally
     696        {
     697          if (dc != null) dc.close();
     698        }
    583699      }
    584700      finally
    585701      {
    586         if (dc != null) dc.close();
    587       }
    588      
    589       //Execution
    590       Process externalProcess = null;
    591       try
    592       {
    593         checkInterrupted();
    594         copy(stdin, getExecDirectory());
    595         progress.display(10, "Running on remote computation server.");
    596         externalProcess = Runtime.getRuntime().exec(getExecLine(), null, getExecDirectory());
    597 
    598         ByteArrayOutputStream err = new ByteArrayOutputStream();
    599         StreamHandler errorStream = new StreamHandler(
    600             new BufferedInputStream(externalProcess.getErrorStream()),
    601             new BufferedOutputStream(err));
    602 
    603         FileOutputStream out =
    604           new FileOutputStream(new java.io.File(getExecDirectory(), "stdout.txt"));
    605         StreamHandler inputStream = new StreamHandler(
    606           new BufferedInputStream(externalProcess.getInputStream()),
    607           new BufferedOutputStream(out));
    608        
    609         FileInputStream in =
    610           new FileInputStream(new java.io.File(getExecDirectory(), "stdin.txt"));
    611         StreamHandler outputStream = new StreamHandler(
    612           new BufferedInputStream(in),
    613           new BufferedOutputStream(externalProcess.getOutputStream()));
    614        
    615         inputStream.start();
    616         errorStream.start();
    617         outputStream.start();
    618         int exitValue = 0;
    619         try
    620         {
    621           exitValue = externalProcess.waitFor();
    622         }
    623         catch (InterruptedException ex)
    624         {
    625           // Aborted by user
    626           externalProcess.destroy();
    627           throw new SignalException("Aborted by user", ex);
    628         }
    629 
    630         progress.display(50, "Reading from error stream.");
    631         for(int i = 0; errorStream.isAlive(); ++i)
    632         {
    633           Thread.sleep(1000);
    634           if (i > 300) throw new BaseException("Waited 5 minutes for the errormessage. I give up.");
    635         }
    636                  
    637         err.flush();
    638         msg = err.toString();
    639         out.flush();
    640        
    641         if (exitValue != 0)
    642         {
    643           response.setError(msg, null);
    644           return;
    645         }
    646       }
    647       catch (Exception e)
    648       {
    649         response.setError("Error during execution: " + e.getMessage(), Arrays.asList(e));
    650         return;
    651       }
    652      
    653       // Import analysis files created by the BASE1 plug-in
    654       try
    655       {
    656         //Copy files
    657         dc = sc.newDbControl();
    658         progress.display(60, "Copying files to server.");
    659         importTempFiles(dc, getExecDirectory().listFiles(), workingDirectory);
    660         dc.commit();
    661         if (!deleteDir(getExecDirectory()))
    662         {
    663           response.setError("Could not remove execution directory: "+getExecDirectory().getAbsolutePath(), null);
    664         }       
    665       }
    666       finally
    667       {
    668         if (dc != null) dc.close();
    669       }
    670            
    671       //Import data and clean up
    672       try
    673       {
    674         dc = sc.newDbControl();
    675         checkInterrupted();
    676         progress.display(70, "Importing data from plugin.");
    677         BioAssaySet parentBas = getSourceBioAssaySet(dc);
    678         trans = parentBas.newTransformation(Job.getById(dc, job.getId()));
    679         trans.setName(PluginConfiguration.getById(dc, configuration.getId()).getName());
    680         dc.saveItem(trans);
    681         stdout = File.getFile(dc, workingDirectory, "stdout.txt", true);
    682         associateFiles(dc, trans, workingDirectory);
    683         importData(dc, stdout, trans);
    684        
    685         if (!Values.getBoolean(String.valueOf(configuration.getValue("leaveStdin"))))
    686         {
    687           if (stdin != null)
    688           {
    689             stdin = File.getById(dc, stdin.getId());
    690             if (trans != null)
     702        // Cleanup stdin and stdout
     703        if (workingDirectory != null)
     704        {
     705          try
     706          {
     707            dc = sc.newDbControl();
     708            if (!leaveStdin && File.exists(dc, workingDirectory, "stdin.txt"))
    691709            {
    692               trans = Transformation.getById(dc, trans.getId());
    693               AnyToAny ata = AnyToAny.getByName(dc, trans, stdin.getPath().toString());
    694               dc.deleteItem(ata);
     710              stdin = File.getFile(dc, workingDirectory, "stdin.txt", false);
     711              dc.deleteItem(stdin);
    695712            }
    696             dc.deleteItem(stdin);
    697           }
    698         }
    699         if (!Values.getBoolean(String.valueOf(configuration.getValue("leaveStdout"))))
    700         {
    701           if (stdout != null)
    702           {
    703             stdout = File.getById(dc, stdout.getId());
    704             if (trans != null)
     713            if (!leaveStdout && File.exists(dc, workingDirectory, "stdout.txt"))
    705714            {
    706               trans = Transformation.getById(dc, trans.getId());
    707               AnyToAny ata = AnyToAny.getByName(dc, trans, stdout.getPath().toString());
    708               dc.deleteItem(ata);
     715              stdout = File.getFile(dc, workingDirectory, "stdout.txt", false);
     716              dc.deleteItem(stdout);
    709717            }
    710             dc.deleteItem(stdout);
    711           }
    712         }
    713        
    714         dc.commit();
    715       }
    716       catch (Exception ex)
    717       {
    718         response.setError(ex.getMessage(), Arrays.asList(ex));
    719         return;
    720       }
    721       finally
    722       {
    723         if (dc != null) dc.close();
     718            dc.commit();
     719          }
     720          catch (Exception ex)
     721          {
     722            response.setError("Plug-in completed successfully, but stdin and/or stdout could not be removed: " +
     723                  ex.getMessage(), Arrays.asList(ex));
     724            return;
     725          }
     726          finally
     727          {
     728            if (dc != null) dc.close();
     729          }
     730        }
    724731      }
    725732      response.setDone(msg);
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.