Changeset 5045


Ignore:
Timestamp:
Aug 12, 2009, 9:42:51 AM (13 years ago)
Author:
Martin Svensson
Message:

Fixes #360 Make subsections on view pages hideable.

Location:
trunk/www
Files:
8 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/www/filemanager/files/view_file.jsp

    r4889 r5045  
    3131  import="net.sf.basedb.core.Item"
    3232  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
    33   import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
     33  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
    3434  import="net.sf.basedb.core.Permission"
    3535  import="net.sf.basedb.core.File"
    … …  
    426426      // Tables with users/groups/projects that this item is shared to
    427427      MultiPermissions mp = new MultiPermissions(Collections.singleton(file));
    428       ItemResultIterator<User> users = mp.getUsers().iterate(dc);
    429       ItemResultIterator<Group> groups = mp.getGroups().iterate(dc);
    430       ItemResultIterator<Project> projects = mp.getProjects().iterate(dc);
     428      ItemResultList<User> users = mp.getUsers().list(dc);
     429      ItemResultList<Group> groups = mp.getGroups().list(dc);
     430      ItemResultList<Project> projects = mp.getProjects().list(dc);
     431      int totalShare = users.size() + groups.size() + projects.size();
    431432     
    432       if (users.hasNext() || groups.hasNext() || projects.hasNext())
     433      if (totalShare > 0)
    433434      {
    434435        %>
    435         <h4 class="docked">Shared to</h4>
    436         <tbl:table
    437           id="itemsSharedTo"
    438           clazz="itemlist"
    439           columns="all"
    440         >
    441           <tbl:columndef
    442             id="itemType"
    443             title="Item type"
    444           />
    445           <tbl:columndef
    446             id="name"
    447             title="Name"
    448           />
    449           <tbl:columndef
    450             id="permissions"
    451             title="Permissions"
    452           />
    453           <tbl:data>
    454             <tbl:columns>
    455             </tbl:columns>
    456             <tbl:rows>
    457             <%
    458             while(projects.hasNext())
    459             {
    460               Project project = projects.next();
    461               Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(project).values().iterator().next();
    462               %>     
    463               <tbl:row>
    464                 <tbl:cell column="itemType"><%=project.getType()%></tbl:cell>
    465                 <tbl:cell column="name"><base:icon
    466                   image="deleted.gif"
    467                   tooltip="This item has been scheduled for deletion"
    468                   visible="<%=project.isRemoved()%>"
    469                 /><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
    470                 <tbl:cell column="permissions">
    471                   <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
    472                 </tbl:cell>
    473               </tbl:row>
     436        <base:section
     437          id="sharedTo"
     438          title="<%="Shared to (" + totalShare + ")"%>"
     439          context="<%=cc%>"
     440          >
     441          <tbl:table
     442            id="itemsSharedTo"
     443            clazz="itemlist"
     444            columns="all"
     445          >
     446            <tbl:columndef
     447              id="itemType"
     448              title="Item type"
     449            />
     450            <tbl:columndef
     451              id="name"
     452              title="Name"
     453            />
     454            <tbl:columndef
     455              id="permissions"
     456              title="Permissions"
     457            />
     458            <tbl:data>
     459              <tbl:columns>
     460              </tbl:columns>
     461              <tbl:rows>
    474462              <%
    475             }
    476             while(groups.hasNext())
    477             {
    478               Group group = groups.next();
    479               Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(group).values().iterator().next();
     463              for (Project project : projects)               
     464              {
     465                Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(project).values().iterator().next();
     466                %>     
     467                <tbl:row>
     468                  <tbl:cell column="itemType"><%=project.getType()%></tbl:cell>
     469                  <tbl:cell column="name"><base:icon
     470                    image="deleted.gif"
     471                    tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     472                    visible="<%=project.isRemoved()%>"
     473                  /><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
     474                  <tbl:cell column="permissions">
     475                    <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     476                  </tbl:cell>
     477                </tbl:row>
     478                <%
     479              }
     480              for (Group group : groups)
     481              {
     482                Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(group).values().iterator().next();
     483                %>
     484                <tbl:row>             
     485                  <tbl:cell column="itemType"><%=group.getType()%></tbl:cell>
     486                  <tbl:cell column="name"><base:icon
     487                    image="deleted.gif"
     488                    tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     489                    visible="<%=group.isRemoved()%>"
     490                  /><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
     491                  <tbl:cell column="permissions">
     492                    <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     493                  </tbl:cell>
     494                </tbl:row>
     495                <% 
     496              }
     497              for (User user : users)
     498              {
     499                Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(user).values().iterator().next();
     500                %>
     501                <tbl:row>             
     502                  <tbl:cell column="itemType"><%=user.getType()%></tbl:cell>
     503                  <tbl:cell column="name"><base:icon
     504                    image="deleted.gif"
     505                    tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     506                    visible="<%=user.isRemoved()%>"
     507                  /><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
     508                  <tbl:cell column="permissions">
     509                    <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     510                  </tbl:cell>
     511                </tbl:row>
     512                <%
     513              }
    480514              %>
    481               <tbl:row>             
    482                 <tbl:cell column="itemType"><%=group.getType()%></tbl:cell>
    483                 <tbl:cell column="name"><base:icon
    484                   image="deleted.gif"
    485                   tooltip="This item has been scheduled for deletion"
    486                   visible="<%=group.isRemoved()%>"
    487                 /><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
    488                 <tbl:cell column="permissions">
    489                   <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
    490                 </tbl:cell>
    491               </tbl:row>
    492               <% 
    493             }
    494             while (users.hasNext())
    495             {
    496               User user = users.next();
    497               Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(user).values().iterator().next();
    498               %>
    499               <tbl:row>             
    500                 <tbl:cell column="itemType"><%=user.getType()%></tbl:cell>
    501                 <tbl:cell column="name"><base:icon
    502                   image="deleted.gif"
    503                   tooltip="This item has been scheduled for deletion"
    504                   visible="<%=user.isRemoved()%>"
    505                 /><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
    506                 <tbl:cell column="permissions">
    507                   <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
    508                 </tbl:cell>
    509               </tbl:row>
    510               <%
    511             }
    512             %>
    513             </tbl:rows>
    514           </tbl:data>
    515         </tbl:table>
     515              </tbl:rows>
     516            </tbl:data>
     517          </tbl:table>
     518        </base:section>
    516519        <%
    517520      }

  • trunk/www/my_base/projects/view_project.jsp

    r4889 r5045  
    275275      </tr>
    276276      </table>
     277      <%
     278      // Query to retrieve child groups
     279      ItemQuery<Group> groupQuery = project.getGroups();
     280      groupQuery.include(Include.ALL);
     281      groupQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
     282      ItemResultList<Group> groups = groupQuery.list(dc);
    277283     
    278       <h4 class="docked">Members</h4>
     284      // Query to retrieve user members
     285      ItemQuery<User> userQuery = project.getUsers();
     286      userQuery.include(Include.ALL);
     287      userQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
     288      ItemResultList<User> users = userQuery.list(dc);
     289      %>
     290      <base:section
     291        id="membersSection"
     292        title="<%="Members (" + (groups.size() + users.size()) + ")"%>"
     293        context="<%=cc%>"
     294        >     
     295        <tbl:table
     296          id="members"
     297          clazz="itemlist"
     298          columns="all"
     299          >
     300          <tbl:columndef
     301            id="type"
     302            title="User/Group"
     303          />
     304          <tbl:columndef
     305            id="name"
     306            title="Name"
     307          />
     308          <tbl:columndef
     309            id="permissions"
     310            title="Permissions"
     311          />
     312          <tbl:data>
     313            <tbl:columns />
     314            <tbl:rows>
     315            <%         
     316            for (Group group : groups)
     317            {
     318              Set<Permission> permissions = project.getPermissions(group);
     319              %>
     320              <tbl:row>
     321                <tbl:cell column="type">Group</tbl:cell>
     322                <tbl:cell column="name"><base:icon
     323                    image="deleted.gif"
     324                    tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     325                    visible="<%=group.isRemoved()%>"
     326                  /><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
     327                <tbl:cell column="permissions"><%=permissions.toString().replaceAll("\\[|\\]", "")%></tbl:cell>
     328              </tbl:row>
     329              <%
     330            }
     331            for (User user : users)
     332            {
     333              Set<Permission> permissions = project.getPermissions(user);
     334              %>
     335              <tbl:row>
     336                <tbl:cell column="type">User</tbl:cell>
     337                <tbl:cell column="name"><base:icon
     338                    image="deleted.gif"
     339                    tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     340                    visible="<%=user.isRemoved()%>"
     341                  /><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
     342                <tbl:cell column="permissions"><%=permissions.toString().replaceAll("\\[|\\]", "")%></tbl:cell>
     343              </tbl:row>
     344              <%
     345            }
     346            %>
     347            </tbl:rows>
     348          </tbl:data>
     349        </tbl:table>
     350      </base:section>
    279351     
    280       <tbl:table
    281         id="members"
    282         clazz="itemlist"
    283         columns="all"
     352      <base:section
     353        id="defaultSection"
     354        title="<%="Defaults (" + Project.Default.values().length + ")"%>"
     355        context="<%=cc%>"
     356        >     
     357        <tbl:table
     358          id="defaults"
     359          clazz="itemlist"
     360          columns="all"
    284361        >
    285362        <tbl:columndef
    286           id="type"
    287           title="User/Group"
     363          id="setting"
     364          title="Setting"
    288365        />
    289366        <tbl:columndef
    290           id="name"
    291           title="Name"
    292         />
    293         <tbl:columndef
    294           id="permissions"
    295           title="Permissions"
     367          id="value"
     368          title="Value"
    296369        />
    297370        <tbl:data>
    298371          <tbl:columns />
    299           <tbl:rows>
    300           <%
    301           // Query to retrieve child groups
    302           ItemQuery<Group> groupQuery = project.getGroups();
    303           groupQuery.include(Include.ALL);
    304           groupQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
    305           ItemResultList<Group> groups = groupQuery.list(dc);
    306           for (Group group : groups)
    307           {
    308             Set<Permission> permissions = project.getPermissions(group);
     372            <tbl:rows>     
     373            <%   
     374            // Check each Default if it has any value
     375            for (Project.Default d : Project.Default.values())
     376            {
     377              boolean readDefaultValue = true;
     378              String defaultName = d.getShortName();
     379              String value = null;
     380              if (d.getItemType() != null)
     381              {
     382                BasicItem item = null;
     383                try
     384                {
     385                  item = project.getDefaultItem(dc, d);
     386                  if (item != null)
     387                  {
     388                    value = item instanceof Nameable ? Base.getLinkedName(ID, (Nameable)item, false, true) : item.toString();
     389                  }
     390                }
     391                catch (PermissionDeniedException ex)
     392                {
     393                  readDefaultValue = false;
     394                  value = "<i>- denied -</i>";
     395                }             
     396              }
     397              else if (d.equals(Project.Default.RAW_DATA_TYPE))
     398              {
     399                RawDataType rdt = project.getDefaultRawDataType();
     400                value = rdt != null ? rdt.getName() : null;
     401              }
     402              if (value != null)
     403              {
     404                %>
     405                <tbl:row>
     406                  <tbl:cell column="setting"><%=defaultName%></tbl:cell>
     407                  <tbl:cell column="value"><%=value%></tbl:cell>
     408                </tbl:row>
     409                <%
     410              }
     411            }
    309412            %>
    310             <tbl:row>
    311               <tbl:cell column="type">Group</tbl:cell>
    312               <tbl:cell column="name"><base:icon
    313                   image="deleted.gif"
    314                   tooltip="This item has been scheduled for deletion"
    315                   visible="<%=group.isRemoved()%>"
    316                 /><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
    317               <tbl:cell column="permissions"><%=permissions.toString().replaceAll("\\[|\\]", "")%></tbl:cell>
    318             </tbl:row>
    319             <%
    320           }
    321      
    322           // Query to retrieve user members
    323           ItemQuery<User> userQuery = project.getUsers();
    324           userQuery.include(Include.ALL);
    325           userQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
    326           ItemResultList<User> users = userQuery.list(dc);
    327           for (User user : users)
    328           {
    329             Set<Permission> permissions = project.getPermissions(user);
    330             %>
    331             <tbl:row>
    332               <tbl:cell column="type">User</tbl:cell>
    333               <tbl:cell column="name"><base:icon
    334                   image="deleted.gif"
    335                   tooltip="This item has been scheduled for deletion"
    336                   visible="<%=user.isRemoved()%>"
    337                 /><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
    338               <tbl:cell column="permissions"><%=permissions.toString().replaceAll("\\[|\\]", "")%></tbl:cell>
    339             </tbl:row>
    340             <%
    341           }
    342           %>
    343           </tbl:rows>
    344         </tbl:data>
    345       </tbl:table>
    346      
    347       <h4 class="docked">Defaults</h4>     
    348       <tbl:table
    349         id="defaults"
    350         clazz="itemlist"
    351         columns="all"
    352       >
    353       <tbl:columndef
    354         id="setting"
    355         title="Setting"
    356       />
    357       <tbl:columndef
    358         id="value"
    359         title="Value"
    360       />
    361       <tbl:data>
    362         <tbl:columns />
    363           <tbl:rows>     
    364           <%   
    365           // Check each Default if it has any value
    366           for (Project.Default d : Project.Default.values())
    367           {
    368             boolean readDefaultValue = true;
    369             String defaultName = d.getShortName();
    370             String value = null;
    371             if (d.getItemType() != null)
    372             {
    373               BasicItem item = null;
    374               try
    375               {
    376                 item = project.getDefaultItem(dc, d);
    377                 if (item != null)
    378                 {
    379                   value = item instanceof Nameable ? Base.getLinkedName(ID, (Nameable)item, false, true) : item.toString();
    380                 }
    381               }
    382               catch (PermissionDeniedException ex)
    383               {
    384                 readDefaultValue = false;
    385                 value = "<i>- denied -</i>";
    386               }             
    387             }
    388             else if (d.equals(Project.Default.RAW_DATA_TYPE))
    389             {
    390               RawDataType rdt = project.getDefaultRawDataType();
    391               value = rdt != null ? rdt.getName() : null;
    392             }
    393             if (value != null)
    394             {
    395               %>
    396               <tbl:row>
    397                 <tbl:cell column="setting"><%=defaultName%></tbl:cell>
    398                 <tbl:cell column="value"><%=value%></tbl:cell>
    399               </tbl:row>
    400               <%
    401             }
    402           }
    403           %>
    404           </tbl:rows>
    405         </tbl:data>
    406       </tbl:table>     
     413            </tbl:rows>
     414          </tbl:data>
     415        </tbl:table>
     416      </base:section>     
    407417    </div>
    408418      </t:tab>

  • trunk/www/views/experiments/bioassays/view_bioassay.jsp

    r4889 r5045  
    222222      {
    223223        %>
    224         <h4 class="docked">Raw bioassays</h4>
    225         <tbl:table
    226           id="rawBioAssays"
    227           clazz="itemlist"
    228           columns="all"
     224        <base:section
     225          id="rawBioAssaySection"
     226          title="<%="Raw bioassays (" + rawBioAssays.size() + ")"%>"
     227          context="<%=cc%>"
    229228          >
    230         <tbl:columndef
    231           id="name"
    232           title="Name"
    233         />
    234         <tbl:columndef
    235           id="spots"
    236           title="Spots"
    237         />
    238         <tbl:columndef
    239           id="description"
    240           title="Description"
    241         />
    242         <%
    243         ItemQuery<AnnotationType> efQuery = experiment.getExperimentalFactors();
    244         efQuery.include(Include.ALL);
    245         efQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
    246         ItemResultList<AnnotationType> experimentalFactors = efQuery.list(dc);
    247         for (AnnotationType at : experimentalFactors)
    248         {
    249           Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
    250           %>
     229          <tbl:table
     230            id="rawBioAssays"
     231            clazz="itemlist"
     232            columns="all"
     233            >
     234          <tbl:columndef
     235            id="name"
     236            title="Name"
     237          />
    251238          <tbl:columndef
    252             id="<%="at"+at.getId()%>"
    253             title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())%>"
    254             formatter="<%=formatter%>"
     239            id="spots"
     240            title="Spots"
     241          />
     242          <tbl:columndef
     243            id="description"
     244            title="Description"
    255245          />
    256246          <%
    257         }
    258         %>
    259         <tbl:data>
    260           <tbl:columns>
    261           </tbl:columns>
    262           <tbl:rows>
    263           <%
    264           for (RawBioAssay item : rawBioAssays)
     247          ItemQuery<AnnotationType> efQuery = experiment.getExperimentalFactors();
     248          efQuery.include(Include.ALL);
     249          efQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
     250          ItemResultList<AnnotationType> experimentalFactors = efQuery.list(dc);
     251          for (AnnotationType at : experimentalFactors)
    265252          {
     253            Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
    266254            %>
    267             <tbl:row>
    268               <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
    269               <tbl:cell column="spots"><%=item.getSpots()%></tbl:cell>
    270               <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
    271               <%
    272               AnnotationSet as = item.isAnnotated() ? item.getAnnotationSet() : null;
    273               for (AnnotationType at : experimentalFactors)
    274               {
    275                 String value = "<i>- none -</i>";
    276                 List<Annotation> all = as == null ? null : as.findAnnotations(dc, at, true);
    277                 Map<Annotatable, List> factorValues = new HashMap<Annotatable, List>();
    278                 if (all != null && all.size() > 0)
     255            <tbl:columndef
     256              id="<%="at"+at.getId()%>"
     257              title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())%>"
     258              formatter="<%=formatter%>"
     259            />
     260            <%
     261          }
     262          %>
     263          <tbl:data>
     264            <tbl:columns>
     265            </tbl:columns>
     266            <tbl:rows>
     267            <%
     268            for (RawBioAssay item : rawBioAssays)
     269            {
     270              %>
     271              <tbl:row>
     272                <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
     273                <tbl:cell column="spots"><%=item.getSpots()%></tbl:cell>
     274                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
     275                <%
     276                AnnotationSet as = item.isAnnotated() ? item.getAnnotationSet() : null;
     277                for (AnnotationType at : experimentalFactors)
    279278                {
    280                   for (Annotation a : all)
     279                  String value = "<i>- none -</i>";
     280                  List<Annotation> all = as == null ? null : as.findAnnotations(dc, at, true);
     281                  Map<Annotatable, List> factorValues = new HashMap<Annotatable, List>();
     282                  if (all != null && all.size() > 0)
    281283                  {
    282                     List values = a.getValues();
    283                     Annotatable aItem = null;
    284                     try
     284                    for (Annotation a : all)
    285285                    {
    286                       aItem = a.getAnnotationSet().getItem();
    287                     }
    288                     catch (Throwable t)
    289                     {}
    290                     List toAdd = factorValues.get(aItem);
    291                     if (toAdd == null)
    292                     {
    293                       toAdd = new LinkedList();
    294                       factorValues.put(aItem, toAdd);
    295                     }
    296                     toAdd.addAll(values);
    297                   }
    298                 }
    299                 %>
    300                 <tbl:cell column="<%="at"+at.getId()%>"
    301                   >
    302                   <%
    303                   for (Map.Entry<Annotatable, List> entry : factorValues.entrySet())
    304                   {
    305                     Annotatable aItem = entry.getKey();
    306                     List values = entry.getValue();
    307                     %>
    308                     <tbl:cellvalue list="<%=values%>" />
    309                     <%
    310                     if (aItem != null && aItem.hasPermission(Permission.WRITE))
    311                     {
    312                       %>: <base:icon image="edit.gif"
    313                         onclick="<%="editInheritedAnnotation('"+aItem.getType().name()+"',"+aItem.getId()+","+at.getId()+")"%>"
    314                         tooltip="Modify the values of this experimental factor" />
    315                       <%
     286                      List values = a.getValues();
     287                      Annotatable aItem = null;
     288                      try
     289                      {
     290                        aItem = a.getAnnotationSet().getItem();
     291                      }
     292                      catch (Throwable t)
     293                      {}
     294                      List toAdd = factorValues.get(aItem);
     295                      if (toAdd == null)
     296                      {
     297                        toAdd = new LinkedList();
     298                        factorValues.put(aItem, toAdd);
     299                      }
     300                      toAdd.addAll(values);
    316301                    }
    317302                  }
    318303                  %>
    319                 </tbl:cell>
    320                 <%
    321               }
    322               %>
    323             </tbl:row>
    324             <%
    325           }
    326           %>
    327           </tbl:rows>
    328         </tbl:data>
    329         </tbl:table>
     304                  <tbl:cell column="<%="at"+at.getId()%>"
     305                    >
     306                    <%
     307                    for (Map.Entry<Annotatable, List> entry : factorValues.entrySet())
     308                    {
     309                      Annotatable aItem = entry.getKey();
     310                      List values = entry.getValue();
     311                      %>
     312                      <tbl:cellvalue list="<%=values%>" />
     313                      <%
     314                      if (aItem != null && aItem.hasPermission(Permission.WRITE))
     315                      {
     316                        %>: <base:icon image="edit.gif"
     317                          onclick="<%="editInheritedAnnotation('"+aItem.getType().name()+"',"+aItem.getId()+","+at.getId()+")"%>"
     318                          tooltip="Modify the values of this experimental factor" />
     319                        <%
     320                      }
     321                    }
     322                    %>
     323                  </tbl:cell>
     324                  <%
     325                }
     326                %>
     327              </tbl:row>
     328              <%
     329            }
     330            %>
     331            </tbl:rows>
     332          </tbl:data>
     333          </tbl:table>
     334        </base:section>
    330335        <%
    331336      }

  • trunk/www/views/formulas/view_formula.jsp

    r4918 r5045  
    3131  import="net.sf.basedb.core.Item"
    3232  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
    33   import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
     33  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
    3434  import="net.sf.basedb.core.MultiPermissions"
    3535  import="net.sf.basedb.core.Permission"
    … …  
    322322      // Tables with users/groups/projects that this item is shared to
    323323      MultiPermissions mp = new MultiPermissions(Collections.singleton(formula));
    324       ItemResultIterator<User> users = mp.getUsers().iterate(dc);
    325       ItemResultIterator<Group> groups = mp.getGroups().iterate(dc);
    326       ItemResultIterator<Project> projects = mp.getProjects().iterate(dc);
     324      ItemResultList<User> users = mp.getUsers().list(dc);
     325      ItemResultList<Group> groups = mp.getGroups().list(dc);
     326      ItemResultList<Project> projects = mp.getProjects().list(dc);
     327      int totalShare = users.size() + groups.size() + projects.size();
    327328     
    328       if (users.hasNext() || groups.hasNext() || projects.hasNext())
     329      if (totalShare > 0)
    329330      {
    330331        %>
    331         <h4 class="docked">Shared to</h4>
    332         <tbl:table
    333           id="itemsSharedTo"
    334           clazz="itemlist"
    335           columns="all"
    336         >
    337           <tbl:columndef
    338             id="itemType"
    339             title="Item type"
    340           />
    341           <tbl:columndef
    342             id="name"
    343             title="Name"
    344           />
    345           <tbl:columndef
    346             id="permissions"
    347             title="Permissions"
    348           />
    349           <tbl:data>
    350             <tbl:columns>
    351             </tbl:columns>
    352             <tbl:rows>
    353             <%
    354             while(projects.hasNext())
    355             {
    356               Project project = projects.next();
    357               Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(project).values().iterator().next();
    358               %>     
    359               <tbl:row>
    360                 <tbl:cell column="itemType"><%=project.getType()%></tbl:cell>
    361                 <tbl:cell column="name"><base:icon
    362                   image="deleted.gif"
    363                   tooltip="This item has been scheduled for deletion"
    364                   visible="<%=project.isRemoved()%>"
    365                 /><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
    366                 <tbl:cell column="permissions">
    367                   <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
    368                 </tbl:cell>
    369               </tbl:row>
     332        <base:section
     333          id="sharedTo"
     334          title="<%="Shared to (" + totalShare + ")"%>"
     335          context="<%=cc%>"
     336          >
     337          <tbl:table
     338            id="itemsSharedTo"
     339            clazz="itemlist"
     340            columns="all"
     341          >
     342            <tbl:columndef
     343              id="itemType"
     344              title="Item type"
     345            />
     346            <tbl:columndef
     347              id="name"
     348              title="Name"
     349            />
     350            <tbl:columndef
     351              id="permissions"
     352              title="Permissions"
     353            />
     354            <tbl:data>
     355              <tbl:columns>
     356              </tbl:columns>
     357              <tbl:rows>
    370358              <%
    371             }
    372             while(groups.hasNext())
    373             {
    374               Group group = groups.next();
    375               Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(group).values().iterator().next();
     359              for (Project project : projects)
     360              {
     361                Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(project).values().iterator().next();
     362                %>     
     363                <tbl:row>
     364                  <tbl:cell column="itemType"><%=project.getType()%></tbl:cell>
     365                  <tbl:cell column="name"><base:icon
     366                    image="deleted.gif"
     367                    tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     368                    visible="<%=project.isRemoved()%>"
     369                  /><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
     370                  <tbl:cell column="permissions">
     371                    <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     372                  </tbl:cell>
     373                </tbl:row>
     374                <%
     375              }
     376              for (Group group : groups)
     377              {
     378                Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(group).values().iterator().next();
     379                %>
     380                <tbl:row>             
     381                  <tbl:cell column="itemType"><%=group.getType()%></tbl:cell>
     382                  <tbl:cell column="name"><base:icon
     383                    image="deleted.gif"
     384                    tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     385                    visible="<%=group.isRemoved()%>"
     386                  /><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
     387                  <tbl:cell column="permissions">
     388                    <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     389                  </tbl:cell>
     390                </tbl:row>
     391                <% 
     392              }
     393              for (User user : users)
     394              {
     395                Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(user).values().iterator().next();
     396                %>
     397                <tbl:row>             
     398                  <tbl:cell column="itemType"><%=user.getType()%></tbl:cell>
     399                  <tbl:cell column="name"><base:icon
     400                    image="deleted.gif"
     401                    tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     402                    visible="<%=user.isRemoved()%>"
     403                  /><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
     404                  <tbl:cell column="permissions">
     405                    <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     406                  </tbl:cell>
     407                </tbl:row>
     408                <%
     409              }
    376410              %>
    377               <tbl:row>             
    378                 <tbl:cell column="itemType"><%=group.getType()%></tbl:cell>
    379                 <tbl:cell column="name"><base:icon
    380                   image="deleted.gif"
    381                   tooltip="This item has been scheduled for deletion"
    382                   visible="<%=group.isRemoved()%>"
    383                 /><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
    384                 <tbl:cell column="permissions">
    385                   <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
    386                 </tbl:cell>
    387               </tbl:row>
    388               <% 
    389             }
    390             while (users.hasNext())
    391             {
    392               User user = users.next();
    393               Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(user).values().iterator().next();
    394               %>
    395               <tbl:row>             
    396                 <tbl:cell column="itemType"><%=user.getType()%></tbl:cell>
    397                 <tbl:cell column="name"><base:icon
    398                   image="deleted.gif"
    399                   tooltip="This item has been scheduled for deletion"
    400                   visible="<%=user.isRemoved()%>"
    401                 /><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
    402                 <tbl:cell column="permissions">
    403                   <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
    404                 </tbl:cell>
    405               </tbl:row>
    406               <%
    407             }
    408             %>
    409             </tbl:rows>
    410           </tbl:data>
    411         </tbl:table>
     411              </tbl:rows>
     412            </tbl:data>
     413          </tbl:table>
     414        </base:section>
    412415        <%
    413416      }

  • trunk/www/views/hybridizations/view_hybridization.jsp

    r4889 r5045  
    4646  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
    4747  import="net.sf.basedb.core.Include"
    48   import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
     48  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
    4949  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
    5050  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
    … …  
    336336      {
    337337        %>
    338         <h4 class="docked">Labeled extracts</h4>
    339         <tbl:table
    340           id="labeledextracts"
    341           clazz="itemlist"
    342           columns="all"
     338        <base:section
     339          id="labeledExtractSection"
     340          title="<%="Labeled extracts (" + labeledExtracts.size() + ")"%>"
     341          context="<%=cc%>"
    343342          >
    344         <tbl:columndef
    345           id="arrayNum"
    346           title="Array"
    347           show="<%=hyb.getNumArrays() > 1 ? "always" : "never"%>"
    348         />
    349         <tbl:columndef
    350           id="name"
    351           title="Name"
    352         />
    353         <tbl:columndef
    354           id="label"
    355           title="Label"
    356         />
    357         <tbl:columndef
    358           id="quantity"
    359           title="Used quantity (µg)"
    360         />
    361         <tbl:columndef
    362           id="description"
    363           title="Description"
    364         />
    365         <tbl:data>
    366           <tbl:columns>
    367           </tbl:columns>
    368           <tbl:rows>
    369           <%
    370           for (LabeledExtract item : labeledExtracts)
    371           {
     343          <tbl:table
     344            id="labeledextracts"
     345            clazz="itemlist"
     346            columns="all"
     347            >
     348          <tbl:columndef
     349            id="arrayNum"
     350            title="Array"
     351            show="<%=hyb.getNumArrays() > 1 ? "always" : "never"%>"
     352          />
     353          <tbl:columndef
     354            id="name"
     355            title="Name"
     356          />
     357          <tbl:columndef
     358            id="label"
     359            title="Label"
     360          />
     361          <tbl:columndef
     362            id="quantity"
     363            title="Used quantity (µg)"
     364          />
     365          <tbl:columndef
     366            id="description"
     367            title="Description"
     368          />
     369          <tbl:data>
     370            <tbl:columns>
     371            </tbl:columns>
     372            <tbl:rows>
     373            <%
     374            for (LabeledExtract item : labeledExtracts)
     375            {
     376              %>
     377              <tbl:row>
     378                <tbl:cell column="arrayNum"><%=creationEvent.getSourceGroup(item)%></tbl:cell>
     379                <tbl:cell column="name"><base:icon
     380                    image="deleted.gif"
     381                    tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     382                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
     383                  /><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
     384                <tbl:cell column="label"><base:propertyvalue item="<%=item%>" property="label" /></tbl:cell>
     385                <tbl:cell column="quantity"><%=Values.formatNumber(creationEvent.getUsedQuantity(item), 2)%></tbl:cell>
     386                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
     387              </tbl:row>
     388              <%
     389            }
    372390            %>
    373             <tbl:row>
    374               <tbl:cell column="arrayNum"><%=creationEvent.getSourceGroup(item)%></tbl:cell>
    375               <tbl:cell column="name"><base:icon
    376                   image="deleted.gif"
    377                   tooltip="This item has been scheduled for deletion"
    378                   visible="<%=item.isRemoved()%>"
    379                 /><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
    380               <tbl:cell column="label"><base:propertyvalue item="<%=item%>" property="label" /></tbl:cell>
    381               <tbl:cell column="quantity"><%=Values.formatNumber(creationEvent.getUsedQuantity(item), 2)%></tbl:cell>
    382               <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
    383             </tbl:row>
    384             <%
    385           }
    386           %>
    387           </tbl:rows>
    388         </tbl:data>
    389         </tbl:table>
     391            </tbl:rows>
     392          </tbl:data>
     393          </tbl:table>
     394        </base:section>
    390395        <%
    391396      }
    … …  
    408413      {
    409414        %>
    410         <h4 class="docked">Scans</h4>
    411         <tbl:table
    412           id="scans"
    413           clazz="itemlist"
    414           columns="all"
     415        <base:section
     416          id="scanSection"
     417          title="<%="Scans (" + scans.size() + ")"%>"
     418          context="<%=cc%>"
    415419          >
    416         <tbl:columndef
    417           id="name"
    418           title="Name"
    419         />
    420         <tbl:columndef
    421           id="scanner"
    422           title="Scanner"
    423         />
    424 
    425         <tbl:columndef
    426           id="description"
    427           title="Description"
    428         />
    429         <tbl:data>
    430           <tbl:columns>
    431           </tbl:columns>
    432           <tbl:rows>
    433           <%
    434           for (Scan item : scans)
    435           {
    436             %>
    437             <tbl:row>
    438               <tbl:cell column="name"><base:icon
    439                   image="deleted.gif"
    440                   tooltip="This item has been scheduled for deletion"
    441                   visible="<%=item.isRemoved()%>"
    442                 /><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
    443               <tbl:cell column="scanner"><base:propertyvalue item="<%=item%>" property="scanner" /></tbl:cell>
    444               <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
    445             </tbl:row>
    446             <%
    447           }
    448           %>
    449           </tbl:rows>
    450         </tbl:data>
    451         </tbl:table>
    452         <%
    453       }     
    454      
    455       // Tables with users/groups/projects that this item is shared to
    456       MultiPermissions mp = new MultiPermissions(Collections.singleton(hyb));
    457       ItemResultIterator<User> users = mp.getUsers().iterate(dc);
    458       ItemResultIterator<Group> groups = mp.getGroups().iterate(dc);
    459       ItemResultIterator<Project> projects = mp.getProjects().iterate(dc);
    460      
    461       if (users.hasNext() || groups.hasNext() || projects.hasNext())
    462       {
    463         %>
    464         <h4 class="docked">Shared to</h4>
    465         <tbl:table
    466           id="itemsSharedTo"
    467           clazz="itemlist"
    468           columns="all"
    469         >
    470           <tbl:columndef
    471             id="itemType"
    472             title="Item type"
    473           />
     420          <tbl:table
     421            id="scans"
     422            clazz="itemlist"
     423            columns="all"
     424            >
    474425          <tbl:columndef
    475426            id="name"
    … …  
    477428          />
    478429          <tbl:columndef
    479             id="permissions"
    480             title="Permissions"
     430            id="scanner"
     431            title="Scanner"
     432          />
     433 
     434          <tbl:columndef
     435            id="description"
     436            title="Description"
    481437          />
    482438          <tbl:data>
    … …  
    485441            <tbl:rows>
    486442            <%
    487             while(projects.hasNext())
     443            for (Scan item : scans)
    488444            {
    489               Project project = projects.next();
    490               Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(project).values().iterator().next();
    491               %>     
     445              %>
    492446              <tbl:row>
    493                 <tbl:cell column="itemType"><%=project.getType()%></tbl:cell>
    494447                <tbl:cell column="name"><base:icon
    495                   image="deleted.gif"
    496                   tooltip="This item has been scheduled for deletion"
    497                   visible="<%=project.isRemoved()%>"
    498                 /><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
    499                 <tbl:cell column="permissions">
    500                   <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
    501                 </tbl:cell>
    502               </tbl:row>
    503               <%
    504             }
    505             while(groups.hasNext())
    506             {
    507               Group group = groups.next();
    508               Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(group).values().iterator().next();
    509               %>
    510               <tbl:row>             
    511                 <tbl:cell column="itemType"><%=group.getType()%></tbl:cell>
    512                 <tbl:cell column="name"><base:icon
    513                   image="deleted.gif"
    514                   tooltip="This item has been scheduled for deletion"
    515                   visible="<%=group.isRemoved()%>"
    516                 /><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
    517                 <tbl:cell column="permissions">
    518                   <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
    519                 </tbl:cell>
    520               </tbl:row>
    521               <% 
    522             }
    523             while (users.hasNext())
    524             {
    525               User user = users.next();
    526               Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(user).values().iterator().next();
    527               %>
    528               <tbl:row>             
    529                 <tbl:cell column="itemType"><%=user.getType()%></tbl:cell>
    530                 <tbl:cell column="name"><base:icon
    531                   image="deleted.gif"
    532                   tooltip="This item has been scheduled for deletion"
    533                   visible="<%=user.isRemoved()%>"
    534                 /><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
    535                 <tbl:cell column="permissions">
    536                   <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
    537                 </tbl:cell>
     448                    image="deleted.gif"
     449                    tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     450                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
     451                  /><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
     452                <tbl:cell column="scanner"><base:propertyvalue item="<%=item%>" property="scanner" /></tbl:cell>
     453                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
    538454              </tbl:row>
    539455              <%
    … …  
    542458            </tbl:rows>
    543459          </tbl:data>
    544         </tbl:table>
     460          </tbl:table>
     461        </base:section>
     462        <%
     463      }     
     464     
     465      // Tables with users/groups/projects that this item is shared to
     466      MultiPermissions mp = new MultiPermissions(Collections.singleton(hyb));
     467      ItemResultList<User> users = mp.getUsers().list(dc);
     468      ItemResultList<Group> groups = mp.getGroups().list(dc);
     469      ItemResultList<Project> projects = mp.getProjects().list(dc);
     470      int totalShare = users.size() + groups.size() + projects.size();
     471     
     472      if (totalShare > 0)
     473      {
     474        %>
     475        <base:section
     476          id="sharedTo"
     477          title="<%="Shared to (" + totalShare + ")"%>"
     478          context="<%=cc%>"
     479          >
     480          <tbl:table
     481            id="itemsSharedTo"
     482            clazz="itemlist"
     483            columns="all"
     484          >
     485            <tbl:columndef
     486              id="itemType"
     487              title="Item type"
     488            />
     489            <tbl:columndef
     490              id="name"
     491              title="Name"
     492            />
     493            <tbl:columndef
     494              id="permissions"
     495              title="Permissions"
     496            />
     497            <tbl:data>
     498              <tbl:columns>
     499              </tbl:columns>
     500              <tbl:rows>
     501              <%
     502              for (Project project : projects)
     503              {
     504                Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(project).values().iterator().next();
     505                %>     
     506                <tbl:row>
     507                  <tbl:cell column="itemType"><%=project.getType()%></tbl:cell>
     508                  <tbl:cell column="name"><base:icon
     509                    image="deleted.gif"
     510                    tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     511                    visible="<%=project.isRemoved()%>"
     512                  /><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
     513                  <tbl:cell column="permissions">
     514                    <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     515                  </tbl:cell>
     516                </tbl:row>
     517                <%
     518              }
     519              for (Group group : groups)
     520              {
     521                Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(group).values().iterator().next();
     522                %>
     523                <tbl:row>             
     524                  <tbl:cell column="itemType"><%=group.getType()%></tbl:cell>
     525                  <tbl:cell column="name"><base:icon
     526                    image="deleted.gif"
     527                    tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     528                    visible="<%=group.isRemoved()%>"
     529                  /><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
     530                  <tbl:cell column="permissions">
     531                    <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     532                  </tbl:cell>
     533                </tbl:row>
     534                <% 
     535              }
     536              for (User user : users)
     537              {
     538                Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(user).values().iterator().next();
     539                %>
     540                <tbl:row>             
     541                  <tbl:cell column="itemType"><%=user.getType()%></tbl:cell>
     542                  <tbl:cell column="name"><base:icon
     543                    image="deleted.gif"
     544                    tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     545                    visible="<%=user.isRemoved()%>"
     546                  /><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
     547                  <tbl:cell column="permissions">
     548                    <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     549                  </tbl:cell>
     550                </tbl:row>
     551                <%
     552              }
     553              %>
     554              </tbl:rows>
     555            </tbl:data>
     556          </tbl:table>
     557        </base:section>
    545558        <%
    546559      }

  • trunk/www/views/reporterlists/view_reporterlist.jsp

    r4879 r5045  
    3131  import="net.sf.basedb.core.Item"
    3232  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
    33   import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
     33  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
    3434  import="net.sf.basedb.core.Permission"
    3535  import="net.sf.basedb.core.ReporterList"
    … …  
    311311      // Tables with users/groups/projects that this item is shared to
    312312      MultiPermissions mp = new MultiPermissions(Collections.singleton(reporterList));
    313       ItemResultIterator<User> users = mp.getUsers().iterate(dc);
    314       ItemResultIterator<Group> groups = mp.getGroups().iterate(dc);
    315       ItemResultIterator<Project> projects = mp.getProjects().iterate(dc);
     313      ItemResultList<User> users = mp.getUsers().list(dc);
     314      ItemResultList<Group> groups = mp.getGroups().list(dc);
     315      ItemResultList<Project> projects = mp.getProjects().list(dc);
     316      int totalShare = users.size() + groups.size() + projects.size();
    316317     
    317       if (users.hasNext() || groups.hasNext() || projects.hasNext())
     318      if (totalShare > 0)
    318319      {
    319320        %>
    320         <h4 class="docked">Shared to</h4>
    321         <tbl:table
    322           id="itemsSharedTo"
    323           clazz="itemlist"
    324           columns="all"
    325         >
    326           <tbl:columndef
    327             id="itemType"
    328             title="Item type"
    329           />
    330           <tbl:columndef
    331             id="name"
    332             title="Name"
    333           />
    334           <tbl:columndef
    335             id="permissions"
    336             title="Permissions"
    337           />
    338           <tbl:data>
    339             <tbl:columns>
    340             </tbl:columns>
    341             <tbl:rows>
    342             <%
    343             while(projects.hasNext())
    344             {
    345               Project project = projects.next();
    346               Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(project).values().iterator().next();
    347               %>     
    348               <tbl:row>
    349                 <tbl:cell column="itemType"><%=project.getType()%></tbl:cell>
    350                 <tbl:cell column="name"><base:icon
    351                   image="deleted.gif"
    352                   tooltip="This item has been scheduled for deletion"
    353                   visible="<%=project.isRemoved()%>"
    354                 /><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
    355                 <tbl:cell column="permissions">
    356                   <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
    357                 </tbl:cell>
    358               </tbl:row>
     321        <base:section
     322          id="sharedTo"
     323          title="<%="Shared to (" + totalShare + ")"%>"
     324          context="<%=cc%>"
     325          >
     326          <tbl:table
     327            id="itemsSharedTo"
     328            clazz="itemlist"
     329            columns="all"
     330          >
     331            <tbl:columndef
     332              id="itemType"
     333              title="Item type"
     334            />
     335            <tbl:columndef
     336              id="name"
     337              title="Name"
     338            />
     339            <tbl:columndef
     340              id="permissions"
     341              title="Permissions"
     342            />
     343            <tbl:data>
     344              <tbl:columns>
     345              </tbl:columns>
     346              <tbl:rows>
    359347              <%
    360             }
    361             while(groups.hasNext())
    362             {
    363               Group group = groups.next();
    364               Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(group).values().iterator().next();
     348              for (Project project : projects)
     349              {
     350                Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(project).values().iterator().next();
     351                %>     
     352                <tbl:row>
     353                  <tbl:cell column="itemType"><%=project.getType()%></tbl:cell>
     354                  <tbl:cell column="name"><base:icon
     355                    image="deleted.gif"
     356                    tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     357                    visible="<%=project.isRemoved()%>"
     358                  /><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
     359                  <tbl:cell column="permissions">
     360                    <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     361                  </tbl:cell>
     362                </tbl:row>
     363                <%
     364              }
     365              for (Group group : groups)
     366              {
     367                Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(group).values().iterator().next();
     368                %>
     369                <tbl:row>             
     370                  <tbl:cell column="itemType"><%=group.getType()%></tbl:cell>
     371                  <tbl:cell column="name"><base:icon
     372                    image="deleted.gif"
     373                    tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     374                    visible="<%=group.isRemoved()%>"
     375                  /><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
     376                  <tbl:cell column="permissions">
     377                    <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     378                  </tbl:cell>
     379                </tbl:row>
     380                <% 
     381              }
     382              for (User user : users)
     383              {
     384                Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(user).values().iterator().next();
     385                %>
     386                <tbl:row>             
     387                  <tbl:cell column="itemType"><%=user.getType()%></tbl:cell>
     388                  <tbl:cell column="name"><base:icon
     389                    image="deleted.gif"
     390                    tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     391                    visible="<%=user.isRemoved()%>"
     392                  /><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
     393                  <tbl:cell column="permissions">
     394                    <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     395                  </tbl:cell>
     396                </tbl:row>
     397                <%
     398              }
    365399              %>
    366               <tbl:row>             
    367                 <tbl:cell column="itemType"><%=group.getType()%></tbl:cell>
    368                 <tbl:cell column="name"><base:icon
    369                   image="deleted.gif"
    370                   tooltip="This item has been scheduled for deletion"
    371                   visible="<%=group.isRemoved()%>"
    372                 /><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
    373                 <tbl:cell column="permissions">
    374                   <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
    375                 </tbl:cell>
    376               </tbl:row>
    377               <% 
    378             }
    379             while (users.hasNext())
    380             {
    381               User user = users.next();
    382               Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(user).values().iterator().next();
    383               %>
    384               <tbl:row>             
    385                 <tbl:cell column="itemType"><%=user.getType()%></tbl:cell>
    386                 <tbl:cell column="name"><base:icon
    387                   image="deleted.gif"
    388                   tooltip="This item has been scheduled for deletion"
    389                   visible="<%=user.isRemoved()%>"
    390                 /><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
    391                 <tbl:cell column="permissions">
    392                   <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
    393                 </tbl:cell>
    394               </tbl:row>
    395               <%
    396             }
    397             %>
    398             </tbl:rows>
    399           </tbl:data>
    400         </tbl:table>
     400              </tbl:rows>
     401            </tbl:data>
     402          </tbl:table>
     403        </base:section>
    401404        <%
    402405      }

  • trunk/www/views/reporters/view_reporter.jsp

    r4889 r5045  
    210210      </tr>
    211211      </table>
    212      
    213       <h4>Extended properties</h4>
    214       <table class="form" cellspacing=0>
    215         <%
    216         List<ExtendedProperty> reporterProperties = ExtendedProperties.getProperties("ReporterData");
    217         if (reporterProperties != null)
    218         {
    219           boolean needsTr = true;
    220           for (ExtendedProperty ep : reporterProperties)
     212      <%
     213      List<ExtendedProperty> reporterProperties = ExtendedProperties.getProperties("ReporterData");
     214      %>
     215      <base:section
     216        id="extendedProperties"
     217        title="<%="Extended properties (" + reporterProperties.size() + ")"%>"
     218        context="<%=cc%>"
     219        >
     220        <table class="form" cellspacing=0>
     221          <%       
     222          if (reporterProperties != null)
    221223          {
    222             String name = ep.getName();
    223             Formatter f = FormatterFactory.getExtendedPropertyFormatter(sc, ep);
    224             String value = f.format(reporter.getExtended(name));
     224            boolean needsTr = true;
     225            for (ExtendedProperty ep : reporterProperties)
     226            {
     227              String name = ep.getName();
     228              Formatter f = FormatterFactory.getExtendedPropertyFormatter(sc, ep);
     229              String value = f.format(reporter.getExtended(name));
     230              %>
     231                <%=needsTr ? "<tr valign=\"top\">" : "" %>
     232                <td class="prompt"><%=HTML.encodeTags(ep.getTitle())%></td>
     233                <td><%=value%></td>
     234                <td>&nbsp;&nbsp;</td>
     235                <%=needsTr ? "" : "</tr>"%>
     236              <%
     237              needsTr = !needsTr;
     238            }
    225239            %>
    226               <%=needsTr ? "<tr valign=\"top\">" : "" %>
    227               <td class="prompt"><%=HTML.encodeTags(ep.getTitle())%></td>
    228               <td><%=value%></td>
    229               <td>&nbsp;&nbsp;</td>
    230               <%=needsTr ? "" : "</tr>"%>
     240            <%=needsTr ? "" : "</tr>"%>
    231241            <%
    232             needsTr = !needsTr;
    233242          }
    234243          %>
    235           <%=needsTr ? "" : "</tr>"%>
    236           <%
    237         }
    238         %>
    239       </table>
     244        </table>
     245      </base:section>
    240246    </div>
    241247   

  • trunk/www/views/scans/view_scan.jsp

    r4889 r5045  
    4141  import="net.sf.basedb.core.Group"
    4242  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
    43   import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
    4443  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
    4544  import="net.sf.basedb.core.Include"
    … …  
    328327      {
    329328        %>
    330         <h4 class="docked">Raw bioassays</h4>
    331         <tbl:table
    332           id="rawBioAssays"
    333           clazz="itemlist"
    334           columns="all"
     329        <base:section
     330          id="rawBioAssaySection"
     331          title="<%="Raw bioassays (" + raw.size() + ")"%>"
     332          context="<%=cc%>"
    335333          >
    336         <tbl:columndef
    337           id="name"
    338           title="Name"
    339         />
    340         <tbl:columndef
    341           id="type"
    342           title="Type"
    343         />
    344         <tbl:columndef
    345           id="arrayNum"
    346           title="Array index"
    347         />
    348         <tbl:columndef
    349           id="software"
    350           title="Software"
    351         />
    352         <tbl:columndef
    353           id="data"
    354           title="Data"
    355         />
    356         <tbl:columndef
    357           id="arrayDesign"
    358           title="Array design"
    359         />
    360         <tbl:columndef
    361           id="description"
    362           title="Description"
    363         />
    364         <tbl:data>
    365           <tbl:columns>
    366           </tbl:columns>
    367           <tbl:rows>
    368           <%
    369           for (RawBioAssay item : raw)
    370           {
    371             %>
    372             <tbl:row>
    373               <tbl:cell column="name"><base:icon
    374                   image="deleted.gif"
    375                   tooltip="This item has been scheduled for deletion"
    376                   visible="<%=item.isRemoved()%>"
    377                 /><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
    378               <tbl:cell column="type"><%=HTML.encodeTags(item.getRawDataType().getName())%></tbl:cell>
    379               <tbl:cell column="arrayNum"><%=item.getArrayNum()%></tbl:cell>
    380               <tbl:cell column="software"><base:propertyvalue item="<%=item%>" property="software" /></tbl:cell>
    381               <tbl:cell column="data"><%=item.hasData() ? "yes (" + item.getSpots() + " spots)" : "no"%></tbl:cell>
    382               <tbl:cell column="arrayDesign"><base:propertyvalue item="<%=item%>" property="arrayDesign" /></tbl:cell>
    383               <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
    384             </tbl:row>
    385             <%
    386           }
    387           %>
    388           </tbl:rows>
    389         </tbl:data>
    390         </tbl:table>
    391         <%
    392       }     
    393      
    394       // Tables with users/groups/projects that this item is shared to
    395       MultiPermissions mp = new MultiPermissions(Collections.singleton(scan));
    396       ItemResultIterator<User> users = mp.getUsers().iterate(dc);
    397       ItemResultIterator<Group> groups = mp.getGroups().iterate(dc);
    398       ItemResultIterator<Project> projects = mp.getProjects().iterate(dc);
    399      
    400       if (users.hasNext() || groups.hasNext() || projects.hasNext())
    401       {
    402         %>
    403         <h4 class="docked">Shared to</h4>
    404         <tbl:table
    405           id="itemsSharedTo"
    406           clazz="itemlist"
    407           columns="all"
    408         >
    409           <tbl:columndef
    410             id="itemType"
    411             title="Item type"
    412           />
     334          <tbl:table
     335            id="rawBioAssays"
     336            clazz="itemlist"
     337            columns="all"
     338            >
    413339          <tbl:columndef
    414340            id="name"
    415341            title="Name"
    416342          />
     343          <tbl:columndef
     344            id="type"
     345            title="Type"
     346          />
    417347          <tbl:columndef
    418             id="permissions"
    419             title="Permissions"
     348            id="arrayNum"
     349            title="Array index"
     350          />
     351          <tbl:columndef
     352            id="software"
     353            title="Software"
     354          />
     355          <tbl:columndef
     356            id="data"
     357            title="Data"
     358          />
     359          <tbl:columndef
     360            id="arrayDesign"
     361            title="Array design"
     362          />
     363          <tbl:columndef
     364            id="description"
     365            title="Description"
    420366          />
    421367          <tbl:data>
    … …  
    424370            <tbl:rows>
    425371            <%
    426             while(projects.hasNext())
     372            for (RawBioAssay item : raw)
    427373            {
    428               Project project = projects.next();
    429               Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(project).values().iterator().next();
    430               %>     
     374              %>
    431375              <tbl:row>
    432                 <tbl:cell column="itemType"><%=project.getType()%></tbl:cell>
    433376                <tbl:cell column="name"><base:icon
    434                   image="deleted.gif"
    435                   tooltip="This item has been scheduled for deletion"
    436                   visible="<%=project.isRemoved()%>"
    437                 /><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
    438                 <tbl:cell column="permissions">
    439                   <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
    440                 </tbl:cell>
    441               </tbl:row>
    442               <%
    443             }
    444             while(groups.hasNext())
    445             {
    446               Group group = groups.next();
    447               Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(group).values().iterator().next();
    448               %>
    449               <tbl:row>             
    450                 <tbl:cell column="itemType"><%=group.getType()%></tbl:cell>
    451                 <tbl:cell column="name"><base:icon
    452                   image="deleted.gif"
    453                   tooltip="This item has been scheduled for deletion"
    454                   visible="<%=group.isRemoved()%>"
    455                 /><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
    456                 <tbl:cell column="permissions">
    457                   <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
    458                 </tbl:cell>
    459               </tbl:row>
    460               <% 
    461             }
    462             while (users.hasNext())
    463             {
    464               User user = users.next();
    465               Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(user).values().iterator().next();
    466               %>
    467               <tbl:row>             
    468                 <tbl:cell column="itemType"><%=user.getType()%></tbl:cell>
    469                 <tbl:cell column="name"><base:icon
    470                   image="deleted.gif"
    471                   tooltip="This item has been scheduled for deletion"
    472                   visible="<%=user.isRemoved()%>"
    473                 /><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
    474                 <tbl:cell column="permissions">
    475                   <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
    476                 </tbl:cell>
     377                    image="deleted.gif"
     378                    tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     379                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
     380                  /><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
     381                <tbl:cell column="type"><%=HTML.encodeTags(item.getRawDataType().getName())%></tbl:cell>
     382                <tbl:cell column="arrayNum"><%=item.getArrayNum()%></tbl:cell>
     383                <tbl:cell column="software"><base:propertyvalue item="<%=item%>" property="software" /></tbl:cell>
     384                <tbl:cell column="data"><%=item.hasData() ? "yes (" + item.getSpots() + " spots)" : "no"%></tbl:cell>
     385                <tbl:cell column="arrayDesign"><base:propertyvalue item="<%=item%>" property="arrayDesign" /></tbl:cell>
     386                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
    477387              </tbl:row>
    478388              <%
    … …  
    481391            </tbl:rows>
    482392          </tbl:data>
    483         </tbl:table>
     393          </tbl:table>
     394        </base:section>
     395        <%
     396      }     
     397     
     398      // Tables with users/groups/projects that this item is shared to
     399      MultiPermissions mp = new MultiPermissions(Collections.singleton(scan));
     400      ItemResultList<User> users = mp.getUsers().list(dc);
     401      ItemResultList<Group> groups = mp.getGroups().list(dc);
     402      ItemResultList<Project> projects = mp.getProjects().list(dc);
     403      int totalShare = users.size() + groups.size() + projects.size();
     404     
     405      if (totalShare > 0)
     406      {
     407        %>
     408        <base:section
     409          id="sharedTo"
     410          title="<%="Shared to (" + totalShare + ")"%>"
     411          context="<%=cc%>"
     412          >
     413          <tbl:table
     414            id="itemsSharedTo"
     415            clazz="itemlist"
     416            columns="all"
     417          >
     418            <tbl:columndef
     419              id="itemType"
     420              title="Item type"
     421            />
     422            <tbl:columndef
     423              id="name"
     424              title="Name"
     425            />
     426            <tbl:columndef
     427              id="permissions"
     428              title="Permissions"
     429            />
     430            <tbl:data>
     431              <tbl:columns>
     432              </tbl:columns>
     433              <tbl:rows>
     434              <%
     435              for (Project project : projects)
     436              {
     437                Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(project).values().iterator().next();
     438                %>     
     439                <tbl:row>
     440                  <tbl:cell column="itemType"><%=project.getType()%></tbl:cell>
     441                  <tbl:cell column="name"><base:icon
     442                    image="deleted.gif"
     443                    tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     444                    visible="<%=project.isRemoved()%>"
     445                  /><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
     446                  <tbl:cell column="permissions">
     447                    <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     448                  </tbl:cell>
     449                </tbl:row>
     450                <%
     451              }
     452              for (Group group : groups)
     453              {
     454                Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(group).values().iterator().next();
     455                %>
     456                <tbl:row>             
     457                  <tbl:cell column="itemType"><%=group.getType()%></tbl:cell>
     458                  <tbl:cell column="name"><base:icon
     459                    image="deleted.gif"
     460                    tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     461                    visible="<%=group.isRemoved()%>"
     462                  /><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
     463                  <tbl:cell column="permissions">
     464                    <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     465                  </tbl:cell>
     466                </tbl:row>
     467                <% 
     468              }
     469              for (User user : users)
     470              {
     471                Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(user).values().iterator().next();
     472                %>
     473                <tbl:row>             
     474                  <tbl:cell column="itemType"><%=user.getType()%></tbl:cell>
     475                  <tbl:cell column="name"><base:icon
     476                    image="deleted.gif"
     477                    tooltip="This item has been scheduled for deletion"
     478                    visible="<%=user.isRemoved()%>"
     479                  /><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
     480                  <tbl:cell column="permissions">
     481                    <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
     482                  </tbl:cell>
     483                </tbl:row>
     484                <%
     485              }
     486              %>
     487              </tbl:rows>
     488            </tbl:data>
     489          </tbl:table>
     490        </base:section>
    484491        <%
    485492      }
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.