Changeset 5923


Ignore:
Timestamp:
Jan 11, 2012, 3:29:26 PM (10 years ago)
Author:
Nicklas Nordborg
Message:

References #1655: GUI improvements

  • Edit dialogs for bioassay set, bioassay, transformation and some other experiment related dialogs
  • Analysis plug-in that have special jsp forms
  • Change history
Location:
trunk/www
Files:
16 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/www/biomaterials/bioplates/wells/list_biowells.jsp

    r5910 r5923  
    193193    %>
    194194
    195     <t:tabcontrol id="main" active="biowells" switch="switchTab" notabs="<%=mode.isSelectionMode()%>">
     195    <t:tabcontrol id="main" active="biowells" switch="switchTab">
    196196    <t:tab id="properties" title="Properties" />
    197197    <t:tab id="annotations" title="Annotations" />       
  • trunk/www/common/anytoany/edit_anytoany.jsp

    r5908 r5923  
    178178  </base:head>
    179179  <base:body>
    180     <p>
     180    <h1><%=title%></h1>
    181181    <form action="index.jsp?ID=<%=ID%>" method="post" name="anytoany" onsubmit="return false;">
    182182    <input type="hidden" name="cmd" value="UpdateItem">
    183183
    184     <h3 class="docked"><%=title%></h3>
    185     <t:tabcontrol id="settings" contentstyle="<%="height: "+(int)(scale*160)+"px;"%>"
     184    <t:tabcontrol id="settings"
     185      subclass="content dialogtabcontrol"
    186186      position="bottom" remember="<%=anyToAny != null%>">
    187187    <t:tab id="info" title="Any-to-any link" validate="validateAnyToAny()">
    188       <table class="form" cellspacing=0>
     188      <table class="fullform input100 smaller">
    189189      <tr>
    190         <td class="prompt">From</td>
     190        <th>From</th>
    191191        <td><%=fromName%></td>
     192        <td></td>
    192193      </tr>
    193194      <tr>
    194         <td class="prompt">To</td>
     195        <th>To</th>
    195196        <td><%=toName%></td>
     197        <td></td>
    196198      </tr>
    197199      <tr>
    198         <td class="prompt">Name</td>
     200        <th>Name</th>
    199201        <td><input <%=requiredClazz%> type="text" name="name"
    200202          value="<%=HTML.encodeTags(anyToAny == null ? Values.getString(cc.getPropertyValue("name"), "New any-to-any link") : anyToAny.getName())%>"
    201           size="40" maxlength="<%=AnyToAny.MAX_NAME_LENGTH%>"></td>
    202       </tr>
    203       <tr >
    204         <td class="prompt">Description</td>
    205         <td nowrap>
    206           <textarea <%=clazz%> rows="4" cols="40" name="description"
     203          maxlength="<%=AnyToAny.MAX_NAME_LENGTH%>"></td>
     204        <td></td>
     205      </tr>
     206      <tr class="dynamic">
     207        <th>Description</th>
     208        <td>
     209          <textarea <%=clazz%> rows="6" name="description"
    207210            ><%=HTML.encodeTags(anyToAny == null ? cc.getPropertyValue("description") : anyToAny.getDescription())%></textarea>
    208           <a href="javascript:Main.zoom('Description', 'label', 'description')"
    209             title="Edit in larger window"><base:icon image="zoom.png" /></a>
    210211        </td>
     212        <td style="width: 20px;">
     213          <base:icon image="zoom.png"
     214            onclick="Main.zoom('Description', 'anytoany', 'description')"
     215            tooltip="Edit in larger window"
     216          />
     217        </td>
    211218      </tr>
    212219      </table>
    213       <div align=right>&nbsp;<i><base:icon image="required.gif" /> = required information</i></div>
    214220    </t:tab>
    215221    </t:tabcontrol>
    216 
    217     <table align="center">
    218     <tr>
    219       <td width="50%"><base:button onclick="saveSettings()" title="Save" /></td>
    220       <td width="50%"><base:button onclick="window.close()" title="Cancel" /></td>
    221     </tr>
    222     </table>
    223222    </form>
     223   
     224    <div class="legend">
     225      <base:icon image="required.gif" /> = required information
     226    </div>
     227
     228    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
     229      <base:button onclick="saveSettings()" title="Save" />
     230      <base:button onclick="window.close()" title="Cancel" />
     231    </base:buttongroup>
    224232  </base:body>
    225233  </base:page>
  • trunk/www/common/history/frameset.jsp

    r5426 r5923  
    4141  <base:page type="include">
    4242  <base:body>
    43     <script language="JavaScript">
    44     var timer = 0;
    45     var inCall = false;
    46     function adjustIFrameSize()
    47     {
    48       if (inCall) return;
    49       inCall = true;
    50       var iframeElement = document.getElementById("idHistory");
    51       // Find the top coordinate of the IFrame
    52       var offsetTop = 10;
    53       var offsetTrail = iframeElement;
    54       while (offsetTrail)
    55       {
    56         offsetTop += offsetTrail.offsetTop;
    57         offsetTrail = offsetTrail.offsetParent;
    58       }
    59  
    60       // Find the browser window height
    61       var windowHeight = Main.getWindowHeight();
    62       iframeElement.height = windowHeight-offsetTop;
    63       inCall = false;
    64     }
    65     function setTimer()
    66     {
    67       if (inCall) return;
    68       if (timer) clearTimeout(timer);
    69       timer = setTimeout('adjustIFrameSize()', 150);
    70     }
    71     if (window.addEventListener)
    72     {
    73       window.addEventListener('resize', setTimer, false);
    74     }
    75     else if (window.attachEvent)
    76     {
    77       window.attachEvent('onresize', setTimer);
    78     }
    79     setTimer();
    80     </script>
    81       <iframe name="history" id="idHistory"
     43    <div class="absolutefull"><iframe name="history" id="idHistory"
    8244        src="<%=root%>/common/history/index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=List&source_type=<%=sourceType.name()%>&source_id=<%=sourceId%>"
    83         frameborder="0" vspace="0" hspace="0"
    84         marginwidth="0" marginheight="0" scrolling="no"
    85         style="width: 100%; border: 0px solid #999999; border-top: 0px; overflow: visible"></iframe>
     45        style="width: 100%; height: 100%;"></iframe></div>
    8646  </base:body>
    8747  </base:page>
  • trunk/www/common/history/view_history.jsp

    r5900 r5923  
    8080  </base:head>
    8181  <base:body>
    82     <h3 class="docked"><%=title%> <base:help tabcontrol="main" /></h3>
    83     <t:tabcontrol id="main" active="<%=tab%>" position="bottom" contentstyle="<%="height: "+(int)(scale*350)+"px;"%>">
    84     <t:tab id="properties" title="Properties" helpid="changehistory.view.properties">
     82    <h1><%=title%> <base:help helpid="changehistory.view.properties" /></h1>
    8583
    86       <table class="form" cellspacing="0">
     84    <div class="content bottomborder">
     85      <table class="fullform outlined">
    8786      <tr>
    88         <td class="prompt">Item</td>
     87        <th>Item</th>
    8988        <td><%=title%></td>
    9089      </tr>
    9190      <tr>
    92         <td class="prompt">Time</td>
     91        <th>Time</th>
    9392        <td><%=changeTime%></td>
    9493      </tr>
    9594      <tr>
    96         <td class="prompt">Type</td>
     95        <th>Type</th>
    9796        <td><%=history.getChangeType()%></td>
    9897      </tr>
    9998      <tr>
    100         <td class="prompt">Change info</td>
     99        <th>Change info</th>
    101100        <td><%=HTML.niceFormat(history.getChangeInfo())%></td>
    102101      </tr>
    103102      <tr>
    104         <td class="prompt">Changed by</td>
     103        <th>Changed by</th>
    105104        <td><%=ChangeHistoryUtil.getUser(dc, history, false, false)%></td>
    106105      </tr>
    107106      <tr>
    108         <td class="prompt">Plug-in</td>
     107        <th>Plug-in</th>
    109108        <td><%=ChangeHistoryUtil.getPlugin(dc, history, false, false)%></td>
    110109      </tr>
    111110      <tr>
    112         <td class="prompt">Active project</td>
     111        <th>Active project</th>
    113112        <td><%=ChangeHistoryUtil.getProject(dc, history, false, false)%></td>
    114113      </tr>
    115114      <tr>
    116         <td class="prompt">Job</td>
     115        <th>Job</th>
    117116        <td><%=ChangeHistoryUtil.getJob(dc, history, false, false)%></td>
    118117      </tr>
    119118      <tr>
    120         <td class="prompt">Client application</td>
     119        <th>Client application</th>
    121120        <td><%=ChangeHistoryUtil.getClient(dc, history, false, false)%></td>
    122121      </tr>
    123122      <tr>
    124         <td class="prompt">Session</td>
     123        <th>Session</th>
    125124        <td><%=ChangeHistoryUtil.getSession(dc, history, false, false)%></td>
    126125      </tr>
     126      <tr class="dynamic">
     127        <th></th>
     128        <td></td>
     129      </tr>
    127130      </table>
    128       </t:tab>
    129       </t:tabcontrol>
     131    </div>
    130132 
    131     <base:buttongroup>
     133    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
    132134      <base:button onclick="window.close()" title="Close" />
    133135    </base:buttongroup>
  • trunk/www/include/scripts/main.js

    r5922 r5923  
    542542    this.controllers['ANNOTATIONTYPE'] = { url:'admin/annotationtypes/index.jsp', width:600, height:400 };
    543543    this.controllers['ANNOTATIONTYPECATEGORY'] = { url:'admin/annotationtypecategories/index.jsp', width:600, height:400 };
    544     this.controllers['ANYTOANY'] = { url:'common/anytoany/index.jsp', width:500, height:340, popup:true };
     544    this.controllers['ANYTOANY'] = { url:'common/anytoany/index.jsp', width:450, height:300, popup:true };
    545545    this.controllers['ARRAYBATCH'] = { url:'lims/arraybatches/index.jsp', width:750, height:500 };
    546546    this.controllers['ARRAYDESIGN'] = { url:'lims/arraydesigns/index.jsp', width:750, height:500 };
    547547    this.controllers['ARRAYSLIDE'] = { url:'lims/arrayslides/index.jsp', width:750, height:500 };
    548     this.controllers['BIOASSAY'] = { url:'views/experiments/bioassays/index.jsp', width:800, height:500 };
    549     this.controllers['BIOASSAYSET'] = { url:'views/experiments/bioassaysets/index.jsp', width:800, height:500 };
     548    this.controllers['BIOASSAY'] = { url:'views/experiments/bioassays/index.jsp', width:600, height:400 };
     549    this.controllers['BIOASSAYSET'] = { url:'views/experiments/bioassaysets/index.jsp', width:600, height:400 };
    550550    this.controllers['BIOMATERIALEVENT'] = { url:'biomaterials/events/index.jsp', width:600, height:400 };
    551551    this.controllers['BIOMATERIALLIST'] = { url:'biomaterials/lists/index.jsp', width:600, height:400 };
     
    555555    this.controllers['BIOPLATETYPE'] = { url:'biomaterials/bioplatetypes/index.jsp', width:600, height:400 };
    556556    this.controllers['BIOSOURCE'] = { url:'biomaterials/biosources/index.jsp', width:750, height:500 };
    557     this.controllers['BIOWELL'] = { url:'biomaterials/bioplates/wells/index.jsp', width:480, height:320 };
     557    this.controllers['BIOWELL'] = { url:'biomaterials/bioplates/wells/index.jsp', width:450, height:300 };
    558558    this.controllers['CLIENT'] = { url:'admin/clients/index.jsp', width:450, height:300 };
    559     this.controllers['CHANGEHISTORY'] = { url:'common/history/index.jsp', width:600, height:480, edit:false, popup:true };
     559    this.controllers['CHANGEHISTORY'] = { url:'common/history/index.jsp', width:600, height:400, edit:false, popup:true };
    560560    this.controllers['DATAFILETYPE'] = { url:'admin/datafiletypes/index.jsp', width:600, height:400 };
    561561    this.controllers['DERIVEDBIOASSAY'] = { url:'views/derivedbioassays/index.jsp', width:750, height:500 };
     
    608608    this.controllers['SOFTWARE'] = { url:'admin/software/index.jsp', width:450, height:300 };
    609609    this.controllers['TAG'] = { url:'biomaterials/tags/index.jsp', width:450, height:300 };
    610     this.controllers['TRANSFORMATION'] = { url:'views/experiments/transformations/index.jsp', width:500, height:300 };
     610    this.controllers['TRANSFORMATION'] = { url:'views/experiments/transformations/index.jsp', width:450, height:300 };
    611611    this.controllers['UNIT'] = { url:'admin/quantities/units/index.jsp', width:600, height:400 };
    612612    this.controllers['USER'] = { url:'admin/users/index.jsp', width:750, height:500 };
  • trunk/www/include/styles/main.css

    r5919 r5923  
    239239.messagecontainer
    240240{
    241   margin: 1em;
     241  margin: 0.5em;
    242242  padding: 0.5em;
    243243  border: 1px solid #A0A0A0;
  • trunk/www/plugins/net/sf/basedb/plugins/jep_extra_value_calculator.jsp

    r5905 r5923  
    235235    {
    236236      var frm = document.forms['extraValue'];
    237       if (frm.allBioAssays.checked)
    238       {
    239         return;
    240       }
     237      frm.allBioAssays.checked = false;
     238      frm.bioAssays.disabled = false;
    241239      var ids = Link.getListIds(frm.bioAssays, 'R');
    242240      var excludes = ids.join(',');
     
    285283  </base:head>
    286284  <base:body onload="init()">
     285    <h1>Calculate extra value <base:help helpid="jepextravaluecalculator.options"/></h1>
    287286    <form name="extraValue" action="index.jsp" method="post" onsubmit="return false;">
    288287    <input type="hidden" name="ID" value="<%=ID%>">
     
    291290    <input type="hidden" name="parameter:source" value="<%=source.getId()%>">
    292291   
    293     <h3 class="docked">Calculate extra value <base:help helpid="jepextravaluecalculator.options"/></h3>
    294     <div class="boxed">
    295    
    296     <%
    297     if (errorMessage != null || (errors != null && errors.size() > 0))
    298     {
     292    <div class="content bottomborder">
     293      <table class="fullform input100">
     294      <%
     295      if (errorMessage != null || (errors != null && errors.size() > 0))
     296      {
     297        %>
     298        <tr>
     299          <th></th>
     300          <td colspan="2">
     301          <div id="errors" style="margin-bottom: 12px;">
     302            <div class="messagecontainer error" style="margin: 0px;">
     303            <%=errorMessage %>
     304            <%
     305            if (errors != null && errors.size() > 0)
     306            {
     307              %>
     308              <div id="showerrorlist">
     309                <base:icon image="gonext.png"
     310                  onclick="showErrorList()"
     311                  style="color: #FFFFFF;"
     312                  tooltip="Show more information about the error"
     313                />
     314              </div>
     315              <div id="errorlist" style="display: none; margin: 0px;">
     316                <base:icon image="move_down.png"
     317                  onclick="hideErrorList()"
     318                  style="color: #FFFFFF;"
     319                  tooltip="Show less information"
     320                />
     321                <ol>
     322                <%
     323                for (Throwable t : errors)
     324                {
     325                  %>
     326                  <li><%=t.getMessage()%>
     327                  <%
     328                }
     329                %>
     330                </ol>
     331              </div>
     332              <%
     333            }
     334            %>
     335          </div>
     336          </td>
     337        </tr>
     338        <%
     339      }
    299340      %>
    300       <div id="errors" style="margin-bottom: 12px;" class="parameterhelp">
    301         <div class="error" style="margin: 0px;">
    302         <%=errorMessage %>
    303         </div>
    304         <%
    305         if (errors != null && errors.size() > 0)
    306         {
    307           %>
    308           <div id="showerrorlist" style="display: none;">
    309             <base:icon image="bullet.gif" /><a href="javascript:showErrorList()">Show details</a>
    310           </div>
    311           <div id="errorlist">
    312           <ol>
    313           <%
    314           for (Throwable t : errors)
    315           {
    316             %>
    317             <li><%=t.getMessage()%><br>
    318             <%
    319           }
    320           %>
    321           </ol>
    322           <base:icon image="bullet.gif" /><a href="javascript:hideErrorList()">Hide details</a>
    323           </div>
    324           <%
    325         }
    326         %>
    327       </div>
    328       <%
    329     }
    330     %>
    331 
    332       <table class="form" width="100%">
    333       <tr >
    334         <td class="prompt">Source bioassay set</td>
     341      <tr>
     342        <th>Source</th>
    335343        <td><%=HTML.encodeTags(source.getName())%></td>
    336       </tr>
    337       <tr >
    338       <td class="prompt">Bioassays</td>
     344        <td></td>
     345      </tr>
     346      <tr class="big">
     347        <th class="subprompt">Bioassays</th>
    339348        <td>
    340349          <input type="checkbox" name="allBioAssays" id="allBioAssays"
    341350            onclick="allBioAssaysOnClick()"><label for="allBioAssays">All bioassays</label><br>
    342           <table border="0" cellspacing="0" cellpadding="0">
    343           <tr >
    344           <td>
    345             <select name="bioAssays" size="5" multiple style="width: 20em;">
    346             </select>
    347           </td>
    348           <td>
    349             <table border="0">
    350             <tr><td width="150"><base:button
    351               onclick="addBioAssaysOnClick()"
    352               title="Add&nbsp;bioassays&hellip;"
    353               tooltip="Add bioassays"
    354               /></td></tr>
    355             <tr><td width="150"><base:button
    356               onclick="removeBioAssaysOnClick()"
    357               title="Remove"
    358               tooltip="Remove the selected bioassays"
    359             /></td></tr>
     351          <div class="selectionlist">
     352            <table>
     353            <tr>
     354            <td>
     355              <select name="bioAssays" size="5" multiple>
     356              </select>
     357            </td>
     358            <td style="vertical-align: top;">
     359              <base:buttongroup vertical="true">
     360                <base:button
     361                  subclass="leftaligned"
     362                  onclick="addBioAssaysOnClick()"
     363                  title="Add bioassays&hellip;"
     364                  tooltip="Add bioassays"
     365                />
     366                <base:button
     367                  subclass="leftaligned"
     368                  onclick="removeBioAssaysOnClick()"
     369                  title="Remove"
     370                  tooltip="Remove the selected bioassays"
     371                />
     372              </base:buttongroup>
     373            </td>
     374            </tr>
    360375            </table>
    361           </td>
    362           </tr>
    363           </table>
     376          </div>
    364377        </td>
     378        <td></td>
    365379      </tr>
    366380      <tr>
    367         <td class="prompt">Extra value type</td>
     381        <th>Extra value type</th>
    368382        <td>
    369383          <base:select
     
    377391          />
    378392        </td>
     393        <td></td>
    379394      </tr>
    380395     
    381396      <tr>
    382         <td class="prompt">Expression</td>
     397        <th>Expression</th>
    383398        <td>
    384         <select name="presets" style="width: 32em;"
    385           onchange="presetOnChange(this, this.form['parameter:expression'])"
    386           >
    387           <option value="">- select from list or enter formula below -
    388           <%=formulaOptions.toString()%>
    389         </select>
     399          <select name="presets" style="width: 30em;"
     400            onchange="presetOnChange(this, this.form['parameter:expression'])"
     401            >
     402            <option value="">- select from list or enter formula below -
     403            <%=formulaOptions.toString()%>
     404          </select>
    390405        </td>
     406        <td></td>
    391407      </tr>
    392408     
    393       <tr >
    394         <td>&nbsp;</td>
     409      <tr class="big">
     410        <th class="subprompt"></th>
    395411        <td>
    396           <table border="0" cellspacing="0" cellpadding="0">
    397           <tr >
    398           <td>
    399             <textarea class="text required" name="parameter:expression"
    400               rows="4" cols="50"><%=HTML.encodeTags(expression)%></textarea>&nbsp;
    401           </td>
    402           <td><base:button onclick="openExpressionBuilder()"
    403             title="Expression builder&hellip;"
     412          <textarea class="text required" name="parameter:expression"
     413              rows="3" ><%=HTML.encodeTags(expression)%></textarea>
     414        </td>
     415        <td style="width: 20px;">
     416          <base:icon onclick="openExpressionBuilder()"
    404417            image="expression_builder.gif"
    405             tooltip="A simple utility for building expressions" />
    406           </td>
    407           </tr>
    408           </table>
     418            tooltip="A simple utility for building expressions"
     419          />
    409420        </td>
     421      </tr>
     422      <tr class="dynamic">
     423        <th></th>
     424        <td colspan="2"></td>
    410425      </tr>
    411426      </table>
     
    413428    </form>
    414429 
    415     <table align="center">
    416     <tr>
    417       <td width="50%"><base:button onclick="doNext();" title="Next" /></td>
    418       <td width="50%"><base:button onclick="doCancel();" title="Cancel" /></td>
    419     </tr>
    420     </table>
     430    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
     431      <base:button onclick="doNext();" title="Next" />
     432      <base:button onclick="doCancel();" title="Cancel" />
     433    </base:buttongroup>
     434 
    421435  </base:body>
    422436  </base:page>
  • trunk/www/plugins/net/sf/basedb/plugins/jep_filter.jsp

    r5908 r5923  
    240240    {
    241241      var frm = document.forms['filter'];
    242       if (frm.allBioAssays.checked)
    243       {
    244         return;
    245       }
     242      frm.allBioAssays.checked = false;
     243      frm.bioAssays.disabled = false;
    246244      var ids = Link.getListIds(frm.bioAssays, 'R');
    247245      var excludes = ids.join(',');
     
    292290  </base:head>
    293291  <base:body onload="init()">
     292    <h1>Filter bioassay set <base:help helpid="jepfilter.options"/></h1>
    294293    <form name="filter" action="index.jsp" method="post" onsubmit="return false;">
    295294    <input type="hidden" name="ID" value="<%=ID%>">
     
    298297    <input type="hidden" name="parameter:source" value="<%=source.getId()%>">
    299298   
    300     <h3 class="docked">Filter bioassay set <base:help helpid="jepfilter.options"/></h3>
    301     <div class="boxed">
     299    <div class="content bottomborder">
     300    <table class="fullform input100">
    302301    <%
    303302    if (errorMessage != null || (errors != null && errors.size() > 0))
    304303    {
    305304      %>
    306       <div id="errors" style="margin-bottom: 12px;" class="parameterhelp">
    307         <div class="error" style="margin: 0px;">
    308         <%=errorMessage %>
    309         </div>
    310         <%
    311         if (errors != null && errors.size() > 0)
    312         {
    313           %>
    314           <div id="showerrorlist" style="display: none;">
    315             <base:icon image="bullet.gif" /><a href="javascript:showErrorList()">Show details</a>
    316           </div>
    317           <div id="errorlist">
    318           <ol>
     305      <tr>
     306        <th></th>
     307        <td colspan="2">
     308        <div id="errors" style="margin-bottom: 12px;">
     309          <div class="messagecontainer error" style="margin: 0px;">
     310          <%=errorMessage %>
    319311          <%
    320           for (Throwable t : errors)
     312          if (errors != null && errors.size() > 0)
    321313          {
    322314            %>
    323             <li><%=t.getMessage()%><br>
     315            <div id="showerrorlist">
     316              <base:icon image="gonext.png"
     317                onclick="showErrorList()"
     318                style="color: #FFFFFF;"
     319                tooltip="Show more information about the error"
     320              />
     321            </div>
     322            <div id="errorlist" style="display: none; margin: 0px;">
     323              <base:icon image="move_down.png"
     324                onclick="hideErrorList()"
     325                style="color: #FFFFFF;"
     326                tooltip="Show less information"
     327              />
     328              <ol>
     329              <%
     330              for (Throwable t : errors)
     331              {
     332                %>
     333                <li><%=t.getMessage()%>
     334                <%
     335              }
     336              %>
     337              </ol>
     338            </div>
    324339            <%
    325340          }
    326341          %>
    327           </ol>
    328           <base:icon image="bullet.gif" /><a href="javascript:hideErrorList()">Hide details</a>
    329           </div>
    330           <%
    331         }
    332         %>
    333       </div>
     342        </div>
     343        </td>
     344      </tr>
    334345      <%
    335346    }
    336347    %>
    337 
    338     <table class="form">
    339     <tr>
    340       <td class="prompt" colspan="2">Source</td>
    341     </tr>
    342     <tr >
    343       <td>&nbsp;Bioassay set</td>
    344       <td><%=HTML.encodeTags(source.getName())%></td>
    345     </tr>
    346     <tr >
    347       <td>&nbsp;Bioassays</td>
     348    <tr>
     349      <th>Source</th>
     350      <td colspan="2"><%=HTML.encodeTags(source.getName())%></td>
     351    </tr>
     352    <tr class="big">
     353      <th class="subprompt">Bioassays</th>
    348354      <td>
    349355        <input type="checkbox" name="allBioAssays" id="allBioAssays"
    350356          onclick="allBioAssaysOnClick()"><label for="allBioAssays">All bioassays</label><br>
    351         <table border="0" cellspacing="0" cellpadding="0">
    352         <tr >
    353         <td>
    354           <select name="bioAssays" size="5" multiple style="width: 20em;">
    355           </select>
    356         </td>
    357         <td>
    358           <table border="0">
    359           <tr><td width="150"><base:button
    360             onclick="addBioAssaysOnClick()"
    361             title="Add&nbsp;bioassays&hellip;"
    362             tooltip="Add bioassays"
    363             /></td></tr>
    364           <tr><td width="150"><base:button
    365             onclick="removeBioAssaysOnClick()"
    366             title="Remove"
    367             tooltip="Remove the selected bioassays"
    368           /></td></tr>
     357        <div class="selectionlist">
     358          <table>
     359          <tr>
     360          <td>
     361            <select name="bioAssays" size="5" multiple>
     362            </select>
     363          </td>
     364          <td style="vertical-align: top;">
     365            <base:buttongroup vertical="true">
     366              <base:button
     367                subclass="leftaligned"
     368                onclick="addBioAssaysOnClick()"
     369                title="Add bioassays&hellip;"
     370                tooltip="Add bioassays"
     371              />
     372              <base:button
     373                subclass="leftaligned"
     374                onclick="removeBioAssaysOnClick()"
     375                title="Remove"
     376                tooltip="Remove the selected bioassays"
     377              />
     378            </base:buttongroup>
     379          </td>
     380          </tr>
    369381          </table>
    370         </td>
    371         </tr>
    372         </table>
    373       </td>
    374     </tr>
    375     <tr>
    376       <td class="prompt" colspan="2">Child bioassay set</td>
    377     </tr>
    378     <tr>
    379       <td>&nbsp;Name</td>
     382        </div>
     383      </td>
     384      <td></td>
     385    </tr>
     386    <tr>
     387      <th>Child bioassay set</th>
     388      <td colspan="2"></td>
     389    </tr>
     390    <tr>
     391      <th class="subprompt">Name</th>
    380392      <td>
    381         <input type="text" class="text required" size="50" maxlength="255"
     393        <input type="text" class="text required" maxlength="255"
    382394          name="parameter:childName"
    383395          value="<%=HTML.encodeTags(childName)%>"></td>
    384     </tr>
    385     <tr >
    386       <td>&nbsp;Description</td>
    387       <td nowrap>
    388         <textarea class="text" rows="3" cols="50" name="parameter:childDescription"
     396      <td></td>
     397    </tr>
     398    <tr class="dynamic">
     399      <th class="subprompt">Description</th>
     400      <td>
     401        <textarea class="text" rows="3" name="parameter:childDescription"
    389402          ><%=HTML.encodeTags(childDescription) %></textarea>
    390         <a href="javascript:Main.zoom('Description', 'transformation', 'parameter:childDescription')"
    391           title="Edit in larger window"><base:icon image="zoom.png" /></a>
    392       </td>
    393     </tr>
    394 
    395     <tr>
    396       <td class="prompt" colspan="2">Filter</td>
    397     </tr>
    398     <tr>
    399       <td>&nbsp;Presets</td>
     403      </td>
     404      <td style="width: 20px;">
     405        <base:icon image="zoom.png"
     406          onclick="Main.zoom('Description', 'filter', 'description')"
     407          tooltip="Edit in larger window"
     408        />
     409      </td>
     410    </tr>
     411
     412    <tr>
     413      <th>Filter</th>
    400414      <td>
    401       <select name="presets" style="width: 32em;"
    402         onchange="presetOnChange(this, this.form['parameter:expression'])"
    403         >
    404         <option value="">- select from list or enter formula below -
    405         <%=formulaOptions.toString()%>
    406       </select>
    407       </td>
    408     </tr>
    409     <tr >
    410       <td>&nbsp;Expression</td>
     415        <select name="presets" style="width: 30em;"
     416          onchange="presetOnChange(this, this.form['parameter:expression'])"
     417          >
     418          <option value="">- select from list or enter formula below -
     419          <%=formulaOptions.toString()%>
     420        </select>
     421      </td>
     422      <td></td>
     423    </tr>
     424    <tr class="big">
     425      <th class="subprompt">Expression</th>
    411426      <td>
    412         <table border="0" cellspacing="0" cellpadding="0">
    413         <tr >
    414         <td>
    415           <textarea class="text required" name="parameter:expression"
    416             rows="3" cols="50"><%=HTML.encodeTags(expression)%></textarea>&nbsp;
    417         </td>
    418         <td><base:button onclick="openExpressionBuilder()"
    419           title="Expression builder&hellip;"
     427        <textarea class="text required" name="parameter:expression"
     428            rows="3" ><%=HTML.encodeTags(expression)%></textarea>
     429      </td>
     430      <td style="width: 20px;">
     431        <base:icon onclick="openExpressionBuilder()"
    420432          image="expression_builder.gif"
    421           tooltip="A simple utility for building expressions" />
    422         </td>
    423         </tr>
    424         </table>
    425       </td>
    426     </tr>
    427 
    428     <tr >
    429       <td>&nbsp;</td>
     433          tooltip="A simple utility for building expressions"
     434        />
     435      </td>
     436    </tr>
     437    <tr>
     438      <th class="subprompt">Keep</th>
    430439      <td>Keep non-matching spots from all bioassays if the filter matches that spot in at least<br>
    431         <input class="text" type="text" name="parameter:includeLimit"
    432           size="4" maxlength="10" value="<%=includeLimit == null ? "" : includeLimit.toString()%>"
     440        <input class="text" type="text" name="parameter:includeLimit" style="width: 5em;"
     441          maxlength="10" value="<%=includeLimit == null ? "" : includeLimit.toString()%>"
    433442          onkeypress="return Numbers.integerOnly(event)">
    434443        bioassay(s) [1 - <%=numBioAssays%>]
    435444      </td>
    436     </tr>
    437    
    438     <tr >
    439       <td>&nbsp;</td>
     445      <td></td>
     446    </tr>
     447    <tr>
     448      <th class="subprompt">Exclude</th>
    440449      <td>Exclude matching spots from all bioassays if the filter doesn't match that spot in at least<br>
    441         <input class="text" type="text" name="parameter:excludeLimit"
    442           size="4" maxlength="10" value="<%=excludeLimit == null ? "" : excludeLimit.toString()%>"
     450        <input class="text" type="text" name="parameter:excludeLimit"  style="width: 5em;"
     451          maxlength="10" value="<%=excludeLimit == null ? "" : excludeLimit.toString()%>"
    443452          onkeypress="return Numbers.integerOnly(event)">
    444453        bioassay(s) [1 - <%=numBioAssays%>]
    445454      </td>
    446     </tr>
    447 
     455      <td></td>
     456    </tr>
    448457    </table>
    449458    </div>
    450459    </form>
    451460 
    452     <table align="center">
    453     <tr>
    454       <td width="50%"><base:button onclick="doNext();" title="Next" /></td>
    455       <td width="50%"><base:button onclick="doCancel();" title="Cancel" /></td>
    456     </tr>
    457     </table>
     461    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
     462      <base:button onclick="doNext();" title="Next" />
     463      <base:button onclick="doCancel();" title="Cancel" />
     464    </base:buttongroup>
    458465  </base:body>
    459466  </base:page>
  • trunk/www/plugins/net/sf/basedb/plugins/jep_intensity_transformer.jsp

    r5908 r5923  
    172172  </base:head>
    173173  <base:body onload="init()">
     174    <h1>Transform intensities <base:help helpid="jepintensitytransformer.options"/></h1>
    174175    <form name="transformation" action="index.jsp" method="post" onsubmit="return false;">
    175176    <input type="hidden" name="ID" value="<%=ID%>">
     
    178179    <input type="hidden" name="parameter:source" value="<%=source.getId()%>">
    179180   
    180     <h3 class="docked">Transform intensities <base:help helpid="jepintensitytransformer.options"/></h3>
    181     <div class="boxed">
    182     <%
    183     if (errorMessage != null || (errors != null && errors.size() > 0))
    184     {
     181    <div class="content bottomborder">
     182      <table class="fullform input100">
     183      <%
     184      if (errorMessage != null || (errors != null && errors.size() > 0))
     185      {
     186        %>
     187        <tr>
     188          <th></th>
     189          <td colspan="2">
     190          <div id="errors" style="margin-bottom: 12px;">
     191            <div class="messagecontainer error" style="margin: 0px;">
     192            <%=errorMessage %>
     193            <%
     194            if (errors != null && errors.size() > 0)
     195            {
     196              %>
     197              <div id="showerrorlist">
     198                <base:icon image="gonext.png"
     199                  onclick="showErrorList()"
     200                  style="color: #FFFFFF;"
     201                  tooltip="Show more information about the error"
     202                />
     203              </div>
     204              <div id="errorlist" style="display: none; margin: 0px;">
     205                <base:icon image="move_down.png"
     206                  onclick="hideErrorList()"
     207                  style="color: #FFFFFF;"
     208                  tooltip="Show less information"
     209                />
     210                <ol>
     211                <%
     212                for (Throwable t : errors)
     213                {
     214                  %>
     215                  <li><%=t.getMessage()%>
     216                  <%
     217                }
     218                %>
     219                </ol>
     220              </div>
     221              <%
     222            }
     223            %>
     224          </div>
     225          </td>
     226        </tr>
     227        <%
     228      }
    185229      %>
    186       <div id="errors" style="margin-bottom: 12px;" class="parameterhelp">
    187         <div class="error" style="margin: 0px;">
    188         <%=errorMessage %>
    189         </div>
    190         <%
    191         if (errors != null && errors.size() > 0)
    192         {
    193           %>
    194           <div id="showerrorlist" style="display: none;">
    195             <base:icon image="bullet.gif" /><a href="javascript:showErrorList()">Show details</a>
    196           </div>
    197           <div id="errorlist">
    198           <ol>
    199           <%
    200           for (Throwable t : errors)
    201           {
    202             %>
    203             <li><%=t.getMessage()%><br>
    204             <%
    205           }
    206           %>
    207           </ol>
    208           <base:icon image="bullet.gif" /><a href="javascript:hideErrorList()">Hide details</a>
    209           </div>
    210           <%
    211         }
    212         %>
    213       </div>
    214       <%
    215     }
    216     %>
    217 
    218       <table class="form" width="100%">
    219       <tr >
    220         <td class="prompt">Source bioassay set</td>
     230      <tr>
     231        <th>Source bioassay set</th>
    221232        <td><%=HTML.encodeTags(source.getName())%></td>
     233        <td></td>
    222234      </tr>     
    223235      <tr>
    224         <td class="prompt" colspan="2">Child bioassay set</td>
    225       </tr>
    226       <tr>
    227         <td style="text-align: right">Name</td>
    228         <td>
    229           <input type="text" class="text required" size="50" maxlength="255" name="parameter:childName"
     236        <th>Child bioassay set</th>
     237        <td></td>
     238        <td></td>
     239      </tr>
     240      <tr>
     241        <th class="subprompt">Name</th>
     242        <td>
     243          <input type="text" class="text required" maxlength="255" name="parameter:childName"
    230244            value="<%=HTML.encodeTags(childName)%>"></td>
    231       </tr>
    232       <tr >
    233         <td style="text-align: right">Description</td>
    234         <td nowrap>
    235           <textarea class="text" rows="4" cols="50" name="parameter:childDescription"
     245        <td></td>
     246      </tr>
     247      <tr class="big">
     248        <th class="subprompt">Description</th>
     249        <td>
     250          <textarea class="text" rows="6" name="parameter:childDescription"
    236251            ><%=HTML.encodeTags(childDescription)%></textarea>
    237           <a href="javascript:Main.zoom('Description', 'transformation', 'parameter:childDescription')"
    238             title="Edit in larger window"><base:icon image="zoom.png" /></a>
    239252        </td>
    240       </tr>
    241       <tr>
    242         <td class="prompt">Transformation</td>
     253        <td style="width: 20px;">
     254          <base:icon image="zoom.png"
     255            onclick="Main.zoom('Description', 'transformation', 'description')"
     256            tooltip="Edit in larger window"
     257          />
     258        </td>
     259      </tr>
     260      <tr>
     261        <th>Transformation</th>
    243262        <td>
    244263        <%
     
    275294        %>
    276295        </td>
    277       </tr>
    278       <tr>
    279         <td style="text-align: right">Name</td>
    280         <td>
    281           <input type="text" class="text" size="50" maxlength="255" name="parameter:transformationName"
     296        <td></td>
     297      </tr>
     298      <tr>
     299        <th class="subprompt">Name</th>
     300        <td>
     301          <input type="text" class="text" maxlength="255" name="parameter:transformationName"
    282302            value="<%=HTML.encodeTags(transformationName)%>"></td>
    283       </tr>
    284      
     303        <td></td>
     304      </tr>
    285305      <%
    286306      for (int ch = 1; ch <= rdt.getChannels(); ++ch)
     
    290310        if (value == null) value = (String)info.getParameter("ch"+ch+".expression").getParameterType().getDefaultValue();
    291311        %>
    292         <tr >
    293           <td style="text-align: right">Ch <%=ch%></td>
     312        <tr>
     313          <th class="subprompt">Ch <%=ch%></th>
    294314          <td>
    295             <table border="0" cellspacing="0" cellpadding="0">
    296             <tr >
    297             <td>
    298               <input type="text" class="text required" name="<%=inputName%>"
    299                 size="50"
    300                 value="<%=HTML.encodeTags(value)%>">&nbsp;
    301             </td>
    302             <td><base:button onclick="<%="openExpressionBuilder('Ch "+ch+" expression', '"+inputName+"')"%>"
    303               title=""
     315            <input type="text" class="text required" name="<%=inputName%>"
     316              value="<%=HTML.encodeTags(value)%>">
     317          </td>
     318          <td style="width: 20px;">
     319            <base:icon onclick="<%="openExpressionBuilder('Ch "+ch+" expression', '"+inputName+"')"%>"
    304320              image="expression_builder.gif"
    305               tooltip="A simple utility for building expressions" />
    306             </td>
    307             </tr>
    308             </table>
     321              tooltip="A simple utility for building expressions"
     322            />
    309323          </td>
    310324        </tr>
     
    313327      %>
    314328      <tr>
    315         <td style="text-align: right">Resulting transform</td>
     329        <th class="subprompt">Resulting transform</th>
    316330        <td>
    317331          <input type="hidden" name="parameter:resultTransform:emptyIsNull" value="1" />
     
    328342          </select>
    329343        </td>
     344        <td></td>
     345      </tr>
     346      <tr class="dynamic">
     347        <th></th>
     348        <td colspan="2"></td>
    330349      </tr>
    331350      </table>
     
    333352    </form>
    334353 
    335     <table align="center">
    336     <tr>
    337       <td width="50%"><base:button onclick="doNext();" title="Next" /></td>
    338       <td width="50%"><base:button onclick="doCancel();" title="Cancel" /></td>
    339     </tr>
    340     </table>
     354    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
     355      <base:button onclick="doNext();" title="Next" />
     356      <base:button onclick="doCancel();" title="Cancel" />
     357    </base:buttongroup>
     358
    341359  </base:body>
    342360  </base:page>
  • trunk/www/views/experiments/bioassays/edit_bioassay.jsp

    r5908 r5923  
    152152  </base:head>
    153153  <base:body onload="init()">
    154     <p>
     154    <h1><%=title%> <base:help tabcontrol="settings" /></h1>
    155155    <form action="index.jsp?ID=<%=ID%>" method="post" name="bioAssay" onsubmit="return false;">
    156156    <input type="hidden" name="cmd" value="UpdateItem">
    157157
    158     <h3 class="docked"><%=title%> <base:help tabcontrol="settings" /></h3>
    159     <t:tabcontrol id="settings" contentstyle="<%="height: "+(int)(scale*370)+"px;"%>"
     158    <t:tabcontrol id="settings"
     159      subclass="content dialogtabcontrol"
    160160      position="bottom"  remember="<%=bioAssay != null%>" switch="switchTab"
    161161      extensions="<%=invoker%>">
    162162    <t:tab id="info" title="Bioassay" validate="validateBioAssay()" helpid="bioassay.edit">
    163       <table class="form" cellspacing=0>
     163      <table class="fullform input100">
    164164      <tr>
    165         <td class="prompt">Name</td>
     165        <th>Name</th>
    166166        <td><input <%=requiredClazz%> type="text" name="name"
    167167          value="<%=HTML.encodeTags(bioAssay == null ? Values.getString(cc.getPropertyValue("name"), "New bioassay") : bioAssay.getName())%>"
    168           size="40" maxlength="<%=BioAssay.MAX_NAME_LENGTH%>"></td>
     168          maxlength="<%=BioAssay.MAX_NAME_LENGTH%>"></td>
     169        <td></td>
    169170      </tr>
    170      
    171 
    172       <tr >
    173         <td class="prompt">Description</td>
    174         <td nowrap>
    175           <textarea <%=clazz%> rows="4" cols="40" name="description"
     171      <tr class="dynamic">
     172        <th>Description</th>
     173        <td>
     174          <textarea <%=clazz%> rows="6" name="description"
    176175            ><%=HTML.encodeTags(bioAssay == null ? cc.getPropertyValue("description") : bioAssay.getDescription())%></textarea>
    177           <a href="javascript:Main.zoom('Description', 'bioAssaySet', 'description')"
    178             title="Edit in larger window"><base:icon image="zoom.png" /></a>
     176        </td>
     177        <td style="width: 20px;">
     178          <base:icon image="zoom.png"
     179            onclick="Main.zoom('Description', 'bioAssay', 'description')"
     180            tooltip="Edit in larger window"
     181          />
    179182        </td>
    180183      </tr>
    181184      </table>
    182       <div align=right>&nbsp;<i><base:icon image="required.gif" /> = required information</i></div>
    183185    </t:tab> 
    184     <t:tab id="annotations" title="Annotations"
    185       helpid="annotations.edit" tooltip="Enter values for annotations">
    186       <iframe name="annotations" id="idAnnotations" src="../../../common/annotations/wait.jsp"
    187         width="100%"  height="<%=(int)(scale*370)%>" frameborder=0 vspace=0 hspace=0
    188         marginwidth=0 marginheight=0 scrolling="auto" style="overflow: visible"></iframe>
    189     </t:tab>
     186    <t:tab id="annotations" title="Annotations &amp; parameters" helpid="annotations.edit"><iframe
     187      name="annotations" id="idAnnotations" src="../../../common/annotations/wait.jsp"
     188      style="width: 100%; height: 100%;"></iframe></t:tab>
    190189   
    191     <t:tab id="inheritedAnnotations" title="Inherited annotations" helpid="annotations.edit.inherited">
    192       <iframe name="inheritedAnnotations" id="idInheritedAnnotations" src="../../../common/annotations/wait.jsp"
    193         width="100%"  height="<%=(int)(scale*370)%>" frameborder=0 vspace=0 hspace=0
    194         marginwidth=0 marginheight=0 scrolling="auto" style="overflow: visible"></iframe>
    195     </t:tab>
     190    <t:tab id="inheritedAnnotations" title="Inherited annotations"
     191      helpid="annotations.edit.inherited"><iframe
     192        name="inheritedAnnotations" id="idInheritedAnnotations" src="../../../common/annotations/wait.jsp"
     193        style="width: 100%; height: 100%;"></iframe></t:tab>
    196194    </t:tabcontrol>
    197 
    198     <table align="center">
    199     <tr>
    200       <td width="50%"><base:button onclick="saveSettings()" title="Save" /></td>
    201       <td width="50%"><base:button onclick="window.close()" title="Cancel" /></td>
    202     </tr>
    203     </table>
    204195    </form>
     196   
     197    <div class="legend">
     198      <base:icon image="required.gif" /> = required information
     199    </div>
     200
     201    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
     202      <base:button onclick="saveSettings()" title="Save" />
     203      <base:button onclick="window.close()" title="Cancel" />
     204    </base:buttongroup>
    205205  </base:body>
    206206  </base:page>
  • trunk/www/views/experiments/bioassays/list_bioassays.jsp

    r5910 r5923  
    218218    %>
    219219
    220     <t:tabcontrol id="main" active="bioassays" switch="switchTab" notabs="<%=mode.isSelectionMode()%>">
     220    <t:tabcontrol id="main" active="bioassays" switch="switchTab">
    221221    <t:tab id="properties" title="Properties" />
    222222   
  • trunk/www/views/experiments/bioassaysets/edit_bioassayset.jsp

    r5908 r5923  
    165165  </base:head>
    166166  <base:body onload="init()">
    167     <p>
     167    <h1><%=title%> <base:help tabcontrol="settings" /></h1>
    168168    <form action="index.jsp?ID=<%=ID%>" method="post" name="bioAssaySet" onsubmit="return false;">
    169169    <input type="hidden" name="cmd" value="UpdateItem">
    170170
    171     <h3 class="docked"><%=title%> <base:help tabcontrol="settings" /></h3>
    172     <t:tabcontrol id="settings" contentstyle="<%="height: "+(int)(scale*370)+"px;"%>"
     171    <t:tabcontrol id="settings"
     172      subclass="content dialogtabcontrol"
    173173      position="bottom"  remember="<%=bioAssaySet != null%>" switch="switchTab"
    174174      extensions="<%=invoker%>">
    175175    <t:tab id="info" title="Bioassay set" validate="validateBioAssaySet()" helpid="bioassayset.edit">
    176       <table class="form" cellspacing=0>
     176      <table class="fullform input100">
    177177      <tr>
    178         <td class="prompt">Name</td>
     178        <th>Name</th>
    179179        <td><input <%=requiredClazz%> type="text" name="name"
    180180          value="<%=HTML.encodeTags(bioAssaySet == null ? Values.getString(cc.getPropertyValue("name"), "New bioassay set") : bioAssaySet.getName())%>"
    181           size="40" maxlength="<%=BioAssaySet.MAX_NAME_LENGTH%>"></td>
     181          maxlength="<%=BioAssaySet.MAX_NAME_LENGTH%>"></td>
     182        <td></td>
    182183      </tr>
    183184      <tr>
    184         <td class="prompt">Spot intensity<br>transformation</td>
     185        <th>Spot intensity<br>transformation</th>
    185186        <td>
    186187          <select name="intensityTransform">
     
    197198          </select>
    198199        </td>
     200        <td></td>
    199201      </tr>
    200 
    201       <tr >
    202         <td class="prompt">Description</td>
    203         <td nowrap>
    204           <textarea <%=clazz%> rows="4" cols="40" name="description"
     202      <tr class="dynamic">
     203        <th>Description</th>
     204        <td>
     205          <textarea <%=clazz%> rows="6" name="description"
    205206            ><%=HTML.encodeTags(bioAssaySet == null ? cc.getPropertyValue("description") : bioAssaySet.getDescription())%></textarea>
    206           <a href="javascript:Main.zoom('Description', 'bioAssaySet', 'description')"
    207             title="Edit in larger window"><base:icon image="zoom.png" /></a>
     207        </td>
     208        <td style="width: 20px;">
     209          <base:icon image="zoom.png"
     210            onclick="Main.zoom('Description', 'bioAssaySet', 'description')"
     211            tooltip="Edit in larger window"
     212          />
    208213        </td>
    209214      </tr>
    210215      </table>
    211       <div align=right>&nbsp;<i><base:icon image="required.gif" /> = required information</i></div>
    212216    </t:tab>
    213     <t:tab id="annotations" title="Annotations"
    214       helpid="annotations.edit" tooltip="Enter values for annotations">
    215       <iframe name="annotations" id="idAnnotations" src="../../../common/annotations/wait.jsp"
    216         width="100%"  height="<%=(int)(scale*370)%>" frameborder=0 vspace=0 hspace=0
    217         marginwidth=0 marginheight=0 scrolling="auto" style="overflow: visible"></iframe>
    218     </t:tab>
    219    
    220     <t:tab id="inheritedAnnotations" title="Inherited annotations" helpid="annotations.edit.inherited">
    221       <iframe name="inheritedAnnotations" id="idInheritedAnnotations" src="../../../common/annotations/wait.jsp"
    222         width="100%"  height="<%=(int)(scale*370)%>" frameborder=0 vspace=0 hspace=0
    223         marginwidth=0 marginheight=0 scrolling="auto" style="overflow: visible"></iframe>
    224     </t:tab>
     217    <t:tab id="annotations" title="Annotations &amp; parameters" helpid="annotations.edit"><iframe
     218      name="annotations" id="idAnnotations" src="../../../common/annotations/wait.jsp"
     219      style="width: 100%; height: 100%;"></iframe></t:tab>
     220   
     221    <t:tab id="inheritedAnnotations" title="Inherited annotations"
     222      helpid="annotations.edit.inherited"><iframe
     223        name="inheritedAnnotations" id="idInheritedAnnotations" src="../../../common/annotations/wait.jsp"
     224        style="width: 100%; height: 100%;"></iframe></t:tab>
    225225    </t:tabcontrol>
    226 
    227     <table align="center">
    228     <tr>
    229       <td width="50%"><base:button onclick="saveSettings()" title="Save" /></td>
    230       <td width="50%"><base:button onclick="window.close()" title="Cancel" /></td>
    231     </tr>
    232     </table>
    233226    </form>
     227   
     228    <div class="legend">
     229      <base:icon image="required.gif" /> = required information
     230    </div>
     231
     232    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
     233      <base:button onclick="saveSettings()" title="Save" />
     234      <base:button onclick="window.close()" title="Cancel" />
     235    </base:buttongroup>
    234236  </base:body>
    235237  </base:page>
  • trunk/www/views/experiments/clone_reporters.jsp

    r5908 r5923  
    103103    {
    104104      var frm = document.forms['clone'];
    105       if (TabControl.validateActiveTab('settings'))
     105      if (validateExperiment())
    106106      {
    107107        frm.submit();
     
    140140  </base:head>
    141141  <base:body onload="init()">
    142     <p>
     142    <h1><%=title%> <base:help helpid="experiment.clonereporters" /></h1>
    143143    <form action="index.jsp?ID=<%=ID%>" method="post" name="clone" onsubmit="return false;">
    144144    <input type="hidden" name="cmd" value="CloneReporters">
    145145    <input type="hidden" name="item_id" value="<%=itemId %>">
    146146
    147     <h3 class="docked"><%=title%> <base:help tabcontrol="settings" /></h3>
    148     <t:tabcontrol id="settings" contentstyle="<%="height: "+(int)(scale*360)+"px;"%>"
    149       position="bottom" remember="true">
    150     <t:tab id="info" title="Experiment" validate="validateExperiment()" helpid="experiment.edit">
    151       <table class="form" cellspacing=0>
    152      
     147    <div class="content bottomborder">
     148      <table class="fullform input100">
    153149      <tr>
    154         <td class="prompt">Clone template</td>
     150        <th>Clone template</th>
    155151        <td>
    156152          <base:select
     
    166162          />
    167163        </td>
     164        <td></td>
    168165      </tr>
    169166      <tr>
    170         <td class="prompt">Clone source</td>
     167        <th>Clone source</th>
    171168        <td>
    172169          <select name="cloneSource">
     
    193190          </select>
    194191        </td>
     192        <td></td>
    195193      </tr>
    196      
    197       <tr >
    198         <td class="prompt">Description</td>
    199         <td nowrap>
    200           <textarea <%=clazz%> rows="4" cols="40" name="description"
     194      <tr class="dynamic">
     195        <th>Description</th>
     196        <td>
     197          <textarea <%=clazz%> rows="6" name="description"
    201198            ><%=HTML.encodeTags(experiment == null ? cc.getPropertyValue("description") : experiment.getDescription())%></textarea>
    202           <a href="javascript:Main.zoom('Description', 'clone', 'description')"
    203             title="Edit in larger window"><base:icon image="zoom.png" /></a>
     199        </td>
     200        <td style="width: 20px;">
     201          <base:icon image="zoom.png"
     202            onclick="Main.zoom('Description', 'clone', 'description')"
     203            tooltip="Edit in larger window"
     204          />
    204205        </td>
    205206      </tr>
    206207      </table>
    207       <div align=right>
    208         &nbsp;<i><base:icon image="required.gif" /> = required information</i>
    209         </div>
    210     </t:tab>
    211     </t:tabcontrol>
    212 
    213     <table align="center">
    214     <tr>
    215       <td width="50%"><base:button onclick="saveSettings()" title="Next" /></td>
    216       <td width="50%"><base:button onclick="window.close()" title="Cancel" /></td>
    217     </tr>
    218     </table>
     208    </div>
    219209    </form>
     210    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
     211      <base:button onclick="saveSettings()" title="Next" />
     212      <base:button onclick="window.close()" title="Cancel" />
     213    </base:buttongroup>
     214
    220215  </base:body>
    221216  </base:page>
  • trunk/www/views/experiments/reporters/list_reporters.jsp

    r5900 r5923  
    153153    function runPlugin(cmd)
    154154    {
    155       Table.submitToPopup(formId, cmd, 800, 500);
     155      Table.submitToPopup(formId, cmd, 750, 500);
    156156    }
    157157    function switchTab(tabControlId, tabId)
     
    176176    function newReporterList()
    177177    {
    178       Table.submitToPopup(formId, 'CreateReporterList', 540, 400);
     178      Table.submitToPopup(formId, 'CreateReporterList', 600, 400);
    179179    }
    180180    function removeClonedReporters()
     
    182182      if (confirm('Are you sure that you want to remove all cloned reporter annotations?\nThis action can\'t be undone.'))
    183183      {
    184         Main.openPopup('../index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=RemoveClonedReporters&item_id=<%=experimentId%>', 'RemoveClonedReporters', 400, 300);
     184        Main.openPopup('../index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=RemoveClonedReporters&item_id=<%=experimentId%>', 'RemoveClonedReporters', 450, 300);
    185185      }
    186186    }
    187187    function updateClonedReporters()
    188188    {
    189       Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=UpdateClonedReporters&experiment_id=<%=experimentId%>', 'UpdateClonedReporters', 640, 480);
     189      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=UpdateClonedReporters&experiment_id=<%=experimentId%>', 'UpdateClonedReporters', 600, 400);
    190190    }
    191191    </script>
  • trunk/www/views/experiments/transformations/edit_transformation.jsp

    r5908 r5923  
    115115  </base:head>
    116116  <base:body onload="init()">
    117     <p>
     117    <h1><%=title%> <base:help tabcontrol="settings" /></h1>
    118118    <form action="index.jsp?ID=<%=ID%>" method="post" name="transformation" onsubmit="return false;">
    119119    <input type="hidden" name="cmd" value="UpdateItem">
    120120
    121     <h3 class="docked"><%=title%> <base:help tabcontrol="settings" /></h3>
    122     <t:tabcontrol id="settings" contentstyle="<%="height: "+(int)(scale*180)+"px;"%>"
     121    <t:tabcontrol id="settings"
     122      subclass="content dialogtabcontrol"
    123123      position="bottom"  remember="<%=transformation != null%>"
    124124      extensions="<%=invoker%>">
    125125    <t:tab id="info" title="Transformation"
    126126      validate="validateTransformation()" helpid="transformation.edit">
    127       <table class="form" cellspacing=0>
     127      <table class="fullform input100 smaller">
    128128      <tr>
    129         <td class="prompt">Name</td>
     129        <th>Name</th>
    130130        <td><input <%=requiredClazz%> type="text" name="name"
    131131          value="<%=HTML.encodeTags(transformation == null ? Values.getString(cc.getPropertyValue("name"), "New transformation") : transformation.getName())%>"
    132           size="40" maxlength="<%=Transformation.MAX_NAME_LENGTH%>"></td>
     132          maxlength="<%=Transformation.MAX_NAME_LENGTH%>"></td>
     133        <td></td>
    133134      </tr>
    134      
    135 
    136       <tr >
    137         <td class="prompt">Description</td>
    138         <td nowrap>
    139           <textarea <%=clazz%> rows="4" cols="40" name="description"
     135      <tr class="dynamic">
     136        <th>Description</th>
     137        <td>
     138          <textarea <%=clazz%> rows="6" name="description"
    140139            ><%=HTML.encodeTags(transformation == null ? cc.getPropertyValue("description") : transformation.getDescription())%></textarea>
    141           <a href="javascript:Main.zoom('Description', 'transformation', 'description')"
    142             title="Edit in larger window"><base:icon image="zoom.png" /></a>
     140        </td>
     141        <td style="width: 20px;">
     142          <base:icon image="zoom.png"
     143            onclick="Main.zoom('Description', 'transformation', 'description')"
     144            tooltip="Edit in larger window"
     145          />
    143146        </td>
    144147      </tr>
    145148      </table>
    146       <div align=right>&nbsp;<i><base:icon image="required.gif" /> = required information</i></div>
    147149    </t:tab> 
    148150    </t:tabcontrol>
     151    </form>
     152   
     153    <div class="legend">
     154      <base:icon image="required.gif" /> = required information
     155    </div>
    149156
    150     <table align="center">
    151     <tr>
    152       <td width="50%"><base:button onclick="saveSettings()" title="Save" /></td>
    153       <td width="50%"><base:button onclick="window.close()" title="Cancel" /></td>
    154     </tr>
    155     </table>
    156     </form>
     157    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
     158      <base:button onclick="saveSettings()" title="Save" />
     159      <base:button onclick="window.close()" title="Cancel" />
     160    </base:buttongroup>
    157161  </base:body>
    158162  </base:page>
  • trunk/www/views/experiments/view_experiment.jsp

    r5910 r5923  
    280280        return;
    281281      }
    282       Main.openPopup('../../common/progress_reporter.jsp?ID=<%=ID%>&progress=autoinherit&title=Inheriting experimental factors', 'Progress', 400, 200);
     282      Main.openPopup('../../common/progress_reporter.jsp?ID=<%=ID%>&progress=autoinherit&title=Inheriting experimental factors', 'Progress', 300, 200);
    283283      frm.cmd.value = 'AutoInherit';
    284284      frm.submit();
     
    286286    function cloneReporters()
    287287    {
    288       Main.openPopup('clone_reporters.jsp?ID=<%=ID%>&item_id=<%=itemId%>', 'CloneReporters', 640, 480);
     288      Main.openPopup('clone_reporters.jsp?ID=<%=ID%>&item_id=<%=itemId%>', 'CloneReporters', 600, 400);
    289289    }
    290290    function removeClonedReporters()
     
    292292      if (confirm('Are you sure that you want to remove all cloned reporter annotations?\nThis action can\'t be undone.'))
    293293      {
    294         Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=RemoveClonedReporters&item_id=<%=itemId%>', 'RemoveClonedReporters', 400, 300);
     294        Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=RemoveClonedReporters&item_id=<%=itemId%>', 'RemoveClonedReporters', 450, 300);
    295295      }
    296296    }
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.