Changeset 5913


Ignore:
Timestamp:
Dec 15, 2011, 2:40:57 PM (11 years ago)
Author:
Nicklas Nordborg
Message:

References #1655: GUI improvements

  • Edit dialogs in Biomaterial LIMS
Location:
trunk/www
Files:
22 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/www/biomaterials/bioplateeventtypes/edit_eventtype.jsp

    r5908 r5913  
    132132  </base:head>
    133133  <base:body onload="init()">
    134     <p>
     134    <h1><%=title%> <base:help tabcontrol="settings" /></h1>
    135135    <form action="index.jsp?ID=<%=ID%>" method="post" name="bioPlateEventType" onsubmit="return false;">
    136136    <input type="hidden" name="cmd" value="UpdateItem">
    137137
    138     <h3 class="docked"><%=title%> <base:help tabcontrol="settings" /></h3>
    139     <t:tabcontrol id="settings" contentstyle="<%="height: "+(int)(scale*260)+"px;"%>"
     138    <t:tabcontrol id="settings"
     139      subclass="content dialogtabcontrol"
    140140      position="bottom"  remember="<%=eventType != null%>"
    141141      extensions="<%=invoker%>">
    142142    <t:tab id="info" title="Bioplate event type" validate="validateBioPlateEventType()" helpid="bioplateeventtype.edit">
    143       <table class="form" cellspacing=0>
     143      <table class="fullform input100">
    144144      <tr>
    145         <td class="prompt">Name</td>
     145        <th>Name</th>
    146146        <td><input <%=requiredClazz%> type="text" name="name"
    147147          value="<%=HTML.encodeTags(eventType == null ? Values.getString(cc.getPropertyValue("name"), "New bioplate event type") : eventType.getName())%>"
    148           size="40" maxlength="<%=BioPlateEventType.MAX_NAME_LENGTH%>"></td>
     148           maxlength="<%=BioPlateEventType.MAX_NAME_LENGTH%>"></td>
     149          <td></td>
    149150      </tr>
    150151      <%
    … …  
    152153      {
    153154        %>
    154         <tr >
    155           <td class="prompt">System ID</td>
     155        <tr>
     156          <th>System ID</th>
    156157          <td>
    157158            <input class="text unchangeable" type="text" name="system_id"
    158159              value="<%=HTML.encodeTags(eventType == null ? Values.getString(cc.getPropertyValue("systemId"), "") : eventType.getSystemId())%>"
    159               size="40" maxlength="<%=BioPlateEventType.MAX_SYSTEM_ID_LENGTH%>">
     160              maxlength="<%=BioPlateEventType.MAX_SYSTEM_ID_LENGTH%>">
    160161          </td>
     162          <td></td>
    161163        </tr>
    162164        <%
    163165      }
    164166      %>
    165       <tr >
    166         <td class="prompt">Description</td>
    167         <td nowrap>
    168           <textarea <%=clazz%> rows="4" cols="40" name="description"
     167      <tr class="dynamic">
     168        <th>Description</th>
     169        <td>
     170          <textarea <%=clazz%> rows="6" name="description"
    169171            ><%=HTML.encodeTags(eventType == null ? cc.getPropertyValue("description") : eventType.getDescription())%></textarea>
    170           <a href="javascript:Main.zoom('Description', 'bioPlateEventType', 'description')"
    171             title="Edit in larger window"><base:icon image="zoom.png" /></a>
     172        </td>
     173        <td style="width: 20px;">
     174          <base:icon image="zoom.png"
     175            onclick="Main.zoom('Description', 'bioPlateEventType', 'description')"
     176            tooltip="Edit in larger window"
     177          />
    172178        </td>
    173179      </tr>
    174180      </table>
    175       <div align=right>&nbsp;<i><base:icon image="required.gif" /> = required information</i>
    176       <%if (eventType == null) {%><br>
    177         <i><base:icon image="unchangeable.gif" /> = can't be changed later</i>
    178         <%}%>
    179       </div>
    180181    </t:tab>
    181182    </t:tabcontrol>
    182 
    183     <table align="center">
    184     <tr>
    185       <td width="50%"><base:button onclick="saveSettings()" title="Save" /></td>
    186       <td width="50%"><base:button onclick="window.close()" title="Cancel" /></td>
    187     </tr>
    188     </table>
    189183    </form>
     184
     185    <div class="legend">
     186      <base:icon image="required.gif" /> = required information
     187      <%if (eventType == null) {%><br>
     188        <base:icon image="unchangeable.gif" /> = can't be changed later
     189      <%}%>
     190    </div>
     191
     192    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
     193      <base:button onclick="saveSettings()" title="Save" />
     194      <base:button onclick="window.close()" title="Cancel" />
     195    </base:buttongroup>
    190196  </base:body>
    191197  </base:page>

  • trunk/www/biomaterials/bioplates/edit_bioplate.jsp

    r5908 r5913  
    302302  </base:head>
    303303  <base:body onload="init()">
    304     <p>
     304    <h1><%=title%> <base:help tabcontrol="settings" /></h1>
     305
    305306    <form action="index.jsp?ID=<%=ID%>" method="post" name="bioplate" onsubmit="return false;">
    306307    <input type="hidden" name="cmd" value="UpdateItem">
    307308
    308     <h3 class="docked"><%=title%> <base:help tabcontrol="settings" /></h3>
    309     <t:tabcontrol id="settings" contentstyle="<%="height: "+(int)(scale*370)+"px;"%>"
     309    <t:tabcontrol id="settings"
     310      subclass="content dialogtabcontrol"
    310311      position="bottom"  remember="<%=bioplate != null%>" switch="switchTab"
    311312      extensions="<%=invoker%>">
    312313    <t:tab id="info" title="Plate" validate="validateBioPlate()" helpid="bioplate.edit">
    313       <table class="form" cellspacing=0>
    314       <tr>
    315         <td class="prompt">Name</td>
     314      <table class="fullform input100">
     315      <tr>
     316        <th>Name</th>
    316317        <td><input <%=requiredClazz%> type="text" name="name"
    317318          value="<%=HTML.encodeTags(bioplate == null ? Values.getString(cc.getPropertyValue("name"), "New bioplate") : bioplate.getName())%>"
    318           size="40" maxlength="<%=BioPlate.MAX_NAME_LENGTH%>"></td>
    319       </tr>
    320       <tr>
    321         <td class="prompt">Bioplate type</td>
     319          maxlength="<%=BioPlate.MAX_NAME_LENGTH%>"></td>
     320        <td></td>
     321      </tr>
     322      <tr>
     323        <th>Bioplate type</th>
    322324        <td>
    323325          <%
    … …  
    345347          %>
    346348        </td>
    347       </tr>
    348       <tr>
    349         <td class="prompt">Plate geometry</td>
     349        <td></td>
     350      </tr>
     351      <tr>
     352        <th>Plate geometry</th>
    350353        <td>
    351354          <%
    … …  
    373376          %>
    374377        </td>
    375       </tr>
    376       <tr>
    377         <td class="prompt">Freezer</td>
     378        <td></td>
     379      </tr>
     380      <tr>
     381        <th>Freezer</th>
    378382        <td>
    379383          <base:select
    … …  
    389393          />
    390394        </td>
    391       </tr>
    392       <tr>
    393         <td class="prompt">Barcode</td>
     395        <td></td>
     396      </tr>
     397      <tr>
     398        <th>Barcode</th>
    394399        <td><input <%=clazz%> type="text" name="barcode"
    395400          value="<%=HTML.encodeTags(bioplate == null ? Values.getString(cc.getPropertyValue("barcode"), "") : bioplate.getBarcode())%>"
    396           size="40" maxlength="<%=BioPlate.MAX_BARCODE_LENGTH%>"></td>
     401          maxlength="<%=BioPlate.MAX_BARCODE_LENGTH%>"></td>
     402        <td></td>
    397403      </tr>
    398404      <tr>
    399         <td class="prompt"><label for="destroyed">Destroyed</label></td>
     405        <th class="prompt"><label for="destroyed">Destroyed</label></th>
    400406        <td><input type="checkbox" name="destroyed" id="destroyed" value="1"
    401407          <%=(bioplate != null && bioplate.isDestroyed()) || (bioplate == null && Values.getBoolean(cc.getPropertyValue("destroyed"))) ? "checked" : ""%>>
    402408        </td>
    403       </tr>
    404       <tr >
    405         <td class="prompt">Description</td>
    406         <td nowrap>
    407           <textarea <%=clazz%> rows="4" cols="40" name="description"
     409        <td></td>
     410      </tr>
     411      <tr class="dynamic">
     412        <th>Description</th>
     413        <td>
     414          <textarea <%=clazz%> rows="6" name="description"
    408415            ><%=HTML.encodeTags(bioplate == null ? cc.getPropertyValue("description") : bioplate.getDescription())%></textarea>
    409           <a href="javascript:Main.zoom('Description', 'bioplate', 'description')"
    410             title="Edit in larger window"><base:icon image="zoom.png" /></a>
     416        </td>
     417        <td style="width: 20px;">
     418          <base:icon image="zoom.png"
     419            onclick="Main.zoom('Description', 'bioplate', 'description')"
     420            tooltip="Edit in larger window"
     421          />
    411422        </td>
    412423      </tr>
    413424      </table>
    414       <div align=right>&nbsp;<i><base:icon image="required.gif" /> = required information</i>
    415       <%if (bioplate == null) {%><br>
    416         <i><base:icon image="unchangeable.gif" /> = can't be changed later</i>
    417         <%}%>
    418       </div>
    419425    </t:tab>
    420426   
    421     <t:tab id="annotations" title="Annotations" helpid="annotations.edit">
    422       <iframe name="annotations" id="idAnnotations" src="../../common/annotations/wait.jsp"
    423         width="100%"  height="<%=(int)(scale*370)%>" frameborder=0 vspace=0 hspace=0
    424         marginwidth=0 marginheight=0 scrolling="auto" style="overflow: visible"></iframe>
     427    <t:tab id="annotations" title="Annotations" helpid="annotations.edit"><iframe
     428      name="annotations" id="idAnnotations" src="../../common/annotations/wait.jsp"
     429      style="width: 100%; height: 100%;"></iframe>
    425430    </t:tab>   
    426431    </t:tabcontrol>
    427 
    428     <table align="center">
    429     <tr>
    430       <td width="50%"><base:button onclick="saveSettings()" title="Save" /></td>
    431       <td width="50%"><base:button onclick="window.close()" title="Cancel" /></td>
    432     </tr>
    433     </table>
    434432    </form>
     433
     434    <div class="legend">
     435      <base:icon image="required.gif" /> = required information
     436      <%if (bioplate == null) {%><br>
     437        <base:icon image="unchangeable.gif" /> = can't be changed later
     438      <%}%>
     439    </div>
     440
     441    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
     442      <base:button onclick="saveSettings()" title="Save" />
     443      <base:button onclick="window.close()" title="Cancel" />
     444    </base:buttongroup>
    435445  </base:body>
    436446  </base:page>

  • trunk/www/biomaterials/bioplates/events/edit_event.jsp

    r5908 r5913  
    196196  </base:head>
    197197  <base:body onload="init()">
    198     <p>
     198    <h1><%=title%> <base:help tabcontrol="settings" /></h1>
    199199    <form action="index.jsp?ID=<%=ID%>" method="post" name="event" onsubmit="return false;">
    200200    <input type="hidden" name="cmd" value="UpdateItem">
    201201
    202     <h3 class="docked"><%=title%> <base:help tabcontrol="settings" /></h3>
    203     <t:tabcontrol id="settings" contentstyle="<%="height: "+(int)(scale*340)+"px;"%>"
     202    <t:tabcontrol id="settings"
     203      subclass="content dialogtabcontrol"
    204204      position="bottom"  remember="<%=event != null%>"
    205205      extensions="<%=invoker%>">
    206206    <t:tab id="info" title="Bioplate event" validate="validateBioPlateEvent()" helpid="bioplateevent.edit">
    207       <table class="form" cellspacing=0>
     207      <table class="fullform input100">
    208208      <tr>
    209         <td class="prompt">Name</td>
     209        <th>Name</th>
    210210        <td><input <%=requiredClazz%> type="text" name="name"
    211211          value="<%=HTML.encodeTags(event.getName())%>"
    212           size="40" maxlength="<%=BioPlateEvent.MAX_NAME_LENGTH%>"></td>
     212          maxlength="<%=BioPlateEvent.MAX_NAME_LENGTH%>"></td>
     213        <td></td>
    213214      </tr>
    214215      <tr>
    215         <td class="prompt">Event date</td>
     216        <th>Event date</th>
    216217        <td>
    217           <table border="0" cellspacing="0" cellpadding="0">
     218          <table>
    218219          <tr>
    219220          <td>
    220             <input <%=clazz%> type="text" name="event_date"
     221            <input <%=clazz%> type="text" name="event_date" style="width: 15em;"
    221222              value="<%=HTML.encodeTags(dateFormatter.format(event.getEventDate()))%>"
    222               size="20" maxlength="20" title="Enter date in format: <%=htmlDateFormat%>">
    223             &nbsp;
     223              maxlength="20" title="Enter date in format: <%=htmlDateFormat%>">
    224224          </td>
    225225          <td>
    … …  
    234234          </table>
    235235        </td>
     236        <td></td>
    236237      </tr>
    237238      <tr>
    238         <td class="prompt">Protocol</td>
     239        <th>Protocol</th>
    239240        <td>
    240241          <base:select
    … …  
    248249          />
    249250        </td>
     251        <td></td>
    250252      </tr>
    251253      <tr>
    252         <td class="prompt">Hardware</td>
     254        <th>Hardware</th>
    253255        <td>
    254256          <base:select
    … …  
    262264          />
    263265        </td>
    264       </tr>
    265       <tr >
    266         <td class="prompt">Description</td>
    267         <td nowrap>
    268           <textarea <%=clazz%> rows="4" cols="40" name="description"
     266        <td></td>
     267      </tr>
     268      <tr class="dynamic">
     269        <th>Description</td>
     270        <td>
     271          <textarea <%=clazz%> rows="6" name="description"
    269272            ><%=HTML.encodeTags(event.getDescription())%></textarea>
    270           <a href="javascript:Main.zoom('Description', 'event', 'description')"
    271             title="Edit in larger window"><base:icon image="zoom.png" /></a>
     273        </td>
     274        <td style="width: 20px;">
     275          <base:icon image="zoom.png"
     276            onclick="Main.zoom('Description', 'event', 'description')"
     277            tooltip="Edit in larger window"
     278          />
    272279        </td>
    273280      </tr>
    274281      </table>
    275       <div align=right>&nbsp;<i><base:icon image="required.gif" /> = required information</i></div>
    276282    </t:tab>
    277283    </t:tabcontrol>
    278 
    279     <table align="center">
    280     <tr>
    281       <td width="50%"><base:button onclick="saveSettings()" title="Save" /></td>
    282       <td width="50%"><base:button onclick="window.close()" title="Cancel" /></td>
    283     </tr>
    284     </table>
    285284    </form>
     285   
     286    <div class="legend">
     287      <base:icon image="required.gif" /> = required information
     288    </div>
     289
     290    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
     291      <base:button onclick="saveSettings()" title="Save" />
     292      <base:button onclick="window.close()" title="Cancel" />
     293    </base:buttongroup>
    286294  </base:body>
    287295  </base:page>

  • trunk/www/biomaterials/bioplates/wells/edit_biowell.jsp

    r5709 r5913  
    4949%>
    5050<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
    51 <%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
    5251<%
    5352final Item itemType = Item.BIOWELL;
    … …  
    107106    {
    108107      var frm = document.forms['biowell'];
    109       if (TabControl.validateActiveTab('settings'))
     108      if (validateBioWell())
    110109      {
    111110        frm.biomaterial_type.disabled = false;
    … …  
    166165  </base:head>
    167166  <base:body>
    168     <p>
     167    <h1><%=title%> <base:help helpid="biowell.edit" /></h1>
    169168    <form action="index.jsp?ID=<%=ID%>" method="post" name="biowell" onsubmit="return false;">
    170169    <input type="hidden" name="cmd" value="UpdateItem">
    171170
    172     <h3 class="docked"><%=title%> <base:help tabcontrol="settings" /></h3>
    173     <t:tabcontrol id="settings" contentstyle="<%="height: "+(int)(scale*160)+"px;"%>"
    174       position="bottom"
    175       extensions="<%=invoker%>">
    176     <t:tab id="info" title="Biowell" validate="validateBioWell()" helpid="biowell.edit">
    177       <table class="form" cellspacing=0>
    178       <tr>
    179         <td class="prompt">Bioplate</td>
     171    <div class="content bottomborder">
     172
     173      <table class="fullform input100">
     174      <tr>
     175        <th>Bioplate</th>
    180176        <td><%=HTML.encodeTags(bioPlate.getName())%></td>
    181177      </tr>
    182178      <tr>
    183         <td class="prompt">Well location</td>
     179        <th>Well location</th>
    184180        <td><%=rowFormatter.format(bioWell.getRow())%><%=columnFormatter.format(bioWell.getColumn())%></td>
    185181      </tr>
    186182      <tr>
    187         <td class="prompt">Biomaterial type</td>
     183        <th>Biomaterial type</th>
    188184        <td>         
    189185          <select name="biomaterial_type" onchange="bioMaterialTypeOnChange()" <%=bioMaterialType != null ? "disabled": ""%>>
    … …  
    212208      </tr>
    213209      <tr>
    214         <td class="prompt">Biomaterial</td>
     210        <th>Biomaterial</th>
    215211        <td>
    216212          <base:select
    … …  
    231227        %>
    232228        <tr>
    233           <td></td>
     229          <th></th>
    234230          <td>
    235231            <base:note type="warning" style="background: #ffffd8;">
    … …  
    242238      }
    243239      %>
     240      <tr class="dynamic">
     241        <th></th>
     242        <td></td>
     243      </tr>
    244244      </table>
    245     </t:tab>
    246     </t:tabcontrol>
    247     <table align="center">
    248     <tr>
    249       <td width="50%"><base:button onclick="saveSettings()" title="Save" /></td>
    250       <td width="50%"><base:button onclick="window.close()" title="Cancel" /></td>
    251     </tr>
    252     </table>
    253245    </form>
     246   
     247    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
     248      <base:button onclick="saveSettings()" title="Save" />
     249      <base:button onclick="window.close()" title="Cancel" />
     250    </base:buttongroup>
    254251  </base:body>
    255252  </base:page>

  • trunk/www/biomaterials/bioplatetypes/edit_platetype.jsp

    r5908 r5913  
    197197  </base:head>
    198198  <base:body onload="init()">
    199     <p>
     199    <h1><%=title%> <base:help tabcontrol="settings" /></h1>
    200200    <form action="index.jsp?ID=<%=ID%>" method="post" name="bioPlateType" onsubmit="return false;">
    201201    <input type="hidden" name="cmd" value="UpdateItem">
    202202
    203     <h3 class="docked"><%=title%> <base:help tabcontrol="settings" /></h3>
    204     <t:tabcontrol id="settings" contentstyle="<%="height: "+(int)(scale*260)+"px;"%>"
     203    <t:tabcontrol id="settings"
     204      subclass="content dialogtabcontrol"
    205205      position="bottom"  remember="<%=bioPlateType != null%>"
    206206      extensions="<%=invoker%>">
    207207    <t:tab id="info" title="Bioplate type" validate="validateBioPlateType()" helpid="bioplatetype.edit">
    208       <table class="form" cellspacing=0>
     208      <table class="fullform input100">
    209209      <tr>
    210         <td class="prompt">Name</td>
     210        <th>Name</th>
    211211        <td><input <%=requiredClazz%> type="text" name="name"
    212212          value="<%=HTML.encodeTags(bioPlateType == null ? Values.getString(cc.getPropertyValue("name"), "New bioplate type") : bioPlateType.getName())%>"
    213           size="40" maxlength="<%=BioPlateType.MAX_NAME_LENGTH%>"></td>
     213          maxlength="<%=BioPlateType.MAX_NAME_LENGTH%>"></td>
     214        <td></td>
    214215      </tr>
    215       <tr >
    216         <td class="prompt">Biomaterial type</td>
     216      <tr>
     217        <th>Biomaterial type</th>
    217218        <%
    218219        if (bioPlateType == null)
    … …  
    235236        }
    236237        %>
     238        <td></td>
    237239      </tr>
    238240      <%
    … …  
    240242      {
    241243        %>
    242         <tr >
    243           <td class="prompt">Biomaterial subtype</td>
    244           <td colspan="2">
     244        <tr>
     245          <th>Biomaterial subtype</th>
     246          <td>
    245247            <select name="subtype_id"
    246248              <%=!readCurrentSubtype ? "disabled readonly class=\"disabled selectionlist\"" : "class=\"selectionlist\""%>
    … …  
    276278            </select>
    277279          </td>
     280          <td></td>
    278281        </tr>
    279282        <%
    … …  
    281284      %>
    282285      <tr>
    283         <td class="prompt">Well lock mode</td>
     286        <th>Well lock mode</th>
    284287        <td>
    285           <select name="lockMode">
     288          <select name="lockMode" class="selectionlist">
    286289          <%
    287290          for (BioWell.LockMode lm : BioWell.LockMode.values())
    … …  
    295298          </select>
    296299        </td>
     300        <td></td>
    297301      </tr>
    298       <tr >
    299         <td class="prompt">Description</td>
    300         <td nowrap>
    301           <textarea <%=clazz%> rows="4" cols="40" name="description"
     302      <tr class="dynamic">
     303        <th>Description</th>
     304        <td>
     305          <textarea <%=clazz%> rows="6" name="description"
    302306            ><%=HTML.encodeTags(bioPlateType == null ? cc.getPropertyValue("description") : bioPlateType.getDescription())%></textarea>
    303           <a href="javascript:Main.zoom('Description', 'bioPlateType', 'description')"
    304             title="Edit in larger window"><base:icon image="zoom.png" /></a>
     307        </td>
     308        <td style="width: 20px;">
     309          <base:icon image="zoom.png"
     310            onclick="Main.zoom('Description', 'bioPlateType', 'description')"
     311            tooltip="Edit in larger window"
     312          />
    305313        </td>
    306314      </tr>
    307315      </table>
    308       <div align=right>&nbsp;<i><base:icon image="required.gif" /> = required information</i>
    309       <%if (bioPlateType == null) {%><br>
    310         <i><base:icon image="unchangeable.gif" /> = can't be changed later</i>
    311         <%}%>
    312       </div>
    313316    </t:tab>
    314317    </t:tabcontrol>
    315 
    316     <table align="center">
    317     <tr>
    318       <td width="50%"><base:button onclick="saveSettings()" title="Save" /></td>
    319       <td width="50%"><base:button onclick="window.close()" title="Cancel" /></td>
    320     </tr>
    321     </table>
    322318    </form>
     319
     320    <div class="legend">
     321      <base:icon image="required.gif" /> = required information
     322      <%if (bioPlateType == null) {%><br>
     323        <base:icon image="unchangeable.gif" /> = can't be changed later
     324      <%}%>
     325    </div>
     326
     327    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
     328      <base:button onclick="saveSettings()" title="Save" />
     329      <base:button onclick="window.close()" title="Cancel" />
     330    </base:buttongroup>
    323331  </base:body>
    324332  </base:page>

  • trunk/www/biomaterials/biosources/edit_biosource.jsp

    r5908 r5913  
    169169  </base:head>
    170170  <base:body onload="init()">
    171     <p>
     171    <h1><%=title%> <base:help tabcontrol="settings" /></h1>
    172172    <form action="index.jsp?ID=<%=ID%>" method="post" name="biosource" onsubmit="return false;">
    173173    <input type="hidden" name="cmd" value="UpdateItem">
    174174
    175     <h3 class="docked"><%=title%> <base:help tabcontrol="settings" /></h3>
    176     <t:tabcontrol id="settings" contentstyle="<%="height: "+(int)(scale*370)+"px;"%>"
     175    <t:tabcontrol id="settings"
     176      subclass="content dialogtabcontrol"
    177177      position="bottom"  remember="<%=bioSource != null%>" switch="switchTab"
    178178      extensions="<%=invoker%>">
    179179    <t:tab id="info" title="Biosource" validate="validateBioSource()" helpid="biosource.edit">
    180       <table class="form" cellspacing=0>
     180      <table class="fullform input100">
    181181      <tr>
    182         <td class="prompt">Name</td>
     182        <th>Name</td>
    183183        <td><input <%=requiredClazz%> type="text" name="name"
    184184          value="<%=HTML.encodeTags(bioSource == null ? Values.getString(cc.getPropertyValue("name"), "New biosource") : bioSource.getName())%>"
    185           size="40" maxlength="<%=BioSource.MAX_NAME_LENGTH%>"></td>
    186       </tr>
    187       <tr >
    188         <td class="prompt">Type</td>
    189         <td colspan="2">
     185          maxlength="<%=BioSource.MAX_NAME_LENGTH%>"></td>
     186        <td></td>
     187      </tr>
     188      <tr>
     189        <th>Type</th>
     190        <td>
    190191          <select name="subtype_id"
    191192            <%=!readCurrentSubtype ? "disabled readonly class=\"disabled selectionlist\"" : "class=\"selectionlist\""%>>
    … …  
    217218          </select>
    218219        </td>
     220        <td></td>
    219221      </tr>
    220222      <tr>
    221         <td class="prompt">External ID</td>
     223        <th>External ID</th>
    222224        <td><input <%=clazz%> type="text" name="external_id"
    223225          value="<%=HTML.encodeTags(bioSource == null ? Values.getString(cc.getPropertyValue("externalId"), "") : bioSource.getExternalId())%>"
    224           size="40" maxlength="<%=BioSource.MAX_EXTERNAL_ID_LENGTH%>"></td>
    225       </tr>
    226       <tr >
    227         <td class="prompt">Description</td>
    228         <td nowrap>
    229           <textarea <%=clazz%> rows="4" cols="40" name="description"
     226          maxlength="<%=BioSource.MAX_EXTERNAL_ID_LENGTH%>"></td>
     227        <td></td>
     228      </tr>
     229      <tr class="dynamic">
     230        <th>Description</th>
     231        <td>
     232          <textarea <%=clazz%> rows="6"  name="description"
    230233            ><%=HTML.encodeTags(bioSource == null ? cc.getPropertyValue("description") : bioSource.getDescription())%></textarea>
    231           <a href="javascript:Main.zoom('Description', 'biosource', 'description')"
    232             title="Edit in larger window"><base:icon image="zoom.png" /></a>
    233234        </td>
     235        <td style="width: 20px;">
     236          <base:icon image="zoom.png"
     237            onclick="Main.zoom('Description', 'biosource', 'description')"
     238            tooltip="Edit in larger window"
     239          />
     240        </td>
    234241      </tr>
    235242      </table>
    236       <div align=right>&nbsp;<i><base:icon image="required.gif" /> = required information</i></div>
    237243    </t:tab>
    238244
    239     <t:tab id="annotations" title="Annotations" helpid="annotations.edit">
    240       <iframe name="annotations" id="idAnnotations" src="../../common/annotations/wait.jsp"
    241         width="100%"  height="<%=(int)(scale*370)%>" frameborder=0 vspace=0 hspace=0
    242         marginwidth=0 marginheight=0 scrolling="auto" style="overflow: visible"></iframe>
    243     </t:tab>
    244    
     245    <t:tab id="annotations" title="Annotations" helpid="annotations.edit"><iframe
     246      name="annotations" id="idAnnotations" src="../../common/annotations/wait.jsp"
     247      style="width: 100%; height: 100%;"></iframe></t:tab>
    245248    </t:tabcontrol>
    246 
    247     <table align="center">
    248     <tr>
    249       <td width="50%"><base:button onclick="saveSettings()" title="Save" /></td>
    250       <td width="50%"><base:button onclick="window.close()" title="Cancel" /></td>
    251     </tr>
    252     </table>
    253249    </form>
     250
     251    <div class="legend">
     252      <base:icon image="required.gif" /> = required information
     253    </div>
     254
     255    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
     256      <base:button onclick="saveSettings()" title="Save" />
     257      <base:button onclick="window.close()" title="Cancel" />
     258    </base:buttongroup>
    254259  </base:body>
    255260  </base:page>

  • trunk/www/biomaterials/events/edit_event.jsp

    r5908 r5913  
    171171  </base:head>
    172172  <base:body onload="init()">
    173     <p>
     173    <h1><%=title%></h1>
    174174    <form action="index.jsp?ID=<%=ID%>" method="post" name="event" onsubmit="return false;">
    175175    <input type="hidden" name="cmd" value="UpdateItem">
    … …  
    177177    <input type="hidden" name="biomaterial_id" value="<%=bioMaterialId%>">
    178178
    179     <h3 class="docked"><%=title%></h3>
    180     <t:tabcontrol id="settings" contentstyle="<%="height: "+(int)(scale*250)+"px;"%>"
     179    <t:tabcontrol id="settings"
     180      subclass="content dialogtabcontrol"
    181181      position="bottom" remember="<%=event != null%>"
    182182      extensions="<%=invoker%>">
    183183    <t:tab id="info" title="Event" validate="validateEvent()">
    184       <table class="form" cellspacing=0>
     184      <table class="fullform input100">
    185185      <tr>
    186         <td class="prompt">Event date</td>
     186        <th>Event date</th>
    187187        <td>
    188           <table border="0" cellspacing="0" cellpadding="0">
     188          <table>
    189189          <tr>
    190190          <td>
    191             <input <%=clazz%> type="text" name="event_date"
     191            <input <%=clazz%> style="width: 15em;" type="text" name="event_date"
    192192              value="<%=HTML.encodeTags(dateFormatter.format(eventDate == null ? new Date() : eventDate))%>"
    193               size="20" maxlength="20" title="Enter date in format: <%=htmlDateFormat%>">
     193              maxlength="20" title="Enter date in format: <%=htmlDateFormat%>">
    194194            &nbsp;
    195195          </td>
    … …  
    205205          </table>
    206206        </td>
     207        <td></td>
    207208      </tr>
    208209      <tr>
    209         <td class="prompt">Used quantity</td>
    210         <td><input <%=clazz%> type="text" name="used_quantity"
    211           value="<%=Values.formatNumber(event == null ? null : event.getUsedQuantity(), -1)%>" size="12"
     210        <th>Used quantity</th>
     211        <td><input <%=clazz%> style="width: 15em;" type="text" name="used_quantity"
     212          value="<%=Values.formatNumber(event == null ? null : event.getUsedQuantity(), -1)%>"
    212213          maxlength="10" onkeypress="return Numbers.numberOnly(event)"> (µg)</td>
     214        <td></td>
    213215      </tr>
    214216      <tr>
    215         <td class="prompt">Protocol</td>
     217        <th>Protocol</th>
    216218        <td>
    217219          <base:select
    … …  
    226228          />
    227229        </td>
    228       </tr>
    229       <tr >
    230         <td class="prompt">Comment</td>
    231         <td nowrap>
    232           <textarea <%=clazz%> rows="4" cols="40"
    233             name="comment" ><%=HTML.encodeTags(event == null ? cc.getPropertyValue("comment") : event.getComment())%></textarea>
    234           <a href="javascript:Main.zoom('Comment', 'event', 'comment')" title="Edit in larger window"><base:icon image="zoom.png" /></a>
     230        <td></td>
     231      </tr>
     232      <tr class="dynamic">
     233        <th>Comment</th>
     234        <td>
     235          <textarea <%=clazz%> rows="6" name="comment"
     236            ><%=HTML.encodeTags(event == null ? cc.getPropertyValue("comment") : event.getComment())%></textarea>
     237        </td>
     238        <td style="width: 20px;">
     239          <base:icon image="zoom.png"
     240            onclick="Main.zoom('Comment', 'event', 'comment')"
     241            tooltip="Edit in larger window"
     242          />
    235243        </td>
    236244      </tr>
    237245      </table>
    238       <div align=right>&nbsp;<i><base:icon image="required.gif" /> = required information</i></div>
    239246    </t:tab>
    240247    </t:tabcontrol>
    241 
    242     <table align="center">
    243     <tr>
    244       <td width="50%"><base:button onclick="saveSettings()" title="Save" /></td>
    245       <td width="50%"><base:button onclick="window.close()" title="Cancel" /></td>
    246     </tr>
    247     </table>
    248248    </form>
     249
     250    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
     251      <base:button onclick="saveSettings()" title="Save" />
     252      <base:button onclick="window.close()" title="Cancel" />
     253    </base:buttongroup>
    249254  </base:body>
    250255  </base:page>

  • trunk/www/biomaterials/extracts/edit_extract.jsp

    r5908 r5913  
    701701  </base:head>
    702702  <base:body onload="init()">
    703     <p>
     703    <h1><%=title%> <base:help tabcontrol="settings" /></h1>
    704704    <form action="index.jsp?ID=<%=ID%>" method="post" name="extract" onsubmit="return false;">
    705705    <input type="hidden" name="cmd" value="UpdateItem">
    706706
    707     <h3 class="docked"><%=title%> <base:help tabcontrol="settings" /></h3>
    708     <t:tabcontrol id="settings" contentstyle="<%="height: "+(int)(scale*370)+"px;"%>"
     707    <t:tabcontrol id="settings"
     708      subclass="content dialogtabcontrol"
    709709      position="bottom"  remember="<%=extract != null%>" switch="switchTab"
    710710      extensions="<%=invoker%>">
    711711    <t:tab id="info" title="Extract" validate="validateExtract()" helpid="extract.edit">
    712       <table class="form" cellspacing=0>
    713       <tr>
    714         <td class="prompt">Name</td>
     712      <table class="fullform input100">
     713      <tr>
     714        <th>Name</th>
    715715        <td><input <%=requiredClazz%> type="text" name="name"
    716716          value="<%=HTML.encodeTags(name)%>"
    717           size="40" maxlength="<%=Extract.MAX_NAME_LENGTH%>"></td>
     717          maxlength="<%=Extract.MAX_NAME_LENGTH%>"></td>
     718        <td></td>
    718719      </tr>
    719720      <tr >
    720         <td class="prompt">Type</td>
    721         <td colspan="2">
     721        <th>Type</th>
     722        <td>
    722723          <select name="subtype_id"
    723724            <%=!readCurrentSubtype ? "disabled readonly class=\"disabled selectionlist\"" : "class=\"selectionlist\""%>
    … …  
    752753          </select>
    753754        </td>
    754       </tr>
    755       <tr>
    756         <td class="prompt">Tag</td>
     755        <td></td>
     756      </tr>
     757      <tr>
     758        <th>Tag</th>
    757759        <td>
    758760          <base:select
    … …  
    767769          />
    768770        </td>
    769       </tr>
    770       <tr>
    771         <td class="prompt">External ID</td>
     771        <td></td>
     772      </tr>
     773      <tr>
     774        <th>External ID</th>
    772775        <td><input <%=clazz%> type="text" name="external_id"
    773776          value="<%=HTML.encodeTags(extract == null ? Values.getString(cc.getPropertyValue("externalId"), "") : extract.getExternalId())%>"
    774           size="40" maxlength="<%=Extract.MAX_EXTERNAL_ID_LENGTH%>"></td>
    775       </tr>
    776       <tr>
    777         <td class="prompt">Original quantity</td>
    778         <td><input <%=clazz%> type="text" name="original_quantity"
    779           value="<%=Values.formatNumber(extract == null ? Values.getFloat(cc.getPropertyValue("originalQuantity"), null): extract.getOriginalQuantity(), -1)%>" size="12"
     777          maxlength="<%=Extract.MAX_EXTERNAL_ID_LENGTH%>"></td>
     778        <td></td>
     779      </tr>
     780      <tr>
     781        <th>Original quantity</th>
     782        <td><input <%=clazz%> type="text" name="original_quantity" style="width: 15em;"
     783          value="<%=Values.formatNumber(extract == null ? Values.getFloat(cc.getPropertyValue("originalQuantity"), null): extract.getOriginalQuantity(), -1)%>"
    780784          maxlength="10" onkeypress="return Numbers.numberOnly(event)"> (µg)</td>
    781       </tr>
    782       <tr>
    783         <td class="prompt">Created</td>
    784         <td>
    785           <table border="0" cellspacing="0" cellpadding="0">
     785        <td></td>
     786      </tr>
     787      <tr>
     788        <th>Created</th>
     789        <td>
     790          <table>
    786791          <tr>
    787792          <td>
    788             <input <%=clazz%> type="text" name="event_date" <%=lockEventProperties ? "disabled" : ""%>
     793            <input <%=clazz%> style="width: 15em;" type="text" name="event_date" <%=lockEventProperties ? "disabled" : ""%>
    789794              value="<%=HTML.encodeTags(dateFormatter.format(eventDate))%>"
    790               size="20" maxlength="20" title="Enter date in format: <%=htmlDateFormat%>">
    791             &nbsp;
     795               maxlength="20" title="Enter date in format: <%=htmlDateFormat%>">
    792796          </td>
    793797          <td>
    … …  
    803807          </table>
    804808        </td>
    805       </tr>
    806       <tr>
    807         <td class="prompt">Registered</td>
     809        <td></td>
     810      </tr>
     811      <tr>
     812        <th>Registered</th>
    808813        <td><%=dateFormatter.format(creationEvent == null ? new Date() : creationEvent.getEntryDate())%></td>
    809       </tr>
    810       <tr>
    811         <td class="prompt">Protocol</td>
     814        <td></td>
     815      </tr>
     816      <tr>
     817        <th>Protocol</th>
    812818        <td>
    813819          <base:select
    … …  
    825831          />
    826832        </td>
    827       </tr>
    828       <tr>
    829         <td class="prompt">Bioplate</td>
     833        <td></td>
     834      </tr>
     835      <tr>
     836        <th>Bioplate</th>
    830837        <td>
    831838          <base:select
    … …  
    842849          />
    843850        </td>
    844       </tr>
    845       <tr>
    846         <td class="prompt">Biowell</td>
     851        <td></td>
     852      </tr>
     853      <tr>
     854        <th class="subprompt">- well</th>
    847855        <td>
    848856          <base:select
    … …  
    858866          />
    859867        </td>
    860       </tr>
    861       <tr >
    862         <td class="prompt">Description</td>
    863         <td nowrap>
    864           <textarea <%=clazz%> rows="4" cols="40" name="description"
     868        <td></td>
     869      </tr>
     870      <tr class="dynamic">
     871        <th>Description</th>
     872        <td>
     873          <textarea <%=clazz%> rows="6" name="description"
    865874            ><%=HTML.encodeTags(extract == null ? cc.getPropertyValue("description") : extract.getDescription())%></textarea>
    866           <a href="javascript:Main.zoom('Description', 'extract', 'description')"
    867             title="Edit in larger window"><base:icon image="zoom.png" /></a>
     875        </td>
     876        <td style="width: 20px;">
     877          <base:icon image="zoom.png"
     878            onclick="Main.zoom('Description', 'extract', 'description')"
     879            tooltip="Edit in larger window"
     880          />
    868881        </td>
    869882      </tr>
    870883      </table>
    871       <div align=right>&nbsp;<i><base:icon image="required.gif" /> = required information</i></div>
    872884    </t:tab>
    873885   
    874886    <t:tab id="parents" title="Parents" helpid="extract.parents">
    875       <table class="form" cellspacing=0>
    876       <tr>
    877         <td class="prompt">Parent type</td>
     887      <table class="fullform input100">
     888      <tr>
     889        <th>Parent type</th>
    878890        <td>
    879891          <input type="radio" name="parentType" id="parentType.sample"
    … …  
    887899        </td>
    888900      </tr>
    889       <tr >
    890         <td class="prompt">Sample</td>
     901      <tr>
     902        <th>Sample</th>
    891903        <td>
    892904          <base:select
    893905            id="sample_id"
    894906            clazz="selectionlist"
    895             buttonstyle="width: 150px;"
     907            buttonstyle="width: 12em;"
    896908            buttonicon="add.png"
    897909            buttontitle="Select sample&hellip;"
    898             buttonclass="leftaligned buttonclass"
     910            buttonclass="leftaligned basicbutton"
    899911            required="false"
    900912            current="<%=currentSample%>"
    … …  
    909921      </tr>
    910922      <tr>
    911         <td class="subprompt">-</td>
    912         <td>
    913           used quantity
    914           <input <%=clazz%> type="text" name="used_from_sample" value="<%=Values.formatNumber(usedFromSample, -1)%>"
    915             size="12" maxlength="10" onkeypress="return Numbers.numberOnly(event)"
     923        <th class="subprompt">used quantity</td>
     924        <td>
     925          <input <%=clazz%> style="width: 15em;" type="text" name="used_from_sample"
     926            value="<%=Values.formatNumber(usedFromSample, -1)%>"
     927            maxlength="10" onkeypress="return Numbers.numberOnly(event)"
    916928            onblur="usedFromSampleOnBlur()"> (µg)
    917929        </td>
    918930      </tr>
    919       <tr >
    920         <td class="prompt">Extracts</td>
    921         <td>
    922           <table border="0" cellspacing="0" cellpadding="0">
    923           <tr >
     931      <tr class="big">
     932        <th>Extracts</td>
     933        <td>
     934          <div class="selectionlist">
     935          <table>
     936          <tr>
    924937          <td>
    925             <select name="extracts" size="12" multiple class="selectionlist"
    926               onchange="extractsOnChange()">
    927             </select>&nbsp;
     938            <select name="extracts" size="12" multiple onchange="extractsOnChange()">
     939            </select>
     940          </td>
     941          <td>
     942          <td style="vertical-align: top;">
     943            <base:buttongroup vertical="true">
     944              <base:button
     945                subclass="leftaligned"
     946                style="width: 12em;"
     947                onclick="addExtractsOnClick()"
     948                title="Add&nbsp;extracts&hellip;"
     949                tooltip="Add extracts"
     950              />
     951              <base:button
     952                subclass="leftaligned"
     953                style="width: 12em;"
     954                onclick="removeOnClick()"
     955                title="Remove"
     956                tooltip="Remove the selected extracts"
     957              />
     958            </base:buttongroup>
    928959            <input type="hidden" name="modifiedExtracts" value="">
    929960            <input type="hidden" name="removedExtracts" value="">
    930961          </td>
    931           <td>
    932             <table border="0" cellspacing="0" cellpadding="0">
    933             <tr><td style="padding: 1px 0px 4px 0px;"><base:button
    934               clazz="leftaligned buttonclass"
    935               style="width: 150px;"
    936               onclick="addExtractsOnClick()"
    937               title="Add&nbsp;extracts&hellip;"
    938               tooltip="Add extracts"
    939               /></td></tr>
    940             <tr><td width="150"><base:button
    941               clazz="leftaligned buttonclass"
    942               style="width: 150px;"
    943               onclick="removeOnClick()"
    944               title="Remove"
    945               tooltip="Remove the selected extracts"
    946             /></td></tr>
    947             </table>
    948           </td>
    949962          </tr>
    950963          </table>
    951         </td>
    952       </tr>
    953       <tr>
    954         <td class="subprompt">-</td>
    955         <td>used quantity
    956         <input <%=clazz%> type="text" name="used_quantity" value=""
    957               size="12" maxlength="10" onkeypress="return Numbers.numberOnly(event)"
     964          </div>
     965        </td>
     966      </tr>
     967      <tr>
     968        <th class="subprompt">used quantity</th>
     969        <td>
     970          <input <%=clazz%> style="width: 15em;" type="text" name="used_quantity"
     971              value=""
     972              maxlength="10" onkeypress="return Numbers.numberOnly(event)"
    958973              onkeyup="usedQuantityOnBlur();"
    959974            > (µg)
    960975        </td>
    961976      </tr>         
     977      <tr class="dynamic">
     978        <th></th>
     979        <td></td>
     980      </tr>
    962981      </table>
    963982    </t:tab>
    964983
    965     <t:tab id="annotations" title="Annotations &amp; parameters"
    966       helpid="annotations.edit" tooltip="Enter values for annotations and protocol parameters">
    967       <iframe name="annotations" id="idAnnotations" src="../../common/annotations/wait.jsp"
    968         width="100%"  height="<%=(int)(scale*370)%>" frameborder=0 vspace=0 hspace=0
    969         marginwidth=0 marginheight=0 scrolling="auto" style="overflow: visible"></iframe>
    970     </t:tab>
     984    <t:tab id="annotations" title="Annotations &amp; parameters" helpid="annotations.edit"><iframe
     985      name="annotations" id="idAnnotations" src="../../common/annotations/wait.jsp"
     986      style="width: 100%; height: 100%;"></iframe></t:tab>
    971987   
    972     <t:tab id="inheritedAnnotations" title="Inherited annotations" helpid="annotations.edit.inherited">
    973    
    974       <iframe name="inheritedAnnotations" id="idInheritedAnnotations" src="../../common/annotations/wait.jsp"
    975         width="100%"  height="<%=(int)(scale*370)%>" frameborder=0 vspace=0 hspace=0
    976         marginwidth=0 marginheight=0 scrolling="auto" style="overflow: visible"></iframe>
    977     </t:tab>
     988    <t:tab id="inheritedAnnotations" title="Inherited annotations"
     989      helpid="annotations.edit.inherited"><iframe
     990        name="inheritedAnnotations" id="idInheritedAnnotations" src="../../common/annotations/wait.jsp"
     991        style="width: 100%; height: 100%;"></iframe></t:tab>
    978992    </t:tabcontrol>
    979 
    980     <table align="center">
    981     <tr>
    982       <td width="50%"><base:button onclick="saveSettings()" title="Save" /></td>
    983       <td width="50%"><base:button onclick="window.close()" title="Cancel" /></td>
    984     </tr>
    985     </table>
    986993    </form>
     994
     995    <div class="legend">
     996      <base:icon image="required.gif" /> = required information
     997    </div>
     998
     999    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
     1000      <base:button onclick="saveSettings()" title="Save" />
     1001      <base:button onclick="window.close()" title="Cancel" />
     1002    </base:buttongroup>
    9871003  </base:body>
    9881004  </base:page>

  • trunk/www/biomaterials/lists/edit_list.jsp

    r5908 r5913  
    190190  </base:head>
    191191  <base:body onload="init()">
    192     <p>
     192    <h1><%=title%> <base:help tabcontrol="settings"/></h1>
    193193    <form action="index.jsp?ID=<%=ID%>" method="post" name="list" onsubmit="return false;">
    194194    <input type="hidden" name="cmd" value="UpdateItem">
    … …  
    202202    }
    203203    %>
    204     <h3 class="docked"><%=title%> <base:help tabcontrol="settings"/></h3>
    205     <t:tabcontrol id="settings" contentstyle="<%="height: "+(int)(scale*370)+"px;"%>"
     204    <t:tabcontrol id="settings"
     205      subclass="content dialogtabcontrol"
    206206      position="bottom"  remember="<%=list != null%>"
    207207      extensions="<%=invoker%>">
    208208    <t:tab id="info" title="Biomaterial list" validate="validateList()" helpid="biomateriallist.edit">
    209       <table class="form" cellspacing=0>
     209      <table class="fullform input100">
    210210      <tr>
    211         <td class="prompt">Name</td>
     211        <th>Name</th>
    212212        <td><input <%=requiredClazz%> type="text" name="name"
    213213          value="<%=HTML.encodeTags(list == null ? Values.getString(cc.getPropertyValue("name"), "New list") : list.getName())%>"
    214           size="40" maxlength="<%=BioMaterialList.MAX_NAME_LENGTH%>"></td>
     214          maxlength="<%=BioMaterialList.MAX_NAME_LENGTH%>"></td>
     215        <td></td>
    215216      </tr>
    216217      <tr>
    217         <td class="prompt">Member type</td>
     218        <th>Member type</th>
    218219        <td>
    219220          <select name="memberType" <%=mergeLists || list != null ? "disabled" : "" %>>
    … …  
    223224          </select>
    224225        </td>
     226        <td></td>
    225227      </tr>
    226228      <%
    … …  
    228230      {
    229231        %>
    230         <tr >
    231           <td class="prompt">Source biomaterials</td>
     232        <tr>
     233          <th style="height: 5em;">Source biomaterials</th>
    232234          <td>
    233235            <input type="radio" name="source" id="sourceSelected" value="selected"
    … …  
    238240              ><label for="sourceAll">All pages</label><br>
    239241          </td>
     242          <td></td>
    240243        </tr>
    241244        <tr>
    242           <td class="prompt">Include pooled</td>
     245          <th>Include pooled</th>
    243246          <td>
    244247            <input type="checkbox" name="pooled" id="pooled" value="1"
    245248              ><label for="pooled">Include pooled children/parents in the list</label><br>
    246249          </td>
     250          <td></td>
    247251        </tr>
    248252        <%
    … …  
    251255      {
    252256        %>
    253         <tr >
    254           <td class="prompt">Add members?</td>
     257        <tr>
     258          <th style="height: 6em;">Add members?</th>
    255259          <td>
    256260            <input type="radio" name="create" id="createEmpty" value=""
    … …  
    262266            <input type="radio" name="create" id="createCount" value="count"
    263267              ><label for="createCount" title="The new list contains only items that are present in some of selected lists">Present in at least</label>
    264               <input type="text" class="text" name="minCount" size="2" maxlength="2"
     268              <input type="text" class="text" name="minCount" style="width: 3em;" maxlength="2"
    265269                value="1"
    266270                onkeypress="return Numbers.integerOnly(event)"
    … …  
    268272              of the selected lists (1-<%=numSelectedLists%>).
    269273              <br>
    270            
    271274          </td>
     275          <td></td>
    272276        </tr>
    273277        <%
    … …  
    275279      %>
    276280      <tr>
    277         <td class="prompt">External ID</td>
     281        <th>External ID</th>
    278282        <td><input <%=clazz%> type="text" name="external_id"
    279283          value="<%=HTML.encodeTags(list == null ? Values.getString(cc.getPropertyValue("externalId"), "") : list.getExternalId())%>"
    280           size="40" maxlength="<%=BioMaterialList.MAX_EXTERNAL_ID_LENGTH%>"></td>
     284          maxlength="<%=BioMaterialList.MAX_EXTERNAL_ID_LENGTH%>"></td>
     285        <td></td>
    281286      </tr>
    282       <tr >
    283         <td class="prompt">Description</td>
    284         <td nowrap>
    285           <textarea <%=clazz%> rows="4" cols="40" name="description"
     287      <tr class="dynamic">
     288        <th>Description</th>
     289        <td>
     290          <textarea <%=clazz%> rows="6" name="description"
    286291            ><%=HTML.encodeTags(list == null ? cc.getPropertyValue("description") : list.getDescription())%></textarea>
    287           <a href="javascript:Main.zoom('Description', 'list', 'description')"
    288             title="Edit in larger window"><base:icon image="zoom.png" /></a>
     292        </td>
     293        <td style="width: 20px;">
     294          <base:icon image="zoom.png"
     295            onclick="Main.zoom('Description', 'list', 'description')"
     296            tooltip="Edit in larger window"
     297          />
    289298        </td>
    290299      </tr>
    291300      </table>
    292       <div align=right>&nbsp;<i><base:icon image="required.gif" /> = required information</i></div>
    293301    </t:tab>
    294302    </t:tabcontrol>
    295 
    296     <table align="center">
    297     <tr>
    298       <td width="50%"><base:button onclick="saveSettings()" title="Save" /></td>
    299       <td width="50%"><base:button onclick="window.close()" title="Cancel" /></td>
    300     </tr>
    301     </table>
    302303    </form>
     304
     305    <div class="legend">
     306      <base:icon image="required.gif" /> = required information
     307    </div>
     308
     309    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
     310      <base:button onclick="saveSettings()" title="Save" />
     311      <base:button onclick="window.close()" title="Cancel" />
     312    </base:buttongroup>
    303313  </base:body>
    304314  </base:page>

  • trunk/www/biomaterials/lists/merge.jsp

    r5905 r5913  
    130130  </base:head>
    131131  <base:body onload="init()">
    132     <p>
     132    <h1><%=title%> <base:help helpid="biomateriallist.merge" /></h1>
    133133    <form action="index.jsp?ID=<%=ID%>" method="post" name="merge" onsubmit="return false;">
    134134    <input type="hidden" name="cmd" value="MergeItem">
    135135
    136     <h3 class="docked"><%=title%> <base:help helpid="biomateriallist.merge" /></h3>
    137     <div class="boxedbottom" style="height: <%=(int)(scale*300)%>px; ">
    138       <table class="form" cellspacing=0>
    139 
     136    <div class="content bottomborder">
     137      <table class="fullform input100">
    140138      <tr>
    141         <td class="prompt">This list</td>
     139        <th>This list</th>
    142140        <td><%=HTML.encodeTags(bmList.getName())%></td>
    143141        <td rowspan="2">
    … …  
    145143        </td>
    146144      </tr>
    147       <tr>
    148         <td class="prompt">What to do</td>
     145      <tr class="big">
     146        <th>What to do</th>
    149147        <td>
    150148          <select name="mergeType" onchange="mergeTypeOnChange()">
    … …  
    168166          After the operation this list will
    169167          contain items from the red-colored areas in the image.
    170            
    171168        </td>
    172169      </tr>
    173       <tr >
    174         <td class="prompt">Biomaterial lists</td>
     170      <tr class="dynamic">
     171        <th>Biomaterial lists</th>
    175172        <td colspan="2">
    176           <table border="0" cellspacing="0" cellpadding="0">
    177           <tr >
     173          <div class="selectionlist">
     174          <table>
     175          <tr>
    178176          <td>
    179             <select name="bioMaterialLists" size="5" multiple style="width: 20em;">
     177            <select name="bioMaterialLists" size="10" multiple>
    180178            </select>
    181             <input type="hidden" name="sourceLists" value="">
    182179          </td>
    183180          <td>
    184             <table border="0">
    185             <tr><td width="150"><base:button
    186               onclick="addBioMaterialListsOnClick()"
    187               title="Add&nbsp;biomaterial lists&hellip;"
    188               tooltip="Add biomaterial lists"
    189               /></td></tr>
    190             <tr><td width="150"><base:button
    191               onclick="removeBioMaterialListsOnClick()"
    192               title="Remove"
    193               tooltip="Remove the selected lists"
    194             /></td></tr>
    195             </table>
     181          <td style="vertical-align: top;">
     182            <base:buttongroup vertical="true">
     183              <base:button
     184                subclass="leftaligned"
     185                style="width: 12em;"
     186                onclick="addBioMaterialListsOnClick()"
     187                title="Add&nbsp;biomaterial lists&hellip;"
     188                tooltip="Add biomaterial lists"
     189              />
     190              <base:button
     191                subclass="leftaligned"
     192                style="width: 12em;"
     193                onclick="removeBioMaterialListsOnClick()"
     194                title="Remove"
     195                tooltip="Remove the selected lists"
     196              />
     197            </base:buttongroup>
     198            <input type="hidden" name="sourceLists" value="">
    196199          </td>
    197200          </tr>
    198201          </table>
     202          </div>
    199203        </td>
    200204      </tr>
    … …  
    202206   
    203207    </div>
    204    
    205     <table align="center">
    206     <tr>
    207       <td width="50%"><base:button onclick="saveSettings()" title="Ok" /></td>
    208       <td width="50%"><base:button onclick="window.close()" title="Cancel" /></td>
    209     </tr>
    210     </table>
    211208    </form>
     209   
     210    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
     211      <base:button onclick="saveSettings()" title="Ok" />
     212      <base:button onclick="window.close()" title="Cancel" />
     213    </base:buttongroup>
    212214  </base:body>
    213215  </base:page>

  • trunk/www/biomaterials/lists/view_list.jsp

    r5910 r5913  
    151151    function merge(mergeType)
    152152    {
    153       Main.openPopup('merge.jsp?ID=<%=ID%>&item_id=<%=itemId%>&mergeType='+mergeType, 'Union', 600, 440);
     153      Main.openPopup('merge.jsp?ID=<%=ID%>&item_id=<%=itemId%>&mergeType='+mergeType, 'Union', 600, 400);
    154154    }
    155155    function placeOnPlate()

  • trunk/www/biomaterials/samples/edit_sample.jsp

    r5908 r5913  
    641641  </base:head>
    642642  <base:body onload="init()">
    643     <p>
     643    <h1><%=title%> <base:help tabcontrol="settings" /></h1>
    644644    <form action="index.jsp?ID=<%=ID%>" method="post" name="sample" onsubmit="return false;">
    645645    <input type="hidden" name="cmd" value="UpdateItem">
    646646
    647     <h3 class="docked"><%=title%> <base:help tabcontrol="settings" /></h3>
    648     <t:tabcontrol id="settings" contentstyle="<%="height: "+(int)(scale*370)+"px;"%>"
     647    <t:tabcontrol id="settings"
     648      subclass="content dialogtabcontrol"
    649649      position="bottom"  remember="<%=sample != null%>" switch="switchTab"
    650650      extensions="<%=invoker%>">
    651651    <t:tab id="info" title="Sample" validate="validateSample()" helpid="sample.edit">
    652       <table class="form" cellspacing=0>
    653       <tr>
    654         <td class="prompt">Name</td>
     652      <table class="fullform input100">
     653      <tr>
     654        <th>Name</th>
    655655        <td><input <%=requiredClazz%> type="text" name="name"
    656656          value="<%=HTML.encodeTags(name)%>"
    657           size="40" maxlength="<%=Sample.MAX_NAME_LENGTH%>"></td>
    658       </tr>
    659       <tr >
    660         <td class="prompt">Type</td>
    661         <td colspan="2">
     657          maxlength="<%=Sample.MAX_NAME_LENGTH%>"></td>
     658        <td></td>
     659      </tr>
     660      <tr>
     661        <th>Type</th>
     662        <td>
    662663          <select name="subtype_id"
    663664            <%=!readCurrentSubtype ? "disabled readonly class=\"disabled selectionlist\"" : "class=\"selectionlist\""%>
    … …  
    692693          </select>
    693694        </td>
    694       </tr>
    695       <tr>
    696         <td class="prompt">External ID</td>
     695        <td></td>
     696      </tr>
     697      <tr>
     698        <th>External ID</th>
    697699        <td><input <%=clazz%> type="text" name="external_id"
    698700          value="<%=HTML.encodeTags(sample == null ? Values.getString(cc.getPropertyValue("externalId"), "") : sample.getExternalId())%>"
    699           size="40" maxlength="<%=Sample.MAX_EXTERNAL_ID_LENGTH%>"></td>
    700       </tr>
    701       <tr>
    702         <td class="prompt">Original quantity</td>
    703         <td><input <%=clazz%> type="text" name="original_quantity"
     701          maxlength="<%=Sample.MAX_EXTERNAL_ID_LENGTH%>"></td>
     702        <td></td>
     703      </tr>
     704      <tr>
     705        <th>Original quantity</th>
     706        <td><input <%=clazz%> type="text" name="original_quantity" style="width: 15em;"
    704707          value="<%=Values.formatNumber(sample == null ? Values.getFloat(cc.getPropertyValue("originalQuantity"), null): sample.getOriginalQuantity(), -1)%>" size="12"
    705708          maxlength="10" onkeypress="return Numbers.numberOnly(event)"> (µg)</td>
    706       </tr>
    707       <tr>
    708         <td class="prompt">Created</td>
     709        <td></td>
     710      </tr>
     711      <tr>
     712        <th>Created</th>
    709713        <td>
    710           <table border="0" cellspacing="0" cellpadding="0">
     714          <table>
    711715          <tr>
    712716          <td>
    713             <input <%=clazz%> type="text" name="event_date" <%=lockEventProperties ? "disabled" : ""%>
     717            <input <%=clazz%> style="width: 15em;" type="text" name="event_date" <%=lockEventProperties ? "disabled" : ""%>
    714718              value="<%=HTML.encodeTags(dateFormatter.format(eventDate))%>"
    715               size="20" maxlength="20" title="Enter date in format: <%=htmlDateFormat%>">
    716             &nbsp;
     719              maxlength="20" title="Enter date in format: <%=htmlDateFormat%>">
    717720          </td>
    718721          <td>
    … …  
    728731          </table>
    729732        </td>
    730       </tr>
    731       <tr>
    732         <td class="prompt">Registered</td>
     733        <td></td>
     734      </tr>
     735      <tr>
     736        <th>Registered</th>
    733737        <td><%=dateFormatter.format(creationEvent == null ? new Date() : creationEvent.getEntryDate())%></td>
    734       </tr>
    735       <tr>
    736         <td class="prompt">Protocol</td>
     738        <td></td>
     739      </tr>
     740      <tr>
     741        <th>Protocol</th>
    737742        <td>
    738743          <base:select
    … …  
    750755          />
    751756        </td>
    752       </tr>
    753       <tr>
    754         <td class="prompt">Bioplate</td>
     757        <td></td>
     758      </tr>
     759      <tr>
     760        <th>Bioplate</th>
    755761        <td>
    756762          <base:select
    … …  
    767773          />
    768774        </td>
    769       </tr>
    770       <tr>
    771         <td class="prompt">Biowell</td>
     775        <td></td>
     776      </tr>
     777      <tr>
     778        <th class="subprompt">- well</th>
    772779        <td>
    773780          <base:select
    … …  
    783790          />
    784791        </td>
    785       </tr>
    786       <tr >
    787         <td class="prompt">Description</td>
    788         <td nowrap>
    789           <textarea <%=clazz%> rows="4" cols="40" name="description"
     792        <td></td>
     793      </tr>
     794      <tr class="dynamic">
     795        <th>Description</th>
     796        <td>
     797          <textarea <%=clazz%> rows="6" name="description"
    790798            ><%=HTML.encodeTags(sample == null ? cc.getPropertyValue("description") : sample.getDescription())%></textarea>
    791           <a href="javascript:Main.zoom('Description', 'sample', 'description')"
    792             title="Edit in larger window"><base:icon image="zoom.png" /></a>
     799        </td>
     800        <td style="width: 20px;">
     801          <base:icon image="zoom.png"
     802            onclick="Main.zoom('Description', 'sample', 'description')"
     803            tooltip="Edit in larger window"
     804          />
    793805        </td>
    794806      </tr>
    795807      </table>
    796       <div align=right>&nbsp;<i><base:icon image="required.gif" /> = required information</i></div>
    797808    </t:tab>
    798809   
    799810    <t:tab id="parents" title="Parents" helpid="sample.parents" >
    800       <table class="form" cellspacing=0>
    801       <tr>
    802         <td class="prompt">Parent type</td>
     811      <table class="fullform input100">
     812      <tr>
     813        <th>Parent type</th>
    803814        <td>
    804815          <input type="radio" name="parentType" id="parentType.biosource"
    … …  
    813824      </tr>
    814825      <tr>
    815         <td class="prompt">Biosource</td>
     826        <th>Biosource</th>
    816827        <td>
    817828          <base:select
    818829            id="biosource_id"
    819830            clazz="selectionlist"
    820             buttonstyle="width: 150px;"
     831            buttonstyle="width: 12em;"
    821832            buttonicon="add.png"
    822833            buttontitle="Select biosource&hellip;"
    823             buttonclass="leftaligned buttonclass"
     834            buttonclass="leftaligned basicbutton"
    824835            required="false"
    825836            current="<%=currentBioSource%>"
    … …  
    833844        </td>
    834845      </tr>
    835       <tr >
    836         <td class="prompt">Samples</td>
     846      <tr class="big">
     847        <th>Samples</th>
    837848        <td>
    838           <table border="0" cellspacing="0" cellpadding="0">
    839           <tr >
    840           <td>
    841             <select name="samples" size="12" multiple class="selectionlist"
    842               onchange="samplesOnChange()">
    843             </select>&nbsp;
     849          <div class="selectionlist">
     850          <table>
     851          <tr>
     852            <td>
     853            <select name="samples" size="12" multiple onchange="samplesOnChange()">
     854            </select>
     855          </td>
     856          <td style="vertical-align: top;">
     857            <base:buttongroup vertical="true">
     858              <base:button
     859                subclass="leftaligned"
     860                style="width: 12em;"
     861                onclick="addSamplesOnClick()"
     862                title="Add&nbsp;samples&hellip;"
     863                tooltip="Add samples"
     864                />
     865              <base:button
     866                subclass="leftaligned"
     867                style="width: 12em;"
     868                onclick="removeOnClick()"
     869                title="Remove"
     870                tooltip="Remove the selected samples"
     871              />
     872            </base:buttongroup>
    844873            <input type="hidden" name="modifiedSamples" value="">
    845874            <input type="hidden" name="removedSamples" value="">
    846875          </td>
    847           <td>
    848             <table border="0" cellspacing="0" cellpadding="0">
    849             <tr><td style="padding: 1px 0px 4px 0px;"><base:button
    850               clazz="leftaligned buttonclass"
    851               style="width: 150px;"
    852               onclick="addSamplesOnClick()"
    853               title="Add&nbsp;samples&hellip;"
    854               tooltip="Add samples"
    855               /></td></tr>
    856             <tr><td><base:button
    857               clazz="leftaligned buttonclass"
    858               style="width: 150px;"
    859               onclick="removeOnClick()"
    860               title="Remove"
    861               tooltip="Remove the selected samples"
    862             /></td></tr>
    863             </table>
    864           </td>
    865876          </tr>
    866877          </table>
    867         </td>
    868       </tr>
    869       <tr>
    870         <td class="subprompt">-</td>
    871         <td>used quantity
    872         <input <%=clazz%> type="text" name="used_quantity" value=""
    873               size="12" maxlength="10" onkeypress="return Numbers.numberOnly(event)"
     878          </div>
     879        </td>
     880      </tr>
     881      <tr>
     882        <th class="subprompt">- used quantity</th>
     883        <td>
     884          <input <%=clazz%> style="width: 15em;" type="text" name="used_quantity" value=""
     885               maxlength="10" onkeypress="return Numbers.numberOnly(event)"
    874886              onkeyup="usedQuantityOnBlur();"
    875887            > (µg)
    876888        </td>
    877       </tr>         
     889      </tr>
     890      <tr class="dynamic">
     891        <th></th>
     892        <td></td>
     893      </tr>
    878894      </table>
    879895    </t:tab>
    880896
    881     <t:tab id="annotations" title="Annotations &amp; parameters"
    882       helpid="annotations.edit" tooltip="Enter values for annotations and protocol parameters">
    883       <iframe name="annotations" id="idAnnotations" src="../../common/annotations/wait.jsp"
    884         width="100%"  height="<%=(int)(scale*370)%>" frameborder=0 vspace=0 hspace=0
    885         marginwidth=0 marginheight=0 scrolling="auto" style="overflow: visible"></iframe>
    886     </t:tab>
    887    
    888     <t:tab id="inheritedAnnotations" title="Inherited annotations" helpid="annotations.edit.inherited">
    889    
    890       <iframe name="inheritedAnnotations" id="idInheritedAnnotations" src="../../common/annotations/wait.jsp"
    891         width="100%"  height="<%=(int)(scale*370)%>" frameborder=0 vspace=0 hspace=0
    892         marginwidth=0 marginheight=0 scrolling="auto" style="overflow: visible"></iframe>
    893     </t:tab>
     897    <t:tab id="annotations" title="Annotations &amp; parameters" helpid="annotations.edit"><iframe
     898      name="annotations" id="idAnnotations" src="../../common/annotations/wait.jsp"
     899      style="width: 100%; height: 100%;"></iframe></t:tab>
     900   
     901    <t:tab id="inheritedAnnotations" title="Inherited annotations"
     902      helpid="annotations.edit.inherited"><iframe
     903        name="inheritedAnnotations" id="idInheritedAnnotations" src="../../common/annotations/wait.jsp"
     904        style="width: 100%; height: 100%;"></iframe></t:tab>
    894905    </t:tabcontrol>
    895 
    896     <table align="center">
    897     <tr>
    898       <td width="50%"><base:button onclick="saveSettings()" title="Save" /></td>
    899       <td width="50%"><base:button onclick="window.close()" title="Cancel" /></td>
    900     </tr>
    901     </table>
    902906    </form>
     907   
     908    <div class="legend">
     909      <base:icon image="required.gif" /> = required information
     910    </div>
     911
     912    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
     913      <base:button onclick="saveSettings()" title="Save" />
     914      <base:button onclick="window.close()" title="Cancel" />
     915    </base:buttongroup>
     916
    903917  </base:body>
    904918  </base:page>

  • trunk/www/biomaterials/tags/edit_tag.jsp

    r5908 r5913  
    146146  </base:head>
    147147  <base:body onload="init()">
    148     <p>
     148    <h1><%=title%> <base:help tabcontrol="settings"/></h1>
    149149    <form action="index.jsp?ID=<%=ID%>" method="post" name="tag" onsubmit="return false;">
    150150    <input type="hidden" name="cmd" value="UpdateItem">
    151151
    152     <h3 class="docked"><%=title%> <base:help tabcontrol="settings"/></h3>
    153     <t:tabcontrol id="settings" contentstyle="<%="height: "+(int)(scale*160)+"px;"%>"
     152    <t:tabcontrol id="settings"
     153      subclass="content dialogtabcontrol"
    154154      position="bottom"  remember="<%=tag != null%>"
    155155      extensions="<%=invoker%>">
    156156    <t:tab id="info" title="Tag" validate="validateTag()" helpid="tag.edit">
    157       <table class="form" cellspacing=0>
     157      <table class="fullform input100 smaller">
    158158      <tr>
    159         <td class="prompt">Name</td>
     159        <th>Name</th>
    160160        <td><input <%=requiredClazz%> type="text" name="name"
    161161          value="<%=HTML.encodeTags(tag == null ? Values.getString(cc.getPropertyValue("name"), "New tag") : tag.getName())%>"
    162           size="40" maxlength="<%=Tag.MAX_NAME_LENGTH%>"></td>
     162          maxlength="<%=Tag.MAX_NAME_LENGTH%>"></td>
     163        <td></td>
    163164      </tr>
    164       <tr >
    165         <td class="prompt">Type</td>
    166         <td colspan="2">
     165      <tr>
     166        <th>Type</th>
     167        <td>
    167168          <select name="tagtype_id"
    168169            <%=!readCurrentTagType ? "disabled readonly class=\"disabled\"" : "class=\"required\""%>>
    … …  
    190191          </select>
    191192        </td>
     193        <td></td>
    192194      </tr>
    193       <tr >
    194         <td class="prompt">Description</td>
    195         <td nowrap>
    196           <textarea <%=clazz%> rows="4" cols="40" name="description"
     195      <tr class="dynamic">
     196        <th>Description</th>
     197        <td>
     198          <textarea <%=clazz%> rows="4" name="description"
    197199            ><%=HTML.encodeTags(tag == null ? cc.getPropertyValue("description") : tag.getDescription())%></textarea>
    198           <a href="javascript:Main.zoom('Description', 'tag', 'description')"
    199             title="Edit in larger window"><base:icon image="zoom.png" /></a>
     200        </td>
     201        <td style="width: 20px;">
     202          <base:icon image="zoom.png"
     203            onclick="Main.zoom('Description', 'tag', 'description')"
     204            tooltip="Edit in larger window"
     205          />
    200206        </td>
    201207      </tr>
    202208      </table>
    203       <div align=right>&nbsp;<i><base:icon image="required.gif" /> = required information</i></div>
    204209    </t:tab>
    205210    </t:tabcontrol>
    206 
    207     <table align="center">
    208     <tr>
    209       <td width="50%"><base:button onclick="saveSettings()" title="Save" /></td>
    210       <td width="50%"><base:button onclick="window.close()" title="Cancel" /></td>
    211     </tr>
    212     </table>
    213211    </form>
     212   
     213    <div class="legend">
     214      <base:icon image="required.gif" /> = required information
     215    </div>
     216
     217    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
     218      <base:button onclick="saveSettings()" title="Save" />
     219      <base:button onclick="window.close()" title="Cancel" />
     220    </base:buttongroup>
    214221  </base:body>
    215222  </base:page>

  • trunk/www/common/annotations/annotate.jsp

    r5908 r5913  
    209209    {
    210210      boolean isParameter = protocolParameters != null && protocolParameters.contains(at);
    211       String label = (isParameter ? "<img src=\"../../images/parameter.gif\">" : "") +
    212         HTML.encodeTags(Values.trimString(at.getName(), 25));
    213211      String fullLabel = HTML.encodeTags(at.getName());
     212      String label = (isParameter ? "<img src=\"../../images/parameter.gif\">" : "") +  fullLabel;
    214213      List values = null;
    215214      Unit unit = at.getDefaultUnit();
    … …  
    588587  </base:head>
    589588 
    590   <base:body onload="init()" style="<%=standalone ? "" : "background: #E0E0E0;"%>">
     589  <base:body onload="init()">
    591590    <%
    592591    if (standalone)
    593592    {
    594593      %>
    595       <h3 class="docked"><%=title%> <base:help helpid="annotations.edit" /></h3>
    596       <div class="boxed" style="background: #E0E0E0">
     594      <h1><%=title%> <base:help helpid="annotations.edit" /></h1>
     595      <div class="content">
    597596      <%
    598597    }
    … …  
    600599 
    601600    <form name="annotations">
    602     <table class="form" cellspacing="2" border="0" cellpadding="0" width="100%">
    603     <tr >
    604       <td width="50%">
    605         <b>Categories</b> <select name="categories" onchange="categoryOnChange()">
    606         <option value="-1">- all -
     601   
     602    <div class="absolutefull">
     603      <div class="absolutefull filled rightborder" style="width: 18em;">
     604        <div class="absolutefull" style="height: 2em;">
     605          <table style="margin: auto; height: 100%;"><tr><td>
     606          <select name="categories" onchange="categoryOnChange()" style="width: 17em;">
     607          <option value="-1">- all -
     608          <%
     609          if (protocol != null)
     610          {
     611            %>
     612            <option value="-2">- protocol parameters -
     613            <%
     614          }
     615          %>
     616          <option value="0">- uncategorized -
     617          <%
     618          for (AnnotationTypeCategory category : allCategories)
     619          {
     620            boolean selected = category.getName().equals(selectedCategoryName);
     621            %>
     622            <option value="<%=category.getId()%>"
     623              title="<%=HTML.encodeTags(category.getDescription())%>"
     624              <%=selected ? "selected" : "" %>
     625            ><%=HTML.encodeTags(category.getName())%>
     626            <%
     627          }
     628          %>
     629          </select>
     630          </td></tr></table>
     631        </div>
     632       
     633        <div class="absolutefull parameterlist topborder"
     634          style="top: 2em; bottom: 3em;">
     635          <%
     636          if (annotationTypes.size() == 0)
     637          {
     638            %>
     639            <div class="messagecontainer error">
     640              There are no annotation types defined for this kind of item.
     641            </div>
     642            <%
     643          }
     644          %>
     645          <%=sb.toString()%>
     646        </div>
     647     
     648        <div class="absolutefull topborder" style="top: auto; bottom: 0px; height: 3em;">
     649          <table style="height: 100%; margin:auto;"><tr><td>
     650          <base:icon image="hasvalues.gif" /> = has value(s)<br>
     651          <base:icon image="parameter.gif" /> = protocol parameter
     652          </td></tr></table>
     653        </div>
     654      </div>
     655     
     656      <div class="absolutefull input100" style="left: 18em; padding: 8px;">
    607657        <%
    608         if (protocol != null)
     658        if (message != null)
    609659        {
    610660          %>
    611           <option value="-2">- protocol parameters -
     661          <div class="messagecontainer help" style="margin-top: 0.2em;"><%=message%></div>
    612662          <%
    613663        }
     664        if (!writePermission)
     665        {
     666          %>
     667          <div class="messagecontainer error" >You do not have permission to change this information</div>
     668          <%
     669        }
    614670        %>
    615         <option value="0">- uncategorized -
    616         <%
    617         for (AnnotationTypeCategory category : allCategories)
    618         {
    619           boolean selected = category.getName().equals(selectedCategoryName);
    620           %>
    621           <option value="<%=category.getId()%>"
    622             title="<%=HTML.encodeTags(category.getDescription())%>"
    623             <%=selected ? "selected" : "" %>
    624           ><%=HTML.encodeTags(category.getName())%>
    625           <%
    626         }
    627         %>
    628         </select>
    629         <div class="parameterlist" style="height: <%=(int)(scale*300)%>px; margin-top: 4px;">
    630         <%=sb.toString()%>
    631         </div>
    632         <base:icon image="hasvalues.gif" /> = Has value(s)
    633         <base:icon image="parameter.gif" /> = Protocol parameter
    634       </td>
    635       <td width="50%">
    636         <%=message == null ? "" : message + "<br>"%>
    637         <br>
    638671        <div id="valuecontainer" style="display: none;">
    639672          <b>Values</b> <span id="multiplicity"></span><br>
    … …  
    677710          %>
    678711          <div id="<%=inputName%>_div" style="display: none;">
     712          <table style="width: 100%;"><tr><td style="width: 98%;">
    679713          <%
    680714          if (at.isEnumeration())
    … …  
    762796            (<%=valueType == Type.INT ? "Integer" : "Long"%><%=minMax%>)<br>
    763797            <input <%=clazz%> type="text" name="<%=inputName%>" value=""
    764               size="20" maxlength="20" onkeypress="return Numbers.integerOnly(event)"
     798              maxlength="20" onkeypress="return Numbers.integerOnly(event)"
    765799              onblur="valueOnBlur(this.value)">
    766800            <%
    … …  
    787821            (<%=valueType == Type.FLOAT ? "Float" : "Double"%><%=minMax%>)<br>
    788822            <input <%=clazz%> type="text" name="<%=inputName%>" value=""
    789               size="20" maxlength="20" onkeypress="return Numbers.numberOnly(event)"
     823              maxlength="20" onkeypress="return Numbers.numberOnly(event)"
    790824              onblur="valueOnBlur(this.value)">
    791825            <%
    … …  
    798832            <b><%=HTML.encodeTags(at.getName())%></b> (String)<br>
    799833            <input <%=clazz%> type="text" name="<%=inputName%>" value=""
    800               size="<%=width%>" maxlength="<%=maxLength%>"
     834              maxlength="<%=maxLength%>"
    801835              onblur="valueOnBlur(this.value)">
    802836            <%
    … …  
    806840            %>
    807841            <b><%=HTML.encodeTags(at.getName())%></b> (Text)<br>
    808             <textarea <%=clazz%> name="<%=inputName%>" rows="<%=height%>" cols="<%=width%>"
    809               onblur="valueOnBlur(this.value)"></textarea>
    810             <a href="javascript:Main.zoom('<%=HTML.javaScriptEncode(at.getName())%>', 'annotations', '<%=inputName%>')"
    811               title="Edit in larger window"><base:icon image="zoom.png" /></a>
     842            <table style="width: 100%;">
     843            <tr>
     844              <td>
     845              <textarea <%=clazz%> name="<%=inputName%>" rows="<%=height%>"
     846                  onblur="valueOnBlur(this.value)"></textarea>
     847              </td>
     848              <td style="width: 20px;">
     849                <base:icon image="zoom.png"
     850                  onclick="<%="Main.zoom('" + HTML.javaScriptEncode(at.getName()) +"', 'annotations', '" + inputName + "')"%>"
     851                  tooltip="Edit in larger window"
     852                />
     853              </td>
     854            </tr>
     855            </table>
    812856            <%
    813857          }
    … …  
    889933            if (current == null) current = at.getDefaultUnit();
    890934            %>
     935            </td><td style="vertical-align: bottom;">
    891936            <select name="unit:<%=at.getId()%>" onchange="unitOnChange(this)">
    892937            <%
    … …  
    919964          }
    920965          %>
    921           <p>
    922           <%=HTML.encodeTags(at.getDescription())%>
     966          </td></tr></table>
     967          <%
     968          if (at.getDescription() != null)
     969          {
     970            %>
     971            <div class="messagecontainer help" style="margin-left: 0px; margin-right: 0px;">
     972            <%=HTML.niceFormat(at.getDescription())%>
     973            </div>
     974            <%
     975          }
     976          %>
    923977          </div>
    924978          <%
    925979        }
    926980        %>
    927       </td>
    928 
    929     </tr>
    930     </table>
    931  
     981      </div>
     982    </div>
    932983    </form>
    933    
    934984    <%
    935985    if (standalone)
    … …  
    937987      %>
    938988      </div>
    939       <%
    940       if (writePermission)
    941       {
    942         %>
    943         <table align="center">
    944         <tr>
    945           <td width="50%"><base:button onclick="saveAnnotations()" title="Save" /></td>
    946           <td width="50%"><base:button onclick="window.close()" title="Cancel" /></td>
    947         </tr>
    948         </table>
    949         <%
    950       }
    951       else
    952       {
    953         %>
    954         <div class="error">You do not have permission to change this information</div>
    955         <table align="center">
    956         <tr>
    957           <td><base:button onclick="window.close()" title="Close" /></td>
    958         </tr>
    959         </table>
    960         <%
    961       }
    962       %>
     989      <base:buttongroup subclass="dialogbuttons topborder">
     990        <base:button onclick="saveAnnotations()" title="Save" visible="<%=writePermission%>" />
     991        <base:button onclick="window.close()" title="Cancel"  visible="<%=writePermission%>" />
     992        <base:button onclick="window.close()" title="Close" visible="<%=!writePermission%>" />
     993      </base:buttongroup>
    963994      <form name="modified" method="post" action="index.jsp?ID=<%=ID%>">
    964995        <input type="hidden" name="cmd" value="SaveAnnotations">
    … …  
    9691000    }
    9701001    %>
    971    
    9721002  </base:body>
    9731003  </base:page>

  • trunk/www/common/annotations/inherit.jsp

    r5905 r5913  
    369369  </script>
    370370  </base:head>
    371   <base:body onload="init()" style="<%=standalone ? "" : "background: #E0E0E0;"%>">
     371  <base:body onload="init()">
    372372    <%
    373373    if (standalone)
    374374    {
    375375      %>
    376       <h3 class="docked"><%=title%> <base:help helpid="annotations.inherit" /></h3>
    377       <div class="boxed" style="background: #E0E0E0">
     376      <h1><%=title%> <base:help helpid="annotations.inherit" /></h1>
     377      <div class="content">
    378378      <%
    379379    }
    380380    %>
    381 
    382   <form name="annotations">
    383   <table class="form" cellspacing="2" border="0" cellpadding="0" width="100%">
    384   <tr >
    385   <td width="50%">
    386     <div id="joust" class="joust parameterlist"
    387       style="height: <%=(int)(scale*320)%>px;">
    388       <%
    389       if (parentAnnotations.size() == 0)
    390       {
    391         %>
    392         <div class="error">There are no parent items with annotations.</div>
    393         <%
    394       }
    395       %>
     381  <form name="annotations">
     382  <div class="absolutefull">
     383 
     384    <div class="absolutefull filled rightborder" style="width: 28em;">
     385   
     386      <div class="absolutefull parameterlist" style="bottom: 3em;">
     387        <div id="joust" class="joust">
     388          <%
     389          if (parentAnnotations.size() == 0)
     390          {
     391            %>
     392            <div class="messagecontainer error">There are no parent items with annotations.</div>
     393            <%
     394          }
     395          %>
     396        </div>
     397      </div>
     398     
     399      <div class="absolutefull topborder" style="top: auto; bottom: 0px; height: 3em;">
     400        <table style="height: 100%; margin:auto;"><tr><td>
     401        <base:icon image="joust/annotation.gif" /> = annotation
     402        <base:icon image="joust/parameter.gif" /> = protocol parameter<br>
     403        <base:icon image="joust/itemerror.gif" /> = not a parent item
     404        </td></tr></table>
     405      </div>
     406   
    396407    </div>
    397     <base:icon image="joust/annotation.gif" /> = Annotation
    398     <base:icon image="joust/parameter.gif" /> = Protocol parameter<br>
    399     <base:icon image="joust/itemerror.gif" /> = Not a parent item
    400   </td>
    401   <td width="50%">
    402     <b>Annotation/parameter values</b>
    403     <div id="annotationValues">
     408   
     409    <div class="absolutefull" style="left: 28em; padding: 8px;" id="annotationValues">
    404410    </div>
    405   </td>
    406   </tr>
    407   </table>
     411 
     412  </div>
    408413  </form>
    409414
    … …  
    413418      %>
    414419      </div>
    415       <table align="center">
    416       <tr>
    417         <td width="50%"><base:button onclick="saveAnnotations()" title="Save" /></td>
    418         <td width="50%"><base:button onclick="window.close()" title="Cancel" /></td>
    419       </tr>
    420       </table>
     420      <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
     421        <base:button onclick="saveAnnotations()" title="Save" />
     422        <base:button onclick="window.close()" title="Cancel" />
     423      </base:buttongroup>
    421424      <form name="modified" method="post" action="index.jsp?ID=<%=ID%>">
    422425        <input type="hidden" name="cmd" value="SaveAnnotations">

  • trunk/www/common/annotations/list_annotations.jsp

    r5426 r5913  
    154154      url += '&annotationtype_id='+annotationTypeId;
    155155      url += '&standalone=1';
    156       Main.openPopup(url, 'EditAnnotation', 700, 460);
     156      Main.openPopup(url, 'EditAnnotation', 750, 500);
    157157    }
    158158    function editInheritedAnnotation(itemType, itemId, annotationTypeId)
    … …  
    163163      url += '&annotationtype_id='+annotationTypeId;
    164164      url += '&standalone=1';
    165       Main.openPopup(url, 'EditAnnotation', 700, 460);
     165      Main.openPopup(url, 'EditAnnotation', 750, 500);
    166166    }
    167167    </script>

  • trunk/www/common/annotations/wait.jsp

    r5426 r5913  
    2525--%>
    2626<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
    27 
    2827%>
    2928<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
    30 
    3129  <base:page type="popup" title="Annotate">
    3230  <base:head />
    33   <base:body style="background: #E0E0E0;">
    34  
    35   <h1>Please wait. The annotations are loading...</h1>
    36  
     31  <base:body>
     32    <div class="filled absolutefull">
     33      <table style="margin: auto; height: 100%;"><tr><td>
     34      <b>Please wait. The annotations are loading...</b>
     35      </td></tr></table>
     36    </div>
    3737  </base:body>
    3838  </base:page>

  • trunk/www/common/plugin/configure.jsp

    r5911 r5913  
    720720     
    721721      <div class="absolutefull topborder" style="top: 4.5em;">
    722         <div class="absolutefull" style="width: 18em;">
    723           <div class="absolutefull parameterlist" style="bottom: 2em; overflow: auto;">
     722        <div class="absolutefull filled rightborder" style="width: 18em;">
     723          <div class="absolutefull parameterlist" style="bottom: 2em;">
    724724          <%=sb.toString()%>
    725725          </div>
    … …  
    10031003                    <input <%=pType.getNotNull() ? requiredClazz : clazz%>
    10041004                      type="text" name="<%=inputName%>" value=""
    1005                       size="20" maxlength="20" onkeypress="return Numbers.integerOnly(event)"
     1005                      maxlength="20" onkeypress="return Numbers.integerOnly(event)"
    10061006                      onblur="valueOnBlur(this.value)">
    10071007                    <%
    … …  
    10291029                    <input <%=pType.getNotNull() ? requiredClazz : clazz%>
    10301030                      type="text" name="<%=inputName%>" value=""
    1031                       size="20" maxlength="20" onkeypress="return Numbers.integerOnly(event)"
     1031                      maxlength="20" onkeypress="return Numbers.integerOnly(event)"
    10321032                      onblur="valueOnBlur(this.value)">
    10331033                    <%
    … …  
    10551055                    <input <%=pType.getNotNull() ? requiredClazz : clazz%>
    10561056                      type="text" name="<%=inputName%>" value=""
    1057                       size="20" maxlength="20" onkeypress="return Numbers.numberOnly(event)"
     1057                      maxlength="20" onkeypress="return Numbers.numberOnly(event)"
    10581058                      onblur="valueOnBlur(this.value)">
    10591059                    <%
    … …  
    10811081                    <input <%=pType.getNotNull() ? requiredClazz : clazz%>
    10821082                      type="text" name="<%=inputName%>" value=""
    1083                       size="20" maxlength="20" onkeypress="return Numbers.numberOnly(event)"
     1083                      maxlength="20" onkeypress="return Numbers.numberOnly(event)"
    10841084                      onblur="valueOnBlur(this.value)">
    10851085                    <%

  • trunk/www/include/scripts/main.js

    r5911 r5913  
    555555    this.controllers['IMAGE'] = { url:'views/scans/images/index.jsp', width:500, height:340 };
    556556    this.controllers['SESSION'] = { url:'views/sessions/index.jsp', width:450, height:300, popup:true, edit:false };
    557     this.controllers['TAG'] = { url:'biomaterials/tags/index.jsp', width:450, height:280 };
    558     this.controllers['EXTRACT'] = { url:'biomaterials/extracts/index.jsp', width:800, height:500 };
    559     this.controllers['SAMPLE'] = { url:'biomaterials/samples/index.jsp', width:800, height:500 };
    560     this.controllers['BIOMATERIALEVENT'] = { url:'biomaterials/events/index.jsp', width:600, height:380 };
    561     this.controllers['BIOSOURCE'] = { url:'biomaterials/biosources/index.jsp', width:800, height:500 };
    562     this.controllers['BIOMATERIALLIST'] = { url:'biomaterials/lists/index.jsp', width:800, height:500 };
    563     this.controllers['BIOPLATE'] = { url:'biomaterials/bioplates/index.jsp', width:800, height:500 };
     557    this.controllers['TAG'] = { url:'biomaterials/tags/index.jsp', width:450, height:300 };
     558    this.controllers['EXTRACT'] = { url:'biomaterials/extracts/index.jsp', width:750, height:500 };
     559    this.controllers['SAMPLE'] = { url:'biomaterials/samples/index.jsp', width:750, height:500 };
     560    this.controllers['BIOMATERIALEVENT'] = { url:'biomaterials/events/index.jsp', width:600, height:400 };
     561    this.controllers['BIOSOURCE'] = { url:'biomaterials/biosources/index.jsp', width:750, height:500 };
     562    this.controllers['BIOMATERIALLIST'] = { url:'biomaterials/lists/index.jsp', width:600, height:400 };
     563    this.controllers['BIOPLATE'] = { url:'biomaterials/bioplates/index.jsp', width:750, height:500 };
    564564    this.controllers['BIOPLATETYPE'] = { url:'biomaterials/bioplatetypes/index.jsp', width:600, height:400 };
    565     this.controllers['BIOPLATEEVENT'] = { url:'biomaterials/bioplates/events/index.jsp', width:600, height:460 };
     565    this.controllers['BIOPLATEEVENT'] = { url:'biomaterials/bioplates/events/index.jsp', width:600, height:400 };
    566566    this.controllers['BIOPLATEEVENTTYPE'] = { url:'biomaterials/bioplateeventtypes/index.jsp', width:600, height:400 };
    567     this.controllers['BIOPLATEEVENTDEFINITION'] = { url:'biomaterials/eventdef/index.jsp', width:600, height:500 };
    568567    this.controllers['BIOWELL'] = { url:'biomaterials/bioplates/wells/index.jsp', width:480, height:320 };
    569568    this.controllers['MESSAGE'] = { url:'my_base/messages/index.jsp', width:600, height:400, popup:true, edit:false };

  • trunk/www/include/styles/main.css

    r5911 r5913  
    4141  padding-left: 8px;
    4242  padding-right: 8px;
     43}
     44
     45iframe
     46{
     47  border: 0px;
     48  margin: 0px;
    4349}
    4450
    … …  
    237243
    238244/* Make a blue-ish border when mouse is over the field */
    239 input[type="text"]:hover, input[type="password"]:hover, input[type="file"]:hover, textarea:hover, select
     245input[type="text"]:hover, input[type="password"]:hover, input[type="file"]:hover, textarea:hover, select:hover
    240246{
    241247  border: 1px solid #2288AA;
    … …  
    296302}
    297303
    298 .input100 select
    299 {
    300   width:  100%;
     304.input100 .selectionlist select
     305{
     306  width: 98%;
    301307}
    302308
    … …  
    319325}
    320326
    321 /* Add a 1-pixel gray border to the top om an element */
     327/* Add a 1-pixel gray border to the top of an element */
    322328.topborder
    323329{
    324330  border-top: 1px solid #A0A0A0;
     331}
     332
     333/* Add a 1-pixel gray border to the right of an element */
     334.rightborder
     335{
     336  border-right: 1px solid #A0A0A0;
     337}
     338
     339/* Add a 1-pixel gray border to the left of an element */
     340.leftborder
     341{
     342  border-left: 1px solid #A0A0A0;
    325343}
    326344

  • trunk/www/include/styles/newjoust.css

    r5811 r5913  
    2828*/
    2929
    30 .joust {
     30.joust
     31{
    3132  white-space: nowrap;
    3233}
    3334
    34 .joust td {
     35.joust td
     36{
    3537  white-space: nowrap;
    3638}
    3739
    38 .joust .menuitem:hover {
    39   background: #E0E0E0;
    40   cursor: pointer;
     40.joust .menuitem
     41{
     42  padding: 0px 2px 0px 2px;
     43  margin: 2px 0px 0px 0px;
     44  border: 0px;
     45  border-radius: 4px;
     46  -moz-border-radius: 3px;
    4147}
    4248
    43 .joust .menuitem.selected {
     49.joust .menuitem:hover
     50{
     51  cursor: pointer;
     52  border: 2px solid #2288AA;
     53  padding: 0px;
     54  margin: 0px 0px -2px 0px;
     55}
     56
     57.joust .menuitem.selected
     58{
    4459  font-weight: bold;
    4560}
    4661
    47 .joust .menuitem.selected .text {
     62.joust .menuitem.selected .text
     63{
    4864  color: #FFFFFF;
    49   background: #445577;
     65  background: #2288AA;
    5066}
    5167

  • trunk/www/include/styles/parameters.css

    r5911 r5913  
    3131{
    3232  overflow: auto;
    33   background: #E8E8E8;
    34   border-right: 1px solid #A0A0A0;
    3533}
    3634
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.