Changeset 6784


Ignore:
Timestamp:
Mar 18, 2015, 8:27:53 AM (8 years ago)
Author:
Nicklas Nordborg
Message:

Merged patch release 3.4.2 to the trunk.

Location:
trunk
Files:
27 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk

  • trunk/credits.txt

    r6721 r6784  
    11$Id$
    22
    3 The current BASE team is (at BASE 3.4.1 release)
     3The current BASE team is (at BASE 3.4.2 release)
    44{{{
    55Jari Häkkinen
  • trunk/src/core/net/sf/basedb/core/Project.java

    r6576 r6784  
    690690        if (dataClass.isInstance(data))
    691691        {
     692          // Check if item has been removed
     693          try
     694          {
     695            Hibernate.initialize(data);
     696          }
     697          catch (org.hibernate.ObjectNotFoundException ex)
     698          {
     699            it.remove();
     700            continue;
     701          }
     702         
    692703          // Found an item of the correct item type... get it's subtype
    693704          ItemSubtypeData otherSubtype = null;
  • trunk/src/plugins/core/net/sf/basedb/plugins/batchimport/AbstractItemImporter.java

    r6520 r6784  
    751751      itemCache.put(cacheKey, item);
    752752      lastItem = item;
    753       if (failIfItemExists)
    754       {
     753      if (failIfItemExists && !sameAsLast)
     754      {
     755        // Fail if this is the first time we see this item
    755756        throw new ItemAlreadyExistsException(itemQuery.getItemType()+"[" + idMethod + "=" + identifier + "]");
    756757      }
    757       else if (updateExistingItems)
    758       {
     758      else if (updateExistingItems || (sameAsLast && !item.isInDatabase()))
     759      {
     760        // Update existing items or second line of new items in 'create' mode
    759761        try
    760762        {
  • trunk/src/test/TestItemImporter.java

    r6576 r6784  
    385385      request.setParameterValue("idMethod", "name");
    386386    }
    387     request.setParameterValue("mode", "create+update");
     387    request.setParameterValue("mode", itemType == Item.RAWBIOASSAY ? "create" : "create+update");
    388388    request.setParameterValue("charset", "UTF-8");
    389389  }
  • trunk/www/admin/hardware/list_hardware.jsp

    r6721 r6784  
    223223        {
    224224          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
     225          if (!at.getDisplayAsList()) annotationEnum.add("", "-none-");
    225226          List<?> values = at.getValues();
    226227          for (Object value : values)
  • trunk/www/admin/protocols/list_protocol.jsp

    r6721 r6784  
    233233        {
    234234          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
     235          if (!at.getDisplayAsList()) annotationEnum.add("", "-none-");
    235236          List<?> values = at.getValues();
    236237          for (Object value : values)
  • trunk/www/admin/software/list_software.jsp

    r6721 r6784  
    223223        {
    224224          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
     225          if (!at.getDisplayAsList()) annotationEnum.add("", "-none-");
    225226          List<?> values = at.getValues();
    226227          for (Object value : values)
  • trunk/www/biomaterials/bioplates/list_bioplates.jsp

    r6721 r6784  
    352352        {
    353353          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
     354          if (!at.getDisplayAsList()) annotationEnum.add("", "-none-");
    354355          List<?> values = at.getValues();
    355356          for (Object value : values)
  • trunk/www/biomaterials/bioplates/wells/list_biowells.jsp

    r6756 r6784  
    376376        {
    377377          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
     378          if (!at.getDisplayAsList()) annotationEnum.add("", "-none-");
    378379          List<?> values = at.getValues();
    379380          for (Object value : values)
  • trunk/www/biomaterials/biosources/list_biosources.jsp

    r6756 r6784  
    251251        {
    252252          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
     253          if (!at.getDisplayAsList()) annotationEnum.add("", "-none-");
    253254          List<?> values = at.getValues();
    254255          for (Object value : values)
  • trunk/www/biomaterials/extracts/list_extracts.jsp

    r6756 r6784  
    451451        {
    452452          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
     453          if (!at.getDisplayAsList()) annotationEnum.add("", "-none-");
    453454          List<?> values = at.getValues();
    454455          for (Object value : values)
  • trunk/www/biomaterials/samples/list_samples.jsp

    r6756 r6784  
    423423        {
    424424          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
     425          if (!at.getDisplayAsList()) annotationEnum.add("", "-none-");
    425426          List<?> values = at.getValues();
    426427          for (Object value : values)
  • trunk/www/biomaterials/tags/list_tags.jsp

    r6721 r6784  
    223223        {
    224224          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
     225          if (!at.getDisplayAsList()) annotationEnum.add("", "-none-");
    225226          List<?> values = at.getValues();
    226227          for (Object value : values)
  • trunk/www/common/annotations/list_annotations.jsp

    r6607 r6784  
    4242  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
    4343  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
     44  import="net.sf.basedb.core.Include"
    4445  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
    4546  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
     
    169170  {
    170171    ItemQuery<AnnotationType> query = AnnotationType.getQuery(item.getType());
     172    query.setIncludes(Include.ALL);
    171173    query.join(Hql.innerJoin("categories", "ct"));
    172174    query.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("ct", "name"), Expressions.string(selectedCategoryName)));
  • trunk/www/lims/arraybatches/list_batches.jsp

    r6721 r6784  
    254254        {
    255255          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
     256          if (!at.getDisplayAsList()) annotationEnum.add("", "-none-");
    256257          List<?> values = at.getValues();
    257258          for (Object value : values)
  • trunk/www/lims/arraydesigns/list_designs.jsp

    r6721 r6784  
    353353        {
    354354          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
     355          if (!at.getDisplayAsList()) annotationEnum.add("", "-none-");
    355356          List<?> values = at.getValues();
    356357          for (Object value : values)
  • trunk/www/lims/arrayslides/list_slides.jsp

    r6721 r6784  
    263263        {
    264264          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
     265          if (!at.getDisplayAsList()) annotationEnum.add("", "-none-");
    265266          List<?> values = at.getValues();
    266267          for (Object value : values)
  • trunk/www/lims/plates/list_plates.jsp

    r6721 r6784  
    296296        {
    297297          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
     298          if (!at.getDisplayAsList()) annotationEnum.add("", "-none-");
    298299          List<?> values = at.getValues();
    299300          for (Object value : values)
  • trunk/www/lims/plates/wells/list_wells.jsp

    r6721 r6784  
    357357        {
    358358          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
     359          if (!at.getDisplayAsList()) annotationEnum.add("", "-none-");
    359360          List<?> values = at.getValues();
    360361          for (Object value : values)
  • trunk/www/views/derivedbioassays/list_bioassays.jsp

    r6721 r6784  
    331331        {
    332332          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
     333          if (!at.getDisplayAsList()) annotationEnum.add("", "-none-");
    333334          List<?> values = at.getValues();
    334335          for (Object value : values)
  • trunk/www/views/experiments/bioassays/list_bioassays.jsp

    r6721 r6784  
    278278        {
    279279          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
     280          if (!at.getDisplayAsList()) annotationEnum.add("", "-none-");
    280281          List<?> values = at.getValues();
    281282          for (Object value : values)
     
    311312        {
    312313          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
     314          if (!at.getDisplayAsList()) annotationEnum.add("", "-none-");
    313315          List<?> values = at.getValues();
    314316          for (Object value : values)
  • trunk/www/views/experiments/bioassaysets/analysis_tree.jsp

    r6721 r6784  
    479479        {
    480480          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
     481          if (!at.getDisplayAsList()) annotationEnum.add("", "-none-");
    481482          List<?> values = at.getValues();
    482483          for (Object value : values)
  • trunk/www/views/itemlists/list_lists.jsp

    r6773 r6784  
    290290        {
    291291          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
     292          if (!at.getDisplayAsList()) annotationEnum.add("", "-none-");
    292293          List<?> values = at.getValues();
    293294          for (Object value : values)
  • trunk/www/views/itemlists/members/list_members.jsp

    r6756 r6784  
    287287        {
    288288          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
     289          if (!at.getDisplayAsList()) annotationEnum.add("", "-none-");
    289290          List<?> values = at.getValues();
    290291          for (Object value : values)
  • trunk/www/views/physicalbioassays/list_bioassays.jsp

    r6721 r6784  
    312312        {
    313313          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
     314          if (!at.getDisplayAsList()) annotationEnum.add("", "-none-");
    314315          List<?> values = at.getValues();
    315316          for (Object value : values)
  • trunk/www/views/rawbioassays/list_rawbioassays.jsp

    r6721 r6784  
    413413        {
    414414          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
     415          if (!at.getDisplayAsList()) annotationEnum.add("", "-none-");
    415416          List<?> values = at.getValues();
    416417          for (Object value : values)
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.