Changeset 5916


Ignore:
Timestamp:
Dec 19, 2011, 10:38:39 AM (11 years ago)
Author:
Nicklas Nordborg
Message:

References #1655: GUI improvements

Edit dialogs for experiments, formulas, reporters and reporter lists.

Location:
trunk/www
Files:
21 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/www/biomaterials/lists/merge.jsp

    r5913 r5916  
    165165          <p>
    166166          After the operation this list will
    167           contain items from the red-colored areas in the image.
     167          contain items from the gray-colored areas in the image.
    168168        </td>
    169169      </tr>

  • trunk/www/common/datafiles/select_files.jsp

    r5915 r5916  
    369369  {
    370370    margin-top: 1px;
    371     border: 1px dotted #A0A0A0;
    372     border-radius: 4px;
    373     -moz-border-radius: 3px;
     371    cursor: pointer;
     372  }
     373
     374  .files
     375  {
     376    border: 1px solid #A0A0A0;
     377    border-right: 0px;
     378    border-radius: 4px 0px 0px 4px;
     379    -moz-border-radius: 3px 0px 0px 3px;
    374380    padding: 1px 2px 1px 2px;
    375381  }
    376 
    377   .filelist:hover
    378   {
    379     border: 1px solid #2288AA;
    380   }
    381 
     382 
    382383  .fileaction
    383384  {
    384     width: 20px;
     385    width: 40px;
    385386    text-align: center;
    386   }
    387 
     387    white-space: nowrap;
     388    background-color: #E8E8E8;
     389    border: 1px solid #A0A0A0;
     390    border-radius: 0px 4px 4px 0px;
     391    -moz-border-radius: 0px 3px 3px 0px;
     392  }
     393 
     394  .filelist:hover .files
     395  {
     396    border-color: #2288AA;
     397  }
     398 
     399   .filelist:hover .fileaction, .filelist.required .fileaction
     400   {
     401    border-color: #2288AA;
     402    border-left-color: #A0A0A0;
     403   }
     404 
     405  .filelist.required .files
     406  {
     407    background: #D0F0FF;
     408    border-color: #2288AA;
     409  }
     410 
    388411  .recentfiles
    389412  {
    … …  
    420443  <base:body onload="init()">
    421444
     445    <form name="datafiles">
    422446    <div class="absolutefull filled">
    423447    <%
    … …  
    503527            <div class="filelist <%=isRequired ? "required" : "" %>" id="container.<%=dftId%>">
    504528            <table style="width: 100%;">
    505             <tr><td id="filelist.<%=dftId%>">
     529            <tr><td id="filelist.<%=dftId%>" class="files">
    506530              <%
    507531              if (files != null && files.size() > 0)
    … …  
    529553                  onclick="<%="recentFilesOnClick(event, " + dftId + ")"%>"
    530554                />
    531               </td>
    532               <td class="fileaction">
    533555                <base:icon image="add.png"
    534556                  onclick="<%="addFilesOnClick(event, "+dftId+", '" + HTML.javaScriptEncode(extension) + "', "+ hasValidator + ")"%>"
    … …  
    561583              %>
    562584            </div>
    563 
     585          </td>
     586        </tr>
     587        <%
     588      }
     589      %>
     590      <%
     591      if (validationSupport)
     592      {
     593        %>
     594        <tr>
     595          <th><label for="validateFiles"><b>Validate files</b></label></th>
     596          <td>
     597          <span title="Enabled this check box to validate and extract metadata from selected files">
     598          <input type="checkbox" value="1" name="datafiles.validate" id="validateFiles">
     599          </span>
    564600          </td>
    565601        </tr>
    … …  
    571607        <td></td>
    572608      </tr>
     609      <%
     610      if (hasNonPlatformFiles)
     611      {
     612        if (platform != null)
     613        {
     614          %>
     615          <div class="legend">
     616          <base:icon image="warning.gif" />
     617          = the file type is not part of the <i><%=HTML.encodeTags(platform.getName())%></i> platform
     618          </div>
     619          <%
     620        }
     621        else if (itemSubtype != null)
     622        {
     623          %>
     624          <div class="legend">
     625          <base:icon image="warning.gif" />
     626          = the file type is not part of the <i><%=HTML.encodeTags(itemSubtype.getName())%></i> subtype
     627          </div>
     628          <%
     629        }
     630      }
     631      %>
    573632      </table>
    574633      <%
    … …  
    576635    %>
    577636    </div>
    578 
    579       <form name="datafiles">
    580       <table width="100%">
    581       <tr>
    582         <td>
    583           <%
    584           if (validationSupport)
    585           {
    586             %>
    587             <span title="Enabled this check box to validate and extract metadata from selected files">
    588             <label for="validateFiles"><b>Validate files</b></label>
    589             <input type="checkbox" value="1" name="datafiles.validate" id="validateFiles">
    590             </span>
    591             <%
    592           }
    593           %>
    594         </td>
    595         <td>
    596           <%
    597           if (hasNonPlatformFiles)
    598           {
    599             if (platform != null)
    600             {
    601               %>
    602               <div align="right">
    603               <base:icon image="warning.gif" />
    604               = The file type is not part of the <i><%=HTML.encodeTags(platform.getName())%></i> platform
    605               </div>
    606               <%
    607             }
    608             else if (itemSubtype != null)
    609             {
    610               %>
    611               <div align="right">
    612               <base:icon image="warning.gif" />
    613               = The file type is not part of the <i><%=HTML.encodeTags(itemSubtype.getName())%></i> subtype
    614               </div>
    615               <%
    616             }
    617           }
    618           %>
    619         </td>
    620       </table>
    621637    </form>
     638
    622639  </base:body>
    623640  </base:page>

  • trunk/www/common/expression_builder.jsp

    r5905 r5916  
    2323  @version 2.0
    2424--%>
     25<%@page import="net.sf.basedb.core.StringUtil"%>
    2526<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
    2627  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
    … …  
    341342  </base:head>
    342343  <base:body onload="getText()">
     344    <h1>Expression builder <base:help helpid="expressionbuilder" /></h1>
    343345 
    344346    <form name="expression" onsubmit="return false;">
    345  
    346         <h3 class="docked">Expression builder <base:help helpid="expressionbuilder" /></h3>
    347        
     347    <div class="content">
     348      <table style="width: 100%; height: 100%;"><tr style="height: 10%;"><td>
    348349        <tbl:toolbar>
    349350          <tbl:label
    … …  
    467468          style="border-top: 0px;">
    468469          <td class="label">Spot:
    469             <select name="spot" onchange="insertSelected(this)" >
     470            <select name="spot" onchange="insertSelected(this)" style="width: 12em;">
    470471            <option value="">- select -
    471472            <%
    … …  
    488489            %>
    489490            <td class="label">Raw data:
    490               <select name="rawdata" onchange="insertSelected(this)" >
     491              <select name="rawdata" onchange="insertSelected(this)" style="width: 12em;">
    491492              <option value="">- select -
    492493              <%
    … …  
    506507         
    507508          <td class="label">Reporter:
    508             <select name="reporter" onchange="insertSelected(this)">
     509            <select name="reporter" onchange="insertSelected(this)" style="width: 12em;">
    509510            <option value="">- select -
    510511              <%
    … …  
    552553          </td>
    553554        </tbl:toolbar>
    554         <br>
    555         <b>Expression</b><br>
    556         <textarea name="expression" rows="16" cols="80" style="width: 100%;"></textarea>
    557 
    558         <br><br>
    559         <table align="center">
    560         <tr>
    561           <td width="33%"><base:button
    562             onclick="validateOnClick()" title="Validate&hellip;"
    563             image="validate_formula.gif"
    564             tooltip="Validate the expression. EXPERIMENTAL!!" /></td>
    565           <td width="33%"><base:button onclick="setExpressionAndClose()" title="Ok" /></td>
    566           <td width="33%"><base:button onclick="window.close()" title="Cancel" /></td>
    567          
     555        </td>
    568556        </tr>
    569         </table>
    570  
     557        <tr style="height: 90%;"><td>
     558        <table class="fullcc input100"><tr><td>
     559        <textarea class="autohight" name="expression" rows="16"></textarea>
     560        </td></tr></table>
     561        </td></tr></table>
     562
     563      </div>
    571564    </form>
     565
     566    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
     567      <base:button
     568        onclick="validateOnClick()" title="Validate&hellip;"
     569        image="validate_formula.gif"
     570        tooltip="Validate the expression. EXPERIMENTAL!!" />
     571      <base:button onclick="setExpressionAndClose()" title="Ok" />
     572      <base:button onclick="window.close()" title="Cancel" />
     573    </base:buttongroup>
    572574  </base:body>
    573575  </base:page>

  • trunk/www/common/zoom.jsp

    r5908 r5916  
    229229    tooltip="Insert a bookmark"
    230230  />
    231   </m:menu>     
     231  </m:menu>
    232232      <%
    233233      if (form.equals("help"))

  • trunk/www/include/scripts/main.js

    r5915 r5916  
    202202    url += '&restrictions=' + (restrictions ? 1 : 0);
    203203    if (bioAssaySetId) url += '&bioassayset_id='+bioAssaySetId;
    204     Main.openPopup(url, title.replace(/[^\w]/g, ''), 800, 460);
     204    Main.openPopup(url, title.replace(/[^\w]/g, ''), 750, 500);
    205205  }
    206206 
    … …  
    539539  {
    540540    this.controllers = new Array();
    541     this.controllers['EXPERIMENT'] = { url:'views/experiments/index.jsp', width:800, height:500 };
     541    this.controllers['EXPERIMENT'] = { url:'views/experiments/index.jsp', width:750, height:500 };
    542542    this.controllers['BIOASSAY'] = { url:'views/experiments/bioassays/index.jsp', width:800, height:500 };
    543543    this.controllers['BIOASSAYSET'] = { url:'views/experiments/bioassaysets/index.jsp', width:800, height:500 };
    544544    this.controllers['TRANSFORMATION'] = { url:'views/experiments/transformations/index.jsp', width:500, height:300 };
    545545    this.controllers['JOB'] = { url:'views/jobs/index.jsp', width:750, height:500, popup:true, edit:false };
    546     this.controllers['FORMULA'] = { url:'views/formulas/index.jsp', width:850, height:600 };
     546    this.controllers['FORMULA'] = { url:'views/formulas/index.jsp', width:750, height:500 };
    547547    this.controllers['PHYSICALBIOASSAY'] = { url:'views/physicalbioassays/index.jsp', width:750, height:500 };
    548548    this.controllers['DERIVEDBIOASSAY'] = { url:'views/derivedbioassays/index.jsp', width:750, height:500 };
    … …  
    550550    this.controllers['RAWDATA'] = { url:'views/rawbioassays/rawdata/index.jsp', width:750, height:500, popup: true, edit:false };
    551551    this.controllers['REPORTERLIST'] = { url:'views/reporterlists/index.jsp', width:600, height:400 };
    552     this.controllers['REPORTER'] = { url:'views/reporters/index.jsp', width:540, height:460 };
     552    this.controllers['REPORTER'] = { url:'views/reporters/index.jsp', width:600, height:400 };
    553553    this.controllers['REPORTERSCORE'] = this.controllers['REPORTER'];
    554554    this.controllers['SCAN'] = { url:'views/scans/index.jsp', width:800, height:500 };

  • trunk/www/include/styles/main.css

    r5914 r5916  
    237237  font-size: 1em;
    238238  margin: 1px;
    239   border: 1px dotted #A0A0A0;
     239  border: 1px solid #A0A0A0;
    240240  border-radius: 3px;
    241241  background: #FFFFFF;
    … …  
    311311{
    312312  background: #D0F0FF;
    313   border: 1px solid #2288AA;
     313  border-color: #2288AA !important;
    314314}
    315315

  • trunk/www/views/experiments/edit_experiment.jsp

    r5908 r5916  
    333333  </base:head>
    334334  <base:body onload="init()">
    335     <p>
     335    <h1><%=title%> <base:help tabcontrol="settings" /></h1>
    336336    <form action="index.jsp?ID=<%=ID%>" method="post" name="experiment" onsubmit="return false;">
    337337    <input type="hidden" name="cmd" value="UpdateItem">
    338338
    339     <h3 class="docked"><%=title%> <base:help tabcontrol="settings" /></h3>
    340     <t:tabcontrol id="settings" contentstyle="<%="height: "+(int)(scale*370)+"px;"%>"
     339    <t:tabcontrol id="settings"
     340      subclass="content dialogtabcontrol"
    341341      position="bottom" remember="<%=experiment != null%>"
    342342      extensions="<%=invoker%>">
    343343    <t:tab id="info" title="Experiment" validate="validateExperiment()" helpid="experiment.edit">
    344       <table class="form" cellspacing=0>
    345       <tr>
    346         <td class="prompt">Name</td>
     344      <table class="fullform input100">
     345      <tr>
     346        <th>Name</th>
    347347        <td><input <%=requiredClazz%> type="text" name="name"
    348348          value="<%=HTML.encodeTags(experiment == null ? Values.getString(cc.getPropertyValue("name"), "New experiment") : experiment.getName())%>"
    349           size="40" maxlength="<%=Experiment.MAX_NAME_LENGTH%>"></td>
    350       </tr>
    351      
    352       <tr>
    353         <td class="prompt">Raw data type</td>
     349          maxlength="<%=Experiment.MAX_NAME_LENGTH%>"></td>
     350        <td></td>
     351      </tr>
     352      <tr>
     353        <th>Raw data type</th>
    354354        <td>
    355355          <%
    … …  
    387387          }
    388388          %>
    389        
    390         </td>
    391       </tr>
    392       <tr>
    393         <td class="prompt">Directory</td>
     389        </td>
     390        <td></td>
     391      </tr>
     392      <tr>
     393        <th>Directory</th>
    394394        <td>
    395395          <base:select
    … …  
    404404          />
    405405        </td>
     406        <td></td>
    406407      </tr>
    407408      <tr >
    408         <td class="prompt">Raw bioassays</td>
    409         <td>
    410           <table border="0" cellspacing="0" cellpadding="0">
    411           <tr >
    412           <td>
    413             <select name="rawBioAssays" size="5" multiple style="width: 20em;">
     409        <th>Raw bioassays</th>
     410        <td>
     411          <div class="selectionlist">
     412          <table>
     413          <tr>
     414            <td>
     415            <select name="rawBioAssays" size="5" multiple>
    414416            </select>
     417            </td>
     418            <td style="vertical-align: top;">
     419              <base:buttongroup vertical="true">
     420                <base:button
     421                  subclass="leftaligned"
     422                  style="width: 14em;"
     423                  onclick="addRawBioAssaysOnClick()"
     424                  title="Add&nbsp;raw bioassays&hellip;"
     425                  tooltip="Add raw bioassays"
     426                  />
     427                <base:button
     428                  subclass="leftaligned"
     429                  style="width: 14em;"
     430                  onclick="removeRawBioAssaysOnClick()"
     431                  title="Remove"
     432                  tooltip="Remove the selected raw bioassays"
     433                />
     434              </base:buttongroup>
    415435            <input type="hidden" name="addedRawBioAssays" value="">
    416436            <input type="hidden" name="removedRawBioAssays" value="">
    417           </td>
    418           <td>
    419             <table border="0">
    420             <tr><td width="150"><base:button
    421               clazz="leftaligned buttonclass"
    422               onclick="addRawBioAssaysOnClick()"
    423               title="Add&nbsp;raw bioassays&hellip;"
    424               tooltip="Add raw bioassays"
    425               /></td></tr>
    426             <tr><td width="150"><base:button
    427               clazz="leftaligned buttonclass"
    428               onclick="removeRawBioAssaysOnClick()"
    429               title="Remove"
    430               tooltip="Remove the selected raw bioassays"
    431             /></td></tr>
    432             </table>
    433           </td>
     437            </td>
    434438          </tr>
    435439          </table>
    436         </td>
    437       </tr>
    438       <tr >
    439         <td class="prompt">Description</td>
    440         <td nowrap>
    441           <textarea <%=clazz%> rows="4" cols="40" name="description"
     440          </div>
     441        </td>
     442        <td></td>
     443      </tr>
     444      <tr class="dynamic">
     445        <th>Description</th>
     446        <td>
     447          <textarea <%=clazz%> rows="4" name="description"
    442448            ><%=HTML.encodeTags(experiment == null ? cc.getPropertyValue("description") : experiment.getDescription())%></textarea>
    443           <a href="javascript:Main.zoom('Description', 'rawbioassay', 'description')"
    444             title="Edit in larger window"><base:icon image="zoom.png" /></a>
     449        </td>
     450        <td style="width: 20px;">
     451          <base:icon image="zoom.png"
     452            onclick="Main.zoom('Description', 'experiment', 'description')"
     453            tooltip="Edit in larger window"
     454          />
    445455        </td>
    446456      </tr>
    447457      </table>
    448       <div align=right>
    449         &nbsp;<i><base:icon image="required.gif" /> = required information</i>
    450         <%if (experiment == null) {%><br>
    451         <i><base:icon image="unchangeable.gif" /> = can't be changed later</i>
    452         <%}%>
    453         </div>
     458     
    454459    </t:tab>
    455460   
    456461    <t:tab id="publication" title="Publication"  helpid="experiment.edit.publication">
    457       <table class="form" cellspacing=0>
    458       <tr>
    459         <td class="prompt">PubMedId</td>
     462      <table class="fullform input100">
     463      <tr>
     464        <th>PubMedId</th>
    460465        <td><input <%=clazz%> type="text" name="pubMedId"
    461466          value="<%=HTML.encodeTags(experiment == null ? cc.getPropertyValue("pubMedId") : experiment.getPubMedId())%>"
    462           size="40" maxlength="<%=Experiment.MAX_PUBMEDID_LENGTH%>"></td>
    463       </tr>
    464         <td class="prompt">Title</td>
    465         <td nowrap>
    466           <textarea <%=clazz%> rows="4" cols="40" name="title"
     467          maxlength="<%=Experiment.MAX_PUBMEDID_LENGTH%>"></td>
     468        <td></td>
     469      </tr>
     470        <th>Title</th>
     471        <td>
     472          <textarea <%=clazz%> rows="4" name="title"
    467473            ><%=HTML.encodeTags(experiment == null ? cc.getPropertyValue("title") : experiment.getTitle())%></textarea>
    468           <a href="javascript:Main.zoom('Title', 'experiment', 'title')"
    469             title="Edit in larger window"><base:icon image="zoom.png" /></a>
    470         </td>
    471       </tr>
    472       <tr>
    473         <td class="prompt">Publication date</td>
    474         <td>
    475           <table border="0" cellspacing="0" cellpadding="0">
     474        </td>
     475        <td style="width: 20px;">
     476          <base:icon image="zoom.png"
     477            onclick="Main.zoom('Title', 'experiment', 'title')"
     478            tooltip="Edit in larger window"
     479          />
     480        </td>
     481      </tr>
     482      <tr>
     483        <th>Publication date</th>
     484        <td>
     485          <table>
    476486          <tr>
    477487          <td>
    478             <input <%=clazz%> type="text" name="publicationDate"
     488            <input <%=clazz%> style="width: 15em;" type="text" name="publicationDate"
    479489              value="<%=HTML.encodeTags(dateFormatter.format(experiment == null ?
    480490                (Date)cc.getPropertyObject("publicationDate") : experiment.getPublicationDate()))%>"
    481               size="20" maxlength="20" title="Enter date in format: <%=htmlDateFormat%>">
    482             &nbsp;
     491              maxlength="20" title="Enter date in format: <%=htmlDateFormat%>">
    483492          </td>
    484493          <td>
    … …  
    491500          </td>
    492501          </tr>
    493           </table>
    494         </td>
    495       </tr>
    496       <tr >
    497         <td class="prompt">Abstract</td>
    498         <td nowrap>
    499           <textarea <%=clazz%> rows="4" cols="40" name="abstract"
     502          </table>         
     503        </td>
     504        <td></td>
     505      </tr>
     506      <tr>
     507        <th>Abstract</th>
     508        <td>
     509          <textarea <%=clazz%> rows="4" name="abstract"
    500510            ><%=HTML.encodeTags(experiment == null ? cc.getPropertyValue("abstract") : experiment.getAbstract())%></textarea>
    501           <a href="javascript:Main.zoom('Abstract', 'experiment', 'abstract')"
    502             title="Edit in larger window"><base:icon image="zoom.png" /></a>
    503         </td>
    504       </tr>
    505       <tr >
    506         <td class="prompt">Experiment design</td>
    507         <td nowrap>
    508           <textarea <%=clazz%> rows="4" cols="40" name="experimentDesign"
     511        </td>
     512        <td style="width: 20px;">
     513          <base:icon image="zoom.png"
     514            onclick="Main.zoom('Abstract', 'experiment', 'abstract')"
     515            tooltip="Edit in larger window"
     516          />
     517        </td>
     518      </tr>
     519      <tr>
     520        <th>Experiment design</th>
     521        <td>
     522          <textarea <%=clazz%> rows="4" name="experimentDesign"
    509523            ><%=HTML.encodeTags(experiment == null ? cc.getPropertyValue("experimentDesign") : experiment.getExperimentDesign())%></textarea>
    510           <a href="javascript:Main.zoom('Experiment design', 'experiment', 'experimentDesign')"
    511             title="Edit in larger window"><base:icon image="zoom.png" /></a>
    512         </td>
    513       </tr>
    514       <tr >
    515         <td class="prompt">Experiment type</td>
    516         <td nowrap>
    517           <textarea <%=clazz%> rows="4" cols="40" name="experimentType"
     524        </td>
     525        <td style="width: 20px;">
     526          <base:icon image="zoom.png"
     527            onclick="Main.zoom('Experiment design', 'experiment', 'experimentDesign')"
     528            tooltip="Edit in larger window"
     529          />
     530        </td>
     531      </tr>
     532      <tr>
     533        <th>Experiment type</th>
     534        <td>
     535          <textarea <%=clazz%> rows="4" name="experimentType"
    518536            ><%=HTML.encodeTags(experiment == null ? cc.getPropertyValue("experimentType") : experiment.getExperimentType())%></textarea>
    519           <a href="javascript:Main.zoom('Experiment type', 'experiment', 'experimentType')"
    520             title="Edit in larger window"><base:icon image="zoom.png" /></a>
    521         </td>
    522       </tr>
    523       <tr >
    524         <td class="prompt">Affiliations</td>
    525         <td nowrap>
    526           <textarea <%=clazz%> rows="4" cols="40" name="affiliations"
     537        </td>
     538        <td style="width: 20px;">
     539          <base:icon image="zoom.png"
     540            onclick="Main.zoom('Experiment type', 'experiment', 'experimentType')"
     541            tooltip="Edit in larger window"
     542          />
     543        </td>
     544      </tr>
     545      <tr>
     546        <th>Affiliations</th>
     547        <td>
     548          <textarea <%=clazz%> rows="4" name="affiliations"
    527549            ><%=HTML.encodeTags(experiment == null ? cc.getPropertyValue("affiliations") : experiment.getAffiliations())%></textarea>
    528           <a href="javascript:Main.zoom('Affiliations', 'experiment', 'affiliations')"
    529             title="Edit in larger window"><base:icon image="zoom.png" /></a>
    530         </td>
    531       </tr>
    532       <tr >
    533         <td class="prompt">Authors</td>
    534         <td nowrap>
    535           <textarea <%=clazz%> rows="4" cols="40" name="authors"
     550        </td>
     551        <td style="width: 20px;">
     552          <base:icon image="zoom.png"
     553            onclick="Main.zoom('Affiliations', 'experiment', 'affiliations')"
     554            tooltip="Edit in larger window"
     555          />
     556        </td>
     557      </tr>
     558      <tr>
     559        <th>Authors</th>
     560        <td>
     561          <textarea <%=clazz%> rows="4" name="authors"
    536562            ><%=HTML.encodeTags(experiment == null ? cc.getPropertyValue("authors") : experiment.getAuthors())%></textarea>
    537           <a href="javascript:Main.zoom('Authors', 'experiment', 'authors')"
    538             title="Edit in larger window"><base:icon image="zoom.png" /></a>
    539         </td>
    540       </tr>
    541       <tr >
    542         <td class="prompt">Publication</td>
    543         <td nowrap>
    544           <textarea <%=clazz%> rows="4" cols="40" name="publication"
     563        </td>
     564        <td style="width: 20px;">
     565          <base:icon image="zoom.png"
     566            onclick="Main.zoom('Authors', 'experiment', 'authors')"
     567            tooltip="Edit in larger window"
     568          />
     569        </td>
     570      </tr>
     571      <tr>
     572        <th>Publication</th>
     573        <td>
     574          <textarea <%=clazz%> rows="4" name="publication"
    545575            ><%=HTML.encodeTags(experiment == null ? cc.getPropertyValue("publication") : experiment.getPublication())%></textarea>
    546           <a href="javascript:Main.zoom('Publication', 'experiment', 'publication')"
    547             title="Edit in larger window"><base:icon image="zoom.png" /></a>
     576        </td>
     577        <td style="width: 20px;">
     578          <base:icon image="zoom.png"
     579            onclick="Main.zoom('Publication', 'experiment', 'publication')"
     580            tooltip="Edit in larger window"
     581          />
    548582        </td>
    549583      </tr>
    … …  
    553587      <t:tab id="experimentalFactors" title="Experimental factors"
    554588        validate="validateExperimentalFactors()" helpid="experiment.edit.factors">
    555       <table class="form" cellspacing=0 width="100%">
    556 
    557       <tr >
    558         <td class="prompt">Annotation types</td>
    559       </tr>
    560       <tr>
    561         <td>
    562           <select name="annotationTypes" size="20" multiple style="width: 100%;">
    563           </select>
    564           <input type="hidden" name="addedAnnotationTypes" value="">
    565           <input type="hidden" name="removedAnnotationTypes" value="">
    566         </td>
    567         <td width="200px">
    568           <table border="0">
    569           <tr><td width="150"><base:button
    570             clazz="leftaligned buttonclass"
    571             onclick="addAnnotationTypesOnClick()"
    572             title="Add annotation types&hellip;"
    573             tooltip="Add annotation types"
    574             /></td></tr>
    575           <tr><td width="150"><base:button
    576             clazz="leftaligned buttonclass"
    577             onclick="removeAnnotationTypesOnClick()"
    578             title="Remove"
    579             tooltip="Remove the selected annotation types"
    580           /></td></tr>
     589      <table class="fullform input100">
     590      <tr class="big">
     591        <th>Annotation types</th>
     592        <td>
     593         
     594          <div class="selectionlist">
     595          <table>
     596          <tr>
     597            <td>
     598            <select name="annotationTypes" size="20" multiple>
     599            </select>
     600            </td>
     601            <td style="vertical-align: top;">
     602              <base:buttongroup vertical="true">
     603                <base:button
     604                  subclass="leftaligned"
     605                  style="width: 14em;"
     606                  onclick="addAnnotationTypesOnClick()"
     607                  title="Add annotation types&hellip;"
     608                  tooltip="Add annotation types"
     609                  />
     610                <base:button
     611                  subclass="leftaligned"
     612                  style="width: 14em;"
     613                  onclick="removeAnnotationTypesOnClick()"
     614                  title="Remove"
     615                  tooltip="Remove the selected annotation types"
     616                />
     617              </base:buttongroup>
     618            <input type="hidden" name="addedRawBioAssays" value="">
     619            <input type="hidden" name="removedRawBioAssays" value="">
     620            </td>
     621          </tr>
    581622          </table>
    582         </td>
     623          </div>
     624        </td>
     625      </tr>
     626      <tr class="dynamic">
     627        <th></th>
     628        <td></td>
    583629      </tr>
    584630      </table>
    … …  
    586632
    587633    </t:tabcontrol>
    588 
    589     <table align="center">
    590     <tr>
    591       <td width="50%"><base:button onclick="saveSettings()" title="Save" /></td>
    592       <td width="50%"><base:button onclick="window.close()" title="Cancel" /></td>
    593     </tr>
    594     </table>
    595634    </form>
     635   
     636    <div class="legend">
     637      <base:icon image="required.gif" /> = required information
     638      <%if (experiment == null) {%><br>
     639        <base:icon image="unchangeable.gif" /> = can't be changed later</i>
     640      <%}%>
     641    </div>
     642
     643    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
     644      <base:button onclick="saveSettings()" title="Save" />
     645      <base:button onclick="window.close()" title="Cancel" />
     646    </base:buttongroup>
    596647  </base:body>
    597648  </base:page>

  • trunk/www/views/formulas/edit_formula.jsp

    r5908 r5916  
    403403  </base:head>
    404404  <base:body onload="init()">
    405     <p>
     405    <h1><%=title%> <base:help tabcontrol="settings" /></h1>
    406406    <form action="index.jsp?ID=<%=ID%>" method="post" name="formula" onsubmit="return false;">
    407407    <input type="hidden" name="cmd" value="UpdateItem">
    408408
    409     <h3 class="docked"><%=title%> <base:help tabcontrol="settings" /></h3>
    410     <t:tabcontrol id="settings" contentstyle="<%="height: "+(int)(scale*460)+"px;"%>"
     409    <t:tabcontrol id="settings"
     410      subclass="content dialogtabcontrol"
    411411      position="bottom"  remember="<%=formula != null%>"
    412412      extensions="<%=invoker%>">
    413413    <t:tab id="info" title="Formula" validate="validateFormula()" helpid="formula.edit">
    414       <table class="form" cellspacing=0>
    415       <tr>
    416         <td class="prompt">Name</td>
     414      <table class="fullform input100">
     415      <tr>
     416        <th>Name</th>
    417417        <td><input <%=requiredClazz%> type="text" name="name"
    418418          value="<%=HTML.encodeTags(formula == null ? Values.getString(cc.getPropertyValue("name"), "New formula") : formula.getName())%>"
    419           size="40" maxlength="<%=Formula.MAX_NAME_LENGTH%>"></td>
    420       </tr>
    421       <tr>
    422         <td class="prompt">Type</td>
    423         <td>
    424           <select name="type" class="required" onchange="formulaTypeOnChange()">
     419          maxlength="<%=Formula.MAX_NAME_LENGTH%>"></td>
     420        <td></td>
     421      </tr>
     422      <tr>
     423        <th>Type</th>
     424        <td>
     425          <select name="type" class="required" onchange="formulaTypeOnChange()" style="width: 15em;">
    425426          <%
    426427          for (Formula.Type type : Formula.Type.values())
    … …  
    434435          </select>
    435436        </td>
    436       </tr>
    437       <tr>
    438         <td class="prompt">Parser</td>
    439         <td>
    440           <select name="parser" class="required">
     437        <td></td>
     438      </tr>
     439      <tr>
     440        <th>Parser</th>
     441        <td>
     442          <select name="parser" class="required" style="width: 15em;">
    441443          <%
    442444          for (Formula.Parser parser : Formula.Parser.values())
    … …  
    450452          </select>
    451453        </td>
    452       </tr>
    453       <tr>
    454         <td class="prompt">Raw data type</td>
    455         <td>
    456           <select name="rawdatatype" onchange="rawDataTypeOnChange()">
     454        <td></td>
     455      </tr>
     456      <tr>
     457        <th>Raw data type</th>
     458        <td>
     459          <select name="rawdatatype" onchange="rawDataTypeOnChange()" style="width: 15em;">
    457460          <option value="">- none -
    458461          <%
    … …  
    467470          </select>
    468471        </td>
    469       </tr>
    470       <tr>
    471         <td class="prompt">Channels</td>
     472        <td></td>
     473      </tr>
     474      <tr>
     475        <th>Channels</th>
    472476        <td><input <%=currentRawDataType != null ? "class=\"text disabled\" disabled" : requiredClazz%> type="text" name="channels"
     477          style="width:15em;"
    473478          value="<%=formula == null ? (currentRawDataType == null ? Values.getInt(cc.getPropertyValue("channels")) : currentRawDataType.getChannels()) : formula.getChannels()%>"
    474           size="12" maxlength="10" onkeypress="return Numbers.integerOnly(event)"
     479          maxlength="10" onkeypress="return Numbers.integerOnly(event)"
    475480          ></td>
    476       </tr>
    477       <tr >
    478         <td class="prompt">Expressions</td>
    479         <td>
    480           <table border="0" cellspacing="0" cellpadding="2">
     481        <td></td>
     482      </tr>
     483      <tr class="big">
     484        <th>Expressions</th>
     485        <td>
     486          <table>
    481487          <tr>
    482488            <td>
    … …  
    514520          </table>
    515521        </td>
    516       </tr>
    517       <tr>
    518         <td class="prompt">Value type</td>
    519         <td>
    520           <select name="valueType">
     522        <td></td>
     523      </tr>
     524      <tr>
     525        <th>Value type</th>
     526        <td>
     527          <select name="valueType" style="width: 15em;">
    521528          <option value="">- unknown -
    522529          <%
    … …  
    531538          </select>
    532539        </td>
    533       </tr>
    534       <tr>
    535         <td class="prompt">Avg. method</td>
    536         <td>
    537           <select name="averageMethod" class="required">
     540        <td></td>
     541      </tr>
     542      <tr>
     543        <th>Avg. method</th>
     544        <td>
     545          <select name="averageMethod" class="required" style="width: 15em;">
    538546          <%
    539547          for (Formula.AverageMethod method : Formula.AverageMethod.values())
    … …  
    547555          </select>
    548556        </td>
    549       </tr>
    550       <tr>
    551         <td class="prompt">Source intensity<br>transformation</td>
    552         <td colspan="">
    553           <select name="sourceIntensityTransform">
     557        <td></td>
     558      </tr>
     559      <tr>
     560        <th>Intensity<br>transformation</th>
     561        <td>
     562          <b>Source</b>
     563          <select name="sourceIntensityTransform" style="width: 15em;">
    554564          <option value="">- any -
    555565          <%
    … …  
    563573          %>
    564574          </select>
    565         </td>
    566       </tr>
    567       <tr>
    568         <td class="prompt">Result intensity<br>transformation</td>
    569         <td colspan="">
    570           <select name="resultIntensityTransform">
     575          <b>Result</b>
     576          <select name="resultIntensityTransform" style="width: 15em;">
    571577          <option value="">- any -
    572578          <%
    … …  
    581587          </select>
    582588        </td>
    583       </tr>
    584       <tr>
    585         <td class="prompt"><label for="useColors">Use colors</label></td>
     589        <td></td>
     590      </tr>
     591      <tr>
     592        <th></th>
    586593        <td>
    587594          <input type="checkbox" name="use_colors" id="useColors" value="1"
    588595            <%=coloring.isUsingColors() ? "checked" : "" %>
    589596            onclick="useColorsOnClick()">
     597          <label for="useColors"><b>Use colors</b></label>
    590598         
    591           <b>Min value</b>
    592           <input type="text" class="text" name="min_value"
    593              value="<%=Values.formatNumber(coloring.getMinValue(), -1)%>"
    594              size="6" maxlength="6"
    595              onkeypress="return Numbers.numberOnly(event)"
    596              >
    597           <b>Mid value</b>
    598           <input type="text" class="text" name="mid_value"
    599              value="<%=Values.formatNumber(coloring.getMidValue(), -1)%>"
    600              size="6" maxlength="6"
    601              onkeypress="return Numbers.numberOnly(event)"
    602              >
    603           <b>Max value</b>
    604           <input type="text" class="text" name="max_value"
    605              value="<%=Values.formatNumber(coloring.getMaxValue(), -1)%>"
    606              size="6" maxlength="6"
    607              onkeypress="return Numbers.numberOnly(event)"
    608              >
    609              <br>
    610599          <input type="checkbox" name="logarithmic" id="logarithmic" value="1"
    611600            <%=coloring.isLogarithmic() ? "checked" : "" %>>
    612           <label for="logarithmic"><b>Logarithmic</b></label>
    613         </td>
    614       </tr>
    615 
    616       <tr >
    617         <td class="prompt">Description</td>
    618         <td nowrap>
    619           <textarea <%=clazz%> rows="4" cols="40" name="description"
     601          <label for="logarithmic"><b>Logarithmic</b></label>
     602        </td>
     603        <td></td>
     604      </tr>
     605      <tr>
     606        <th class="subprompt"></th>
     607        <td>
     608          <b>Min value</b>
     609          <input type="text" class="text" name="min_value" style="width: 6em;"
     610             value="<%=Values.formatNumber(coloring.getMinValue(), -1)%>"
     611             maxlength="6" onkeypress="return Numbers.numberOnly(event)">
     612          <b>Mid value</b>
     613          <input type="text" class="text" name="mid_value" style="width: 6em;"
     614             value="<%=Values.formatNumber(coloring.getMidValue(), -1)%>"
     615             maxlength="6" onkeypress="return Numbers.numberOnly(event)">
     616          <b>Max value</b>
     617          <input type="text" class="text" name="max_value" style="width: 6em;"
     618             value="<%=Values.formatNumber(coloring.getMaxValue(), -1)%>"
     619             maxlength="6" onkeypress="return Numbers.numberOnly(event)">
     620        </td>
     621        <td></td>
     622      </tr>
     623      <tr class="dynamic">
     624        <th>Description</th>
     625        <td>
     626          <textarea <%=clazz%> rows="4" name="description"
    620627            ><%=HTML.encodeTags(formula == null ? cc.getPropertyValue("description") : formula.getDescription())%></textarea>
    621           <a href="javascript:Main.zoom('Description', 'formula', 'description')"
    622             title="Edit in larger window"><base:icon image="zoom.png" /></a>
     628        </td>
     629        <td style="width: 20px;">
     630          <base:icon image="zoom.png"
     631            onclick="Main.zoom('Description', 'formula', 'description')"
     632            tooltip="Edit in larger window"
     633          />
    623634        </td>
    624635      </tr>
    625636      </table>
    626       <div align=right>&nbsp;<i><base:icon image="required.gif" /> = required information</i></div>
    627637    </t:tab>
    628638    </t:tabcontrol>
    629 
    630     <table align="center">
    631     <tr>
    632       <td width="50%"><base:button onclick="saveSettings()" title="Save" /></td>
    633       <td width="50%"><base:button onclick="window.close()" title="Cancel" /></td>
    634     </tr>
    635     </table>
    636639    </form>
     640
     641    <div class="legend">
     642      <base:icon image="required.gif" /> = required information
     643    </div>
     644
     645    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
     646      <base:button onclick="saveSettings()" title="Save" />
     647      <base:button onclick="window.close()" title="Cancel" />
     648    </base:buttongroup>
    637649  </base:body>
    638650  </base:page>

  • trunk/www/views/reporterlists/edit_reporterlist.jsp

    r5908 r5916  
    184184  </base:head>
    185185  <base:body onload="init()">
    186     <p>
     186    <h1><%=title%> <base:help tabcontrol="settings" /></h1>
    187187    <form action="index.jsp?ID=<%=ID%>" method="post" name="reporterList" onsubmit="return false;">
    188188    <input type="hidden" name="cmd" value="UpdateItem">
    … …  
    196196    }
    197197    %>
    198     <h3 class="docked"><%=title%> <base:help tabcontrol="settings" /></h3>
    199     <t:tabcontrol id="settings" contentstyle="<%="height: "+(int)(scale*260)+"px;"%>"
     198    <t:tabcontrol id="settings"
     199      subclass="content dialogtabcontrol"
    200200      position="bottom" remember="<%=reporterList != null%>"
    201201      extensions="<%=invoker%>">
    202202    <t:tab id="info" title="Reporter list"
    203203      validate="validateReporterList()" helpid="reporterlist.edit">
    204       <table class="form" cellspacing=0>
     204      <table class="fullform input100">
    205205      <tr>
    206         <td class="prompt">Name</td>
     206        <th>Name</th>
    207207        <td><input <%=requiredClazz%> type="text" name="name"
    208208          value="<%=HTML.encodeTags(name)%>"
    209           size="40" maxlength="<%=ReporterList.MAX_NAME_LENGTH%>"></td>
     209          maxlength="<%=ReporterList.MAX_NAME_LENGTH%>"></td>
     210        <td></td>
    210211      </tr>
    211212      <tr>
    212         <td class="prompt">External ID</td>
     213        <th>External ID</th>
    213214        <td><input <%=clazz%> type="text" name="external_id"
    214215          value="<%=HTML.encodeTags(reporterList == null ? Values.getString(cc.getPropertyValue("externalId")) : reporterList.getExternalId())%>"
    215           size="40" maxlength="<%=ReporterList.MAX_EXTERNAL_ID_LENGTH%>"></td>
     216          maxlength="<%=ReporterList.MAX_EXTERNAL_ID_LENGTH%>"></td>
     217        <td></td>
    216218      </tr>
    217219      <%
    … …  
    219221      {
    220222        %>
    221         <tr >
    222           <td class="prompt">Which reporters?</td>
     223        <tr>
     224          <th>Which reporters?</th>
    223225          <td>
    224226            <input type="radio" name="which" id="whichSelected" value="selected"
    … …  
    229231              ><label for="whichAll">All pages</label><br>
    230232          </td>
     233          <td></td>
    231234        </tr>
    232235        <%
    … …  
    235238      {
    236239        %>
    237         <tr >
    238           <td class="prompt">Add reporters?</td>
     240        <tr>
     241          <th>Add reporters?</th>
    239242          <td>
    240243            <input type="radio" name="create" id="createEmpty" value=""
    … …  
    261264              of the selected lists (1-<%=numSelectedLists%>).
    262265              <br>
    263            
    264266          </td>
     267          <td></td>
    265268        </tr>
    266269        <%
    267270      }
    268271      %>
    269       <tr >
    270         <td class="prompt">Description</td>
     272      <tr class="dynamic">
     273        <th>Description</th>
    271274        <td nowrap>
    272275          <textarea <%=clazz%> rows="4" cols="40" name="description"
    273276            ><%=HTML.encodeTags(reporterList == null ? cc.getPropertyValue("description") : reporterList.getDescription())%></textarea>
    274           <a href="javascript:Main.zoom('Description', 'reporterList', 'description')"
    275             title="Edit in larger window"><base:icon image="zoom.png" /></a>
     277        </td>
     278        <td style="width: 20px;">
     279          <base:icon image="zoom.png"
     280            onclick="Main.zoom('Description', 'reporterList', 'description')"
     281            tooltip="Edit in larger window"
     282          />
    276283        </td>
    277284      </tr>
    278285      </table>
    279       <div align=right>&nbsp;<i><base:icon image="required.gif" /> = required information</i></div>
    280286    </t:tab>
    281287    </t:tabcontrol>
    282 
    283     <table align="center">
    284     <tr>
    285       <td width="50%"><base:button onclick="saveSettings()" title="Save" /></td>
    286       <td width="50%"><base:button onclick="window.close()" title="Cancel" /></td>
    287     </tr>
    288     </table>
    289288    </form>
     289
     290    <div class="legend">
     291      <base:icon image="required.gif" /> = required information
     292    </div>
     293
     294    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
     295      <base:button onclick="saveSettings()" title="Save" />
     296      <base:button onclick="window.close()" title="Cancel" />
     297    </base:buttongroup>
    290298  </base:body>
    291299  </base:page>

  • trunk/www/views/reporterlists/merge.jsp

    r5905 r5916  
    129129  </base:head>
    130130  <base:body onload="init()">
    131     <p>
     131    <h1><%=title%> <base:help helpid="reporterlist.merge" /></h1>
    132132    <form action="index.jsp?ID=<%=ID%>" method="post" name="merge" onsubmit="return false;">
    133133    <input type="hidden" name="cmd" value="MergeItem">
    134134
    135     <h3 class="docked"><%=title%> <base:help helpid="reporterlist.merge" /></h3>
    136     <div class="boxedbottom" style="height: <%=(int)(scale*300)%>px; ">
    137       <table class="form" cellspacing=0>
    138 
     135    <div class="content bottomborder">
     136      <table class="fullform input100">
    139137      <tr>
    140         <td class="prompt">This list</td>
     138        <th>This list</th>
    141139        <td><%=HTML.encodeTags(reporterList.getName())%></td>
    142140        <td rowspan="2">
    … …  
    144142        </td>
    145143      </tr>
    146       <tr>
    147         <td class="prompt">What to do</td>
     144      <tr class="big">
     145        <th>What to do</th>
    148146        <td>
    149147          <select name="mergeType" onchange="mergeTypeOnChange()">
    … …  
    166164          <p>
    167165          After the operation this list will
    168           contain reporters from the red-colored areas in the image.
     166          contain reporters from the gray-colored areas in the image.
    169167           
    170168        </td>
    171169      </tr>
    172       <tr >
    173         <td class="prompt">Reporter lists</td>
     170      <tr class="dynamic">
     171        <th>Reporter lists</th>
    174172        <td colspan="2">
    175           <table border="0" cellspacing="0" cellpadding="0">
    176           <tr >
     173          <div class="selectionlist">
     174          <table>
     175          <tr>
    177176          <td>
    178             <select name="reporterLists" size="5" multiple style="width: 20em;">
     177            <select name="reporterLists" size="10" multiple>
    179178            </select>
    180179            <input type="hidden" name="sourceLists" value="">
    181180          </td>
    182181          <td>
    183             <table border="0">
    184             <tr><td width="150"><base:button
    185               onclick="addReporterListsOnClick()"
    186               title="Add&nbsp;reporter lists&hellip;"
    187               tooltip="Add reporter lists"
    188               /></td></tr>
    189             <tr><td width="150"><base:button
    190               onclick="removeReporterListsOnClick()"
    191               title="Remove"
    192               tooltip="Remove the selected reporter lists"
    193             /></td></tr>
    194             </table>
     182          <td style="vertical-align: top;">
     183            <base:buttongroup vertical="true">
     184              <base:button
     185                subclass="leftaligned"
     186                style="width: 12em;"
     187                onclick="addReporterListsOnClick()"
     188                title="Add&nbsp;reporter lists&hellip;"
     189                tooltip="Add reporter lists"
     190              />
     191              <base:button
     192                subclass="leftaligned"
     193                style="width: 12em;"
     194                onclick="removeReporterListsOnClick()"
     195                title="Remove"
     196                tooltip="Remove the selected reporter lists"
     197              />
     198            </base:buttongroup>
     199            <input type="hidden" name="sourceLists" value="">
    195200          </td>
    196201          </tr>
    197202          </table>
     203          </div>
    198204        </td>
    199205      </tr>
    200       </table>
     206      </table> 
     207    </div>
     208    </form>
    201209   
    202     </div>
    203    
    204     <table align="center">
    205     <tr>
    206       <td width="50%"><base:button onclick="saveSettings()" title="Ok" /></td>
    207       <td width="50%"><base:button onclick="window.close()" title="Cancel" /></td>
    208     </tr>
    209     </table>
    210     </form>
     210    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
     211      <base:button onclick="saveSettings()" title="Ok" />
     212      <base:button onclick="window.close()" title="Cancel" />
     213    </base:buttongroup>
    211214  </base:body>
    212215  </base:page>

  • trunk/www/views/reporterlists/view_reporterlist.jsp

    r5910 r5916  
    152152    function merge(mergeType)
    153153    {
    154       Main.openPopup('merge.jsp?ID=<%=ID%>&item_id=<%=itemId%>&mergeType='+mergeType, 'Union', 600, 440);
     154      Main.openPopup('merge.jsp?ID=<%=ID%>&item_id=<%=itemId%>&mergeType='+mergeType, 'Union', 600, 400);
    155155    }
    156156    </script>

  • trunk/www/views/reporters/edit_reporter.jsp

    r5908 r5916  
    226226  </base:head>
    227227  <base:body>
    228     <p>
     228    <h1><%=title%> <base:help tabcontrol="settings" /></h1>
    229229    <form action="index.jsp?ID=<%=ID%>" method="post" name="reporter" onsubmit="return false;">
    230230    <input type="hidden" name="cmd" value="UpdateItem">
    231231   
    232     <h3 class="docked"><%=title%> <base:help tabcontrol="settings" /></h3>
    233     <t:tabcontrol id="settings" contentstyle="<%="height: "+(int)(scale*340)+"px;"%>"
     232    <t:tabcontrol id="settings"
     233      subclass="content dialogtabcontrol"
    234234      position="bottom" remember="<%=reporter != null%>"
    235235      extensions="<%=invoker%>">
    236236    <t:tab id="info" title="Reporter" validate="validateReporter()" helpid="reporter.edit">
    237       <table class="form" cellspacing=0>
     237      <table class="fullform input100">
    238238      <tr>
    239         <td class="prompt">Name</td>
     239        <th>Name</th>
    240240        <td><input <%=requiredClazz%> type="text" name="name"
    241241          value="<%=HTML.encodeTags(reporter == null ? Values.getString(cc.getPropertyValue("name"), "New reporter") : reporter.getName())%>"
    242           size="40" maxlength="<%=ReporterData.MAX_NAME_LENGTH%>"></td>
     242          maxlength="<%=ReporterData.MAX_NAME_LENGTH%>"></td>
     243        <td></td>
    243244      </tr>
    244245      <tr>
    245         <td class="prompt">External ID</td>
     246        <th>External ID</th>
    246247        <td><input <%=requiredClazz%> type="text" name="externalId"
    247248          value="<%=HTML.encodeTags(reporter == null ? cc.getPropertyValue("externalId") : reporter.getExternalId())%>"
    248           size="40" maxlength="<%=ReporterData.MAX_EXTERNAL_ID_LENGTH%>"></td>
     249          maxlength="<%=ReporterData.MAX_EXTERNAL_ID_LENGTH%>"></td>
     250        <td></td>
    249251      </tr>
    250252      <tr>
    251         <td class="prompt">Type</td>
     253        <th>Type</th>
    252254        <td>
    253           <select name="reportertype_id" <%=!readCurrentReporterType ? "disabled readonly class=\"disabled\"" : ""%>>
     255          <select name="reportertype_id" <%=!readCurrentReporterType ? "disabled readonly class=\"disabled\"" : ""%> style="width: 15em;">
    254256          <%
    255257          if (!readCurrentReporterType)
    … …  
    280282          </select>
    281283        </td>
     284        <td></td>
    282285      </tr>
    283286      <tr>
    284         <td class="prompt">Gene symbol</td>
     287        <th>Gene symbol</th>
    285288        <td><input <%=clazz%> type="text" name="symbol"
    286289          value="<%=HTML.encodeTags(reporter == null ? cc.getPropertyValue("symbol") : reporter.getSymbol())%>"
    287           size="40" maxlength="<%=ReporterData.MAX_SYMBOL_LENGTH%>"></td>
     290          maxlength="<%=ReporterData.MAX_SYMBOL_LENGTH%>"></td>
     291        <td></td>
    288292      </tr>
    289       <tr >
    290         <td class="prompt">Description</td>
     293      <tr class="dynamic">
     294        <th>Description</th>
    291295        <td nowrap>
    292           <textarea <%=clazz%> rows="4" cols="40" name="description"
     296          <textarea <%=clazz%> rows="6" name="description"
    293297            ><%=HTML.encodeTags(reporter == null ? cc.getPropertyValue("description") : reporter.getDescription())%></textarea>
    294           <a href="javascript:Main.zoom('Description', 'reporter', 'description')" title="Edit in larger window"><base:icon image="zoom.png" /></a>
     298        </td>
     299        <td style="width: 20px;">
     300          <base:icon image="zoom.png"
     301            onclick="Main.zoom('Description', 'reporter', 'description')"
     302            tooltip="Edit in larger window"
     303          />
    295304        </td>
    296305      </tr>
    297306      </table>
    298       <div align=right>&nbsp;<i><base:icon image="required.gif" /> = required information</i></div>
     307     
    299308    </t:tab>
    300309   
    301310    <t:tab id="extended" title="Extended properties"
    302311      validate="validateExtendedProperties()" helpid="reporter.edit.extended">
    303       <table class="form" cellspacing=0>
     312      <table class="fullform input100">
    304313        <%
    305314        if (reporterProperties != null)
    … …  
    312321            Object value = reporter == null ? cc.getPropertyValue(name) : reporter.getExtended(name);
    313322            String theClazz = required ? requiredClazz : clazz;
     323            boolean hasZoom = false;
    314324            %>
    315             <tr >
    316               <td class="prompt"><%=HTML.encodeTags(ep.getTitle())%></td>
     325            <tr>
     326              <th><%=HTML.encodeTags(ep.getTitle())%></th>
    317327              <td>
    318328              <%
    … …  
    321331                %>
    322332                <input <%=theClazz%> type="text" name="<%=name%>"
    323                   value="<%=value == null ? "" : value%>"
    324                   size="20" maxlength="20" onkeypress="return Numbers.integerOnly(event)"
     333                  value="<%=value == null ? "" : value%>" style="width: 15em;"
     334                  maxlength="20" onkeypress="return Numbers.integerOnly(event)"
    325335                  >
    326336                <%
    … …  
    330340                %>
    331341                <input <%=theClazz%> type="text" name="<%=name%>"
    332                   value="<%=value == null ? "" : value%>"
    333                   size="20" maxlength="20" onkeypress="return Numbers.numberOnly(event)"
     342                  value="<%=value == null ? "" : value%>" style="width: 15em;"
     343                  maxlength="20" onkeypress="return Numbers.numberOnly(event)"
    334344                  >
    335345                <%
    … …  
    340350                <input <%=theClazz%> type="text" name="<%=name%>"
    341351                  value="<%=HTML.encodeTags((String)value)%>"
    342                   size="40" maxlength="<%=ep.getLength()%>"
     352                  maxlength="<%=ep.getLength()%>"
    343353                  >
    344354                <%
    … …  
    346356              else if (type == Type.TEXT)
    347357              {
    348                 %>
    349                 <textarea <%=theClazz%> name="<%=name%>" rows="6" cols="40"
     358                hasZoom = true;
     359                %>
     360                <textarea <%=theClazz%> name="<%=name%>" rows="6"
    350361                  ><%=HTML.encodeTags((String)value)%></textarea>
    351                 <a href="javascript:Main.zoom(
    352                   '<%=HTML.javaScriptEncode(ep.getTitle())%>',
    353                   'reporter', '<%=name%>')"
    354                   title="Edit in larger window"><base:icon image="zoom.png" /></a>
    355362                <%
    356363              }
    … …  
    382389                <td>
    383390                  <input <%=theClazz%> type="text" name="<%=name%>"
    384                     value="<%=dateFormatter.format((Date)value)%>"
    385                     size="20" maxlength="20" title="Enter date in format: <%=htmlDateFormat%>"
     391                    value="<%=dateFormatter.format((Date)value)%>" style="width: 15em;"
     392                    maxlength="20" title="Enter date in format: <%=htmlDateFormat%>"
    386393                    >
    387394                </td>
    … …  
    405412                <td>
    406413                  <input <%=theClazz%> type="text" name="<%=name%>"
    407                     value="<%=dateTimeFormatter.format((Date)value)%>"
    408                     size="20" maxlength="20" title="Enter timestamp in format: <%=htmlDateTimeFormat%>"
     414                    value="<%=dateTimeFormatter.format((Date)value)%>" style="width: 15em;"
     415                    maxlength="20" title="Enter timestamp in format: <%=htmlDateTimeFormat%>"
    409416                    >
    410417                </td>
    … …  
    423430              %>
    424431              </td>
     432              <td style="width: 20px;">
     433                <%
     434                if (hasZoom)
     435                {
     436                  %>
     437                  <base:icon image="zoom.png"
     438                    onclick="<%="Main.zoom('" + HTML.javaScriptEncode(ep.getTitle()) + "', 'reporter', '" + name + "')"%>"
     439                    tooltip="Edit in larger window"
     440                  />
     441                <%
     442              }
     443              %>
     444              </td>
    425445            </tr>
    426446            <%
    … …  
    428448        }
    429449        %>
     450        <tr class="dynamic">
     451          <th></th>
     452          <td></td>
     453          <td></td>
     454        </tr>
    430455      </table>
    431456    </t:tab>
    432457    </t:tabcontrol>
    433458    </form>
    434 
    435     <table align="center">
    436     <tr>
    437       <td width="50%"><base:button onclick="saveSettings()" title="Save" /></td>
    438       <td width="50%"><base:button onclick="window.close()" title="Cancel" /></td>
    439     </tr>
    440     </table>
     459   
     460    <div class="legend">
     461      <base:icon image="required.gif" /> = required information
     462    </div>
     463
     464    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
     465      <base:button onclick="saveSettings()" title="Save" />
     466      <base:button onclick="window.close()" title="Cancel" />
     467    </base:buttongroup>
    441468
    442469  </base:body>
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.