Changeset 6315


Ignore:
Timestamp:
Sep 6, 2013, 1:55:09 PM (9 years ago)
Author:
Nicklas Nordborg
Message:

References #1729 and #1730. Fixed on experiment-related pages.

Location:
trunk/www
Files:
16 added
38 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/www/admin/users/index.jsp

    r6291 r6315  
    263263          String name = ep.getName();
    264264          Formatter formatter = FormatterFactory.getExtendedPropertyFormatter(sc, ep);
    265           Object value = formatter.parseString(Values.getStringOrNull(request.getParameter(name)));
     265          Object value = formatter.parseString(Values.getStringOrNull(request.getParameter("ep."+name)));
    266266          user.setExtended(name, value);
    267267        }

  • trunk/www/admin/users/users.js

    r6291 r6315  
    2626{
    2727  var users = {};
     28  var extendedProperties;
    2829 
    2930  /**
    … …  
    4445     
    4546      // Extended properties
    46       var pageData = document.getElementById('page-data');
    47       extendedProperties = Data.json(pageData, 'extended-properties');
     47      extendedProperties = Data.json('page-data', 'extended-properties');
    4848      for (var i = 0; i < extendedProperties.length; i++)
    4949      {
    … …  
    147147  {
    148148    var frm = document.forms['user'];
    149     var pageData = document.getElementById('page-data');
    150     var dateFormat = Data.get(pageData, 'date-format');
    151     var dateTimeFormat = Data.get(pageData, 'datetime-format');
     149    var dateFormat = Data.get('page-data', 'date-format');
     150    var dateTimeFormat = Data.get('page-data', 'datetime-format');
    152151   
    153152    for (var i = 0; i < extendedProperties.length; i++)

  • trunk/www/filemanager/index.jsp

    r6308 r6315  
    9595  else if ("ShareItem".equals(cmd))
    9696  {
    97     redirect = "files2/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=ShareItem&item_id="+request.getParameter("item_id");
     97    redirect = "files/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=ShareItem&item_id="+request.getParameter("item_id");
    9898  }
    9999  else if ("ViewFile".equals(cmd))

  • trunk/www/include/scripts/main-2.js

    r6314 r6315  
    885885    plug-in type to select should be specified by the
    886886    'data-plugin-type' attribute. Valid values are 'IMPORT'
    887     'EXPORT' and 'OTHER'. Usually attached to a button
     887    'EXPORT', 'ANALYZE' and 'OTHER'. Usually attached to a button
    888888    on a single-item page.
    889889  */
    … …  
    894894    var itemId = Data.int(target, 'item-id');
    895895    var pluginType = Data.get(target, 'plugin-type');
    896     Items.runPlugin(itemType, itemId, pluginType);
     896    var extraUrl = Data.get(target, 'extra-url');
     897    var cmd = Data.get(target, 'cmd');
     898    Items.runPlugin(itemType, itemId, pluginType, extraUrl, cmd);
    897899  }
    898900
    … …  
    902904    'data-table-id' attribute. The plug-in type to select
    903905    should be specified by the 'data-plugin-type' attribute.
    904     Valid values are 'IMPORT' 'EXPORT' and 'OTHER'. Usually
    905     attached to a button on a list page.
     906    Valid values are 'IMPORT' 'EXPORT', 'ANALYZE' and 'OTHER'.
     907    Usually attached to a button on a list page.
    906908  */
    907909  buttons.runListPlugin = function(event)
    … …  
    910912    var tableId = Data.get(target, 'table-id');
    911913    var pluginType = Data.get(target, 'plugin-type');
    912     Table.runPlugin(tableId, pluginType);
     914    var cmd = Data.get(target, 'cmd');
     915    Table.runPlugin(tableId, pluginType, cmd);
    913916  }
    914917 
    … …  
    923926    var target = event.currentTarget;
    924927    var tableId = Data.get(target, 'table-id');
    925     Table.configureColumns(tableId);
     928    var settings = Data.get(target, 'settings');
     929    Table.configureColumns(tableId, settings);
    926930  }
    927931 
    … …  
    11551159  dialogs.selectItem = function(itemType, callback, multiple, extraUrl)
    11561160  {
     1161    var width = 1050;
     1162    var height = 700;
    11571163    var controller = Main.getController(itemType);
    11581164    var url = App.getRoot() + controller.url;
    … …  
    11621168      url += '&cmd=' + (multiple ? 'SelectMultiple' : 'SelectOne');
    11631169    }
     1170    else if (itemType == 'DIRECTORY')
     1171    {
     1172      url += '&mode=' + (multiple ? 'selectmultipledirectory' : 'selectonedirectory');
     1173      width = 350;
     1174      height = 500;
     1175    }
    11641176    else
    11651177    {
    … …  
    11751187    if (extraUrl) url += extraUrl;
    11761188   
    1177     dialogs.openPopup(url, 'Select'+itemType, 1050, 700);   
     1189    dialogs.openPopup(url, 'Select'+itemType, width, height);   
    11781190  }
    11791191 
    … …  
    13841396    @param itemType The current item type
    13851397    @param itemId The id of the current item
    1386     @param pluginType One of: IMPORT, EXPORT or OTHER (default)
    1387   */
    1388   items.runPlugin = function(itemType, itemId, pluginType, extraUrl)
    1389   {
    1390     var cmd = 'RunPlugin';
    1391     if (pluginType == 'EXPORT')
    1392     {
    1393       cmd = 'ExportItem';
    1394     }
    1395     else if (pluginType == 'IMPORT')
    1396     {
    1397       cmd = 'ImportItem';
     1398    @param pluginType One of: IMPORT, EXPORT, ANALYZE or OTHER (default)
     1399  */
     1400  items.runPlugin = function(itemType, itemId, pluginType, extraUrl, cmd)
     1401  {
     1402    if (!cmd)
     1403    {
     1404      if (pluginType == 'EXPORT')
     1405      {
     1406        cmd = 'ExportItem';
     1407      }
     1408      else if (pluginType == 'IMPORT')
     1409      {
     1410        cmd = 'ImportItem';
     1411      }
     1412      else if (pluginType == 'ANALYZE')
     1413      {
     1414        cmd = 'RunAnalysisPlugin';
     1415      }
     1416      else
     1417      {
     1418        cmd = 'RunPlugin';
     1419      }
    13981420    }
    13991421    internal.itemCommand(cmd, itemType, itemId, extraUrl, {width: 750, height: 500});

  • trunk/www/include/scripts/main.js

    r6308 r6315  
    489489    this.controllers['ARRAYSLIDE'] = { url:'lims/arrayslides/index.jsp', width:750, height:500 };
    490490    this.controllers['BIOASSAY'] = { url:'views/experiments/bioassays/index.jsp', width:600, height:400, noAnyToAny:true };
    491     this.controllers['BIOASSAYSET'] = { url:'views/experiments/bioassaysets/index.jsp', width:600, height:400, noAnyToAny:true };
     491    this.controllers['BIOASSAYSET'] = { url:'views/experiments/bioassaysets/index.jsp', width:750, height:500, noAnyToAny:true };
    492492    this.controllers['BIOMATERIALEVENT'] = { url:'biomaterials/events/index.jsp', width:600, height:400, noAnyToAny:true };
    493493    this.controllers['BIOMATERIALLIST'] = { url:'biomaterials/lists/index.jsp', width:600, height:400 };

  • trunk/www/include/scripts/tabcontrol-2.js

    r6261 r6315  
    4545    if (!switchFunction || !switchFunction.call) return; // 'switchFunction' is not a function
    4646    tabControl = Doc.element(tabControl);
     47    if (!tabControl) return;
    4748    tabControl.switchFunction = switchFunction;
    4849  }
    … …  
    5960    switch, form submission, etc) is cancelled.
    6061  */
    61   tc.addTabValidator = function(tab, validator)
     62  tc.addTabValidator = function(tab, validator, attributes)
    6263  {
    6364    if (!validator || !validator.call) return; // 'validator' is not a function
    6465    tab = Doc.element(tab);
     66    if (!tab) return;
     67    if (attributes) Data.define(tab, attributes);
    6568    tab.addEventListener('base-validate',
    6669        function(event)
    … …  
    7780    has been activated.
    7881  */
    79   tc.addTabActivateListener = function(tab, listener)
     82  tc.addTabActivateListener = function(tab, listener, attributes)
    8083  {
    8184    if (!listener || !listener.call) return; // 'listener' is not a function
    8285    tab = Doc.element(tab);
     86    if (!tab) return;
     87    if (attributes) Data.define(tab, attributes);
    8388    tab.addEventListener('base-activate', listener, false);
    8489  }
    … …  
    96101  {
    97102    tab = Doc.element(tab);
     103    if (!tab) return;
    98104    var tabControl = internal.tabControl(tab);
    99105   

  • trunk/www/include/scripts/table.js

    r6308 r6315  
    605605    current list context
    606606    @param tableDiv The ID or main table element
    607     @param pluginType One of: IMPORT, EXPORT or OTHER (default)
    608   */
    609   table.runPlugin = function(tableDiv, pluginType)
    610   {
    611     var cmd = 'RunListPlugin';
    612     if (pluginType == 'EXPORT')
    613     {
    614       cmd = 'ExportItems';
    615     }
    616     else if (pluginType == 'IMPORT')
    617     {
    618       cmd = 'ImportItems';
     607    @param pluginType One of: IMPORT, EXPORT, ANALYZE or OTHER (default)
     608    @param cmd Override the default command for running the plugin
     609  */
     610  table.runPlugin = function(tableDiv, pluginType, cmd)
     611  {
     612    if (!cmd)
     613    {
     614      if (pluginType == 'EXPORT')
     615      {
     616        cmd = 'ExportItems';
     617      }
     618      else if (pluginType == 'IMPORT')
     619      {
     620        cmd = 'ImportItems';
     621      }
     622      else if (pluginType == 'ANALYZE')
     623      {
     624        cmd = 'RunListAnalysisPlugin';
     625      }
     626      else
     627      {
     628        cmd = 'RunListPlugin';
     629      }
    619630    }
    620631    table.submitToPopup(tableDiv, cmd, 750, 500);

  • trunk/www/views/derivedbioassays/view_bioassay.jsp

    r6311 r6315  
    265265              id="btnRunAnalysisPlugin"
    266266              image="runplugin.png" 
    267               data-plugin-type="ANALYSIS"
     267              data-plugin-type="ANALYZE"
    268268              title="Run analysis&hellip;"
    269269              tooltip="Run an analysis plugin with data from this bioassay"

  • trunk/www/views/experiments/bioassays/edit_bioassay.jsp

    r6254 r6315  
    5858{
    5959  BioAssay bioAssay = BioAssay.getById(dc, itemId);
    60 
     60  bioAssay.checkPermission(Permission.WRITE);
     61 
    6162  cc.setObject("item", bioAssay);
    6263  String title = "Edit bioassay -- " + HTML.encodeTags(bioAssay.getName());
    63   if (bioAssay != null) bioAssay.checkPermission(Permission.WRITE);
    64  
    6564 
    6665  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.item(itemType), bioAssay);
    6766  ExtensionsInvoker invoker = EditUtil.useEditExtensions(jspContext);
    6867  %>
    69   <base:page type="popup" title="<%=title%>">
    70   <base:head scripts="tabcontrol.js" styles="tabcontrol.css">
     68  <base:page type="popup" title="<%=title%>" id="edit-page">
     69  <base:head scripts="tabcontrol-2.js,~bioassays.js" styles="tabcontrol.css">
    7170    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
    7271    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
    73     <script>
    74     // Validate the "BioAssay" tab
    75     function validateBioAssay()
    76     {
    77       var frm = document.forms['bioAssay'];
    78       if (Main.trimString(frm.name.value) == '')
    79       {
    80         Forms.showNotification(frm.name, 'You must enter a name');
    81         return false;
    82       }
    83       return true;
    84     }
    85 
    86     // Submit the form
    87     function saveSettings()
    88     {
    89       var frm = document.forms['bioAssay'];
    90       if (TabControl.validateActiveTab('settings'))
    91       {
    92         Annotations.saveModifiedAnnotationsToForm(frm);
    93         Annotations.saveInheritedAnnotationsToForm(frm);
    94         frm.submit();
    95       }
    96     }
    97    
    98     function loadAnnotationsFrame()
    99     {
    100       Annotations.autoLoadEditFrame();
    101     }
    102    
    103     function loadInheritedAnnotationsFrame()
    104     {
    105       Annotations.autoLoadInheritFrame();
    106     }
    107     function init()
    108     {
    109       var frm = document.forms['bioAssay'];
    110       <%
    111       if (bioAssay == null)
    112       {
    113         %>
    114         frm.name.focus();
    115         frm.name.select();
    116         <%
    117       }
    118       %>
    119     }
    120     </script>
    12172  </base:head>
    122   <base:body onload="init()">
     73  <base:body>
    12374    <h1><%=title%> <base:help tabcontrol="settings" /></h1>
    12475    <form action="index.jsp?ID=<%=ID%>" method="post" name="bioAssay">
    … …  
    12980      position="bottom"  remember="<%=bioAssay != null%>"
    13081      extensions="<%=invoker%>">
    131     <t:tab id="info" title="Bioassay" validate="validateBioAssay()" helpid="bioassay.edit">
     82    <t:tab id="info" title="Bioassay" helpid="bioassay.edit">
    13283      <table class="fullform input100">
    13384      <tr>
    13485        <th>Name</th>
    135         <td><input class="text required" type="text" name="name"
    136           value="<%=HTML.encodeTags(bioAssay == null ? Values.getString(cc.getPropertyValue("name"), "New bioassay") : bioAssay.getName())%>"
     86        <td><input class="text required auto-init" data-auto-init="focus"
     87          type="text" name="name"
     88          value="<%=HTML.encodeTags(bioAssay.getName())%>"
    13789          maxlength="<%=BioAssay.MAX_NAME_LENGTH%>"></td>
    13890        <td></td>
    … …  
    14294        <td>
    14395          <textarea class="text" rows="6" name="description" id="description"
    144             ><%=HTML.encodeTags(bioAssay == null ? cc.getPropertyValue("description") : bioAssay.getDescription())%></textarea>
     96            ><%=HTML.encodeTags(bioAssay.getDescription())%></textarea>
    14597        </td>
    14698        <td style="width: 20px;">
    … …  
    150102      </table>
    151103    </t:tab> 
    152     <t:tab id="annotations" title="Annotations" helpid="annotations.edit" activate="loadAnnotationsFrame()">
     104    <t:tab id="annotations" title="Annotations" helpid="annotations.edit">
    153105      <jsp:include page="../../../common/annotations/annotate_frameset.jsp">
    154106        <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
    … …  
    159111   
    160112    <t:tab id="inheritedAnnotations" title="Inherited annotations"
    161       helpid="annotations.edit.inherited" activate="loadInheritedAnnotationsFrame()">
     113      helpid="annotations.edit.inherited">
    162114      <jsp:include page="../../../common/annotations/inherit_frameset.jsp">
    163115        <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
    … …  
    174126
    175127    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
    176       <base:button onclick="saveSettings()" title="Save" />
    177       <base:button onclick="window.close()" title="Cancel" />
     128      <base:button id="btnSave" title="Save" />
     129      <base:button id="close" title="Cancel" />
    178130    </base:buttongroup>
    179131  </base:body>

  • trunk/www/views/experiments/bioassays/list_bioassays.jsp

    r6221 r6315  
    140140      "net.sf.basedb.clients.web.bioassayset.overviewplots");
    141141  %>
    142   <base:page title="<%=title%>" type="<%=mode.getPageType()%>">
    143   <base:head scripts="table.js,tabcontrol.js" styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css">
     142  <base:page title="<%=title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
     143  <base:head scripts="table.js,tabcontrol-2.js,~bioassays.js" styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css">
    144144    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
    145145    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
    146     <script>
    147     var submitPage = 'index.jsp';
    148     var formId = 'bioAssaySets';
    149     function editItem(itemId)
    150     {
    151       Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, true);
    152     }
    153     function viewItem(itemId)
    154     {
    155       Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, false);
    156     }
    157     function itemOnClick(evt, itemId)
    158     {
    159       Table.itemOnClick(formId, evt, itemId, '<%=mode.getName()%>', viewItem, editItem, returnSelected);
    160     }
    161     function configureColumns()
    162     {
    163       Table.configureColumns(formId);
    164     }
    165     function runPlugin(cmd)
    166     {
    167       Table.submitToPopup(formId, cmd, 750, 500);
    168     }
    169     function returnSelected()
    170     {
    171       Table.returnSelected(formId, <%=callback != null ? "window.opener."+callback : "null" %>);
    172       window.close();
    173     }
    174     function switchTab(tabControlId, tabId)
    175     {
    176       if (tabId == 'properties' || tabId == 'overviewplots' || tabId == 'annotations')
    177       {
    178         location.href = '../bioassaysets/index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ViewItem&experiment_id=<%=experiment.getId()%>&item_id=<%=bioAssaySetId%>&tab='+tabId;
    179       }
    180       else if (tabId == 'spotdata')
    181       {
    182         location.href = '../spotdata/index.jsp?ID=<%=ID%>&experiment_id=<%=experimentId%>&bioassayset_id=<%=bioAssaySetId%>';
    183       }
    184       else
    185       {
    186         TabControl.setActiveTab(tabControlId, tabId);
    187       }
    188     }
    189     function openPlotTool(bioAssayId)
    190     {
    191       Main.openPopup('../plotter/index.jsp?ID=<%=ID%>&bioassay_id='+bioAssayId, 'Plotter', 1050, 700);
    192     }
    193     function viewSpotData(bioAssayId)
    194     {
    195       location.href = '../spotdata/index.jsp?ID=<%=ID%>&bioassay_id='+bioAssayId;
    196     }
    197     </script>
    198146  </base:head>
    199  
    200147  <base:body>
    201148    <%
    … …  
    221168      id="main"
    222169      subclass="mastertabcontrol content"
    223       active="bioassays" switch="switchTab">
    224     <t:tab id="properties" title="Properties" />
     170      active="bioassays" notabs="<%=mode.isSelectionMode() %>">
     171    <t:tab id="bioassayset.properties" title="Properties" />
    225172   
    226     <t:tab id="annotations" title="Annotations"
     173    <t:tab id="bioassayset.annotations" title="Annotations"
    227174        tooltip="View annotation values" />
    228175   
    229176    <t:tab id="bioassays" title="Bioassays">
    230177    <tbl:table
    231       id="bioAssaySets"
     178      id="bioassays"
    232179      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
    233180      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>"
    … …  
    378325          >
    379326          <tbl:button
     327            id="btnColumns"
    380328            image="columns.png"
    381             onclick="configureColumns()"
    382329            title="Columns&hellip;"
    383330            tooltip="Show, hide and re-order columns"
    384331          />
    385332          <tbl:button
     333            id="btnImport"
     334            data-plugin-type="IMPORT"
    386335            image="import.png"
    387             onclick="runPlugin('ImportItems')"
    388336            title="Import&hellip;"
    389337            tooltip="Import data"
    … …  
    391339          />
    392340          <tbl:button
     341            id="btnExport"
     342            data-plugin-type="EXPORT"
    393343            image="export.png"
    394             onclick="runPlugin('ExportItems')"
    395344            title="Export&hellip;"
    396345            tooltip="Export data"
    … …  
    398347          />
    399348          <tbl:button
     349            id="btnFilter"
     350            data-plugin-type="ANALYZE"
     351            data-cmd="NewFilteredBioAssaySet"
    400352            disabled="<%=!createPermission%>"
    401353            image="filter.png"
    402             onclick="<%="runPlugin('NewFilteredBioAssaySet')"%>"
    403354            title="Filter bioassay set&hellip;"
    404355            tooltip="<%=createPermission ?
    … …  
    408359          />
    409360          <tbl:button
     361            id="btnRunPlugin"
     362            data-plugin-type="OTHER"
    410363            image="runplugin.png"
    411             onclick="runPlugin('RunListPlugin')"
    412364            title="Run plugin&hellip;"
    413365            tooltip="Run a plugin"
    … …  
    415367          />
    416368          <tbl:button
     369            id="btnAnalyze"
     370            data-plugin-type="ANALYZE"
    417371            disabled="<%=!createPermission%>"
    418372            image="runplugin.png"
    419             onclick="<%="runPlugin('RunListAnalysisPlugin')"%>"
    420373            title="Run analysis&hellip;"
    421374            tooltip="<%=createPermission ? "Run an analysis plugin" :
    … …  
    518471                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
    519472                  >&nbsp;</tbl:header>
    520                 <tbl:cell column="name"><div class="link"
    521                   onclick="itemOnClick(<%=writePermission ? "event" : null%>, <%=itemId%>)"
     473                <tbl:cell column="name"><div
     474                  class="link table-item"
     475                  data-item-id="<%=itemId%>"
     476                  data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>"
     477                  tabindex="0"
    522478                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
    523479                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
    … …  
    590546                  {
    591547                    %>
    592                     <base:icon image="plotter.png"
    593                       onclick="<%="openPlotTool("+itemId+")" %>"
     548                    <base:icon
     549                      subclass="link auto-init"
     550                      data-auto-init="plotter"
     551                      data-item-id="<%=itemId %>"
     552                      image="plotter.png"
    594553                      tooltip="A simple plot tool"
    595554                    />
    596                     <base:icon image="table.png"
    597                       onclick="<%="viewSpotData("+itemId+")" %>"
     555                    <base:icon
     556                      subclass="link auto-init"
     557                      data-auto-init="spotdata"
     558                      data-item-id="<%=itemId %>"
     559                      image="table.png"
    598560                      tooltip="View spot data as a table"
    599561                    />
    … …  
    624586    <t:tab id="spotdata" title="Spot data" visible="<%=hasDbSpots%>" />
    625587   
    626     <t:tab id="overviewplots" title="Overview plots"
     588    <t:tab id="bioassayset.overviewplots" title="Overview plots"
    627589      visible="<%=overviewPlotInvoker.getNumExtensions() > 0%>" />
    628590    </t:tabcontrol>
    629591
    630592    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
    631       <base:button onclick="returnSelected();" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
    632       <base:button onclick="window.close();" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
    633       <base:button onclick="window.close();" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
     593      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
     594      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
     595      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
    634596    </base:buttongroup>
    635597

  • trunk/www/views/experiments/bioassays/view_bioassay.jsp

    r6255 r6315  
    9393  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
    9494  %>
    95   <base:page title="<%=title%>">
    96   <base:head scripts="table.js,tabcontrol.js" styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css">
     95  <base:page title="<%=title%>" id="view-page">
     96  <base:head scripts="table.js,tabcontrol-2.js,~bioassays.js" styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css">
    9797    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
    9898    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
    99     <script>
    100     function editItem()
    101     {
    102       Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>, true);
    103     }
    104     function runPlugin(cmd)
    105     {
    106       Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd='+cmd+'&item_id=<%=itemId%>', 'RunPlugin'+cmd, 750, 500);
    107     }
    108     function switchTab(tabControlId, tabId)
    109     {
    110       if (tabId == 'spotdata')
    111       {
    112         location.href = "../spotdata/index.jsp?ID=<%=ID%>&bioassay_id=<%=itemId%>";
    113       }
    114       else
    115       {
    116         TabControl.setActiveTab(tabControlId, tabId);
    117       }
    118     }
    119     function openPlotTool()
    120     {
    121       Main.openPopup('../plotter/index.jsp?ID=<%=ID%>&bioassay_id=<%=itemId%>', 'Plotter', 1050, 700);
    122     }
    123     </script>
    12499  </base:head>
    125100  <base:body>
    … …  
    132107      /><p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(bioAssay.getName())%>"
    133108      /></p:path>
     109    <div id="page-data" data-item-id="<%=itemId%>"></div>
    134110
    135111    <t:tabcontrol
    136112      id="main"
    137113      subclass="content mastertabcontrol"
    138       active="<%=tabId%>" switch="switchTab">
     114      active="<%=tabId%>">
    139115    <t:tab id="properties" title="Properties">
    140116      <div>
    … …  
    146122          <tbl:toolbar subclass="bottomborder">
    147123            <tbl:button
     124              id="btnEdit"
    148125              disabled="<%=!writePermission%>"
    149126              image="edit.png"
    150               onclick="editItem()"
    151127              title="Edit&hellip;"
    152128              tooltip="<%=writePermission ? "Edit this bioassay" : "You do not have permission to edit this bioassay"%>"
    153129            />
    154130            <tbl:button
     131              id="btnImport"
    155132              image="import.png"
    156               onclick="runPlugin('ImportItem')"
     133              data-plugin-type="IMPORT"
    157134              title="Import&hellip;"
    158135              tooltip="Import data"
    … …  
    160137            />
    161138            <tbl:button
    162               image="export.png"
    163               onclick="runPlugin('ExportItem')"
     139              id="btnExport"
     140              image="export.png"
     141              data-plugin-type="EXPORT"
    164142              title="Export&hellip;"
    165143              tooltip="Export data"
    … …  
    167145            />
    168146            <tbl:button
    169               image="runplugin.png"
    170               onclick="runPlugin('RunPlugin')"
     147              id="btnRunPlugin"
     148              image="runplugin.png" 
     149              data-plugin-type="OTHER"
    171150              title="Run plugin&hellip;"
    172151              tooltip="Run a plugin"
    … …  
    174153            />
    175154            <tbl:button
     155              id="btnPlotter"
    176156              image="plotter.png"
    177               onclick="openPlotTool()"
    178157              title="Plot tool&hellip;"
    179158              tooltip="A simple tool for generating plots"
    … …  
    184163            <tbl:button
    185164              image="help.png"
    186               onclick="<%="Main.openHelp('" + ID +"', 'bioassay.view.properties')"%>"
     165              subclass="auto-init"
     166              data-auto-init="help"
     167              data-help-id="bioassay.view.properties"
    187168              title="Help&hellip;"
    188169              tooltip="Get help about this page"
    … …  
    356337   
    357338    <t:tab id="annotations" title="Annotations"
    358       tooltip="View annotation values" clazz="white"
    359       activate="AnnotationsList.loadOnce()">
     339      tooltip="View annotation values" clazz="white">
    360340      <jsp:include page="../../../common/annotations/list_frameset.jsp">
    361341        <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
    … …  
    365345    </t:tab>
    366346
    367     <t:tab id="spotdata" title="Spot data" visible="<%=hasDbSpots%>" />
     347    <t:tab id="spotdata" title="Spot data" visible="<%=hasDbSpots%>">
     348      <div class="filled absolutefull">
     349        <table style="margin: auto; height: 100%;"><tr><td>
     350        <b>Please wait. The spot data is loading...</b>
     351        </td></tr></table>
     352      </div>
     353    </t:tab>
    368354    </t:tabcontrol>
    369355

  • trunk/www/views/experiments/bioassaysets/analysis_tree.jsp

    r6221 r6315  
    292292    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
    293293    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
     294    <script type="text/javascript" charset="UTF-8" src="<%=rootPath%>views/experiments/bioassaysets/analysis_tree.js"></script>
     295    <div id="tree-data" class="datacontainer"
     296      data-experiment-id="<%=experimentId%>"
     297      data-bioassayset-id="<%=bioAssaySetId%>"
     298      data-transformation-id="<%=transformationId %>"
     299    ></div>
    294300    <script>
    295301    var submitPage = '<%=transformationId != 0 ? "../bioassaysets/index.jsp" : "index.jsp"%>';
    296302    var formId = 'bioAssaySets';
    297     function newItem()
    298     {
    299       Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=NewItem&experiment_id=<%=experimentId%>', 'NewBioAssaySet', 750, 500);
    300     }
    301     function editBioAssaySet(itemId)
    302     {
    303       Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, true);
    304     }
    305     function viewBioAssaySet(itemId)
    306     {
    307       Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, false);
    308     }
    309     function bioAssaySetOnClick(evt, itemId)
    310     {
    311       Table.itemOnClick(formId, evt, itemId, '<%=mode.getName()%>', viewBioAssaySet, editBioAssaySet, returnSelected);
    312     }
    313     function viewTransformation(itemId)
    314     {
    315       Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', 'TRANSFORMATION', itemId, false);
    316     }
    317     function editTransformation(itemId)
    318     {
    319       Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', 'TRANSFORMATION', itemId, true);
    320     }
    321     function transformationOnClick(evt, itemId)
    322     {
    323       Table.itemOnClick(formId, evt, itemId, '<%=mode.getName()%>', viewTransformation, editTransformation, returnSelected);
    324     }
    325     function viewExtraValue(itemId)
    326     {
    327       Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', 'EXTRAVALUE', itemId, false);
    328     }
    329     function editExtraValue(itemId)
    330     {
    331       Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', 'EXTRAVALUE', itemId, true);
    332     }
    333     function extraValueOnClick(evt, itemId)
    334     {
    335       Table.itemOnClick(formId, evt, itemId, '<%=mode.getName()%>', viewExtraValue, editExtraValue, returnSelected);
    336     }
    337     function deleteItems()
    338     {
    339       var frm = document.forms[formId];
    340       if (Forms.numChecked(frm) == 0)
    341       {
    342         Forms.showNotification('check.uncheck', 'Please select at least one item in the list', null, 'pointer-left');
    343         return;
    344       }
    345       if (Forms.numChecked(frm, /^X:/) > 0)
    346       {
    347         if (!confirm('Extra values are deleted immediately and cannot be restored. Do you want to continue?'))
    348         {
    349           return;
    350         }
    351       }
    352       frm.action = submitPage;
    353       frm.cmd.value = 'DeleteItems';
    354       frm.submit();
    355     }
    356     function restoreItems()
    357     {
    358       var frm = document.forms[formId];
    359       if (Forms.numChecked(frm) == 0)
    360       {
    361         Forms.showNotification('check.uncheck', 'Please select at least one item in the list', null, 'pointer-left');
    362         return;
    363       }
    364       frm.action = submitPage;
    365       frm.cmd.value = 'RestoreItems';
    366       frm.submit();
    367     }
    368     function deleteItemPermanently(itemType, itemId)
    369     {
    370       Main.deleteItemPermanently('<%=ID%>', true, itemType, itemId);
    371     }
    372     function configureColumns()
    373     {
    374       Table.configureColumns(formId);
    375     }
    376     function runPlugin(cmd)
    377     {
    378       Table.submitToPopup(formId, cmd, 750, 500);
    379     }
    380     function filter(itemId)
    381     {
    382       Main.openPopup('../bioassaysets/index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=NewFilteredBioAssaySet&experiment_id=<%=experimentId%>&item_id='+itemId, 'FilterBioAssaySet', 750, 500);
    383     }
    384     function openPlotTool(itemId)
    385     {
    386       Main.openPopup('../plotter/index.jsp?ID=<%=ID%>&bioassayset_id='+itemId, 'Plotter', 1050, 700);
    387     }
    388     function openExperimentExplorer(itemId)
    389     {
    390       location.href = '../explorer/view/index.jsp?ID=<%=ID%>&bioassayset_id='+itemId;
    391     }
    392     function runAnalysisPlugin(itemId)
    393     {
    394       Main.openPopup('../bioassaysets/index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=RunAnalysisPlugin&experiment_id=<%=experimentId%>&item_id='+itemId, 'RunPlugin', 750, 500);
    395     }
    396     function runExportPlugin(itemId)
    397     {
    398       Main.openPopup('../bioassaysets/index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ExportItem&experiment_id=<%=experimentId%>&item_id='+itemId, 'Export', 750, 500);
    399     }
    400     function copyJob(jobId)
    401     {
    402       var url = '../../../common/plugin/index.jsp?ID=<%=ID%>';
    403       url += '&cmd=CopyJob&job_id='+jobId;
    404       url += '&item_type=BIOASSAYSET&context_type=LIST'
    405       Main.openPopup(url, 'CopyJob', 750, 500);
    406     }
    407     function returnSelected()
    408     {
    409       Table.returnSelected(formId, <%=callback != null ? "window.opener."+callback : "null" %>);
    410       window.close();
    411     }
    412    
     303
    413304    function sendClosedWithAjax()
    414305    {
    … …  
    685576        >
    686577        <tbl:button
     578          id="btnNewRootBioAssaySet"
    687579          disabled="<%=!createPermission%>"
    688580          image="new.png"
    689           onclick="newItem()"
    690581          title="New root bioassay set&hellip;"
    691582          tooltip="<%=createPermission ? "Create a new root bioassay set" : "You do not have permission to create bioassay sets"%>"
    … …  
    693584        />
    694585        <tbl:button
     586          id="btnDeleteTreeItems"
    695587          disabled="<%=!deletePermission%>"
    696588          image="delete.png"
    697589          title="Delete"
    698           onclick="deleteItems()"
    699590          tooltip="<%=deletePermission ? "Delete the selected items" : "You do not have permission to delete items"%>"
    700591        />
    701592        <tbl:button
     593          id="btnRestoreTreeItems"
    702594          disabled="<%=!writePermission%>"
    703595          image="restore.png"
    704           onclick="restoreItems()"
    705596          title="Restore"
    706597          tooltip="<%=writePermission ? "Restore the selected (deleted) items" : "You do not have permission to restore items"%>"
    707598        />
    708599        <tbl:button
     600          id="btnTreeColumns"
    709601          image="columns.png"
    710           onclick="configureColumns()"
    711602          title="Columns&hellip;"
    712603          tooltip="Show, hide and re-order columns"
    713604        />
    714605        <tbl:button
     606          id="btnTreeImport"
     607          data-plugin-type="IMPORT"
    715608          image="import.png"
    716           onclick="runPlugin('ImportItems')"
    717609          title="Import&hellip;"
    718610          tooltip="Import data"
    … …  
    720612        />
    721613        <tbl:button
     614          id="btnTreeExport"
     615          data-plugin-type="EXPORT"
    722616          image="export.png"
    723           onclick="runPlugin('ExportItems')"
    724617          title="Export&hellip;"
    725618          tooltip="Export data"
    … …  
    727620        />
    728621        <tbl:button
     622          id="btnTreeRunPlugin"
     623          data-plugin-type="OTHER"
    729624          image="runplugin.png"
    730           onclick="runPlugin('RunListPlugin')"
    731625          title="Run plugin&hellip;"
    732626          tooltip="Run a plugin"
    … …  
    798692                String tooltip = mode.isSelectionMode() ?
    799693                    "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
    800                 String deletePermanently = "deleteItemPermanently('" + item.getType().name() + "', "+itemId+")";
    801694                boolean removed = false;
    802695                Transformation t = null;
    … …  
    807700                String prefix = "";
    808701                ItemContext ccc = null;
    809                 String view = "";
    810                 String onClick = "";
    811702                Item itemType = item.getType();
    812703                if (itemType == Item.TRANSFORMATION)
    … …  
    816707                  prefix = "T:";
    817708                  ccc = tc;
    818                   onClick = "transformationOnClick";
    819709                  name = HTML.encodeTags(t.getName());
    820710                  description = HTML.encodeTags(t.getDescription());
    … …  
    832722                  removed = bas.isRemoved();
    833723                  ccc = cc;
    834                   onClick = "bioAssaySetOnClick";
    835724                  name = HTML.encodeTags(bas.getName());
    836725                  description = HTML.encodeTags(bas.getDescription());
    … …  
    842731                  removed = false;
    843732                  ccc = xvc;
    844                   onClick = "extraValueOnClick";
    845733                  try
    846734                  {
    … …  
    899787                      image="deleted.png"
    900788                      id="<%="delete."+itemId %>"
    901                     subclass="<%=deletePermission ? "table-delete-item" : null %>"
    902                     data-item-id="<%=itemId%>"
     789                      subclass="<%=deletePermission ? "table-delete-item" : null %>"
     790                      data-item-type="<%=itemType.name() %>"
     791                      data-item-id="<%=itemId%>"
     792                      data-notify="reloadOnNotify"
    903793                      tooltip="This item has been scheduled for deletion"
    904794                      visible="<%=removed%>"
    … …  
    906796                 
    907797                  <tbl:cell clazz="cell joustcell" column="name">
    908                     <div id="tree.<%=joustId%>" class="link"
    909                       onclick="<%=onClick%>(<%=writePermission ? "event" : null%>, <%=itemId%>)"
     798                    <div id="tree.<%=joustId%>" class="link auto-init"
     799                      data-auto-init="item-link"
     800                      data-item-type="<%=itemType.name() %>"
     801                      data-item-id="<%=itemId %>"
     802                      data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>"
     803                      tabindex="0"
    910804                      title="<%=tooltip%>"><%=name%>
    911805                    </div>
    … …  
    924818                      {
    925819                        %>
    926                         <base:icon image="copy.png"
    927                           onclick="<%="copyJob(" + job.getId()+")" %>"
     820                        <base:icon
     821                          subclass="link auto-init"
     822                          data-auto-init="copy-job"
     823                          data-job-id="<%=job.getId() %>"
     824                          image="copy.png"
    928825                          tooltip="Copy this transformation"
    929826                        />
    … …  
    972869                      {
    973870                        %>
    974                         <base:icon image="plotter.png"
    975                           onclick="<%="openPlotTool("+itemId+")" %>"
     871                        <base:icon
     872                          subclass="link auto-init"
     873                          data-auto-init="bioassayset-plotter"
     874                          data-item-id="<%=itemId %>"
     875                          image="plotter.png"
    976876                          tooltip="A simple plot tool"
    977877                        />
    978                         <base:icon image="explorer.png"
    979                           onclick="<%="openExperimentExplorer("+itemId+")" %>"
     878                        <base:icon
     879                          subclass="link auto-init"
     880                          data-auto-init="experiment-explorer"
     881                          data-item-id="<%=itemId %>"
     882                          image="explorer.png"
    980883                          tooltip="Experiment explorer"
    981884                        />
    … …  
    983886                      }
    984887                      %>
    985                       <base:icon image="export.png"
    986                         onclick="<%="runExportPlugin("+itemId+")" %>"
     888                      <base:icon
     889                        subclass="link auto-init"
     890                        data-auto-init="bioassayset-plugin"
     891                        data-plugin-type="EXPORT"
     892                        data-item-id="<%=itemId %>"
     893                        image="export.png"
    987894                        tooltip="Export data"
    988895                      />
    … …  
    991898                      {
    992899                        %>
    993                         <base:icon image="filter.png"
    994                           onclick="<%="filter("+itemId+")" %>"
     900                        <base:icon
     901                          subclass="link auto-init"
     902                          data-auto-init="bioassayset-plugin"
     903                          data-plugin-type="ANALYZE"
     904                          data-cmd="NewFilteredBioAssaySet"
     905                          data-item-id="<%=itemId %>"
     906                          image="filter.png"
    995907                          tooltip="Create a filtered bioassay set"
    996908                        />
    997                         <base:icon image="runplugin.png"
    998                           onclick="<%="runAnalysisPlugin("+itemId+")" %>"
     909                        <base:icon
     910                          subclass="link auto-init"
     911                          data-auto-init="bioassayset-plugin"
     912                          data-plugin-type="ANALYZE"
     913                          data-item-id="<%=itemId %>"
     914                          image="runplugin.png"
    999915                          tooltip="Run an analysis plugin"
    1000916                        />
    … …  
    1018934                      {
    1019935                        %>
    1020                         <base:icon image="copy.png"
    1021                           onclick="<%="copyJob(" + job.getId()+")" %>"
     936                        <base:icon
     937                          subclass="link auto-init"
     938                          data-auto-init="copy-job"
     939                          data-job-id="<%=job.getId() %>"
     940                          image="copy.png" 
    1022941                          tooltip="Copy this extra value"
    1023942                        />
    … …  
    1059978    initTree();
    1060979    </script>
     980    <div id="reloadOnNotify"></div>
    1061981  </base:body>
    1062982  </base:page>

  • trunk/www/views/experiments/bioassaysets/edit_bioassayset.jsp

    r6254 r6315  
    6565{
    6666  BioAssaySet bioAssaySet = BioAssaySet.getById(dc, itemId);
    67 
     67  bioAssaySet.checkPermission(Permission.WRITE);
     68 
    6869  cc.setObject("item", bioAssaySet);
    6970  String title = "Edit bioassay set -- " + HTML.encodeTags(bioAssaySet.getName());
    70   if (bioAssaySet != null)
    71   {
    72     bioAssaySet.checkPermission(Permission.WRITE);
    73   }
    74  
    7571 
    7672  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.item(itemType), bioAssaySet);
    7773  ExtensionsInvoker invoker = EditUtil.useEditExtensions(jspContext);
    7874  %>
    79   <base:page type="popup" title="<%=title%>">
    80   <base:head scripts="tabcontrol.js" styles="tabcontrol.css">
     75  <base:page type="popup" title="<%=title%>" id="edit-page">
     76  <base:head scripts="tabcontrol-2.js,~bioassaysets.js" styles="tabcontrol.css">
    8177    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
    8278    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
    83     <script>
    84     // Validate the "BioAssaySet" tab
    85     function validateBioAssaySet()
    86     {
    87       var frm = document.forms['bioAssaySet'];
    88       if (Main.trimString(frm.name.value) == '')
    89       {
    90         Forms.showNotification(frm.name, 'You must enter a name');
    91         return false;
    92       }
    93       return true;
    94     }
    95 
    96     // Submit the form
    97     function saveSettings()
    98     {
    99       var frm = document.forms['bioAssaySet'];
    100       if (TabControl.validateActiveTab('settings'))
    101       {
    102         Annotations.saveModifiedAnnotationsToForm(frm);
    103         Annotations.saveInheritedAnnotationsToForm(frm);
    104         frm.submit();
    105       }
    106     }
    107    
    108     function loadAnnotationsFrame()
    109     {
    110       Annotations.autoLoadEditFrame();
    111     }
    112    
    113     function loadInheritedAnnotationsFrame()
    114     {
    115       Annotations.autoLoadInheritFrame();
    116     }
    117    
    118     function init()
    119     {
    120       var frm = document.forms['bioAssaySet'];
    121       <%
    122       if (bioAssaySet == null)
    123       {
    124         %>
    125         frm.name.focus();
    126         frm.name.select();
    127         <%
    128       }
    129       %>
    130     }
    131     </script>
    13279  </base:head>
    133   <base:body onload="init()">
     80  <base:body>
    13481    <h1><%=title%> <base:help tabcontrol="settings" /></h1>
    13582    <form action="index.jsp?ID=<%=ID%>" method="post" name="bioAssaySet">
    … …  
    14087      position="bottom"  remember="<%=bioAssaySet != null%>"
    14188      extensions="<%=invoker%>">
    142     <t:tab id="info" title="Bioassay set" validate="validateBioAssaySet()" helpid="bioassayset.edit">
     89    <t:tab id="info" title="Bioassay set" helpid="bioassayset.edit">
    14390      <table class="fullform input100">
    14491      <tr>
    14592        <th>Name</th>
    146         <td><input class="text required" type="text" name="name"
    147           value="<%=HTML.encodeTags(bioAssaySet == null ? Values.getString(cc.getPropertyValue("name"), "New bioassay set") : bioAssaySet.getName())%>"
     93        <td><input class="text required auto-init"
     94          data-auto-init="focus"
     95          type="text" name="name"
     96          value="<%=HTML.encodeTags(bioAssaySet.getName())%>"
    14897          maxlength="<%=BioAssaySet.MAX_NAME_LENGTH%>"></td>
    14998        <td></td>
    … …  
    179128      </table>
    180129    </t:tab>
    181     <t:tab id="annotations" title="Annotations" helpid="annotations.edit" activate="loadAnnotationsFrame()">
     130    <t:tab id="annotations" title="Annotations" helpid="annotations.edit">
    182131      <jsp:include page="../../../common/annotations/annotate_frameset.jsp">
    183132        <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
    … …  
    188137   
    189138    <t:tab id="inheritedAnnotations" title="Inherited annotations"
    190       helpid="annotations.edit.inherited" activate="loadInheritedAnnotationsFrame()">
     139      helpid="annotations.edit.inherited">
    191140      <jsp:include page="../../../common/annotations/inherit_frameset.jsp">
    192141        <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
    … …  
    203152
    204153    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
    205       <base:button onclick="saveSettings()" title="Save" />
    206       <base:button onclick="window.close()" title="Cancel" />
     154      <base:button id="btnSave" title="Save" />
     155      <base:button id="close" title="Cancel" />
    207156    </base:buttongroup>
    208157  </base:body>

  • trunk/www/views/experiments/bioassaysets/list_bioassaysets.jsp

    r6136 r6315  
    201201  int numListed = 0;
    202202  %>
    203   <base:page title="<%=title%>" type="<%=mode.getPageType()%>">
    204   <base:head scripts="table.js,tabcontrol.js,newjoust.js" styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css,newjoust.css">
    205     <script>
    206     function switchTab(tabControlId, tabId)
    207     {
    208       if (tabId == 'properties' || tabId == 'overview' || tabId == 'history' || tabId == 'annotations')
    209       {
    210         location.href = '../index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ViewItem&item_id=<%=experimentId%>&tab='+tabId;
    211       }
    212       else if (tabId == 'clonedreporters')
    213       {
    214         viewClonedReporters();
    215       }
    216       else
    217       {
    218         TabControl.setActiveTab(tabControlId, tabId);
    219       }
    220     }
    221     function viewClonedReporters()
    222     {
    223       location.href = '../reporters/index.jsp?ID=<%=ID%>&experiment_id=<%=experimentId%>';
    224     }
    225     </script>
    226   </base:head>
     203  <base:page title="<%=title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
     204  <base:head scripts="table.js,tabcontrol-2.js,newjoust.js,~bioassaysets.js"
     205    styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css,newjoust.css" />
    227206 
    228207  <base:body >
    … …  
    235214      id="main"
    236215      subclass="mastertabcontrol content"
    237       active="bioassaysets" switch="switchTab">
     216      active="bioassaysets">
    238217    <t:tab id="properties" title="Properties" />
    239218    <t:tab id="annotations" title="Annotations"
    … …  
    258237
    259238    <base:buttongroup>
    260       <base:button onclick="returnSelected();" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
    261       <base:button onclick="window.close();" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
    262       <base:button onclick="window.close();" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
     239      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
     240      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
     241      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
    263242    </base:buttongroup>
    264243

  • trunk/www/views/experiments/bioassaysets/view_bioassayset.jsp

    r6255 r6315  
    150150      "net.sf.basedb.clients.web.bioassayset.overviewplots");
    151151  %>
    152   <base:page title="<%=title%>">
    153   <base:head scripts="table.js,tabcontrol.js,newjoust.js" styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css,newjoust.css">
     152  <base:page title="<%=title%>" id="view-page">
     153  <base:head scripts="table.js,tabcontrol-2.js,newjoust.js,~bioassaysets.js" styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css,newjoust.css">
    154154    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
    155155    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
    156     <script>
    157     function editItem()
    158     {
    159       Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>, true);
    160     }
    161     function deleteItem()
    162     {
    163       location.replace('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=DeleteItem&experiment_id=<%=experimentId%>&item_id=<%=itemId%>');
    164     }
    165     function restoreItem()
    166     {
    167       location.replace('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=RestoreItem&experiment_id=<%=experimentId%>&item_id=<%=itemId%>');
    168     }
    169     function switchTab(tabControlId, tabId)
    170     {
    171       if (TabControl.isActive(tabControlId, tabId)) return;
    172       if (tabId == 'bioassays')
    173       {
    174         location.href = '../bioassays/index.jsp?ID=<%=ID%>&experiment_id=<%=experimentId%>&bioassayset_id=<%=itemId%>&tab='+tabId;
    175       }
    176       else if (tabId == 'spotdata')
    177       {
    178         location.href = '../spotdata/index.jsp?ID=<%=ID%>&experiment_id=<%=experimentId%>&bioassayset_id=<%=itemId%>';
    179       }
    180       else if ((tabId == 'overviewplots' || tabId == 'cfplots') && tabId != '<%=tabId%>')
    181       {
    182         location.href = 'index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ViewItem&experiment_id=<%=experimentId%>&bioassayset_id=<%=itemId%>&tab='+tabId;
    183       }
    184       else
    185       {
    186         TabControl.setActiveTab(tabControlId, tabId);
    187       }
    188     }
    189     function runItemPlugin(cmd)
    190     {
    191       Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd='+cmd+'&experiment_id=<%=experimentId%>&item_id=<%=itemId%>', 'RunPlugin'+cmd, 750, 500);
    192     }
    193 
    194     function ImageQueue(baseId)
    195     {
    196       this.images = new Array();
    197       this.nextImage = 0;
    198 
    199       this.addImage = function(imageId, url)
    200       {
    201         this.images[this.images.length] = imageId;
    202         var img = document.getElementById(imageId);
    203         img.realSrc = url;
    204       }
    205 
    206       this.loadNextImage = function()
    207       {
    208         if (this.images.length <= this.nextImage) return;
    209         var imageId = this.images[this.nextImage];
    210         var img = document.getElementById(imageId);
    211         img.src = '../../../images/plot_generating_400x300.gif';
    212         img.realImg = new Image();
    213         img.realImg.onload = function()
    214         {
    215           img.src = img.realImg.src;
    216           img.style.background = 'transparent';
    217           setTimeout('loadNextImage()', 100);
    218         };
    219         img.realImg.src = img.realSrc;
    220         this.nextImage++;
    221       }
    222     }
    223    
    224     var plotQueue = new Array();
    225     var currentQueue = null;
    226     function registerImage(baseId, plotId, url)
    227     {
    228       if (!currentQueue) currentQueue = baseId;
    229       var imageQueue = plotQueue[baseId];
    230       if (!imageQueue)
    231       {
    232         imageQueue = new ImageQueue(baseId);
    233         plotQueue[baseId] = imageQueue;
    234       }
    235       var imageId = baseId + '.' + plotId;
    236       imageQueue.addImage(imageId, url);
    237     }
    238     function switchOverview(tabControlId, tabId)
    239     {
    240       currentQueue = tabId;
    241       TabControl.setActiveTab(tabControlId, tabId);
    242       loadNextImage();
    243     }
    244     function loadNextImage()
    245     {
    246       var imageQueue = plotQueue[currentQueue];
    247       if (imageQueue) imageQueue.loadNextImage();
    248     }
    249     </script>
    250156    <style>
    251157    .plot
    252158    {
     159      margin: 0.5em;
     160    }
     161    .plot.empty
     162    {
    253163      background-image: url('../../../images/plot_empty_400x300.png');
    254       margin: 0.5em;
    255164    }
    256165    </style>
    257166  </base:head>
    258   <base:body onload="loadNextImage()">
     167  <base:body>
    259168    <p:path><p:pathelement
    260169      title="Experiments" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>"
    … …  
    263172      /><p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(bioAssaySet.getName())%>"
    264173      /></p:path>
     174     
     175    <div id="page-data"
     176      data-item-id="<%=itemId%>"
     177      data-experiment-id="<%=experimentId%>"
     178    ></div>
    265179   
    266180    <t:tabcontrol
    267181      id="view"
    268182      subclass="content mastertabcontrol"
    269       active="<%=tabId%>" switch="switchTab" remember="false">
     183      active="<%=tabId%>" remember="false">
    270184    <t:tab id="properties" title="Properties">
    271185      <div>
    … …  
    274188        <th class="itemstatus">
    275189          <base:icon
     190            id="btnDeletePermanently"
    276191            image="deleted.png"
    277             onclick="deleteItemPermanently()"
    278192            tooltip="This item has been flagged for deletion. Click to delete it now."
    279193            enabled="<%=deletePermission %>"
    … …  
    284198          <tbl:toolbar subclass="bottomborder">
    285199            <tbl:button
     200              id="btnEdit"
    286201              disabled="<%=!writePermission%>"
    287202              image="edit.png"
    288               onclick="editItem()"
    289203              title="Edit&hellip;"
    290204              tooltip="<%=writePermission ? "Edit this bioassay set" : "You do not have permission to edit this bioassay set"%>"
    291205            />
    292206            <tbl:button
     207              id="btnDelete"
    293208              disabled="<%=!deletePermission%>"
    294209              image="delete.png"
    295               onclick="deleteItem()"
    296210              title="Delete"
    297211              visible="<%=!bioAssaySet.isRemoved()%>"
    … …  
    299213            />
    300214            <tbl:button
     215              id="btnRestore"
    301216              disabled="<%=!writePermission%>"
    302217              image="restore.png"
    303               onclick="restoreItem()"
    304218              title="Restore"
    305219              visible="<%=bioAssaySet.isRemoved()%>"
    … …  
    307221            />
    308222            <tbl:button
     223              id="btnImport"
    309224              image="import.png"
    310               onclick="runItemPlugin('ImportItem')"
     225              data-plugin-type="IMPORT"
    311226              title="Import&hellip;"
    312227              tooltip="Import data"
    … …  
    314229            />
    315230            <tbl:button
    316               image="export.png"
    317               onclick="runItemPlugin('ExportItem')"
     231              id="btnExport"
     232              image="export.png"
     233              data-plugin-type="EXPORT"
    318234              title="Export&hellip;"
    319235              tooltip="Export data"
    … …  
    321237            />
    322238            <tbl:button
     239              id="btnPlot"
    323240              image="plotter.png"
    324               onclick="<%="openPlotTool(" + itemId + ")"%>"
    325241              title="Plot tool&hellip;"
    326242              tooltip="A simple tool for generating plots"
    … …  
    335251            />
    336252            <tbl:button
     253              id="btnFilter"
     254              data-plugin-type="ANALYZE"
     255              data-cmd="NewFilteredBioAssaySet"
    337256              disabled="<%=!createPermission%>"
    338257              image="filter.png"
    339               onclick="<%="filter(" + itemId +")"%>"
    340258              title="Filter bioassay set&hellip;"
    341259              tooltip="<%=createPermission ?
    … …  
    345263            />
    346264            <tbl:button
    347               image="runplugin.png"
    348               onclick="runItemPlugin('RunPlugin')"
     265              id="btnRunPlugin"
     266              image="runplugin.png" 
     267              data-plugin-type="OTHER"
    349268              title="Run plugin&hellip;"
    350269              tooltip="Run a plugin"
    … …  
    352271            />
    353272            <tbl:button
     273              id="btnAnalyze"
     274              data-plugin-type="ANALYZE"
    354275              disabled="<%=!createPermission%>"
    355276              image="runplugin.png"
    356               onclick="<%="runAnalysisPlugin(" + itemId + ")"%>"
    357277              title="Run analysis&hellip;"
    358278              tooltip="<%=createPermission ? "Run an analysis plugin" :
    … …  
    364284            <tbl:button
    365285              image="help.png"
    366               onclick="<%="Main.openHelp('" + ID +"', 'bioassayset.view.properties')"%>"
     286              subclass="auto-init"
     287              data-auto-init="help"
     288              data-help-id="bioassayset.view.properties"
    367289              title="Help&hellip;"
    368290              tooltip="Get help about this page"
    … …  
    555477     
    556478      <t:tab id="annotations" title="Annotations"
    557         tooltip="View annotation values" clazz="white"
    558         activate="AnnotationsList.loadOnce()">
     479        tooltip="View annotation values" clazz="white">
    559480        <jsp:include page="../../../common/annotations/list_frameset.jsp">
    560481          <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
    … …  
    566487      <t:tab id="bioassays" title="Bioassays" />
    567488     
    568       <t:tab id="spotdata" title="Spot data"
    569         visible="<%=hasDbSpots%>" />
     489      <t:tab id="spotdata" title="Spot data" visible="<%=hasDbSpots%>">
     490        <div class="filled absolutefull">
     491          <table style="margin: auto; height: 100%;"><tr><td>
     492          <b>Please wait. The spot data is loading...</b>
     493          </td></tr></table>
     494        </div>
     495      </t:tab>
    570496     
    571497      <t:tab id="overviewplots" title="Overview plots"
    … …  
    576502        {
    577503          ActionIterator<OverviewPlotAction> plots = overviewPlotInvoker.iterate();
    578           StringBuilder script = new StringBuilder();
    579504          %>
    580           <t:tabcontrol id="overviewplots" switch="switchOverview" style="padding-top: 1em; border: 0px;">
     505          <t:tabcontrol id="overviewplots" style="padding-top: 1em; border: 0px;">
    581506          <%
    582507          while (plots.hasNext())
    … …  
    595520              {
    596521                String plotId = generator.getId();
    597                 script.append("registerImage('").append(baseId).append("','")
    598                     .append(plotId).append("','")
    599                     .append(HTML.javaScriptEncode(generator.getUrl())).append("');\n");
    600                 %><img id="<%=baseId + "." + plotId%>"
    601                   class="plot"
     522                %><img
     523                  id="<%=baseId + "." + plotId%>"
     524                  class="plot empty"
     525                  data-plot-group="<%=baseId%>"
     526                  data-plot-url="<%=HTML.encodeTags(generator.getUrl()) %>"
    602527                  src="../../../images/transparent_pixel.gif"
    603528                  width="<%=generator.getWidth()%>"
    … …  
    612537          %>
    613538          </t:tabcontrol>
    614           <script>
    615           <%=script%>
    616           </script>
    617539          <%
    618540        }

  • trunk/www/views/experiments/clone_reporters.jsp

    r6217 r6315  
    7777 
    7878  List<ReporterCloneTemplate> recentTemplates = (List<ReporterCloneTemplate>)cc.getRecent(dc, Item.REPORTERCLONETEMPLATE);
    79  
    80  
    81  
    8279  %>
    8380  <base:page type="popup" title="<%=title%>">
    84   <base:head scripts="tabcontrol.js" styles="tabcontrol.css">
    85     <script>
    86     // Validate the "Experiment" tab
    87     function validateExperiment()
    88     {
    89       var frm = document.forms['clone'];
    90      
    91       if (frm.reporterclonetemplate_id.selectedIndex < 0)
    92       {
    93         Forms.showNotification('reporterclonetemplate_id.select', 'A template must be selected');
    94         return false;
    95       }
    96 
    97       return true;
    98     }
    99    
    100     // Submit the form
    101     function saveSettings()
    102     {
    103       var frm = document.forms['clone'];
    104       if (validateExperiment())
    105       {
    106         frm.submit();
    107       }
    108     }
    109    
    110     function selectTemplateOnClick()
    111     {
    112       var frm = document.forms['clone'];
    113       var url = '../../admin/reporterclonetemplates/index.jsp?ID=<%=ID%>&mode=selectone&callback=setTemplateCallback';
    114       if (frm.reporterclonetemplate_id.length > 1)
    115       {
    116         var id = Math.abs(parseInt(frm.reporterclonetemplate_id[0].value));       
    117         url += '&item_id='+id;
    118       }
    119       Main.openPopup(url, 'SelectReporterCloneTemplate', 1050, 700);
    120     }
    121     function setTemplateCallback(id, name)
    122     {
    123       var frm = document.forms['clone'];
    124       var list = frm.reporterclonetemplate_id;
    125       if (list.length < 2 || list[1].value == '0') // >
    126       {
    127         Forms.addListOption(list, 1, new Option());
    128       }
    129       list[1].value = id;
    130       list[1].text = name;
    131       list.selectedIndex = 1;
    132     }
    133 
    134     function init()
    135     {
    136       var frm = document.forms['clone'];
    137     }
    138     </script>
    139   </base:head>
    140   <base:body onload="init()">
     81  <base:head scripts="~clone_reporters.js" />
     82  <base:body>
    14183    <h1><%=title%> <base:help helpid="experiment.clonereporters" /></h1>
    14284    <form action="index.jsp?ID=<%=ID%>" method="post" name="clone">
    … …  
    158100            newitem="<%=false%>"
    159101            unselectedtext="- all properties -"
    160             onselect="selectTemplateOnClick()"
    161102          />
    162103        </td>
    … …  
    205146    </form>
    206147    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
    207       <base:button onclick="saveSettings()" title="Next" />
    208       <base:button onclick="window.close()" title="Cancel" />
     148      <base:button id="btnSave" title="Next" />
     149      <base:button id="close" title="Cancel" />
    209150    </base:buttongroup>
    210151

  • trunk/www/views/experiments/edit_experiment.jsp

    r6311 r6315  
    6161  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.edit.EditUtil"
    6262  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
     63  import="net.sf.basedb.util.json.JsonUtil"
     64  import="net.sf.basedb.util.json.JsonConverter"
     65  import="net.sf.basedb.util.json.NameableConverter"
    6366  import="java.util.Arrays"
    6467  import="java.util.Date"
    6568  import="java.util.List"
     69  import="org.json.simple.JSONArray"
     70  import="org.json.simple.JSONObject"
    6671%>
    6772<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
    … …  
    105110      currentRawDataType = RawDataTypes.getRawDataType(cc.getRecent("RawDataType", 0));
    106111    }
     112    if (currentRawDataType == null)
     113    {
     114      currentRawDataType = defaultRawDataType;
     115    }
     116   
    107117    if (cc.getPropertyFilter("directory.name") != null)
    108118    {
    … …  
    121131  {
    122132    experiment = Experiment.getById(dc, itemId);
     133    experiment.checkPermission(Permission.WRITE);
    123134    rbaQuery = experiment.getRawBioAssays();
    124135    efQuery = experiment.getExperimentalFactors();
    … …  
    140151    }
    141152  }
    142   if (experiment != null) experiment.checkPermission(Permission.WRITE);
    143153 
     154  // Load rawbioassays as JSON objects
     155  JSONObject jsonRawBioAssays = new JSONObject();
     156  jsonRawBioAssays.put("itemType", "RAWBIOASSAY");
     157  if (rbaQuery != null)
     158  {
     159    rbaQuery.include(Include.ALL);
     160    rbaQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
     161    List<RawBioAssay> rawBioAssays = rbaQuery.list(dc);
     162   
     163    if (rawBioAssays.size() > 0 && experiment == null)
     164    {
     165      // Nullify so we can get raw data type from the raw bioassays
     166      currentRawDataType = null;
     167   
     168      for (RawBioAssay rba : rawBioAssays)
     169      {
     170        try
     171        {
     172          RawDataType rbaDataType = rba.getRawDataType();
     173          if (currentRawDataType == null)
     174          {
     175            currentRawDataType = rbaDataType;
     176          }
     177          else if (rbaDataType != currentRawDataType)
     178          {
     179            throw new WebException("popup", "Raw data types doesn't match",
     180                "The raw data type of the selected raw bioassays are not the same. " +
     181                "It is not possible to mix raw data types in an experiment.");
     182          }
     183        }
     184        catch (RuntimeException t)
     185        {}
     186      }
     187    }
     188   
     189    jsonRawBioAssays.put("items", JsonUtil.toArray(rawBioAssays, new NameableConverter()));
     190  }
    144191 
     192  // Load experimental factors as JSON objects
     193  JSONObject jsonAnnotationTypes = new JSONObject();
     194  jsonAnnotationTypes.put("itemType", "ANNOTATIONTYPE");
     195  if (efQuery != null)
     196  {
     197    efQuery.include(Include.ALL);
     198    efQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
     199    jsonAnnotationTypes.put("items", JsonUtil.toArray(efQuery.iterate(dc), new NameableConverter()));
     200  }
    145201 
    146202  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
    … …  
    151207  ExtensionsInvoker invoker = EditUtil.useEditExtensions(jspContext);
    152208  %>
    153   <base:page type="popup" title="<%=title%>">
    154   <base:head scripts="tabcontrol.js,linkitems.js" styles="tabcontrol.css">
     209  <base:page type="popup" title="<%=title%>" id="edit-page">
     210  <base:head scripts="tabcontrol-2.js,linkitems-2.js,~experiments.js" styles="tabcontrol.css">
    155211    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
    156212    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
    157     <script>
    158     // Validate the "Experiment" tab
    159     function validateExperiment()
    160     {
    161       var frm = document.forms['experiment'];
    162       if (Main.trimString(frm.name.value) == '')
    163       {
    164         Forms.showNotification(frm.name, 'You must enter a name');
    165         return false;
    166       }
    167       if (frm.rawdatatype)
    168       {
    169         if (frm.rawdatatype[frm.rawdatatype.selectedIndex].value == '')
    170         {
    171           Forms.showNotification(frm.rawdatatype, 'You must select a raw data type');
    172           return false;
    173         }
    174       }
    175       return true;
    176     }
    177    
    178     // Validate the "Experimental factors" tab
    179     function validateExperimentalFactors()
    180     {
    181       return true;
    182     }
    183 
    184     // Submit the form
    185     function saveSettings()
    186     {
    187       var frm = document.forms['experiment'];
    188       if (TabControl.validateActiveTab('settings'))
    189       {
    190         Annotations.saveModifiedAnnotationsToForm(frm);
    191 
    192         frm.addedRawBioAssays.value = Link.getActionIds(1, 'R').join(',');
    193         frm.removedRawBioAssays.value = Link.getActionIds(-1, 'R').join(',');
    194 
    195         frm.addedAnnotationTypes.value = Link.getActionIds(1, 'A').join(',');
    196         frm.removedAnnotationTypes.value = Link.getActionIds(-1, 'A').join(',');
    197        
    198         frm.submit();
    199       }
    200     }
    201    
    202     function loadAnnotationsFrame()
    203     {
    204       Annotations.autoLoadEditFrame();
    205     }
    206    
    207     function addRawBioAssaysOnClick()
    208     {
    209       var frm = document.forms['experiment'];
    210       var ids = Link.getListIds(frm.rawBioAssays, 'R');
    211       var excludes = ids.join(',');
    212       var rawDataType = <%=currentRawDataType == null ? "frm.rawdatatype[frm.rawdatatype.selectedIndex].value" : "'"+currentRawDataType.getId()+"'"%>;
    213       var url = '../rawbioassays/index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=UpdateContext&mode=selectmultiple&callback=addRawBioAssayCallback';
    214       url += "&exclude="+excludes;
    215       url += '&resetTemporary=1&tmpfilter:STRING:rawDataType='+rawDataType;
    216       Main.openPopup(url, 'AddRawBioAssays', 1050, 700);
    217     }
    218     function addRawBioAssayCallback(rawBioAssayId, name)
    219     {
    220       var item = Link.getItem('R', rawBioAssayId);
    221       if (!item) item = new Item('R', rawBioAssayId, name);
    222       Link.addItem(document.forms['experiment'].rawBioAssays, item);
    223     }
    224     function removeRawBioAssaysOnClick()
    225     {
    226       Link.removeSelected(document.forms['experiment'].rawBioAssays);
    227     }
    228    
    229     function addAnnotationTypesOnClick()
    230     {
    231       var frm = document.forms['experiment'];
    232       var ids = Link.getListIds(frm.annotationTypes, 'A');
    233       var excludes = ids.join(',');
    234       var url = '../../admin/annotationtypes/index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=UpdateContext&mode=selectmultiple&callback=addAnnotationTypeCallback';
    235       url += "&exclude="+excludes;
    236       Main.openPopup(url, 'AddAnnotationTypes', 1050, 700);
    237     }
    238     function addAnnotationTypeCallback(annotationTypeId, name)
    239     {
    240       var item = Link.getItem('A', annotationTypeId);
    241       if (!item) item = new Item('A', annotationTypeId, name);
    242       Link.addItem(document.forms['experiment'].annotationTypes, item);
    243     }
    244     function removeAnnotationTypesOnClick()
    245     {
    246       Link.removeSelected(document.forms['experiment'].annotationTypes);
    247     }
    248     function selectDirectoryOnClick()
    249     {
    250       var frm = document.forms['experiment'];
    251       var url = '../../filemanager/directories/index.jsp?ID=<%=ID%>&mode=selectonedirectory&callback=setDirectoryCallback';
    252       if (frm.directory_id.length > 1)
    253       {
    254         var id = Math.abs(parseInt(frm.directory_id[1].value));       
    255         url += '&directory_id='+id;
    256       }
    257       Main.openPopup(url, 'SelectDirectory', 350, 500);
    258     }
    259     function setDirectoryCallback(id, name)
    260     {
    261       var frm = document.forms['experiment'];
    262       var list = frm.directory_id;
    263       if (list.length < 2 || list[1].value == '0') // >
    264       {
    265         Forms.addListOption(list, 1, new Option());
    266       }
    267       list[1].value = id;
    268       list[1].text = name;
    269       list.selectedIndex = 1;
    270     }
    271 
    272     function init()
    273     {
    274       var frm = document.forms['experiment'];
    275       <%
    276       if (experiment == null)
    277       {
    278         %>
    279         frm.name.focus();
    280         frm.name.select();
    281         <%
    282       }
    283       if (rbaQuery != null)
    284       {
    285         %>
    286         var rawBioAssays = frm.rawBioAssays;
    287         <%
    288         rbaQuery.include(Include.ALL);
    289         rbaQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
    290         ItemResultList<RawBioAssay> rawBioAssays = rbaQuery.list(dc);
    291         if (rawBioAssays.size() > 0 && experiment == null) currentRawDataType = null;
    292         for (RawBioAssay rba : rawBioAssays)
    293         {
    294           RawDataType rbaDataType = null;
    295           try
    296           {
    297             rbaDataType = rba.getRawDataType();
    298           }
    299           catch (Throwable t)
    300           {}
    301           if (currentRawDataType == null)
    302           {
    303             currentRawDataType = rbaDataType;
    304           }
    305           String linkMethod = "addNewItem";
    306           if (experiment == null)
    307           {
    308             linkMethod = "addItem";
    309             // Checks for new experiment
    310             if (rbaDataType != currentRawDataType)
    311             {
    312               throw new WebException("popup", "Raw data types doesn't match",
    313                 "The raw data type of the selected raw bioassays are not the same. " +
    314                 "It is not possible to mix raw data types in an experiment.");
    315             }
    316           }
    317           %>
    318           Link.<%=linkMethod%>(rawBioAssays, new Item('R', <%=rba.getId()%>, '<%=HTML.javaScriptEncode(rba.getName())%>'));
    319           <%
    320         }
    321       }
    322       if (efQuery != null)
    323       {
    324         %>
    325         var annotationTypes = frm.annotationTypes;
    326         <%
    327         efQuery.include(Include.ALL);
    328         efQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
    329         ItemResultList<AnnotationType> experimentalFactors = efQuery.list(dc);
    330         for (AnnotationType at : experimentalFactors)
    331         {
    332           %>
    333           Link.addNewItem(annotationTypes, new Item('A', <%=at.getId()%>, '<%=HTML.javaScriptEncode(at.getName())%>'));
    334           <%
    335         }
    336       }
    337       %>
    338     }
    339     </script>
    340213  </base:head>
    341   <base:body onload="init()">
     214  <base:body>
    342215    <h1><%=title%> <base:help tabcontrol="settings" /></h1>
     216   
     217    <div id="page-data" class="data-container"
     218      data-current-raw-data-type="<%=currentRawDataType != null && experiment != null ? currentRawDataType.getId() : "" %>"
     219    ></div>
     220   
    343221    <form action="index.jsp?ID=<%=ID%>" method="post" name="experiment">
    344222    <input type="hidden" name="cmd" value="UpdateItem">
    … …  
    348226      position="bottom" remember="<%=tabId == null && experiment != null%>"
    349227      extensions="<%=invoker%>">
    350     <t:tab id="info" title="Experiment" validate="validateExperiment()" helpid="experiment.edit">
     228    <t:tab id="info" title="Experiment" helpid="experiment.edit">
    351229      <table class="fullform input100">
    352230      <tr>
    353231        <th>Name</th>
    354         <td><input class="text required" type="text" name="name"
     232        <td><input class="text required auto-init" data-auto-init="<%=experiment == null ? "focus-select" : "focus" %>"
     233          type="text" name="name"
    355234          value="<%=HTML.encodeTags(experiment == null ? Values.getString(cc.getPropertyValue("name"), "New experiment") : experiment.getName())%>"
    356235          maxlength="<%=Experiment.MAX_NAME_LENGTH%>"></td>
    … …  
    408287            recent="<%=recentDirectories%>"
    409288            newitem="<%=experiment == null%>"
    410             onselect="selectDirectoryOnClick()"
    411289          />
    412290        </td>
    … …  
    420298          <tr>
    421299            <td>
    422             <select name="rawBioAssays" size="5" multiple>
     300            <select name="rawBioAssays" id="rawBioAssays"
     301              class="auto-init"
     302              data-auto-init="link-container"
     303              data-initial-items="[<%=HTML.encodeTags(jsonRawBioAssays.toJSONString()) %>]"
     304              data-initial-action="<%=itemId == 0 ? 1 : 0 %>"
     305              size="5" multiple>
    423306            </select>
    424307            </td>
    … …  
    426309              <base:buttongroup vertical="true">
    427310                <base:button
     311                  id="btnAddRawBioAssays"
    428312                  subclass="leftaligned"
    429313                  style="width: 14em;"
    430                   onclick="addRawBioAssaysOnClick()"
    431314                  title="Add&nbsp;raw bioassays&hellip;"
    432315                  tooltip="Add raw bioassays"
    433                   />
     316                />
    434317                <base:button
    435                   subclass="leftaligned"
     318                  id="btnRemoveRawBioAssays"
     319                  subclass="leftaligned auto-init"
     320                  data-auto-init="remove-link"
     321                  data-list-id="rawBioAssays"
    436322                  style="width: 14em;"
    437                   onclick="removeRawBioAssaysOnClick()"
    438323                  title="Remove"
    439324                  tooltip="Remove the selected raw bioassays"
    440325                />
    441326              </base:buttongroup>
    442             <input type="hidden" name="addedRawBioAssays" value="">
    443             <input type="hidden" name="removedRawBioAssays" value="">
    444327            </td>
    445328          </tr>
    … …  
    564447      </t:tab>
    565448     
    566       <t:tab id="experimentalFactors" title="Experimental factors"
    567         validate="validateExperimentalFactors()" helpid="experiment.edit.factors">
     449      <t:tab id="experimentalFactors" title="Experimental factors" helpid="experiment.edit.factors">
    568450      <table class="fullform input100">
    569451      <tr class="big">
    … …  
    575457          <tr>
    576458            <td>
    577             <select name="annotationTypes" size="20" multiple>
     459            <select name="annotationTypes" id="annotationTypes"
     460              class="auto-init"
     461              data-auto-init="link-container"
     462              data-initial-items="[<%=HTML.encodeTags(jsonAnnotationTypes.toJSONString()) %>]"
     463              size="20" multiple>
    578464            </select>
    579465            </td>
    … …  
    581467              <base:buttongroup vertical="true">
    582468                <base:button
    583                   subclass="leftaligned"
     469                  id="btnAddAnnotationTypes"
     470                  subclass="leftaligned auto-init"
     471                  data-auto-init="add-link"
     472                  data-list-id="annotationTypes"
     473                  data-item-type="ANNOTATIONTYPE"
    584474                  style="width: 14em;"
    585                   onclick="addAnnotationTypesOnClick()"
    586475                  title="Add annotation types&hellip;"
    587476                  tooltip="Add annotation types"
    588477                  />
    589478                <base:button
    590                   subclass="leftaligned"
     479                  id="btnRemoveAnnotationTypes"
     480                  subclass="leftaligned auto-init"
     481                  data-auto-init="remove-link"
     482                  data-list-id="annotationTypes"
    591483                  style="width: 14em;"
    592                   onclick="removeAnnotationTypesOnClick()"
    593484                  title="Remove"
    594485                  tooltip="Remove the selected annotation types"
    595486                />
    596487              </base:buttongroup>
    597             <input type="hidden" name="addedAnnotationTypes" value="">
    598             <input type="hidden" name="removedAnnotationTypes" value="">
    599488            </td>
    600489          </tr>
    … …  
    610499      </t:tab>
    611500     
    612     <t:tab id="annotations" title="Annotations" helpid="annotations.edit" activate="loadAnnotationsFrame()">
     501    <t:tab id="annotations" title="Annotations" helpid="annotations.edit">
    613502      <jsp:include page="../../common/annotations/annotate_frameset.jsp">
    614503        <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
    … …  
    629518
    630519    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
    631       <base:button onclick="saveSettings()" title="Save" />
    632       <base:button onclick="window.close()" title="Cancel" />
     520      <base:button id="btnSave" title="Save" />
     521      <base:button id="close" title="Cancel" />
    633522    </base:buttongroup>
    634523  </base:body>

  • trunk/www/views/experiments/explorer/search/list.jsp

    r6182 r6315  
    109109  int numListed = 0;
    110110  %>
    111 
    112111  <base:page title="<%=title%>">
    113   <base:head scripts="table.js,tabcontrol.js,newjoust.js" styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css,newjoust.css">
    114   <script>
    115     var submitPage = 'index.jsp';
    116     var formId = 'reporters';
    117     function editItem(itemId)
    118     {
    119       Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, true);
    120     }
    121     function viewItem(itemId)
    122     {
    123       Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, false);
    124     }
    125     function itemOnClick(evt, itemId)
    126     {
    127       Table.itemOnClick(formId, evt, itemId, 'DEFAULT', viewItem, editItem, null);
    128     }   
    129     function configureColumns()
    130     {
    131       Table.configureColumns(formId);
    132     }
    133     function viewReporter(index)
    134     {
    135       var url = '../view/index.jsp?ID=<%=ID%>&bioassayset_id=<%=bioAssaySetId%>';
    136       if (index >= 0)
    137       {
    138         url += '&cmd=SetReporterIndex&reporterIndex='+index;
    139       }
    140       location.href = url;
    141     }
    142 
    143     function switchTab(tabControlId, tabId)
    144     {
    145       if (tabId == 'view')
    146       {
    147         viewReporter(-1);
    148       }
    149       else
    150       {
    151         TabControl.setActiveTab(tabControlId, tabId);
    152       }
    153     }
    154     function newReporterList()
    155     {
    156       Table.submitToPopup(formId, 'CreateReporterList', 600, 400);
    157     }
    158   </script>
    159   </base:head>
     112  <base:head scripts="table.js,tabcontrol-2.js,~list.js" styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css" />
    160113  <base:body>
    161114    <p:path><p:pathelement
    … …  
    169122      id="explorer"
    170123      subclass="mastertabcontrol content"
    171       switch="switchTab" remember="false" active="search">
     124      remember="false" active="search">
    172125    <t:tab id="search" title="Reporter search">
    173126    <tbl:table
    … …  
    218171        <tbl:toolbar subclass="bottomborder">
    219172          <tbl:button
     173            id="btnColumns"
    220174            image="columns.png"
    221             onclick="configureColumns()"
    222175            title="Columns&hellip;"
    223176            tooltip="Show, hide and re-order columns"
    224177          />
    225178          <tbl:button
     179            id="btnNewReporterList"
    226180            image="add.png"
    227             onclick="newReporterList()"
    228181            title="New reporter list&hellip;"
    229182            tooltip="Create a new reporter list from matching reporters"
    … …  
    265218      if (reporters != null)
    266219      {
     220        boolean writeReporterPermission = sc.hasPermission(Permission.WRITE, Item.REPORTER);
     221        String tooltip = "View this item" + (writeReporterPermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
    267222        while (reporters.hasNext())
    268223        {
    … …  
    275230            <tbl:header
    276231              clazz="icons"
    277               ><a href="javascript:viewReporter(<%=rowIndex-1%>)"><%=rowIndex%></a></tbl:header>
     232              style="padding-right: 3px;"
     233              ><span class="link auto-init"
     234                data-auto-init="view-reporter"
     235                data-index="<%=rowIndex-1%>"><%=rowIndex%></span></tbl:header>
    278236            <%
    279237            int colIndex = 2;
    … …  
    284242              {
    285243                %>
    286                 <tbl:cell column="externalId"><div class="link" onclick="itemOnClick(event, <%=itemId%>)"
    287                   title="View this item (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)"><%=HTML.encodeTags(item.getString(colIndex))%></div></tbl:cell>
     244                <tbl:cell column="externalId"><div
     245                  class="link table-item"
     246                  data-item-id="<%=itemId%>"
     247                  data-no-edit="<%=writeReporterPermission ? 0 : 1%>"
     248                  tabindex="0"
     249                  title="<%=tooltip%>"><%=HTML.encodeTags(item.getString(colIndex))%></div></tbl:cell>
    288250                <%
    289251              }

  • trunk/www/views/experiments/explorer/view/plotter.jsp

    r6176 r6315  
    5858<%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
    5959<%!
    60 private static void addFormulaOption(StringBuilder options, String formula, String title, String description)
     60private static void addFormulaOption(StringBuilder options, String formula, String title, String description, Formula.AverageMethod avgMethod)
    6161{
    6262  options.append("<option value=\"").append(HTML.encodeTags(formula)).append("\"");
    6363  options.append(" title=\"").append(HTML.encodeTags(description)).append("\"");
     64  options.append(" data-average-method=\"").append(avgMethod.name()).append("\"");
    6465  options.append(">").append(HTML.encodeTags(title)).append("\n");
    6566}
    … …  
    106107      {
    107108        String jepExpression = tc.getJepExpression();
    108         addFormulaOption(formulaOptions, jepExpression, tc.getTitle(), tc.getDescription());
     109        addFormulaOption(formulaOptions, jepExpression, tc.getTitle(), tc.getDescription(), tc.getAverageMethod());
    109110      }
    110111    }
    … …  
    115116  %>
    116117  <base:page type="popup" title="<%=title%>">
    117   <base:head styles="tabcontrol.css" scripts="tabcontrol.js">
    118   <script>
    119 
    120   var averageMethods = new Array();
    121   <%
    122   for (TableColumn tc : formulas)
    123   {
    124     if (tc.getJepExpression() != null && tc.getDatatype().isNumerical())
    125     {
    126       if (!needAverageMethod || tc.getAverageMethod() != Formula.AverageMethod.NONE)
    127       {
    128         %>
    129         averageMethods[averageMethods.length] = '<%=tc.getAverageMethod().name()%>';
    130         <%
    131       }
    132     }
    133   }
    134   %>
    135  
    136   function validate()
    137   {
    138     var frm = document.forms['plot'];
    139     if (Main.trimString(frm.yFormula.value) == '')
    140     {
    141       Forms.showNotification(frm.yFormula, 'You must enter an expression for the Y axis');
    142       return false;
    143     }
    144     return true;
    145   }
    146  
    147   function getPlotType()
    148   {
    149     var frm = document.forms['plot'];
    150     return Forms.getCheckedRadio(frm.plotType).value;
    151   }
    152 
    153   function plotTypeOnChange()
    154   {
    155     var plotType = getPlotType();
    156     var frm = document.forms['plot'];
    157     var isAssayPlot = plotType == 'assay';
    158     frm.annotationTypeId.disabled = isAssayPlot;
    159     frm.subtype.disabled = !isAssayPlot;
    160   }
    161  
    162   function presetOnChange(list, formula, label)
    163   {
    164     var index = list.selectedIndex;
    165     var frm = list.form;
    166     if (frm.averageMethod)
    167     {
    168       var avgMethod = averageMethods[index-1];
    169       Forms.selectListOption(frm.averageMethod, avgMethod);
    170     }
    171     formula.value = list[index].value;
    172     if (label && list[index].value != '') label.value = list[index].text;
    173     list.selectedIndex = 0;
    174   }
    175    
    176   function generatePlotUrl(fullSize)
    177   {
    178     if (validate())
    179     {
    180       var frm = document.forms['plot'];
    181       var url = getRoot() + 'views/experiments/explorer/plot';
    182       url += '?ID=<%=ID%>&bioAssaySetId=<%=bioAssaySetId%>';
    183       url += '&reporterIndex=<%=reporterIndex%>&positionIndex=<%=positionIndex%>';
    184       url += '&title='+Main.encodeURI(frm.title.value);
    185       url += '&subTitle='+Main.encodeURI(frm.subTitle.value);
    186       if (fullSize)
    187       {
    188         url += '&width='+frm.width.value;
    189         url += '&height='+frm.height.value;
    190       }
    191      
    192       url += '&y='+Main.encodeURI(frm.yFormula.value);
    193       url += '&yLog='+(frm.yLog.checked ? 1 : 0);
    194       url += '&yLabel='+Main.encodeURI(frm.yLabel.value);
    195      
    196       var plotType = getPlotType();
    197       url += '&type='+plotType;
    198       url += '&showXLabels='+(frm.hideXLabels.checked ? 0 : 1);
    199      
    200       if (plotType == 'assay')
    201       {
    202         url += '&subtype=' + frm.subtype[frm.subtype.selectedIndex].value;
    203         if (frm.averageMethod)
    204         {
    205           url += '&averageMethod=' + frm.averageMethod[frm.averageMethod.selectedIndex].value;
    206         }
    207       }
    208       else if (plotType == 'annotation')
    209       {
    210         url += '&annotationTypeId=' + frm.annotationTypeId[frm.annotationTypeId.selectedIndex].value;
    211       }
    212       url += '&' + new Date().getTime();
    213       return url;
    214     }
    215   }
    216  
    217   function openExpressionBuilder(title, frmName, inputName, formulaType)
    218   {
    219     if (!document.forms[frmName][inputName].disabled)
    220     {
    221       var restrictions = formulaType == '<%=Formula.Type.COLUMN_RESTRICTION.name()%>';
    222       Main.expressionBuilder('<%=ID%>', title, frmName, inputName, formulaType, '<%=rdt.getId()%>', <%=rdt.getChannels()%>, restrictions, <%=bas.getId()%>);
    223     }
    224   }
    225  
    226   function previewPlot()
    227   {
    228     var url = generatePlotUrl(false);
    229     if (url)
    230     {
    231       url += '&width=540&height=360';
    232 
    233       var overlayImg = document.getElementById('overlay');
    234       overlayImg.src = getRoot()+'images/plot_generating.gif';
    235      
    236       var previewImg = document.getElementById('preview');
    237       previewImg.realImg = new Image();
    238       previewImg.realImg.onload = changePreviewImage;
    239       previewImg.realImg.src = url;
    240     }
    241   }
    242  
    243   function changePreviewImage()
    244   {
    245     var previewImg = document.getElementById('preview');
    246     previewImg.src = previewImg.realImg.src;
    247     previewImg.realImg = null;
    248     var overlayImg = document.getElementById('overlay');
    249     overlayImg.src = getRoot() + 'images/blankbutton.gif';
    250   }
    251  
    252   function viewPlot()
    253   {
    254     var url = generatePlotUrl(true);
    255     if (url)
    256     {
    257       var frm = document.forms['plot'];
    258       var width = parseInt(frm.width.value);
    259       var height = parseInt(frm.height.value);
    260       if (!width || width < 600) width = 600;
    261       if (!height || height < 400) height = 400;
    262       Main.openPopup('../../plotter/view.jsp?ID=<%=ID%>&title='+Main.encodeURI(frm.title.value), 'ViewPlot', width+150, height+100);
    263     }
    264   }
    265  
    266   function downloadPlot()
    267   {
    268     var url = generatePlotUrl(true);
    269     if (url)
    270     {
    271       Main.openPopup('../../plotter/download.jsp?ID=<%=ID%>', 'DownloadPlot', 300, 200);
    272     }
    273   }
    274  
    275   function savePlotAs()
    276   {
    277     var url = generatePlotUrl(true);
    278     if (url)
    279     {
    280       Main.openPopup('../../plotter/save_as.jsp?ID=<%=ID%>', 'SavePlotAs', 450, 300);
    281     }
    282   }
    283  
    284   function init()
    285   {
    286     plotTypeOnChange();
    287   }
    288   </script>
    289   </base:head>
    290   <base:body onload="init()">
     118  <base:head scripts="tabcontrol-2.js,~plotter.js" styles="tabcontrol.css" />
     119  <base:body>
    291120  <h1><%=title%> <base:help helpid="explorer.plotter" /></h1>
     121  <div id="page-data" class="datacontainer"
     122    data-bioassayset="<%=bioAssaySetId %>"
     123    data-reporter-index="<%=reporterIndex %>"
     124    data-position-index="<%=positionIndex %>"
     125  ></div>
    292126  <form name="plot">
    293127  <div class="content bottomborder">
    … …  
    308142        <tr>
    309143          <th>Width</th>
    310           <td colspan="2"><input type="text" class="text" style="width: 10em;" maxlength="10" name="width"
    311             value="900" onkeypress="return Numbers.integerOnly(event)"> (not used by preview)</td>
     144          <td colspan="2"><input type="text" class="text"
     145            name="width" id="width"
     146            style="width: 10em;" maxlength="10" value="900"
     147            > (not used by preview)</td>
    312148        </tr>
    313149        <tr>
    314150          <th>Height</th>
    315           <td colspan="2"><input type="text" class="text" style="width: 10em;" maxlength="10" name="height"
    316             value="600" onkeypress="return Numbers.integerOnly(event)"></td>
     151          <td colspan="2"><input type="text" class="text"
     152            name="height" id="height"
     153            style="width: 10em;" maxlength="10" value="600"></td>
    317154        </tr>
    318155        <tr>
    … …  
    326163          <th>Y-axis</th>
    327164          <td>
    328           <select name="yPresets" style="width: 25em;"
    329             onchange="presetOnChange(this, this.form.yFormula, this.form.yLabel)"
     165          <select name="yPresets" id="yPresets" style="width: 25em;"
     166            data-formula-id="yFormula"
     167            data-label-id="yLabel"
    330168            >
    331169            <option value="">- select from list or enter formula below -
    … …  
    337175        <tr>
    338176          <th class="subprompt">Expression</th>
    339           <td><input type="text" class="text required" maxlength="255" name="yFormula"></td>
     177          <td><input type="text" class="text required" maxlength="255" name="yFormula" id="yFormula"></td>
    340178          <td>
    341179            <base:icon
     180              id="btnExpressionBuilderY"
     181              data-formula-id="yFormula"
     182              data-title="Y-axis expression"
     183              data-formula-type="COLUMN_EXPRESSION"
     184              data-raw-data-type="<%=rdt.getId() %>"
     185              data-channels="<%=rdt.getChannels() %>"
     186              data-bioassayset="<%=bioAssaySetId %>"
    342187              image="expression_builder.png"
    343188              tooltip="Use the Expression builder"
    344               onclick="openExpressionBuilder('Y-axis expression', 'plot', 'yFormula', 'COLUMN_EXPRESSION')"
    345189            />
    346190          </td>
    … …  
    348192        <tr>
    349193          <th class="subprompt">Label</th>
    350           <td><input type="text" class="text" maxlength="255" name="yLabel"></td>
     194          <td><input type="text" class="text" maxlength="255" name="yLabel" id="yLabel"></td>
    351195          <td></td>
    352196        </tr>
    … …  
    385229          <th>X-axis</th>
    386230          <td>
    387             <input type="radio" name="plotType" value="assay" onchange="plotTypeOnChange()"
     231            <input type="radio" name="plotType" value="assay"
    388232              id="plotTypeAssay" <%=plotType.equals("assay") ? "checked" : ""%>
    389233              ><label for="plotTypeAssay"
    390234              title="Creates a line/bar plot with bioassays along the x axis">Bioassays</label>
    391             <input type="radio" name="plotType" value="annotation" onchange="plotTypeOnChange()"
     235            <input type="radio" name="plotType" value="annotation"
    392236              id="plotTypeAnnotation" <%=plotType.equals("annotation") ? "checked" : ""%>
    393237              ><label for="plotTypeAnnotation"
    … …  
    447291 
    448292  <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
    449     <base:button title="Preview" onclick="previewPlot()"
    450       image="plotter_preview.png" tooltip="Generate a preview of the plot"
     293    <base:button
     294      id="btnPreviewPlot"
     295      title="Preview"
     296      image="plotter_preview.png"
     297      tooltip="Generate a preview of the plot"
    451298    />
    452     <base:button title="View&hellip;" onclick="viewPlot()"
    453       image="plotter.png" tooltip="View a fullsized version of the plot (in a popup)"
     299    <base:button
     300      id="btnViewPlot"
     301      title="View&hellip;"
     302      image="plotter.png"
     303      tooltip="View a fullsized version of the plot (in a popup)"
    454304    />
    455     <base:button title="Download&hellip;" onclick="downloadPlot()"
     305    <base:button
     306      id="btnDownloadPlot"
     307      title="Download&hellip;"
    456308      image="download.png"
    457309      tooltip="Downlad a fullsized version of the plot to your computer"
    458310    />
    459     <base:button title="Save as&hellip;" onclick="savePlotAs()"
     311    <base:button
     312      id="btnSavePlot"
     313      title="Save as&hellip;"
    460314      image="saveas.png"
    461315      disabled="<%=!hasCreateFilePermission%>"
    … …  
    464318        "You don't have permission to create files" %>"
    465319    />
    466     <base:button onclick="window.close()" title="Close" />
     320    <base:button id="close" title="Close" />
    467321  </base:buttongroup>
    468322 

  • trunk/www/views/experiments/explorer/view/view.jsp

    r6185 r6315  
    207207  %>
    208208  <base:page title="<%=title%>">
    209   <base:head scripts="table.js,tabcontrol.js" styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css,explorer.css">
    210   <script>
    211     var submitPage = 'index.jsp';
    212     var formId = 'spotdata';
    213     function configureColumns()
    214     {
    215       Table.configureColumns(formId);
    216     }
    217     function configureReporterColumns()
    218     {
    219       var frm = document.forms['reporter'];
    220       frm.cmd.value = 'SetReporterColumns';
    221       Table.configureColumns('reporter', 'reporter-columns');
    222     }
    223     function validateReporterIndex()
    224     {
    225       var frm = document.forms['reporterIndex'];
    226       var reporterIndex = parseInt(frm.newReporterIndex.value);
    227       var maxIndex = <%=matchingReporters%>;
    228       if (reporterIndex < 1 || reporterIndex > maxIndex)
    229       {
    230         Forms.showNotification(frm.newReporterIndex, 'The reporter index must be between 1 and ' + maxIndex);
    231         return false;
    232       }
    233       frm.cmd.value = 'SetReporterIndex';
    234       Forms.createHidden(frm, 'reporterIndex', reporterIndex-1);
    235       return true;
    236     }
    237     function validateSpotIndex()
    238     {
    239       var frm = document.forms['spotIndex'];
    240       var spotIndex = parseInt(frm.newSpotIndex.value);
    241       var maxIndex = <%=matchingPositions%>;
    242       if (spotIndex < 1 || spotIndex > maxIndex)
    243       {
    244         Forms.showNotification(frm.newSpotIndex, 'The spot index must be between 1 and ' + maxIndex);
    245         return false;
    246       }
    247       frm.cmd.value = 'SetSpotIndex';
    248       Forms.createHidden(frm, 'spotIndex', spotIndex-1);
    249       return true;
    250     }
    251     function annotationTypeOnChange()
    252     {
    253       var frm = document.forms['explorer'];
    254       frm.cmd.value = 'SetAnnotationType';
    255       frm.submit();
    256     }
    257     function viewSearch()
    258     {
    259       location.href = '../search/index.jsp?ID=<%=ID%>&bioassayset_id=<%=bioAssaySetId%>';
    260     }
    261     function switchTab(tabControlId, tabId)
    262     {
    263       if (tabId == 'search')
    264       {
    265         viewSearch();
    266       }
    267       else
    268       {
    269         TabControl.setActiveTab(tabControlId, tabId);
    270       }
    271     }
    272     function assayPlot()
    273     {
    274       var url = 'plotter.jsp?ID=<%=ID%>&type=assay';
    275       url += '&bioAssaySetId=<%=bioAssaySetId%>';
    276       url += '&reporterIndex=<%=reporterIndex%>';
    277       url += '&positionIndex=<%=positionIndex%>';
    278       Main.openPopup(url, 'AssayPlot', 1050, 700);
    279     }
    280     function annotationPlot(annotationType)
    281     {
    282       var url = 'plotter.jsp?ID=<%=ID%>&type=annotation';
    283       url += '&bioAssaySetId=<%=bioAssaySetId%>';
    284       url += '&reporterIndex=<%=reporterIndex%>';
    285       url += '&positionIndex=<%=positionIndex%>';
    286       url += '&annotationTypeId=' + annotationType;
    287       Main.openPopup(url, 'AnnotationPlot', 1050, 700);
    288     }
    289   </script>
     209  <base:head scripts="table.js,tabcontrol-2.js,~view.js" styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css,explorer.css">
    290210  <style>
    291211    .special td.cell:first-of-type
    … …  
    306226      id="explorer"
    307227      subclass="content mastertabcontrol"
    308       switch="switchTab"
    309228      remember="false" active="view">
    310229    <t:tab id="search" title="Reporter search" />
    … …  
    344263        <tbl:label style="padding: 0px 2px 0px 6px;">
    345264          Current reporter
    346             <input name="newReporterIndex" type="text" class="text" value="<%=reporterIndex+1%>"
    347             onkeypress="return Numbers.integerOnly(event, true, validateReporterIndex)"
     265            <input name="newReporterIndex" id="newReporterIndex"
     266              type="text" class="text"
     267              value="<%=reporterIndex+1%>" data-max-index="<%=matchingReporters%>"
    348268            style="width: 6em;" maxlength="8" title="Enter a number between 1 and <%=matchingReporters%>">
    349269          of <%=matchingReporters %>
    … …  
    387307        </tbl:label>
    388308        <tbl:button
     309          id="btnReporterColumns"
    389310          image="columns.png"
    390           onclick="configureReporterColumns()"
    391311          title="Columns&hellip;"
    392312          tooltip="Show, hide and re-order reporter columns"
    … …  
    486406              <td class="summaryheader"><%=Base.getLinkedName(ID, at, false, true)%></td>
    487407              <td class="plotheader"><base:icon
     408                subclass="link auto-init"
     409                data-auto-init="annotation-plot"
     410                data-annotation-type="<%=at.getId()%>"
    488411                image="plotter.png"
    489                 onclick="<%="annotationPlot(" + at.getId() + ")"%>"
    490412                tooltip="Box plot for selected spot data per annotation group"
    491413              /></td>
    … …  
    567489      </form>
    568490    </base:section>
    569 
    570491    <%
    571492    if (cc.getMessage() != null)
    … …  
    577498    }
    578499    %>
    579    
    580500    <%
    581501    if (spotData != null)
    … …  
    590510        <tbl:label style="padding: 0px 2px 0px 6px;">
    591511        Current spot
    592         <input name="newSpotIndex" type="text" class="text" value="<%=positionIndex == -1 ? "all" : positionIndex == -2 ? "avg" : String.valueOf(positionIndex+1)%>"
    593           onkeypress="return Numbers.integerOnly(event, true, validateSpotIndex)"
     512        <input name="newSpotIndex" id="newSpotIndex"
     513          data-max-index="<%=matchingPositions%>"
     514          type="text" class="text" value="<%=positionIndex == -1 ? "all" : positionIndex == -2 ? "avg" : String.valueOf(positionIndex+1)%>"
    594515          size="6" maxlength="8" title="Enter a number between 1 and <%=matchingPositions%>">
    595516          of <%=matchingPositions%>
    596        
    597           <%
    598           if (positionIndex <= 0)
     517          <%
     518          if (positionIndex == 0)
    599519          {
    600520            %>
    601521            <base:icon image="first.png" enabled="false" />
    602             <base:icon image="previous.png" enabled="false" />
    603522            <%
    604523          }
    … …  
    608527            <a href="index.jsp?ID=<%=ID%>&amp;cmd=SetSpotIndex&amp;bioassayset_id=<%=bioAssaySetId%>&amp;spotIndex=0"
    609528              title="Go the first position"><base:icon image="first.png" /></a>
     529            <%
     530          }
     531          if (positionIndex <= 0)
     532          {
     533            %>
     534            <base:icon image="previous.png" enabled="false" />
     535            <%
     536          }
     537          else
     538          {
     539            %>
    610540            <a href="index.jsp?ID=<%=ID%>&amp;cmd=SetSpotIndex&amp;bioassayset_id=<%=bioAssaySetId%>&amp;spotIndex=<%=positionIndex-1%>"
    611541              title="Go the previous position"><base:icon image="previous.png" /></a>
    … …  
    649579        </tbl:label>
    650580        <tbl:button
     581          id="btnSpotColumns"
    651582          image="columns.png"
    652           onclick="configureColumns()"
    653583          title="Columns&hellip;"
    654584          tooltip="Show, hide and re-order columns"
    655585        />
    656586        <tbl:button
     587          id="btnAssayPlot"
    657588          image="plotter.png"
    658           onclick="assayPlot()"
    659589          title="Plot&hellip;"
    660590          tooltip="Plot selected data from this table"
    … …  
    675605          name="bioassayset_id"
    676606          value="<%=String.valueOf(bioAssaySetId)%>"
     607        />
     608        <tbl:hidden
     609          name="reporter_index"
     610          value="<%=String.valueOf(reporterIndex)%>"
     611        />
     612        <tbl:hidden
     613          name="position_index"
     614          value="<%=String.valueOf(positionIndex)%>"
    677615        />
    678616        <%
    … …  
    817755      }
    818756      %>
    819       <script>
    820       function init()
     757      <%
     758      JSONArray jsonAnnotationSummary = new JSONArray();
     759      for (Map.Entry<AnnotationType, AnnotationSummary> entry : selectedAnnotationTypes.entrySet())
    821760      {
    822         <%
    823         for (Map.Entry<AnnotationType, AnnotationSummary> entry : selectedAnnotationTypes.entrySet())
     761        AnnotationType at = entry.getKey();
     762        AnnotationSummary summary = entry.getValue();
     763        if (summary != null)
    824764        {
    825           AnnotationType at = entry.getKey();
    826           AnnotationSummary summary = entry.getValue();
    827           if (summary != null)
    828           {
    829             for (AnnotationGroup ag : summary.getAnnotationGroups())
     765          JSONObject jsonAnnotationType = new JSONObject();
     766          jsonAnnotationType.put("id", at.getId());
     767          jsonAnnotationSummary.add(jsonAnnotationType);
     768         
     769          JSONArray jsonGroups = new JSONArray();
     770          jsonAnnotationType.put("groups", jsonGroups);
     771         
     772          for (AnnotationGroup ag : summary.getAnnotationGroups())
     773          {
     774            JSONObject jsonGroup = new JSONObject();
     775            jsonGroups.add(jsonGroup);
     776            jsonGroup.put("id", ag.getId());
     777            jsonGroup.put("count", ag.getCount(1));
     778           
     779            JSONArray jsonCh = new JSONArray();
     780            jsonGroup.put("mean", jsonCh);
     781            for (int ch = 1; ch <= channels; ++ch)
    830782            {
    831               for (int ch = 1; ch <= channels; ++ch)
    832               {
    833                 %>
    834                 var div = document.getElementById('mean.<%=at.getId()%>.<%=ag.getId()%>.ch<%=ch%>');
    835                 div.innerHTML = '<%=Values.formatNumber(ag.getMean(ch), 2)%>';
    836                 <%
    837               }
    838               %>
    839               var div = document.getElementById('count.<%=at.getId()%>.<%=ag.getId()%>');
    840               div.innerHTML = '<%=ag.getCount(1)%>';
    841               <%
    842               if (hasRatio)
    843               {
    844                 float r = ag.getStatistics("logratio");
    845                 int count = ag.getCount(1);
    846                 float gMean = count > 0 ? (float)Math.exp(r / count) : Float.NaN;
    847                 float sd = count > 1 ?
    848                   (float)Math.sqrt((ag.getStatistics("logratio2") - r * (r / count))/(count-1))
    849                   : Float.NaN;
    850                 %>
    851                 var div = document.getElementById('gmean.<%=at.getId()%>.<%=ag.getId()%>');
    852                 div.innerHTML = '<%=Values.formatNumber(gMean, 2)%>';
    853                 var div = document.getElementById('sd.<%=at.getId()%>.<%=ag.getId()%>');
    854                 div.innerHTML = '<%=Values.formatNumber(sd, 2)%>';
    855                 <%
    856               }
     783              jsonCh.add(Values.formatNumber(ag.getMean(ch), 2));
    857784            }
     785            if (hasRatio)
     786            {
     787              float r = ag.getStatistics("logratio");
     788              int count = ag.getCount(1);
     789              float gMean = count > 0 ? (float)Math.exp(r / count) : Float.NaN;
     790              float sd = count > 1 ?
     791                (float)Math.sqrt((ag.getStatistics("logratio2") - r * (r / count))/(count-1))
     792                : Float.NaN;
     793              jsonGroup.put("gmean", Values.formatNumber(gMean, 2));
     794              jsonGroup.put("sd", Values.formatNumber(sd, 2));
     795            }
    858796          }
    859797        }
    860         %>
    861         var options = new Array();
    862         <%
    863         if (annotationTypes != null)
    864         {
    865           for (AnnotationType at : annotationTypes)
    866           {
    867             String isSelected = selectedAnnotationTypes.containsKey(at) ? "true" : "false";
    868             %>
    869             options[options.length] = {key:'<%=at.getId()%>', value:'<%=HTML.javaScriptEncode(at.getName())%>', selected:<%=isSelected%>};
    870             <%
    871           }
    872         }
    873         %>
    874798      }
    875       Main.onLoad(init);
    876       </script>
     799      %>
     800      <div id="annotation-summary" class="data-container"
     801        data-channels="<%=channels%>"
     802        data-summary="<%=HTML.encodeTags(jsonAnnotationSummary.toJSONString()) %>"
     803      ></div>
    877804      <%
    878805    }

  • trunk/www/views/experiments/extravalues/index.jsp

    r6192 r6315  
    7676
    7777final String viewPage = "view_extravalue.jsp?ID="+ID+"&experiment_id="+experimentId;
    78 sc.getCurrentContext(Item.EXPERIMENT).setId(experimentId);
     78if (experimentId > 0) sc.getCurrentContext(Item.EXPERIMENT).setId(experimentId);
    7979
    8080String forward = null;

  • trunk/www/views/experiments/extravalues/view_extravalue.jsp

    r6143 r6315  
    149149  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
    150150  %>
    151   <base:page title="<%=title%>">
    152   <base:head scripts="table.js,tabcontrol.js,newjoust.js" styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css,newjoust.css">
     151  <base:page title="<%=title%>" id="view-page">
     152  <base:head scripts="table.js,tabcontrol-2.js,~extravalues.js" styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css">
    153153    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
    154154    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
    155     <script>
    156     function editItem()
    157     {
    158       Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>, true);
    159     }
    160     function deleteItem()
    161     {
    162       if (confirm('Extra values are deleted immediately and cannot be restored. Do you want to continue?'))
    163       {
    164         location.replace('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=DeleteItem&experiment_id=<%=experimentId%>&item_id=<%=itemId%>');
    165       }
    166     }
    167     function copyJob(jobId)
    168     {
    169       var url = '../../../common/plugin/index.jsp?ID=<%=ID%>';
    170       url += '&cmd=CopyJob&job_id='+jobId;
    171       url += '&item_type=BIOASSAYSET&context_type=LIST'
    172       Main.openPopup(url, 'CopyJob', 750, 500);
    173     }
    174     </script>
    175155  </base:head>
    176156  <base:body>
    … …  
    183163      /><p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(extraValueType == null ? extraValue.getValueType().toString() : extraValueType.getName()) %>"
    184164      /></p:path>
     165    <div id="page-data"
     166      data-item-id="<%=itemId%>"
     167      data-job-id="<%=job != null ? job.getId() : ""%>"
     168    ></div>
    185169   
    186170    <t:tabcontrol
    … …  
    197181          <tbl:toolbar subclass="bottomborder">
    198182            <tbl:button
     183              id="btnDelete"
    199184              disabled="<%=!deletePermission%>"
    200185              image="delete.png"
    201               onclick="deleteItem()"
    202186              title="Delete"
    203187              tooltip="<%=deletePermission ? "Delete this extra value" : "You do not have permission to delete this extra value"%>"
    204188            />
    205189            <tbl:button
     190              id="btnCopy"
    206191              disabled="<%=!writePermission%>"
    207192              image="copy.png"
    208               onclick="<%=job == null ? "" : "copyJob('" + job.getId() + "')"%>"
    209193              title="Copy&hellip;"
    210194              visible="<%=job != null && plugin != null && plugin.isInteractive() %>"
    … …  
    212196            />
    213197            <tbl:button
     198              id="btnImport"
    214199              image="import.png"
    215               onclick="<%="runPlugin(" + itemId + ", 'ImportItem')"%>"
     200              data-plugin-type="IMPORT"
    216201              title="Import&hellip;"
    217202              tooltip="Import data"
    … …  
    219204            />
    220205            <tbl:button
    221               image="export.png"
    222               onclick="<%="runPlugin(" + itemId + ", 'ExportItem')"%>"
     206              id="btnExport"
     207              image="export.png"
     208              data-plugin-type="EXPORT"
    223209              title="Export&hellip;"
    224210              tooltip="Export data"
    … …  
    226212            />
    227213            <tbl:button
    228               image="runplugin.png"
    229               onclick="<%="runPlugin(" + itemId + ", 'RunPlugin')"%>"
     214              id="btnRunPlugin"
     215              image="runplugin.png" 
     216              data-plugin-type="OTHER"
    230217              title="Run plugin&hellip;"
    231218              tooltip="Run a plugin"
    … …  
    236223            <tbl:button
    237224              image="help.png"
    238               onclick="<%="Main.openHelp('" + ID +"', 'extravalue.view.properties')"%>"
     225              subclass="auto-init"
     226              data-auto-init="help"
     227              data-help-id="extravalue.view.properties"
    239228              title="Help&hellip;"
    240229              tooltip="Get help about this page"

  • trunk/www/views/experiments/index.jsp

    r6192 r6315  
    194194      }
    195195 
    196       String[] removeRawBioAssays = Values.getString(request.getParameter("removedRawBioAssays")).split(",");
     196      String[] removeRawBioAssays = Values.getString(request.getParameter("-RAWBIOASSAY")).split(",");
    197197      for (int i = 0; i < removeRawBioAssays.length; ++i)
    198198      {
    … …  
    201201      }
    202202     
    203       String[] addRawBioAssays = Values.getString(request.getParameter("addedRawBioAssays")).split(",");
     203      String[] addRawBioAssays = Values.getString(request.getParameter("+RAWBIOASSAY")).split(",");
    204204      for (int i = 0; i < addRawBioAssays.length; ++i)
    205205      {
    … …  
    208208      }
    209209     
    210       String[] removeAnnotationTypes = Values.getString(request.getParameter("removedAnnotationTypes")).split(",");
     210      String[] removeAnnotationTypes = Values.getString(request.getParameter("-ANNOTATIONTYPE")).split(",");
    211211      for (int i = 0; i < removeAnnotationTypes.length; ++i)
    212212      {
    … …  
    215215      }
    216216     
    217       String[] addAnnotationTypes = Values.getString(request.getParameter("addedAnnotationTypes")).split(",");
     217      String[] addAnnotationTypes = Values.getString(request.getParameter("+ANNOTATIONTYPE")).split(",");
    218218      for (int i = 0; i < addAnnotationTypes.length; ++i)
    219219      {

  • trunk/www/views/experiments/list_experiments.jsp

    r6221 r6315  
    104104  ExtensionsInvoker columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
    105105  %>
    106   <base:page title="<%=title==null ? "Experiments" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>">
    107   <base:head scripts="table.js" styles="table.css,toolbar.css">
     106  <base:page title="<%=title==null ? "Experiments" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
     107  <base:head scripts="table.js,~experiments.js" styles="table.css,toolbar.css">
    108108    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
    109109    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
    110     <script>
    111     var submitPage = 'index.jsp';
    112     var formId = 'experiments';
    113     function newItem()
    114     {
    115       Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', 0, true);
    116     }
    117     function editItem(itemId)
    118     {
    119       Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, true);
    120     }
    121     function viewItem(itemId)
    122     {
    123       Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, false);
    124     }
    125     function itemOnClick(evt, itemId)
    126     {
    127       Table.itemOnClick(formId, evt, itemId, '<%=mode.getName()%>', viewItem, editItem, returnSelected);
    128     }
    129     function deleteItems()
    130     {
    131       var frm = document.forms[formId];
    132       if (Forms.numChecked(frm) == 0)
    133       {
    134         Forms.showNotification('check.uncheck', 'Please select at least one item in the list', null, 'pointer-left');
    135         return;
    136       }
    137       frm.action = submitPage;
    138       frm.cmd.value = 'DeleteItems';
    139       frm.submit();
    140     }
    141     function restoreItems()
    142     {
    143       var frm = document.forms[formId];
    144       if (Forms.numChecked(frm) == 0)
    145       {
    146         Forms.showNotification('check.uncheck', 'Please select at least one item in the list', null, 'pointer-left');
    147         return;
    148       }
    149       frm.action = submitPage;
    150       frm.cmd.value = 'RestoreItems';
    151       frm.submit();
    152     }
    153     function setOwner()
    154     {
    155       Table.setOwnerOfItems(formId);
    156     }
    157     function shareItems()
    158     {
    159       Table.shareItems(formId);
    160     }
    161     function configureColumns()
    162     {
    163       Table.configureColumns(formId);
    164     }
    165     function runPlugin(cmd)
    166     {
    167       Table.submitToPopup(formId, cmd, 750, 500);
    168     }
    169     function returnSelected()
    170     {
    171       Table.returnSelected(formId, <%=callback != null ? "window.opener."+callback : "null" %>);
    172       window.close();
    173     }
    174     </script>
    175110  </base:head>
    176111 
    … …  
    399334          >
    400335          <tbl:button
     336            id="btnNewItem"
    401337            disabled="<%=!createPermission%>"
    402338            image="new.png"
    403             onclick="newItem()"
    404339            title="New&hellip;"
    405340            tooltip="<%=createPermission ? "Create new experiment" : "You do not have permission to create experiments"%>"
    406341          />
    407342          <tbl:button
     343            id="btnDeleteItems"
    408344            image="delete.png"
    409             onclick="deleteItems()"
    410345            title="Delete"
    411346            tooltip="Delete the selected items"
    412347          />
    413348          <tbl:button
     349            id="btnRestoreItems"
    414350            image="restore.png"
    415             onclick="restoreItems()"
    416351            title="Restore"
    417352            tooltip="Restore the selected (deleted) items"
    418353          />
    419354          <tbl:button
     355            id="btnShareItems"
    420356            image="share.png"
    421             onclick="shareItems()"
    422357            title="Share&hellip;"
    423358            tooltip="Share the selected items"
    424359          />
    425360          <tbl:button
     361            id="btnSetOwner"
    426362            image="take_ownership.png"
    427             onclick="setOwner()"
    428363            title="Set owner&hellip;"
    429364            tooltip="Change owner of the selected items"
    430365          />
    431366          <tbl:button
     367            id="btnColumns"
    432368            image="columns.png"
    433             onclick="configureColumns()"
    434369            title="Columns&hellip;"
    435370            tooltip="Show, hide and re-order columns"
    436371          />
    437372          <tbl:button
     373            id="btnImport"
     374            data-plugin-type="IMPORT"
    438375            image="import.png"
    439             onclick="runPlugin('ImportItems')"
    440376            title="Import&hellip;"
    441377            tooltip="Import data"
    … …  
    443379          />
    444380          <tbl:button
     381            id="btnExport"
     382            data-plugin-type="EXPORT"
    445383            image="export.png"
    446             onclick="runPlugin('ExportItems')"
    447384            title="Export&hellip;"
    448385            tooltip="Export data"
    … …  
    450387          />
    451388          <tbl:button
     389            id="btnRunPlugin"
     390            data-plugin-type="OTHER"
    452391            image="runplugin.png"
    453             onclick="runPlugin('RunListPlugin')"
    454392            title="Run plugin&hellip;"
    455393            tooltip="Run a plugin"
    … …  
    569507                    visible="<%=item.isShared()%>"
    570508                  />&nbsp;</tbl:header>
    571                 <tbl:cell column="name"><div class="link"
    572                   onclick="itemOnClick(<%=writePermission ? "event" : null%>, <%=itemId%>)"
     509                <tbl:cell column="name"><div
     510                  class="link table-item"
     511                  data-item-id="<%=itemId%>"
     512                  data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>"
     513                  tabindex="0"
    573514                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
    574515                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
    … …  
    651592   
    652593    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
    653       <base:button onclick="returnSelected();" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
    654       <base:button onclick="window.close();" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
    655       <base:button onclick="window.close();" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
     594      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
     595      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
     596      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
    656597    </base:buttongroup>
    657598   

  • trunk/www/views/experiments/plotter/download.jsp

    r6136 r6315  
    3434final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
    3535final String ID = sc.getId();
     36final String plotUrl = request.getParameter("plot");
    3637%>
    3738<base:page type="popup" title="Generating plot">
    38 <base:head>
    39   <script>
    40   function download()
    41   {
    42     var url = window.opener.generatePlotUrl(true);
    43     url += '&download=1';
    44     location.href = url;
    45   }
    46   </script>
    47 </base:head>
    48 <base:body onload="download()">
     39<base:head scripts="~download.js" />
     40<base:body>
    4941  <h1>Generating plot...</h1>
    50 
     42  <div id="page-data" class="datacontainer"
     43    data-plot-url="<%=HTML.encodeTags(plotUrl) %>"
     44  ></div>
    5145  <div class="content">
    5246    <table class="fullcc"><tr><td>
    … …  
    5650
    5751  <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
    58     <base:button onclick="window.close();" title="Close" />
     52    <base:button id="close" title="Close" />
    5953  </base:buttongroup>
    6054</base:body>

  • trunk/www/views/experiments/plotter/index.jsp

    r6176 r6315  
    136136  %>
    137137  <base:page type="popup" title="<%=title%>">
    138   <base:head styles="tabcontrol.css" scripts="tabcontrol.js">
    139   <script>
    140 
    141   function validate()
    142   {
    143     var plotType = getPlotType();
    144     if (plotType == 'scatter')
    145     {
    146       return validateScatterPlot();
    147     }
    148     else if (plotType == 'histogram')
    149     {
    150       return validateHistogramPlot();
    151     }
    152     return false;
    153   }
    154   function validateScatterPlot()
    155   {
    156     var frm = document.forms['plot'];
    157     if (Main.trimString(frm.yFormulaScatter.value) == '')
    158     {
    159       Forms.showNotification(frm.yFormulaScatter, 'You must enter an expression for the Y axis');
    160       return false;
    161     }
    162     else if (Main.trimString(frm.xFormulaScatter.value) == '')
    163     {
    164       Forms.showNotification(frm.xFormulaScatter, 'You must enter an expression for the X axis');
    165       return false;
    166     }
    167     return true;
    168   }
    169   function validateHistogramPlot()
    170   {
    171     var frm = document.forms['plot'];
    172     var yAggregate = Forms.getCheckedRadio(frm.yAggregate).value;
    173     if (Main.trimString(frm.xFormulaHistogram.value) == '')
    174     {
    175       Forms.showNotification(frm.xFormulaHistogram, 'You must enter an expression for the X axis');
    176       return false;
    177     }
    178     else if (yAggregate != 'count' && Main.trimString(frm.yFormulaHistogram.value) == '')
    179     {
    180       Forms.showNotification(frm.yFormulaHistogram, 'You must enter an expression for the Y axis');
    181       return false;
    182     }
    183     return true;
    184   }
    185 
    186   function getPlotType()
    187   {
    188     var frm = document.forms['plot'];
    189     return Forms.getCheckedRadio(frm.plotType).value;
    190   }
    191 
    192   function plotTypeOnChange()
    193   {
    194     var isScatter = getPlotType() == 'scatter';
    195     Main.showHide('scatterSection', isScatter);
    196     Main.showHide('histogramSection', !isScatter);
    197   }
    198 
    199   function presetOnChange(list, formula, label)
    200   {
    201     var index = list.selectedIndex;
    202     formula.value = list[index].value;
    203     if (label && list[index].value != '') label.value = list[index].text;
    204     list.selectedIndex = 0;
    205   }
    206  
    207   function aggregateOnChange()
    208   {
    209     var frm = document.forms['plot'];
    210     var selected = Forms.getCheckedRadio(frm.yAggregate);
    211     var isCount = selected.value == 'count';
    212     frm.yFormulaHistogram.disabled = isCount;
    213     frm.yPresetsHistogram.disabled = isCount;
    214     frm.yLogHistogram.disabled = isCount;
    215     for (var i = 0; i < frm.hiloAggregate.length; i++)
    216     {
    217       frm.hiloAggregate[i].disabled = isCount;
    218     }
    219     if (isCount)
    220     {
    221       Main.removeClass(frm.yFormulaHistogram, 'required');
    222       frm.yLabelHistogram.value = 'Count';
    223     }
    224     else
    225     {
    226       Main.addClass(frm.yFormulaHistogram, 'required');
    227       var yPreset = frm.yPresetsHistogram[frm.yPresetsHistogram.selectedIndex];
    228       if (yPreset.value != '') frm.yLabelHistogram.value = yPresetHistogram.text;
    229     }
    230   }
    231  
    232   function annotationOnChange(list)
    233   {
    234     var frm = document.forms['plot'];
    235     var selected = list[list.selectedIndex];
    236     var value = selected.value && selected.value != '$' ? selected.text : '';
    237     value = value.replace('\[A\] ', '');
    238     frm.subTitle.value = value;
    239    
    240     if (selected.value.substring(0, 1) == '$')
    241     {
    242       frm.annotationExp.disabled = true;
    243     }
    244     else
    245     {
    246       if (selected.value)
    247       {
    248         frm.annotationExp.value = selected.value;
    249       }
    250       frm.annotationExp.disabled = false;
    251       frm.annotationExp.focus();
    252     }
    253   }
    254  
    255   function annotationExpressionOnChange()
    256   {
    257     var frm = document.forms['plot'];
    258     frm.annotationPresets.selectedIndex = annotationFrm.annotationPresets.length-1;
    259   }
    260  
    261   function generatePlotUrl(fullSize)
    262   {
    263     if (validate())
    264     {
    265       var frm = document.forms['plot'];
    266       var url = 'plot?ID=<%=ID%>&bioassayset_id=<%=bioAssaySetId%>&bioassay_id=<%=bioAssayId%>';
    267       url += '&title='+Main.encodeURI(frm.title.value);
    268       url += '&subTitle='+Main.encodeURI(frm.subTitle.value);
    269       if (fullSize)
    270       {
    271         url += '&width='+frm.width.value;
    272         url += '&height='+frm.height.value;
    273       }
    274      
    275       if (frm.filter.value != '')
    276       {
    277         url += '&filter='+Main.encodeURI(frm.filter.value);
    278       }
    279      
    280       var annotation = '';
    281       if (!frm.annotationExp.disabled)
    282       {
    283         if (frm.annotationExp.value)
    284         {
    285           annotation = '=' + frm.annotationExp.value;
    286         }
    287       }
    288       else
    289       {
    290         annotation = frm.annotationPresets[frm.annotationPresets.selectedIndex].value.substring(1);
    291       }
    292       if (annotation)
    293       {
    294         url += '&annotation='+Main.encodeURI(annotation);
    295       }
    296 
    297       var plotType = getPlotType();
    298       if (plotType == 'scatter')
    299       {
    300         url += '&type=scatter';
    301         url += '&x='+Main.encodeURI(frm.xFormulaScatter.value);
    302         url += '&xLabel='+Main.encodeURI(frm.xLabelScatter.value);
    303         url += '&xLog='+(frm.xLogScatter.checked ? 1 : 0);
    304         url += '&y='+Main.encodeURI(frm.yFormulaScatter.value);
    305         url += '&yLabel='+Main.encodeURI(frm.yLabelScatter.value);
    306         url += '&yLog='+(frm.yLogScatter.checked ? 1 : 0);
    307       }
    308       else
    309       {
    310         var yAggregate = Forms.getCheckedRadio(frm.yAggregate).value;
    311         url += '&type=histogram';
    312         url += '&x='+Main.encodeURI(frm.xFormulaHistogram.value);
    313         url += '&xLabel='+Main.encodeURI(frm.xLabelHistogram.value);
    314         url += '&xLog='+(frm.xLogHistogram.checked ? 1 : 0);
    315         url += '&binSize='+Main.encodeURI(frm.binSize.value);
    316         url += '&yAggregate='+yAggregate;
    317         url += '&yLabel='+Main.encodeURI(frm.yLabelHistogram.value);
    318         if (yAggregate != 'count')
    319         {
    320           url += '&y='+Main.encodeURI(frm.yFormulaHistogram.value);
    321           url += '&yLog='+(frm.yLogHistogram.checked ? 1 : 0);
    322           url += '&hiloAggregate='+Forms.getCheckedRadio(frm.hiloAggregate).value
    323         }
    324       }
    325       return url;
    326     }
    327   }
    328  
    329   function openExpressionBuilder(title, frmName, inputName, formulaType)
    330   {
    331     if (!document.forms[frmName][inputName].disabled)
    332     {
    333       var restrictions = formulaType == '<%=Formula.Type.COLUMN_RESTRICTION.name()%>';
    334       Main.expressionBuilder('<%=ID%>', title, frmName, inputName, formulaType, '<%=rdt.getId()%>', <%=rdt.getChannels()%>, restrictions, <%=bas.getId()%>);
    335     }
    336   }
    337  
    338   function previewPlot()
    339   {
    340     var url = generatePlotUrl(false);
    341     if (url)
    342     {
    343       url += '&width=540&height=360';
    344 
    345       var overlayImg = document.getElementById('overlay');
    346       overlayImg.src = getRoot()+'images/plot_generating.gif';
    347      
    348       var previewImg = document.getElementById('preview');
    349       previewImg.realImg = new Image();
    350       previewImg.realImg.onload = changePreviewImage;
    351       previewImg.realImg.src = url;
    352     }
    353   }
    354  
    355   function changePreviewImage()
    356   {
    357     var previewImg = document.getElementById('preview');
    358     previewImg.src = previewImg.realImg.src;
    359     previewImg.realImg = null;
    360     var overlayImg = document.getElementById('overlay');
    361     overlayImg.src = getRoot() + 'images/blankbutton.gif';
    362   }
    363  
    364   function viewPlot()
    365   {
    366     var url = generatePlotUrl(true);
    367     if (url)
    368     {
    369       var frm = document.forms['plot'];
    370       var width = parseInt(frm.width.value);
    371       var height = parseInt(frm.height.value);
    372       if (!width || width < 600) width = 600;
    373       if (!height || height < 400) height = 400;
    374       Main.openPopup('view.jsp?ID=<%=ID%>&title='+Main.encodeURI(frm.title.value), 'ViewPlot', width+150, height+100);
    375     }
    376   }
    377  
    378   function downloadPlot()
    379   {
    380     var url = generatePlotUrl(true);
    381     if (url)
    382     {
    383       Main.openPopup('download.jsp?ID=<%=ID%>', 'DownloadPlot', 300, 200);
    384     }
    385   }
    386  
    387   function savePlotAs()
    388   {
    389     var url = generatePlotUrl(true);
    390     if (url)
    391     {
    392       Main.openPopup('save_as.jsp?ID=<%=ID%>', 'SavePlotAs', 450, 300);
    393     }
    394   }
    395  
    396   function init()
    397   {
    398   }
    399   </script>
    400   </base:head>
    401   <base:body onload="init()">
     138  <base:head scripts="~plotter.js" />
     139  <base:body>
    402140  <h1><%=title%> <base:help helpid="plotter" /></h1>
     141 
     142  <div id="page-data" class="datacontainer"
     143    data-bioassayset="<%=bioAssaySetId %>"
     144    data-bioassay="<%=bioAssayId %>"
     145  ></div>
     146 
    403147  <form name="plot">
    404148  <div class="content bottomborder">
    … …  
    418162        <tr>
    419163          <th>Width</th>
    420           <td colspan="2"><input type="text" class="text" style="width: 10em;" maxlength="10" name="width"
    421             value="900" onkeypress="return Numbers.integerOnly(event)"> (not used by preview)</td>
     164          <td colspan="2"><input type="text" class="text" name="width" id="width"
     165            style="width: 10em;" maxlength="10" value="900"> (not used by preview)</td>
    422166        </tr>
    423167        <tr>
    424168          <th>Height</th>
    425           <td colspan="2"><input type="text" class="text" style="width: 10em;" maxlength="10" name="height"
    426             value="600" onkeypress="return Numbers.integerOnly(event)"></td>
     169          <td colspan="2"><input type="text" class="text" name="height" id="height"
     170            style="width: 10em;" maxlength="10" value="600"></td>
    427171        </tr>
    428172        <tr>
    … …  
    435179          <th>Plot type</th>
    436180          <td colspan="2">
    437             <input type="radio" name="plotType" value="scatter" onchange="plotTypeOnChange()"
     181            <input type="radio" name="plotType" value="scatter"
    438182              id="plotTypeScatter" checked><label for="plotTypeScatter">Scatter</label>
    439             <input type="radio" name="plotType" value="histogram" onchange="plotTypeOnChange()"
     183            <input type="radio" name="plotType" value="histogram"
    440184              id="plotTypeHistogram"><label for="plotTypeHistogram">Histogram</label>
    441185          </td>
    … …  
    446190          <th>Y-axis</th>
    447191          <td>
    448           <select name="yPresetsScatter" style="width: 25em;"
    449             onchange="presetOnChange(this, this.form.yFormulaScatter, this.form.yLabelScatter)"
     192          <select name="yPresetsScatter" id="yPresetsScatter"
     193            class="auto-init"
     194            data-auto-init="formula-presets"
     195            data-formula-id="yFormulaScatter"
     196            data-label-id="yLabelScatter"
     197            style="width: 25em;"
    450198            >
    451199            <option value="">- select from list or enter formula below -
    … …  
    457205        <tr>
    458206          <th class="subprompt">Expression</th>
    459           <td><input type="text" class="text required" maxlength="255" name="yFormulaScatter"></td>
     207          <td><input type="text" class="text required" maxlength="255" name="yFormulaScatter" id="yFormulaScatter"></td>
    460208          <td>
    461209            <base:icon
     210              id="btnExpressionBuilderYScatter"
     211              subclass="auto-init"
     212              data-auto-init="expression-builder"
     213              data-formula-id="yFormulaScatter"
     214              data-title="Y-axis expression"
     215              data-formula-type="COLUMN_EXPRESSION"
     216              data-raw-data-type="<%=rdt.getId() %>"
     217              data-channels="<%=rdt.getChannels() %>"
     218              data-bioassayset="<%=bioAssaySetId %>"
    462219              image="expression_builder.png"
    463220              tooltip="Use the Expression builder"
    464               onclick="openExpressionBuilder('Y-axis expression', 'plot', 'yFormulaScatter', 'COLUMN_EXPRESSION')"
    465221            />
    466222          </td>
    … …  
    468224        <tr>
    469225          <th class="subprompt">Y label</th>
    470           <td><input type="text" class="text" maxlength="255" name="yLabelScatter" value=""></td>
     226          <td><input type="text" class="text" maxlength="255" name="yLabelScatter" id="yLabelScatter" value=""></td>
    471227          <td></td>
    472228        </tr>
    … …  
    479235          <th>X-axis</th>
    480236          <td>
    481           <select name="xPresetsScatter" style="width: 25em;"
    482             onchange="presetOnChange(this, this.form.xFormulaScatter, this.form.xLabelScatter)"
     237          <select name="xPresetsScatter" id="xPresetsScatter"
     238            class="auto-init"
     239            data-auto-init="formula-presets"
     240            data-formula-id="xFormulaScatter"
     241            data-label-id="xLabelScatter"
     242            style="width: 25em;"
    483243            >
    484244            <option value="">- select from list or enter formula below -
    … …  
    490250        <tr>
    491251          <th class="subprompt">Expression</th>
    492           <td><input type="text" class="text required" maxlength="255" name="xFormulaScatter"></td>
     252          <td><input type="text" class="text required" maxlength="255" name="xFormulaScatter" id="xFormulaScatter"></td>
    493253          <td>
    494254            <base:icon
     255              id="btnExpressionBuilderXScatter"
     256              subclass="auto-init"
     257              data-auto-init="expression-builder"
     258              data-formula-id="xFormulaScatter"
     259              data-title="X-axis expression"
     260              data-formula-type="COLUMN_EXPRESSION"
     261              data-raw-data-type="<%=rdt.getId() %>"
     262              data-channels="<%=rdt.getChannels() %>"
     263              data-bioassayset="<%=bioAssaySetId %>"
    495264              image="expression_builder.png"
    496265              tooltip="Use the Expression builder"
    497               onclick="openExpressionBuilder('X-axis expression', 'plot', 'xFormulaScatter', 'COLUMN_EXPRESSION')"
    498266            />
    499267          </td>
    … …  
    501269        <tr>
    502270          <th class="subprompt">X label</th>
    503           <td><input type="text" class="text" maxlength="255" name="xLabelScatter" value=""></td>
     271          <td><input type="text" class="text" maxlength="255" name="xLabelScatter" id="xLabelScatter" value=""></td>
    504272          <td></td>
    505273        </tr>
    … …  
    516284          <td>
    517285            <input type="radio" name="yAggregate" id="yAggregateCount" value="count" checked
    518               onchange="aggregateOnChange()"><label for="yAggregateCount">Count</label>
     286              ><label for="yAggregateCount">Count</label>
    519287            <input type="radio" name="yAggregate" id="yAggregateMean" value="mean"
    520               onchange="aggregateOnChange()"><label for="yAggregateMean">Mean</label>
     288              ><label for="yAggregateMean">Mean</label>
    521289          </td>
    522290          <td></td>
    … …  
    537305          <th class="subprompt">Presets</th>
    538306          <td>
    539           <select name="yPresetsHistogram" style="width: 25em;"
    540             onchange="presetOnChange(this, this.form.yFormulaHistogram, this.form.yLabelHistogram)"
     307          <select name="yPresetsHistogram" id="yPresetsHistogram"
     308            class="auto-init"
     309            data-auto-init="formula-presets"
     310            data-formula-id="yFormulaHistogram"
     311            data-label-id="yLabelHistogram"
     312            style="width: 25em;"
    541313            disabled
    542314            >
    … …  
    549321        <tr>
    550322          <th class="subprompt">Expression</th>
    551           <td><input type="text" class="text" maxlength="255" name="yFormulaHistogram" disabled></td>
     323          <td><input type="text" class="text" maxlength="255" name="yFormulaHistogram" id="yFormulaHistogram" disabled></td>
    552324          <td>
    553325            <base:icon
     326              id="btnExpressionBuilderYHistogram"
     327              subclass="auto-init"
     328              data-auto-init="expression-builder"
     329              data-formula-id="yFormulaHistogram"
     330              data-title="Y-axis expression"
     331              data-formula-type="COLUMN_EXPRESSION"
     332              data-raw-data-type="<%=rdt.getId() %>"
     333              data-channels="<%=rdt.getChannels() %>"
     334              data-bioassayset="<%=bioAssaySetId %>"
    554335              image="expression_builder.png"
    555336              tooltip="Use the Expression builder"
    556               onclick="openExpressionBuilder('Y-axis expression', 'plot', 'yFormulaHistogram', 'COLUMN_EXPRESSION')"
    557337            />
    558338          </td>
    … …  
    560340        <tr>
    561341          <th class="subprompt">Y label</th>
    562           <td><input type="text" class="text" maxlength="255" name="yLabelHistogram" value="Count"></td>
     342          <td><input type="text" class="text" maxlength="255" name="yLabelHistogram" id="yLabelHistogram" value="Count"></td>
    563343          <td></td>
    564344        </tr>
    … …  
    571351          <th>X-axis</th>
    572352          <td>
    573           <select name="xPresetsHistogram"  style="width: 25em;"
    574             onchange="presetOnChange(this, this.form.xFormulaHistogram, this.form.xLabelHistogram)"
     353          <select name="xPresetsHistogram" id="xPresetsHistogram"
     354            class="auto-init"
     355            data-auto-init="formula-presets"
     356            data-formula-id="xFormulaHistogram"
     357            data-label-id="xLabelHistogram"
     358            style="width: 25em;"
    575359            >
    576360            <option value="">- select from list or enter formula below -
    … …  
    582366        <tr>
    583367          <th class="subprompt">Expression</th>
    584           <td><input type="text" class="text required" maxlength="255" name="xFormulaHistogram"></td>
     368          <td><input type="text" class="text required" maxlength="255" name="xFormulaHistogram" id="xFormulaHistogram"></td>
    585369          <td>
    586370            <base:icon
     371              id="btnExpressionBuilderXHistogram"
     372              subclass="auto-init"
     373              data-auto-init="expression-builder"
     374              data-formula-id="xFormulaHistogram"
     375              data-title="X-axis expression"
     376              data-formula-type="COLUMN_EXPRESSION"
     377              data-raw-data-type="<%=rdt.getId() %>"
     378              data-channels="<%=rdt.getChannels() %>"
     379              data-bioassayset="<%=bioAssaySetId %>"
    587380              image="expression_builder.png"
    588381              tooltip="Use the Expression builder"
    589               onclick="openExpressionBuilder('X-axis expression', 'plot', 'xFormulaHistogram', 'COLUMN_EXPRESSION')"
    590382            />
    591383          </td>
    … …  
    593385        <tr>
    594386          <th class="subprompt">X label</th>
    595           <td><input type="text" class="text" maxlength="255" name="xLabelHistogram" value=""></td>
     387          <td><input type="text" class="text" maxlength="255" name="xLabelHistogram" id="xLabelHistogram" value=""></td>
    596388          <td></td>
    597389        </tr>
    … …  
    622414          <th>Filter</th>
    623415          <td colspan="2">
    624             <select name="filterPresets" style="width: 25em;"
    625               onchange="presetOnChange(this, this.form.filter, null)"
     416            <select name="filterPresets" id="filterPresets"
     417              class="auto-init"
     418              data-auto-init="formula-presets"
     419              data-formula-id="filter"
     420              style="width: 25em;"
    626421              >
    627422              <option value="">- select from list or enter formula below -
    … …  
    632427        <tr>
    633428          <th class="subprompt"></th>
    634           <td><input type="text" class="text" maxlength="255" name="filter" placeholder="leave empty to plot all values"></td>
     429          <td><input type="text" class="text" maxlength="255" name="filter" id="filter" placeholder="leave empty to plot all values"></td>
    635430          <td>
    636431            <base:icon
     432              id="btnExpressionBuilderFilter"
     433              subclass="auto-init"
     434              data-auto-init="expression-builder"
     435              data-formula-id="filter"
     436              data-title="Filter expression"
     437              data-formula-type="COLUMN_RESTRICTION"
     438              data-raw-data-type="<%=rdt.getId() %>"
     439              data-channels="<%=rdt.getChannels() %>"
     440              data-bioassayset="<%=bioAssaySetId %>"
    637441              image="expression_builder.png"
    638442              tooltip="Use the Expression builder"
    639               onclick="openExpressionBuilder('Filter expression', 'plot', 'filter', 'COLUMN_RESTRICTION')"
    640443            />
    641444          </td>
    … …  
    644447          <th>Annotation</th>
    645448          <td colspan="2">
    646             <select name="annotationPresets" onchange="annotationOnChange(this)" style="width: 25em;">
     449            <select name="annotationPresets" id="annotationPresets" style="width: 25em;">
    647450              <option value="$">- none -
    648451              <%
    … …  
    677480        <tr>
    678481          <th class="subprompt"></th>
    679           <td><input type="text" class="text" maxlength="255" name="annotationExp"
    680             onchange="annotationExpressionOnChange()" disabled></td>
     482          <td><input type="text" class="text" maxlength="255" name="annotationExp" id="annotationExp" disabled></td>
    681483          <td>
    682484            <base:icon
     485              id="btnExpressionBuilderAnnotation"
     486              subclass="auto-init"
     487              data-auto-init="expression-builder"
     488              data-formula-id="annotationExp"
     489              data-title="Annotation filter"
     490              data-formula-type="COLUMN_RESTRICTION"
     491              data-raw-data-type="<%=rdt.getId() %>"
     492              data-channels="<%=rdt.getChannels() %>"
     493              data-bioassayset="<%=bioAssaySetId %>"
    683494              image="expression_builder.png"
    684495              tooltip="Use the Expression builder"
    685               onclick="openExpressionBuilder('Annotation filter', 'plot', 'annotationExp', 'COLUMN_RESTRICTION')"
    686496            />
    687497          </td>
    … …  
    706516 
    707517  <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
    708     <base:button title="Preview" onclick="previewPlot()"
    709       image="plotter_preview.png" tooltip="Generate a preview of the plot"
     518    <base:button
     519      id="btnPreviewPlot"
     520      title="Preview" 
     521      image="plotter_preview.png"
     522      tooltip="Generate a preview of the plot"
    710523    />
    711     <base:button title="View&hellip;" onclick="viewPlot()"
    712       image="plotter.png" tooltip="View a fullsized version of the plot (in a popup)"
     524    <base:button
     525      id="btnViewPlot"
     526      title="View&hellip;"
     527      image="plotter.png"
     528      tooltip="View a fullsized version of the plot (in a popup)"
    713529    />
    714     <base:button title="Download&hellip;" onclick="downloadPlot()"
     530    <base:button
     531      id="btnDownloadPlot"
     532      title="Download&hellip;"
    715533      image="download.png"
    716534      tooltip="Downlad a fullsized version of the plot to your computer"
    717535    />
    718     <base:button title="Save as&hellip;" onclick="savePlotAs()"
     536    <base:button
     537      id="btnSavePlot"
     538      title="Save as&hellip;"
    719539      image="saveas.png"
    720540      disabled="<%=!hasCreateFilePermission%>"
    … …  
    723543        "You don't have permission to create files" %>"
    724544    />
    725     <base:button onclick="window.close()" title="Close" />
     545    <base:button id="close" title="Close" />
    726546  </base:buttongroup>
    727547 

  • trunk/www/views/experiments/plotter/save_as.jsp

    r6176 r6315  
    3434final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
    3535final String ID = sc.getId();
     36final String plotUrl = request.getParameter("plot");
    3637%>
    3738<base:page type="popup" title="Save as">
    38 <base:head>
    39   <script>
    40   // Initialise - set focus to filename field
    41   function init()
    42   {
    43     var frm = document.forms['saveas'];
    44     frm.path.value = window.opener.lastPath ? window.opener.lastPath : '';
    45     frm.path.focus();
    46   }
    47 
    48   // Validate the form
    49   function validateForm()
    50   {
    51     var frm = document.forms['saveas'];
    52     if (Main.trimString(frm.path.value) == '')
    53     {
    54       Forms.showNotification(frm.path, 'Please enter a filename');
    55       return false;
    56     }
    57     return true;
    58   }
     39<base:head scripts="~save_as.js" />
     40<base:body>
     41  <h1>Save plot</h1>
    5942 
    60   function browseOnClick()
    61   {
    62     Main.openPopup(getRoot()+'filemanager/save_as.jsp?ID=<%=ID%>&callback=setFileCallback', 'SaveAs', 1050, 700);
    63   }
    64   function setFileCallback(path)
    65   {
    66     var frm = document.forms['saveas'];
    67     frm.path.value = path;
    68   }
    69 
    70   // Submit the form
    71   function saveAs()
    72   {
    73     var frm = document.forms['saveas'];
    74     if (validateForm())
    75     {
    76       var url = window.opener.generatePlotUrl(true);
    77       if (url)
    78       {
    79         window.opener.lastPath = frm.path.value;
    80         url += '&saveAs=' + frm.path.value;
    81         url += '&overwrite=' + (frm.overwrite.checked ? 1 : 0);
    82         Main.hide('save');
    83         Main.hide('buttons');
    84         Main.show('generating');
    85         location.href = url;
    86       }
    87     }
    88   }
    89   </script>
    90 </base:head>
    91 <base:body onload="init()">
    92   <h1>Save plot</h1>
     43  <div id="page-data" class="datacontainer"
     44    data-plot-url="<%=HTML.encodeTags(plotUrl) %>"
     45  ></div>
    9346 
    9447  <form name="saveas">
    … …  
    10053        <table style="width: 100%;">
    10154        <tr>
    102           <td><input type="text" class="text required" name="path" value=""></td>
     55          <td><input type="text" class="text required" name="path" id="path" value=""></td>
    10356          <td style="width: 10em;"><base:button
    10457            id="btnBrowse"
    10558            title="Browse&hellip;"
    106             onclick="browseOnClick()"
    10759            /></td>
    10860        </tr>
    … …  
    12476
    12577  <base:buttongroup subclass="dialogbuttons" id="buttons">
    126     <base:button onclick="saveAs();" title="Ok" />
    127     <base:button onclick="window.close();" title="Cancel" />
     78    <base:button id="btnSave" title="Ok" />
     79    <base:button id="close" title="Cancel" />
    12880  </base:buttongroup>
    12981 

  • trunk/www/views/experiments/plotter/view.jsp

    r6143 r6315  
    3535final String ID = sc.getId();
    3636final String title = Values.getString(request.getParameter("title"), "View plot");
     37final String plotUrl = request.getParameter("plot");
    3738%>
    38 <base:page type="popup" title="<%=title%>">
    39 <base:head>
    40   <script>
    41   // Initialise - set focus to filename field
    42   function view()
    43   {
    44     var url = window.opener.generatePlotUrl(true);
    45     var img = document.getElementById('plot');
    46     img.realImg = new Image();
    47     img.realImg.onload = switchImage;
    48     img.realImg.src = url;
    49   }
    50   function switchImage()
    51   {
    52     var img = document.getElementById('plot');
    53     img.src = img.realImg.src;
    54   }
    55   </script>
    56 </base:head>
    57 <base:body onload="view()">
     39<base:page type="popup" title="<%=HTML.encodeTags(title)%>">
     40<base:head scripts="~view.js" />
     41<base:body>
    5842    <h1><%=title%></h1>
    5943    <div class="content">
    6044      <table class="fullcc"><tr><td>
    61       <img src="../../../images/plot_generating.gif" id="plot" alt="please wait...">
     45      <img
     46        id="plot" alt="please wait..."
     47        src="../../../images/plot_generating.gif" 
     48        data-plot-url="<%=HTML.encodeTags(plotUrl) %>"
     49      >
    6250      </td></tr></table>
    6351    </div>
    6452
    6553    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
    66       <base:button onclick="window.close();" title="Close" />
     54      <base:button id="close" title="Close" />
    6755    </base:buttongroup>
    6856

  • trunk/www/views/experiments/reporters/list_reporters.jsp

    r6182 r6315  
    127127  %>
    128128  <base:page title="<%=title%>">
    129   <base:head scripts="table.js,tabcontrol.js" styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css">
    130     <script>
    131     var submitPage = 'index.jsp';
    132     var formId = 'reporters';
    133     function editItem(itemId)
    134     {
    135       Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, true);
    136     }
    137     function viewItem(itemId)
    138     {
    139       Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, false);
    140     }
    141     function itemOnClick(evt, itemId)
    142     {
    143       Table.itemOnClick(formId, evt, itemId, 'DEFAULT', viewItem, editItem, null);
    144     }   
    145     function configureColumns()
    146     {
    147       Table.configureColumns(formId);
    148     }
    149     function runPlugin(cmd)
    150     {
    151       Table.submitToPopup(formId, cmd, 750, 500);
    152     }
    153     function switchTab(tabControlId, tabId)
    154     {
    155       if (tabId == 'properties' || tabId == 'overview' || tabId == 'history' || tabId == 'annotations')
    156       {
    157         location.href = '../index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ViewItem&item_id=<%=experimentId%>&tab='+tabId;
    158       }
    159       else if (tabId == 'bioassaysets')
    160       {
    161         viewBioAssaySets();
    162       }
    163       else
    164       {
    165         TabControl.setActiveTab(tabControlId, tabId);
    166       }
    167     }
    168     function viewBioAssaySets()
    169     {
    170       location.href = '../bioassaysets/index.jsp?ID=<%=ID%>&experiment_id=<%=experimentId%>';
    171     }
    172     function newReporterList()
    173     {
    174       Table.submitToPopup(formId, 'CreateReporterList', 600, 400);
    175     }
    176     function removeClonedReporters()
    177     {
    178       if (confirm('Are you sure that you want to remove all cloned reporter annotations?\nThis action can\'t be undone.'))
    179       {
    180         Main.openPopup('../index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=RemoveClonedReporters&item_id=<%=experimentId%>', 'RemoveClonedReporters', 450, 300);
    181       }
    182     }
    183     function updateClonedReporters()
    184     {
    185       Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=UpdateClonedReporters&experiment_id=<%=experimentId%>', 'UpdateClonedReporters', 600, 400);
    186     }
    187     </script>
    188   </base:head>
     129  <base:head scripts="table.js,tabcontrol-2.js,~reporters.js" styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css" />
    189130  <base:body>
    190131    <p:path><p:pathelement
    … …  
    196137      id="main"
    197138      subclass="mastertabcontrol content"
    198       active="clonedreporters" switch="switchTab">
     139      active="clonedreporters">
    199140    <t:tab id="properties" title="Properties" />
    200141    <t:tab id="annotations" title="Annotations"
    … …  
    271212          >
    272213          <tbl:button
     214            id="btnColumns"
    273215            image="columns.png"
    274             onclick="configureColumns()"
    275216            title="Columns&hellip;"
    276217            tooltip="Show, hide and re-order columns"
    277218          />
    278219          <tbl:button
     220            id="btnNewReporterList"
    279221            image="add.png"
    280             onclick="newReporterList()"
    281222            title="New reporter list&hellip;"
    282223            tooltip="Create a new reporter list from matching spots"
    … …  
    284225          />
    285226          <tbl:button
     227            id="btnUpdateClonedReporters"
    286228            visible="<%=writePermission%>"
    287229            image="refresh.png"
    288             onclick="updateClonedReporters()"
    289230            title="Update cloned reporters&hellip;"
    290231            tooltip="Update all cloned reporter annotations with information from the master table"
    291232          />
    292233          <tbl:button
     234            id="btnRemoveClonedReporters"
    293235            visible="<%=writePermission%>"
    294236            image="delete_permanently.png"
    295             onclick="removeClonedReporters()"
    296237            title="Remove cloned reporters&hellip;"
    297238            tooltip="Remove all cloned reporter annotations"
    298239          />
    299240          <tbl:button
     241            id="btnExport"
     242            data-plugin-type="EXPORT"
    300243            image="export.png"
    301             onclick="runPlugin('ExportItems')"
    302244            title="Export&hellip;"
    303245            tooltip="Export data"
    … …  
    318260        <tbl:headers>
    319261          <tbl:headerrow>
    320             <tbl:header
    321               clazz="index"
    322               colspan="2"
    323             />
     262            <tbl:header colspan="2" />
    324263            <tbl:columnheaders />
    325264          </tbl:headerrow>
    326265          <tbl:headerrow>
     266            <tbl:header subclass="index" />
    327267            <tbl:header
    328               clazz="index"
    329               colspan="2"
    330             />
     268              subclass="check"
     269              visible="<%=mode.hasCheck()%>"
     270              ><base:icon
     271                id="check.uncheck"
     272                image="check_uncheck.png"
     273                tooltip="Check/uncheck all"
     274                 
     275              /></tbl:header>
    331276            <tbl:propertyfilter />
    332277          </tbl:headerrow>
    … …  
    347292          if (reporters != null)
    348293          {
     294            boolean writeReporterPermission = sc.hasPermission(Permission.WRITE, Item.REPORTER);
     295            String tooltip = "View this item" + (writeReporterPermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
     296            int firstColumnIndex = hasUpToDateColumn ? 3 : 2;
     297            int externalIdColumn = selected.selectedIds.indexOf("cln.externalId") + firstColumnIndex;
     298           
    349299            while (reporters.hasNext())
    350300            {
    351301              SqlResult item = reporters.next();
    352302              int itemId = item.getInt(1);
     303              String name = HTML.encodeTags(item.getString(externalIdColumn));
    353304              index++;
    354305              numListed++;
    … …  
    359310                  ><%=index%></tbl:header>
    360311                <tbl:header
    361                   clazz="icons"
    362                   visible="<%=mode.hasIcons()%>"
    363                   >&nbsp;</tbl:header>
    364                   <tbl:cell column="upToDate" visible="<%=hasUpToDateColumn %>">
    365                     <%=item.getObject(2) %>
    366                   </tbl:cell>
     312                  clazz="check"
     313                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
     314                  ><input
     315                    type="checkbox"
     316                    name="<%=itemId%>"
     317                    value="<%=itemId%>"
     318                    title="<%=name%>"
     319                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%>
     320                  ></tbl:header>
     321
     322                <tbl:cell column="upToDate" visible="<%=hasUpToDateColumn %>">
     323                  <%=item.getObject(2) %>
     324                </tbl:cell>
    367325                <%
    368                 int colIndex = hasUpToDateColumn ? 3 : 2;
     326                int colIndex = firstColumnIndex;
    369327                for (String columnId : selected.selectedIds)
    370328                {
    371                   if ("cln.externalId".equals(columnId))
     329                  if (colIndex == externalIdColumn)
    372330                  {
    373331                    %>
    374                     <tbl:cell column="cln.externalId"><div class="link" onclick="itemOnClick(event, <%=itemId%>)"
    375                       title="View this item (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)"><%=HTML.encodeTags(item.getString(colIndex))%></div></tbl:cell>
     332                    <tbl:cell column="cln.externalId"><div
     333                      class="link table-item"
     334                      data-item-id="<%=itemId%>"
     335                      data-no-edit="<%=writeReporterPermission ? 0 : 1 %>"
     336                      tabindex="0"
     337                      title="<%=tooltip%>"><%=HTML.encodeTags(name)%></div></tbl:cell>
    376338                    <%
    377339                  }
    … …  
    413375
    414376    <base:buttongroup>
    415       <base:button onclick="returnSelected();" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
    416       <base:button onclick="window.close();" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
    417       <base:button onclick="window.close();" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
     377      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
     378      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
     379      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
    418380    </base:buttongroup>
    419381

  • trunk/www/views/experiments/spotdata/list_spotdata.jsp

    r6182 r6315  
    110110  DynamicUtil.addReporterColumns(columns, dc, experiment.getVirtualDb().getReporterCloneTemplate(), "rep.", "@", "[Rep] ");
    111111  DynamicUtil.SelectedInfo selected = DynamicUtil.getSelectedColumns(cc, columns, false);
     112 
     113  int externalIdColumn = selected.selectedIds.indexOf("rep.externalId") + 1;
     114  int reporterIdColumn = selected.selectedIds.indexOf("rep.id") + 1;
     115  if (reporterIdColumn <= 0 && externalIdColumn > 0)
     116  {
     117    // Force selecting reporter id column if external id is selected
     118    selected.selectedIds.add("rep.id");
     119    selected.selectedProperties.add("@id");
     120    reporterIdColumn = selected.selectedIds.size();
     121  }
    112122  if (bioAssay == null && cc.getSetting("columns").indexOf("COLUMN") >= 0)
    113123  {
    … …  
    136146  %>
    137147  <base:page title="<%=title%>">
    138   <base:head scripts="table.js,tabcontrol.js" styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css">
     148  <base:head scripts="table.js,tabcontrol-2.js,~spotdata.js" styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css">
    139149    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
    140150    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
    141     <script>
    142     var submitPage = 'index.jsp';
    143     var formId = 'spotdata';
    144     function configureColumns()
    145     {
    146       Table.configureColumns(formId);
    147     }
    148     function runPlugin(cmd)
    149     {
    150       Table.submitToPopup(formId, cmd, 750, 500);
    151     }
    152     function switchTab(tabControlId, tabId)
    153     {
    154       if (tabId == 'properties.bioassay')
    155       {
    156         location.href = '../bioassays/index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ViewItem&item_id=<%=bioAssayId%>&tab=properties';
    157       }
    158       else if (tabId == 'annotations.bioassay')
    159       {
    160         location.href = '../bioassays/index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ViewItem&item_id=<%=bioAssayId%>&tab=annotations';
    161       }
    162       else if (tabId == 'properties.bioassayset')
    163       {
    164         location.href = '../bioassaysets/index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ViewItem&item_id=<%=bioAssaySetId%>&tab=properties';
    165       }
    166       else if (tabId == 'annotations.bioassayset')
    167       {
    168         location.href = '../bioassaysets/index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ViewItem&item_id=<%=bioAssaySetId%>&tab=annotations';
    169       }
    170       else if (tabId == 'overviewplots')
    171       {
    172         location.href = '../bioassaysets/index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ViewItem&experiment_id=<%=experimentId%>&item_id=<%=bioAssaySetId%>&tab='+tabId;
    173       }
    174       else if (tabId == 'bioassays')
    175       {
    176         location.href = '../bioassays/index.jsp?ID=<%=ID%>&experiment_id=<%=experimentId%>&bioassayset_id=<%=bioAssaySetId%>&tab='+tabId;
    177       }
    178       else
    179       {
    180         TabControl.setActiveTab(tabControlId, tabId);
    181       }
    182     }
    183     function newReporterList()
    184     {
    185       Table.submitToPopup(formId, 'CreateReporterList', 600, 400);
    186     }
    187     </script>
    188151  </base:head>
    189152  <base:body>
    … …  
    211174      id="main"
    212175      subclass="mastertabcontrol content"
    213       active="spotdata" switch="switchTab">
    214     <t:tab id="properties.bioassay" title="Properties" visible="<%=bioAssay != null%>"/>
    215     <t:tab id="properties.bioassayset" title="Properties" visible="<%=bioAssay == null%>"/>
    216 
    217     <t:tab id="annotations.bioassay" title="Annotations"
     176      active="spotdata">
     177    <t:tab id="bioassayset.properties" title="Properties" visible="<%=bioAssay == null%>"/>
     178    <t:tab id="bioassay.properties" title="Properties" visible="<%=bioAssay != null%>"/>
     179
     180    <t:tab id="bioassayset.annotations" title="Annotations"
     181        tooltip="View annotation values" visible="<%=bioAssay == null%>" />
     182    <t:tab id="bioassay.annotations" title="Annotations"
    218183      tooltip="View annotation values" visible="<%=bioAssay != null%>" />
    219     <t:tab id="annotations.bioassayset" title="Annotations"
    220         tooltip="View annotation values" visible="<%=bioAssay == null%>" />
    221184
    222185    <t:tab id="bioassays" visible="<%=bioAssay == null%>" title="BioAssays" />
    … …  
    313276          >
    314277          <tbl:button
     278            id="btnColumns"
    315279            image="columns.png"
    316             onclick="configureColumns()"
    317280            title="Columns&hellip;"
    318281            tooltip="Show, hide and re-order columns"
    319282          />
    320283          <tbl:button
     284            id="btnNewReporterList"
    321285            image="add.png"
    322             onclick="newReporterList()"
    323286            title="New reporter list&hellip;"
    324287            tooltip="Create a new reporter list from matching spots"
    … …  
    326289          />
    327290          <tbl:button
     291            id="btnExport"
     292            data-plugin-type="EXPORT"
    328293            image="export.png"
    329             onclick="runPlugin('ExportItems')"
    330294            title="Export&hellip;"
    331295            tooltip="Export data"
    … …  
    377341          if (spotData != null)
    378342          {
     343            boolean writeReporterPermission = sc.hasPermission(Permission.WRITE, Item.REPORTER);
     344            String tooltip = "View this item" + (writeReporterPermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
    379345            while (spotData.hasNext())
    380346            {
    … …  
    395361                for (String columnId : selected.selectedIds)
    396362                {
    397                   %>
    398                   <tbl:cell column="<%=columnId%>" value="<%=item.getObject(i++)%>" />
    399                   <%
     363                  if (i == externalIdColumn)
     364                  {
     365                    %>
     366                    <tbl:cell column="<%=columnId%>"><div
     367                      class="link auto-init"
     368                      data-auto-init="item-link"
     369                      data-item-id="<%=item.getInt(reporterIdColumn)%>"
     370                      data-item-type="REPORTER"
     371                      data-no-edit="<%=writeReporterPermission ? 0 : 1 %>"
     372                      tabindex="0"
     373                      title="<%=tooltip%>"><%=HTML.encodeTags(item.getString(i++))%></div></tbl:cell>
     374                    <%
     375                  }
     376                  else
     377                  {
     378                    %>
     379                    <tbl:cell column="<%=columnId%>" value="<%=item.getObject(i++)%>" />
     380                    <%
     381                  }
    400382                }
    401383                %>
    … …  
    420402    </t:tab>
    421403
    422     <t:tab id="overviewplots" title="Overview plots"
     404    <t:tab id="bioassayset.overviewplots" title="Overview plots"
    423405      visible="<%=overviewPlotInvoker != null && overviewPlotInvoker.getNumExtensions() > 0%>"
    424406    />
    … …  
    426408
    427409    <base:buttongroup>
    428       <base:button onclick="returnSelected();" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
    429       <base:button onclick="window.close();" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
    430       <base:button onclick="window.close();" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
     410      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
     411      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
     412      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
    431413    </base:buttongroup>
    432414

  • trunk/www/views/experiments/transformations/edit_transformation.jsp

    r6217 r6315  
    6262{
    6363  Transformation transformation = Transformation.getById(dc, itemId);
    64 
     64  transformation.checkPermission(Permission.WRITE);
     65 
    6566  cc.setObject("item", transformation);
    6667  String title = "Edit transformation -- " + HTML.encodeTags(transformation.getName());
    67   if (transformation != null) transformation.checkPermission(Permission.WRITE);
    68  
    6968 
    7069  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.item(itemType), transformation);
    7170  ExtensionsInvoker invoker = EditUtil.useEditExtensions(jspContext);
    7271  %>
    73   <base:page type="popup" title="<%=title%>">
    74   <base:head scripts="tabcontrol.js" styles="tabcontrol.css">
     72  <base:page type="popup" title="<%=title%>" id="edit-page">
     73  <base:head scripts="tabcontrol-2.js,~transformations.js" styles="tabcontrol.css">
    7574    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
    7675    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
    77     <script>
    78     // Validate the "Transformation" tab
    79     function validateTransformation()
    80     {
    81       var frm = document.forms['transformation'];
    82       if (frm.name.value == '')
    83       {
    84         Forms.showNotification(frm.name, 'You must enter a name');
    85         return false;
    86       }
    87       return true;
    88     }
    89 
    90     // Submit the form
    91     function saveSettings()
    92     {
    93       var frm = document.forms['transformation'];
    94       if (TabControl.validateActiveTab('settings'))
    95       {
    96         frm.submit();
    97       }
    98     }
    99    
    100     function init()
    101     {
    102       var frm = document.forms['transformation'];
    103       <%
    104       if (transformation == null)
    105       {
    106         %>
    107         frm.name.focus();
    108         frm.name.select();
    109         <%
    110       }
    111       %>
    112     }
    113     </script>
    11476  </base:head>
    115   <base:body onload="init()">
     77  <base:body>
    11678    <h1><%=title%> <base:help tabcontrol="settings" /></h1>
    11779    <form action="index.jsp?ID=<%=ID%>" method="post" name="transformation">
    … …  
    12284      position="bottom"  remember="<%=transformation != null%>"
    12385      extensions="<%=invoker%>">
    124     <t:tab id="info" title="Transformation"
    125       validate="validateTransformation()" helpid="transformation.edit">
     86    <t:tab id="info" title="Transformation" helpid="transformation.edit">
    12687      <table class="fullform input100 smaller">
    12788      <tr>
    12889        <th>Name</th>
    129         <td><input class="text required" type="text" name="name"
    130           value="<%=HTML.encodeTags(transformation == null ? Values.getString(cc.getPropertyValue("name"), "New transformation") : transformation.getName())%>"
     90        <td><input class="text required auto-init" data-auto-init="focus"
     91          type="text" name="name"
     92          value="<%=HTML.encodeTags(transformation.getName())%>"
    13193          maxlength="<%=Transformation.MAX_NAME_LENGTH%>"></td>
    13294        <td></td>
    … …  
    13698        <td>
    13799          <textarea class="text" rows="6" name="description" id="description"
    138             ><%=HTML.encodeTags(transformation == null ? cc.getPropertyValue("description") : transformation.getDescription())%></textarea>
     100            ><%=HTML.encodeTags(transformation.getDescription())%></textarea>
    139101        </td>
    140102        <td style="width: 20px;">
    … …  
    152114
    153115    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
    154       <base:button onclick="saveSettings()" title="Save" />
    155       <base:button onclick="window.close()" title="Cancel" />
     116      <base:button id="btnSave" title="Save" />
     117      <base:button id="close" title="Cancel" />
    156118    </base:buttongroup>
    157119  </base:body>

  • trunk/www/views/experiments/transformations/index.jsp

    r6192 r6315  
    9696try
    9797{
    98   if ("ViewItem".equals(cmd))
     98  if ("List".equals(cmd))
     99  {
     100    redirect = "../bioassaysets/index.jsp?ID="+ID+"&experiment_id="+experimentId;
     101  }
     102  else if ("ViewItem".equals(cmd))
    99103  {
    100104    // Display the view page for a single item

  • trunk/www/views/experiments/transformations/view_transformation.jsp

    r6143 r6315  
    140140  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
    141141  %>
    142   <base:page title="<%=title%>">
    143   <base:head scripts="table.js,tabcontrol.js,newjoust.js" styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css,newjoust.css">
     142  <base:page title="<%=title%>" id="view-page">
     143  <base:head scripts="table.js,tabcontrol-2.js,newjoust.js,~transformations.js" styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css,newjoust.css">
    144144    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
    145145    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
    146     <script>
    147     function editItem()
    148     {
    149       Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>, true);
    150     }
    151     function deleteItem()
    152     {
    153       location.replace('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=DeleteItem&experiment_id=<%=experimentId%>&item_id=<%=itemId%>');
    154     }
    155     function restoreItem()
    156     {
    157       location.replace('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=RestoreItem&experiment_id=<%=experimentId%>&item_id=<%=itemId%>');
    158     }
    159     function runItemPlugin(cmd)
    160     {
    161       Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd='+cmd+'&experiment_id=<%=experimentId%>&item_id=<%=itemId%>', 'RunPlugin'+cmd, 750, 500);
    162     }
    163     </script>
    164146  </base:head>
    165147  <base:body>
    … …  
    170152      /><p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(transformation.getName())%>"
    171153      /></p:path>
     154    <div id="page-data"
     155      data-item-id="<%=itemId%>"
     156      data-experiment-id="<%=experimentId%>"
     157      data-job-id="<%=job != null ? job.getId() : ""%>"
     158    ></div>
    172159   
    173160    <t:tabcontrol
    174161      id="main"
    175162      subclass="content mastertabcontrol"
    176       active="<%=tabId%>" switch="switchTab">
     163      active="<%=tabId%>">
    177164    <t:tab id="properties" title="Properties">
    178165      <div>
    … …  
    181168        <th class="itemstatus">
    182169          <base:icon
     170            id="btnDeletePermanently"
    183171            image="deleted.png"
    184             onclick="deleteItemPermanently()"
    185172            tooltip="This item has been flagged for deletion. Click to delete it now."
    186173            enabled="<%=deletePermission %>"
    … …  
    191178          <tbl:toolbar subclass="bottomborder">
    192179            <tbl:button
     180              id="btnEdit"
    193181              disabled="<%=!writePermission%>"
    194182              image="edit.png"
    195               onclick="editItem()"
    196183              title="Edit&hellip;"
    197184              tooltip="<%=writePermission ? "Edit this transformation" : "You do not have permission to edit this transformation"%>"
    198185            />
    199186            <tbl:button
     187              id="btnDelete"
    200188              disabled="<%=!deletePermission%>"
    201189              image="delete.png"
    202               onclick="deleteItem()"
    203190              title="Delete"
    204191              visible="<%=!transformation.isRemoved()%>"
    … …  
    206193            />
    207194            <tbl:button
     195              id="btnRestore"
    208196              disabled="<%=!writePermission%>"
    209197              image="restore.png"
    210               onclick="restoreItem()"
    211198              title="Restore"
    212199              visible="<%=transformation.isRemoved()%>"
    … …  
    214201            />
    215202            <tbl:button
     203              id="btnCopyJob"
    216204              disabled="<%=!writePermission%>"
    217205              image="copy.png"
    218               onclick="<%=job == null ? "" : "copyJob('" + job.getId() + "')"%>"
    219206              title="Copy&hellip;"
    220207              visible="<%=job != null && plugin != null && plugin.isInteractive() %>"
    … …  
    222209            />
    223210            <tbl:button
     211              id="btnImport"
    224212              image="import.png"
    225               onclick="runItemPlugin('ImportItem')"
     213              data-plugin-type="IMPORT"
    226214              title="Import&hellip;"
    227215              tooltip="Import data"
    … …  
    229217            />
    230218            <tbl:button
    231               image="export.png"
    232               onclick="runItemPlugin('ExportItem')"
     219              id="btnExport"
     220              image="export.png"
     221              data-plugin-type="EXPORT"
    233222              title="Export&hellip;"
    234223              tooltip="Export data"
    … …  
    236225            />
    237226            <tbl:button
    238               image="runplugin.png"
    239               onclick="runItemPlugin('RunPlugin')"
     227              id="btnRunPlugin"
     228              image="runplugin.png" 
     229              data-plugin-type="OTHER"
    240230              title="Run plugin&hellip;"
    241231              tooltip="Run a plugin"
    … …  
    246236            <tbl:button
    247237              image="help.png"
    248               onclick="<%="Main.openHelp('" + ID +"', 'transformation.view.properties')"%>"
     238              subclass="auto-init"
     239              data-auto-init="help"
     240              data-help-id="transformation.view.properties"
    249241              title="Help&hellip;"
    250242              tooltip="Get help about this page"

  • trunk/www/views/experiments/view_experiment.jsp

    r6255 r6315  
    2424  @version 2.0
    2525--%>
     26<%@page import="org.json.simple.JSONObject"%>
     27<%@page import="org.json.simple.JSONArray"%>
    2628<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
    2729  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
    … …  
    122124  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
    123125  %>
    124   <base:page title="<%=title%>">
    125   <base:head scripts="table.js,tabcontrol.js" styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css">
     126  <base:page title="<%=title%>" id="view-page">
     127  <base:head scripts="table.js,tabcontrol-2.js,~experiments.js" styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css">
    126128    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
    127129    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
    128     <script>
    129     function editItem()
    130     {
    131       Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>, true);
    132     }
    133     function shareItem()
    134     {
    135       Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ShareItem&item_id=<%=itemId%>', 'ShareRawBioAssay', 600, 400);
    136     }
    137     function deleteItem()
    138     {
    139       location.replace('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=DeleteItem&item_id=<%=itemId%>');
    140     }
    141     function restoreItem()
    142     {
    143       location.replace('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=RestoreItem&item_id=<%=itemId%>');
    144     }
    145     function deleteItemPermanently()
    146     {
    147       Main.deleteItemPermanently('<%=ID%>', true, '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>, '&callback=itemDeleted');
    148     }
    149     function itemDeleted()
    150     {
    151       Main.listItems('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>');
    152     }
    153     function showUsingItems()
    154     {
    155       Main.showUsingItems('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>);
    156     }   
    157     function setOwner()
    158     {
    159       Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=SetOwnerOfItem&item_id=<%=itemId%>', 'SetOwnerOfItem', 450, 300);
    160     }
    161     function runPlugin(cmd)
    162     {
    163       Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd='+cmd+'&item_id=<%=itemId%>', 'RunPlugin'+cmd, 750, 500);
    164     }
    165     function analyzeItem()
    166     {
    167       location.href = '<%=root%>/analyze/index.jsp?ID=<%=ID%>&experiment_id=<%=itemId%>';
    168     }
    169     function viewBioAssaySets()
    170     {
    171       location.href = 'bioassaysets/index.jsp?ID=<%=ID%>&experiment_id=<%=itemId%>';
    172     }
    173     function viewClonedReporters()
    174     {
    175       location.href = 'reporters/index.jsp?ID=<%=ID%>&experiment_id=<%=itemId%>';
    176     }
    177     function switchTab(tabControlId, tabId)
    178     {
    179       if (TabControl.isActive(tabControlId, tabId)) return;
    180       if (tabId == 'clonedreporters')
    181       {
    182         viewClonedReporters();
    183       }
    184       else if (tabId == 'bioassaysets')
    185       {
    186         viewBioAssaySets();
    187       }
    188       else
    189       {
    190         TabControl.setActiveTab(tabControlId, tabId);
    191       }
    192     }
    193     function editExperimentalFactor(itemType, itemId, annotationTypeId)
    194     {
    195       var url = getRoot() + 'common/annotations/annotate.jsp?ID=<%=ID%>';
    196       url += '&item_type='+itemType;
    197       url += '&item_id='+itemId;
    198       url += '&annotationtype_id='+annotationTypeId;
    199       url += '&standalone=1';
    200       Main.openPopup(url, 'EditAnnotation', 750, 500);
    201     }
    202     function setUsedFactorValue(annotationTypeId, values)
    203     {
    204       var div = document.getElementById('usedvalues.'+annotationTypeId);
    205       div.innerHTML = values;
    206       if (values && values.length > 50)
    207       {
    208         Main.addClass(div, 'constrained unchecked autoshow');
    209         if (TextOverflow.getOverflowMethod() == 'click')
    210         {
    211           TextOverflow.checkAndFixTag(div);
    212         }
    213       }
    214     }
    215     var hasMissingFactors = false;
    216     function showStatus(annotationTypeId, numTotal, numInherited)
    217     {
    218       var sss = document.getElementById('status.'+annotationTypeId);
    219       var html;
    220       if (numInherited >= numTotal)
    221       {
    222         html = '<img src="../../images/ok.png" alt="Ok" title="All ' + numTotal +
    223           ' raw bioassays have a value for this experimental factor">';
    224       }
    225       else
    226       {
    227         var numMissing = numTotal - numInherited;
    228         html = '<table><tr>';
    229         html += '<td><img src="../../images/warning.png" alt="!"';
    230         html += ' title="' + numMissing + ' raw bioassays are missing a value for this experimental factor"></td>';
    231         html += '<td style="text-align: center;">';
    232         html += '<input type="checkbox" name="autoinherit" id="autoinherit'+annotationTypeId+'" value="'+annotationTypeId+'" checked';
    233         html += ' title="Select to automatically inherit annotations from parents"></td>';
    234         html += '<td>&nbsp;<label for="autoinherit'+annotationTypeId+'">' + numMissing + ' missing</label></td>'
    235         html += '</tr></table>';
    236         if (!hasMissingFactors)
    237         {
    238           hasMissingFactors = true;
    239           var checkAll = '<table><tr>';
    240           checkAll += '<td></td>';
    241           checkAll += '<td style="text-align: center;">';
    242           checkAll += '<a id="check.uncheck" href="javascript:checkFactors()" title="Check/uncheck all">';
    243           checkAll += '<img src="../../images/check_uncheck.png" alt="x"></a></td>';
    244           checkAll += '<td><img src="../../images/bullet.png" alt="*"></td>';
    245           checkAll += '<td><a href="javascript:autoInherit()"';
    246           checkAll += ' title="Automatically try to inherit values for the selected experimental factors from parent items">';
    247           checkAll += 'Auto-inherit</a></td>'
    248           checkAll += '</tr></table>';
    249           document.getElementById('tbl.experimentalFactors.status').innerHTML = checkAll;
    250           Main.show('warning.missing');
    251         }
    252       }
    253       sss.innerHTML = html;
    254     }
    255     function checkFactors()
    256     {
    257       var frm = document.forms['tbl.experimentalFactors'];
    258       Forms.checkUncheck(frm, /autoinherit/);
    259     }
    260     function autoInherit()
    261     {
    262       var frm = document.forms['tbl.experimentalFactors'];
    263       if (Forms.numChecked(frm, /autoinherit/) == 0)
    264       {
    265         Forms.showNotification('check.uncheck', 'Please select at least on experimental factor', null, 'pointer-below');
    266         return;
    267       }
    268       Main.openPopup('../../common/progress_reporter.jsp?ID=<%=ID%>&progress=autoinherit&title=Inheriting experimental factors', 'Progress', 300, 200);
    269       frm.cmd.value = 'AutoInherit';
    270       frm.submit();
    271     }
    272     function cloneReporters()
    273     {
    274       Main.openPopup('clone_reporters.jsp?ID=<%=ID%>&item_id=<%=itemId%>', 'CloneReporters', 600, 400);
    275     }
    276     function removeClonedReporters()
    277     {
    278       if (confirm('Are you sure that you want to remove all cloned reporter annotations?\nThis action can\'t be undone.'))
    279       {
    280         Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=RemoveClonedReporters&item_id=<%=itemId%>', 'RemoveClonedReporters', 450, 300);
    281       }
    282     }
    283     </script>
    284130  </base:head>
    285   <base:body onload="initUsedFactorValues()">
     131  <base:body>
    286132    <p:path><p:pathelement
    287133      title="Experiments" href="<%="index.jsp?ID="+ID%>"
    288134      /><p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(experiment.getName())%>"
    289135      /></p:path>
     136    <div id="page-data" data-item-id="<%=itemId%>"></div>
    290137   
    291138    <t:tabcontrol
    292139      id="main"
    293140      subclass="content mastertabcontrol"
    294       active="<%=tab%>" switch="switchTab" remember="false">
     141      active="<%=tab%>" remember="false">
    295142    <t:tab id="properties" title="Properties">
    296143      <div>
    … …  
    304151          />
    305152          <base:icon
     153            id="btnDeletePermanently"
    306154            image="deleted.png"
    307             onclick="deleteItemPermanently()"
    308155            tooltip="This item has been flagged for deletion. Click to delete it now."
    309156            enabled="<%=deletePermanentlyPermission %>"
    310157            visible="<%=isRemoved%>"
    311158          />
    312           <base:icon image="used.png"
    313             onclick="showUsingItems()"
     159          <base:icon
     160            id="btnUsingItems"
     161            image="used.png"
    314162            tooltip="This item is used by other items and can't be permanently deleted. Show the items that are using this one"
    315163            visible="<%=isRemoved && isUsed%>" />
    … …  
    318166          <tbl:toolbar subclass="bottomborder">
    319167            <tbl:button
     168              id="btnEdit"
    320169              disabled="<%=!writePermission%>"
    321170              image="edit.png"
    322               onclick="editItem()"
    323171              title="Edit&hellip;"
    324172              tooltip="<%=writePermission ? "Edit this experiment" : "You do not have permission to edit this experiment"%>"
    325173            />
    326174            <tbl:button
     175              id="btnDelete"
    327176              disabled="<%=!deletePermission%>"
    328177              image="delete.png"
    329               onclick="deleteItem()"
    330178              title="Delete"
    331179              visible="<%=!experiment.isRemoved()%>"
    … …  
    333181            />
    334182            <tbl:button
     183              id="btnRestore"
    335184              disabled="<%=!writePermission%>"
    336185              image="restore.png"
    337               onclick="restoreItem()"
    338186              title="Restore"
    339187              visible="<%=experiment.isRemoved()%>"
    … …  
    341189            />
    342190            <tbl:button
     191              id="btnShare"
    343192              disabled="<%=!sharePermission%>"
    344193              image="share.png"
    345               onclick="shareItem()"
    346194              title="Share&hellip;"
    347195              tooltip="<%=sharePermission ? "Share this experiment to other user, groups and projects" : "You do not have permission to share this experiment"%>"
    348196            />
    349197            <tbl:button
     198              id="btnSetOwner"
    350199              disabled="<%=!setOwnerPermission%>"
    351200              image="take_ownership.png"
    352               onclick="setOwner()"
    353201              title="Set owner&hellip;"
    354202              tooltip="<%=setOwnerPermission ? "Change owner of this item" : "You do not have permission to change ownership of this item"%>"
    355203            />
    356204            <tbl:button
     205              id="btnCloneReporters"
    357206              visible="<%=writePermission && (virtualDb.hasTable(VirtualTable.POSITION) || experiment.getRawDataType().isStoredInDb()) %>"
    358207              image="copy.png"
    359               onclick="cloneReporters()"
    360208              title="Clone reporters&hellip;"
    361209              tooltip="Clone reporter annotations for all reporters that are used in this experiment"
    362210            />
    363211            <tbl:button
     212              id="btnRemoveClonedReporters"
    364213              visible="<%=writePermission && virtualDb.hasClonedReporters() %>"
    365214              image="delete_permanently.png"
    366               onclick="removeClonedReporters()"
    367215              title="Remove cloned reporters&hellip;"
    368216              tooltip="Remove all cloned reporter annotations"
    369217            />
    370218            <tbl:button
     219              id="btnImport"
    371220              image="import.png"
    372               onclick="runPlugin('ImportItem')"
     221              data-plugin-type="IMPORT"
    373222              title="Import&hellip;"
    374223              tooltip="Import data"
    … …  
    376225            />
    377226            <tbl:button
    378               image="export.png"
    379               onclick="runPlugin('ExportItem')"
     227              id="btnExport"
     228              image="export.png"
     229              data-plugin-type="EXPORT"
    380230              title="Export&hellip;"
    381231              tooltip="Export data"
    … …  
    383233            />
    384234            <tbl:button
    385               image="runplugin.png"
    386               onclick="runPlugin('RunPlugin')"
     235              id="btnRunPlugin"
     236              image="runplugin.png" 
     237              data-plugin-type="OTHER"
    387238              title="Run plugin&hellip;"
    388239              tooltip="Run a plugin"
    … …  
    393244            <tbl:button
    394245              image="help.png"
    395               onclick="<%="Main.openHelp('" + ID +"', 'experiment.view.properties')"%>"
     246              subclass="auto-init"
     247              data-auto-init="help"
     248              data-help-id="experiment.view.properties"
    396249              title="Help&hellip;"
    397250              tooltip="Get help about this page"
    … …  
    718571                  }
    719572                  %>
    720                   <tbl:cell column="<%="at"+at.getId()%>"
    721                     >
     573                  <tbl:cell column="<%="at"+at.getId()%>">
    722574                    <%
    723575                    for (Map.Entry<Annotatable, List> entry : factorValues.entrySet())
    … …  
    730582                      if (aItem != null && aItem.hasPermission(Permission.WRITE))
    731583                      {
    732                         %>: <base:icon image="edit.png"
    733                           onclick="<%="editExperimentalFactor('"+aItem.getType().name()+"',"+aItem.getId()+","+at.getId()+")"%>"
    734                           tooltip="Modify the values of this experimental factor" />
     584                        %>: <base:icon
     585                            subclass="link auto-init"
     586                            data-auto-init="edit-experimental-factor"
     587                            data-item-type="<%=aItem.getType().name()%>"
     588                            data-item-id="<%=aItem.getId() %>"
     589                            data-annotation-type="<%=at.getId() %>"
     590                            image="edit.png"
     591                            tooltip="Modify the values of this experimental factor"
     592                          />
    735593                        <%
    736594                      }
    … …  
    765623      </jsp:include>
    766624   
    767     <script>
    768     function initUsedFactorValues()
    769     {
    770       <%
    771       int numRawBioAssays = rawBioAssays.size();
    772       for (Map.Entry<AnnotationType, Set<Object>> entry : usedFactorValues.entrySet())
    773       {
    774         AnnotationType at = entry.getKey();
    775         int numRawBioAssaysWithFactor = factorValuesCount.get(at);
    776         Type valueType = at.getValueType();
    777         if (at.isEnumeration() || (valueType != Type.TEXT && valueType != Type.STRING))
     625        <%
     626        JSONArray jsonFactorValues = new JSONArray();
     627        for (Map.Entry<AnnotationType, Set<Object>> entry : usedFactorValues.entrySet())
    778628        {
    779           Set<Object> values = entry.getValue();
    780           Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, valueType);
    781           Unit unit = at.getDefaultUnit();
    782           if (unit != null) formatter = unit.getFormatter(formatter);
    783           String formattedValues = HTML.encodeTags(Values.getString(values, ", ", true, formatter));
    784           %>
    785           setUsedFactorValue(<%=at.getId()%>, '<%=HTML.javaScriptEncode(formattedValues)%>');
    786           <%
     629          AnnotationType at = entry.getKey();
     630         
     631          JSONObject jsonAt = new JSONObject();
     632          jsonAt.put("id", at.getId());
     633          jsonAt.put("numRawBioAssaysWithFactor", factorValuesCount.get(at));
     634
     635          Type valueType = at.getValueType();
     636          if (at.isEnumeration() || (valueType != Type.TEXT && valueType != Type.STRING))
     637          {
     638            Set<Object> values = entry.getValue();
     639            Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, valueType);
     640            Unit unit = at.getDefaultUnit();
     641            if (unit != null) formatter = unit.getFormatter(formatter);
     642            String formattedValues = HTML.encodeTags(Values.getString(values, ", ", true, formatter));
     643            jsonAt.put("usedValues", formattedValues);
     644          }
     645         
     646          jsonFactorValues.add(jsonAt);
    787647        }
    788648        %>
    789         showStatus(<%=at.getId()%>, <%=numRawBioAssays%>, <%=numRawBioAssaysWithFactor%>);
    790         <%
    791       }
    792       %>
    793     }
    794     </script>
     649        <div id="factor-values" class="data-container"
     650          data-num-raw-bioassays="<%=rawBioAssays.size() %>"
     651          data-factor-values="<%=HTML.encodeTags(jsonFactorValues.toJSONString()) %>"
     652        ></div>
     653
    795654      </t:tab>
    796655      <t:tab id="annotations" title="Annotations"
    797         tooltip="View annotation values" clazz="white"
    798         activate="AnnotationsList.loadOnce()">
     656        tooltip="View annotation values" clazz="white">
    799657        <jsp:include page="../../common/annotations/list_frameset.jsp">
    800658          <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
    … …  
    811669      />
    812670      <t:tab id="overview" title="Overview"
    813         tooltip="Display a tree overview of related items"
    814         activate="Overview.loadOnce()">
     671        tooltip="Display a tree overview of related items">
    815672        <jsp:include page="../../common/overview/overview.jsp">
    816673          <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
    … …  
    821678      <t:tab id="history" title="Change history"
    822679        tooltip="Displays a log of all modifications made to this item"
    823         visible="<%=ChangeHistoryUtil.showChangeHistoryTab(sc)%>"
    824         activate="History.loadOnce()">
     680        visible="<%=ChangeHistoryUtil.showChangeHistoryTab(sc)%>">
    825681        <jsp:include page="../../common/history/frameset.jsp">
    826682          <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />

  • trunk/www/views/reporterlists/index.jsp

    r6192 r6315  
    2323  @version 2.0
    2424--%>
     25<%@page import="net.sf.basedb.core.ClonableProperty"%>
     26<%@page import="net.sf.basedb.core.VirtualColumn"%>
     27<%@page import="net.sf.basedb.core.query.Dynamic"%>
    2528<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
    2629  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
    … …  
    4649  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
    4750  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
     51  import="net.sf.basedb.core.query.Expression"
    4852  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
    4953  import="net.sf.basedb.core.query.SqlResult"
    … …  
    173177            query.setFirstResult(0);
    174178            query.setMaxResults(-1);
     179            Expression idCol = query instanceof SqlQuery ?
     180                Dynamic.column(VirtualColumn.clonableProperty(ClonableProperty.createFromRegular("id")))
     181                :
     182                Hql.property("id");
    175183            Integer[] itemIds = Values.getInt(request.getParameter("items").split(","));
    176184            query.restrict(
    177               Restrictions.in(
    178                 Hql.property("id"),
    179                 Expressions.parameter("_selected_")
    180               )
     185              Restrictions.in(idCol, Expressions.parameter("_selected_"))
    181186            );
    182187            query.setParameter("_selected_", Arrays.asList(itemIds), Type.INT);     

  • trunk/www/views/reporters/edit_reporter.jsp

    r6217 r6315  
    4646  import="net.sf.basedb.util.Values"
    4747  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
     48  import="net.sf.basedb.util.json.JsonUtil"
     49  import="net.sf.basedb.util.json.JsonConverter"
    4850  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
    4951  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterSettings"
    … …  
    5557  import="java.util.Date"
    5658  import="java.util.List"
     59  import="org.json.simple.JSONArray"
     60  import="org.json.simple.JSONObject"
    5761%>
    5862<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
    … …  
    7175{
    7276  List<ExtendedProperty> reporterProperties = ExtendedProperties.getProperties("ReporterData");
     77  JSONArray jsonReporterProperties = JsonUtil.toArray(reporterProperties, new JsonConverter<ExtendedProperty>()
     78    {
     79      public Object convert(ExtendedProperty ep)
     80      {
     81        JSONObject json = new JSONObject();
     82        json.put("name", ep.getName());
     83        json.put("valueType", ep.getType().name());
     84        json.put("title", ep.getTitle());
     85        json.put("nullable", ep.isNullable());
     86        return json;
     87      }
     88    });
    7389 
    7490  String title = null;
    … …  
    107123  }
    108124 
    109  
    110  
    111 
    112 
    113125  // Query to retrieve reporter types
    114126  final ItemQuery<ReporterType> reporterTypeQuery = ReporterType.getQuery();
    … …  
    125137  ExtensionsInvoker invoker = EditUtil.useEditExtensions(jspContext);
    126138  %>
    127   <base:page type="popup" title="<%=title%>">
    128   <base:head scripts="tabcontrol.js" styles="tabcontrol.css">
     139  <base:page type="popup" title="<%=title%>" id="edit-page">
     140  <base:head scripts="tabcontrol-2.js,~reporters.js" styles="tabcontrol.css">
    129141    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
    130142    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
    131     <script>
    132     // Validate the "Reporter" tab
    133     function validateReporter()
    134     {
    135       var frm = document.forms['reporter'];
    136       if (Main.trimString(frm.name.value) == '')
    137       {
    138         Forms.showNotification(frm.name, 'You must enter a name for the reporter');
    139         return false;
    140       }
    141       else if (Main.trimString(frm.externalId.value) == '')
    142       {
    143         Forms.showNotification(frm.externalId, 'You must enter an external ID for the reporter');
    144         return false;
    145       }
    146       return true;
    147     }
    148     // Validate the "Extended properties" tab
    149     function validateExtendedProperties()
    150     {
    151       var frm = document.forms['reporter'];
    152       var field;
    153       <%
    154       if (reporterProperties != null)
    155       {
    156         for (ExtendedProperty ep : reporterProperties)
    157         {
    158           Type type = ep.getType();
    159           String name = ep.getName();
    160           %>
    161           field = frm['<%=name%>'];
    162           <%
    163           if (type == Type.DATE)
    164           {
    165             %>
    166             if (field.value != '' && !Dates.isDate(field.value, '<%=jsDateFormat%>'))
    167             {
    168               Forms.showNotification(field, "'"+field.value+"' is not a valid date");
    169               field.focus();
    170               return false;
    171             }
    172             <%
    173           }
    174           if (type == Type.TIMESTAMP)
    175           {
    176             %>
    177             if (field.value != '' && !Dates.isDate(field.value, '<%=jsDateTimeFormat%>'))
    178             {
    179               Forms.showNotification(field, "'"+field.value+"' is not a valid timestamp");
    180               return false;
    181             }
    182             <%
    183           }
    184           if (!ep.isNullable())
    185           {
    186             if (type == Type.BOOLEAN)
    187             {
    188               %>
    189               if (Forms.getCheckedRadio(field) == null)
    190               {
    191                 Forms.showNotification(field, "You must select a value for '<%=HTML.javaScriptEncode(ep.getTitle())%>'");
    192                 return false;
    193               }
    194               <%
    195             }
    196             else
    197             {
    198               %>
    199               if (Main.trimString(field.value) == '')
    200               {
    201                 Forms.showNotification(field, "You must enter a value for '<%=HTML.javaScriptEncode(ep.getTitle())%>'.");
    202                 return false;
    203               }
    204               <%
    205             }
    206           }
    207         }
    208       }
    209       %>
    210       return true;
    211     }
    212     // Submit the form
    213     function saveSettings()
    214     {
    215       var frm = document.forms['reporter'];
    216       if (TabControl.validateActiveTab('settings'))
    217       {
    218         frm.submit();
    219       }
    220     }
    221     </script>
    222143  </base:head>
    223144  <base:body>
    224145    <h1><%=title%> <base:help tabcontrol="settings" /></h1>
     146   
     147    <div id="page-data" class="data-container"
     148      data-date-format="<%=htmlDateFormat%>"
     149      data-datetime-format="<%=htmlDateTimeFormat%>"
     150      data-extended-properties="<%=HTML.encodeTags(jsonReporterProperties.toJSONString())%>"
     151      ></div>
     152   
    225153    <form action="index.jsp?ID=<%=ID%>" method="post" name="reporter">
    226154    <input type="hidden" name="cmd" value="UpdateItem">
    … …  
    230158      position="bottom" remember="<%=reporter != null%>"
    231159      extensions="<%=invoker%>">
    232     <t:tab id="info" title="Reporter" validate="validateReporter()" helpid="reporter.edit">
     160    <t:tab id="info" title="Reporter" helpid="reporter.edit">
    233161      <table class="fullform input100">
    234162      <tr>
    235163        <th>Name</th>
    236         <td><input class="text required" type="text" name="name"
     164        <td><input class="text required auto-init" data-auto-init="<%=reporter == null ? "focus-select" : "focus" %>"
     165          type="text" name="name"
    237166          value="<%=HTML.encodeTags(reporter == null ? Values.getString(cc.getPropertyValue("name"), "New reporter") : reporter.getName())%>"
    238167          maxlength="<%=ReporterData.MAX_NAME_LENGTH%>"></td>
    … …  
    302231   
    303232    <t:tab id="extended" title="Extended properties"
    304       validate="validateExtendedProperties()" helpid="reporter.edit.extended">
     233      helpid="reporter.edit.extended">
    305234      <table class="fullform input100">
    306235        <%
    … …  
    310239          {
    311240            String name = ep.getName();
     241            String fieldName = "ep."+name;
    312242            Type type = ep.getType();
    313243            boolean required = !ep.isNullable();
    … …  
    323253              {
    324254                %>
    325                 <input class="<%=theClazz%>" type="text" name="<%=name%>"
    326                   value="<%=value == null ? "" : value%>" style="width: 15em;"
    327                   maxlength="20" onkeypress="return Numbers.integerOnly(event)"
    328                   >
     255                <input class="<%=theClazz%>" type="text" name="<%=fieldName%>" id="<%=fieldName%>"
     256                  value="<%=value == null ? "" : value%>" style="width: 15em;" maxlength="20">
    329257                <%
    330258              }
    … …  
    332260              {
    333261                %>
    334                 <input class="<%=theClazz%>" type="text" name="<%=name%>"
    335                   value="<%=value == null ? "" : value%>" style="width: 15em;"
    336                   maxlength="20" onkeypress="return Numbers.numberOnly(event)"
    337                   >
     262                <input class="<%=theClazz%>" type="text" name="<%=fieldName%>" id="<%=fieldName%>"
     263                  value="<%=value == null ? "" : value%>" style="width: 15em;" maxlength="20">
    338264                <%
    339265              }
    … …  
    341267              {
    342268                %>
    343                 <input class="<%=theClazz%>" type="text" name="<%=name%>"
     269                <input class="<%=theClazz%>" type="text" name="<%=fieldName%>" id="<%=fieldName%>"
    344270                  value="<%=HTML.encodeTags((String)value)%>"
    345271                  maxlength="<%=ep.getLength()%>"
    … …  
    351277                hasZoom = true;
    352278                %>
    353                 <textarea class="<%=theClazz%>" name="<%=name%>" id="<%=name%>" rows="6"
     279                <textarea class="<%=theClazz%>" name="<%=fieldName%>" id="<%=fieldName%>" rows="6"
    354280                  ><%=HTML.encodeTags((String)value)%></textarea>
    355281                <%
    … …  
    361287                {
    362288                  %>
    363                   <input type="radio" name="<%=name%>" id="<%=name%>.null" value=""
     289                  <input type="radio" name="<%=fieldName%>" id="<%=fieldName%>.null" value=""
    364290                    <%=b == null ? "checked" : ""%>
    365                     ><label for="<%=name%>.null"><i>- not specified -</i></label><br>
     291                    ><label for="<%=fieldName%>.null"><i>- not specified -</i></label><br>
    366292                  <%
    367293                }
    368294                %>
    369                 <input type="radio" name="<%=name%>" id="<%=name%>.true" value="true"
     295                <input type="radio" name="<%=fieldName%>" id="<%=fieldName%>.true" value="true"
    370296                  <%=b != null && b == true ? "checked" : ""%>
    371                   ><label for="<%=name%>.true">true</label><br>
    372                 <input type="radio" name="<%=name%>" id="<%=name%>.false" value="false"
     297                  ><label for="<%=fieldName%>.true">true</label><br>
     298                <input type="radio" name="<%=fieldName%>" id="<%=fieldName%>.false" value="false"
    373299                  <%=b != null && b == false ? "checked" : ""%>
    374                   ><label for="<%=name%>.false">false</label>
     300                  ><label for="<