Changeset 5727


Ignore:
Timestamp:
Sep 8, 2011, 2:04:19 PM (10 years ago)
Author:
Nicklas Nordborg
Message:

References #1153: Handling short read transcript sequence data

Display job and plug-in information for derived bioassays. Added 'Run analysis plug-in' to toolbar on single-item page (derived bioassay).

Location:
trunk/www/views/derivedbioassays
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/www/views/derivedbioassays/list_bioassays.jsp

    r5685 r5727  
    316316        property="&rawBioAssays(name)"
    317317        datatype="string"
     318        filterable="true"
     319        exportable="true"
     320      />
     321      <tbl:columndef
     322        id="plugin"
     323        property="job.pluginDefinition.name"
     324        datatype="string"
     325        title="Plugin"
     326        sortable="true"
    318327        filterable="true"
    319328        exportable="true"
     
    679688                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
    680689                  /></tbl:cell>
     690                <tbl:cell column="plugin"
     691                  ><base:propertyvalue
     692                    item="<%=item%>"
     693                    property="job.pluginDefinition"
     694                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>"
     695                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
     696                  /></tbl:cell>
    681697                <tbl:cell column="protocol"
    682698                  ><base:propertyvalue
  • trunk/www/views/derivedbioassays/view_bioassay.jsp

    r5685 r5727  
    2121
    2222--%>
    23 <%@page import="net.sf.basedb.core.RawBioAssay"%>
    2423<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
    2524  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
     
    4039  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
    4140  import="net.sf.basedb.core.ParameterInfo"
     41  import="net.sf.basedb.core.RawBioAssay"
    4242  import="net.sf.basedb.core.RawDataType"
    4343  import="net.sf.basedb.core.BasicItem"
     
    280280        visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
    281281      />
     282      <tbl:button
     283        image="runplugin.gif"
     284        onclick="runItemPlugin('RunAnalysisPlugin')"
     285        title="Run analysis&hellip;"
     286        tooltip="Run an analysis plugin with data from this bioassay"
     287        visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.ANALYZE)%>"
     288      />
    282289      <ext:render extensions="<%=toolbarInvoker%>" context="<%=jspContext%>"
    283290        wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
     
    358365        </tr>
    359366        </table>
    360        
     367      </td>
     368      <td width="50%">
     369        <h4>Job &amp; Plug-in parameters</h4>
     370        <table class="form" cellspacing=0>
     371        <tr>
     372          <td class="prompt">Job</td>
     373          <td><%=Base.getLinkedName(ID, job, !readJob, false)%></td>
     374        </tr>
     375        <tr>
     376          <td class="prompt">Plugin</td>
     377          <td><%=Base.getLinkedName(ID, plugin,
     378              !readPlugin, plugin != null && plugin.hasPermission(Permission.WRITE))%></td>
     379        </tr>
     380        <tr>
     381          <td class="prompt">Plugin configuration</td>
     382          <td><%=Base.getLinkedName(ID, configuration, !readConfiguration,
     383            configuration != null && configuration.hasPermission(Permission.WRITE))%></td>
     384        </tr>
    361385        <%
    362386        if (job != null)
    363387        {
    364388          %>
    365           <h4>Job</h4>
    366           <table class="form" cellspacing=0>
    367  
    368           <tr>
    369             <td class="prompt">Job</td>
    370             <td><%=Base.getLinkedName(ID, job, !readJob, false)%></td>
    371           </tr>
    372389          <tr valign=top>
    373390            <td class="prompt">Started</td>
    374391            <td>
    375               <%=dateTimeFormatter.format(job.getStarted())%>
     392              <%=job == null ? "" : dateTimeFormatter.format(job.getStarted())%>
    376393            </td>
    377394          </tr>
     
    379396            <td class="prompt">Ended</td>
    380397            <td>
    381               <%=dateTimeFormatter.format(job.getEnded())%>
     398              <%=job == null ? "" : dateTimeFormatter.format(job.getEnded())%>
    382399            </td>
    383400          </tr>
     
    388405            </td>
    389406          </tr>
    390           <tr>
    391             <td class="prompt">Description</td>
    392             <td><%=HTML.niceFormat(job.getDescription())%></td>
    393           </tr>
    394           </table>
    395407          <%
    396         }
    397         %>
    398       </td>
    399       <td width="50%">
    400         <h4>Plugin &amp; parameters</h4>
    401         <table class="form" cellspacing=0>
    402         <tr>
    403           <td class="prompt">Plugin</td>
    404           <td><%=Base.getLinkedName(ID, plugin,
    405               !readPlugin, plugin != null && plugin.hasPermission(Permission.WRITE))%></td>
    406         </tr>
    407         <tr>
    408           <td class="prompt">Plugin configuration</td>
    409           <td><%=Base.getLinkedName(ID, configuration, !readConfiguration,
    410             configuration != null && configuration.hasPermission(Permission.WRITE))%></td>
    411         </tr>
    412         <%
    413         if (job != null)
    414         {
    415408          for (String name : job.getParameterNames())
    416409          {
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.