Changeset 4866


Ignore:
Timestamp:
Mar 31, 2009, 9:36:06 AM (13 years ago)
Author:
Martin Svensson
Message:

Fixes #1282 Change display-format of well coordinates.

Location:
trunk/www
Files:
8 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/www/lims/arraydesigns/features/index.jsp

    r4511 r4866  
    4040  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
    4141  import="net.sf.basedb.util.Values"
     42  import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
    4243  import="java.util.List"
    4344%>
    … …  
    4849    "position,externalId,block,row,column,reporter.name,reporter.externalId");
    4950  private static final Item itemType = Item.FEATURE;
     51 
     52  private static void registerExportFormatters(ItemContext cc)
     53  {
     54    cc.setObject("export.formatter.well.row", new WellCoordinateFormatter(true));
     55    cc.setObject("export.formatter.well.column", new WellCoordinateFormatter(false));
     56  }
    5057%>
    5158<%
    … …  
    99106    final DataQuery<FeatureData> query = arrayDesign.getFeatures();
    100107    cc.configureQuery(query, true);
     108    registerExportFormatters(cc);
    101109    cc.setQuery(query);
    102110    redirect = "../../../common/export/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=LIST&title=Export+features+of+array+design";

  • trunk/www/lims/arraydesigns/features/list_features.jsp

    r4860 r4866  
    3939  import="net.sf.basedb.core.Well"
    4040  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
     41  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
    4142  import="net.sf.basedb.core.DataQuery"
    4243  import="net.sf.basedb.core.DataResultIterator"
    … …  
    4546  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
    4647  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
     48  import="net.sf.basedb.core.PlateGeometry"
    4749  import="net.sf.basedb.core.ExtendedProperty"
    4850  import="net.sf.basedb.core.ExtendedProperties"
     51  import="net.sf.basedb.core.query.Aggregations" 
    4952  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
    5053  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
    5154  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
    5255  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
     56  import="net.sf.basedb.core.query.Selects"
    5357  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
    5458  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
    … …  
    9195  Formatter<Date> dateTimeFormatter = FormatterFactory.getDateTimeFormatter(sc);
    9296  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
    93 
     97 
     98  WellCoordinateFormatter rowFormatter = new WellCoordinateFormatter(true);
     99  WellCoordinateFormatter columnFormatter = new WellCoordinateFormatter(false);
     100 
    94101  final DataQuery<FeatureData> query = design.getFeatures();
    95102
    … …  
    100107 
    101108  List<ExtendedProperty> reporterProperties = ExtendedProperties.getProperties("ReporterData");
     109 
     110  Enumeration<String, String> plateRows = new Enumeration<String, String>();
     111  final ItemQuery<PlateGeometry> geometryQuery = PlateGeometry.getQuery();
     112  geometryQuery.order(Orders.desc(Hql.property("rows")));
     113  ItemResultIterator<PlateGeometry> result = geometryQuery.iterate(dc);
     114  int maxRows = result.next().getRows();
     115  for (int row = 0; row < maxRows; row++)
     116  {
     117    plateRows.add(Integer.toString(row), rowFormatter.format(row));
     118  }
    102119 
    103120  try
    … …  
    275292        sortable="true"
    276293        filterable="true"
    277         exportable="true"
    278         formatter="<%=new WellCoordinateFormatter(true)%>"
     294        exportable="true"       
    279295      />
    280296      <tbl:columndef
    … …  
    286302        filterable="true"
    287303        exportable="true"
    288         formatter="<%=new WellCoordinateFormatter(false)%>"
    289304      />
    290305      <tbl:columndef
    … …  
    466481        sortable="true"
    467482        filterable="true"
    468         exportable="true"
     483        enumeration="<%=plateRows%>"
     484        exportable="true"
     485        formatter="<%=rowFormatter%>"
    469486      />
    470487      <tbl:columndef
    … …  
    476493        filterable="true"
    477494        exportable="true"
     495        formatter="<%=columnFormatter%>"
    478496      />
    479497      <tbl:columndef
    … …  
    612630                  title="<%=tooltip%>"><%=HTML.encodeTags(item.getExternalId())%></div></tbl:cell>
    613631                <tbl:cell column="block"><%=block.getBlockNumber()%></tbl:cell>
    614                 <tbl:cell column="row" value="<%=item.getRow()%>"/>
    615                 <tbl:cell column="column" value="<%=item.getColumn()%>"/>
     632                <tbl:cell column="row"><%=item.getRow()%></tbl:cell>
     633                <tbl:cell column="column"><%=item.getColumn()%></tbl:cell>
    616634                <tbl:cell column="metaGridX"><%=block.getMetaGridX()%></tbl:cell>
    617635                <tbl:cell column="metaGridY"><%=block.getMetaGridY()%></tbl:cell>
    … …  
    707725                {
    708726                  %>
    709                   <tbl:cell column="well.row"><%=well.getRow()%></tbl:cell>
    710                   <tbl:cell column="well.column"><%=well.getColumn()%></tbl:cell>
     727                  <tbl:cell column="well.row"><tbl:cellvalue value="<%=well.getRow()%>"/></tbl:cell>
     728                  <tbl:cell column="well.column"><tbl:cellvalue value="<%=well.getColumn()%>"/></tbl:cell>
    711729                  <tbl:cell column="well.plate"><%=Base.getLinkedName(ID, well.getPlate(), false, true)%></tbl:cell>
    712730                  <%

  • trunk/www/lims/arraydesigns/features/view_feature.jsp

    r4860 r4866  
    137137      <tr>
    138138        <td class="prompt">Row</td>
    139         <td><%=rowFormatter.format(feature.getRow())%></td>
     139        <td><%=feature.getRow()%></td>
    140140        <td>&nbsp;&nbsp;</td>
    141141        <td class="prompt">Block size X</td>
    … …  
    147147      <tr>
    148148        <td class="prompt">Column</td>
    149         <td><%=columnFormatter.format(feature.getColumn())%></td>
     149        <td><%=feature.getColumn()%></td>
    150150        <td>&nbsp;&nbsp;</td>
    151151        <td class="prompt">Origin X</td>
    … …  
    199199        Plate plate = well.getPlate();
    200200        %>
     201        <table  class="form" cellspacing=0>
    201202        <tr>
    202203          <td class="prompt">Plate</td>
    … …  
    205206        <tr>
    206207          <td class="prompt">Row</td>
    207           <td><%=well.getRow()%></td>
     208          <td><%=rowFormatter.format(well.getRow())%></td>
    208209        </tr>
    209210        <tr>
    210211          <td class="prompt">Column</td>
    211           <td><%=well.getColumn()%></td>
     212          <td><%=columnFormatter.format(well.getColumn())%></td>
    212213        </tr>
     214        </table>
    213215        <%
    214216      }

  • trunk/www/lims/plates/wells/index.jsp

    r4511 r4866  
    3535  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
    3636  import="net.sf.basedb.core.data.ReporterData"
     37  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
     38  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
    3739  import="net.sf.basedb.util.RemovableUtil"
    3840  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
    … …  
    4042  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
    4143  import="net.sf.basedb.util.Values"
     44  import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
    4245  import="java.util.List"
    4346  import="java.util.Collections"
    … …  
    4851  private static final ItemContext defaultContext = Base.createDefaultContext("row", "row,column,reporter.name,reporter.externalId");
    4952  private static final Item itemType = Item.WELL;
     53 
     54  private static void registerExportFormatters(ItemContext cc)
     55  {
     56    cc.setObject("export.formatter.row", new WellCoordinateFormatter(true));
     57    cc.setObject("export.formatter.column", new WellCoordinateFormatter(false));
     58  }
    5059%>
    5160<%
    … …  
    129138    final ItemQuery<Well> query = plate.getWells();
    130139    cc.configureQuery(query, true);
    131     cc.setQuery(query);
    132     redirect = "../../common/export/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=LIST&title=Export+wells";
     140    if (!"row".equals(cc.getSortProperty()))
     141    {
     142      query.order(Orders.asc(Hql.property("row")));
     143    }
     144    if (!"column".equals(cc.getSortProperty()))
     145    {
     146      query.order(Orders.asc(Hql.property("column")));
     147    }
     148    registerExportFormatters(cc);
     149   
     150    cc.setQuery(query);
     151    redirect = "../../../common/export/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=LIST&title=Export+wells";
    133152  }
    134153  else if ("ExportItem".equals(cmd))
    … …  
    136155    // Run an export plugin in single-item context
    137156    ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
     157    registerExportFormatters(cc);
    138158    redirect = "../../common/export/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=ITEM&title=Export+well";
    139159  }

  • trunk/www/lims/plates/wells/list_wells.jsp

    r4860 r4866  
    6060  import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
    6161  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
     62  import="java.util.ArrayList"
    6263  import="java.util.List"
    6364  import="java.util.Map"
    … …  
    99100  Formatter<Date> dateTimeFormatter = FormatterFactory.getDateTimeFormatter(sc);
    100101  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
     102 
     103  Enumeration<String,String> rows = new Enumeration<String, String>();
     104  WellCoordinateFormatter rowFormatter = new WellCoordinateFormatter(true);
     105  for (int i=0; i<plate.getPlateType().getPlateGeometry().getRows(); i++)
     106  {
     107    rows.add(Integer.toString(i), rowFormatter.format(i));
     108  }
    101109 
    102110  try
    … …  
    226234        filterable="true"
    227235        exportable="true"
     236        enumeration="<%=rows%>"
    228237        show="always"
    229238        formatter="<%=new WellCoordinateFormatter(true)%>" 
    … …  
    521530                  onclick="itemOnClick(<%=writePermission ? "event" : null%>, <%=itemId%>)"
    522531                  title="<%=tooltip%>"><tbl:cellvalue value="<%=item.getRow()%>" /></div></tbl:cell>
    523                 <tbl:cell column="column" value="<%=item.getColumn()%>" />
     532                <tbl:cell column="column"><tbl:cellvalue value="<%=item.getColumn()%>"/></tbl:cell>
    524533                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
    525534                <tbl:cell column="parent">

  • trunk/www/views/rawbioassays/rawdata/index.jsp

    r4511 r4866  
    4242  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
    4343  import="net.sf.basedb.util.Values"
     44  import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
    4445  import="java.util.List"
    4546%>
    … …  
    4950  private static final ItemContext defaultContext = Base.createDefaultContext("position", "position,block,row,column,reporter.name,reporter.externalId");
    5051  private static final Item itemType = Item.RAWDATA;
     52 
     53  private static void registerExportFormatters(ItemContext cc)
     54  {
     55    cc.setObject("export.formatter.feature.well.row", new WellCoordinateFormatter(true));
     56    cc.setObject("export.formatter.feature.well.column", new WellCoordinateFormatter(false));
     57  }
    5158%>
    5259<%
    … …  
    104111    final DataQuery<RawData> query = rba.getRawData();
    105112    cc.configureQuery(query, true);
     113    registerExportFormatters(cc);
    106114    cc.setQuery(query);
    107115    redirect = "../../../common/export/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&subcontext="+rawDataType.getId()+"&context_type=LIST&title=Export+raw+data";

  • trunk/www/views/rawbioassays/rawdata/list_rawdata.jsp

    r4860 r4866  
    4040  import="net.sf.basedb.core.DataQuery"
    4141  import="net.sf.basedb.core.DataResultIterator"
     42  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
    4243  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
    4344  import="net.sf.basedb.core.Permission"
     45  import="net.sf.basedb.core.PlateGeometry"
    4446  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
    4547  import="net.sf.basedb.core.ExtendedProperty"
    … …  
    106108  typeQuery.setCacheResult(true);
    107109  List<ExtendedProperty> reporterProperties = ExtendedProperties.getProperties("ReporterData");
     110 
     111  WellCoordinateFormatter rowFormatter = new WellCoordinateFormatter(true);
     112  WellCoordinateFormatter columnFormatter = new WellCoordinateFormatter(false);
     113 
     114  Enumeration<String, String> plateRows = new Enumeration<String, String>();
     115  final ItemQuery<PlateGeometry> geometryQuery = PlateGeometry.getQuery();
     116  geometryQuery.order(Orders.desc(Hql.property("rows")));
     117  ItemResultIterator<PlateGeometry> result = geometryQuery.iterate(dc);
     118  int maxRows = result.next().getRows();
     119  for (int row = 0; row < maxRows; row++)
     120  {
     121    plateRows.add(Integer.toString(row), rowFormatter.format(row));
     122  }
    108123 
    109124  try
    … …  
    272287        sortable="true"
    273288        filterable="true"
    274         exportable="true"
    275         formatter="<%=new WellCoordinateFormatter(true)%>"
     289        exportable="true"       
    276290      />
    277291      <tbl:columndef
    … …  
    283297        filterable="true"
    284298        exportable="true"
    285         formatter="<%=new WellCoordinateFormatter(false)%>"
    286299      />
    287300      <tbl:columndef
    … …  
    547560        title="[Well] Row"
    548561        sortable="true"
    549         filterable="true"
    550         exportable="true"
     562        filterable="true"
     563        enumeration="<%=plateRows%>"
     564        exportable="true"
     565        formatter="<%=rowFormatter%>"
    551566      />
    552567      <tbl:columndef
    … …  
    558573        filterable="true"
    559574        exportable="true"
     575        formatter="<%=columnFormatter%>"
    560576      />
    561577      <tbl:columndef
    … …  
    692708                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
    693709                <tbl:cell column="block"><%=item.getBlock()%></tbl:cell>
    694                 <tbl:cell column="row" value="<%=item.getRow()%>"/>
    695                 <tbl:cell column="column" value="<%=item.getColumn()%>"/>
     710                <tbl:cell column="row"><tbl:cellvalue value="<%=item.getRow()%>"/></tbl:cell>
     711                <tbl:cell column="column"><tbl:cellvalue value="<%=item.getColumn()%>"/></tbl:cell>
    696712                <tbl:cell column="metaGridX"><%=item.getMetaGridX()%></tbl:cell>
    697713                <tbl:cell column="metaGridY"><%=item.getMetaGridY()%></tbl:cell>
    … …  
    839855                  {
    840856                    %>
    841                     <tbl:cell column="well.row"><%=well.getRow()%></tbl:cell>
    842                     <tbl:cell column="well.column"><%=well.getColumn()%></tbl:cell>
     857                    <tbl:cell column="well.row"><tbl:cellvalue value="<%=well.getRow()%>"/></tbl:cell>
     858                    <tbl:cell column="well.column"><tbl:cellvalue value="<%=well.getColumn()%>"/></tbl:cell>
    843859                    <tbl:cell column="well.plate"><%=well.getPlate().getName()%></tbl:cell>
    844860                    <%

  • trunk/www/views/rawbioassays/rawdata/view_rawdata.jsp

    r4860 r4866  
    121121        <tr>
    122122          <td class="prompt">Row</td>
    123           <td><%=rowFormatter.format(rawData.getRow())%></td>
     123          <td><%=rawData.getRow()%></td>
    124124        </tr>
    125125        <tr>
    126126          <td class="prompt">Column</td>
    127           <td><%=columnFormatter.format(rawData.getColumn())%></td>
     127          <td><%=rawData.getColumn()%></td>
    128128        </tr>
    129129        <tr>
    … …  
    394394        <tr>
    395395          <td class="prompt">Row</td>
    396           <td><%=well.getRow()%></td>
     396          <td><%=rowFormatter.format(well.getRow())%></td>
    397397        </tr>
    398398        <tr>
    399399          <td class="prompt">Column</td>
    400           <td><%=well.getColumn()%></td>
     400          <td><%=columnFormatter.format(well.getColumn())%></td>
    401401        </tr>
    402402        </table>
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.