Changeset 4869


Ignore:
Timestamp:
Mar 31, 2009, 2:21:37 PM (13 years ago)
Author:
Martin Svensson
Message:

Fixes #1281 Change display-format of Biowell coordinates.

Location:
trunk/www/biomaterials
Files:
14 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/www/biomaterials/bioplates/wells/edit_biowell.jsp

    r4731 r4869  
    3939  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
    4040  import="net.sf.basedb.util.Values"
     41  import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
    4142  import="java.util.List"
    4243%>
     
    5758  BioPlate bioPlate = bioWell.getPlate();
    5859 
     60  WellCoordinateFormatter rowFormatter = new WellCoordinateFormatter(true);
     61  WellCoordinateFormatter columnFormatter = new WellCoordinateFormatter(false);
    5962 
    6063  title = "Edit biowell -- [" + bioWell.getRow() + ", " + bioWell.getColumn() + "] on bioplate " + HTML.encodeTags(bioPlate.getName());
     
    174177      <tr>
    175178        <td class="prompt">Coordinate</td>
    176         <td>[<%=bioWell.getRow()%>,<%=bioWell.getColumn()%>]</td>
     179        <td>[<%=rowFormatter.format(bioWell.getRow())%>,<%=columnFormatter.format(bioWell.getColumn())%>]</td>
    177180      </tr>
    178181      <tr>
  • trunk/www/biomaterials/bioplates/wells/list_biowells.jsp

    r4864 r4869  
    8282Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
    8383
     84WellCoordinateFormatter rowFormatter = new WellCoordinateFormatter(true);
     85WellCoordinateFormatter columnFormatter = new WellCoordinateFormatter(false);
     86
    8487try
    8588{
     
    8891  final boolean deletePermission = createPermission;
    8992
     93  Enumeration<String, String> rows = new Enumeration<String,String>();
     94  for (int r = 0; r < bioplate.getPlateGeometry().getRows(); r++)
     95  {
     96    rows.add(Integer.toString(r), rowFormatter.format(r));
     97  }
     98 
    9099  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
    91100 
     
    209218        sortable="true"
    210219        filterable="true"
     220        enumeration="<%=rows%>"
    211221        exportable="true"
    212222        show="always"
    213         formatter="<%=new WellCoordinateFormatter(true)%>"
     223        formatter="<%=rowFormatter%>"
    214224      />
    215225      <tbl:columndef
     
    222232        exportable="true"
    223233        show="always"
    224         formatter="<%=new WellCoordinateFormatter(false)%>"
     234        formatter="<%=columnFormatter%>"
    225235      />
    226236      <tbl:columndef
     
    368378                    name="<%=itemId%>"
    369379                    value="<%=itemId%>"
    370                     title="[<%=item.getRow()%>,<%=item.getColumn()%>]"
     380                    title="[<%=rowFormatter.format(item.getRow())%>,<%=columnFormatter.format(item.getColumn())%>]"
    371381                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%>
    372382                  ></tbl:header>
     
    378388                    name="item_id"
    379389                    value="<%=itemId%>"
    380                     title="[<%=item.getRow()%>,<%=item.getColumn()%>]"
     390                    title="[<%=rowFormatter.format(item.getRow())%>,<%=columnFormatter.format(item.getColumn())%>]"
    381391                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
    382392                  ></tbl:header>
  • trunk/www/biomaterials/extracts/edit_extract.jsp

    r4730 r4869  
    5151  import="net.sf.basedb.util.Values"
    5252  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
     53  import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
    5354  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
    54   import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterSettings"
     55  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterSettings" 
    5556  import="java.util.List"
    5657  import="java.util.Set"
     
    7576  Date eventDate = null;
    7677  boolean isPooled = false;
     78 
     79  WellCoordinateFormatter rowFormatter = new WellCoordinateFormatter(true);
     80  WellCoordinateFormatter columnFormatter = new WellCoordinateFormatter(false);
    7781
    7882  boolean readCurrentProtocol = true;
     
    361365        Forms.addListOption(list, 1, new Option());
    362366        list[1].value = '<%=currentBioWell.getId()*(extract == null ? 1 : -1)%>';
    363         list[1].text = '[<%=currentBioWell.getRow()%>,<%=currentBioWell.getColumn()%>]';
     367        list[1].text = '[<%=rowFormatter.format(currentBioWell.getRow())%>,<%=columnFormatter.format(currentBioWell.getColumn())%>]';
    364368        list.selectedIndex = 1;
    365369      <%
  • trunk/www/biomaterials/extracts/index.jsp

    r4730 r4869  
    5050  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
    5151  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
     52  import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
    5253  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
    5354  import="java.util.Enumeration"
     
    6364  private static final ItemContext defaultContext = Base.createDefaultContext("name", "name,originalQuantity,remainingQuantity,labeledextracts,description");
    6465  private static final Item itemType = Item.EXTRACT;
     66 
     67  private static void registerExportFormatters(ItemContext cc)
     68  {
     69    cc.setObject("export.formatter.bioWell.row", new WellCoordinateFormatter(true));
     70    cc.setObject("export.formatter.bioWell.column", new WellCoordinateFormatter(false));
     71  }
    6572%>
    6673<%
     
    321328    final ItemQuery<Extract> query = Extract.getQuery();
    322329    cc.configureQuery(query, true);
     330    registerExportFormatters(cc);
    323331    cc.setQuery(query);
    324332    redirect = "../../common/export/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=LIST&title=Export+extracts";
     
    328336    // Run an export plugin in single-item context
    329337    ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
     338    registerExportFormatters(cc);
    330339    redirect = "../../common/export/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=ITEM&title=Export+extract";
    331340  }
  • trunk/www/biomaterials/extracts/list_extracts.jsp

    r4734 r4869  
    4747  import="net.sf.basedb.core.Permission"
    4848  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
     49  import="net.sf.basedb.core.PlateGeometry"
    4950  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
    5051  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
     
    6364  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
    6465  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
     66  import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
    6567  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
    6668  import="net.sf.basedb.util.Values"
     
    112114  int numListed = 0;
    113115  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
     116  WellCoordinateFormatter rowFormatter = new WellCoordinateFormatter(true);
     117  WellCoordinateFormatter columnFormatter = new WellCoordinateFormatter(false);
     118 
     119  Enumeration<String, String> wellRows = new Enumeration<String, String>();
     120  ItemQuery<PlateGeometry> geometryQuery = PlateGeometry.getQuery(); 
     121  geometryQuery.order(Orders.desc(Hql.property("rows")));
     122  ItemResultIterator<PlateGeometry> result = geometryQuery.iterate(dc);
     123  int maxRows = result.next().getRows();
     124  for (int r = 0; r < maxRows; r++)
     125  {
     126    wellRows.add(Integer.toString(r), rowFormatter.format(r));
     127  }
     128 
    114129  %>
    115130  <base:page title="<%=title==null ? "Extracts" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>">
     
    360375        title="Biowell row" 
    361376        filterable="true"
     377        enumeration="<%=wellRows%>"
    362378        exportable="true"
    363379        sortable="true"
     380        formatter="<%=rowFormatter%>"
    364381      />
    365382      <tbl:columndef
     
    372389        exportable="true"
    373390        sortable="true"
     391        formatter="<%=columnFormatter%>"
    374392      />   
    375393      <tbl:columndef
     
    702720                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createLabeledExtractPermission && usePermission%>"
    703721                  /></tbl:cell>
    704                 <tbl:cell column="bioPlate">
    705                   <base:propertyvalue
    706                     item="<%=item%>"
    707                     property="bioWell.bioPlate"
    708                     enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>"
    709                     enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
    710                   />
    711                 </tbl:cell>
    712                 <tbl:cell column="bioWellRow">
    713                   <base:propertyvalue
    714                     item="<%=item%>"
    715                     property="bioWell.row"
    716                     enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>"
    717                     enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
    718                   />
    719                 </tbl:cell>
    720                 <tbl:cell column="bioWellColumn">
    721                   <base:propertyvalue
    722                     item="<%=item%>"
    723                     property="bioWell.column"
    724                     enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>"
    725                     enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
    726                   />
    727                 </tbl:cell>
     722               
     723                <%               
     724                BioWell well = null;
     725                boolean readBioWell = true;
     726                try
     727                {
     728                  well = item.getBioWell();
     729                }
     730                catch(PermissionDeniedException e)
     731                {
     732                  readBioWell = false;
     733                }
     734                if (!readBioWell)
     735                {
     736                  %>
     737                  <tbl:cell column="bioWellRow"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
     738                  <tbl:cell column="bioWellColumn"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
     739                  <tbl:cell column="bioPlate"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
     740                  <%
     741                }
     742                else if (well == null)
     743                {
     744                  %>
     745                  <tbl:cell column="bioWellRow"><i>- none -</i> </tbl:cell>
     746                  <tbl:cell column="bioWellColumn"><i>- none -</i> </tbl:cell>
     747                  <tbl:cell column="bioPlate"><i>- none -</i> </tbl:cell>
     748                  <%
     749                 
     750                }
     751                else
     752                {               
     753                  %>
     754                  <tbl:cell column="bioWellRow">
     755                    <tbl:cellvalue value="<%=well.getRow()%>"/>
     756                  </tbl:cell>
     757                  <tbl:cell column="bioWellColumn">
     758                    <tbl:cellvalue value="<%=well.getColumn()%>"/>
     759                  </tbl:cell>
     760                  <tbl:cell column="bioPlate"><%=Base.getLinkedName(ID, well.getPlate(), false, true)%></tbl:cell>
     761                  <%
     762                }
     763                %>
    728764                <tbl:cell column="owner"
    729765                  ><base:propertyvalue
  • trunk/www/biomaterials/extracts/view_extract.jsp

    r4746 r4869  
    6060  import="net.sf.basedb.util.Values"
    6161  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
     62  import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
    6263  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
    6364  import="java.util.ArrayList"
     
    8889  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
    8990  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
     91 
     92  WellCoordinateFormatter rowFormatter = new WellCoordinateFormatter(true);
     93  WellCoordinateFormatter columnFormatter = new WellCoordinateFormatter(false);
    9094
    9195  String title = null;
     
    338342              BioWell bw = extract.getBioWell();
    339343              %>
    340               [<%=bw.getRow()%>,<%=bw.getColumn()%>]
     344              [<%=rowFormatter.format(bw.getRow())%>,<%=columnFormatter.format(bw.getColumn())%>]
    341345            <%
    342346            }
  • trunk/www/biomaterials/labeledextracts/edit_labeledextract.jsp

    r4730 r4869  
    5151  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
    5252  import="net.sf.basedb.util.Values"
     53  import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
    5354  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
    5455  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
     
    9899  List<Label> recentLabels = (List<Label>)cc.getRecent(dc, Item.LABEL);
    99100  List<BioPlate> recentBioPlates = (List<BioPlate>)cc.getRecent(dc, Item.BIOPLATE);
     101 
     102  WellCoordinateFormatter rowFormatter = new WellCoordinateFormatter(true);
     103  WellCoordinateFormatter columnFormatter = new WellCoordinateFormatter(false);
    100104
    101105  int activeProjectId = sc.getActiveProjectId();
     
    393397        Forms.addListOption(list, 1, new Option());
    394398        list[1].value = '<%=currentBioWell.getId()*(extract == null ? 1 : -1)%>';
    395         list[1].text = '[<%=currentBioWell.getRow()%>,<%=currentBioWell.getColumn()%>]';
     399        list[1].text = '[<%=rowFormatter.format(currentBioWell.getRow())%>,<%=columnFormatter.format(currentBioWell.getColumn())%>]';
    396400        list.selectedIndex = 1;
    397401      <%
  • trunk/www/biomaterials/labeledextracts/index.jsp

    r4730 r4869  
    5151  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
    5252  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
     53  import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
    5354  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
    5455  import="java.util.Enumeration"
     
    6465  private static final ItemContext defaultContext = Base.createDefaultContext("name", "name,label,originalQuantity,remainingQuantity,hybridizations,description");
    6566  private static final Item itemType = Item.LABELEDEXTRACT;
     67 
     68  private static void registerExportFormatters(ItemContext cc)
     69  {
     70    cc.setObject("export.formatter.bioWell.row", new WellCoordinateFormatter(true));
     71    cc.setObject("export.formatter.bioWell.column", new WellCoordinateFormatter(false));
     72  }
    6673%>
    6774<%
     
    335342    final ItemQuery<LabeledExtract> query = LabeledExtract.getQuery();
    336343    cc.configureQuery(query, true);
     344    registerExportFormatters(cc);
    337345    cc.setQuery(query);
    338346    redirect = "../../common/export/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=LIST&title=Export+labeled+extracts";
     
    342350    // Run an export plugin in single-item context
    343351    ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
     352    registerExportFormatters(cc);
    344353    redirect = "../../common/export/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=ITEM&title=Export+labeled+extract";
    345354  }
  • trunk/www/biomaterials/labeledextracts/list_labeledextracts.jsp

    r4734 r4869  
    4747  import="net.sf.basedb.core.Permission"
    4848  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
     49  import="net.sf.basedb.core.PlateGeometry"
    4950  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
    5051  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
     
    6364  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
    6465  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
     66  import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
    6567  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
    6668  import="net.sf.basedb.util.Values"
     
    108110  int numListed = 0;
    109111  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
     112 
     113  WellCoordinateFormatter rowFormatter = new WellCoordinateFormatter(true);
     114  WellCoordinateFormatter columnFormatter = new WellCoordinateFormatter(false);
     115 
     116  Enumeration<String, String> wellRows = new Enumeration<String, String>();
     117  ItemQuery<PlateGeometry> geometryQuery = PlateGeometry.getQuery(); 
     118  geometryQuery.order(Orders.desc(Hql.property("rows")));
     119  ItemResultIterator<PlateGeometry> result = geometryQuery.iterate(dc);
     120  int maxRows = result.next().getRows();
     121  for (int r = 0; r < maxRows; r++)
     122  {
     123    wellRows.add(Integer.toString(r), rowFormatter.format(r));
     124  }
    110125  %>
    111126  <base:page title="<%=title==null ? "Labeled extract" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>">
     
    368383        title="Biowell row" 
    369384        filterable="true"
     385        enumeration="<%=wellRows%>"
    370386        exportable="true"
    371387        sortable="true"
     388        formatter="<%=rowFormatter%>"
    372389      />
    373390      <tbl:columndef
     
    380397        exportable="true"
    381398        sortable="true"
     399        formatter="<%=columnFormatter%>"
    382400      />
    383401      <tbl:columndef
     
    714732                  %>
    715733                  </tbl:cell>
    716                 <tbl:cell column="bioPlate">
    717                   <base:propertyvalue
    718                     item="<%=item%>"
    719                     property="bioWell.bioPlate"
    720                     enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>"
    721                     enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
    722                   />
    723                 </tbl:cell>
    724                 <tbl:cell column="bioWellRow">
    725                   <base:propertyvalue
    726                     item="<%=item%>"
    727                     property="bioWell.row"
    728                     enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>"
    729                     enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
    730                   />
    731                 </tbl:cell>
    732                 <tbl:cell column="bioWellColumn">
    733                   <base:propertyvalue
    734                     item="<%=item%>"
    735                     property="bioWell.column"
    736                     enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>"
    737                     enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
    738                   />
    739                 </tbl:cell>
     734                <%               
     735                BioWell well = null;
     736                boolean readBioWell = true;
     737                try
     738                {
     739                  well = item.getBioWell();
     740                }
     741                catch(PermissionDeniedException e)
     742                {
     743                  readBioWell = false;
     744                }
     745                if (!readBioWell)
     746                {
     747                  %>
     748                  <tbl:cell column="bioWellRow"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
     749                  <tbl:cell column="bioWellColumn"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
     750                  <tbl:cell column="bioPlate"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
     751                  <%
     752                }
     753                else if (well == null)
     754                {
     755                  %>
     756                  <tbl:cell column="bioWellRow"><i>- none -</i> </tbl:cell>
     757                  <tbl:cell column="bioWellColumn"><i>- none -</i> </tbl:cell>
     758                  <tbl:cell column="bioPlate"><i>- none -</i> </tbl:cell>
     759                  <%
     760                 
     761                }
     762                else
     763                {               
     764                  %>
     765                  <tbl:cell column="bioWellRow">
     766                    <tbl:cellvalue value="<%=well.getRow()%>"/>
     767                  </tbl:cell>
     768                  <tbl:cell column="bioWellColumn">
     769                    <tbl:cellvalue value="<%=well.getColumn()%>"/>
     770                  </tbl:cell>
     771                  <tbl:cell column="bioPlate"><%=Base.getLinkedName(ID, well.getPlate(), false, true)%></tbl:cell>
     772                  <%
     773                }
     774                %>
    740775                <tbl:cell column="owner"
    741776                  ><base:propertyvalue
  • trunk/www/biomaterials/labeledextracts/view_labeledextract.jsp

    r4746 r4869  
    5959  import="net.sf.basedb.util.Values"
    6060  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
     61  import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
    6162  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
    6263  import="java.util.ArrayList"
     
    8788  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
    8889  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
     90 
     91  WellCoordinateFormatter rowFormatter = new WellCoordinateFormatter(true);
     92  WellCoordinateFormatter columnFormatter = new WellCoordinateFormatter(false);
    8993
    9094  String title = null;
     
    341345              BioWell bw = extract.getBioWell();
    342346              %>
    343               [<%=bw.getRow()%>,<%=bw.getColumn()%>]
     347              [<%=rowFormatter.format(bw.getRow())%>,<%=columnFormatter.format(bw.getColumn())%>]
    344348            <%
    345349            }
  • trunk/www/biomaterials/samples/edit_sample.jsp

    r4730 r4869  
    5050  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
    5151  import="net.sf.basedb.util.Values"
     52  import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
    5253  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
    5354  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
     
    9394  List<BioPlate> recentBioPlates = (List<BioPlate>)cc.getRecent(dc, Item.BIOPLATE);
    9495 
     96  WellCoordinateFormatter rowFormatter = new WellCoordinateFormatter(true);
     97  WellCoordinateFormatter columnFormatter = new WellCoordinateFormatter(false);
     98 
    9599  int activeProjectId = sc.getActiveProjectId();
    96100  if (activeProjectId > 0)
     
    363367        Forms.addListOption(list, 1, new Option());
    364368        list[1].value = '<%=currentBioWell.getId()*(sample == null ? 1 : -1)%>';
    365         list[1].text = '[<%=currentBioWell.getRow()%>,<%=currentBioWell.getColumn()%>]';
     369        list[1].text = '[<%=rowFormatter.format(currentBioWell.getRow())%>,<%=columnFormatter.format(currentBioWell.getColumn())%>]';
    366370        list.selectedIndex = 1;
    367371      <%
  • trunk/www/biomaterials/samples/index.jsp

    r4730 r4869  
    5050  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
    5151  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
     52  import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
    5253  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
    5354  import="java.util.Enumeration"
     
    6364  private static final ItemContext defaultContext = Base.createDefaultContext("name", "name,originalQuantity,remainingQuantity,extracts,description");
    6465  private static final Item itemType = Item.SAMPLE;
     66 
     67  private static void registerExportFormatters(ItemContext cc)
     68  {
     69    cc.setObject("export.formatter.bioWell.row", new WellCoordinateFormatter(true));
     70    cc.setObject("export.formatter.bioWell.column", new WellCoordinateFormatter(false));
     71  }
    6572%>
    6673<%
     
    321328    final ItemQuery<Sample> query = Sample.getQuery();
    322329    cc.configureQuery(query, true);
     330    registerExportFormatters(cc);
    323331    cc.setQuery(query);
    324332    redirect = "../../common/export/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=LIST&title=Export+samples";
     
    328336    // Run an export plugin in single-item context
    329337    ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
     338    registerExportFormatters(cc);
    330339    redirect = "../../common/export/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=ITEM&title=Export+sample";
    331340  }
  • trunk/www/biomaterials/samples/list_samples.jsp

    r4734 r4869  
    4444  import="net.sf.basedb.core.Permission"
    4545  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
     46  import="net.sf.basedb.core.PlateGeometry"
    4647  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
    4748  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
     
    6465  import="net.sf.basedb.util.Values"
    6566  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
     67  import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
    6668  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
    6769  import="java.util.Iterator"
     
    112114  int numListed = 0;
    113115  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
     116  WellCoordinateFormatter rowFormatter = new WellCoordinateFormatter(true);
     117  WellCoordinateFormatter columnFormatter = new WellCoordinateFormatter(false);
     118 
     119  Enumeration<String, String> wellRows = new Enumeration<String, String>();
     120  ItemQuery<PlateGeometry> geometryQuery = PlateGeometry.getQuery(); 
     121  geometryQuery.order(Orders.desc(Hql.property("rows")));
     122  ItemResultIterator<PlateGeometry> result = geometryQuery.iterate(dc);
     123  int maxRows = result.next().getRows();
     124  for (int r = 0; r < maxRows; r++)
     125  {
     126    wellRows.add(Integer.toString(r), rowFormatter.format(r));
     127  }
    114128  %>
    115129  <base:page title="<%=title==null ? "Samples" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>">
     
    369383        title="Biowell row" 
    370384        filterable="true"
     385        enumeration="<%=wellRows%>"
    371386        exportable="true"
    372387        sortable="true"
     388        formatter="<%=rowFormatter%>"
    373389      />
    374390      <tbl:columndef
     
    381397        exportable="true"
    382398        sortable="true"
     399        formatter="<%=columnFormatter%>"
    383400      />     
    384401      <tbl:columndef
     
    639656                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
    640657                  /></tbl:cell>
    641                 <tbl:cell column="bioPlate">
    642                   <base:propertyvalue
    643                     item="<%=item%>"
    644                     property="bioWell.bioPlate"
    645                     enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>"
    646                     enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
    647                   />
    648                 </tbl:cell>
    649                 <tbl:cell column="bioWellRow">
    650                   <base:propertyvalue
    651                     item="<%=item%>"
    652                     property="bioWell.row"
    653                     enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>"
    654                     enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
    655                   />
    656                 </tbl:cell>
    657                 <tbl:cell column="bioWellColumn">
    658                   <base:propertyvalue
    659                     item="<%=item%>"
    660                     property="bioWell.column"
    661                     enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>"
    662                     enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
    663                   />
    664                 </tbl:cell>
     658                <%               
     659                BioWell well = null;
     660                boolean readBioWell = true;
     661                try
     662                {
     663                  well = item.getBioWell();
     664                }
     665                catch(PermissionDeniedException e)
     666                {
     667                  readBioWell = false;
     668                }
     669                if (!readBioWell)
     670                {
     671                  %>
     672                  <tbl:cell column="bioWellRow"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
     673                  <tbl:cell column="bioWellColumn"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
     674                  <tbl:cell column="bioPlate"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
     675                  <%
     676                }
     677                else if (well == null)
     678                {
     679                  %>
     680                  <tbl:cell column="bioWellRow"><i>- none -</i> </tbl:cell>
     681                  <tbl:cell column="bioWellColumn"><i>- none -</i> </tbl:cell>
     682                  <tbl:cell column="bioPlate"><i>- none -</i> </tbl:cell>
     683                  <%
     684                 
     685                }
     686                else
     687                {               
     688                  %>
     689                  <tbl:cell column="bioWellRow">
     690                    <tbl:cellvalue value="<%=well.getRow()%>"/>
     691                  </tbl:cell>
     692                  <tbl:cell column="bioWellColumn">
     693                    <tbl:cellvalue value="<%=well.getColumn()%>"/>
     694                  </tbl:cell>
     695                  <tbl:cell column="bioPlate"><%=Base.getLinkedName(ID, well.getPlate(), false, true)%></tbl:cell>
     696                  <%
     697                }
     698                %>
    665699                <tbl:cell column="eventDate" value="<%=creationEvent.getEventDate()%>" />
    666700                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=creationEvent.getEntryDate()%>" />
  • trunk/www/biomaterials/samples/view_sample.jsp

    r4746 r4869  
    5757  import="net.sf.basedb.util.Values"
    5858  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
     59  import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
    5960  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
    6061  import="java.util.ArrayList"
     
    8687  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
    8788
     89  WellCoordinateFormatter rowFormatter = new WellCoordinateFormatter(true);
     90  WellCoordinateFormatter columnFormatter = new WellCoordinateFormatter(false);
     91 
    8892  String title = null;
    8993  Sample sample = Sample.getById(dc, itemId);
     
    323327              BioWell bw = sample.getBioWell();
    324328              %>
    325               [<%=bw.getRow()%>,<%=bw.getColumn()%>]
     329              [<%=rowFormatter.format(bw.getRow())%>,<%=columnFormatter.format(bw.getColumn())%>]
    326330            <%
    327331            }
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.